KI Biobank Tjänstekatalog Version: 1, 2011 KI Biobank är en core facilitet som erbjuder service för provinsamling, provförvaring och provdistribution.
Innehåll KI Biobank...4 Kontakt...4 Öppettider...4 Tjänster...5 Start av ny studie / provinsamling...5 Provhantering...6 Manuell hantering...6 Automatiserad hantering...10 SCARAB-LIMS...13 Systemfunktioner...13 Säkerhet och drift...13 BBMRI.se...14 KI Biobank Tjänstekatalog. Version 1, 2011. 3
KI Biobank KI Biobank tillhandahåller infrastruktur för preanalytisk hantering, förvaring och distribution av humanbiologiska prov. Vi erbjuder provhantering såsom plasma- och serumalikvotering, DNA-extraktion, normalisering av DNA och pipettering av DNA till platta. Vi bistår forskare med rådgivning kring frågor om hur man startar en provinsamling, hur prov ska tas och vara märkta och vilka lagliga krav som ställs för att få samla in prov från människa. Vi hjälper till att upprätta de avtal som krävs enligt biobankslagen som t.ex. utlämningsavtal, multicenteravtal och MTA (Material Transfer Agreement). KI Biobanks registreringsnummer hos Socialstyrelsen: 222 Biobanksansvarig: Mark Divers Kontakt E-post: biobank@ki.se Webbplats: ki.se/kibiobank Telefon: 08-524 839 78 Öppettider Provmottagningen är öppen 8:00 16:30 måndag t.o.m. fredag. För att prov ska hanteras samma dag måste leverans till KI Biobank ske senast: 15:30 (vid leverans till manuell process) 12:00 (vid leverans till automatiserad process) Provmottagningen ska kontaktas på telefon 08-524 823 77 om leverans sker på andra tider än överrenskommet. 4 KI Biobank Tjänstekatalog. Version 1, 2011.
Tjänster Nedan presenteras de tjänster KI Biobank erbjuder. Kontakta oss gärna för att diskutera önskemål om andra tjänster. Start av ny studie / provinsamling Ref. Tjänst Beskrivning 101 Studieintegrering Inför start av ny studie/provinsamling lägger vi tillsammans med forskargruppen upp en plan för hur samarbetet mellan studien och KI Biobank ska se ut. Rutiner kring provlogistik, provprocessning och provförvaring sätts upp. Detta dokumenteras i en överenskommelse som ansvarig forskare och biobanksansvarig skriver under. 102 Biobanksavtal Vid provinsamling inom sjukvården krävs avtal mellan sjukvårdsbiobank, studien och mottagande biobank. Vi ser till att upprätta det avtal som är aktuellt (multicenteravtal, avtal om utlämning och särskilda föreskrifter). 103 Provgivarinformation Rådgivning kring utformning av provgivarinforoch samtycke mation och samtycke. Vi tillhandahåller mallar och säkerställer att provgivaren får den information som denne har rätt till enligt gällande lagstiftning. KI Biobank Tjänstekatalog. Version 1, 2011. 5
Provhantering Manuell hantering Prov registreras och centrifugeras manuellt. Alikvotering och DNA-extraktion sker robotiserat. Robotkapacitet för alikvotering och för DNA-extraktion är totalt 128 prov per dag och process. FÖLJANDE PROCESSER FINNS TILLÄNGLIGA Ref. Tjänst Beskrivning 201 Pappersremiss för Pappersremiss med förtryckta etiketter för unik provtagning märkning av rör trycks upp i ett standardiserat format av KI Biobank. Kräver separat inrapportering till KI Biobank av provgivarens personnummer och samtycke. 202 Streckkodsetiketter och web- Förtryckta streckkodsetiketter för unik märkning av baserad provregistrering rör trycks upp av KI Biobank. Prov registreras av kund via en webbapplikation innan leverans av prov till KI Biobank. Kräver separat inrapportering till KI Biobank av provgivarens personnummer och samtycke. 203 Ankomstregistrering Prov packas upp och sorteras efter studie och. Streckkoden på provet läses och provet registreras som mottaget i LIMS. Detta utförs manuellt för ett prov i taget. 204 Centrifugering Prov som ska alikvoteras centrifugeras för att separera plasma och serum från blodceller. 205 Alikvotering Uppdelning av prov i mindre volymer. Slutprodukt 700µL eller 1000 µl i 1.8 ml kryorör. 206 Förvaring Förvaring av prov vid +4 C, -20 C, -80 C, -186 C. 207 DNA-extraktion DNA-extraktion sker från 1 10 ml helblod eller från 4 ml saliv. Protokoll baseras på saltutfällning och sker på en Autopure LS -robot (Qiagen). 6 KI Biobank Tjänstekatalog. Version 1, 2011.
