Elektron-absorbtionspektroskopi för biomolekyler i UV-VIS-området

Storlek: px
Starta visningen från sidan:

Download "Elektron-absorbtionspektroskopi för biomolekyler i UV-VIS-området"

Transkript

1 Elektron-absorbtionspektroskopi för biomolekyler i UV-VIS-området Principer Koncentrationsmätning Detektion Kromoforer, kolorimetriska assays DNA Komparativ analys Proteinrening Jonbindning

2 Peptidgruppens absorbans π π* ε max 7000 n π* ε max 100

3 För proteiner: störst absorbans i regionen nm

4 Vad absorberar mer i UV hos ett protein? Trp Tyr Phe ε*10-4 för Trp: 0.5 / 280nm; Tyr: 0.1 / 280nm; Phe:0.01 / 260nm Flera aminosyrors sidokedjor absorberar < 230 nm, t ex Asp, Glu, Asn, Gln, Arg, His, men med mycket mindre ε vilket gör detektionen svår.

5 Empiriskt: Beer-Lamberts lag Andelen absorberat ljus är proportionell mot antalet absorberande molekyler -di/i = C ε dl Integrera: Med 10 som bas: ln (I 0 /I) = C ε l A (λ) = C ε (λ) l Maximal absorbtion: ε = 10 5 M -1 cm -1 (härledning i kompendiet) För en stark absorbent: ε = 10 4 M -1 cm -1 dvs 10% av allt ljus absorberas

6 Koncentrationsmätning A (λ) = ε (λ) l c Bestämning av ε : görs vanligen vid 280 nm, då beror detta främst av antalet Trp, Tyr, Phe OBS: strukturberoende! ph-beroende! HUR GÖRA?

7 Teoretisk uppskattning av extinktionskoefficienter Det är möjligt att få en god uppskattning av den molära extinktionskoefficienten från aminosyrasammansättningen vidph 6.5, 6.0 M guanidium hydrochlorid, 0.02 M fosfatbuffer, och våglängder >260 nm om proteinet innehåller tyrosin, tryptofan och/eller cystine (S-S) (cystein absorberar dåligt >260 nm) Följande ekvation används: ε(prot) = #(Tyr)* ε(tyr) + #(Trp)* ε(trp) + #(Cys)* ε(cys) Gill S.C., von Hippel P.H. "Calculation of protein extinction coefficients from amino acid sequence data." Anal. Biochem. 182: (1989).

8 MPVSASLACK NYDYDYDSIQ PYFYFDNDDFYHHQQGQT QPSAPSEDIW KKFELLPTPP LSPSRRQSLS TAEQLEMVSE FLGDDVVSQS FICDDADYSQ SFIKSIIIQD CMWSGFSAAA Number of amino acids: 120 Molecular weight: Theoretical pi: 4.01 Extinction coefficients: Extinction coefficients are in units of M -1 cm -1, at 280 nm. Ext. coefficient Abs 0.1% (=1 g/l) 1.575, assuming ALL Cys residues appear as half cystines Ext. coefficient Abs 0.1% (=1 g/l) 1.565, assuming NO Cys residues appear as half cystines Om utan W (2 st): Ext. coefficient Om utan W,Y (7 st): Ext. coefficient 1615 : 8 F inte tillräckligt!

9 Procedur för experimentell bestämning av extinktionskoefficienten: Fördelar / Nackdelar!

10 Kromoforer prostetiska grupper

11 ε*10-4 för Trp: 0.5 / 280nm; Tyr: 0.1 / 280nm; Phe:0.01 / 260nm

12 Kromoforer kan utnyttjas för att bestämma koncentrationen av biomolekyler - Specifik bindning till vissa strukturer / aminosyror - Mindre specifik bindning: massa, hydrofobicitet etc - ofta kolorimetrisk: ger en färg eller färgändring Kalibreringskurvor krävs! - Protein som liknar det analyserade

13 Analytiska assays använder ofta kromoforer: Lätt att analysera Enkel spektroskopi Billigt Kan automatiseras

14 Enkla analyser på papper/sticka

15 Lowrys metod och BCA-metoden Lowry: En molybdenförening reduceras (detektion vid 660 nm) genom koppar-katalyserad oxidation av aromater Används idag främst för analytisk bestämning av fenolhalter i livsmedel (t ex vin) Detektionsgräns 10 mikrogram protein / ml BCA: Cu2+ reduceras till Cu+ genom reaktion med peptidbindningar, Cu+ reagerar med BCA => absorbans vid 562 nm; detektionsgräns 0.5 mikrogram protein /ml

16 Bradfords metod Coomassie Brilliant Blue G-250 Absorbtionsspektrumet förändras vid inbindning till protein + Enkelt att använda, icke-toxiska reagens - Detektionsgräns 20 ug/ml - Beroende av att proteinet innehåller Arg eller Lys

17 Enzymatiska assays för detektion

18 Enzymkinetik: diagnostisk enzymologi Förutsättningar: allt i överskott utom det analyserade enzymet (PFK i detta fall)

19 Differens-spektra Buffertsubtraktion dra bort ursprungstillståndet för att se förändringen

20 Subtraktion av referensprov i spektrofotometern : dubbelstråleinstrumentet

21 Detektion upprening, isolering: känsligt! snabbt! tydligt! men kompletterande analys behövs oftast

22 Vad kan det vara för fördel/nackdel att detektera vid 220 nm?

23 Geldetektion

24 DNA: Nukleinsyrors absorbtion Varför varierar absorbansen med ph? Vid vilken våglängd är det klokt att analysera DNA-koncentration? Är det en känslig assay?

25 Konformationsberoende: duplex single strand Vilket är Enzymic digest och vilket är Native DNA?

26 DNA detekteras i UV med interkalerad EtBr

27 Komparativ analys: substansidentifiering

28 Bindningsanalyser: mätning av binding av cancerinhibitor till RNA

29 Jonbindning - zinkfingrar Med konkurrerande kromofor (i e BAPTA) Med Co 2+ istället för Zn 2+

30 Summering!

Lite basalt om enzymer

Lite basalt om enzymer Enzymer: reaktioner, kinetik och inhibering Biokatalysatorer Reaktion: substrat omvandlas till produkt(er) Påverkar reaktionen så att jämvikten ställer in sig snabbare, dvs hastigheten ökar Reaktionen

Läs mer

VI-1. Proteiner VI. PROTEINER. Källor: - L. Stryer, Biochemistry, 3 rd Ed., Freeman, New York, 1988.

