ProbeTec Chlamydia trachomatis (CT) Q x Amplified DNA Assay (analys med DNA-amplifiering) 8081408 2009/01 U 0344 Svenska Patentnummer: 5 270 184; 5 547 861; 5 648 211; 5 712 124; 5 744 311; 5 846 726; 5 851 767; 5 919 630; 6 010 857; 6 054 279; 6 077 669; 6 218 125; 7 371 531. AVSEDD ANVÄNDNING Vid test med BD Viper-systemet i extraktionsläge utnyttjar BD ProbeTec CT Q x Amplified DNA Assay Strand Displacement Amplification-teknologi (SDA, nukleinsyraamplifiering) för direkt och kvalitativ detektion av Chlamydia trachomatis-dna i av kliniker tagna cervixprover på kvinnor och pinnprover från uretra hos män, egentagna (på klinisk mottagning) vaginala pinnprover samt urinprover från män och kvinnor. Analysen är indicerad för användning till asymtomatiska och symtomatiska personer som hjälp att diagnostisera chlamydiaorsakad urogenital infektion. SAMMANFATTNING OCH FÖRKLARING Världshälsoorganisationen (WHO) har uppskattat att cirka 92 miljoner nya fall av infektioner orsakade av Chlamydia trachomatis diagnostiseras varje år. 1 I USA är chlamydia den vanligaste rapporterade infektionssjukdomen med över 1 000 000 fall under 2006. Incidensen är tre gånger högre bland kvinnor än män. 2 Incidensen av klamydiainfektioner har ökat under det sista decenniet till stor del på grund av utökad screening av asymtomatiska personer och användning av diagnostiska tester med allt högre sensitivitet. 70 90 % av klamydiainfektioner i kvinnor är asymtomatiska, vilket betyder att långsiktiga hälsoproblem kan uppstå innan kvinnan ens vet om att hon är utsatt för risk. 3 C. trachomatis kan få allvarliga följder på lång sikt, t.ex. bäckeninflammation och infertilitet samt födsel av barn med låg födelsevikt. Femtio procent av män infekterade med C. trachomatis-infected är asymtomatiska och om infektionen inte behandlas kan den orsaka akut uretrit eller epididymit och kronisk proktit. C. trachomatis överförs genom sexuell kontakt men kan också överföras via förlossningskanalen, vilket leder till neonatal konjunktivit och/ eller klamydiapneumoni. Klamydiainfektioner kan behandlas effektivt med antibiotika och Advisory Committee on Human Immunodeficiency Virus (HIV) and Sexually Transmitted Disease (STD) Prevention (Utskottet för förebyggande av humant immunbristvirus, HIV, och sexuellt överförbara sjukdomar) rekommenderar även aktiva kontrollprogram inriktade på behandlingsbara sexuellt överförbara sjukdomar som primär intervention i HIV-epidemin. 5 För att förhindra komplikationer och begränsa smittoöverföringen har US Preventive Services Task Force (amerikansk specialgrupp för förebyggande hälsovård) publicerat rekommendationer beträffande screening av unga, sexuellt aktiva kvinnor samt äldre individer som anses utsatta för ökad infektionsrisk. 3,6 Chlamydiaceae är gramnegativa, obligat intracellulära bakterier som bildar karakteristiska intracellulära inklusioner vilka kan observeras i cellodling med ljusmikroskop efter antikroppsfärgning. 7 Det finns femton kända serotyper av C. trachomatis bestående av tre grupper, var och en förknippad med ett särskilt sjukdomstillstånd: serotyp A-C ger trakom; serotyp D-K ger upphov till genital infektion; och serotyp L 1 L 3 orsakar lymfogranuloma venereum. De metoder som för närvarande används för diagnostik av infektion med C. trachomatis inkluderar odling och immunologiska analyser, såväl som detektering av nukleinsyror genom direkt hybridisering eller amplifiering. Historiskt sett har odling varit den vedertagna referensmetoden för detektion av C. trachomatis, men den allt högre sensitiviteten hos metoder med amplifiering har lett till att dessa används allt oftare vilket i sin tur har bidragit till ökningen i antalet rapporterade fall av infektioner. Vid användning tillsammans med BD Viper System, innebär BD ProbeTec CT Q x Amplified DNA Assay automatisk järnoxidbaserad extraktion av DNA från kliniska prov med BD FOX Extraction (extraktionsteknologi) med kemisk lysering av celler, följt av bindning av DNA på paramagnetiska partiklar, tvättning av bunden nukleinsyra och eluering i amplifieringskompatibel buffert. Närvaro av C. trachomatis-dna detekteras sedan med Strand Displacement Amplification (SDA) på en specifik målsekvens med hjälp av en fluorescensmärkt detektorprob. 8,9 PRINCIPER FÖR METODEN BD ProbeTec CT Q x Amplified DNA Assay är avsedd för användning med BD ProbeTec Chlamydia trachomatis/neisseria gonorrhoeae (CT/GC) Q x provtagnings- och transportsystem, lämpliga reagenser, BD Viper System samt BD FOX Extraction (extraktion). Prover tas och transporteras i sina respektiva transportenheter i vilka integriteten hos C. trachomatis-dna skyddas över specificerade temperatur- och tidsintervall. På urin- och pinnprover utförs förvärmning i BD Viper Lysing Heater (lyseringsvärmare), för att lösa upp mukus och homogenisera provet. När proverna har svalnat laddas de på BD Viper System som sedan utför alla stegen som krävs för extraktion och amplifiering av mål- DNA, utan vidare åtgärd från användaren. Provet överförs till ett extraktionsrör som innehåller järnoxidspartiklar i en upplösbar film och torr extraktionskontroll. Högt ph används för att lysera bakteriecellerna och frigöra deras DNA i lösningen. Sedan tillsätts syra för att sänka ph och inducera en positiv laddning på järnoxiden, vilket i sin tur binder det negativt laddade DNA. Partiklarna och det bundna DNA dras till sidan av extraktionsröret av magneter och det bearbetade provet aspireras till avfall. Partiklarna tvättas och en elueringsbuffert med högt ph tillsätts för att påvisa renat DNA. En neutraliseringsbuffert används slutligen för att få ph-värdet i den extraherade lösningen att bli optimalt för amplifiering av mål-dna. BD ProbeTec CT Q x Amplified DNA Assay bygger på simultan amplifiering och detektion av mål- DNA, med hjälp av primrar för amplifiering och en fluorescensmärkt detektorprob. 8,9 SDA-reagenserna torkas i två separata mikrobrunnar för engångsbruk. Primningsmikrobrunnen innehåller primrar för amplifiering, fluorescensmärkt detektorprob, nukleotider och andra reagenser som behövs för amplifiering, och amplifieringsbrunnen innehåller två enzymer (ett DNA-polymeras och ett restriktionsendonukleas) som krävs för SDA. BD Viper System pipetterar en del av den renade DNA-lösningen från varje extraktionsrör till en primningsmikrobrunn för att rehydrera innehållet. Efter en kortvarig inkubering överförs reaktionsblandningen till motsvarande förvärmd amplifieringsmikrobrunn,
vilken förseglas för att förhindra kontaminering och inkuberas i en av två temperaturreglerade fluorescensavläsare. Närvaro eller frånvaro av C. trachomatis-dna fastställs genom att beräkna fluorescenstoppen (max. relativa fluorescensenheter, MaxRFU) under amplifieringsprocessen och jämföra detta mätvärde med ett förutbestämt gränsvärde. Förutom fluorescensproben som används för att detektera amplifierat mål-dna från C. trachomatis, införlivas en andra fluorescensmärkt oligonukleotid i varje reaktion. Extraktionskontrolloligonukleotiden är märkt med ett annat färgämne än det som används vid detektering av det C. trachomatis-specifika målet och används för att bekräfta validiteten i extraktionsprocessen. Extraktionskontrollen torkas i extraktionsrören och rehydreras vid tillsats av provoch extraktionsreagenser. När extraktionsprocessen är klar bevakas extraktionskontrollfluorescensen av BD Viperinstrumentet och en automatiserad algoritm tillämpas på både extraktionsspecifika och C. trachomatis-specifika signaler för att rapportera prov som positiva, negativa eller extraktionskontrollfel. REAGENSER Varje BD ProbeTec CT Q x Reagent Pack (reagenspack) innehåller: Primningsmikrobrunnar för CT Q x Amplified DNA Assay, 12 x 96: varje primningsmikrobrunn innehåller cirka 110 pmol oligonukleotider, 45 pmol fluorescensmärkt detektorprob, 80 nmol dntps, med stabiliseringsmedel och buffertkomponenter. Amplifieringsmikrobrunnar för CT Q x Amplified DNA Assay, 12 x 96: varje amplifieringsmikrobrunn innehåller cirka 100 enheter DNA-polymeras och 620 enheter restriktionsenzym, med stabiliseringsmedel och buffertkomponenter. OBS! Varje påse med mikrobrunnar innehåller en påse med desickant. Control Set for the BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assays (kontrollset för BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assay): 24 CT/GC Q x positiva kontrollrör med cirka 2 400 kopior av respektive pctb4 och pgcint3 lineariserad plasmid i carriernukleinsyra och 24 CT/GC Q x negativa kontrollrör med endast carriernukleinsyra. Koncentrationer av pctb4- och pgcint3-plasmider fastställs med ultraviolett spektrofotometri. CT/GC Q x Swab Diluent (diluent för pinnprov) för BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assay: 48 rör som vardera innehåller ca 2 ml kaliumfosfat/kaliumhydroxidbuffert med DMSO och konserveringsmedel. BD FOX Extraction Tubes (extraktionsrör) för BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assay: 48 remsor med 8 rör, som vardera innehåller cirka 10 mg järnoxid i upplöst film och cirka 240 pmol fluorescensmärkt extraktionskontrollnukleotid. Extraction Reagent and Lysis Trough (extraktionsreagens- och lyseringstråg) för BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assay: varje extraktionsreagenstråg innehåller cirka 16,5 ml bindande syra, 117 ml tvättbuffert, 35 ml elueringsbuffert och 29 ml neutraliseringsbuffert med konserveringsmedel; varje lyseringstråg innehåller cirka 11,5 ml lyseringsreagens. Instrument, utrustning och material Tillhandahållet material: