ORDLISTA. Array baserade analyser

Transkript

1 ORDLISTA 1 Aberration Acentrisk Adjacent segregation Akrocentrisk Allel Alternate segregation Anafas Andragradssläkting Anlagstest Anticipation Antikodon Aneuploid Apoptos Array baserade analyser Kromosomavvikelse. Avvikande antal eller struktur hos en eller flera kromosomer eller kromatider. Antalsförändringar uppkommer vanligen genom nondisjunction (gäller dock inte vid förändringar av ploidigraden). Strukturella aberrationer uppkommer genom kromosom- eller kromatidbrott, vanligen åtföljda av hopläkning av brottytorna till nya segmentkombinationer. Kromosomfragment utan centromer. Se translokation. Centromeren nära ena änden av en kromosom (jämför telocentrisk). Alternativ form av ett arvsanlag. Är allelerna fler än två talar man om multipla alleler. Varje kromosom innehåller normalt endast en av allelerna. Se translokation. Stadium under mitos och meios då kromosomer eller kromatider skiljs åt och går mot var sin pol. Mor- och farföräldrar, deras barn, syskon och kusiner. Efter att man identifiera den sjukdomsframkallande mutationen i en familj med en ärftlig sjukdom kan friska släktingar erbjudas en riktad analys där man letar mutationen. Sjukdomens svårighetsgrad ökar och/eller debutålder sjunker i yngre generationer vid vissa ärftliga tillstånd. Sjukdomar orsakade av instabila trinukleotidsekvenser uppvisar inte sällan detta fenomen, t.ex. dystrophia myotonica och Huntingtons sjukdom. I dessa fall orsakas den gravare sjukdomsbilden av en ytterligare expansion av tripletterna. De tre komplementära baser i en trna som basparar med motsvarande kodon i mrna vid translationen. Enstaka kromosom saknas eller så finns den i en extra kopia, dvs. kromosomtalet avviker från jämn multipel av grundtalet. Programmerad celldöd, en mekanism för för en cell att själv genomföra sin undergång. Array-CGH eller SNP-arrayer är metoder som används för att identifiera mikrodeletioner eller mikroduplikationer, dvs submikroskopiska gendosavvikelser. Med array menas att många sonder på kemisk väg sätts på ett glas eller liknande, vilket möjliggör att man kan analysera

2 2 Arvsanlag Ascertainment ASO Association (av kromosomer) Association (sammansatt fenotyp) Association (genotyp och fenotyp) ORDLISTA hundratusentals upp till flera miljoner punkter i genomet i samma analys Detsamma som gen, dvs. i de flesta fall ett litet kromosomsegment med enhetlig biokemisk funktion och specifik inverkan på individens egenskaper. Gener kan också förekomma i cytoplasmatiska partiklar (t.ex. DNA i mitokondrier) eller som kroppar omväxlande associerade med kromosomerna eller förekommande fritt i cytoplasman (episom). Urval av familjer eller individer som ska ingå i en genetisk studie. Allelspecifik oligonukleotid hybridisering. Teknik för att detektera en specifikt mutation i DNA-sekvensen. Vissa kromosomer ligger i anslutning till varandra i metafas. Hos människan finner man ofta association mellan de akrocentriska kromosomerna som har satelliter (nukleolorganisationsregioner). Hos vissa organismer har man påvisat somatisk parning av homologa kromosomer. Med association i genetisk mening avses också att två egenskaper (fenotyper) förekommer hos en och samma individ oftare än vad man kan vänta sig av rena slumpskäl. En viss genetisk variant (genotyp) identifierad på DNAnivå som en sk single nucleotide polymorfism (SNP) är vanligare vid en viss fenotyp (sjukdom) än som förväntas av slumpmässig fördelning. Genom populationsstudier har man visat att vissa SNP-alleler oftare förekommer hos patienter med vissa folksjukdomar än hos kontroller. Autoradiogram Fotografisk bild som visar positioner för radioaktivitet i vävnadsmaterial (DNA, RNA). Autoradiogram används även för att med hjälp av radioaktiva sonder identifiera specifika DNA eller RNA-fragment på ett membran. Autosom Kromosom 1 22 Autosomalt dominant Nedärvningsmönster för gener belägna på kromosom 1 22 där anlaget ger fenotyp i heterozygot form, dvs anlaget dominerar över den normala allelen. Autosomalt recessiv Nedärvningsmönster för gener belägna på kromosom 1

3 ORDLISTA 3 Barr body Basanalog Beightonskalan Bioinformatik Bivalent Bärare (= anlagsbärare) Cellhybrid Centimorgan (cm) Centromer Centric fusion Chaperoner Chiasma 22 där anlaget bara ger fenotyp i homozygot form. Heterokromatinmaterial i kärnans periferi bestående av den inaktiva X-kromosomen hos kvinnor. Ämne som skiljer sig från reguljära nukleinsyrabaser, dock inte mer än att det kan byggas in och orsaka förändringar i nukleinsyran. Exempel Bromodeoxyuridin som kan byggas in i stället för thymin i DNA. Metod att kliniskt bedöma överrörlighet vid diagnostik av Ehlers_Danlos syndrom och likande tillstånd. Samlingsnamn för en disciplin där man bearbetar stora mängder biologiska data. Används t.ex. för att med olika prediktionsprogram fastställa vilka sekvensförändringar som orsakar sjukdom i samband med massiv parallell sekvensering. Två homologa eller partiellt homologa kromosomer som är parade med varandra och vanligen förenade genom ett eller flera chiasman under meiosens tidigare skede (från diploten till och med metafas 1). Fenotypiskt normal individ som är heterozygot för en viss gen eller strukturell kromosomförändring. Sammansmältning av två eller flera celler från olika individer. Exempelvis kan man åstadkomma hybrider mellan somatiska människo- och musceller med hjälp av avdödat Sendai-virus. Enhet som beskriver avståndet mellan gener i samma kopplingsgrupp. Detta avstånd mäts som antalet individer (uttryckt i procent) i en korsning, som uppkommit genom överkorsning mellan generna. Kromosomens rörelsecentrum som går främst vid kromosomernas vandring mot polerna under anafas. Under vissa stadier (mitos) håller centromeren samman kromatiderna. Hos vissa växter och insekter saknas en lokaliserad centromer som då sägs vara diffus. Sammansmältning av centromerer. Uppkommer vanligen mellan akrocentriska kromosomer, varvid det bildas en ny meta- eller submetacentrisk kromosom och kromosomtalet reduceras med ett (robertsonsk translokation). En grupp proteiner som medverkar till veckningen av andra proteiner. Håller samman de parade kromosomerna (från diploten till anafas I) och utgör ett synligt uttryck för att överkorsning och segmentbyte har ägt rum mellan två av de fyra parade homologa kromatiderna under meiosen.

