Elucigene QST*R -produkter Guide till analysprogrammet

Elucigene QST*R -produkter Guide till analysprogrammet Tillverkad av: Gen-Probe Life Sciences Ltd. Oaks Business Park Crewe Road Wythenshawe Manchester M23 9HZ, Storbritannien För försäljning, kundservice och teknisk support: Tfn: +49 (0) 6122 7076451 Fax: +49 (0) 6122 7076155 E-post: eucustomerservice@hologic.com E-post: eutechnicalsupport@hologic.com AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 1 av 29

GeneMapper-analys Inledning I följande avsnitt beskrivs procedurerna för provanalys av Elucigene QST*R-resultat med användning av Applied Biosystems GeneMapper-programvarupaket (version 3.7 eller senare) och hur tabelldata placeras i Excel QST*R-rapportmallen. Analysprocess Processen för analys av prover sammanfattas i nedanstående flödesdiagram: AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 2 av 29

GeneMapper Öppna GeneMapper-programfilen och importera.fsa-filerna som behövs genom att klicka på knappen add samples to project (lägg till prover till projekt). Navigera till önskad körningsmapp med användning av mappträdet till vänster i fönstret. Välj mappen och klicka på knappen Add to List >> (Lägg till i lista >>). Körningsmappen visas nu i fönstret samples to add (prover som ska läggas till). Dubbelklicka på ikonen för körningsmappen i detta fönster så visas alla.fsa-filer som ska importeras (figur 1). Lägg sedan till proverna genom att klicka på knappen Add (Lägg till). Figur 1: Prover som är klara att läggas till i ett projekt AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 3 av 29

Importera QST*R GeneMapper-analysinställningar i GeneMapper Manager Det är nödvändigt att importera QST*R-inställningarna för GeneMapper. Denna process styrs via gränssnittet för GeneMapper Manager (GeneMapper-hanteraren). Inställningarna för QST*R GeneMapper finns på Gen-Probe-webbplatsen: www.gen-probe.com/global/products-services/ 1. Öppna GeneMapper Manager-programmet genom att klicka på ikonen (figur 2 och 3). Figur 2: Öppna GeneMapper Manager Figur 3: Gränssnittet för GeneMapper Manager 2. Välj fliken Analysis Methods (Analysmetoder) och klicka sedan på importknappen. AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 4 av 29

3. Navigera till och importera den eller de QST*R-filer för analysinställning som behövs: 3130 eller 3500 (figur 4). Figur 4: Importera analysmetoder 4. Upprepa processen genom att välja lämplig flik och importera den motsvarande filen för: Table Settings (tabellinställningar) Plot Settings (plottinställningar) Size Standards (storleksstandarder) Anm. Cluster Plot Settings (Klusterplottinställningar), Matrices (Matriser), SNP Sets (SNP-uppsättningar) och Report Settings (Rapportinställningar) kräver inga filimporter. AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 5 av 29

Importera QST*R-panelinställningar i Panel Manager (Panelhanteraren) Det är nödvändigt att importera inställningarna för QST*R-panel och bin ( fack ) för GeneMapper. Denna process styrs via gränssnittet för Panel Manager (Panelhanteraren). Panel- och bin ( fack )-inställningarna för QST*R GeneMapper finns på Gen-Probewebbplatsen: www.gen-probe.com/global/products-services/ 1. Öppna programmet Panel Manager (Panelhanteraren) genom att klicka på ikonen. 2. Klicka på Panel Manager (Panelhanteraren) i det vänstra navigeringsfönstret. Panel Manager (Panelhanteraren) visas nu markerad med blått. 3. Välj File/Import Panels (Arkivera/importera paneler). Navigera till och importera GeneMapper-panelfilen anan000 gmbf*.txt (figur 5). 4. Panelfilen visas nu i det vänstra navigeringsfönstret. Klicka på panelfilen och kontrollera att den är markerad med blått. 5. Välj File/Import Bin Set (Arkivera/importera bin ( fack )-uppsättning). Navigera till och importera GeneMapper- bin ( fack )-filen anan000 gmbf*.txt (figur 6). 6. Klicka på Apply (Applicera) och sedan på OK. Figur 5: Importera QST*R-panelfil AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 6 av 29