BD Viper Instrument, BD Viper Instrument Plates (instrumentplattor), BD Viper Pipette Tips (pipettspetsar), BD Viper Tip Waste Boxes (lådor för spetsavfall), BD Viper Amplification Plate Sealers (Black) (svarta plattförseglare för amplifiering), BD Viper Lysing Heater (lyseringsvärmare), BD Viper Lysing Rack (lyseringsställ), BD Viper Neutralization Pouches (neutraliseringspåsar), provrör och lock för användning på BD Viper (extraktionsläge), Urine Preservative Transport for the BD ProbeTec Q x Amplified DNA Assays (Q x UPT) (transportsats för urin med konserveringsmedel), Female Endocervical Specimen Collection Kit for the BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assays (kit för provtagning från endocervix), Male Urethral Specimen Collection Kit for the BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assays (kit för prov från manlig uretra), Vaginal Specimen Transport for the BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assay (vaginalprovtransportrör), BD ProbeTec Accessories (tillbehör). Material som krävs men ej medföljer: Nitrilhandskar, 1 % (vol/vol) natriumhypoklorit*, DNA AWAY, 3 % (vikt/vol) väteperoxid, Chlamydia trachomatis ATCC VR-902B (spädd i fosfatbuffrad koksaltlösning) eller Blackhawk AmpliTrol CT/GC. *Blanda 200 ml natriumhypoklorit med 800 ml vatten. Gör i ordning en färsk blandning dagligen. Förvaring och hantering: Reagenserna kan förvaras vid 2 33 C. Oöppnade reagenspack är hållbara fram till utgångsdatum. Efter att påsen öppnats är mikrobrunnarna hållbara i 6 veckor, förutsatt att påsen är ordentligt försluten, eller fram till utgångsdatum, beroende på vilket som inträffar först. Får ej frysas. Varningar och försiktighetsbeaktanden Allmänt: 1. För in vitro-diagnostik. 2. Patogena mikroorganismer, inklusive hepatitvirus och humant immunbristvirus, kan förekomma i kliniska prover. Allmänna försiktighetsbeaktanden 10-13 och institutionens riktlinjer bör följas vid hantering av alla föremål som kontaminerats med blod eller andra kroppsvätskor. 3. För ytterligare specifika varningar, försiktighetsbeaktanden och anmärkningar beträffande BD Viper, hänvisas till BD Viper System användarhandbok. Prov: 4. Endast Female Endocervical Specimen Collection Kit for the BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assays får användas för pinnprovtagning från cervix. 5. Endast Vaginal Specimen Transport for the BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assays får användas för egenprovtagning och transport av vaginala pinnprover. 6. Endast Male Urethral Specimen Collection Kit for the BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assays får användas för provtagning från manlig uretra. 7. Endast Q x UPT eller urin utan konserveringsmedel (ren) får användas för urinprover. 8. Om provrör eller Q x UPT ej dispenseras med tillräcklig mängd urin eller dispenseras för mycket kan detta påverka analysen. Om rören fylls för mycket kan detta även orsaka vätskespill på BD Viper-ytan och orsaka kontamination. 2
9. För uretraprov från män och cervixpinnprover från kvinnor måste proverna tas och testas före utgångsdatum för CT/GC Q x -röret med diluent. 10. För vaginala prover måste proverna tas och bearbetas före utgångsdatum för Vaginal Specimen Transport. När de exprimerats måste proverna testas före utgångsdatum för CT/GC Q x diluentrör. 11. För urinproverna måste proverna testas före utgångsdatum för Q x UPT Analys/reagens: 12. Detta reagenspaket är avsett för analys av cervixprover och egentagna (på klinisk mottagning) vaginala pinnprover, prov från manlig uretra samt urinprover från män och kvinnor med BD Viper System i extraktionsläge. 13. Q x UPT innehåller NAP Guard (cirka 742,5 mm K 2 EDTA). NAP Guard kan irritera ögonen, huden och luftvägarna. Vid kontakt med ögonen, öppna ögat och spola genast med mycket vatten och kontakta läkare om symtom kvarstår. Vid kontakt med huden, tvätta omedelbart med mycket tvål och vatten. Vid inandning, kontakta läkare om problem uppstår. 14. Använd endast prov- och kontrollrör med punkterbara lock på BD Viper System i extraktionsläge. Avlägsna inte punkterbara lock innan instrumentet körs. Se till att byta ut eventuella punkterade lock med nya punkterbara lock innan instrumentet körs. 15. Byt inte ut och blanda inte reagenser från satser med olika partinummer. 16. CT/GC Q x Swab Diluent för BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assay innehåller dimetylsulfoxid (DMSO). DMSO är farligt vid inandning, hudkontakt och förtäring. Undvik kontakt med ögonen. Vid kontakt med ögonen, skölj omedelbart med rikligt med vatten och kontakta läkare. Vid kontakt med huden skall huden omedelbart tvättas av med rikligt med vatten. 17. CT/GC Q x Swab Diluent-röret från Female Endocervical Specimen Collection Kit eller Male Urethral Specimen Collection Kit skall ej analyseras om provtagningspinnen saknas i transportröret som levereras till laboratoriet. Falskt negativt analysresultat kan annars erhållas. 18. Använd endast de BD Viper Pipette Tips som levereras med BD Viper System. 19. Extraction Reagent and Lysis Troughs för BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assay innehåller frätande substanser. Användning av skyddskläder som nitrilhandskar, skyddsglasögon och labbrockar vid hantering av dessa reagenser rekommenderas starkt. Dessa lösningar har en frätande effekt och kan orsaka svårartade brännskador på hud och slemhinnor. Undvik kontakt med ögon och hud. Undvik att andas in rök, ånga eller sprej. Farligt vid förtäring. Ät och drick inte i närheten av dessa reagenser. Om du kommer i kontakt med reagenserna skall du omedelbart ta av kontaminerade kläder. Tvätta huden med tvål och vatten och skölj noga. Vid kontakt med ögonen, skölj omedelbart med rikligt med vatten och kontakta läkare. 20. Endast BD Viper Amplification Plate Sealers (Black) får användas på amplifieringsplattorna med BD Viper System. Användning av genomskinliga förseglare på amplifieringsplattorna kan ge felaktiga resultat. 21. Reagenspåsarna med oanvända primningsmikrobrunnar och amplifieringsmikrobrunnar MÅSTE återförslutas noggrant efter att de öppnats. Kontrollera att desickanten finns med innan reagenspåsarna försluts. 22. Eftersom den positiva CT/GC Q x -kontrollen används för både CT Q x - och GC Q x -analys är det viktigt att mikrobrunnraderna är korrekt placerade så att rapporteringen av de slutliga resultaten blir riktig. 23. Plattan innehållande amplifieringsmikrobrunnarna MÅSTE vara ordentligt förseglad med BD Viper Amplification Plate sealer (Black) för amplifiering innan plattan flyttas från BD Viper System. Förseglingen säkerställer en sluten reaktion för amplifiering och detektion och är nödvändig för att undvika att instrumentet och arbetsområdet kontamineras med amplifieringsprodukter. Förseglingsmaterialet får inte vid något tillfälle avlägsnas från mikrobrunnarna. 24. Restvätska i primningsmikrobrunnarna (efter överföring av vätska från primningsmikrobrunnarna till amplifieringsmikrobrunnarna) utgör en källa till kontaminering av provet. Försegla primningsmikrobrunnarna noga med en plattförseglare innan de bortskaffas. 25. För att förhindra att arbetsområdet kontamineras med amplifieringsprodukter skall avfallspåsarna som medföljer i tillbehörssatsen användas för bortskaffning av använda amplifieringsmikrobrunnar. Kontrollera att påsarna är ordentligt förslutna innan de bortskaffas. 26. Även om särskilt avdelade arbetsområden inte behövs eftersom BD Viper-systemets design reducerar risken för kontaminering med amplifieringsprodukter i testområdet, krävs dock andra försiktighetsåtgärder för att förhindra kontaminering, i synnerhet kontaminering av prover under hantering. 27. BYT HANDSKARNA om de kommer i kontakt med prover eller blir våta, så att kontaminering av andra prover undviks. Handskarna skall även bytas innan man lämnar eller när man kommer in i arbetsområdet. 28. I händelse av att arbetsområdet eller utrustningen kontamineras av prover eller kontroller skall det kontaminerade området omsorgsfullt rengöras med 1 % (v/v) natriumhypoklorit, DNA AWAY eller 3 % (vikt/ volym) väteperoxid (använd ej väteperoxid från en flaska som varit öppen längre än 8 dagar) och skölj noga med vatten. Låt ytan torka fullständigt innan du fortsätter med arbetet. 29. I händelse av spill på BD Viper Lysing Rack ska stället sänkas ned i 1 % (v/v) natriumhypoklorit i 1 2 min. Överskrid ej 2 min. Skölj stället noga med vatten och låt det lufttorka. 30. Rengör dagligen hela arbetsområdet arbetsbänkar och instrumentytor med 1 % (vol/vol) natriumhypoklorit. Skölj noga med vatten. Låt ytorna torka fullständigt innan du fortsätter med testningen. 31. Kontakta BD Teknisk service om det händer något ovanligt, såsom spill i BD Viper-instrumentet eller DNAkontamination som inte kan åtgärdas med hjälp av rengöring. 3
