Projektkatalog vt13 Examensarbete BML (15 hp)

Transkript

1 Projektkatalog vt13 Examensarbete BML (15 hp) Ni gör ett första-, andra och tredjehandsval utifrån projekten nedan. Jag kommer att försöka tillmötesgå allas önskemål men går inte detta så gör jag fördelningen av projekt. Vad gäller projekt 21 och 22 hos Tomas Seidal i Halmstad så innebär detta 2-3 resor ner dit och 2-3 dagar varje gång. Vi ersätter er för resor dit ner och loge betalar vi också. Har ni frågor angående projekten kan ni kontakta mig eller handledaren för resp projekt. Val av examensarbete BML VT13 Namn Förstahandsval projekt nr Andrahandsval projekt nr Tredjehandsval projekt nr Skickas in senast den 22/2 jonny.wijkander@kau.se eller lämna i mitt postfack. Projekt 1 och 2 Projekt inom ramen för Konditionerade medier från olika typer av makrofager som odlats i serumfritt medium jämfört med seruminnehållande medium Bakgrund: Tumörvävnader är infiltrerade av stromaceller där en celltyp är makrofager. Vi har resultat som visar att konditionerade medier från M1 fenotypen av makrofager, men inte M2 fenotypen, inhiberar tillväxten av cancer cellinjer. Projekten omfattar isolering av monocyter, odling och differentiering av dessa till M1 och M2 makrofager samt generering av konditionerade medier från dessa celler. Odlingen kommer att ske både i seruminnehållande och serumfritt medium. Projekt 1. Effekter av konditionerade medier (serumfria och seruminnehållande) från makrofager på proliferationen av colon cancer cellinjen HT29 Projekt 2. ELISA analys av cytokinfrisättning från olika typer av makrofager som odlats i serumfritt-medium vs serum-medium Handledare: Jonny Wijkander, Alexander Engström

2 Projekt 3 Bakgrund: Det finns indikationer på att nikotin hämmar lipopolysackarid inducerad frisättning av cytokiner (bl. a TNF alfa och IL12) och prostaglandiner från monocyter. Vi har resultat som visar att konditionerade medier från M1 makrofager ( utdifferentieras från monocyter genom behandling med lipopolysackarider) hämmar proliferationen av cancer cellinjer. Frågeställningen är om, och i så fall hur, nikotin påverkar cytokinfrisättningen från makrofager samt om de konditionerade medier som genereras från nikotinförbehandlade makrofager förlorar sin proliferationshämmande effekt på colon cancer cellinjen HT29. Projektet omfattar isolering av monocyter, odling och utdifferentiering av dessa till makrofager (med och utan nikotinförbehandling), analys av dessa medier avseende cytokinfrisättning samt studier på proliferationen av HT29 celler. (projektet kan tänkas delas mellan 2 studenter). Handledare: Jonny Wijkander, Ann Erlandsson

3 Projekt 4 Hållbarhet & analys i efterhand, vilka gränser skall användas? Studentarbete vid Kliniskt kemiska laboratoriet CSK Bakgrund Vi får ofta beställningar i efterhand, dvs ett rör har tagits för att analysera vissa analyter och ett patologiskt / icke patologiskt resultat föranleder frågan om andra analyter. Tidigare har undersökningar gjorts på hållbarheten av olika analyter i formen av C-uppsatser. Dessa undersökningar behöver nu kompletteras av olika anledningar. Dessa beställningar kan vara av stor betydelse för handläggningen, speciellt av inneliggande svårt sjuka patienter. Projekt Att göra en genomgång av tidigare gjorda arbete, bestämma hur dessa nivåer stämmer med vårt ackrediterings CV, och hur förhållande är enl Tonks formel. (Spridning i förhållande till referensvärdes gränser). I projektet ingår också att med hjälp av tillgängliga data, välja ut vilka analyter som är lämpligast att studera. Detta kräver motivering dels utifrån medicinska och analytiska grunder. Betydelse Detta ämne har stor betydelse för att kunna ge maximal service utan att tumma på säkerheten i analyssvaren för analyterna. Arbetet kan generera märkbara konsekvenser för vården och laboratoriet. Handledare Per-Olof Forsberg, Monika Vikner, BMA, Metodansvarig Immunkemi Maria Löfgren, Ingenjör Allmän kemi Mer info kan fås av Per-Olof Forsberg Tfn E-post: per-olof.forsberg@liv.se