Figur 6: Importera QST*R- bin ( fack )-uppsättningsfil Modifiera analysparameterfilen Det kan bli nödvändigt att modifiera standardinställningen för Analysis Ranges (Analysintervall) i QST*R-analysinställningarna för att ta med lokala variationer i beräkningen under körningsförhållanden. Det minsta analysintervallet beror på kapillären och polymeren som används under datainsamling. Om du vill granska nuvarande analysinställningar: 1. Öppna GeneMapper Manager (GeneMapper-hanteraren). 2. Välj fliken Analysis Methods (Analysmetoder). Den importerade QST*R-filen listas som QSTR Analysis (QSTR-analys). 3. Klicka på QSTR Analysis (QSTR-analys). Nu visas raden markerad. 4. Klicka på knappen Open (Öppna) och välj fliken Peak Detector (Toppdetektor) (figur 7). Som standardinställning är analysintervallen inställda på att börja vid 2 000 och sluta vid 18 000. AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 7 av 29

Figur 7: Analysintervall Så här hittar du rätt analysintervall för ditt laboratorium: 1. Dubbelklicka på den importerade Run Folder (Körningsmappen) från huvudfönstret i GeneMapper för att se listan med.fsa-filer som den innehåller. 2. Välj en.fsa-fil. 3. Om du klickar på fliken Raw data (Rådata) visas elektroferogrammet för rådatan. 4. Använd den första toppen för storleksstandarden (t.ex. 75 bp [baspar] av GS500LIZ) som riktmärke och välj en datapunkt som är cirka 100 datapunkter större (figur 8). Detta fastställer den lägsta punkten i det analyserbara intervallet. 5. Se till att det maximala analysintervallet innefattar den högsta toppen för storleksstandarden (t.ex. 500 bp av GS500LIZ eller 600 bp av GS600LIZv2). 6. Mata in de nya värdena i QST*R-analysfilen (ovan beskrivs hur du får åtkomst till den). AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 8 av 29

Figur 8: Hitta det minsta intervallet med användning av provrådata Analysera importerade QST*R-filer 1. Välj QST*R Table settings (QST*R-tabellinställningar) (figur 9) i huvudfönstret för GeneMapper. Figur 9: Rullgardinsmeny för QST*R-tabellinställningar 2. I huvudfönstret för GeneMapper väljer du den första cellen under Analysis Method (Analysmetod) och väljer sedan antingen QSTR Analysis 3130 (QSTR-analys 3130) eller QSTR Analysis 3500 (QSTR-analys 3500) från rullgardinsmenyn. Upprepa processen för Size Standard (Storleksstandard) och välj QSTRLIZ500 eller QSTRLIZ600 från rullgardinsmenyn. 3. Välj panelen QSTR gm* och klicka på lämplig underpanel (figur 10). 4. Fyll i varje kolumn genom att välja kolumnrubriken och trycka på tangenterna Ctrl-D. 5. Klicka på för att inleda provanalys. Tilldela projektnamn när du uppmanas till det. AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 9 av 29

Figur 10: Välja QST*R-panelinställningar Granska QST*R-data 1. Välj provet som ska analyseras (markera provraden). 2. Klicka på för att Display Plots (Visa plottar). 3. Välj QST*R Plot settings (QST*R-plottinställningar) (figur 11). Figur 11: Rullgardinsmeny för QST*R-plottinställningar 4. I plottfönstret visas provprofilen tillsammans med data i tabellform (figur 12). Högst två toppar för varje markör märks automatiskt av GeneMapper. Om det finns tre alleler för en markör, ska den tredje omärkta toppen märkas manuellt (se: Manuell redigering av profiler). Anm. Allelstorleksintervall för varje markör baseras på tidigare observerade data. Sällsynta alleler kan hamna utanför det givna storleksintervallet för markörer och det kan bli nödvändigt att justera bin ( fack )-uppsättningen i enlighet med detta. 5. Vi rekommenderar att Single click editing (Redigera med ett klick) är aktiverat i plottfönstret. För att göra detta väljer du Alleles/set click editing (Alleler/ställ in klickredigering) och ser till att detta alternativ är markerat. AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 10 av 29