PROVTAGNING MED PINNE, FÖRVARING OCH TRANSPORT Prestandauppgifter för pinnprover i denna bipacksedel har fastställts med de BD ProbeTec provtagningskit som anges. Prestanda med andra provtagningsenheter än vad som anges har inte utvärderats. Female Endocervical Specimen Collection Kit for the BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assays Vaginal Specimen Transport for the BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assays Male Urethral Specimen Collection Kit for the BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assays Provtagning med pinne Provtagning från cervix med pinne med användning av Female Endocervical Specimen Collection Kit for the BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assays 1. Ta ut rengöringspinnen ur förpackningen. 2. Använd rengöringspinnen med polyesteränden på vitt skaft för att avlägsna blod och mukus från cervix. 3. Kasta den använda rengöringspinnen. 4. Ta ut den rosa provtagningspinnen ur förpackningen. 5. För in provtagningspinnen i cervikalkanalen och vrid runt pinnen i 15 30 s. 6. Dra försiktigt tillbaka provtagningspinnen. Se till att pinnen inte vidrör vaginalslemhinnan. 7. Ta av locket på röret med CT/GC Q x spädningsvätska för pinnprover. 8. Sätt ned provtagningspinnen hela vägen i röret med CT/GC Q x spädningsvätska. 9. Bryt av skaftet på pinnen vid skåran. Var försiktig så att innehållet inte stänker. 10. Sätt på locket ordentligt på röret. 11. Märk röret med patientuppgifter och datum/klockslag för provtagningen. 12. Sänd provet till laboratoriet. Egenprovtagning med vaginalpinne utförd av patienten med användning av Vaginal Specimen Transport for the BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assays OBS! Försäkra dig om att patienten har läst provtagningsanvisningarna innan du ger ut ett provtagningskit. 1. Tvätta händerna med tvål och vatten. Skölj av och torka. 2. Det är viktigt att du står bekvämt och balanserat under själva provtagningsmomentet. 3. Vrid locket för att bryta förseglingen. Dra ut locket med fastsittande pinne från röret. Vidrör inte den mjuka änden och lägg inte ifrån dig pinnen. Om du vidrör eller tappar pinnens ände eller om du lägger ifrån dig pinnen, ska du slänga pinnen och be om en ny provtagningspinne. 4. Håll i locket på pinnen med ena handen så att pinnens ände är riktad mot dig. 5. Sära på huden kring slidan med den andra handen. För in pinnens ände i slidöppningen. Rikta änden mot ryggslutet och slappna av i musklerna. 6. För försiktigt in pinnen högst 5 cm i slidan. Om det är svårt att föra in pinnen, underlättar det om du vrider den försiktigt samtidigt som du för in den. Om det fortfarande är svårt ska du inte fortsätta. Se till att pinnen vidrör slidväggarna så att fukt kan absorberas av pinnens ände. 7. Snurra pinnen i 10 15 s. 8. Dra ut pinnen utan att den vidrör huden. Sätt pinnen i röret och stäng locket. 9. Tvätta händerna med tvål och vatten när du är klar. Skölj av och torka händerna. 10. Lämna röret med provtagningspinnen till sjuksköterskan eller annan personal enligt givna instruktioner. 11. Märk bägaren med patientuppgifter och datum/klockslag för provtagningen. 12. Sänd provet till laboratoriet. Provtagning från manlig uretra med pinne med användning av Male Urethral Specimen Collection Kit for the BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assays: 1. Ta ut provtagningspinnen ur förpackningen. 2. För in provtagningspinnen 2 4 cm i uretra och vrid runt pinnen i 3 5 s. 3. Dra tillbaka provtagningspinnen. 4. Ta av locket på röret med CT/GC Q x spädningsvätska för pinnprover. 5. Sätt ned provtagningspinnen hela vägen i röret med CT/GC Q x spädningsvätska. 6. Bryt av skaftet på pinnen vid skåran. Var försiktig så att innehållet inte stänker. 7. Sätt på locket ordentligt på röret. 8. Märk röret med patientuppgifter och datum/klockslag för provtagningen. 9. Sänd provet till laboratoriet. Förvaring och transport av provtagningspinne Tabell 1 ger anvisningar för förvarings- och transportförhållanden till laboratoriet och/eller analysplatsen för pinnprover. Provtagningspinnar med cervixprov och prov från manlig uretra måste förvaras och transporteras till laboratoriet och/eller analysplatsen inom 30 dagar efter provtagning om de förvaras vid 2 30 C eller inom 180 dagar efter provtagning om de förvaras frysta vid -20 C. Egentagna vaginala pinnprover måste förvaras och transporteras till laboratoriet och/eller analysplatsen inom 14 dagar efter provtagning om de förvaras vid 2 30 C eller inom 180 dagar efter provtagning om de förvaras frysta vid -20 C. Egentagna vaginala pinnprover som har exprimerats i CT/GC Q x Swab Diluent kan förvaras och bearbetas inom 30 dagar after exprimering om de förvaras vid 2 30 C eller inom 180 dagar efter exprimering om de förvaras frysta vid -20 C. 4
Tabell 1: Förvaring och transport av provtagningspinne TYP AV PINNPROV SOM SKA BEARBETAS Temperaturförhållande vid transport till laboratoriet och förvaring Bearbeta prov enligt instruktioner PINNPROV FRÅN CERVIX/ PINNPROV FRÅN MANLIG URETRA TORRT VAGINALT PINNPROV (PROVTAGNINGSPLATS) VAGINALT PINNPROV EXPRIMERAT VAGINALT PINNPROV (LABORATORIET) 2 30 C -20 C 2 30 C -20 C 2 30 C -20 C Inom 30 dagar efter provtagning Inom 180 dagar efter provtagning Exprimera och Exprimera och analysera inom analysera inom 14 dagar efter 180 dagar efter provtagning provtagning Inom 30 dagar efter exprimering Inom 180 dagar efter exprimering För inrikes eller utrikes försändelser skall proverna märkas i enlighet med gällande statliga och internationella bestämmelser avseende transport av kliniska prover och etiologiska/infektiösa agens. Angiven förvaringstid och temperatur skall iakttagas under hela transporten. Provtagning, förvaring och transport av urinprover För urinprov har prestandan fastställts med Q x UPT och med urin som tagits i en steril provtagningsbägare av plast utan konserveringsmedel (dvs. ren urin utan konserveringsmedel). Prestandan med andra provtagningsmetoder och -enheter har inte utvärderats. Provtagning av urin 1. Patienten bör ej ha urinerat på minst 1 tim före provtagning. 2. Samla provet i en steril provtagningsbägare utan konserveringsmedel. 3. Patienten ska fånga upp de första 20 60 ml av den kastade urinen (första strålen urin EJ mittstrålen) i en urinprovtagningsbägare. 4. Sätt på lock och märk bägaren med patientuppgifter och datum/klockslag för provtagningen. Överföring av urin till Q x UPT OBS! Urinprovet ska överföras från provtagningsbägaren till Q x UPT inom 8 tim efter provtagning, förutsatt att urinprovet har förvarats vid 2 30 C. Urinprov som förvaras vid 2 8 C kan förvaras i upp till 24 tim före överföring till Q x UPT. Vid hantering av Q x UPT-röret och urinprovet skall rena handskar användas. Om handskarna kommer i kontakt med prover skall de omedelbart bytas så att kontaminering av andra prover undviks. 1. Öppna Q x UPT sats för provtagning och transport och ta ut Q x UPT och överföringspipetten från förpackningarna. 2. Märk Q x UPT med patientuppgifter och datum/klockslag för provtagningen. 3. Håll Q x UPT upprätt och knacka rörets botten ordentligt mot ett plant underlag så att eventuella stora droppar lossnar från korken. Upprepa om det behövs. 4. Ta av korken från Q x UPT och dispensera urin i röret med hjälp av överföringspipetten. Rätt urinmängd har tillsatts när vätskenivån befinner sig mellan de svarta linjerna på fyllnadsfönstret som syns på Q x UPT-etiketten. Denna volym motsvarar cirka 2,0 3,0 ml urin. Röret får INTE fyllas för mycket eller för lite. 5. Kasta överföringspipetten i en behållare för biologiskt riskavfall. OBS! Överföringspipetten är avsedd att användas till ett enda prov. 6. Dra åt korken ordentligt på Q x UPT. 7. Vänd Q x UPT 3 4 gånger så att prov och reagens blandas ordentligt. Q x UPT Förvaring och transport av urinprov Q x UPT urinprov skall förvaras och transporteras vid 2 30 C och förvärmas inom 30 dagar efter överföringen till Q x UPT. Proven kan förvaras i Q x UPT vid -20 C i upp till 180 dagar före förvärmning. Förvaring och transport av ren urin Förvara och transportera prover med ren urin från provtagningsplatsen till laboratoriet vid 2 8 C och förvärm dem inom 7 dagar efter provtagning. Ren urin som förvaras vid 2 30 C måste förvärmas inom 30 tim efter provtagning. Urinprover med ren urin kan även förvaras frysta vid -20 C i upp till 180 dagar före förvärmning. 5
Tabell 2: Förvaring och transport av urinprov Typ av urinprov som ska bearbetas Q x UPT RENT Alternativ för urinhantering före överföring till Q x UPT Temperaturförhållande vid förvaring och transport till laboratoriet Bearbeta och analysera prov enligt instruktioner Förvara urinprovet vid 2 30 C och överför till Q x UPT inom 8 tim efter provtagning eller Förvara urinprovet vid 2 8 C och överför till Q x UPT inom 24 tim efter provtagning eller Överför till Q x UPT omedelbart 2 8 C 2 30 C -20 C 2 8 C 2 30 C -20 C Inom 30 dagar efter överföring till Q x UPT Inom 180 dagar efter överföring till Q x UPT Inom 7 dagar efter provtagning Inom 30 tim efter provtagning Inom 180 dagar efter provtagning BEARBETNING AV PINNPROV Bearbetningsprocedur för Female Endocervical Specimen Collection Kit för BD ProbeTec Chlamydia trachomatis/ Neisseria gonorrhoeae (CT/GC) Q x Amplified DNA Assay eller Male Urethral Specimen Collection Kit for the BD ProbeTec Chlamydia trachomatis/neisseria gonorrhoeae (CT/GC) Q x Amplified DNA Assays OBS! Om proverna är kylda eller frysta, se till att de når rumstemperatur och blandats genom att vändas upp och ned innan du fortsätter. 1. Använd provrörslayoutrapporten som vägledning och placera CT/GC Q x diluentrör med svart punkterbart lock i rätt ordning i BD Viper Lysing Rack och lås fast. 2. Upprepa steg 1 för ytterligare pinnprover. 3. Proverna är nu klara att förvärmas. 4. Byt handskar innan du fortsätter, så att kontaminering undviks. Bearbetningsprocedur för Vaginal Specimen Transport for the BD ProbeTec Chlamydia trachomatis/neisseria gonorrhoeae (CT/GC) Q x Amplified DNA Assays OBS! Vid hantering av vaginala pinnprover skall rena handskar användas. Om handskarna kommer i kontakt med ett prov skall de omedelbart bytas så att kontaminering av andra prover undviks. OBS! Om proverna är kylda eller frysta, se till att de har uppnått rumstemperatur före exprimering. 