Projekt examensarbete BML VT11 (prel. titlar och projektbeskrivningar) 1.Förändras mängden kloratreduktas eller kloritdismutas under anaeroba jämfört med aeroba odlingsförhållanden i bakterien Ideonella dechloratans? Handledare: Maria Rova Abdulle Abdirashid 2.Tillverkning av vektorer för att undersöka betydelsen av mrna ts 5 untranslated region för post-transkriptionell reglering av kloratreduktas och/eller kloritdismutas i bakterien Ideonella dechloratans Proteinerna kloratreduktas och kloritdismutas är centrala för mikrobiell kloratnedbrytning via anaerob respiration. Vi har tidigare visat att aktiviteten av dessa proteiner ökar under anaeroba förhållanden samtidigt som deras mrna-nivåerna är oförändrade. Det tyder på att proteinerna regleras post-transkriptionellt. En hypotes är att små RNA n sk srna n medverkar i regleringen. Det är känt från andra studier av prokaryot genreglering att mrna ts 5 ände kan vara ett mål för bindning av srna. Konsekvensen av en sådan bindning kan t ex bli att den ribosombindande sekvensen får en ökad eller minskad tillgänglighet så att mrna t får lättare eller svårare att translateras. Examensarbetet går ut på att tillverka vektorer som kan användas för analys av 5 untranslated region (5 UTR s) betydelse för post-transkriptionell reglering. Vektorerna konstrueras med gensekvenser som motsvarar valda delar av 5 UTR för kloratreduktas och/eller kloritdismutas kopplade till en reportergen. Om tiden medger kommer vektorerna också att testas in vivo i I. dechloratans. Handledare Maria Rova
3. Kvalitetskontroll av blodkomponenter. Detta arbete gäller framförallt "statistiska beräkningar". Som är känt görs kvalitetskontroller på samtliga blodkomponenter och det gör vi på ett unikt sätt i Sverige så vi kan göra sammanställningar på korsan och tvärsan. De parametrar som vi matar in körs tillsammans med de laboratorie-resultat som fås från klinisk kemi och sammanställs i rapporter enligt en klar uppdelning. Inom Värmland satsar vi mycket på att göra komponenter med aferes, både plasma trombocyter och erytrocyter. Arbetet skulle då gå ut på att göra samlade beräkningar på hur variablerna (antal, HB, EVF, mm) ändras beroende på produktions sätt. Vi har data i våra burkar så det är tolkningen det är frågan om. Det kan bli en mycket bra poster på detta också. Den som åtar sig jobbet kommer garanterat att få stöd av undertecknad. Handledare: Per-Olof Forsberg Blodcentralen CSK 4.Trombocyträkning när är det optimalt att kontrollera trombocytinnehållet i en enhet? Handledare Per-Olof Forsberg, Med ansvarig Transfusionsmedicin Laila Arnqvist, Driftsledare, Claratappen samt metodansvarig för komponenter. Claratappen & Blodcentralen CSK Mer info kan fås av Per-Olof Forsberg Tfn 070-6556900 E-post: per-olof.forsberg@liv.se Linda Ekelöf
5. Ex arbete i Göteborg Analys av intracellulär Ca2+ med FURA2 teknik på colon cancer cell linjen HT29. Handledare Dick Delbro Liza Török 6. Analys av cytokinuttryck från makrofager. Handledare Patrik Holm och Jonny Wijkander Josefine Winter 7. Analys av mrna uttryck för cell cykel reglerande protein i colon cancer cell linjen HT29. HT29 celler kommer att odlas och behandlas (2-24 timmar) med konditionerat medium från makrofager. mrna prepareras och uttrycket för CDKN11A, CDKN2A, CDKN2B och CDK2 analyseras med real tids PCR. Handledare Ann Erlandsson och Jonny Wijkander 8. Analys av mrna uttryck för BIRC2, HOXA1 och VEGF i colon cancer cell linjen HT29. Handledare Ann Erlandsson och Jonny Wijkander Line Denker 9. Studier av arakidonsyrametabolism i colon cancer cell linjen HT 29. Tidigare resultat har visat att proliferationen av HT29 cellerna minskar vid behandling med konditionerat medium från makrofager. Syftet med studien är att se om det finns någon koppling mellan minskad proliferation och förändring i arakidonsyrametabolismen hos HT29 cellerna. Projektet omfattar analys av protein uttryck av cytosolärt fosfolipas A2 och cyclooxygenaser med western blot samt analys av 3H arakidonsyrafrisättning från HT29 celler Handledare Jonny Wijkander 10. Proliferationsstudier av colon cancer cell linjen CaCo2 vid behandling med konditionerat medium från makrofager. Handledare Jonny Wijkander Tutonda Nsumbu Gloire 11. Cellulära förändringar av Colon cancer cell linjen HT29 vid behandling med konditionerat medium från makrofager. Handledare Patrik Holm/Ann Erlandsson/Jonny Wijkander
Anna Lindberg 12. Sox-11 i mantelcellslymfom Ny markör för mantelcellslymfom, som också är positiv i en del andra lymfom, bl.a. Burkitt's lymfom. Genom att undersöka förekomsten i en serie lymfom kan värdet av denna markör bedömas. Ref: Leuk Lymphoma. 2010 Nov;51(11):1962-7. Epub 2010 Oct 4 Handledare: Tomas Seidal Halmstad 13. CD 99 i malignt melanom. Handledare: Tomas Seidal (Kerstin Malmsköld) (kan göras i Karlstad) Jenny Anteryd 14. Molekylärbiologi (Halmstad) Vår molekylärbiolog Annika Pontén utvecklar metoder som utgår från tumörmaterial från Halmstad. En student kan vara med om detta och tillsammans med Annika skissera ett projekt. Handledare: Tomas Seidal Halmstad 15. Studier av eosinofil cell linjen Eol1 vid behandling med ftalater. Handledare. Birgitta Sundström och Eewa Nånberg Kim Fungula 16. Studier av eosinofil cell linjen Eol1 vid behandling med ftalater. Handledare Birgitta Sundström och Eewa Nånberg Sarah Fryxelius 17. Studier av monocyt cell linjen THP1. Handledare. Birgitta Sundström och Eewa Nånberg Maria Andersson 18. Patientnära analys på för tidigt födda. Handledare Calmark/Patrik Holm Bo Simmons
Val av examensarbete BML VT11 Namn Förstahandsval projekt nr Andrahandsval projekt nr Tredjehandsval projekt nr Lämnas in till Jonny (eller skickas till jonny.wijkander@kau.se) senast 21/2