VI-1. Proteiner VI. PROTEINER. Källor: - L. Stryer, Biochemistry, 3 rd Ed., Freeman, New York, 1988. Proteiner VI. PTEINE VI-1 Källor: - L. Stryer, Biochemistry, 3 rd Ed., Freeman, New York, 1988. VI-2 Molekylmodellering VI.1. Aminosyra En aminosyra (rättare: α-aminosyra) har strukturen som visas i figur

Läs mer

Protein en livsviktig byggsten

Protein en livsviktig byggsten Protein en livsviktig byggsten Ingvar Bosaeus Enheten för klinisk nutrition Sahlgrenska universitetssjukhuset Göteborg KSLA 2015-02-19 Aminosyra Alpha Amino- grupp Fredrik Bertz Karboxyl- grupp 20 aa

Läs mer

Föreläsning 17. Karbonylkolets kemi II Kapitel 17 F17

Föreläsning 17. Karbonylkolets kemi II Kapitel 17 F17 Föreläsning 17 Karbonylkolets kemi II Kapitel 17 1) Introduktion 2) Addition av starka nukleofiler 3) Estrar 4) Amider 5) Nitriler 6) Syraklorider 7) Praktisk användning 1. Introduktion Aldehyder och ketoner

Läs mer

Laboration Enzymer. Labföreläsning. Introduktion, enzymer. Kinetik. Första ordningens kinetik. Michaelis-Menten-kinetik

Laboration Enzymer. Labföreläsning. Introduktion, enzymer. Kinetik. Första ordningens kinetik. Michaelis-Menten-kinetik Labföreläsning Maria Svärd maria.svard@ki.se Molekylär Strukturbiologi, MBB, KI Introduktion, er och kinetik Första ordningens kinetik Michaelis-Menten-kinetik K M, v max och k cat Lineweaver-Burk-plot

Läs mer

Föreläsning 5. Stereokemi Kapitel 6

Föreläsning 5. Stereokemi Kapitel 6 Föreläsning 5 Stereokemi Kapitel 6 1) Introduktion 2) Definition av begrepp 3) Stereokemi i verkligheten 4) Nomenklatur 5) Flera stereocenter 6) Ringsystem 7) Kirala molekyler utan stereocentra 1. Introduktion

Läs mer

Glukosdehydrogenas. Laktos och Galaktos. Enzymatisk bestämning i livsmedel

Glukosdehydrogenas. Laktos och Galaktos. Enzymatisk bestämning i livsmedel Glukosdehydrogenas Laktos och Ga. Enzymatisk bestämning i livsmedel Innehållsförteckning 1. Ändamål och Användningsområde...1 2. Princip...1 3. Reagens...1 3.1 Citratbuffert...1 3.2 NAD-Citratbuffert...2

Läs mer

SPEKTROFOTOMETRISK BESTÄMNING AV KOPPARHALTEN I MÄSSING

SPEKTROFOTOMETRISK BESTÄMNING AV KOPPARHALTEN I MÄSSING 1 SPEKTROFOTOMETRISK BESTÄMNING AV KOPPARHALTEN I MÄSSING Spektrofotometri som analysmetod Spektrofotometrin är en fysikalisk-kemisk analysmetod där man mäter en fysikalisk storhet, ljusabsorbansen, i

Läs mer

Uppsala Universitet Institutionen för fotokemi och molekylärvetenskap EG 2008-09-08 FH 2009-08-18. Konjugerade molekyler

Uppsala Universitet Institutionen för fotokemi och molekylärvetenskap EG 2008-09-08 FH 2009-08-18. Konjugerade molekyler Uppsala Universitet Institutionen för fotokemi och molekylärvetenskap EG 2008-09-08 FH 2009-08-18 Konjugerade molekyler Introduktion Syftet med den här laborationen är att studera hur ljus och materia

Läs mer

Isolering och rening av proteinet tiopurinmetyltransferas

Isolering och rening av proteinet tiopurinmetyltransferas Isolering och rening av proteinet tiopurinmetyltransferas Inledning och syfte Proteinet tiopurinmetyltransferas (TPMT) är ett humant enzym vars naturliga funktion ännu är okänd. Proteinet katalyserar överföring

Läs mer

Jonbyteskromatografi

Jonbyteskromatografi Jonbyteskromatografi Den mest frekvent använda proteinreningsmetoden Bygger på laddad interaktion mellan målproteinet i lösning och en fast matris. Beroende av:! Lösningens ph! Målproteinet och kontaminanternas

Läs mer

Preparation och spektroskopisk karakterisering av Myoglobin

Preparation och spektroskopisk karakterisering av Myoglobin Datum på laborationen: 2010-11-16 Handledare: Alexander Engström Preparation och spektroskopisk karakterisering av Myoglobin Namn/Laborant: Jacob Blomkvist Medlaborant: Emmi Lindgren Antonia Alfredsson

Läs mer

Bestämning av fluoridhalt i tandkräm

Bestämning av fluoridhalt i tandkräm Bestämning av fluoridhalt i tandkräm Laborationsrapport Ida Henriksson, Simon Pedersen, Carl-Johan Pålsson 2012-10-15 Analytisk Kemi, KAM010, HT 2012 Handledare Carina Olsson Institutionen för Kemi och

Läs mer

Felveckning och denaturering av proteiner. Niklas Dahrén

Felveckning och denaturering av proteiner. Niklas Dahrén Felveckning och denaturering av proteiner Niklas Dahrén Felveckning av proteiner Strukturen är helt avgörande för proteinets funktion ü E# protein är helt beroende av sin struktur för a& kunna fullgöra

Läs mer

BASÅRET KEMI B BIOKEMI VT 2012. PROTEINER OCH ENZYMER 174-190 (sid. 140-156)