1. Märk ett förfyllt diluentrör för BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assay för varje pinnprov som ska bearbetas. 2. Ta av locket och för in pinnprovet i CT/GC Q x -diluenten. Blanda genom att röra om med pinnen i CT/GC Q x Swab Diluent i 5 10 s. 3. Pressa provtagningspinnen mot rörets insida så att vätskan rinner ut ur pinnen och tillbaka ned i röret. 4. Ta ut pinnen försiktigt från CT/GC Q x diluentröret så att det inte stänker. 5. Sätt tillbaka den exprimerade pinnen i transportröret och kassera det som biologiskt riskavfall. 6. Sätt på det svarta punkterbara locket ordentligt på CT/GC Q x diluentrör. 7. Upprepa steg 1 6 för ytterligare pinnprover. 8. Använd provrörslayoutrapporten som vägledning och placera röret i rätt ordning i BD Viper Lysing Rack och lås fast. 9. Proverna är nu klara att förvärmas. 10. Byt handskar innan du fortsätter, så att kontaminering undviks. BEARBETNING AV URINPROV OBS! Om proverna är kylda eller frysta, se till att de når rumstemperatur och blandats genom att vändas upp och ned innan du fortsätter. Bearbetningsprocedur för Q x UPT 1. Se till att urinnivån i varje Q x UPT-rör ligger mellan linjerna som finns på rörets etikett. Om röret ej fylls tillräckligt eller fylls för mycket kan detta påverka analysens prestanda. Om röret fylls för mycket kan detta även orsaka vätskespill på BD Viper-ytan och orsaka kontamination. 2. Se till att Q x UPT-röret har ett svart punkterbart lock. 3. Upprepa steg 1 och 2 för ytterligare Q x UPT-prover. 4. Använd provrörslayoutrapporten som vägledning och placera Q x UPT-röret i rätt ordning i BD Viper Lysing Rack och lås fast. 5. Proverna är nu klara att förvärmas. 6. Byt handskar innan du fortsätter, så att kontaminering undviks. Bearbetningsprocedur för urinprover utan konserveringsmedel (rena) OBS! Vid hantering av urinprov skall rena handskar användas. Om handskarna kommer i kontakt med ett prov skall de omedelbart bytas så att kontaminering av andra prover undviks. 1. Märk ett provrör för användning på BD Viper System (extraktionsläge) med patientuppgifter och datum/klockslag för provtagningen. 6
2. Snurra på urinbehållaren så att urinen blandas och öppna försiktigt. OBS! Öppna behållaren försiktigt så att spill som kan kontaminera handskarna eller arbetsområdet undviks. 3. Ta av korken och överför urinprovet till röret med en pipett. Rätt urinmängd har tillsatts när vätskenivån befinner sig mellan de svarta linjerna på fyllnadsfönstret som syns på etiketten. Denna volym motsvarar cirka 2,0 3,0 ml urin. Röret får INTE fyllas för mycket eller för lite. 4. Dra åt ett svart punkterbart lock ordentligt på varje rör. 5. Upprepa steg 1 t.o.m. 4 för varje urinprov. Använd en ny pipett eller pipettspets för varje prov. 6. Använd provrörslayoutrapporten som vägledning och placera de rena urinproven i rätt ordning i BD Viper Lysing Rack och lås fast. 7. Proverna är nu klara att förvärmas. 8. Byt handskar innan du fortsätter, så att kontaminering undviks. OBS! Förvärmningssteget måste startas inom 30 tim efter provtagningen om urinen har förvarats vid 2 30 C; inom 7 dagar efter provtagning om den har förvarats vid 2 8 C; eller inom 180 dagar om den har förvarats vid -20 C. Beredning av kvalitetskontroll OBS! Kontrollerna skall inte rehydreras innan de sätts i BD Viper Lysing Rack. 1. Använd provrörslayoutrapporten som vägledning och sätt CT/GC Q x negativa kontroller i korrekta positioner i BD Viper Lysing Rack. 2. Använd provrörslayoutrapporten som vägledning och sätt CT/GC Q x positiva kontroller i korrekta positioner i BD Viper Lysing Rack. 3. Kontrollerna är nu klara att förvärmas tillsammans med proverna, om så önskas. FÖRVÄRMNINGSFÖRFARANDE FÖR PINNPROVER OCH URINPROVER OBS! Förvärmningsproceduren måste utföras på alla pinnprover och urinprover för att säkerställa att provmatrix är homogen innan proverna sätts i BD Viper System. Om proverna inte förvärms kan detta påverka prestanda hos BD ProbeTec CT/GC Q x Assay och/eller BD Viper System. Pinnprover och urinprover måste förvärmas. Förvärmning av kontroller är dock valfritt. OBS! Kylda eller frysta prover måste nå rumstemperatur innan de förvärms. 1. Sätt BD Viper Lysing Rack i BD Viper Lysing Heater. 2. Förvärm proverna i 15 minuter vid 114 ± 2 C. 3. Avlägsna Lysing Rack från Lysing Heater och låt proverna svalna vid rumstemperatur i minst 15 min innan de laddas i BD Viper-instrumentet. 4. Se testförfarandet för analys av prover och kontroller. 5. Efter förvärmning kan proverna förvaras i 7 dagar vid 2 30 C eller i 180 dagar vid -20 C utan ytterligare förvärmning innan de analyseras på BD Viper System. TESTFÖRFARANDE Se BD Viper-instrumentets användarhandbok (extraktionsläge) för specifik information om användning och underhåll av systemets komponenter. Optimala miljövillkor för CT Q x -analysen befanns vara 18 27 C och 20 85 % relativ fuktighet. KVALITETSKONTROLL Kvalitetskontroll måste utföras i enlighet med gällande bestämmelser eller ackrediteringskrav samt laboratoriets fastställda rutiner för kvalitetskontroll. Det rekommenderas att användaren konsulterar gällande CLSI-riktlinjer och CLIA-föreskrifter för lämpliga kvalitetskontrollförfaranden. Control Set for the BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assays tillhandahålles separat. En positiv och en negativ kontroll måste inkluderas i varje analysomgång samt för varje nytt reagenspartinummer. Kontroller måste placeras i enlighet med BD Viper-instrumentets användarhandbok. Den positiva CT/GC Q x -kontrollen används endast för att övervaka större reagensfel. Den negativa CT/GC Q x -kontrollen används för att övervaka kontaminering av reagens och/eller omgivning. Ytterligare kontroller kan analyseras i enlighet med riktlinjer eller krav utfärdade av lokala, statliga och/eller kommunala myndigheter eller ackrediteringsorganisationer. Se CLSI C24-A3 för ytterligare vägledning om lämpliga analysförfaranden för intern kvalitetskontroll. 14 Den positiva kontrollen innehåller cirka 2 400 kopior per ml pctb4 och pgcint3 lineariserad plasmid. Extraktionskontrolloligonukleotiden används för att bekräfta validiteten i extraktionsprocessen. Extraktionskontrollen torkas i extraktionsrören och rehydreras av BD Viper System vid tillsats av prov- och extraktionsreagenser. När extraktionsprocessen är klar bevakas extraktionskontrollfluorescensen av instrumentet och en automatiserad algoritm tillämpas på både extraktionsspecifika och C. trachomatis-specifika signaler för att rapportera prov som positiva, negativa eller extraktionskontrollfel. Allmän kvalitetskontrollinformation för BD Viper System: Mikrobrunnarnas läge visas på en färgmärkt plattlayoutskärm på LCD-bildskärmen. Plusmärket (+) inuti mikrobrunnen anger det positiva QC-provet. Minusmärket ( ) inuti mikrobrunnen anger det negativa QC-provet. Ett kvalitetskontrollpar måste loggas in för varje reagenspartinummer och för varje platta som ska analyseras. Om kvalitetskontrollparen inte har loggats in visas en meddelanderuta som gör att stället inte kan sparas och det inte går att fortsätta. Maximalt två kvalitetskontrollpar per ställ tillåts. Ytterligare kontrollmaterial kan läggas till förutsatt att de loggas in som prover. OBS! BD Viper System kommer att rehydrera kontrollerna under analysomgången. Försök inte hydrera analyskontrollerna innan de sätts i BD Viper Lysing Rack. 7
Kör en platta på ett BD Viper System: De två första lägena (A1 och B1) reserveras för positiva (A1) respektive negativa (B1) kontroller. Det första tillgängliga läget för ett patientprov är C1. Kör två plattor på ett BD Viper System: För platta nummer ett reserveras de två första lägena (A1 och B1) för positiva (A1) respektive negativa (B1) kontroller. Det första tillgängliga läget för ett patientprov är C1. För platta nummer två (hel platta) reserveras de två sista lägena (G12 och H12) för positiva (G12) respektive negativa (H12) kontroller. För platta nummer två (partiell platta) tilldelas de två sista lägena efter det sista patientprovet automatiskt som positiva respektiva negativa kontroller. Tolkning av kvalitetskontrollresultat: För att patientresultaten skall kunna erhållas måste analysresultatet för de positiva och negativa CT/GC Q x - kontrollerna utfalla positivt respektive negativt. Om resultaten för kontrollerna inte utfaller som förväntat betraktas analysomgången som ogiltig och patientresultaten rapporteras inte av instrumentet. Om endera kontrollen inte ger de förväntade resultaten ska hela analysomgången upprepas med ett nytt set kontroller, nya extraktionsrör, nytt extraktionsreagenstråg, nytt lyseringstråg och nya mikrobrunnar. Om den upprepade kvalitetskontrollen inte ger förväntat resultat skall BD Teknisk service kontaktas. Om den C. trachomatis-specifika signalen är större än eller lika med tröskelvärdet 125 max. relativa fluorescensenheter (MaxRFU), ignoreras extraktionskontrollfluorescensen av algoritmen. Om den C. trachomatis-specifika signalen underskrider tröskelvärdet 125 MaxRFU, används extraktionskontrollfluorescensen av algoritmen i tolkningen av resultatet. Tabell 3: Tolkning av kvalitetskontrollresultat Kontrolltyp Symbol för rapport om rörresultat CT Q x MaxRFU Utfall av kvalitetskontroll Positiv CT Q x -kontroll OK 125 Godkänt Positiv CT Q x -kontroll <125 Fel Positiv CT Q x -kontroll eller eller Alla värden Fel Negativ CT Q x -kontroll OK <125 Godkänt Negativ CT Q x -kontroll 125 Fel Negativ CT Q x -kontroll eller eller eller Alla värden Se Tolkning av testresultat för en beskrivning av symboler som förekommer i rörresultatrapporten. TOLKNING AV ANALYSRESULTAT BD ProbeTec CT Q x Amplified DNA Assay utnyttjar fluorescerande energiöverföring som detektionsmetod för undersökning av förekomst av C. trachomatis i kliniska prover. Alla beräkningar utförs automatiskt av BD Viperprogrammet. Närvaro eller frånvaro av C. trachomatis-dna fastställs genom att beräkna fluorescenstoppen (MaxRFU) under amplifieringsprocessen och jämföra detta mätvärde med ett förutbestämt gränsvärde. Storleken på MaxRFU-värdet är inte ett mått på hur stor mängd av organismen som finns i provet. Om den C. trachomatis-specifika signalen är större än eller lika med tröskelvärdet 125 MaxRFU, ignoreras extraktionskontrollfluorescensen av algoritmen. Om den C. trachomatis-specifika signalen underskrider tröskelvärdet 125 MaxRFU, används extraktionskontrollfluorescensen av algoritmen i tolkningen av resultatet. Om förväntade analyskontrollresultat ej erhålls, rapporteras inte patientresultaten. Se avsnittet om kvalitetskontroll för information om förväntade kontrollvärden. De rapporterade resultaten bestäms enligt följande: Fel 8
