Bruksanvisning IVD Bacterial Test Standard Standard för masskalibrering som visar en typisk Escherichia coli DH5- alfapeptid- och proteinprofil plus ytterligare proteiner. Avsedd för användning i matrisstödd laserdesorption och laserjonisering med löptidsmätt masspektrometri (MALDI-TOF MS). CARE-produkter är utformade för att stödja våra kunder världen över med högkvalitativa förbrukningsvaror, tillbehör och dedikerade testsatser. Produktområdet CARE har optimerats och certifierats speciellt för användning med alla Bruker Daltonics-system. www.bruker.com/care Språk: sv Revision 4 (Januari 2014)
1 Avsedd användning 2 2 Produktbeskrivning 2 3 Besiktning, förvaring och hållbarhet 3 3.1 Leveransbesiktning vid mottagande 3 3.2 Förvaring vid mottagande 3 3.3 Förvaring efter alikvotering 3 4 Risk- och säkerhetsinformation 3 5 Programvarukrav 4 6 IVD BTS Provberedningsförfarande 4 6.1 Solubilisering och beredning av IVD BTS-alikvoter 4 6.2 Beredning av IVD BTS-prov på ett MALDI-provunderlag. 5 7 Kalibrering av Bruker MALDI-TOF-masspektrometer med hjälp av IVD BTS 5 7.1 Kalibreringspunkter som används 5 7.2 Kalibreringsprocedurer 6 7.2.1 Manuell kalibreringsprocedur 6 7.2.2 Automatisk kalibreringsprocedur 8 8 Tillverkare 11 1 Avsedd användning IVD Bacterial Test Standard är en vitro-diagnostisk produkt för kalibrering och optimering av Bruker MALDI-TOF-masspektrometrar såväl som för prestandakontroll för identifiering av mikroorganismer som odlats från mänskliga prov. 2 Produktbeskrivning IVD Bacterial Test Standard (benämnd 'IVD BTS') innehåller ett noggrant berett extrakt av Escherichia coli DH5- alfa som visar en karakteristisk peptid- och proteinprofil i MALDI- TOF- masspektrum. Extraktet prepareras med ytterligare två proteiner som utsträcker den övre gränsen för massintervallet som täcks av IVD BTS. Det totala massintervallet som täcks av IVD BTS är från 3,6 till 17 kda. Varje rör innehåller tillräckligt med material för beredning av omkring 40 provpunkter på MALDIprovunderlagsplattor. Denna testsats är en in vitro-diagnostisk anordning. Beställningsinformation Produkt Artikelnummer IVD Bacterial Test Standard, 5 rör # 8290190 eller # 290190 Sida 2 av 11 IVD Bacterial Test Standard Bruksanvisning Revision 4
3 Besiktning, förvaring och hållbarhet 3.1 Leveransbesiktning vid mottagande Kontrollera IVD BTS-förpackningen vid mottagande. Om den är skadad ska du kontrollera rören. Om rören är skadade får IVD BTS inte användas. Kassera IVD BTS (rören och förpackningen) genom att följa riktlinjerna som ges i materialsäkerhetsdatabladet för produkten och kontakta serviceavdelningen på Bruker Daltonik GmbH (biotyper.support@bdal.de) för en ersättningsleverans. 3.2 Förvaring vid mottagande 18 C IVD BTS avsändes vid den omgivande temperaturen men måste förvaras vid 18 C eller kallare omedelbart vid mottagande. Utgångsdatumet på förpackningen gäller den kapslade IVD BTS när den direkt vid mottagandet förvaras vid en temperatur på 18 C eller kallare. 3.3 Förvaring efter alikvotering IVD BTS måste solubiliseras innan användning. Vi rekommenderar starkt att upplöst IVD BTS alikvoteras och fryses in genom att använda 0,5 ml mikrocentrifugrör med skruvlock. 18 C Den upplösta IVD BTS kan lagras i upp till 5 månader vid en temperatur på 18 C eller kallare. Med tiden kan oxidationsprodukter påvisas. Dessa oxidationsprodukter påverkar inte nämnvärt spektrumens kvalitet. 4 Risk- och säkerhetsinformation Denna produkt klassificeras inte enligt förordning (EG) nr 1272/2008 och klassificeras därför inte enligt globala harmoniserade system för klassificering och märkning av kemikalier (GHS: Globally Harmonized System of Classification and Labeling of Chemicals). Baserat på tillverkarens erfarenhet har produkten inga skadliga effekter när den används och hanteras enligt specifikationerna. Alla ämnen kan dock innebära okända risker och ska användas med försiktighet. För ytterligare information läs Material Safety Data Sheet som finns att ladda ner från www.bruker.com/msds. Ytterligare kemikalier kan behövas för procedurer beskrivna i denna bruksanvisning.läs noggrant materialsäkerhetsdatabladet från tillverkaren och iakttag allmänna säkerhetsbestämmelser när det gäller hantering av kemikalier eller material som kan utgöra biologisk risk. Revision 4 IVD Bacterial Test Standard Bruksanvisning Sida 3 av 11