4 4 Chimär Cistron Compound heterozygot Copy number variants (CNV) Crossing-over Cytogenetik Cytoplasmatiskt arv Deletion Denaturera De novo-mutation Diakines Dicentrisk Differentiering Diploid Diploten Diskordans Disorders of Sex development (DSD) Dominans Double minutes (dmin) Drumstick Duplikation ORDLISTA Individ sammansatt av celler från två olika zygoter. Alternativ definition av en gen. Den minsta enhet genetiskt material som fordras för syntes av en polypeptid. Två alleler som bär på olika mutationer i samma gen. Antalet kopior av enskilda gener eller kromosomregioner med flera gener. Uppvisar stor normalvariation utan synbara tecken på sjukdom Se överkorsning. Genetiska studier av celler (i vid bemärkelse), kromosomstudier (i trängre bemärkelse). En del genetiska egenskaper betingas av faktorer i cytoplasman. En sådan faktor är mitokondrie-dna. Förlust av ett segment av en kromosom (eller en gen). Den aktiva strukturen förstörs, vilket innebär att flertalet fysikaliska egenskaper förloras. Dubbelsträngat DNA kan denatureras till enkelsträngat med alkali eller kokning och därefter renatureras om ph och temperatur återgår till fysikaliska förhållanden. Nymutation, dvs. ingen av föräldrarna bär på anlaget. Slutstadiet i meiosens profas innan kärnmembranen upplöses. En kromosom med två centromerer. Specialisering av celler under embryonalutvecklingen. Organism med två homologa kromosomuppsättningar i de somatiska cellerna. Termen används också för att beteckna en individ med det zygotiska, genom befruktning uppkomna, kromosomtalet (2n) i motsats till det haploida talet (n) som finns i könscellerna (gameterna). Stadium under meiosens profas som kännetecknas av att de homologa kromosomerna börjar repellera varandra men hålls ihop av chiasman som börjar bli synliga. Bristande samstämmighet, t.ex. om tvillingar som skiljer sig åt i en viss egenskap. Avvikande könsutveckling. Företeelse hos en heterozygot som innebär att den ena (dominanta) allelen i högre grad sätter sin prägel på individen än den andra (recessiva). Små kromatinkroppar utan centromer. Extra, liten lob i granulocyter från människor och en del andra däggdjur med fler än en X-kromosom. Duplicering av ett visst kromosomsegment inom en kromosom eller ett genom.

5 ORDLISTA 5 Elektrofores Endomitos Endoreduplikation Epistasi Etidiumbromid Eukaryot Eukromatin Euploid Evolution Exom Exon Expressivitet Fenokopia Fenotyp Fitness FISH Separation av laddade molekyler i ett elektriskt fält på grund av olika laddning och struktur. Olika täta matrix kan användas för att separera molekyler inom ett visst storleksintervall, t.ex. Agaros och Akrylamid. Pulsfältsgelelektrofores (PFGE) används för separation av mycket långa DNA-fragment generade efter klyvning med restriktionsenzymer vilka sällan klyver DNA ( baspar). Kromosomdelning inom en cell utan att denna delar sig. Detsamma som endomitos. Upprepad duplicering av samtliga kromosomer. Förhållande mellan gener som tillhör olika allelpar, varvid en allel i det ena paret hindrar en allel i det andra paret att komma till uttryck. En gen A kan vara epistatisk över B. Kemisk förening som binder sig till DNA. Används för att lokalisera DNA vid elektrofores eftersom den fluorescerar under UV-ljus. Cell vars kärna omges av ett kärnmembran som delar sig genom mitos. Kromosomsegment som är svagt färgbar under interfas (jämför heterokromatin). Kromosomtal lika med jämn multipel av grundtalet (n) (jämför aneuploid). Utveckling, framåtskridande från lägre till högre organismer. Samlingsnamnet för alla exon, dvs alla de delar av genomet som uttrycks. Hel-exom sekvensering (eng. whole exome sequensing, WES) används för att identifiera sjukdomsframkallande mutationer i någon av genomets alla gener. Gensekvens som är inkluderad i transkriptet (mrna). Varierande manifestationsgrad vid samma mutation i en gen. Se penetrans. Egenskap som erhålles genom miljöpåverkan och som är liknar den egenskap som orsakas av en viss gen. Egenskap hos en individ, t.ex. en sjukdom Uttryck för i vilken utsträckning en viss allel eller genotyp överförs till kommande generation. En gen som leder till att bäraren inte reproducerar sig har alltså mycket låg fitness. Fluorescent in situ-hybridisering. Metoden innebär att små DNA-sonder, inmärkta med fluorokromer i olika färger,

6 6 Foundereffekt/founder mutation Fragment Frameshift-mutation Fusionsgen Fylogenetiskt träd Förstagradssläkting Gamet Gausskurva Gain-of-function Gen Gendos-array Genetisk drift Genetisk heterogenitet Genmappning Genom ORDLISTA basparas (hybridiseras) med cytogenetiska preparat av kromosomer eller vilande cellkärnor, s.k. interfaskärnor. Mutation som för länge sedan inträffat hos en individ och som sedan spritt sig inom ett geografiskt begränsat område. Kromosomsegment utan centromer. Se läsramsmutation. Genom kromosomtranslokationer kan två olika gener föras samman och resultera i ett transkrip som innehåller delar av ursprungsgenerna. Fusionsgener förekommer som ett första steg i utvecklingen av olika leukemier. Genom att jämföra organismers DNA sekvens kan man fastställa ett evolutionärt samband som kan ritas som en trädstruktur där de arter med störst sekvenslikheter placeras närmast varandra. Förälder, syskon och barn. Könscell. Normalfördelningskurva Mutationer som ökar en gens aktivitet Se arvsanlag. Metod där DNA från en patient hybridiseras till glas med många oligonukleotider (sonder) vanligen utvalda så att de är jämnt utspridda över hela människans genom för att screena för mikrodeletioner/mikroduplikationer. Metodens upplösning avgörs av oligonukleotidernas antalet och fördelning. Två principiella tekniker används SNP array (single nucleotide polymorfism) och CGH-array (comparative genomic hybridization). I bägge fallen kan man detektera dosavvikelser ner till c:a baspar eller bättre. Uttryck för de slumpmässiga förändringar av den ärftliga konstitutionen som kan inträffa i en liten population. Samma kliniska bild (sjukdom) kan orsakas av mutationer i olika gener. Kartläggning av människans arvsmassa som syftar till att fastställa var på kromosomerna olika gener är belägna. Som ett verktyg i kartäggningen används ofta polymorfa DNA-sekvensmarkörer vars inbördes ordning fastställs med kopplingsanalys. Andra viktiga kartläggningsverktyg är FISH och karyotypering. Kromosomuppsättningen hos en individ. I gameterna hos diploida arter finns det ett genom, i de somatiska cellerna finns det två.