Ref. Tjänst Beskrivning 207 (forts.) DNA löses i 200 1000 µl 10mM Tris buffert innehållande 1mM EDTA, ph 7.0-8.0. Särskilt komplicerade prov (t.ex. gamla prov och navelsträngsblod) extraheras manuellt. 208 DNA-koncentrationsmätning DNA-koncentration mäts med UV-absorbans vid (ingår alltid vid DNA-extraktion) 260 nm och 280 nm där absorbanskvoten 260/280 nm, som är ett mått på renheten, skall ligga i intervallet 1.7-2.3. Medelutbytet av DNA är 20 µg per ml blod och DNA-koncentrationen varierar mellan 20-500 ng/µl. Provet kan efter mätning behöva renas ytterligare och/eller spädas. Provåtgång: 20 µl. 209 Picogreen, alternativ PicoGreen är en alternativ kvantifieringsmetod DNA-koncentrationsmätning för att mäta DNA-koncentration. Metoden används i de fall mottagande analyslaboratorium ställer höga krav på precision. Provåtgång: 5 µl. 210 Backuprör för DNA-extraktion Förvaring av ett extra helblodsrör som backup. Backuprör extraheras om DNA-extraktion misslyckats eller om utbytet blir lägre än 20 50 µg/ml. Annan gräns efter överenskommelse. 211 DNA normalisering Spädning av DNA till 50 ng/µl. Annan koncentration efter överenskommelse. 212 Uttag av individuella rör Plockning av prov och hjälp med leverans till önskat analyslaboratorium. 213 Uttag av DNA Pipettering av DNA till platta och hjälp med leverans till önskat analyslaboratorium. 214 Uttag av normaliserat DNA Pipettering av normaliserat DNA till platta och hjälp med leverans till önskat analyslaboratorium. KI Biobank Tjänstekatalog. Version 1, 2011. 7
PROVTYPER Följande er kan processas manuellt alternativt endast registreras och förvaras. Vi ser helst att man använder rör från BD (Becton, Dickinson and Company). Endast plaströr tas emot. Ref. Inkommande Tjänst/processning Erhållen Förvaring produkt 215 EDTA helblod Provregistrering, centrifugering, Alikvoter av -80 C 4, 6, 9 ml alikvotering EDTA plasma 216 EDTA helblod DNA-extraktion DNA -20 C 4, 6, 9 ml 217 Citrat helblod 4 ml Provregistrering,centrifugering, Alikvoter av citrat -80 C rumstemperatur alikvotering plasma 218 Citrat helblod Provregistrering, centrifugering, Alikvoter av citrat -80 C 4 ml 4 C alikvotering plasma 219 Litium heparin hel- Provregistrering, centrifugering, Alikvoter av LiHep -80 C blod med gel 8 ml alikvotering plasma 220 Helblod med gel Provregistrering, centrifugering, Alikvoter av serum -80 C (för serum) 10 ml alikvotering 221 Helblod utan gel Provregistrering, centrifugering, Alikvoter av serum -80 C (för serum) 10 ml alikvotering 222 Serum i Provregistrering, centrifugering, Alikvoter av serum -80 C avhällningsrör alikvotering 223 WBC (white blood Provregistrering, lagring Inkommande -80 C cells), Buffy Coat från EDTA-rör 224 PAXgene rör för Provregistrering, lagring Inkommande -80 C RNA-extraktion 225 CSF (cerebro- Provregistrering, alikvotering Alikvoter av CSF -80 C spinal fluid) 8 KI Biobank Tjänstekatalog. Version 1, 2011.