Tabell 4: Tolkning av testresultat för CT Q x -analys Rörrapport - Resultat CT Q x MaxRFU 125 Provsvar Tolkning Resultat C. trachomatis plasmid- DNA detekterat via SDA <125 C. trachomatis plasmid- DNA ej detekterat via SDA Positiv för C. trachomatis C. trachomatis-organismens viabilitet och/eller virulens kan inte avgöras eftersom mål-dna kan finnas närvarande i frånvaro av viabla organismer. Sannolikt negativ för C. trachomatis Ett negativt resultat utesluter inte infektion med C. trachomatis eftersom resultaten är beroende av korrekt provtagning, frånvaro av inhibitorer samt närvaro av tillräcklig mängd av det DNA som skall detekteras. <125 Extraktionskontroll misslyckades. Upprepa C. trachomatis ej detekterbart analysen på ursprungligt (om närvarande). provrör eller erhåll annat prov för analys. Alla värden Alla värden Alla värden Extraktionsöverföring misslyckades. Upprepa analysen på ursprungligt provrör eller erhåll annat prov för analys. Fel på vätskenivå Upprepa analysen på ursprungligt provrör eller erhåll annat prov för analys. C. trachomatis ej detekterbart (om närvarande). C. trachomatis ej detekterbart (om närvarande). Fel. Upprepa analysen på ursprungligt provrör C. trachomatis ej detekterbart eller erhåll annat prov för (om närvarande). analys. Positivt Negativt Extraktionskontroll misslyckades Extraktionsöverföring misslyckades Fel på vätskenivå Fel ProvBEarbetningskontroller Provbearbetningskontroller kan testas i enlighet med kraven fastställda av tillämpliga ackrediteringsorganisationer. En positiv provbearbetningskontroll testar hela analyssystemet. För detta ändamål kan kända positiva prover tjänstgöra som kontroller genom att de bereds och analyseras tillsammans med prover vars resultat är okända. Prover som används som bearbetningskontroller måste förvaras, beredas och analyseras enligt anvisningarna i bipacksedeln. Om ett känt positivt prov inte finns tillgängligt finns det ytterligare alternativ för provbearbetningskontroller (se nedan): ATCC Chlamydia trachomatis: Analysera en stamkultur av C. trachomatis LGV2 (ATCC-stammar VR-902B) preparerade enligt beskrivning nedan: 1. Tina en ampull med C. trachomatis LGV2-celler eller C. trachomatis-stamceller H som erhållits från ATCC. 2. Bered en 10-faldig spädningsserie ned till en spädning på 10 5 (minst 4 ml slutlig volym) i fosfatbuffrad koksaltlösning (PBS). 3. Häll 0,1 ml av 10 5 -spädningen i ett BD ProbeTec CT/GC Q x diluentrör och sätt på ett svart punkterbart lock ordentligt på röret. 4. Använd provrörslayoutrapporten som vägledning och placera provbearbetningskontrollen/-kontrollerna i rätt ordning i BD Viper Lysing Rack och lås fast. 5. Bered kontrollerna i enlighet med förvärmningsproceduren och följ sedan Testförfarandet. Blackhawk AmpliTrol - Chlamydia trachomatis & Neisseria gonorrhoeae: 1. Tina upp en ampull med Blackhawk AmpliTrol CT/GC. 2. Tillsätt 100 µl Blackhawk AmpliTrol CT/GC till ett BD ProbeTec CT/GC Q x diluentrör och sätt på ett svart punkterbart lock ordentligt på röret. 3. Blanda lösningen med vortexblandare eller genom att vända det upp och ned. 4. Använd provrörslayoutrapporten som vägledning och placera provbearbetningskontrollen(-kontrollerna) i rätt ordning i BD Viper Lysing Rack och lås fast. 5. Bered kontrollerna i enlighet med förvärmningsproceduren och följ sedan Testförfarandet. ÖVERVAKNING AV FÖREKOMST AV DNA-KONTAMINATION Följande testförfarande bör utföras minst en gång i månaden, för att kontrollera om arbetsområdet och utrustningens ytor har kontaminerats med DNA. Övervakning av miljön är av avgörande betydelse för att detektera kontaminering innan problem uppstår 1. Använd en ren provpinne från Female Endocervical Specimen Collection Kit for the BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assays för varje område som skall testas. 2. Doppa provtagningspinnen i BD ProbeTec CT/GC Q x -diluenten och torka av det första området* med en svepande rörelse. 3. Sätt ned provtagningspinnen hela vägen i röret med CT/GC Q x spädningsvätska. 4. Bryt av skaftet på pinnen vid skåran. Var försiktig så att innehållet inte stänker. 9
5. Sätt på det svarta punkterbara locket ordentligt på röret. 6. Upprepa ovanstående steg för varje område som skall testas. 7. När alla prover har tagits och exprimerats i diluent, bered dem enligt förvärmningsproceduren och följ testförfarandet. *Rekommenderade testområden inkluderar: Instrumentets bearbetningsområde: Skydden (2) på pipettspetsstationen; provrörsbearbetningsstation: Provrörsinriktningsblock och fixerad metallbas; avfallsområde, priming- och förvärmare/ stativ; extraktionsblock; plattförseglingsverktyg; spetsbytesstationer (2); instrumentets utsida: övre dörrhandtag; nedre dörrhandtag; snabbutlösningsventil för avfallsvätska; LCD-skärm (pekskärm); tangentbord/skanner; stativområde; låsplatta och fixerad metallbas; Tillbehör: Tube Lockdown cover (hölje för provrörslås), BD Viper Lysing Rack/bordsbas; BD Viper Lysing Heater; mikrobrunnsplattor av metall; tidtagarur; bänkytor i laboratoriet. Vid positivt resultat för ett område eller om kontaminering misstänks skall området tvättas med färsk 1 % (vol/vol) natriumhypoklorit, DNA AWAY eller 3 % (vikt/vol) väteperoxid. (Använd ej väteperoxid från en flaska som varit öppen längre än 8 dagar). Se till att hela området väts av lösningen och att lösningen får verka på ytan i minst två minuter eller tills den torkat. Torka vid behov bort överflödig rengöringslösning med en ren handduk. Torka av området med en ren handduk indränkt med vatten och låt ytan torka. Testa området på nytt. Upprepa rengöringen tills ett negativt resultat erhålls. Kontakta Teknisk service för ytterligare information om det inte går att få bukt med kontaminationen. PROCEDURENS BEGRÄNSNINGAR 1. Denna metod har testats endast med cervixprover, vaginala prover, pinnprover från manlig uretra samt urinprover från män och kvinnor. Prestandan vid användning med andra provtyper har ej utvärderats. 2. För optimalt resultat krävs att provtagning och hantering av proverna utförs korrekt. Se Provtagning och transport av prover i denna bipacksedel. 3. Kvaliteten hos ett cervixprov kan endast bedömas genom mikroskopisk visualisering av cylinderepitel i provet. 4. Provtagning och analys av urinprover med BD ProbeTec CT Q x Amplified DNA Assay är ej avsedd att ersätta undersökning av och provtagning från cervix i diagnostik av urogenital infektion. Cervicit, uretrit, urinvägsinfektion samt vaginala infektioner kan vara orsakade av andra agens och saminfektioner kan förekomma. 5. BD ProbeTec CT Q x Amplified DNA Assay av urinprover från män och kvinnor bör utföras på den första uppsamlade portionen urin (de första 20 60 ml av urinstrålen). 6. Effekterna av andra möjliga variabler, såsom vaginal sekretion, användning av tamponger, intimduschning och variabler avseende provtagning har ej fastställts. 7. Ett negativt analysresultat utesluter inte möjligheten av en infektion, eftersom analysresultaten kan påverkas av felaktig provtagningsteknik, tekniska fel, förväxling av prover, pågående antibiotikabehandling eller antalet organismer i provet, vilket kan ligga under analysens sensitivitet. 8. Som vid många diagnostiska tester skall resultaten som erhålls med BD ProbeTec CT Q x Amplified DNA Assay tolkas i kombination med andra laboratorie- eller kliniska data som läkaren har tillgång till. 9. BD ProbeTec CT Q x Amplified DNA Assay kan inte detektera plasmidfria varianter av C. trachomatis. 10. BD ProbeTec CT Q x Amplified DNA Assay skall ej användas för bedömning av misstänkta sexuella övergrepp eller på andra medicinjuridiska indikationer. I alla situationer där falskt positiva eller falskt negativa resultat skulle kunna få oönskade medicinska, sociala eller psykologiska konsekvenser, rekommenderas att ytterligare testning utförs. 11. BD ProbeTec CT Q x Amplified DNA Assay kan inte användas för att bedöma huruvida behandlingen varit framgångsrik eller misslyckad, eftersom nukleinsyror från C. trachomatis kan kvarstå även efter antimikrobiell behandling. 12. BD ProbeTec CT Q x Amplified DNA Assay ger kvalitativa resultat. Den positiva analyssignalens storlek (MaxRFU) och antalet celler i ett infekterat prov är inte korrelerade med varandra. 13. Det prediktiva värdet hos en analys är beroende av prevalensen för sjukdomen i en viss population. Se tabell 5 för hypotetiska prediktiva värden vid testning av olika populationer. 