7 ORDLISTA 7 Genotyp Gen-panel Grundtal GWAS Helgenomsekvensering Haploid Haplotyp Hemizygot Heritabilitet Hermafroditism Heterogametisk Den ärftliga konstitutionen (jämför fenotyp). Anger bassekvensen för en individ i ett visst locus. Med Massiv Parallell DNA-sekvensering (MPS) kan många gener analyseras samtidigt, vilket används för diagnostik när olika gener kan orsaka samma fenotyp (genetisk heterogenitet). Genpaneler kan utföras genom att man på kemisk väg fångar och sekvenserar de delar av genomet som skall analyseras, eller bioinformatiskt genom att man sekvenserar alla gener men begränsar analysen till de som kan orsaka en viss sjukdom. Det kromosomtal med vilket alla talen i en polyploid serie är delbara. Hos en diploid art motsvarar grundtalet antalet kromosomer i gameterna, för människan 23 Genome-wide association studies. Metod som ofta används för att 7anga7ller genetiska faktorer som bidrar till uppkomsten av folksjukdomar. En kohort med 7anga (>1000) individer med en viss isjukdom jämförs med lika 7anga 7anga7ller avseende genotypen I7angaa (> ) SNP-loci. Med Massiv Parallell DNA-sekvensering (MPS) är det möjligt att sekvensanalysera hela genomet för att identifiera sjukdomsframkallande mutationer. Engelska whole genome sequensing (WGS). Organism eller cell med endast ett genom. Hos människan är gameterna haploida och de somatiska cellerna diploida. Ett set alleler som är belägna så nära varandra på samma kromosom (maternell eller paternell) att de i praktiken alltid nedärvs tillsammans (se även centimorgan, chiasma, överkorsning, koppling och kopplingsgrupp). Varken homo- eller heterozygoti föreligger utan den aktuella genen, kromosomen eller kromosomsegmentet förekommer endast i enkel dos. Gäller t.ex. för gener på mannens enda X-kromosom. Ärvbarhet. Ett mått på den del av variationen i en kvantitativ egenskap som beror på ärftliga orsaker. I allmän biologisk mening en individ som kan bilda både han- och hon- gameter. I medicinsk mening används begreppet ovo-testikulär DSD (disorders of sex development) om en individ har både testikel- och ovarievävnad. Term som anger att en individ av ett visst kön bildar två slags gameter med avseende på könsbestämningen (t.ex. X- och Y-spermier). Det kön som endast bildar en sådan

8 8 Heterokromatin Heteroplasmi Heteroploid Heteropyknotisk Heterozygot Homogametisk Homogeneously staining regions (HSR) Homologa kromosomer Homozygot Hybridisering Icke-slumpmässiga partnerval Imprint Inavelskoefficient Incidens ORDLISTA gamettyp (t.ex. X-äggceller) kallas homogametisk. Oklart begrepp som definieras på olika sätt. l. Kromosomsubstans som på grund av heteropyknos framträder även under andra delar än metafasen. Syntetiserar ofta DNA sent i S-perioden. 2. Kromosomdel med få aktiva gener. 3. Kromosomdel som blir smalare efter det att cellen utsatts för cold starvation. Konstitutivt heterokromatin uppvisar samma kontraktionsförhållanden i bägge de homologa kromosomerna till skillnad från fakultativt heterokromatin, t.ex. X-kromatin. Individ med såväl muterade som normala genkopior. Begreppet används för att anger om en andel mitokondrie- DNA som har en mutation, eftersom varje cell har många kopior mitokondrie-dna. Alla kromosomtal som avviker från det diploida. Kromosom eller kromosomdel som kan urskiljas även i interfas på grund av att den är kraftigare och starkare färgad. Individ som har olika alleler i minst ett bestämt locus. Se heterogametisk. Större kromosomsegment utan bandstruktur och hybridgener som uppkommer genom fusion av delar av gener i de två brottspunkterna i balanserade kromosomavvikelser Identiska kromosomer, t.ex. de två kromosomer som bildar ett kromosompar hos diploida organismer. Individ som har samma alleler i ett bestämt locus på homologa kromosomer. Parning av DNA- och RNA-sekvenser. Fördelning av recessiva anlag i befolkningen påverkas om det är vanligt att vissa individer väljer partner efter t.ex. vissa egenskaper eller släktskap. Se prägling Matematiskt uttryck för graden av inavel (minskningen av heterozygoti). Inavelskoefficienten uttrycker sannolikheten för att genom arv få en viss allel i homozygot form. Det relativa antalet händelser som inträffar under en viss tidsperiod. Incidensen av t.ex. en viss medfödd sjukdom avser det antal barn med sjukdomen som fötts under en viss tidsperiod i förhållande till det totala antalet barn som fötts i samma population under samma tid.