BASÅRET KEMI B BIOKEMI VT 2012. PROTEINER OCH ENZYMER 174-190 (sid. 140-156) BASÅRET KEMI B BIOKEMI PROTEINER OCH ENZYMER 174-190 (sid. 140-156) Hur lätt blir det fel i strukturen? ganska stora skillnader i sekvens - ganska lika strukturer proteinerna är bara identiska i 27 av

Läs mer

Biokemisk Analys och Separationsteknik

Biokemisk Analys och Separationsteknik Biokemisk Analys och Separationsteknik Human Protein Atlas Proteinlokalisation i human vävnad Förarbete Produktion och kvalitetskontroll av detektionsreagens - I detta fall antikroppar Biokemisk Analys

Läs mer

Rening, inmärkning och användning av ett målprotein

Rening, inmärkning och användning av ett målprotein Rening, inmärkning och användning av ett målprotein Protein A / Fc co-crystal complex Protein A domain Antibody Protein A binding Protein A domain CH 3 CH 2 Deisenhofer 1981 Upplägg av labben Framtagning

Läs mer

Proteiner 2012-10-22. Äggvitan består av proteinet ovalbumin. Farmaceutisk biokemi. Insulin är ett proteinhormon. Gly. Arg. Met. Cys. His. Gly.

Proteiner 2012-10-22. Äggvitan består av proteinet ovalbumin. Farmaceutisk biokemi. Insulin är ett proteinhormon. Gly. Arg. Met. Cys. His. Gly. Proteiner Farmaceutisk biokemi Gly Arg His Ala Lys His Met Gly Asn Pro Cys Phe Lys Maria Norlin Kjell Wikvall Insulin är ett proteinhormon Äggvitan består av proteinet ovalbumin Image: Simon Howden / FreeDigitalPhotos.net

Läs mer

Downstream Processing

Downstream Processing Downstream Processing 4 huvudsteg i ett reningsförfarande 1. Förfraktionering Avlägsna fasta partiklar, ex celldebris. Sker via centrifugering, filtrering, sedimentering, flockulering Ställa in ph, jonstyrka.

Läs mer

Föreläsning 21. Sammanfattning F21. 1) Introduktion 2) Upprening 3) Karaktärisering. 4) Beräkningskemi 5) Mer organisk kemi 6) Forskning

Föreläsning 21. Sammanfattning F21. 1) Introduktion 2) Upprening 3) Karaktärisering. 4) Beräkningskemi 5) Mer organisk kemi 6) Forskning Föreläsning 21 Sammanfattning 1) Introduktion 2) Upprening 3) Karaktärisering A) Fysikaliska data B) Sammansättning C) Spektroskopiska metoder 4) Beräkningskemi 5) Mer organisk kemi 6) Forskning 1. Introduktion

Läs mer

Arbete A3 Bestämning av syrakoefficienten för metylrött

Arbete A3 Bestämning av syrakoefficienten för metylrött Arbete A3 Bestämning av syrakoefficienten för metylrött 1. INLEDNING Elektromagnetisk strålning, t.ex. ljus, kan växelverka med materia på många olika sätt. Ljuset kan spridas, reflekteras, brytas, passera

Läs mer

Tentamen i tema Reproduktion/Utveckling Läkarprogrammet, T2, 2015-02-27, kl 8.15-12.15. Instruktioner

Tentamen i tema Reproduktion/Utveckling Läkarprogrammet, T2, 2015-02-27, kl 8.15-12.15. Instruktioner Tentamen i tema Reproduktion/Utveckling Läkarprogrammet, T2, 2015-02-27, kl 8.15-12.15 Instruktioner 1) Skriv din kod längst upp till höger på SAMTLIGA papper i detta häfte samt på eventuella extrablad

Läs mer

1. a) Markera polära och icke-polära delar i nedanstående molekyl. Vilken typ av ämne är det, och vad heter molekylen? (2p)

1. a) Markera polära och icke-polära delar i nedanstående molekyl. Vilken typ av ämne är det, och vad heter molekylen? (2p) Tentamen med svarsmallar Biokemi BI0968, 8:e jan 2009, 09 15-14 00. Max poäng = 100 p. Slutliga gränser: 3 = 50%; 4 = 70%; 5 = 82%. 1. a) Markera polära och icke-polära delar i nedanstående molekyl. Vilken

Läs mer

Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR

Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR Avdelningen för kemi och biomedicin Karlstads universitet Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR Frågeställning: Vattenlednings system med tillväxt av Legionella pneumophilia

Läs mer

Proteinsyntesen. Anders Liljas Biokemi och strukturbiologi Lunds universitet

Proteinsyntesen. Anders Liljas Biokemi och strukturbiologi Lunds universitet Proteinsyntesen Anders Liljas Biokemi och strukturbiologi Lunds universitet Ett fundament i proteinsyntesen är strukturen av nukleinsyror. F. Crick, J. Watson & Wilkins Nobelpris i medicin 1962 Wikipedia

Läs mer

BASÅRET KEMI B BIOKEMI VT 2012

BASÅRET KEMI B BIOKEMI VT 2012 BASÅRET KEMI B BIOKEMI IngMarie Nilsson Biokemi och biofysik Plan 4 Rum 425 Tel. nr: 08-162728 E-post: ingmarie@dbb.su.se LABBAR Lab 11. Amylas lab Rum: K232/242 Huvudansvarig: Gabriela Danielsson Grupp

Läs mer

Övningstentafrågor i Biokemi, Basåret VT 2012

Övningstentafrågor i Biokemi, Basåret VT 2012 Övningstentafrågor i Biokemi, Basåret VT 2012 1. Förklara kortfattat följande ord/begrepp. (4p) - gen - genom - proteom - mutation - kofaktor - prostetisk grupp - ATP - replikation Celler: 2. Rita en eukaryot

Läs mer

UTTAGNING TILL KEMIOLYMPIADEN 2006

UTTAGNING TILL KEMIOLYMPIADEN 2006 UTTAGNING TILL KEMIOLYMPIADEN 2006 TEORETISKT PROV 2006-03-15 Provet omfattar 6 uppgifter, till vilka du ska ge fullständiga lösningar, om inte annat anges. Konstanter som inte ges i problemtexten, hämtas

Läs mer

BASÅRET KEMI B BIOKEMI VT 2012. METABOLISM 224-249 (sid. 192-219)

BASÅRET KEMI B BIOKEMI VT 2012. METABOLISM 224-249 (sid. 192-219) BASÅRET KEMI B BIOKEMI METABOLISM 224-249 (sid. 192-219) Glukos har en central roll i metabolismen ett universalt bränsle för många olika organismer Protein Många vävnader är nästan helt beroende av glukos

Läs mer

Immunteknologi, en introduktion. Hur man använder antikroppar för att mäta eller detektera biologiska händelser.