Figur 12: Provplottfönster som visar märkta kurvdata och korrelerande genotyptabell AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 11 av 29

Manuell redigering av profiler VARNING! GeneMapper tilldelar etiketter endast för upp till 2 toppar per markör. Därför kan profiler behöva redigeras manuellt, dvs. när etiketter tilldelas de 3:e topparna (om sådana finns) eller etiketter tas bort från skuggtoppar (stutter peaks). Om du vill lägga till en etikett till en topp ska du vänsterklicka på toppen som saknar etikett. Du får möjlighet att lägga till en allelkommentar. Klicka på OK. Nu är toppen märkt med dess storlek i baspar och dess topparea. Den nyss märkta toppen införlivas automatiskt i tabellen. Om du vill ta bort en etikett från en topp ska du vänsterklicka på toppetiketten. Du får möjlighet att ta bort allelkommentaren. Klicka på OK. Nu tas toppetiketten bort. Raderade toppdata tas automatiskt bort från tabellen. Det finns mer information om bedömning av QST*R-prover i Elucigene QST*R: Instructions for Use (bruksanvisning) och Guide to Interpretation (Tolkningsvägledning) på webbplatsen för Gen-Probe: www.gen-probe.com/global/products-services/ Kopiera tabelldata 1. Markera alla rader i tabellen längst ner i fönstret Plot (Plott). 2. Kopiera de markerade raderna genom att trycka på tangenterna Ctrl+C. QST*R-rapportmall QST*R-rapportmallar kan användas för att bestämma toppkvoter för en markör. Rapportmallen för var och en av produkterna i QST*R-sortimentet finns på webbplatsen för Gen-Probe: www.gen-probe.com/global/products-services/ 1. Öppna lämplig rapportmallsfil. 2. Om rapportmallen visar en säkerhetsvarning som indikerar att makron har inaktiverats, klickar du på alternativknappen så som visas i figur 13. 3. Ett fönster för säkerhetsalternativ visas (figur 14). Välj alternativet Enable this content (Aktivera detta innehåll) och klicka på OK. AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 12 av 29

Figur 13: Säkerhetsvarning (Inaktiverade makron) Figur 14: Fönstret Security Options (Säkerhetsalternativ) (för att aktivera makron) 4. Välj bladet Import GM (Importera GM) och se till att cell A1 är vald. 5. Klistra in tabelldatan som har kopierats från GeneMapper genom att trycka på tangenterna Ctrl+V och omedelbart klicka på knappen Sort (Sortera) (figur 15). Anm. Alla inklistrade data MÅSTE vara valda för att funktionen Sort (Sortera) ska köras. 6. Välj fliken QSTR-GM (- visar vilket kalkylblad som används för närvarande). Nu innehåller resultatrapporten all toppinformation och alla toppkvoter för ditt prov (figur 16). AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 13 av 29

Figur 15: Exempel på importerad GeneMapper-tabell för QST*Rplusv2 Figur 16: Exempel på QST*Rplusv2-rapport AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 14 av 29