9 ORDLISTA 9 In frame-mutation Insertion Interfas Intersex Intron Inversion Isokromosom Isolat Karyotyp Kaskadscreening Klon Klonal evolution En mutation som inte påverkar en gens läsram, dvs antalet baser i transkriptet är oförändrat vid mutationen. En form av translokation där ett kromosomsegment från en kromosom sätts in i en annan kromosom så att det omges av material från denna. Begreppet används även på DNA-nivå där baser sätts in i en gen. Stadium mellan två mitoser och mellan meiosens första och andra delning. Cellen befinner sig då i vila Individ med oklart kön. Begreppet har ersatts av DSD (Disorders of Sex Development). Gensekvens som är inkluderad i det nukleära RNA, men exkluderad genom splitsning i transkriptet (mrna). Omkastning av läget av ett kromosomsegment så att t.ex. en kromosom med genordningen l, 2, 3, 4 i stället får ordningen l, 3, 2, 4. En pericentrisk inversion inkluderar centromeren till skillnad från en paracentrisk. Begreppet används även på DNA-sekvensnivå. Metacentrisk kromosom där de bägge armarna är genetiskt identiska. Uppkommer definitionsmässigt genom feldelning av centromeren. Mindre befolkningsgrupp inom vilken ingifte sker med större frekvens än hos den övriga befolkningen. Ett isolat kan vara etniskt eller geografiskt. Kromosomuppsättning. Karyotypen uppställs med avseende på kromosomernas antal och form, där formen betingas av t.ex. var på kromosomerna centromeren är belägen. En grafisk framställning av en karyotyp kallas idiogram. Undersökning av släktingar till personer med en monogen sjukdom med nedsatt penetrans, t.ex. ärftlig hjärtarrytmi eller ärftlig cancer. Man utgår från probanden där en mutation har identifierats och letar sedan strukturerat i pedigreen med anlagstestning för att identifiera eller utesluta anlagsbärarskap hos släktingar. Summan av all avkomma från en enda ursprungsindivid vid vegetativ förökning. Med cellklon avses alla celler som härstammar från en ursprungscell och som uppkommit genom celldelning. Man talar om klonal expansion av en tumörcell men även om bakteriekloner, en koloni som utgår från en enda bakteriecell. En klon av t.ex. tumörceller utvecklas fördelas till olika subkloner med olika egenskaper. Kan resultera i

10 10 Kloning Knockout-mutation Kodominant Kodon Kongenital Konkordans Konsanguinitet Konstitutionell Koppling Kopplingsgrupp Kromatid Kromom Kromosom Kromosomaberration Kvadrivalent Könsbegränsad ORDLISTA behandlingssvikt genom att en subklon är resistent mot behandling. Generering av genetiskt identiska molekyler vilka kan massproduceras. Cellkloning är odling av cellkultur av en koloni som utgår från en enda cell. Med trangenteknik kan man introducera mutationer som inaktiverar en gen i t.ex. en embryonal stamcell för att konstruera en mus som saknar en viss genfunktion. Två alleler som bägge uttrycks. Tre baser (triplett) som i mrna kodar för en viss aminosyra eller ett Stopp il translationen. Medfödd, vanligen om en fenotyp, sjukdom. Samstämmighet, används t.ex. om tvillingar som uppvisar samma egenskap (se diskordans). Parning mellan släktingar. Medfödd, ingår i alla kroppens celler. Används om mutationer. Samband mellan två gener som gör att de inte nedärvs oberoende av varandra. Kopplingen beror på att generna är belägna på samma kromosom (jämför centimorgan och kopplingsgrupp). Med kopplingsanalys kan man fastställa om loci som är lokaliserade nära varandra och deras avstånd mätt i rekombinationsfrekvens (centimorgan). Alla gener i en kromosom bildar tillsammans en kopplingsgrupp. Dotterhalva av en kromosom. Uppkommer vid replikation Liten punktformig kropp på kromosomtråden som syns under meiosens leptoten pakytenstadier. Homologa kromosomer överensstämmer med avseende på kromosomernas storlek och ordningsföljd. Kropp i cellkärnan som genom sin förmåga att binda olika färgämnen är synlig under vissa stadier av mitos och meios. Kromosomen har ett bestämt utseende, är linjärt differentierad med avseende på den kemiska konstitutionen, är vanligen bärare av ett stort antal gener samt har förmåga till exakt självreproduktion. Se aberration Tetravalent. Grupp av fyra segmentvis parade kromosomer som kan förekomma under meiosens zygotenmetafas I-stadier. Bildas vid reciproka translokationer och ofta vid tetraploidi. Egenskap som endast kommer till uttryck hos individer av det ena könet men inte av det andra trots att den

11 ORDLISTA 11 Könsbunden nedärvning Könskromatin Könskromosom Könskvot Leptoten Locus Loss of heterogozity (LOH) Lyons hypotes Läsramsmutation (eng Frameshift mutation) Markörkromosom Massiv parallell sekvensering (MPS) erfordeliga genetiska faktorn finns. En egenskap som har olika expressivitet hos de bägge könen kallas könskontrollerad. Nedärvning av gener belägna på könskromosomerna. Man skiljer på X- och Y-bunden nedärvning. Se sexkromatin. Kromosom som är representerad på olika sätt hos de båda könen och medverkar vid könsbestämningen. Människan har könskromosomerna X och Y. Antalet hanindivider i förhållande till det totala antalet individer i en population. Profasstadium under meiosen då de homologa kromosomerna är långa, trådformiga och ännu oparade. Platsen på en kromosom där ett arvsanlag är beläget. En nyckelhändelse vid uppkomst av solida tumörer är ofta en deletion som syftar till att eliminera en tumörsupressorgen vilket resulterar i malign tillväxt. Samma typ av händelse kan även uppkomma senare under en tumörs progression. Genom att fastställa genotypen i polymorfa DNA-markörer kan man upptäcka deletioner av en kromosomregion genom att jämföra DNA från normal vävnad (blod) med tumör-dna. Där individen är heterozygot för loci på kromosomen i fråga saknae en allel i varje locus i tumör-dna (allelförlust eller LOH). Innebär att den ena X-kromosomen inaktiveras, sannolikt vid tidpunkten för fostrets implantation. Inaktiveringen är beständig och slumpmässig så att den ena X-kromosomen inaktiveras i en del celler och den andra X-kromosomen inaktiveras i andra celler. Kvinnor som är heterozygota för ett sjukdomsanlag på X uppvisar därför två populationer av celler, en där den normala allelen är aktiv och en där den recessiva allelen är aktiv. En eller flera nukelotider (dock inte 3, 6, 9 etc) tas bort/läggs till på ena strängen i DNA-molekylen och då sker en förskjutning av läsramen. Om antalet nukleotider som skjuts in eller tas bort är jämnt delbart med 3 talar man om en in-frame deletion eller duplikation. Kromosom med avvikande struktur och form. Kan inte identifieras med vanlig kromosomanalys. Sekvenseringsmetod som möjliggör att sekvensbestämma miljoner DNA-molekyler samtidigt. Även kallat Next generation sequensing, NGS.