Immunteknologi, en introduktion. Hur man använder antikroppar för att mäta eller detektera biologiska händelser. Immunteknologi, en introduktion Hur man använder antikroppar för att mäta eller detektera biologiska händelser. Antikroppar genereras av b-lymphocyter, som är en del av de vita blodkropparna Varje ursprunglig

Läs mer

Proteinstruktur samt Hemoglobin

Proteinstruktur samt Hemoglobin Proteinstruktur samt Hemoglobin Biochemistry Kapitel 2 Kapitel 3 Structure and Function of the Human Body Kapitel 12 Proteinstrukturer Primärstruktur - ordningen på aminosyrorna (peptidbindningen) Sekundärstruktur

Läs mer

Syra/bas och Energi Kurskod 1BA001

Syra/bas och Energi Kurskod 1BA001 Institutionen för Laboratoriemedicin Biomedicinsk analytikerutbildningen Termin 2 Syra/bas och Energi Kurskod 1BA001 Laboration: Reduktion av pyruvat med NADH Ulla Andersson Ulla.K.Andersson@ki.se 1 Arbetsplan

Läs mer

Biologisk enfald. enheten i mångfalden. Anders Liljas Biokemi och Strukturbiologi

Biologisk enfald. enheten i mångfalden. Anders Liljas Biokemi och Strukturbiologi Biologisk enfald enheten i mångfalden Anders Liljas Biokemi och Strukturbiologi Naturen har en enorm mångfald av livsformer. I luften, på land och i vattnet Charles Darwin (1809-1882) Darwin studerade

Läs mer

COMPARATIVE STUDY OF HYDROLYSIS PERFORMED WITH MODERN MICROWAVE TECHNIQUE AND THE TRADITIONAL METHOD

COMPARATIVE STUDY OF HYDROLYSIS PERFORMED WITH MODERN MICROWAVE TECHNIQUE AND THE TRADITIONAL METHOD Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi Biomedicinska analytikerprogrammet Examensarbete, 15 hp COMPARATIVE STUDY OF HYDROLYSIS PERFORMED WITH MODERN MICROWAVE TECHNIQUE AND THE TRADITIONAL

Läs mer

dess energi ökar (S blir mer instabilt) TS sker tidigare i reaktionen strukturen på TS blir mer lik S (2p).

dess energi ökar (S blir mer instabilt) TS sker tidigare i reaktionen strukturen på TS blir mer lik S (2p). Dugga 1 TFE44 2012 1. Vad innebär the Hammond postulate - om det finns ett instabilt intermediat under reaktionen, kommer transition state att likna strukturen av intermediatet (1p). Vad menas med the

Läs mer

Introduktion till laboration Biokemi 1

Introduktion till laboration Biokemi 1 Introduktion till laboration Biokemi 1 Annica Blissing IFM Biochemistry Upplägg Laborationen sträcker sig över flera tillfällen Isolering, gelfiltrering, absorbansmätning och påvisande av sulfat Provberedning,

Läs mer

NUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra

NUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra NUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra Monomererna som bygger upp nukleinsyrorna kallas NUKLEOTIDER. En nukleotid består av tre delar: en kvävebas

Läs mer

BIMA12/13 ht 2012, Introduktionslab. 1. Teoretisk introduktion till laborativt arbete

BIMA12/13 ht 2012, Introduktionslab. 1. Teoretisk introduktion till laborativt arbete BIMA12/13 ht 2012, Introduktionslab Innehåll: 1. Teoretisk introduktion till laborativt arbete 2. Praktisk labintroduktion 3. Labrapport 4. Bilaga: Kemiska hälsorisker i dagens laborativa arbete inom området

Läs mer

Biologi 2. Cellbiologi

Biologi 2. Cellbiologi Biologi 2 Cellbiologi Frågor man kan besvara efter att ha läst cellbiologi Varför blir huden skrynklig om man ligger länge i badkaret? Varför dör man av syrebrist? Hur fäster celler till varandra i kroppen?

Läs mer

2014-08-29. Analysmetoder. Detta pass: Gaskromatografi (GC)

2014-08-29. Analysmetoder. Detta pass: Gaskromatografi (GC) Analysmetoder Michael Pettersson michael.pettersson@swedgeo.se, 08-578 455 10 Utbildningsdag Oljeföroreningar 2014-09-03 2014- Detta pass: Olika analysmetoder för petroleumkolväten Fördelar och nackdelar

Läs mer

För godkänt resultat krävs 20 p och för väl godkänt krävs 30 p. Max poäng är 40 p

För godkänt resultat krävs 20 p och för väl godkänt krävs 30 p. Max poäng är 40 p Tentamen i kemi för Basåret, OKEOOl :2 den 20 april 2012 Skrivtid: 8.00-1300 Plats. 8132 Hjälpmedel: Räknare och tabell För godkänt resultat krävs 20 p och för väl godkänt krävs 30 p. Max poäng är 40 p

Läs mer

Datum 131018 Skrivtid 4 tim. Charlotte Sahlberg Bang

Datum 131018 Skrivtid 4 tim. Charlotte Sahlberg Bang Örebro universitet Institutionen för hälsovetenskap och medicin Enheten klinisk medicin Tentamen Kursens namn: BMLV A, Biomedicinsk laboratoriemetodik Kurskod: BL 1015 Kursansvarig: Siw Lunander Datum

Läs mer

Transkription och translation = Översättning av bassekvensen till aminosyrasekvens

Transkription och translation = Översättning av bassekvensen till aminosyrasekvens Transkription och translation = Översättning av bassekvensen till aminosyrasekvens OBS! Grova drag för prokaryota system! Mycket mer komplicerat i eukaryota system! RNA: Tre huvudtyper: trna transfer RNA

Läs mer

Rening av proteiner: hur och varför?