Ref. Inkommande Tjänst/processning Erhållen Förvaring produkt 226 DNA i 1.8 ml Provregistrering, DNA- Inkommande -20 C kryorör koncentrationsmätning 227 Saliv (Oragene ) Provregistrering, DNA-extraktion DNA -20 C 4 ml 228 Saliv (Salivette ) Provregistrering, lagring Alikvoter av urin -80 C 229 Sputum Provregistrering, lagring Inkommande -80 C 230 Nasalsekret Provregistrering, lagring Inkommande -80 C 231 Urin 4 ml Provregistrering, alikvotering, Alikvoter av urin -80 C lagring 232 Feces Provregistrering, lagring Inkommande -80 C 233 Placenta Provregistrering, lagring Inkommande -80 C 234 Navelsträngsblod Provregistrering, lagring DNA -20 C KI Biobank Tjänstekatalog. Version 1, 2011. 9
Automatiserad hantering KI Biobank erbjuder ett automatiserat arbetsflöde från mottagning av remisser och prov till leverans av alikvoter i 2D-märkta rör. Prov processas i olika automatiserade system som inkluderar registrering, volymbestämning, sortering med avseende på, centrifugering, avkorkning, alikvotering och DNA-extraktion. Plasma, serum och urin alikvoteras till multipla 225 µl alikvoter som lagras i 2D-streckkodsmärkta REMP-rör i -80 C. DNA extraheras med hjälp av ett protokoll baserat på magnetic bead separation och lagras i 2D-streckkodsmärkta REMP-rör i -20 C. En robust IT-infrastruktur och robotiserad provhantering säkerställer full spårbarhet och jämn kvalitet på prov. Alikvoteringsprocessen har en kapacitet på ca 2400 prov per dag och DNA-extraktionsprocessen 768 (8 x 96) prov per dag. Arbetsflödet beskrivs i figur nedan. Figur 1. Översikt av automatiserad provhantering. 10 KI Biobank Tjänstekatalog. Version 1, 2011.
FÖLJANDE PROCESSER FINNS TILLÄNGLIGA Ref. Tjänst Beskrivning 301 Elektronisk remiss Webbtjänst för mottagande av elektronisk remissinformation enligt ett standardiserat XML-format. Data som samlas in via remiss: samtycke ( ja/nej), personnummer, provtagningsdatum, provtagningstid. Kunden behöver ett eget system för att generera den elektroniska remissen. 302 Pappersremiss Pappersremiss med förtryckta etiketter för unik märkning av rör trycks upp i ett standardiserat format av KI Biobank. Remissen scannas vid ankomst till KI Biobank. Data som samlas in via remiss: samtycke ( ja/nej), personnummer, provtagningsdatum, provtagningstid. Scannad bild levereras i PDF-format. 303 Sortering Inkommande rör sorteras efter och ankomstregistreras och volymbestäms. 304 Centrifugering Prov som ska alikvoteras och är ocentrifugerade eller saknar gel centrifugeras. 305 Alikvotering Uppdelning i åtta multipla prov med en volym om 225 µl i 2D-märkta REMP rör. 306 DNA-extraktion och DNA-extraktion sker från 400 µl helblod på en alikvotering till backuprör. Chemagic Star -robot (Hamilton). Metodiken baseras Koncentrationsmätning. på magnetic bead separation. DNA löses i 150 µl 10 mm Tris-HCl buffert, ph 8.0. Backup helblod alikvoteras till två st alikvoter om 650 µl. Mängd och renhet av DNA bestäms med UV-absorbans. Provåtgång: 3 µl. 307 Förvaring Alla prov förvaras i -80 C utom DNA som förvaras i -20 C. KI Biobank Tjänstekatalog. Version 1, 2011. 11
