WP6 status för BBMRI.se styrelse 2013-09-30 Mark Divers 1
Vad var tänkt och godkänt, WP6? Förstudie 2009 Svensk Storskalig Biobank, SSB VR Ansökan (bilaga A, s.11) 1. Build & run a facility 2. Enabler (= catalyst ) 3. National centre of excellence 4. National network 2
Hur ser det ut idag? Vad vi har åstadkommit Våra målsättningar 2013 utfall 2010-14 verksamhetsplan Våra ambitioner och förhoppningar Våra förväntningar
Glass half full? Glass half empty? Eller
Utfall, 2013 Förstudie 2009 Svensk Storskalig Biobank, SSB VR Ansökan (bilaga A, s.11) 1. Build & run a facility 2. Enabler (= catalyst ) 3. National centre of excellence 4. National network 1: 2: 3: 4: Well-established, powerful & reliable service Helping >20 studies, transformative service Experienced & leading expertise, international status Principles & foundations laid; more to do 5
Facility, Centre-of-excellence & Service går som på räls Nationell nätverk är en längre resa 6
National high-profile, prospective cohorts growing within BBMRI.se Large-scale cohorts # donors planned (now) Collection region LifeGene 200K (20K) Stockholm + EpiHealth North 150K (8K) Uppsala EpiHealth South 150K (1K) Skåne Karma breast cancer 70K complete, resampling started Skåne + Stockholm Sthm-2 prostate cancer 23K complete Stockholm Scapis CV 30K (5K) Göteborg + national Malmö Kost Cancer 18K, complete Malmö Malmö Förebygg. Med 22K, complete Malmö Sthm-3 prostate cancer 200K launched Stockholm BBMRI.se standards : Unified sample and data format Open Access Principle
Patient-based sample collections in BBMRI.se National Quality Register studies Status Multiple Sclerosis (IMSEII) Bipolar Disease 1 Rheumatoid Arthritis Myelo Dysplastic Syndrome Chronic Lymphoid Leukemia Other studies Pre-Rheumatoid Arthritis Rheumatoid Arthritis (NordStar) Artros Anorexi Bipolar Disease 2 Autism Twin Study Prostate Cancer prediction Arrhythmia Njur o Lung cancer Autoimmune studie Running; clinical trial Running Running Running Pilot starting Status Running Running; clinical trial Running BBMRI.se standards : Unified Running sample and data format Open Running Access Pr Running Planning Planning Planning Planning
SSB sample statistics (up to 1H2013) Category Total numbers Service launch Studies 22 Nov 2010 Sample donors 140 000 Nov 2010 Samples generated (aliquots) 3 200 000 Nov 2010 DNA extractions 120 000 Apr 2011 Retrievals for analyses 40 000 Jul 2011
Vad saknas i SSB? Automatiserad uttag, -80C ~8MKr Upphandling på gång Finansieringen behöver säkras Samverkan med SLL Vätskahanterings robot ~2MKr Kväve verksamhet IT arkitektur 10
An emerging national network in BBMRI.se Node Status Launch Stockholm, SSB hub Major facility production & development Nov 2010 Göteborg New facility, driven by Scapis Feb 2012 Skåne Reformat existing samples, co-develop with new RS Biobank Nov 2011 Umeå Rebuilding existing facility 2014? Linköping New facility 2014? Örebro New facility? Uppsala Not participating BBMRI.se finances defined sample handling equipment Node adopts BBMRI.se sample & data format Node provides staff & facilities Node participates in BBMRI.se development Node brings new sample collections to BBMRI.se
WP6 nationell nätverk koncept Principer Studie- och behovsdriven Nationellt intresse Open Access (samarbetsvilja) Gemensamma prov och provdata format Common blueprint Föregångare till GSB arbetet
BBMRI.se sample network can bring even more collection enrichment Node Lund Umeå Linköping Örebro Sample collection opportunity Scapis Northpop cohort Västerbotten cohort Monica UCAN Mammascreening Stress & health study Swedeheart UCAN With built-in BBMRI.se benefits: Unified sample and data format Open Access Program
Vad saknas i noderna? Automatiserad provsortering och vätskahantering Umeå, Linköping, Örebro ~7Mkr? Automatiserad uttag Göteborg, Umeå, Linköping, Örebro ~6Mkr? Varierande grad av bemanning och kompetens 14
Investeringar WP6 noder Biobank Genomförda investeringar Belopp Studier Sahlgrenska Biobank Malmö Automation: vätskehantering för insättning av prov Automation vätskehantering för omformatering av retrospektiv prov 2.3 M SCAPIS Biobank Möjliga investeringar 2014 Belopp Studier Umeå Linköping Automation vätskehantering för insättning av prov och omformatering av retrospektivt insamlade prov Automation vätskehantering för insättning av prov 1,3 M Malmö Förebyggande Medicin Malmö kost cancer SCAN B regional insamling 3 M UCAN Northpop Västerbotten Intervention Programme (VIP) MONICA-kohorten Mammarscreeningen SCAPIS (under planering) 2 M LSH, studien Livsvillkor, Stress och Hälsa, Regional insamling IBD-care; nationell insamling SCAPIS (under planering) + 75-100 pågående studier i behov av biobanksstöd
Dilemman Önskelistan överstiger budget Hur fördelar vi mellan nav och noderna?
Rekommendation Fortsätt med SSB och nodutveckling Successivt, parallellt dock på olika takt Pragmatiskt med principerna som ledstärna Samarbetsvilja Behovsdriven (studier, med.forsk.) Open Access Gemensam standard
Det vill säga Av kvarvarande 12.5mkr i WP6 2013-14 ~5mkr på nod utveckling 2014: Umeå, Linköping ~7mkr på SSB 2014: Auto uttag, lab auto Planera vidare investering i BBMRI.se fortsättning
Mera highlights Framgångsrik samarbete med WP3, WP4, WP5 Utrustning Informatik Analys och preanalys Avgörande stöd till flera populationskohort Samarbete med SciLifeLab Proteomik och genomik Konferens HoBB Utbildningskurs Många internationella studiebesök