Bedömning av rapporten 1. Trisomi bestäms antingen med: a) Två toppar med olika höjd beroende på att en av topparna representerar två alleler som är gemensamma för båda föräldrarna. I detta fall klassas kvoten mellan de två topparna som 2:1 eller 1:2. Där A1/A2 ger ett resultat i området 1,8 till 2,4 när toppen som representerar den kortare allelen har en större area än toppen som representerar den längre allelen, eller där A1/A2 ger ett resultat i området 0,45 till 0,65 när toppen som representerar den kortare allelen har en mindre area än toppen som representerar den längre allelen. I båda fallen visas Ratio (Kvot) i kolumnen Warning (Varning). b) Det finns tre toppar med jämförbar höjd. Kvoten för topparna klassas som 1:1:1 och deras värden hamnar inom det normala intervallet på 0,8 1,4 (men för alleler som är separerade med mer än 24 bp är en allelkvot på upp till 1,5 godtagbar). I detta fall visas 3 Alleles (3 alleler) i kolumnen Warning (Varning). 2. För att ett resultat ska tolkas som avvikande (dvs. med trisomi), krävs minst två informativa markörer som är förenliga med en triallelisk genotyp med alla andra markörer som är icke-informativa. Ett resultat bör inte tolkas som avvikande baserat på information från endast en markör. 3. För att ett resultat ska tolkas som normalt, krävs minst två informativa markörer som är förenliga med en diallelisk genotyp med alla andra markörer som är icke-informativa. Ett normalt resultat indikerar det normala komplementet på två för de testade kromosomerna. 4. Toppareakvoter som hamnar mellan intervallen för normala och avvikande klassas som osäkra. Osäkra resultat kan fastställas med hjälp av satserna för enkel kromosom. 5. Om det saknas toppdata för en markör visas Absent (Saknas) i varningskolumnen. Denna varning observeras rutinmässigt när det saknas markörer för Y-kromosom. AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 15 av 29

GeneMarker-analys Inledning I nedanstående avsnittt beskrivs procedurerna för provanalys av Elucigene QST*Rresultat med användning av SoftGenetics GeneMarker-programvarupaket (version 1.65 och senare). Bilderna som används i detta avsnitt har hämtats från version 1.85 i GeneMarkerprogramvaran. Analysprocess Processen för analys av prover sammanfattas i nedanstående flödesdiagram: AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 16 av 29

Lägga till provfiler till GeneMarker Öppna GeneMarker-programfilen och välj på uppmaning Open Data (Öppna data). Rutan Open Data Files (Öppna datafiler) visas. Klicka på knappen Add (Lägg till). Dialogrutan Open (Öppna) visas. Navigera till katalogen som innehåller filerna med rådata; Välj alla filer med CTRL+A eller använd tangenten CTRL och/eller SHIFT för att välja enstaka prover Klicka på knappen Open (Öppna) i dialogrutan Open (Öppna) De valda filerna visas i fältet Data File List (Datafilslista) (figur 1). Figur 1: Prover som har lagts till i datafilslistan Klicka på knappen OK i rutan Open Data Files (Öppna datafiler) så överförs proverna till GeneMarker. Därefter öppnar programvaran automatiskt fönstret Raw Data Analysis (Rådataanalys) (figur 2). AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 17 av 29

Figur 2: Fönstret Raw Data Analysis (Rådataanalys) AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 18 av 29

Importera panelinställningar för QST*R GeneMarker Det är nödvändigt att importera QST*R-panelinställningarna för GeneMarker. Denna process styrs via gränssnittet för Panel Editor (Panelredigeraren). Inställningarna för QST*R GeneMarker finns på Gen-Probe-webbplatsen: www.gen-probe.com/global/products-services Öppna Panel Editor (Panelredigeraren) från rullgardinsmenyn Tools (Verktyg). Figur 3: Välja Panel Editor (Panelredigerare) Välj Import Panels (Importera paneler) från rullgardinsmenyn File (Arkiv). Figur 4: Importera paneler Navigera till och importera panelen, t.ex. anan0pl_gupf***.xml Anm. * betecknar ett tresiffrigt versionsnummer (t.ex. anan0pl_gupf002.xml). Upprepa processen efter behov för andra relevanta panelfiler. AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 19 av 29