4 Projekt 5 Validering av metoder för fria lätta kappa- och lambdakedjor i serum På Specialkemi analyseras sedan många år fria lätta kappa- och lambdakedjor i serum med reagens från Binding Site på ett instrument som heter BN ProSpec (nefelometer). Siemens, som tillverkar instrumentet, har under förra året lanserat egna reagens för dessa två metoder. Föreslaget examensarbete syftar till att validera de nya reagensen (mot det nuvarande) för dessa två metoder; från plan för validering till utförande av validering, sammanställning av resultat och slutsatser av valideringen. Det är intressant att utvärdera dessa reagens ur flera perspektiv och vi är bl. a nyfikna på: Om de nya reagensen har ett enklare handhavande än de nuvarande; dvs hur kan analysprocessen optimeras? Hur är övrig metodprestanda jämfört med befintliga metoder; precision, mätområde, hur hanteras eventuell antigenexcess med det nya reagenset? Blir det någon skillnad i enskilda resultat vid ett eventuellt byte? m.m. Handledare Ann.Sofie Jansson sjukhuskemist ann-sofie.jonsson@liv.se Landstinget i Värmland Klinisk Kemi Centralsjukhuset i Karlstad Karlstad Projekt 6 Bakgrund: Trombocyter är olika många och olika stora. Vi tar oftast TPK dvs antal, men bryr oss väldigt lite om de övriga variablerna. Vi tittar inte regelmässigt på MPV & PDV. Arbete: I arbetet skulle vi ta prov från förslagsvis 100 givare och förutom TPK

5 även göra MPV, PDV, Ferritin, CRP, S-fe LPK HB, MCV, EPK. Detta för att se vilka direkta eller indirekta samband som kan ses. Handledare Per-Olof Forsberg Projekt 7 Bakgrund: Vid tappning av röda blodkroppar så tar vi en första skvätt i en provtagningspåse. Detta för att vi lätt skall kunna ta prov men även för att det finns en tro att bakterier och annat löst hamnar i denna påse. De arbeten som har gjorts om detta har inriktat sig på att se hur rena påsarna är men jag vet ingen som regelmässigt tittat på innehållet i själva provtagningspåsen. Arbete: I arbetet skulle därför prov på odling från innehållet också tas. Detta arbete är ett sammarbete med mikrobiologen Handledare Per-Olof Forsberg Projekt 8 Bakgrund: I vårt blodlager så finns 0 & A trombocyter. Hur skall man välja trombocyter om man inte har givarens blodgrupp? Den förhärskande regeln i Sverige är att man bör följa samma regler som vid transfusion av erytrocyter. Detta kommer sig av att det finns lite A & B substans på trombocyterna. Nyare rön från ffa USA har ifrågasatt detta och de har istället givit trombocyter enligt plasmaförlikning och inte sett sämre ökning av trombocyter vid transfusion. Arbete: Här skall vi ta CCI, värde en timma efter transfusion. Förhoppningsvis så kan vi böra samla värden innan studenten dyker upp. Vid denna analys skall vi även titta på MPV & PDW. Detta projekt är ett samarbete med hematologen. Handledare Per-Olof Forsberg Projekt Den tumörspecifika antikroppen TS1. Handledare: Birgitta Sundström & Patrik Holm Bakgrund TS1 är en IgG-antikropp riktad mot keratin 8 vilket finns extracellulärt i de centrala delarna av carcinom. Keratiner finns normalt inte extracellulärt i normal vävnad vilket gör att TS1 skulle kunna användas som en specifik bärare av något cytotoxiskt för en specifik behandling av tumören. Från genomet hos hybridomcellerna som producerar TS1 har det konstruerats en scfv kallad TS Enstaka aminosyror har sedan bytts ut i TS1-218 för att studera effekterna av aminosyrabytet. Bland annat har bytet från Glutamin till

6 Glutaminsyra i tunga kedjans första aminosyra resulterat i att affiniteten ökat avsevärt. Denna muterade TS1-218 kallas HE1Q. Odlingsoptimering Projekt 10 och 11 Två st exjobb. Generna för de olika scfv-varianterna av TS1 finns insatta i E.coli som kan uttrycka proteinerna. Detta uttryck ska optimeras m.h.a kemometri. Kemometri innebär att modeller skapas inom vissa ramar och ett uttrycksoptimum kan sedan beräknas m.h.a datorprogrammet MODDE. En av de huvudsakliga skillnaderna jämfört med den traditionella optimeringen då en parameter i taget ändras är att här ändras allt på en och samma gång. Handledare Partik Holm och Birgitta Sundström Dubbelmutation Projekt 12 och 13 Två st exjobb. Det finns ett antal varianter av TS1-218 som endast skiljer sig åt i en aminosyra. Dessutom finns det varianter av antigenet Keratin 8 och anti-idiotypen anti-ts1. De olika varianterna av TS1 ska kopplas till kulor som sedan får inkuberas tillsammans med fluorokrommärkta varianter av antingen Keratin 8 eller anti-ts1. Dessa kommer då i olika utsträckning att binda till de olika TS1-varianterna vilket kan analyseras m.h.a flödescytometri. Handledare Birgitta Sundström och Patrik Holm Cellpenetrerande peptider Projekt 14 och 15 Två st exjobb. Till den muterade varianten av TS1-218, HE1Q, ska det tillfogas någon cellpenetrerande peptid. Dessa peptider fungerar som adresslapp som tar in antikroppen intracellulärt i olika celler. HE1Q med en sådan peptid ska märkas med en fluorokrom och inkuberas med någon uppodlad cell. Processen och effekten ska följas med flödescytometri. Handledare Patrik Holm och Birgitta Sundström