Rening av proteiner: hur och varför? Rening av proteiner: hur och varför? (och lite biologiska grunder) Joakim Norbeck! norbeck@chalmers.se! Grunder! Plasmider! Protein-rening! Detektion!!!!! Mest relevanta sidor i "Cell" är 510-518 & 532-552!

Läs mer

Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen

Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen DNA RNA Protein Biochemistry, kapitel 1 5 samt kapitel 29 31. Kapitel 2 5 samt 29 31 berörs även i kommande föreläsningar. ph, kapitel 1, gås igenom i separata

Läs mer

Proteinstruktur och Hemoglobin

Proteinstruktur och Hemoglobin Proteinstruktur och Hemoglobin Biochemistry Kapitel 2 och 3 Structure and Function of the Human Body Kapitel 12 Proteinstrukturer Primärstruktur - ordningen på aminosyrorna (peptidbindningen) Sekundärstruktur

Läs mer

Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen

Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen DNA RNA Protein Biochemistry, kapitel 1 5 samt kapitel 29 31. Kapitel 2 5 samt 29 31 berörs även i kommande föreläsningar. Transkription och translation Informationsflödet

Läs mer

Baljväxtakademin. Lund 18 april 2012. Nutritionist Ulla Johansson www.idunmatochnaringskonsult.se

Baljväxtakademin. Lund 18 april 2012. Nutritionist Ulla Johansson www.idunmatochnaringskonsult.se Baljväxtakademin Lund 18 april 2012 Nutritionist Ulla Johansson www.idunmatochnaringskonsult.se Baljväxter, värda sin vikt i guld? Johannesbrödsträdets grekiska namn keration har gett namn åt måttet carat,

Läs mer

Sammanställning över alternativ till etidiumbromid

Sammanställning över alternativ till etidiumbromid 1 (6) Sammanställning över alternativ till etidiumbromid I nedanstående tabeller har leverantörerna VWR, Invitrogen och Sigma-Aldrich lämnat uppgifter om produkter/n de saluför som alternativ till etidiumbromid.

Läs mer

KEMA02 Oorganisk kemi grundkurs F4

KEMA02 Oorganisk kemi grundkurs F4 KEMA02 Oorganisk kemi grundkurs F4 Jämvikt i lösning Atkins & Jones kap 11.17 11.19 & 12.1 12.7 Översikt kap 11.17 11.19 & 12.1 12.7 Fördelningsdiagram ph i utspädda lösningar Blandade lösningar och buffertar

Läs mer

Riskbedömning Coomassie-infärgning av gel

Riskbedömning Coomassie-infärgning av gel Sida 1( 5) Riskbedömning Coomassie-infärgning av gel Utförd 2014-09-15 Av Charlotte Welinder på Bo Baldetorps grupp. Andrad senast 2014-09-19 Av Lars Ekblad Slutlig bedömning av hela metoden 1. Acceptabel

Läs mer

Tentamen i Kemi för miljö- och hälsoskyddsområdet: Allmän kemi och jämviktslära

Tentamen i Kemi för miljö- och hälsoskyddsområdet: Allmän kemi och jämviktslära Umeå Universitet Kodnummer... Allmän kemi för miljö- och hälsoskyddsområdet Lärare: Olle Nygren och Roger Lindahl Tentamen i Kemi för miljö- och hälsoskyddsområdet: Allmän kemi och jämviktslära 29 november

Läs mer

Sluttentamen Biokemi KE7001p3, 15:e mars 2007, 09 15-15 00 Max poäng = 76 p. Slutlig gräns för godkänd = 36 p (47 %).

Sluttentamen Biokemi KE7001p3, 15:e mars 2007, 09 15-15 00 Max poäng = 76 p. Slutlig gräns för godkänd = 36 p (47 %). Sluttentamen Biokemi KE7001p3, 15:e mars 2007, 09 15-15 00 Max poäng = 76 p. Slutlig gräns för godkänd = 36 p (47 %). Öppna inte kuvertet förrän klartecken ges och allt lagts undan, utom tillåtna hjälpmedel

Läs mer

Laboration Enzymer. Maria Svärd maria.svard@ki.se Molekylär Strukturbiologi, MBB, KI

Laboration Enzymer. Maria Svärd maria.svard@ki.se Molekylär Strukturbiologi, MBB, KI Maria Svärd maria.svard@ki.se Molekylär Strukturbiologi, MBB, KI Labföreläsning Introduktion - enzymer och kinetik Första ordningens kinetik Michaelis-Menten-kinetik K M, v max och k cat Lineweaver-Burk-plot

Läs mer

Ke2. Proteiner. Pär Leijonhufvud. Förstå proteinernas och aminosyrornas kemi och betydelse i levande organismer (och samhället) (alanin)

Ke2. Proteiner. Pär Leijonhufvud. Förstå proteinernas och aminosyrornas kemi och betydelse i levande organismer (och samhället) (alanin) Ke2 Proteiner Pär Leijonhufvud CC $\ BY: 26 februari 2014 C Kurs: Ke2, Åre gymnasium VT 2014 Ämne/område: Proteiner Mål: Förstå proteinernas och aminosyrornas kemi och betydelse i levande organismer (och

Läs mer

30. Undersökning av aminosyror i surkål

30. Undersökning av aminosyror i surkål 30. Undersökning av aminosyror i surkål VAD GÅR LABORATIONEN UT PÅ? Du ska l ära dig tekniken vid tunnskiktskromatografi, TLC undersöka vad som händer med proteinerna och polysackariderna vid mjölksyrajäsning

Läs mer

Uttryck av kloratreduktas och kloritdismutas i Ideonella dechloratans odlade i aerob miljö med tillsatt klorat

Uttryck av kloratreduktas och kloritdismutas i Ideonella dechloratans odlade i aerob miljö med tillsatt klorat Karlstads Universitet Fakulteten för teknik- och naturvetenskap Avdelningen för kemi Uttryck av kloratreduktas och kloritdismutas i Ideonella dechloratans odlade i aerob miljö med tillsatt klorat Laboranter