14. Eftersom den positiva kontrollen för BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assay används för både C. trachomatis och N. gonorrhoeae är det viktigt att mikrobrunnraderna är korrekt placerade så att rapporteringen av de slutliga resultaten blir riktig. 15. Användning av BD ProbeTec CT Q x Amplified DNA Assay skall begränsas till personal med utbildning i analysförfarandet och BD Viper System. 16. Reproducerbarheten hos BD ProbeTec CT Q x Amplified DNA Assay har fastställts med användning av inokulerade simulerade prover och inokulerad CT/GC Q x Swab Diluent som stimulerade urinprover. Dessa prover inokulerades med antingen enbart C. trachomatis eller C. trachomatis plus N. gonorrhoeae. 17. Prestanda har ej fastställts för andra fyllnadsvolymer för urinprover i Q x UPT än de som faller mellan de svarta linjerna på fyllnadsfönstret (cirka 2,0 ml till 3,0 ml). 18. BD ProbeTec CT Q x Amplified DNA Assay på BD Viper System i extraktionsläge med pinnprover har utvärderats med avseende på interferens av blod, gynekologiska glidmedel samt spermicida medel. Resultaten med urinprover utvärderades med avseende på interferens av blod och ofta använda, receptfria smärtstillande medel. Ingen interferens noterades med någon av substanserna vid de testade koncentrationerna. 19. Egentagna vaginala pinnprover erbjuder en möjlighet att screena kvinnor när en gynekologisk undersökning i övrigt inte är indicerad. 20. Användning av egentagna vaginala pinnprover begränsas till vårdinrättningar där stöd/rådgivning finns tillgänglig så att förfaranden och försiktighetsbeaktanden kan förklaras. 21. BD ProbeTec CT Q x Amplified DNA Assay har inte validerats för vaginala pinnprover tagna av patienter i hemmet. 22. Resultat med vaginala pinnprover har inte utvärderats hos patienter som var yngre än 17 år. 23. Prestanda för vaginala pinnprover har inte utvärderats för gravida kvinnor. 10
FÖRVÄNTADE RESULTAT OBS! En förklaring till symbolerna och förkortningarna som används i tabellerna finns i avsnittet Tolkning av tabeller (i slutet av bipacksedeln). A. Prevalens Prevalensen av positiva C. trachomatis-prover i patientpopulationer beror av: typ av klinik, ålder, riskfaktorer, kön samt testmetod. Den prevalens som observerades vid användning av CT Q x -analysen i en klinisk multicenterstudie varierade mellan 8,5 och 18,3 % för prover från kvinnor och mellan 0 och 24,1 % för prover från män (tabell 9). B. Positivt och negativt prediktivt värde Hypotetiska positiva och negativa värden (PPV & NPV) för CT Q x -analysen visas i tabell 5. Dessa beräkningar är baserade på den hypotetiska prevalensen och generella sensitiviteten och specificiteten (jämfört med patientens infektionsstatus) på 94,5 % respektive 98,9 %. PPV och NPV baserade på faktisk prevalens, sensitivitet och specificitet visas dessutom i tabell 8 och 9. PPV har beräknats på följande sätt: (sensitivitet x prevalens) / (sensitivitet x prevalens + [1 - specificitet] x [1 - prevalens]). NPV har beräknats på följande sätt: (Specificitet x [1 - Prevalens]) / ([1-Sensitivitet] x Prevalens + Specificitet x [1-Prevalens]). Tabell 5: CT hypotetiska positiva och negativa prediktiva värden jämfört med patientens infektionsstatus Prevalens PPV NPV Sensitivitet (%) Specificitet (%) (%) (%) (%) 2 94,5 98,9 64,1 99,9 5 94,5 98,9 82,1 99,7 10 94,5 98,9 90,7 99,4 20 94,5 98,9 95,6 98,6 30 94,5 98,9 97,4 97,7 40 94,5 98,9 98,3 96,4 50 94,5 98,9 98,9 94,7 C. MaxRFU frekvensdistribution Totalt 5 388 CT Q x -analysresultat utvärderades på sju geografiskt åtskilda platser. Frekvensdistributionen för de initiala MaxRFU-värdena för CT Q x -analysen visas i figur A. Distributionen för MaxRFU-värden från CT Q x sant positiva, sant negativa, falskt positiva och falskt negativa prov (dvs. från de prov som gav resultat som inte överensstämde med infektionsstatus [PIS]) visas i tabell 6. Figur A: Frekvensdistribution för MaxRFU för CT Q x -analysen. Frekvens 11
Tabell 6: CT Q x MaxRFU-gränser för falskt negativa, falskt positiva, sant negativa och sant positiva resultat MaxRFU gräns 0 49 50 99 100 124 125 149 150 199 200 249 250 349 350 499 500 799 800 n 4 590 26 1 1 3 3 0 5 4 755 FN FP TN TP FNU 8 0 0 FS 10 0 0 FUPT 8 0 0 FV 4 0 0 MNU 2 0 0 MS 8 0 0 MUPT 2 0 0 Totalt 42 0 0 FNU 0 1 0 0 0 0 4 FS 0 0 0 0 2 2 11 FUPT 0 0 2 0 0 0 5 FV 0 1 0 0 0 0 6 MNU 0 0 0 0 0 1 2 MS 0 1 0 0 0 0 5 MUPT 1 0 1 0 0 0 5 Totalt 1 3 3 0 2 3 38 FNU 868 5 0 FS 857 6 0 FUPT 866 5 0 FV 866 4 1 MNU 368 0 0 MS 364 1 0 MUPT 359 5 0 Totalt 4 548 26 1 FNU 0 0 0 0 2 1 104 FS 0 0 0 0 1 0 104 FUPT 0 0 0 0 0 0 107 FV 0 0 0 0 0 0 111 MNU 0 0 0 0 0 0 99 MS 0 0 0 0 0 0 93 MUPT 0 0 0 0 0 0 99 Totalt 0 0 0 0 3 1 717 D. Kontroller Under den kliniska utvärderingen observerades inga felaktigt positiva CT Q x -kontroller i 253 CT Q x -plattomgångar. För negativ CT Q x -kontroll observerades fel i 1 av 253 CT Q x -plattomgångar. MaxRFU-värden för positiva och negativa CT/GC Q x -kontroller som observerades vid de kliniska prövningarna visas i tabell 7: Tabell 7: Distribution för MaxRFU-resultat för CT Q x -analysens positiva och negativa kontroller MaxRFU Kontroll n Område 5:e percentilen Medelvärde Median 95:e percentilen Negativ CT Q x -kontroll 252 0 41 0,0 0,7 0,0 4,3 Positiv CT Q x -kontroll 253 629 2 378 1 597,7 1 939,4 1 968,8 2 184,0 12
KLINISKA PRESTANDA Cervixprover och pinnprover från manlig uretra tagna av klinisk personal, egentagna vaginala pinnprover (på klinisk mottagning) samt Q x UPT- och rena urinprover från män och kvinnor togs från 1 059 kvinnliga patienter och 479 manliga patienter vid förlossnings-/gynekologiska kliniker, mottagningar för veneriska sjukdomar och preventivmedelsrådgivning på sju geografiskt åtskilda kliniska platser i Nordamerika. Patienter klassificerades såsom symtomatiska om de rapporterade symptom som dysuri, uretrasekret, smärta/svårigheter/blödning vid samlag, smärta/svullnad i testikel eller skrotum, onormala vaginala flytningar eller smärta i bäcken/uterus/adnexa. Patienter klassificerades som asymtomatiska om inga symtom rapporterades. Sextiofem kvinnliga patienter och sju manliga patienter uteslöts ur dataanalysen på grund av åldersöverträdelser, antibiotikabehandling de senaste 21 dagarna, val att lämna studien efter ursprungligt medgivande, parade pinn- och urinprover togs inte, urinmängd under 20 ml eller transport- och förvaringsfel förknippade med provtagning. Därför ingick 994 godkända kvinnliga patienter och 472 godkända manliga patienter. Fem prover togs från vardera av de 994 godkända kvinnliga patienterna. Ett urinprov togs och delades upp i Q x UPT, ren urin och de två referensurinprovtagningsenheterna, därefter ett vaginalt pinnprov och tre randomiserade cervixprover. Upp till fyra prover togs från vardera av de 472 godkända manliga patienterna. Upp till tre randomiserade uretraprover togs, därefter ett urinprov som delades upp i Q x UPT, ren urin och de två referensurinprovtagningsenheterna. BD ProbeTec CT Q x -analysresultat genererades från Q x UPT och urinprover med ren urin, vaginala pinnprover, ett cervixprov och ett pinnprov från manlig uretra. De återstående två cervixproverna, upp till två pinnprover från manlig uretra och de två referensurinproverna för varje manlig och kvinnlig patient analyserades med två referensmetoder: BD ProbeTec ET CT/AC-analys och annan kommersiellt tillgänglig NAAT (Nucleic Acid Amplification Test, nukleinsyreamplifikationstest). Analys av prover utfördes antingen på provtagningsplatsen eller på utsett BD Viper-laboratorium. Alla beräkningar på prestanda baserades på det totala antalet BD ProbeTec CT Q x -analysresultat för cervixprover, vaginala pinnprover och pinnprover från manlig uretra samt manliga och kvinnliga Q x UPT och urinprover med ren urin jämfört med algoritm för patientens infektionsstatus (PIS) för respektive kön. I algoritmen baserades beteckningen av patienter som infekterade eller inte infekterade med CT på resultat av cervixprov och urinprov från kommersiellt tillgänglig BD ProbeTec ET CT/AC-analys och den andra kommersiellt tillgängliga NAAT. Patienter ansågs infekterade med CT om två av de fyra cervixproverna och urinproverna (eller två av de tre eller fyra pinnproverna från uretra och urinprov) testade positivt i BD ProbeTec ET CT/AC-analys och den andra referens-naat (ett prov testade positivt i vardera NAAT). Patienter ansågs icke infekterade om färre än två referens-naat-resultat var positiva. Totalt 5 388 BD ProbeTec CT Q x analysresultat användes för att beräkna sensitivitet and specificitet. Sensitivitet och specificitet per provtyp och symtomstatus återfinnes i tabell 8. Prestanda för analysen med cervixpinnar, vaginala pinnprover tagna av patienten (i en klinisk miljö), kvinnliga UPT och ren urin bedömdes i den kliniska studien. Separata prestanda beräknades för prover tagna på gravida kvinnor. För den senare var sensitivitet jämfört med patientens infektionsstatus för FS 62,5 % (5/8): testet och referens-naat-proven var negativa; testet och referens-naat-urinproverna var positiva med positivt PIS-resultat. FV-sensitiviteten var 75 % (6/8): testet och referens-naat-proven var negativa; testet och referens-naat-urinproverna var positiva med positivt PIS-resultat. FNU- och FUPT-sensitiviteten var 100 % (8/8). Specificiteten var 94,7 % (18/19) för FS, FV, FNU och FUPT separat. Tabell 10 och 11 sammanfattar antalet resultat från symtomatiska och asymtomatiska patienter ansedda som infekterade eller icke infekterade med CT enligt PIS-algoritmen. 13