12 12 Meiotisk rekombination Meios Metacentrisk Metafas Metylering Migration Mikroarray Mikrodeletion Mikro-RNA Mikrosatelliter ORDLISTA Crossing-over. Utbyte av genetiskt material mellan homologa kromosomer vid meios I. Vid kopplingsanalys fastställer man hur ofta meiotisk rekombination förekomsten av mellan loci på samma kromosom. Denna procentsiffra motsvarar ett fysikalist längdmått på kromosomen. I medeltal motsvarar 1% meiotisk rekombination c:a 1 milj baspar på människa. Reduktionsdelning. Meiosen omfattar två på varandra följande delningar. Vid den första delningen (MI) reduceras (halveras) kromosomtalet, dvs. kromosomerna i samma par separeras. Vid den andra delningen (MII) separeras kromatiderna i samma kromosom som under mitosen. Centromer belägen ungefär på mitten av en kromosom. Stadium under mitos och meios då kromosomerna är anordnade i kärnspolens ekvatorialplan till en så kallad metafasplatta. DNA metyleras efter att replikationen avslutats genom att en metylgrupp adderas i 5 positionen på många Cytosinbaserna (5-metylcytosin). Metylering har två viktiga funktioner, att skilja på gammal och ny DNAsträng vid replikationen och att stänga av geners uttryck genom att metylera promotorområdet framför en gen. Vid korrekturläsningen av den nya DNA-strängen vid replikationen känns ursprungsstängen igen genom metylgrupperna. Genuttryck kan stängas av genom metylerering ffa i bassekvenser rika på CpG belägna framför en gen. Avstängning används vid prägling då bara den ena allelen tystas med metylering. Så sker även vid X- inaktivering av generna på den ena X-kromosomen. Förflyttning av individer leder till en blandning av recessiva gener. Många (> 1 miljon) olika oligonukleotider tätt fästa i många kopior på specifika platser på ett glas 2x6 cm i storlek. Används för expressionsanalys, associationsstudier till många SNP och analys av antalet genkopior. Avsaknad av ett kromosomavsnitt som är mindre än upplösningen med kromosomanalys. Detekteras med molekylära metoder, gendosarray, MLPA eller FISH. Korta RNA-molekyler ( 22 baser) som genom att hybridisera till mrna kan reglera genuttryck. Repeterade sekvenser då två till fyra baser upprepas

13 ORDLISTA 13 många gånger. Missensmutation Ett basparsutbyte, dvs. en nukleotid byts ut mot en annan och ett felaktigt protein kodas vid translationen. Mismatch-repair Mekanism som korrekturläser (eng. proofreading) och byter ut felinkorporerade baser i den nya DNA strängen vid replikation. Mitokondriellt arv Sjukdomar som orsakas av mutationer i någon av de 37 gener som kodas för av mitokondrie-dna visar speciell nedärvning. Dels överförs de bara från kvinna till sin avkomma eftersom spermiens mitokondrier försvinner vid befruktningen. Dessutom finns det många kopior av mitokondriellt DNA varför mutationen ofta bara förekommer i en andel av allt mitokondrie-dna (heteroplasmi). Mitos Kärndelning då varje kromosom exakt längsdelas och två genetiskt identiska dotterkärnor uppkommer. En kromosom är sammansatt av två kromatider redan under mitosens profas. Under mitosens anafas går kromatiderna till var sin pol. Mitotisk rekombination Överkorsning (crossing over) under mitosen. Detta medför segregation av heterozygota alleler. Vid kopplingsanalys anges avståndet mellan loci på samma kromosom som procent rekombinationer mellan dem. I genomsnitt motsvarar 1% meiotiska rekombinationer (1 centimorgan) på människa c:a 1 miljon baspar. MLPA Multiplex ligation probe amplification. Metod att mäta antalet kopior av en DNA-sekvens. Monogen sjukdom Sjukdom som orsakas av mutation i en enda gen och därför ärvs enligt Mendels ärftlighetsmönster, autosomalt dominant, autosomalt recessivt eller X-bundet recessivt. Monosomi En viss kromosomtyp representerad endast i enkel upplaga hos en diploid art. En diploid individ med en monosomi har en kromosom mindre än normalt och betecknas 2n l. Monozygota tvillingar Enäggiga tvillingar. Mosaicism Förekomst av celler med olika kromosomuppsättning hos (kromosomal) en och samma individ. Uppkommer till skillnad från en chimär från en zygot. Mosaiker Individ som bär på en mutation i en andel av sina celler. Multifaktoriellt arv Kvantitativt varierande fenotyp på grund av interaktion mellan flera gener (och miljöfaktorer). Multifaktoriella och komplexa sjukdomar är synonyma begrepp. Multipla alleler Se allel.

14 14 Multivalent Mutagen Mutant Mutation Mutationsscreening Mutationstryck n och 2n Nicktranslation NIPT (non invasive prenatal test) Non-disjunction Nonsensmutation Northern blotting Nukleol ORDLISTA Parning av mer än två kromosomer under meios (zygotenmetafas I) eller mitos (somatisk parning). Agens som kan inducera mutationer. Individ som avviker från ursprungstypen på grund av att en mutation har inträffat. Ärftlig förändring som inte beror på en omkombination av gener. I inskränkt bemärkelse betyder mutation en kemisk förändring av en gen. Gränsen mot kromosomaberrationer (kromosommutationer) är flytande. För att fastställa orsaken till en genetisk sjukdom försöker man identifiera den sjukdomsframkallande mutationen genom att analysera alla proteinkodande delar av sjukdomsgenen med DNA sekvensering. När man identifierat släktens mutation kan friska släktingar erbjudas anlagstestning. Frekvensen av mutationer i en population. Mutationstrycket för en viss gen är stort om mutationsfrekvensen är förhöjd. Beteckning för det gametiska respektive zygotiska kromosomtalet hos en diploid art. Hos diploida högre växter och djur betecknar 2n det somatiska kromosomtalet (jämför grundtal). Inmärkning av DNA med radioaktivitet eller fluorescens genom att man introducerar enkelsträngsbrott i DNAkedjan (nick) och därefter inkorporerar märkta nukleotider med DNA-polymeras. Metoder som används för att identifiera gravida som bär foster med trisomi genom analys av fritt fetalt DNA i moderns plasma. Det förhållandet att två homologa kromosomer eller kromatider inte separerar utan går till samma pol under anafasen. En mutation som leder till ett Stopp i translationen och därmed en förkortad polypeptid. Se southern blotting. Identifierar RNA fragment som storlekseparerats med elektrofores genom hybridisering till DNA-sonder. Kärnkropp. En eller flera rundade kroppar i cellkärnan som vanligen upplöses när profasen övergår till metafas och återbildas under medverkan av särskilda segment på bestämda, vanligen satellitförsedda kromosomer. Nukleolen är engagerad i RNA-syntesen och bildningen av ribosomer.