Läs mer

TENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik

TENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik TENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik 2013-01-15 em (V-salar) Totalt 60 poäng (Frågor 1-8: Joakim Norbeck, totalt 45 poäng; Frågor 9-12: Lisbeth Olsson, totalt 15 poäng). Betygsgränser: 30-38.5 poäng

Läs mer

Transkription och translation. DNA RNA Protein. Introduktion till biomedicin 2010-09-13. Jan-Olov Höög 1

Transkription och translation. DNA RNA Protein. Introduktion till biomedicin 2010-09-13. Jan-Olov Höög 1 Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen DNA RNA Protein Biochemistry, kapitel 1 (delvis), kapitel 2 (ingående) samt kapitel 3 (delvis, kommer att behandlas mer) Transkription och translation Informationsflödet

Läs mer

Övningar Stökiometri och Gaslagen

Övningar Stökiometri och Gaslagen Övningar Stökiometri och Gaslagen 1 1 På baksidan av ett paket med Liljeholmens Stearinljus står berättat att Lars Johan Hierta, grundaren av Aftonbladet, i London år 1837 kom i kontakt med ett nytt ljus,

Läs mer

Expression, produktion och rening av Fatty acid binding protein (FABP) från ökenmyran Cataglyphis fortis

Expression, produktion och rening av Fatty acid binding protein (FABP) från ökenmyran Cataglyphis fortis UNIVERSITETET I LINKÖPING Proteinkemi Kemiavdelningen 2011-02-04 Expression, produktion och rening av Fatty acid binding protein (FABP) från ökenmyran Cataglyphis fortis Produktion av FABP i E. coli bakterier

Läs mer

Intermolekylära krafter

Intermolekylära krafter Intermolekylära krafter Medicinsk Teknik KTH Biologisk kemi Vt 2012 Märit Karls Intermolekylära attraktioner Mål 5-6 i kap 5, 1 och 5! i kap 8, 1 i kap 9 Intermolekylära krafter Varför är is hårt? Varför

Läs mer

Kromatografi. Kromatografi

Kromatografi. Kromatografi Kromatografi Tekniker för att Rena Ex. inför vidare studier, terapeutisk användning etc. Fraktionera Ex. inför vidare analys, Depletion av HAPs från plasma inför 2D-gel (max-kapacitet

Läs mer

Kyvett-test LCK 320 Järn 2+/3+

Kyvett-test LCK 320 Järn 2+/3+ OBS! NYTT Aktuellt utgivningsdatum finns i Arbetsgång resp.. Kyvett-test /3+ Princip Järn(II)-joner bildar med 1.10-fenantrolin ett rödgult färgkomplex som mäts i fotometer. Järn(III)-joner reduceras till

Läs mer

Institutionen för laboratoriemedicin Bilaga 2 Biomedicinska analytikerprogrammet Analytisk Kemi och Biokemisk metodik Ht 2010, Termin 3

Institutionen för laboratoriemedicin Bilaga 2 Biomedicinska analytikerprogrammet Analytisk Kemi och Biokemisk metodik Ht 2010, Termin 3 Institutionen för laboratoriemedicin Bilaga 2 Biomedicinska analytikerprogrammet Analytisk Kemi och Biokemisk metodik Ht 2010, Termin 3 Laborationsdatum: 17 22 november 2010 Grupp: 2 Projekt: Rening och

Läs mer

TENTAMEN KEMISK MÄTTEKNIK (KD1190/1110), 2011-01-10

TENTAMEN KEMISK MÄTTEKNIK (KD1190/1110), 2011-01-10 TENTAMEN KEMISK MÄTTEKNIK (KD1190/1110), 2011-01-10 OBS! Använd ett ark per uppgift. Skriv namn på varje ark. OBS! För varje uppgift anges maximalt antal poäng. För godkänt resultat fordras 40 poäng. En

Läs mer

Organisk kemi / Biokemi. Livets kemi

Organisk kemi / Biokemi. Livets kemi Organisk kemi / Biokemi Livets kemi Vecka Lektion 1 Lektion 2 Veckans lab Läxa 41 Kolhydrater Kolhydrater Sockerarter Fotosyntesen Bio-kemi 8C och D vecka 41-48 42 Kolhydrater Fetter Trommers prov s186-191

Läs mer

TENTAMEN BIOKEMI l. Plats: Polacksbacken. Datum: Skrivtid: Totalpoäng: 75p

TENTAMEN BIOKEMI l. Plats: Polacksbacken. Datum: Skrivtid: Totalpoäng: 75p UPPSALA UNIVERSITET Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi B MA-programmet TENTAMEN BIOKEMI l Plats: Polacksbacken Datum: Skrivtid: 08.00-13.00 Totalpoäng: 75p Hjälpmedel: Miniräknare. Se

Läs mer

Intermolekylära krafter

Intermolekylära krafter Intermolekylära krafter Medicinsk Teknik KTH Biologisk kemi Vt 2011 Märit Karls Intramolekylära attraktioner Atomer hålls ihop av elektrostatiska krafter mellan protoner och.elektroner Joner hålls ihop

Läs mer

Biokemisk analys och separationsteknik VT08

Biokemisk analys och separationsteknik VT08 Biokemisk analys och separationsteknik VT08 Rening, inmärkning, analys av affinitetsliganden Z inför detektion av IgG Institutionen för Bioteknologi Kungliga Tekniska Högskolan Jesper Gantelius Marcus

Läs mer

Föreläsning 3. Substituerade kolväten Kapitel 5

Föreläsning 3. Substituerade kolväten Kapitel 5 Substituerade kolväten Kapitel 5 Föreläsning 3 1) Introduktion 2) eteroatomer 3) Nomenklatur 4) Krafter mellan molekyler 5) Syrastyrka 6) Exempel på molekyler Det afrikanska mirakelbäret har en del spännande

Läs mer

Spectroscopic characterization of dyes for detection of pathogenic protein aggregates

Spectroscopic characterization of dyes for detection of pathogenic protein aggregates Spektroskopisk karaktärisering av färgämnen som kan detektera patogena proteinaggregat Spectroscopic characterization of dyes for detection of pathogenic protein aggregates Kandidatarbete inom civilingenjörsprogrammet