5 Programvarukrav Vissa programvaruversioner/kombinationer kräver en gratis programfix för att kunna stödja IVD BTS (se tabell 1). Kontakta ditt lokala Bruker Daltonics-serviceteam för installationssupport. Tabell 1 Krav för programfix Programvaruversion Compass Utgivning 1.4 1.3 1.2 1.1 1.0 Utgåva av flexcontrol 3.4 3.3 3.0 2.4 2.2 2.0 1.2 1.1 Krävs programfix? Nej Nej Ja Ja Ja Ja Ja Ja 6 IVD BTS Provberedningsförfarande Obs. Följande procedur skall inte användas om ert arbetsflöde innehåller föreskrivna provpreparationsmetoder för IVD BTS (till exempel, IVD MALDI Biotyper SOP). Inledande anmärkningar Dålig provberedning kommer att försämra känsligheten, ge låg upplösning och dålig reproducerbarhet. Alstringen av joner genom MALDI är beroende av att ett optimalt förhållande mellan matrissubstansen och analyten finns tillgängligt. För att erhålla bästa möjliga resultat ska du använda nyberedda lösningar och kemikalier av den högsta renhetsgrad som finns att tillgå (t.ex. CHROMASOLV LC-MSlösningar). Kemikalier och material som krävs IVD Matrix HCCA-portioned (# 8290200 eller # 290200) (benämnd 'IVD HCCA') eller Matrix HCCA- portioned (# 8255344 eller # 255344) (benämnd 'HCCA', HCCA = α- cyano- 4- hydroxycinnamic acid), som måste prepareras enligt relevant bruksanvisning. Standardlösningsmedel (acetonitril 50%, vatten 47,5% och trifluorättiksyra 2,5%) från Sigma- Aldrich (nr 19182) som har testats av Bruker Daltonik GmbH och rekommenderas för upplösning av IVD BTS. Mikrocentrifugrör med skruvlock (Sarstedt, # 72.730.003) med skruvlock (Sarstedt, # 65.716.002). MALDI provunderlagsplatta av den typ som är vald för ert arbetsflöde. Utrustning och verktyg som krävs Centrifug, vortexmixer, pipetter, pipettspetsar 6.1 Solubilisering och beredning av IVD BTS-alikvoter 1. Tillsätt 50 µl standardlösningsmedel i IVD BTS-pelleten och lös upp genom att pipettera uppåt och nedåt åtminstone 20 gånger vid rumstemperatur. Undvik att lösningen skummar! Sida 4 av 11 IVD Bacterial Test Standard Bruksanvisning Revision 4
2. Inkubera IVD BTS-lösningen i fem minuter vid rumstemperatur och blanda genom att pipettera upp och ned minst 20 gånger. 3. Centrifugera vid 13 000 rpm i två minuter vid rumstemperatur. 4. Pipettera 5 μl alikvoter av supernatanten in i mikrocentrifugrör med skruvlock och tillslut hårt. 5. Förvara alikvoterna vid en temperatur på 18 C eller kallare. 6.2 Beredning av IVD BTS-prov på ett MALDI-provunderlag. Obs. Frysta IVD BTS-alikvoter ska tinas upp i rumstemperatur och blandas genom att snärta till mikrocentrifugröret med ett finger. Mikrocentrifugrör ska förslutas och förvaras vid en temperatur på 18 C eller kallare omedelbart efter beredning av IVD BTS-provpunkter. Varje 5 µl-alikvot innehåller tillräckligt med material för åtminstone fyra provpunkter. 1. Droppa på 1 µl med IVD BTS-lösning på valfri position på MALDI-provunderlaget. 2. Låt IVD BTS-provpunkten torka i rumstemperatur. 3. Täck över IVD BTS-provpunkten med 1 µl IVD HCCA eller HCCA-matrislösning omedelbart efter att provpunkten har torkat. 4. Låt provpunkten torka i rumstemperatur. En homogen beredning ska synas. 7 Kalibrering av Bruker MALDI-TOFmasspektrometer med hjälp av IVD BTS 7.1 Kalibreringspunkter som används Tabell 2 Kalibreringspunkter med en toleransgräns för massa på ±300 ppm Protein Referensmassa (medelmassa) ±300 ppm-intervall RL29 [M+2H] 2+ 3 637,8 Da från 3 636,7 Da till 3 638,8 Da RS32 [M+H] + 5 096,8 Da från 5 095,3 Da till 5 098,3 Da RS34 [M+H] + 5 381,4 Da från 5379, 8 Da till 5 383,0 Da RS33meth [M+H] + 6 255,4 Da från 6 253,5 Da till 6 257,3 Da RL29 [M+H] + 7 274,5 Da från 7272.3 Da till 7 276,7 Da RS19 [M+H] + 10 300,1 Da från 10 297,0 Da till 10 303,2 Da RNAse A [M+H] + 13 683,2 Da från 13 679,1 Da till 13 687,3 Da Myoglobin [M+H] + 16 952,3 Da från 16 947,2 Da till 16 957,4 Da Revision 4 IVD Bacterial Test Standard Bruksanvisning Sida 5 av 11
