Projektkatalog vt12 Examensarbete BML

Transkript

1 katalog vt12 Examensarbete BML 1. PAX-8. Ny antikropp med potentiell diagnostisk betydelse. Immunhistokemi. Patologen Halmstad. Tomas Seidal 2. Makrofagmarkörer i lymfom, lymfkörtlar och lymfo-histiocytära hudinfiltrat. MAC-387, CD68, CD163, Immunhistokemi. Patologen Halmstad. Tomas Seidal 3. CISH eller FISH. Jämförelser mellan två metoder för in-stu-hybridisering. Patologen Halmstad. Tomas Seidal 4. Hur påverkas immunkemiska metoder vid låga koncentrationer av saltkoncentration & glukos? Studentarbete vid Claratappen, Klinisk kemiska laboratoriet CSK Många utav de metoder som används inom Klinisk kemi, bygger på metoder med antikroppar i olika koncentrationer och spädningar. Det kan vara svårt att fastsälla den lägsta detektionsgränsen samt jämförbarheten mellan olika metoder. En av metoderna som har varit av stort intresse och ställt till problem då det medicinska ställningstagandet bygger på mätning av ämnet i låga koncentration i urin är U-Albumin. Att tillverka en albuminstandard och sedan späda den i lämpliga steg med olika mänger salt och glukos. Sedan analysera koncentration med olika metoder använda för detta ändamål. I arbetet går även att jämföra olika typer av statistiska mått för att fastställa eller avvisa eventuella skillnader mellan olika metoder. Avsaknaden av rutiner för jämförelse av dessa metoder är stor. Det ställer till stora problem vid exv byte av metoder. Jämförbarheten är svår och detta arbete skulle ge oss ett mångfasetterat redskap i denna situation. Läkare klinisk kemi Driftsansvariga/ingenjörer Klinisk kemi inom sektionerna Protein, Allmänkemi, Imunkemi

2 5. Mätning av fritt Hemoglobin Jämförelse mellan två metoder. Studentarbete vid Claratappen, Klinisk kemiska laboratoriet & Blodcentralen CSK På Blodcentralen så mäter vi fritt hemoglobin för att på detta sätt beräkna hemolysgraden i utdaterade blodpåsar. Det kan ibland också vara intressant vid vissa transfusions komplikationer att mäta fritt Hemoglobin både i blodpåsen och patienten. I dagsläget så använder vi en spektrofotometrisk metod på vårt kemiska laboratorium, vilken är omständlig och kräver manuellt arbete, vilket är speciellt besvärligt på kvällar & helger. Det på marknaden metoder att utföra denna analys på ett enklare sätt. Att starta upp och genomföra en jämförelse mellan vår rutinmetod vid Klinisk kemiska laboratoriet och HemoCue lågt Hb för att mäta fritt hemoglogin i både blodpåsar och patient plasma/serum. Frågeställningen är av stor praktiskt betydelse både för blodcentralen som lätt kan få ett värde på delen fritt hemoglobin i påse & patient både dag och obekväm arbetstid. Metoden frisätter även resurser på vårat kliniskt kemiska laboratorium, vilket gör att analysen även kan utföras jourtid., Med ansvarig Transfusionsmedicin Laila Arnqvist, Dirftsledare, Claratappen samt metodansvarig för komponenter. Driftsansvarig Klinisk kemi 6. Olikheter och skillnader mellan blodkomponenter på grund av framställningssätt Granskning och bearbetning av data från komponentkontroller. Studentarbete vid Claratappen & Blodcentralen CSK Vi har under många år samlat in data för våra produktkontroller. Efter att vi har samlat in detta så göra vi sammanställningar varje kavartal (det gäller hela laboratorie-medicin Värmland). Vi ser tydliga skillnader mellan olika metoder att framställa erytrocytkomponenter Sammanställa och se hur variablerna Hb innehåll, Vikt, EVF, mm varierar mellan olika metoder samt att belysa för respektive nackdelar med de olika framställningssätten