15 ORDLISTA 15 Nukleotider Nullisomi OMIM Onkogen Pakyten Panmixi Pedigree Penetrans Philadelphiakromosomen Pleiotropi Ploidi Polkropp Polygen Polymeras kedjereaktion (PCR) Polymorf DNA-markör Grundenheten i nukleinsyror. Består av en purin- eller pyrimidinbas, (adenin, guanin, cytosin, tymin eller uracil), pentos och fosfat. Total avsaknad av kromosomer av en viss typ som normalt ska finnas hos arten. Hos en diploid art kan nullisomen betecknas 2n 2. Nullisomer är endast livsdugliga hos polyploida eller kromosomstruturellt starkt förändrade arter. On-line versionen av V McKusick s Mendelian inheritance in man, en katalog över alla kända monogena sjukdomar. Gen som introducerar en okontrollerad celldelning. Profasstadium under meiosen då de homologa kromosomerna är parade utefter hela sin längd och kromosomstrukturen tydligt framträder. Slumpvis korsning utan urval inom en population. Grafisk beskrivning av en släkt (familjeträd, stamtavla). En gens manifestationsfrekvens, dvs. i vilken mån en mutation leder till sjukdom (komplett/inkomplett). Penetransen är ofullständig om vissa individer som är bärare av en dominant gen eller homozygota för en recessiv gen inte uppvisar den egenskap som vanligen framkallas av den aktuella genen. Med expressivitet av en gen menas dess manifestationsgrad. En förkortad kromosom 22 som först upptäcktes vid Kronisk Myeloisk Leukemi (av forskare i Philadelphis) och som utgör en translokationskromosom 9;22 vilken uppkommer då ABL och BCR förenas. Förhållandet att en gen samtidigt inverkar på mer än en egenskap hos en individ. Antalet hela kromosomuppsättningar i en cell. Dottercell med haploid kärna som avskiljs från äggcellen hos djur och människor i samband med både meiosens första och andra delning. Flera olika gener bidrar till uppkomst av en sjukdom eller egenskap. Enzymatisk kopiering in vitro av specifika DNA-segment till miljontals kopior. Ett användbart verktyg vid genetisk analys som gör det möjligt att särskilja två homologa kromosomer. Skillnaderna beror på olikheter i DNA-sekvenserna på de homologa kromosomerna. Det finns flera typer av DNAmarkörer: SNP (single nucleotide polymorfisms), RFLPmarkör (restriction fragment length polymorphism-

16 16 Polymorfi Polyploidi Positionseffekt Preimplantorisk genetisk diagnostik (PGD) Premutation Presymtomatisk anlagstest Prevalens Proband (eng. index case) Profas ORDLISTA markör) eller di-, tri-, tetra-nukleotidrepeatmarkör. Mångformighet. Polymorfin i en population kallas balanserad då en viss heterozygot har större vitalitet än bägge motsvarande homozygoter (jämför heterosis). Polymorfi används även för att beteckna normalvariation i DNA-sekvensen, t.ex. en polymorf DNA-markör eller en sekvensvariant i en proteinkodande gen som inte påverkar aminosyresekvensen. Förekomst av en serie olika kromosomtal som är multipler av samma grundtal. Förändrad eller upphävd verkan hos en gen som på grund av en strukturell kromosomförändring har fått ett nytt läge i genomet. Metod för fosterdiagnostik som innebär att man utför provrörsbefruktning (IVF), tar ut en cell från ett antal preembryon (bestående av c:a 10 celler) och undersöker varje cell avseende den mutation som förekommer i familjen. Ett pre-embryo som inte bär mutationen väljs därefter ut och sätts in i livmodern för att växa och bli ett friskt barn. Vid sk trinukleotidsjukdomar orsakas sjukdomen av att tre nukleotider upprepas många gånger. Sjukdomen uppkommer när antalet tripletter når över ett kritiskt värde. I intervallet under detta tröskelvärde förblir individen frisk men har förhöjd risk att få avkomma med en ytterligare expansion som leder till sjukdom. Antalet CGG-repetioner i FMR1-genen som orsakar Fragilt-X mental retardation är vanligen mellan 20 och 30. Patienter med Fra-X syndromet har fullmutationer, mer än 200 CGG och personer intervallet utgör premutationer som ofta kan öka till fullmutation i nästa generation. Se anlgstest. Vid sjukdomar med sen debut kan man med riktad mutationsanalys identifiera vilka ännu friska personer som bär den sjukdomsframkallande mutationen som segregerar i släkten. Syftet är att erbjuda anlagsbärare förebyggande åtgärder. Det relativa antalet händelser vid en viss tidpunkt. Exempelvis är prevalensen av en viss sjukdom andelen sjuka i en population vid en bestämd tidpunkt (jämför incidens). Den individ varigenom en släkt med en viss genetisk förändring har upptäckts. Tidigt stadium under mitos och meios innan kärnmembranet har upplösts.