7.2 Kalibreringsprocedurer Både manuella och automatiska kalibreringsprocedurer kan användas. Den manuella proceduren kan användas med alla versioner av flexcontrol. För den automatiska proceduren krävs flexcontrol 3.3 eller senare. 7.2.1 Manuell kalibreringsprocedur 1. För in MALDI-provunderlaget, berett med IVD BTS-provet, i MALDI-TOF-masspektrometern. 2. Försäkra dig om att flexcontrol körs. 3. Använd metoden MBT_FC.par standard flexcontrol (linjärt och positivt läge) för mätning och kalibrering. 4. Mät ett summaspektrum manuellt genom att lägga ihop 6 x 40 laserbilder från olika rasterpositioner på IVD BTS- provpunkten. På varje önskad rasterposition klickar du på Start knappen som visas som Valfritt: och sedan på Add knappen. Laserns energinivå ska vara optimerad. Alternativt kan ett summaspektrum mätas automatiskt genom att: Klicka på fliken AutoXecute. för att registrera totalt 240 laserbilder Välj autox- metoden MBT_ AutoX i Method rullgardinslistan (Figur 1). Klicka på knappen Run method on current spot. Figur 1 AutoXecute -flik med val av MBT_AutoX metoden för automatisk mätning av summaspektrum Detta mäter automatiskt ett summaspektrum. 5. Klicka på verktygsfältsknappen Single Buffer för att dölja det enkelspektrum som för tillfället visas. Detta aktiverar verktygsfältsknappen Sum Buffer och visar det uppmätta summaspektrumet. 6. Klicka på verktygsfältsknappen Smooth Spectrum för att jämna ut summaspektrumet (Figur 2). Figur 2 Utjämnat summaspektrum för IVD BTS Sida 6 av 11 IVD Bacterial Test Standard Bruksanvisning Revision 4
7. Klicka på fliken Calibration och välj kalibreringsfilen MBT_Standard i rullgardinslistan Mass Control List (Figur 3). Figur 3 Calibration Kalibreringsflik som visar Mass Control List 8. Klicka på knappen Automatic Assign för att automatiskt välja de korrekta kalibreringstopparna. 9. Kontrollera om den automatiska tilldelningen av kalibreringstoppar fungerade som den skulle. Listan över kalibreringstoppar ska visa att alla toppar har tilldelats och att den maximala avvikelsen Err/ppm inte är mer än ±300 ppm för någon av topparna (Figur 4). Figur 4 Resultat av automatisk tilldelning av kalibreringstoppar där alla toppar har tilldelats och där den maximala avvikelsen, Err/ppm, är mindre än ±300 ppm för alla topparna. Beroende på vilket resultat som du får fortsätter du nu enligt följande: Om alla toppar har tilldelats och den maximala avvikelsen Err/ppm är mindre än ±300 ppm för alla topparna har den automatiska tilldelningen av kalibreringstoppar lyckats. Fortsätt till steg (12). Om alla toppar har tilldelats men den maximala avvikelsen Err/ppm är mer än ±300 ppm för någon av topparna upprepar du steg (4) till (9). Om några få toppar har tilldelats och den maximala avvikelsen Err/ppm är mindre än ±300 ppm för alla topparna fortsätter du till steg (10). Om några få toppar har tilldelats men den maximala avvikelsen Err/ppm är mer än ±300 ppm för någon av topparna upprepar du steg (4) till (9). Om ingen av topparna har tilldelats fortsätter du till steg (11). 10. Klicka på knappen Apply och upprepa automatisk topptilldelning genom att klicka på knappen Automatic Assign. Kontrollera om alla toppar har tilldelats och den maximala avvikelsen Err/ppm är mindre än ±300 ppm för alla topparna. Om alla toppar har tilldelats och den maximala avvikelsen Err/ppm är mindre än ±300 ppm för alla topparna har den automatiska tilldelningen av kalibreringstoppar lyckats. Fortsätt till Revision 4 IVD Bacterial Test Standard Bruksanvisning Sida 7 av 11