Behandla data När rådatafiler har överförts till GeneMarker är de klara för behandling. Behandlingssteget innefattar applicering av en storleksanpassningsstandard, filtrering av toppar med brus, och jämförelse med en känd allelisk panel om så önskas. GeneMarker kombinerar alla dessa steg i ett enda enkelt verktyg som kallas Run Wizard (Körningsguide) (figur 5). Du öppnar Run Wizard (Körningsguiden) genom att klicka på ikonen Run Project (Körningsprojekt) i huvudverktygslisten. Run Wizard (Körningsguide) skapa en Run Template (Körningsmall) Det är nödvändigt att skapa en körningsmall den första gången denna programvara används för att analysera QST*R-data. Detta sker med hjälp av Run Wizard (Körningsuiden). Du öppnar Run Wizard (Körningsguiden) genom att klicka på ikonen Run Project (Körningsprojekt) i huvudverktygslisten. Tilldela ett Template Name (Mallnamn), t.ex. QSTR Välj Panel, Size Standard (Storleksstandard), Standard Colour (Standardfärg) och Analysis Type (Analystyp) så som visas i figur 5 nedan Klicka på Save (Spara) för att spara mallen för framtida analyser Klicka på Next (Nästa) för att fortsätta Figur 5: Run Wizard (Körningsguide) Fönstret Template Selection (Mallval) AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 20 av 29

Run Wizard (Körningsguide) Data Process (Databehandling) Fönstret Data Process (Databehandling) i Run Wizard (Körningsguiden) gör det möjligt för användaren att välja parametrarna för toppfiltrering. Välj lämpliga analysinställningar i fönstret Data Process (Databehandling) så som visas i nedanstående figur. Klicka på Next (Nästa) för att fortsätta. Anm. Inställningen för analysintervall inom rutan för rådataanalys varierar beroende på vilken polymer som användes under datainsamlingen. Operatören ska välja ett startvärde för datapunkten som innefattar toppen med storleksstandarden 75 bp. Figur 6: Run Wizard (Körningsguide) Fönstret Data Process (Databehandling) Anm. För 3500-data ökar du Minimum Intensity (Minsta intensitet) till 150. Run Wizard (Körningsguide) Ytterligare inställningar Det krävs inga ytterligare inställningar vid utförandet av QST*R-analys. Klicka på OK för att fortsätta. AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 21 av 29

Figur 7: Run Wizard (Körningsguide) Ytterligare inställningar Rutan Data Processing (Databehandling) När du har klickat på OK i rutan Run Wizard Additional Settings (Körningsguide, ytterligare inställningar) visas rutan Data Processing (Databehandling) (figur 8). Rådatan behandlas och storleksanpassas, varefter filtreringsparametrarna och den valda QST*Rpanelen appliceras. Klicka på OK i rutan Data Processing (Databehandling) när analysen är klar. Figur 8: Rutan Data Processing (Databehandling) AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 22 av 29

Fönstret Main Analysis (Huvudanalys) Fönstret Main Analysis (Huvudanalys) (figur 9) i GeneMarker har en användarvänlig layout. I layouten ingår: Listan med provfiler visas till vänster i fönstret. Den syntetiska gel-bilden visas högst upp i fönstret. Dataelektroferogram under gelbilden. En rapporttabell visas till höger i fönstret. I detta fönster är det viktigt att kontrollera att alla lämpliga toppar i varje profil har betecknats på rätt sätt. Dubbelklicka på varje prov i tur och ordning i provfilsträdet till vänster på skärmen. Högerklicka på eventuella toppar i fråga och välj från alternativen i dialogrutan, t.ex. redigera eller ta bort allel, bekräfta eller ta bort bekräftelse, beroende på vad som är lämpligt. I fönstret för huvudanalys väljer du menyalternativet Applications (Applikationer) i rullgardinsmenyn högst upp på skärmen. Välj Trisomy Analysis (Trisomianalys). Då öppnas rutan Trisomy Analysis Settings (Inställningar för trisomianalys) (figur 10). Figur 9: Fönstret Main Analysis (Huvudanalys) AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 23 av 29