3 Frågeställningen är av stor praktiskt betydelse då vi i Värmland ökar produktionen av aferes komponenter och vi måste motivera varför? Med hårda data, Med ansvarig Transfusionsmedicin Laila Arnqvist, Dirftsledare, Claratappen samt metodansvarig för komponenter. 7. Utröna sambandet mellan Hemoglobin (Hb) och Erytrocyter volymfraktion (EVF) Hur hantera översättningen av dessa värden & föränderlighet. Studentarbete vid Claratappen, Klinisk kemiska laboratoriet & Blodcentralen CSK På Claratappen behöver vi för att ställa in viss utrustning kunna översätta Hb till EVF, framförallt på historiska data (dvs tidigare tappningar). I dagsläget så använder vi en översättningsfunktion som är utarbetad på 70-talet och som vi vet inte är exakt. Tyvärr så finns det ingen annan algoritm eller undersökning att följa (det är det bästa vi har) men vi är inte lyckliga över denna situation Att berabeta data insamlade från givare. Vi kommer att ta dessa prover (eller kanske göra det under arbetets gång). Vi kommer även att samla in mera data på dessa givare, både 1 gång men även konsekutiva data. Det kan tänkas att projektet kan svälla då denna typ av data är sällsynta och vi kommer att ta tillfället i akt att när vi nu måste ta prover på många givare, försöka att få svar på andra frågeställningar. Här kommer Studenten / erna att vara delaktiga. Således kan projektet delas. Planen är att för engångs provet ha c:a 200 givare och för en tidsstudie använda 20 givare (10 män 10 kvinnor) med provtagning 4-5 ggr. Frågorna som kommer att ställas är mycket relevanta för hur vi tar hand om våra givare för att de inte skall få problem själva och för att blodkomponenterna håller så bra kvalitet som möjligt., Med ansvarig Transfusionsmedicin Laila Arnqvist, Dirftsledare, Claratappen samt metodansvarig för komponenter. Driftsansvarig Klinisk kemi

4 8. Hållbarhet & analys i efterhand, vilka gränser skall användas? Studentarbete vid Kliniskt kemiska laboratoriet CSK Vi får ofta beställningar i efterhand, dvs ett rör har tagits för att analysera vissa analyter och ett patologiskt / icke patologiskt resultat föranleder frågan om andra analyter. Tidigare har undersökningar gjorts på hållbarheten av olika analyter i formen av C-uppsatser. Dessa undersökningar behöver nu kompletteras av olika anledningar. Dessa beställningar kan vara av stor betydelse för handläggningen, speciellt av inneliggande svårt sjuka patienter. Att göra en genomgång av tidigare gjorda arbete, bestämma hur dessa nivåer stämmer med vårt ackrediterings CV, och hur förhållande är enl Tonks formel. (Spridning i förhållande till referensvärdes gränser). I projektet ingår också att med hjälp av tillgängliga data, välja ut vilka analyter som är lämpligast att studera. Detta kräver motivering dels utifrån medicinska och analytiska grunder. Detta ämne har stor betydelse för att kunna ge maximal service utan att tumma på säkerheten i analyssvaren för analyterna. Arbetet kan generera märkbara konsekvenser för vården och laboratoriet., Lena Nordlund, Läkare Klinisk kemi CSK Monika Vikner, BMA, Metodansvarig Immunkemi Maria Löfgren, Ingenjör Allmän kemi 9. Studier av cyklooxygenas uttryck och prostaglandin frisättning I olika typer av makrofager Prostaglandiner spelar en viktig roll i olika inflammatoriska processer men det finns också klara indikationer på att de är involverade i tumörprogression. Prostaglandin frisättning kommer att analyseras i medier från M1 och M2 fenotyper av makrofager med ELISA. Cyklooxygenas 1 och 2 kommer att undersökas med westernblotting Jonny Wijkander