Läs mer

Kursansvarig: Björn Åkerman

Kursansvarig: Björn Åkerman Vad skall du bli när du blir stor? Jag vill bli ingenjör när jag blir stor, det är ett roligt arbete och lätt. Därför finns det så många ingenjörer idag, och varje dag blir det fler. Ingenjörer behöver

Läs mer

REPETITIONSKURS I KEMI LÖSNINGAR TILL ÖVNINGSUPPGIFTER

REPETITIONSKURS I KEMI LÖSNINGAR TILL ÖVNINGSUPPGIFTER KEMI REPETITIONSKURS I LÖSNINGAR TILL ÖVNINGSUPPGIFTER Magnus Ehinger Fullständiga lösningar till beräkningsuppgifterna. Kemins grunder.10 Vi antar att vi har 10 000 Li-atomer. Av dessa är då 74 st 6 Li

Läs mer

Kemiska analyser allmänt

Kemiska analyser allmänt KIU Kemiska analyser Monika Franzén Kemiska analyser allmänt Varje enskild länk i analyskedjan är lika viktig för slutresultatet Avloppsvatten Prov Behandlat prov Signal Kemisk info Provtagning Provberedning

Läs mer

INTRODUKTION - TYP 1 DIABETES

INTRODUKTION - TYP 1 DIABETES INTRODUKTION - TYP 1 DIABETES Erik Moberg Karolinska Universitetssjukhuset, Huddinge 140903 Diagnoskriterier - Diabetes fp-glukos 7,0 mmol/l (minst 2 ggr, 8 tim fasta) eller P-glukos (kapillärt) 12,2 mmol/l

Läs mer

Tentamen i FysikB IF0402 TEN2:3 2010-08-12

Tentamen i FysikB IF0402 TEN2:3 2010-08-12 Tentamen i FysikB IF040 TEN: 00-0-. Ett ekolod kan användas för att bestämma havsdjupet. Man sänder ultraljud med frekvensen 5 khz från en båt. Ultraljudet reflekteras mot havets botten. Tiden det tar

Läs mer

Produktlista Reagenser

Produktlista Reagenser nummer B381450 5-Fluorouracil i 0.02 M fosfatbuffert ph 7.4 B380999 Aceton/Metanol (10:90) B381000 Acetonsprit 1:4 B381056 AEC 0,8 % i dimetylformamid B380990 AEC 3 stocklösning B381051 Akridinorange 0,01%

Läs mer

bioscience explained Vol 2 No 2

bioscience explained Vol 2 No 2 Anders Hansson Så fungerar proteiner! Kompaktversion Grundläggande lektion Inledning -------------------------------------------- 1 Nerladdning av filer --------------------------------- 2 RasWin-----------------------------------------------

Läs mer

a) 55,8 g/mol b) 183,8 g/mol c) 255,6 g/mol d) 303,7 g/mol 2. Galliumnitrid används i lysdioder. Vilken kemisk formel har galliumnitrid?

a) 55,8 g/mol b) 183,8 g/mol c) 255,6 g/mol d) 303,7 g/mol 2. Galliumnitrid används i lysdioder. Vilken kemisk formel har galliumnitrid? UTTAGNING TILL KEMILYMPIADEN 2016 TERETISKT PRV nr 1 Provdatum: november vecka 45 Provtid: 120 minuter. Hjälpmedel: Räknare, tabell- och formelsamling. Redovisning och alla svar görs på svarsblanketten

Läs mer

Utveckling av reningsmetod för cytokrom c-id1 från Ideonella dechloratans

Utveckling av reningsmetod för cytokrom c-id1 från Ideonella dechloratans Fakulteten för teknik och naturvetenskap Johan Celander Utveckling av reningsmetod för cytokrom c-id1 från Ideonella dechloratans Optimization of a Purification Method for Cytochrome c-id1 from Ideonella

Läs mer

Tentamen. Kurskod: MC1004. Medicin A, Molekylär cellbiologi. Kursansvarig: Christina Karlsson. Datum 130814 Skrivtid 4h

Tentamen. Kurskod: MC1004. Medicin A, Molekylär cellbiologi. Kursansvarig: Christina Karlsson. Datum 130814 Skrivtid 4h Tentamen Medicin A, Molekylär cellbiologi Kurskod: MC1004 Kursansvarig: Christina Karlsson Datum 130814 Skrivtid 4h Totalpoäng: 86p Poängfördelning Johanna Sundin (fråga 1 8): 18p Ignacio Rangel (fråga

Läs mer

INTRODUKTION - TYP 1 DIABETES

INTRODUKTION - TYP 1 DIABETES INTRODUKTION - TYP 1 DIABETES Erik Moberg Karolinska Universitetssjukhuset, Huddinge 160122 Diagnoskriterier - Diabetes fp-glukos 7,0 mmol/l (8 tim fasta) eller P-glukos (kapillärt) 12,2 mmol/l (venöst

Läs mer

Lite fakta om proteinmodeller, som deltar mycket i den här tentamen

Lite fakta om proteinmodeller, som deltar mycket i den här tentamen Skriftlig deltentamen, FYTA12 Statistisk fysik, 6hp, 28 Februari 2012, kl 10.15 15.15. Tillåtna hjälpmedel: Ett a4 anteckningsblad, skrivdon. Totalt 30 poäng. För godkänt: 15 poäng. För väl godkänt: 24

Läs mer

Arbete TD5 Bestämning av transporttal

Arbete TD5 Bestämning av transporttal Arbete TD5 Bestämning av transporttal 1. INLEDNING Såväl positiva som negativa joner deltar samtidigt i transporten av ström i en elektrolytlösning. Med jonens transporttal avses den andel av den totala

Läs mer

Från vardagsförståelse till kemiska begrepp

Från vardagsförståelse till kemiska begrepp Från vardagsförståelse till kemiska begrepp Vivi Ann Långvik, KRC, Stockholms universitet www.krc.su.se David Ausubel: The most important single factor influencing learning is what the learner already

Läs mer

Hierarkisk proteinstruktur. Hierarkisk proteinstruktur. α-helix Fig 3-4. Primärstruktur Fig 3-3