Figur 10: Rutan Trisomy Analysis Settings (Inställningar för trisomianalys) Anm. För 3500-data ökar du Minimum Intensity (Minsta intensitet) till 150. Inställningar för trisomianalys I rutan för inställningar för trisomianalys finns det två flikar: Fliken Analysis (Analys) Fliken Statistics Plot (Statistikplott) Fliken Analysis (Analys) På fliken Analysis (Analys) finns alternativ för tröskelinställning för trisomianalys. Se till att BPG är valt i analysrutan och att följande inställningar visas: Peak Height (Topphöjd) 50: Minsta höjd är 50 för att toppar ska anropas. (150 om 3500-data används.) Height Ratio (Höjdkvot) 30 %: Maximal procent av huvudtoppen som den andra toppen måste nå för att två alleler ska kunna identifieras. Quantification by Peak Area (Kvantifiering enligt topparea). Shorter length/longer Length (Kortare längd/längre längd) har valts. Trösklarna för Trisomy Ratio (trisomikvot) är 0,80 1,40. Apply Linear Correction (Applicera linjär korrigering) är avmarkerad. Klicka på OK. AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 24 av 29

Fönstret Trisomy Analysis (Trisomianalys) I fönstret Trisomy Analysis (Trisomianalys) (figur 11) kan operatören granska QST*Rprovdata och visa kvoten för topparna för varje markör och få tillgång till GeneMarkerrapporten. Det finns ett antal skärmbilder som hjälper operatören med dataanalys: De är: Provlista Elektroferogram Kvotplott Rapporttabell Figur 11: Fönstret Trisomy Analysis (Trisomianalys) Det finns närmare information om funktioner för trisomianalys och deras användning i GeneMarker Manual (användarmanualen till GeneMarker). AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 25 av 29

GeneMarker-rapport I GeneMarker ingår en rapportmall som är kompatibel med Elucigene QST*R-satser. Du får åtkomst till rapporten genom att klicka på ikonen Print (Skriv ut) i verktygslisten längst upp till vänster i fönstret Trisomy Analysis (Trisomianalys). Då öppnas fönstret Trisomy Print Settings (Inställningar för trisomiutskrift) (figur 12). Fönstret Trisomy Print Settings (Inställningar för trisomiutskrift) Trisomy Print Settings (Inställningar för trisomiutskrift) beskriver alternativen för hur provdata inkluderas och visas i GeneMarker-rapporten. Välj alternativen så som visas i figur 12. Se till att Custom Size Range (Anpassa storleksintervall) är inställd på 98 bp (Start) och 510 bp (End [Slut]). Figur 12: Fönstret Trisomy Print Settings (Inställningar för trisomiutskrift) AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 26 av 29

Förhandsgranska GeneMarker-rapporten Klicka på Preview (Förhandsgranska) för att visa GeneMarker-rapporten (figur 13). Från det här fönstret kan operatören granska och skriva ut varje provs toppdata från samtliga markörer, och tillhandahålla en enkel provrapport med en eller två sidor. Figur 13: GeneMarker-rapport GeneMarker-rapporten inkluderar följande funktioner: Rapportrubrik: Innehåller information om analysen, projektet, provet och parametrarna. Signaturruta: Datum och initialutrymme för rapportgranskare. Elektroferogram: Liknar fönstret för trisomianalys och visar alla färgkulörer för provkurvan. Rapporttabell: Visar utvalda topp- och markörvärden för det aktuella provet. Trisomianrop markeras med grått. Det finns en extra kontrollkolumn för granskarens initialer. Korrigerad kvotplott: Innehåller hela datauppsättningens plottpunkter för alla markörer i färgkulören. Symbolformer representerar olika markörer och kan dechiffreras från raden Symbol i Report Table (Rapporttabellen). Gula fyllda symboler representerar det aktuella provets datapunkter. Symboler med röd kontur representerar trisomianrop. Anm. Corrected Ratio Plot (Korrigerad kvotplott) visas på en andra sida för varje prov men inte förrän Ratio Plot (Kvotplott) väljs i rutan Trisomy Print Report Settings (Inställningar för utskrift av trisomirapport). AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 27 av 29