steg (12). Om inte alla toppar har tilldelats eller om den maximala avvikelsen Err/ppm är mer än ±300 ppm för någon av topparna upprepar du steg (4) till (9). 11. Välj manuellt toppen vid m/z 6255.4 Da genom att klicka på vänstra sidan av toppen i spektrumet. När den vertikala linjen bredvid toppen har skiftat färg från rött till grönt har topptilldelningen lyckats (motsvarande data anges i listan över kalibreringstoppar). Klicka på knappen Apply och upprepa automatisk topptilldelning genom att klicka på knappen Automatic Assign. Kontrollera om alla toppar har tilldelats och den maximala avvikelsen Err/ppm är mindre än ±300 ppm för alla topparna. Om alla toppar har tilldelats och den maximala avvikelsen Err/ppm är mindre än ±300 ppm för alla topparna har den automatiska tilldelningen av kalibreringstoppar lyckats. Fortsätt till steg (12). Om inte alla toppar har tilldelats eller om den maximala avvikelsen Err/ppm är mer än ±300 ppm för någon av topparna upprepar du steg (4) till (9). 12. Efter att alla toppar automatiskt har tilldelats med en maximal avvikelse Err/ppm på mindre än ±300 ppm för alla topparna klickar du på knappen Apply. 13. Spara de nya kalibreringsvärdena i flexcontrol-metoden ( MBT_FC.par ). När du klickar på verktygsfältsknappen Save method as öppnar detta dialogrutan Save flexcontrol Method As. Klicka på knappen Save. Bekräfta ersättningen av filen (MBT_FC.par) genom att klicka på knappen Yes i bekräftelsedialogrutan (Figur 5). Figur 5 Bekräftelsedialogruta som visas när den angivna metodfilen ersätts 7.2.2 Automatisk kalibreringsprocedur Obs. Utgåva 3.3 eller senare av flexcontrol krävs för den automatiska kalibreringsproceduren. 1. För in MALDI- provunderlaget, berett med IVD BTS- provet, i MALDI- TOFmasspektrometern. 2. Försäkra dig om att flexcontrol körs. 3. Använd metoden MBT_FC.par standard flexcontrol (linjärt och positivt läge) för mätning och kalibrering. 4. Välj Tools > Method Calibration Parameters ( Figur 6 ) för att ställa in eller kontrollera kalibreringsinställningarna för flexcontrol-metoden. Sida 8 av 11 IVD Bacterial Test Standard Bruksanvisning Revision 4
Obs. Inställning av kalibreringsparametrar krävs endast för den första (initiala) kalibreringen. För alla kalibreringar som görs därefter behöver bara valet för korrekt autox- metod (MBT_AutoX) kryssas för. Figur 6 Kommandot Method Calibration Parameters från menyn Tools 5. Ange eller kryssa för parameterinställningarna för autokalibrering som visas i Figur 7. Klicka sedan på knappen OK. Figur 7 Dialogrutan Edit Auto Calibration Parameters 6. På fliken Calibration (Figur 3) kontrollerar du att parametern Peak Assignment Tolerance har angetts till maximalt värde på 1000 ppm (Figur 8). Revision 4 IVD Bacterial Test Standard Bruksanvisning Sida 9 av 11
Figur 8 Parametern Peak Assignment Tolerance 7. För att starta kalibreringsproceduren klickar du på knappen Calibrate. Ett summaspektrum erhålls automatiskt genom att summera de 6 x 40 laserbilderna från olika positioner på provpunkten IVD BTS och kalibrering fullbordas automatiskt. En dialogruta med kalibreringsinformation öppnas (Figur 9). Klicka på knappen OK för att fullborda kalibreringen. Figur 9 Dialogruta med kalibreringsinformation 8. Om kalibreringen har misslyckats upprepar du proceduren för automatisk kalibrering (steg (4) till steg (7)). Eller så följer du stegen i proceduren för manuell kalibrering som beskrivs i avsnitt 7.2.1. Sida 10 av 11 IVD Bacterial Test Standard Bruksanvisning Revision 4
8 Tillverkare Support Bruker Daltonik GmbH Fahrenheitstraße 4 28359 Bremen Tyskland E-post: biotyper.support@bdal.de Telefon: +49 (421) 2205-1401 Fax: +49 (421) 2205-106 Försäljningsinformation E-post: care@bdal.de Telefon: +49 (421) 2205-0 Webbplats: www.bruker.com/care # 8290190 eller # 290190 Beskrivningar och specifikationer ersätter all tidigare information och kan ändras utan föregående meddelande. Copyright 2014 Bruker Daltonik GmbH Revision 4 IVD Bacterial Test Standard Bruksanvisning Sida 11 av 11