Tabell 8: Prestanda hos CT Q x Assay jämfört med patientinfektionsstatus (per provtyp och symtomstatus) Provtyp Symptomatisk Status n Sensitivitet 95% C.I. Specificitet 95% C.I. PPV% NPV% FS A 450 93,0 % 98,0 % (83,0 % 98,1 %) (53/57) (385/393) (96,0 % 99,1 %) 86,9 99,0 2/0 S 543 89,7 % 98,6 % (78,8 % 96,1 %) (52/58) (478/485) (97,0 % 99,4 %) 88,1 98,8 1/1 Total 993 91,3 % 98,3 % (105/115) 1 (84,6 % 95,8 %) (863/878) (97,2 % 99,0 %) 87,5 98,9 3/1 FV A 449 98,2 % 99,5 % (90,6 % ) (56/57) (390/392) (98,2 % 99,9 %) 96,6 99,7 0/0 S 544 94,8 % 99,0 % (85,6 % 98,9 %) (55/58) (481/486) (97,6 % 99,7 %) 91,7 99,4 0/0 Total 993 2 96,5 % 99,2 % (91,3 % 99,0 %) (111/115) (871/878) (98,4 % 99,7 %) 94,1 99,5 0/0 FNU A 450 93,0 % (83,0 % 98,1 %) (53/57) (393/393) (99,1 % ) 100,0 99,0 0/0 S 543 93,1 % 99,0 % (83,3 % 98,1 %) (54/58) (480/485) (97,6 % 99,7 %) 91,5 99,2 0/0 Total 993 3 93,0 % 99,4 % (107/115) 4 (86,8 % 96,9 %) (873/878) (98,7 % 99,8 %) 95,5 99,1 0/0 FUPT A 450 94,7 % 99,5 % (85,4 % 98,9 %) (54/57) (391/393) (98,2 % 99,9 %) 96,4 99,2 0/0 S 543 91,4 % 99,0 % (81,0 % 97,1 %) (53/58) (480/485) (97,6 % 99,7 %) 91,4 99,0 0/0 Total 993 5 93,0 % 99,2 % (107/115) 6 (86,8 % - 96,9 %) (871/878) (98,4 % 99,7 %) 93,9 99,1 0/0 MS A 215 88,6 % 98,9 % (73,3 % 96,8 %) (31/35) (178/180) (96,0 % 99,9 %) 93,9 97,8 1/0 S 257 93,9 % 97,9 % (85,2 % 98,3 %) (62/66) (187/191) (94,7 % 99,4 %) 93,9 97,9 1/0 Total 472 92,1 % 98,4 % (85,0 % 96,5 %) (93/101) (365/371) (96,5 % 99,4 %) 93,9 97,9 2/0 MNU A 215 98,9 % (90,0 % ) (35/35) (178/180) (96,0 % 99,9 %) 94,6 100,0 0/0 S 257 97,0 % 99,5 % (89,5 % 99,6 %) (64/66) (190/191) (97,1 % ) 98,5 99,0 0/0 Total 472 98,0 % 99,2 % (93,0 % 99,8 %) (99/101) (368/371) (97,7 % 99,8 %) 97,1 99,5 0/0 MUPT A 215 98,9 % (90,0 % ) (35/35) (178/180) (96,0 % 99,9 %) 94,6 100,0 0/0 S 257 97,0 % 97,4 % (89,5 % 99,6 %) (64/66) (186/191) (94,0 % 99,1 %) 92,8 98,9 0/0 Total 472 98,0 % 98,1 % (93,0 % 99,8 %) (99/101) (364/371) (96,2 % 99,2 %) 93,4 99,5 0/0 Total 5 388 94,5 % 98,9 % (92,6 % 96,0 %) (721/763) (4 575/4 625) (98,6 % 99,2 %) 93,5 99,1 5/1 7 Obs! För kvinnliga patienter har infektioner i cervix eller uretra rapporterats i litteraturen (16-20). Analyser genomfördes på cervixpinnproverna och kvinnligt UPT och rena urinprover för att ytterligare karakterisera de tio negativa cervixpinnarna (105/115) och de åtta negativa kvinnliga och rena urinproverna (107/115). Av de 115 kvinnliga patienterna som definierats som positiva av PIS-algoritmen hade tio infektion i uretra enligt referensresultaten för urin (dvs. BD ProbeTec ET CT/AC-analysen och andra NAAT cervixpinnprover var negativa, BD ProbeTec ET CT/AC-analysen och andra NAAT-urinprover var positiva.) BD ProbeTec CT Q x -analysen var negativ för nio av de tio cervixpinnproverna från dessa patienter. Av de 115 kvinnliga patienterna som definierats som positiva av PIS-algoritmen hade tio infektion i cervix enligt referensresultaten för cervix (dvs. BD ProbeTec ET CT/AC-analysen och andra NAAT urinprover var negativa, BD ProbeTec ET CT/AC-analysen och andra NAAT-cervixpinnprover var positiva.) BD ProbeTec CT Q x -analysen var negativ för UPT och ren urin för dessa tre patienter. 1 Tio av de 115 pinnproverna från cervix som var positiva enligt PIS var positiva endast i referens-urin-naat. 2 En av 994 kvinnliga patienter i studien tillhandahöll inte något vaginalt pinnprov. 3 Av 994 kvinnliga patienter i studien uteslöts ett urinprov med ren urin på grund av ej godkänd förvaring av urinprov. 4 Tre av de 115 proverna med ren urin som var positiva enligt PIS var positiva i endast referens-urin-naat. 5 Av 994 kvinnliga patienter i studien uteslöts ett Q x UPT-urinprov på grund av ej godkänd förvaring av urinprov. 6 Tre av de 115 Q x UPT-urinproverna som var positiva enligt PIS var positiva i endast referens-urin-naat. 7 Tre fel på vätskenivå och två fel på extraktionskontroll inträffade. Fyra analyserades som negativa och inkluderades i beräkningen av sensitivitet och specificitet. Ett fel på vätskenivå gick inte att lösa och inkluderades därför inte i beräkningen av sensitivitet och specificitet. 14 Fel initialt/ slutligt
Tabell 9: Prestanda hos CT Q x Assay jämfört med patientinfektionsstatus (för varje klinisk institution) Provtyp FS 8 FV 9 FNU 10 FUPT 11 n Sensitivitet 95 % C.I. Specificitet 95 % C.I. antal CT (+) och GC (+) PPV% NPV% 1 16,1 % 155 96,0 % 96,2 % (79,6 % 99,9 %) (24/25) (125/130) (91,3 % 98,7 %) 5 82,8 % 99,2 % 2 11,0 % 155 88,2 % 98,6 % (63,6 % 98,5 %) (15/17) (136/138) (94,9 % 99,8 %) 6 88,2 % 98,6 % 3 12,3 % 73 88,9 % (8/9) (51,8 % 99,7 %) (64/64) (94,4 % ) 2 98,5 % 4 18,1 % 105 89,5 % (66,9 % 98,7 %) (17/19) (86/86) (95,8 % ) 6 97,7 % 5 10,0 % 70 96,8 % (59,0 % ) (7/7) (61/63) (89,0 % 99,6 %) 0 77,8 % 6 8,5 % 365 90,3 % 98,5 % (74,2 % 98,0 %) (28/31) (329/334) (96,5 % 99,5 %) 3 84,8 % 99,1 % 7 10,0 % 70 85,7 % (6/7) (42,1 % 99,6 %) 98,4 % (62/63) (91,5 % ) 0 85,7 % 98,4 % 1 16,1 % 155 97,7 % (86,3 % ) (25/25) (127/130) (93,4 % 99,5 %) 5 89,3 % 2 11,0 % 155 99,3 % (80,5 % ) (17/17) (137/138) (96,0 % ) 6 94,4 % 3 12,3 % 73 77,8 % (7/9) (40,0 % 97,2 %) (64/64) (94,4 % ) 2 97,0 % 4 18,1 % 105 94,7 % (74,0 % 99,9 %) (18/19) (86/86) (95,8 % ) 6 98,9 % 5 10,0 % 70 96,8 % (59,0 % ) (7/7) (61/63) (89,0 % 99,6 %) 0 77,8 % 6 8,5 % 365 96,8 % (83,3 % 99,9 %) (30/31) (334/334) (98,9 % ) 3 99,7 % 7 10,0 % 70 98,4 % (59,0 % ) (7/7) (62/63) (91,5 % ) 0 87,5 % 1 16,1 % 155 92,0 % 97,7 % (74,0 % 99,0 %) (23/25) (127/130) (93,4 % 99,5 %) 5 88,5 % 98,4 % 2 11,0 % 155 82,4 % (56,6 % 96,2 %) (14/17) (138/138) (97,4 % ) 6 97,9 % 3 12,3 % 73 88,9 % (8/9) (51,8 % 99,7 %) (64/64) (94,4 % ) 2 98,5 % 4 18,3 % 104 97,6 % (82,4 % ) (19/19) (83/85) (91,8 % 99,7 %) 6 90,5 % 5 10,0 % 70 (59,0 % ) (7/7) (63/63) (94,3 % ) 0 6 8,5 % 366 93,5 % (78,6 % 99,2 %) (29/31) (335/335) (98,9 % ) 3 99,4 % 7 10,0 % 70 (59,0 % ) (7/7) (63/63) (94,3 % ) 0 1 16,1 % 155 96,0 % 97,7 % (79,6 % 99,9 %) (24/25) (127/130) (93,4 % 99,5 %) 5 88,9 % 99,2 % 2 11,0 % 155 82,4 % 99,3 % (56,6 % 96,2 %) (14/17) (137/138) (96,0 % ) 6 93,3 % 97,9 % 3 12,3 % 73 88,9 % (8/9) (51,8 % 99,7 %) (64/64) (94,4 % ) 2 98,5 % 4 18,3 % 104 (82,4 % ) (19/19) (85/85) (95,8 % ) 6 5 10,0 % 70 (59,0 % ) (7/7) (63/63) (94,3 % ) 0 6 8,5 % 366 93,5 % 99,4 % (78,6 % 99,2 %) (29/31) (333/335) (97,9 % 99,9 %) 3 93,5 % 99,4 % Klinisk institution Prevalens 7 10,0 % 70 85,7 % (6/7) (42,1 % 99,6 %) 98,4 % (62/63) (91,5 % ) 0 85,7 % 98,4 % fortsättning 15
Provtyp MS 12 MNU 13 MUPT 14 n Sensitivitet 95 % C.I. Specificitet 95 % C.I. antal CT (+) och GC (+) PPV% NPV% 1 24,1 % 203 87,8 % 98,1 % (75,2 % 95,4 %) (43/49) (151/154) (94,4 % 99,6 %) 9 93,5 % 96,2 % 2 22,4 % 76 98,3 % (80,5 % ) (17/17) (58/59) (90,9 % ) 10 94,4 % 4 23,8 % 101 95,8 % (78,9 % 99,9 %) (23/24) (77/77) (95,3 % ) 11 98,7 % 5 15,5 % 71 90,9 % 96,7 % (58,7 % 99,8 %) (10/11) (58/60) (88,5 % 99,6 %) 3 83,3 % 98,3 % 7 0,0 % 21 ET ET (21/21) (83,9 % ) 0 ET ET 1 24,1 % 203 98,0 % 99,4 % (89,1 % 99,9 %) (48/49) (153/154) (96,4 % ) 9 98,0 % 99,4 % 2 22,4 % 76 (80,5 % ) (17/17) (59/59) (93,9 % ) 10 4 23,8 % 101 95,8 % 98,7 % (78,9 % 99,9 %) (23/24) (76/77) (93,0 % ) 11 95,8 % 98,7 % 5 15,5 % 71 98,3 % (71,5 % ) (11/11) (59/60) (91,1 % ) 3 91,7 % 7 0,0 % 21 ET ET (21/21) (83,9 % ) 0 ET ET 1 24,1 % 203 98,0 % 98,1 % (89,1 % 99,9 %) (48/49) (151/154) (94,4 % 99,6 %) 9 94,1 % 99,3 % 2 22,4 % 76 96,6 % (80,5 % ) (17/17) (57/59) (88,3 % 99,6 %) 10 89,5 % 4 23,8 % 101 95,8 % 98,7 % (78,9 % 99,9 %) (23/24) (76/77) (93,0 % ) 11 95,8 % 98,7 % 5 15,5 % 71 98,3 % (71,5 % ) (11/11) (59/60) (91,1 % ) 3 91,7 % Klinisk institution Prevalens 7 0,0 % 21 ET ET 8 22 av de 115 FS PIS positiva patienterna hade blandinfektion med GC. 9 22 av de 115 FV PIS positiva patienterna hade blandinfektion med GC. 10 22 av de 115 FNU positiva patienterna hade blandinfektion med GC. 11 22 av de 115 FUPT positiva patienterna hade blandinfektion med GC. 12 33 av de 101 MS positiva patienterna hade blandinfektion med GC. 13 33 av de 101 MNU positiva patienterna hade blandinfektion med GC. 14 33 av de 101 MUPT positiva patienterna hade blandinfektion med GC. (21/21) (83,9 % ) 0 ET ET 16
Tabell 10: Analys av positiva/negativa CT-prover från kvinnliga patienter baserade på patientens infektionsstatus PIS CT + Cervixprov NAAT 1 NAAT 2 BD ProbeTec CT Q x Amplified DNA Assay Urin Cervix- Pinnprov Urin Q x Cervixprov 17 Q x Ren urin Qx Vaginalpinne UPT urin Symtomstatus A S Totalt + + + + 0 2 2 + + + 1 0 1 + + + + + 2 4 6 + + + + + 1 0 1 + + + + + + 1 0 1 + + + + + + + 1 3 4 + ET + + + + + + 0 1 1 + + + + 1 2 3 + + + + 0 1 1 + + + + + 0 1 1 + + + + + + 1 0 1 + + + + + + 1 0 1 + + + + + + + 0 2 2 + + + + + + + 1 0 1 + + + + + + + 1 0 1 + + + + + + + 0 1 1 + + + + + + + + 46 41 87 Totalt PIS positiva 57 58 115 ET 11 2 13 ET + 1 0 1 ET ET ET 0 1 1 ET 1 0 1 I 5 1 6 ET 1 2 3 LE 0 1 1 ET 1 0 1 362 456 818 + 1 2 3 + 0 2 2 + 0 1 1 + 6 2 8 + 0 4 4 + + + 0 1 1 + 1 3 4 + + + 1 0 1 + + 1 1 2 + + + 1 0 1 + + + 0 1 1 + + + + + 0 1 1 + + + + + + 0 1 1 + 0 1 1 + 0 2 2 + + + + + + 0 1 1 Totalt PIS negativa 393 486 879 I= Indeterminant LE = Vätskenivåfel
Tabell 11: Analys av positiva/negativa CT-prover från manliga patienter baserade på patientens infektionsstatus PIS CT + Pinnprov från uretra NAAT 1 NAAT 2 Urin Pinnprov från uretra Urin BD ProbeTec CT Q x Amplified DNA Assay Q x pinnprov från uretra Ren urin Q x UPT urin Symtomstatus A S Totalt ET + + + + + + 0 6 6 + + + + 3 2 5 + + 0 1 1 + + + + + + 1 4 5 + + + + + 0 1 1 + + + + 0 1 1 + + ET + + + + 2 5 7 + + + + + + 0 1 1 + + + + + + 0 1 1 + + + + + + 1 0 1 + + + + + + + 28 44 72 Totalt PIS positiva 35 66 101 ET 4 12 16 ET + 0 1 1 I ET 1 0 1 I 4 1 5 ET 10 20 30 157 146 303 + 0 2 2 + 0 2 2 + + 0 1 1 + 0 3 3 + 1 1 2 + + 0 1 1 + + + + 1 0 1 + + + + 0 1 1 + 1 0 1 + + ET + + + 1 0 1 Totalt PIS negativa 180 191 371 18