PROVTYPER Följande er kan hanteras automatiserat. Av kvalitetsskäl rekommenderas rör med gel vilket ökar säkerheten vid detektion av separationslagren. En mindre exakt volymdetektion kan leda till att blodceller (röda blodkroppar) pipetteras med plasman/serumet, vilket kan påverka den analytiska processen. Ref. Inkommande Tjänst/processning Erhållen produkt 308 EDTA helblod utan gel Centrifugering och alikvotering 8 x 225 µl EDTA 10 ml (BD367525) plasma 309 EDTA helblod utan gel DNA-extraktion och alikvotering 1 x 150 µl DNA 4 ml (BD368861) till backuprör 2 x 650 µl backuprör 310 EDTA helblod med gel Alikvotering 8 x 225 µl EDTA 8.5 ml (PPT BD362799) 311 Litium heparin helblod Alikvotering 8 x 225 µl LiHep med gel 8 ml (BD367378) plasma 312 Helblod med gel (för Alikvotering 8 x 225 µl serum serum) 8.5 ml (BD 367953) 313 Plasma/serum/annan Alikvotering 8 x 225 µl serum i avhällningsrör (Sarstedt 55.525 5 ml, 75x13 mm) + röd kork LABOOTH från Terumo 314 Urin 4 ml (BD368500) Centrifugering och alikvotering 8 x 225 µl urin 12 KI Biobank Tjänstekatalog. Version 1, 2011.
SCARAB-LIMS KI Biobank erbjuder IT-stöd i form av SCARAB-LIMS till forskare som väljer att lagra prov i egna frysar. SCARAB-LIMS är ett system som hanterar data om prov och provgivare för att säkra kvalitet och spårbarhet. Systemet är ett kommersiellt labdatasystem utvecklat av företaget LabWare Lims Solutions och består av moduler som kan anpassas utifrån olika verksamheters behov. Systemfunktioner Exempel på funktioner som systemet innehåller är: Provgivarhantering Provhantering Lagringshantering Etiketthantering Uttag söka prov Analysdata Rapporter Säkerhet och drift Karolinska Institutets centrala IT-avdelning ansvarar för säkerhet, drift och underhåll av de databaser som lagrar information och de servrar där LIMS applikationen finns. Backuper tas regelbundet vilket innebär att information kan återställas till en given tidpunkt vid behov. KI Biobank Tjänstekatalog. Version 1, 2011. 13
BBMRI.se BBMRI.se (BioBanking & Molecular Resource Infrastructure of Sweden; på svenska Svensk Nationell Forskningsinfrastruktur för Biobankning och Analys av Biologiska Prover ) är en omfattande nationell forskningsinfrastruktur som inrättats av Vetenskapsrådet. BBMRI.se är svensk part i den europeiska biobanksplattformen BBMRI, bedriver FoU inom biobanksvetenskap och ger service till nationella biobanksbaserade forskningsprojekt. KI Biobank har ett nära samarbete med BBMRI.se och förmedlar biobanksservice för studier anslutna till BBMRI.se. För mer information se bbmri.se eller kontakta föreståndare Joakim Dillner ( joakim.dillner@ki.se). Innehållsansvariga: Tove Rylander Rudqvist tove.rylander-rudqvist@ki.se Carita Rask carita.rask@ki.se Design och produtkion: Super Tryck: LTAB Foto: Adam Gault / Getty Images
KI Biobank Karolinska Institutet Institutionen för Medicinsk Epidemiologi och Biostatistik Nobels väg 12 A 171 77 Stockholm Tfn: 08-524 839 78 biobank@ki.se Mer information hittar du på ki.se/kibiobank ki.se/scarab bbmri.se