17 ORDLISTA 17 Proof-reading Prokaryot Promotor-DNA Propositus Prägling (eng. Imprinting) Pseudohermafroditism Pulverisering Random priming Recessiv Reciprok Reduktionsdelning Rekombination Replikation Restriktionsfragment- DNA Ringkromosom RLFP (restriction fragment length polymorphism) Riskberäkning Robertsonsk translokation QF-PCR Korrekturläsning, mekanism för att identifiera felinkorporerade baser vid replikationen. Se mismatch reparation. Organism som saknar kärnmembran. Celldelningen sker genom klyvning utan mitos. Sekvens till vilken RNA-polymeras binder sig och initierar transkription. Se proband. Mekanismer som i somatiska celler styr vilken kopia av en gen eller kromosomavsnitt som uttrycks på ett bestående sätt under utvecklingen av individen Se hermafroditism. Uttalad fragmentering av kromosomer. Studeras vanligen i profas metafas. Kan orsakas av vissa virus och kemiska föreningar. Enzymatisk inmärkning av DNA. Metoden utgör ett alternativ till nicktranslation. Se dominant. Ömsesidig. Används ofta vid t.ex. translokationer som innebär ett ömsesidigt utbyte av kromosomsegment mellan två kromosomer. Se meios. Varje mekanism som leder till att gener i en cell eller individ förenas på ett nytt sätt jämfört med föräldrarna. Dupliceringsprocess där ett DNA-templat kopieras. Fragment som genereras efter klyvning med restriktionsenzym. Ringformad kromosom. DNA-fragmentvariationer som kan upptäckas med klyvning av ett specifikt restriktionsenzym. Dessa variationer har uppkommit genom mutationer som förstör eller bildar klyvningsställen för restriktionsenzymer eller genom längdvariationer i DNA-sekvensen till följd av insertions-/deletions polymorfier. Används som markörer vid kopplingsanalys och för diagnstik om den sjukdomsframkallande mutationen påverkar ett restriktionssite. Teoretisk uppskattning av risken för sjukdom baserat på kunskap om sjukdomens nedärvningsmekanism. Translokation mellan acrocentriska kromosomer genom s.k. centric fusion varvid kromosomtalet reduceras. Quantitativ fluorescent- PCR. Metod som används för att snabbt identifiera trisomi ffa inom fosterdiagnostik. På var

18 18 S-fas Satellit Sekundär konstriktion Semiletal (subletal) Selektion Sexkromatin (könskromatin) Singelnukleotidpolymo rfismer (SNP) Skev X-inaktivering ORDLISTA och en av de kromosomer som förekommer som trisomi (13, 18, 21) har ett antal polymorfa markörer med många möjliga alleler valts ut. Markörerna genotypas med hjälp av PCR och om det förekommer 3 alleler på flera markörer på samma kromosom har fostret trisomi. Den del av cellcykeln då DNA-syntesen sker. Kort ändsegment hos en kromosom, skilt från resten av kromosomen genom en sekundär konstriktion som ofta är trådlik och varierar något i längd. Konstant förekommande insnörning på kromosomarm (jämför satellit). Endast en begränsad del av samtliga individer med en viss genetisk konstitution reproducerar sig. Letalitet ur genetisk synvinkel hänför sig alltså till den relativa reproduktionsgraden. Individer har med medfödda ärftliga sjukdomar har vanligen försämrad reproduktionsförmåga varvid mutationen är utsatt för negativ selektion. För recessiva tillstånd kan anlagsbärare ha en relativ fördel i vissa miljöer varvid dessa ökar relativt sett i antal, positiv selektion, varvid antalet heterozygoter anrikas i befolkningen. Struktur i cellkärnan som gör det möjligt att avgöra könskromosomkonstitutionen i cellen. Man skiljer på X- och Y-kromatin. X-kromatin är en DNA-klump, vanligen lokaliserad till cellkärnans periferi under interfas. I diploida celler hos männsikan är antalet X-kromatin lika med antalet X-kromosomer minus ett. Y-kromatin utgörs av en fluorescerande klump i cellkärnor som färgats med quinacrinederivat. Det betingas av den kraftigt fluorescerande distala delen av Y-kromosomens långa arm. Sekvensvaraition i i enskilda DNA-baser som förekommer normalt och bägge allelerna är relativt vanliga (polymorfier). Används ofta som markörer för att identifiera gener som påverkar risken för komplexa sjukdomar i sk GWAS (se detta begrepp). Kvinnor har två X-kromosomer och i varje cell är bara den ena aktiv. Vanligen gör slumpen att den paternella och maternella X-kromosomen är aktiv lika ofta. Om en kvinna företrädesvis har inaktiverat samma X i en stor andel av cellerna talar man om skev X-inaktivering. Detta kan leda till sjukdom om den ena kromosomen bär en mutation.

19 ORDLISTA 19 Skräp-DNA Somatisk cell Sond (eng. probe) Southern blotting Splice-site-mutation Splitsning (eng. splicing) Stamlinje Stoppkodon Strukturgen Submetacentrisk Supressormutation Systerkromatid Telocentrisk Telofas Skev X-inaktivering använder embryot också för att undvika sjukdom när det föreligger en translokation mellan X och en autosom. Då inaktiveras den normala X preferntiellt för att inte inaktivering av den translokerade kromosomen skall spilla över på autosomfragmentet. Endast omkring 1,2% av allt DNA kodar för proteiner. En stor del av vår arvsmassa har ingen känd funktion och mycket är repetitiva sekvenser eller rester av tidigare aktiva gener som under evolutionen förstörts och som man tolkar som oviktigt skräp. Det finns arter som har mindre skräp och en mycket större andel av arvsmassan kodar för protein. Kroppscell. Cell som inte deltar i reproduktionen. DNA-fragment som märkts med fluorecens eller radioaktivitet och som används för att med basparning identifiera en annan molekyl, RNA eller DNA. Överföring av elektroforetiskt storleksseparerade DNAfragment från agarosgel till ett membran (filter). DNA hybridiserar och detekteras sedan med en radioaktivt inmärkt komplementär DNA-sond. Om RNA har överförts till filtret betecknas metoden northern blotting. Analys av protein med antikroppar kallas western blotting. Mutation i intron exongränsen som kan resultera i att baser förloras eller adderas till transkriptet. Utskärning av icke-kodande mrna-segment (introner), ihoplänkning av kodande mrna-segment (exoner) till ett fungerande mrna. En genetisk, enhetlig celltyp som under konstanta miljöförhållanden är karakteristisk för en tumör. Förutom stamlinjen innehåller tumören andra celltyper som kan utveckla sig till nya stamlinjer om miljön skulle förändras. Tre baser som resulterar i att translationen av mrna slutar och polypeptiden släpper från ribosomen. Det finns tre olika Stoppkodon: UAA, UAG, UGA. Gen som kan producera en specifik peptid. Centromeren mellan mitten och änden på en kromosom. Mutation som kompenserar för en annan mutation. Lagning av en förlorad eller förändrad genetisk funktion. Se även tumörsupressorgen. De två DNA-strängar som utgör kromosomen innan celldelning Centromeren i kromosomens ände (jämför akrocentrisk). Stadium i mitos och meios som utgör övergången mellan