5 10. Studier av effekter av kemokinen CXCL9 på proliferationen av olika typer av cancer cell linjer Tumörvävnader är mycket ofta infilterade av marofager som påverkar proliferationen, metastaseringen av cancer cellerna samt kärlnybildning i tumören. Vi har resultat som visar på att konditionerade medier från vissa typer av makrofager påverkar proliferatioen av cancer cell linjer. Vad för molekyl/molekyler som påverkar cancer cellerna proliferation har vi ännu inte indetiferat. Cancer cell linjerna HT29 (colon cancer), H69 (lung cancer), BEAS (lung cancer) och A549 (virustransformerad lungepitel) kommer att behandlas med CXCL9 med eller utan konditionerade medier från makrofager och effekter på proliferationen att bestämmas med MTT assay och räkning av celler i Burkerkammare. Jonny Wijkander 11. Konstruktion av ett immunoenzym för behandling av carcinom. Den rekombinanata antikroppen scfv TS1-218 binder till carcinom. Den ska fuseras med enzymet glukuronidas (GUS) med bibehållen specificitet och enzymaktivitet. Detta nya protein skulle kunna leverera GUS specifikt till ett carcinom där GUS kan omvandla en relativt ofarlig prodrog till aktiv drog lokalt inne i tumören. et innefattar PCR, restriktionsklyvningar, ligering med T4-ligas samt uttryck av det nya rekombinanta proteiner i E Coli Patrik Holm 12. Kan inflammatoriska celler som makrofager stimulera de normala epitelcellerna BEAS-2B att producera mrna som kodar för proteiner involverade i transformation och tumörcellsbildning? BEAS-2B cellerna är normala virustransformerade epitelceller som är väldigt användbara då man vill studera tex hur ett ämne påverkar carcinogenes. BEAS-2B kommer att behandlas med konditionerat medium från olika typer av makrofager och vi kommer att screena effekten av denna behandling med arrayen Human Cancer PathwayFinder RT² Profiler som gör det möjligt att mäta uttrycket av 84 olika mrna som är inblandade i celltrasformation och tumörbildning. Efter screeningen i arrayen kommer vi att fokusera på några av generna och analysera dessa i mer detalj. Vi kan även komma att använda immunocytokemi och westernblott för att analysera proteinuttrycket. Ann Erlandsson

6 13 Kan inflammatoriska celler som makrofager stimulera den småcelliga lungcancer cell linjen NCI-H69 att producera mrna som kodar för proteiner involverade i metastasering? Småcellig lung cancer (SCLC) är en aggressiv tumör sjukdom som ofta metastaserar. Cell linjen NCI-H69 är isolerad från en patients lunga, cellerna växer i suspension i flytande aggregat men behåller sin småcelliga carcinom morfologi. NCI-H69 cell linjen kommer att behandlas med konditioneradt medium från olika typer av makrofager och vi kommer att screena effekten av denna behandling med The Human Tumor Metastasis RT² Profiler array som gör det möjligt att mäta uttrycket av 84 olika mrna som är inblandade i celladhesion, modullering av extracellulärt matrix, cellcykel reglering, celltillväxt, apoptos och metastasering. Efter screeningen i arrayen kommer vi att fokusera på några av generna och analysera dessa i mer detalj. Vi kan även komma att använda immunocytokemi och westernblott för att analysera proteinuttrycket. Ann Erlandsson 14.Påverkas olika typer av makrofager olika av lågdosstrålning (0,5-7,5Gy) och vad blir effekten då man lågdosstrålar olika makrofager odlade i co-kultur med olika typer av tumörceller? Strålning kan aktivera makrofager att inducera en kraftig inflammatorisk respons i vävnaden som kan leda till negativa sidoeffekter som exempelvis pneumoni och fibros. Fler studier måste göras för att ta reda på om olika typer av makrofager påverkas olika av strålning. Fler studier måste också göras för att se hur co-kulturer av olika typer av makrofager och tumorceller påverkas av strålning. Effekten av strålningen kommer att studeras genom att beräkna antalet levande och döda celler, genom immunocytokemi, LDH assay och eventuellt kvantifiering av valda mrna yttryck. Ann Erlandsson 15. Immuncytokemisk analys av markörer för olika typer av human makrofager. et omfattar att sätta upp metod för immuncytokemisk analys av CD80 och CD163 som markörer för M1 respektive M2 fenotypen av makrofager. En jämförelse med immuncytokemisk analys i Dakos Autostainer Link 48 instrument kommer att göras.. Jonny Wijkander (Ann Erlandsson)

7 Val av projekt för examensarbete i Biomedicinsk laboratorievetenskap 15 hp Vt 12 Gör ett 1:a, 2:a och 3:e handsval av projekt och lämna in till Jonny (postfack 9D300 korridoren) senast den 2 mars Jag kommer att försöka tillmötesgå allas önskemål men detta kan inte garanteras. 1:a handsval. nr. 2:a handsval. nr. 3:e handsval. nr Namn:..