Hierarkisk proteinstruktur. Hierarkisk proteinstruktur. α-helix Fig 3-4. Primärstruktur Fig 3-3 Hierarkisk proteinstruktur Hierarkisk proteinstruktur Primärstruktur Fig 3-3 -Bestäms av sekvensen av aminosyror -Hålls samman med peptidbindningen, vilken också ger en rikting -Börjar med aminogrupp &

Läs mer

Elektromagnetiska spektrumet SPEKTROSKOPI (2) UV-vis. Kromoforer. Hur analysera ofärgade ämnen? Procedur. Kemisk mätteknik CSL Analytisk kemi, KTH

Elektromagnetiska spektrumet SPEKTROSKOPI (2) UV-vis. Kromoforer. Hur analysera ofärgade ämnen? Procedur. Kemisk mätteknik CSL Analytisk kemi, KTH Elektromagnetiska spektrumet SPEKTROSKOPI (2) Kemisk mätteknik CSL Analytisk kemi, KTH UV-vis Elektronövergångar hos molekyler ger bandspektra. Kromofor, en del med dubbelbindningar. Mest som kvantitativ

Läs mer

Bestämning av en saltsyralösnings koncentration genom titrimetrisk analys

Bestämning av en saltsyralösnings koncentration genom titrimetrisk analys Bestämning av en saltsyralösnings koncentration genom titrimetrisk analys - Ett standardiseringsförfarande En primär standard En substans som genomgår EN reaktion med en annan reaktant av intresse. Massan

Läs mer

Preparation av hemoglobin med hjälp av gelfiltrering

Preparation av hemoglobin med hjälp av gelfiltrering Preparation av hemoglobin med hjälp av gelfiltrering Teori Vid preparation av ett protein används en rad olika metoder för att specifikt rena fram det önskade proteinet. I vårt fall ska hemoglobin från

Läs mer

Äter jag rätt när jag tränar?

Äter jag rätt när jag tränar? Kostens betydelse för prestation Äter jag rätt när jag tränar? Eva Blomstrand Individens allmänna kostvanor Intag före träning Intag under träning Intag efter träning Åstrandlaboratoriet, Gymnastik- och

Läs mer

Hjälpmedel: räknare, formelsamling, periodiska system. Spänningsserien: K Ca Na Mg Al Zn Cr Fe Ni Sn Pb H Cu Hg Ag Pt Au. Kemi A

Hjälpmedel: räknare, formelsamling, periodiska system. Spänningsserien: K Ca Na Mg Al Zn Cr Fe Ni Sn Pb H Cu Hg Ag Pt Au. Kemi A Uppsala Universitet Fysiska Institutionen Tekniskt- naturvetenskapligt basår Raúl Miranda 2007 Namn: Stark Karl Grupp: Den bästa.. Datum: Tid: 08.00 12.00 jälpmedel: räknare, formelsamling, periodiska

Läs mer

Analys av nukleinsyra. Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls

Analys av nukleinsyra. Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls Analys av nukleinsyra Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls Studietips Detta kompendium är INTE en lärobok. Det är inte meningen att man skall kunna läsa kompendiet och förstå innehållet. Ni

Läs mer

Översikt metodprinciper Allmänkemianalyser. Carl-Eric Jacobson Klinisk kemi Sahlgrenska Universitetssjukhuset

Översikt metodprinciper Allmänkemianalyser. Carl-Eric Jacobson Klinisk kemi Sahlgrenska Universitetssjukhuset Översikt metodprinciper Allmänkemianalyser Carl-Eric Jacobson Klinisk kemi Sahlgrenska Universitetssjukhuset Vi måste ha koll på vad vi mäter Viktigt att veta vid felsökning/konstiga resultat Viktigt att

Läs mer

Rättningstiden är i normalfall tre veckor, annars är det detta datum som gäller: Efter överenskommelse med studenterna är rättningstiden fem veckor.

Rättningstiden är i normalfall tre veckor, annars är det detta datum som gäller: Efter överenskommelse med studenterna är rättningstiden fem veckor. Kemi Bas A Provmoment: Tentamen Ladokkod: TX011X Tentamen ges för: Tbas, TNBas 7,5 högskolepoäng Namn: Personnummer: Tentamensdatum: 2012-10-22 Tid: 9:00-13:00 Hjälpmedel: papper, penna, radergummi kalkylator

Läs mer

KEM A02 Allmän- och oorganisk kemi. F6 Övergångsmetaller och koordinationskemi d-blockskemi

KEM A02 Allmän- och oorganisk kemi. F6 Övergångsmetaller och koordinationskemi d-blockskemi KEM A02 Allmän- och oorganisk kemi F6 Övergångsmetaller och koordinationskemi d-blockskemi Atkins & Jones kap 16 (och 6.1-6.4) KEMA02 F7 2012-11-22 1 D-block- och F-blockselement KEMA02 F7 2012-11-22 2

Läs mer

Tentamen för KEMA02 lördag 14 april 2012, 08-13

Tentamen för KEMA02 lördag 14 april 2012, 08-13 Lunds Universitet, Kemiska Institutionen Tentamen för KEMA02 lördag 14 april 2012, 08-13 Tillåtna hjälpmedel är utdelat formelblad och miniräknare. Redovisa alla beräkningar. Besvara varje fråga på ett

Läs mer

Palladiummembranet. Permeationsmätningar. ToF-SIMS. SKB 2011-09-21 Korrosion av koppar i rent syrefritt vatten

Palladiummembranet. Permeationsmätningar. ToF-SIMS. SKB 2011-09-21 Korrosion av koppar i rent syrefritt vatten Sidan 1 av 13 SKB 11-9-1 Korrosion av koppar i rent syrefritt vatten Palladiummembranet Permeationsmätningar i ToF-SIMS XPS Sidan av 13 Permeationsmätningar Lyssy Gas Permeability Tester Sidan 3 av 13

Läs mer

Reaktionskinetik...hur fort går kemiska reaktioner

Reaktionskinetik...hur fort går kemiska reaktioner Reaktionskinetik..hur fort går kemiska reaktioner Några begrepp Jämvikt Reaktionerna går lika snabbt i båda riktingarna ingen ändring i koncentrationer A + B C + D Miljoner år Långsamma reaktioner Ex:

Läs mer