20 20 ORDLISTA anafas och interfas. Tetraploidi Dubblering av antalet kromosomer. Hos människan 92 kromosomer. Transformation Malign transformation innebär att en normal cell övergår till att växa som en cancercell. För banvänds begreppet när bakterier tar upp främmande DNA. Transition Mutation som byter ut ett purin mot purin (A-G) eller pyrimidin mot pyrimidin (T-C). Translokation Förflyttning av ett kromosomsegment till ett nytt läge, antingen i samma kromosom eller oftare i en annan, ickehomolog kromosom. Translokationer är nästan alltid reciproka, vilket innebär ett ömsesidigt utbyte av segment mellan kromosomerna (jämför robertsonsk translokation). Kromosomer med reciproka translokationer parar sig under meios I så att en kvadrivalent bildas. De fyra kromosomerna i kvadrivalenten kan separera på olika sätt. Två kromosomer kan gå till vardera dottercellen. Om diagonalt liggande centromerer då går till samma dottercell talar man om alternate segregation. Går ickehomologa bredvidliggande centromerer till samma dottercell kallas detta adjacent I-segregation, medan man talar om adjacent II-segregation om homologa bredvidliggande centromerer går till samma dottercell. Dessutom kan kromosomerna segregera så att tre går till den ena och en till den andra dottercellen, respektive fyra till den ena och ingen till den andra. Vid alternate segregation erhålls gameter med normal eller balanserad kromosomuppsättning, medan alla de övriga typerna ger gameter som är kromosomalt obalanserade. Vid uppkomst av cancerceller sker ofta translokationer som leder till att nya transkript bildas vilka aktiverar onkogener genom att sk fusionstranskrip/ fusionsproteiner bildas. Transkript RNA som erhålls vid transkriptionen. Transkription Syntes av RNA med DNA som mall. RNA är komplementärt till DNA. Translation Syntes av protein utifrån en mrna-mall. Transversion Mutation som byter ut antingen ett purin (A eller G) mot pyrimidin (T eller C) eller vice versa. Trinukleotidexpansion Tre baser som upprepas och normalt förekommer som ett antal varianter på antalet av dessa tre baser. Omkring 15 olika neuromuskulära sjukdomar orsakas av att antalet av de tre baserna ökar över en kritisk gräns. (se även

21 ORDLISTA 21 premutation) Triploid Tre genom i samma cellkärna. På människa 69 kromosomer. Trisomi En viss kromosom representerad tre gånger. Hos en diploid art har en individ med en trisomi en kromosom mer än normalt vilket betecknas 2n + l. Trivalent Grupp av tre homologa eller partiellt homologa med varandra segmentvis parade kromosomer som kan förekomma under meiosens zygotenmetafas I (jämför kvadrivalent). Trofoblast Yttre cellskiktet under tidig fosterutveckling. Tumörsuppressorgen Gen vars normala funktion förhindrar att en cancer uppkommer t.ex. retinoblastomgenen. Vanligen behövs två oberoende mutationer som tillsammans resulterar i att genen eliminerats för en malign omvandling. Se ävem Loss of heterozygosity. Tyst mutation Mutation som inte är sjukdomsframkallande. Kan t.ex. vara en somatisk mutation i en vävnad som inte använder den muterade genen, eller en mutation i DNA sekvensen som inte påverkar genens funktion. Trios Patient och bägge föräldrarna. Vid helexom- eller helgenomsekvensering analyseras vanligen trios för att kunna avgöra vilken av många förändringar som är sjukdomsframkallande genom att se hur olika förändringar segregerar i familjen. Tröskelvärde Vid multifaktoriella sjukdomar tänker man sig att en normalvariation som uppkommer genom olika genetiska och miljö/livsstilsfaktorer resulterar i en normalfördelning. Inom extremerna av en normalfördelning finns en gräns, en tröskel där sjukdom uppstår, t.ex. blodtryck eller blodsocker över en viss nivå. Uniparental isodisomi Den ena kromosomen går förlorad och den homologa (UPD) kromosomen dupliceras. Univalent En under meiosen oparad kromosom. Western blotting Se southern blotting. Proteiner separerade elektroforetiskt, identifieras sedan med hjälp av antikroppar. X-bunden Sjukdomsgen som sitter på X-kromosomen. X-kromosom En slags könskromosom (jämför Y-kromosom). En normal kvinna har könskromosomuppsättningen XX, en normal man XY. X-kromatin Se sexkromatin. Y-bunden nedärvning Nedärvning betingad av gener belägna på Y-kromosomen. Egenskaper som betingas av Y-bundna gener nedärvs

22 22 Y-kromosom Y-kromatin Zinkfinger Zygot Zygoten Återmutation (eng. back-mutation) Överexpression Överkorsning (eng. crossing-over) 3 poly A 5 -cap ORDLISTA uteslutande från hanindivid till hanindivid. Inga sjukdomar ärvs på detta sätt på människa. Könskromosom som endast förekommer hos däggdjurens hanindivider. Se sexkromatin. Proteiner med specifika aminosyremotiv med cystein och histidin som kan binda Zn-joner. Dessa strukturer kan bindas till DNA och RNA och förekommer hos proteiner som reglerar genuttryck. Cell bildad genom förening av två gamettyper. Stadium under meiosens profas då de homologa kromosomerna börjar para sig med varandra. Mutation varigenom en genommutation uppkommen allel återvänder till ursprungsallelen. Viktigt framför allt inom mikrobiologi. Ökad aktivitet av en gen. Segmentutbyte mellan 2 av de 4 parade homologa kromatiderna under meiosens profas (jämför chiasma). Se även meiotisk rekombination. Enzymatisk addering av flera A (adenin) till 3'-terminalen på mrna. Del i processningen av mrna innan det transporteras ut ur cellkärnan till cytoplasman. Ett modifierat G (guanin) i 5'-terminalen av den eukaryota mrna-molekylen. Modifieras efter transkriptionen genom att G metyleras. Dess funktion är troligen att skydda mrna från nedbrytning av nukleaser eller att generera ett ribosombindningsställe.