7 Projekt 16 Analysera ett antal cytokiner (exempelvis IL-6, IL-8, IL-10, IL-12, VEGFA och TNFa) i medium från makrofager av M0, M1 och M2 typ som strålbehandlats, metod ELISA. Frågeställning, uttrycker olika makrofager olika cytokiner vid strålbehandling och varierar olika uttryck vid olika doser av strålning? Handledare Ann Erlandsson (Jonny Wijkander) Projekt 17 Behandla småcellig lungcancer (SCLC) med medium från humana makrofager och analysera deras somatostatin receptor typ 2 (SSTR2) mrna uttryck med real-tids PCR samt protein uttryck av SSTR2 med immunocytokemi Frågeställning SSTR2 receptorn används vid målsökande terapi av neuroendokrina tumörer, ändras uttrycket av denna receptors mrna vid närvaro av makrofagmedium av olika typ? Handledare Ann Erlandsson Projekt18. Behandla cancer celllinjer med ursprung i lunga med medium från humana makrofager och analysera deras uttryck av metalloproteinas 9 (MMP-9) mrna med real-tids PCR. Frågeställning, MMP-9 tros kunna påverka tumörers möjlighet att bland annat metastasera, ändras uttrycket av MMP-9 vid närvaro av makrofagmedium av olika typ? Handledare Ann Erlandsson Projket 19. Co-cultivera olika typer av makrofager med tre olika celltyper med ursprung i lunga (H69, A549 och BEAS-2B) Analysera ett antal cytokiner med ELISA (exempelvis IL-6, IL-8, IL-10, VEGFA och TNF ) i medium från dessa co-culturer. Frågeställning, påverkas uttrycket av dessa cytokiner då cellerna får växa tillsammans? Handledare Ann Erlandsson (jonny Wijkander)

8 Projekt 20. Analysera uttrycket av makrofagmarkörerna CD68 och CD163 i avkodade bröstbiopsier före och efter terapi med hjälp av immunohistokemi. Frågeställning, påverkar mängden CD68 och CD163 effekten av behandlingen? Projekt i samarbete med Patologen CSK Handledare Ann Erlandsson Projekt 21. Analys av CD68 och CD163 i bronchial carcinom Analyseras med IHC Handledare Tomas Seidal Patologen i Halmstad Projekt 22. Analys av matrix metalloproteinas 9 (MMP-9 ) och receptorn för Urokinas plasminogen aktivator (UPAR) i bronchial carcinom. Analys med IHC Handledare Tomas Seidal Patologen Halmstad Projekt 23. Aspirinutlöst astma. Betydelse av cell-cellinteraktion Arbetet är laborativt och innebär framrening av humana blodkroppar och inkubering med receptormedierade stimuli och acetylsalicylsyra. Handledare Susanne Thornhamre Projekt 24. Effekt av kråkbär (empertrum nigrum) Djävulsklo (Harpagophytum procumbens) samt extrakt från te och kakao på tillväxten av colon cancer cell linjen HT29 Handledare Ingrid Persson, Jonny Wijkander och Ann Erlandsson Projekt 25 Effekt av kråkbär (empertrum nigrum) Djävulsklo (Harpagophytum procumbens) samt extrakt från te och kakao på prostaglandin E2 bildning i humana moncyter och makrofager. Handledare Ingrid Persson, Jonny Wijkander och Ann Erlandsson Två projekt Metodjämförelse mellan Calmarks LD-test (hilda) och referensmetod på Klin. Kemi på CSK. Det är en bra och begränsad studie som laborativt kommer att pågå under 3veckor. Det finns bra handledning och ett färdigt studieprotokoll som bygger på CLSI riktlinjer. Studenterna får köra testerna och därefter (under handledning) räkna ut resultaten (regression, bland-altman plot etc) på materialet. Handledning: Calmark och Klin kemi (CSK) personal. Birgitta Sundström