Peak Labels (Toppetiketter) Toppetiketter är färgkodade enligt kvaliteten på matchningen mellan den detekterade toppen och observerade panel- fack. I elektroferogrammet är markörerna horisontella grå lister och mitten av topparna är markerade med en vertikal grå list. Toppar som hamnar utanför markörerna eller facken för panelen markeras med rött som OL (off-ladder, utanför allel-stegen ). Anm. Variationer i maskinpolymertyp och storleksstandard kan göra det nödvändigt att optimera markör- fack för att anpassa programvaran till de körningsförhållanden som används. Det finns mer information om hur man modifierar panel- fack i GeneMarker manual (användarmanualen till GeneMarker) som medföljer programvaran. Bedömning av rapporten Allmänna analysriktlinjer beskrivs i avsnittet Analysis and Interpretation of Results (Analys och tolkning av resultat) i Instructions for Use (Bruksanvisningen) som finns på webbplatsen för Gen-Probe: www.gen-probe.com/global/products-services 1. Trisomi bestäms antingen med: a) Två toppar med olika höjd beroende på att en av topparna representerar två alleler som är gemensamma för en eller båda föräldrarna. I detta fall klassas kvoten mellan de två topparna som 2:1 eller 1:2. Där A1/A2 ger ett resultat i området 1,8 till 2,4 när toppen som representerar den kortare allelen har en större area än toppen som representerar den längre allelen, eller där A1/A2 ger ett resultat i området 0,45 till 0,65 när toppen som representerar den kortare allelen har en mindre area än toppen som representerar den längre allelen. b) Det finns tre toppar med jämförbar höjd. Kvoten för topparna klassas som 1:1:1 och deras värden hamnar inom det normala intervallet på 0,8 1,4 (men för alleler som är separerade med mer än 24 bp är en allelkvot på upp till 1,5 godtagbar). Anm. Markörer skuggas i grått i rapporttabellen om: Toppkvoten för en markör hamnar utanför de fördefinierade gränserna (0,8 och 1,4). Tre alleler detekteras. 2. För att ett resultat ska tolkas som avvikande (dvs. med trisomi), krävs minst två informativa markörer som är förenliga med en triallelisk genotyp med alla andra markörer som är icke-informativa. Ett resultat bör inte tolkas som avvikande baserat på information från endast en markör. 3. För att ett resultat ska tolkas som normalt, krävs minst två informativa markörer som är förenliga med en diallelisk genotyp med alla andra markörer som är icke-informativa. Ett normalt resultat indikerar det normala komplementet på två för de testade kromosomerna. 4. Toppareakvoter som hamnar mellan intervallen för normala och avvikande klassas som osäkra. Osäkra resultat kan fastställas med hjälp av satserna för enkel kromosom. AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 28 av 29

ELUCIGENE och QST*R är varumärken som tillhör Gen-Probe Life Sciences Ltd. GENEMAPPER är ett varumärke som tillhör Life Technologies Corporation. GENEMARKER är ett varumärke som tillhör SoftGenetics Corporation. Kommentar till köparen: Begränsad licens Polynukleotider som är märkta med VIC, NED och PET -färger och/eller deras användning kan vara skyddade av ett eller flera patent som ägs av Applied Biosystems, LLC. Inköpspriset för denna produkt innefattar begränsade, icke överförbara rättigheter enligt vissa anspråk i särskilda patent som ägs av Applied Biosystems, LLC: Köparen får endast använda denna mängd av produkten, och endast i syfte att detektera mål inom fältet för human diagnostik. Inga andra rättigheter överlåts. Mer information om inköp av licenser i samband med färgerna som nämns ovan kan erhållas genom att man kontaktar Director of Licensing, Applied Biosystems, 850 Lincoln Centre Drive, Foster City, California 94404, USA. Copyright 2013 Gen-Probe Life Sciences Ltd. AN000GSSV Rev.10/2013 Sida 29 av 29