Analytisk sensitivitet för CT Q x -analys: Detektionsgränserna för CT Q x -analys med C. trachomatis-serotyp H i urinprover och pinnprover vid extraktion på BD Viper System fastställdes till < 15 CT-elementarkroppar (EB, elementary bodies) per ml för ren och Q x UPT urin och < 30 CT-elementarkroppar per ml för exprimerade vaginala pinnprover och cervixprover. En korrelation av EB och inklusionsbildande enheter (IFU, inclusion-forming units) tyder på att CT Q x -analysens detektionsgränser med serotyp H i urinprover och pinnprover motsvarar < 1 IFU per ml. 20 CT Q x -analysen på BD Viper System i extraktionsläge detekterade 16 isolat som representerar 15 CT serotyper (A, B, Ba, C, D, E (2), F, G, H, I, J, K, LGV1, LGV2, och LGV3) med 95 % proportion positiva vid en koncentration av 15 EB per ml i CT/GC Q x Swab Diluent. *Testning med CT serotyp E som ingår i nvct-stammen, en ny variant med en radering i kryptisk plasmid. 21 Analytisk specificitet för CT Q x -analys: DNA från 141 organismer angivna i tabell 12 extraherades på BD Viper System och analyserades med BD ProbeTec CT Q x Amplified DNA Assay. Alla potentiella korsreaktiva prover analyserades vid 1x10 8 celler/ml förutom där något annat anges. CT Q x -analysen korsreagerade inte med någon av de testade organismerna. Tabell 12: Potentiellt korsreagerande mikroorganismer Acinetobacter calcoaceticus Epstein-Barr-virus*** Peptostreptococcus productus Neisseria elongata subsp. nitroreduscens (2) Acinetobacter lwoffi Escherichia coli Plesiomonas shigelloides Neisseria elongata Actinomyces israelii Flavobacterium meningosepticum Propionibacterium acnes Neisseria flava (4) Adenovirus*** Gardnerella vaginalis Providencia stuartii Neisseria flavescens (4) Aeromonas hydrophilia Gemella haemolysans Pseudomonas aeruginosa Neisseria gonorrhoeae Alcaligenes faecalis* Haemophilus influenzae Salmonella minnesota Neisseria lactamica (7) Bacillus subtilis* Herpes Simplex -virus ** Salmonella typhimurium Neisseria meningitidis (12) Bacteroides fragilis Humant papillomvirus (16 och 18)*** Staphylococcus aureus Neisseria mucosa (5) Candida albicans* Kingella kingae Staphylococcus epidermidis Neisseria perflava (8) Candida glabrata* Klebsiella pneumoniae Streptococcus agalactiae Neisseria polysaccharea (2) Candida tropicalis* Lactobacillus acidophilus* Streptococcus mitis Neisseria sicca (5) Chlamydia pneumoniae**** Lactobacillus brevis Streptococcus mutans Neisseria subflava (15) Chlamydia psittaci* Lactobacillus jensenii* Streptococcus pneumoniae* Neisseria weaverii (3) Citrobacter freundii Listeria monocytogenes Streptococcus pyogenes Clostridium perfringens Mobiluncus mulieris Streptomyces griseus** Corynebacterium renale Moraxella lacunata* Trichomonas vaginalis** Cryptococcus neoformans* Moraxella osloensis Veillonella parvula Cytomegalovirus** Morganella morganii Vibrio parahaemolyticus Edwardsiella tarda Mycobacterium gordonae Yersinia enterocolitica Enterobacter cloacae Mycobacterium smegmatis Branhamella catarrhalis (5) Enterococcus faecalis Peptostreptococcus anaerobius Neisseria cinerea (2) Enterococcus faecium Peptostreptococcus asaccharolyticus Neisseria elongata subsp. glycolytica (n) antal stammar analyserade i BD ProbeTec CT Q x Assay * Testades vid > 1x10 7 celler eller EB/mL; **Testades vid > 1x10 6 celler eller viruspartiklar per ml; ***Testades vid 1x10 6 genomiska motsvarigheter per ml;**** testades vid 1x10 5 TCID 50 /ml 19
CT Q x Interfererande substanser Prestanda hos BD ProbeTec CT Q x Assay på BD Viper System i extraktionsläge utvärderades i närvaro av potentiellt interfererande substanser som kan påträffas i pinnprover och/eller urinprover. Potentiellt interfererande substanser spetsades i Q x UPT-urin och vaginal pinnprovsmatrix i både närvaro och frånvaro av CT-elementarkroppar (30 CT EB/mL i urinmatrix och 90 CT EB/mL i pinnprovsmatrix). Resultaten sammanfattas i tabell 13. Tabell 13: CT Q x Interfererande substanser Tolkning Pinnprov Urin Ingen interferens observerad Blod ( 60%) Sädesvätska Mukus Receptfria vaginalprodukter och preventivmedel Hemorroidsalva Receptbelagd vaginalbehandling Leukocyter (1x10 6 celler/ml) 1x10 6 celler/ml Neisseria gonorrhoeae Kan orsaka fel på extraktionskontroll Blod (> 60%) Ej tillämpligt Blod ( 1%) Sädesvätska Mukus Antibiotika Analgetika Receptfria deodoranter och puder Hormoner Leukocyter Albumin <1 mg/ml Glukos Sur urin (ph 4,0) Alkalisk urin (ph 9,0) Bilirubin 1x10 6 celler/ml Neisseria gonorrhoeae Organismer förknippade med urinvägsinfektioner Ren och Q x UPT urinstabilitet Pooler av negativa CT-urinprover från män och kvinnor användes i analytiska experiment som underlag till anspråk beträffande urinförvaring och transportstabilitet. För ren urin spetsades pooler med CT-serotyp H och GC-stam ATCC 19424 vid 45 EB per ml respektive 150 celler per ml. Rena urinprov förvarades vid antingen 2 8 C i 1, 3 eller 7 dagar, eller vid 30 C i 8, 24 eller 30 tim, eller vid -20 C i 180 dagar. Vid varje tidpunkt avlägsnades proverna från förvaring och analyserades med BD ProbeTec CT Q x Assay på BD Viper System i extraktionsläge. Trettiotvå analysreplikat skapades för varje förhållande (provtyp/temperatur/duration). Förväntade resultat erhölls med CT Q x -analysen under alla testförhållanden. För Q x UPT-urin spetsades poolade prover med CT-serotyp H och GC-stam ATCC 19424 vid 45 EB per ml respektive 150 celler per ml. Spetsade urinprovpooler förvarades vid antingen 2 8 C i 24 tim eller 30 C i 8 tim före överföring till Q x UPT-rör. Q x UPT-urinprovpoolerna förvarades vid antingen 2 8 C i 14, 21 eller 30 dagar, eller vid 30 C i 14, 21 eller 30 dagar, eller vid -20 C i 180 dagar. Vid varje tidpunkt avlägsnades Q x UPT-proverna från förvaring och analyserades med BD ProbeTec CT Q x Assay på BD Viper System i extraktionsläge. Trettiotvå analysreplikat skapades för varje förhållande (provtyp/temperatur/duration). Förväntade resultat erhölls med CT Q x -analysen under alla testförhållanden. Stabilitet hos torrt och exprimerat vaginalprov Pinnprovsmatrix med pooler av negativa CT-prover användes i analytiska experiment som underlag till anspråk beträffande förvaring och transport av torra vaginala pinnprover. Pooler spetsades med CT-serotyp H och GC-stam ATCC 19424 för att erhålla 90 EB per ml respektive 300 celler per ml, vid inokulation på prover och exprimering i CT/GC Q x Swab Diluent. Inokulerade torra prover förvarades vid 2 8 C i 3, 7 eller 14 dagar, eller vid 30 C i 3, 7 eller 14 dagar, eller vid -20 C i 30, 60 eller 180 dagar. Vid varje tidpunkt avlägsnades torra pinnprover från förvaring och exprimerades i 2 ml CT/GC Q x Swab Diluent och utvärderades med BD ProbeTec CT Q x Assay på BD Viper System i extraktionsläge. Trettiotvå analysreplikat skapades för varje förhållande (provtyp/temperatur/duration). Förväntade resultat erhölls med CT Q x -analysen under alla testförhållanden. Pinnprovsmatrix med pooler av negativa CT-prover användes i analytiska experiment som underlag till anspråk beträffande förvaring och transport av exprimerade vaginala pinnprover. Poolerna spetsades med CT-serotyp H och GC-stam ATCC 19424 vid 90 EB per ml respektive 300 celler per ml. Matrix med spetsade pinnprover förvarades vid 2 8 C i 7, 14 eller 30 dagar, eller vid 30 C i 7, 14 eller 30 dagar, eller vid -20 C i 30, 60 eller 180 dagar. Vid varje tidpunkt avlägsnades proverna från förvaring och analyserades med BD ProbeTec CT Q x Assay på BD Viper System i extraktionsläge. Trettiotvå analysreplikat skapades för varje förhållande (provtyp/temperatur/duration). Förväntade resultat erhölls med CT Q x -analysen under alla testförhållanden. Stabilitet hos cervixprover och pinnprover från uretra Pinnprovsmatrix med pooler av negativa CT-cervixprover användes i analytiska experiment som underlag till anspråk beträffande förvaring och transport av cervixprover och pinnprover från uretra. Pinnprovsmatrix spetsades med CT-serotyp H och GC-stam ATCC 19424 vid 90 EB per ml respektive 300 celler per ml. Poolerna dispenserades i 2 mlvolymer i BD-provrör för att simulera blöta cervixprover och förvarades vid antingen 2 8 C i 7, 14 eller 30 dagar, eller vid 30 C i 7, 14 eller 30 dagar, eller vid -20 C i 30, 60 eller 180 dagar. Vid varje tidpunkt avlägsnades proverna från förvaring och analyserades med BD ProbeTec CT Q x Assay på BD Viper System i extraktionsläge. Trettiotvå analysreplikat skapades för varje förhållande (provtyp/temperatur/duration). Förväntade resultat erhölls med CT Q x - analysen under alla testförhållanden. Provstabilitet efter förvärmning Pooler av of negativa CT-prover från manlig och kvinnlig ren urin användes i analytiska experiment som underlag till anspråk beträffande stabilitet hos förvärmda rena och Q x UPT-urinprover. Poolade prover spetsades med CT-serotyp H och GC-stam ATCC 19424 vid 45 EB per ml respektive 150 cells per ml och antingen tillsattes de i Q x UPT-rör eller så lämnades de obehandlade som ren urin. Båda provtyper förvärmdes vid 114 C i 15 min och avsvalnade i 15 min. Efter förvärmningsprocessen förvarades provrören vid antingen 2 8 C i 1, 3 eller 7 dagar, eller vid 30 C i 1, 3 eller 7 dagar, eller vid -20 C i 30 eller 180 dagar. Vid varje tidpunkt avlägsnades proverna från förvaring och analyserades med 20