Maxwell CSC DNA FFPE Kit

TEKNISK MANUAL Maxwell CSC DNA FFPE Kit Bruksanvisning för produkt AS1350 Varning: Hantera kassetterna med försiktighet, tätningskanterna kan vara vassa. BRUKSANVISNING FÖR PRODUKTEN AS1350 2800 Woods Hollow Rd. Madison, WI USA MDSS GmbH Schiffgraben 41 30175 Hannover, Germany Reviderad 5/18 TM395

Maxwell CSC DNA FFPE Kit All teknisk litteratur finns tillgänglig på: www.promega.com/protocols Besök webbplatsen för att säkerställa att du använder den senaste versionen av denna tekniska handbok. Mejla Promegas tekniska support om du har frågor om hur du använder detta system: techserv@promega.com 1. Beskrivning... 1 2. Produktkomponenter, lagringsförhållanden och symbolförklaring... 2 3. Produktens avsedda användning... 4 4. Begränsningar för produktens användning... 4 5. Innan du startar... 4 5.A. Preparering av FFPE-prov... 5 5.B. Maxwell FFPE-kassettförberedelser... 6 6. Instrumentkörning... 7 7. Efter rening... 9 8. Felsökning... 10 9. Referens... 11 10. Sammanfattning av ändringar... 11 Maxwell CSC DNA FFPE Kit finns bara tillgängligt i utvalda länder. Den här produkten uppfyller kraven i EG-direktiv 98/79/EG gällande medicintekniska produkter för in vitro-diagnostik. 1. Beskrivning Maxwell CSC DNA FFPE Kit används i kombination med Maxwell CSC Instrument för att tillhandahålla en enkel, effektiv automatiserad metod för rening av genomisk DNA (gdna) från mänskliga FFPE-prov (formalinfixerade, paraffininbäddade) av bröst-, lung- eller kolonvävnad. Maxwell CSC Instrument levereras med förprogrammerade reningsmetoder och är utformad för att användas tillsammans med de avdelade reagenskassetterna och ytterligare reagenser som levereras i kitet, vilket säkerställer enkel och smidig användning. Instrumentet kan hantera upp till 16 prov på <60 minuter, och det renade DNA:t kan användas direkt i efterföljande tillämpningar såsom PCR. Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Avgiftsfritt i USA 800-356-9526 608-274-4330 Fax 608-277-2516 1 www.promega.com TM395 Reviderad 5/18

Maxwell CSC DNA FFPE Kit renar nukleinsyra med hjälp av paramagnetiska partiklar som skapar en mobil fast fas med vilken insamling, rengöring och rening av gdna ur provet optimeras. Maxwell CSC Instrument är ett instrument för behandling av magnetiska partiklar. Detta system låter gdna effektivt bindas till de paramagnetiska partiklarna i en förfylld kassetts första brunn, och flyttar sedan provet under blandning genom kassettens brunnar. Med detta tillvägagångssätt för magnetisk insamling undviks vanliga problem såsom igensatta spetsar eller partiell reagensöverföring vilket i andra vanliga automatiserade system leder till en suboptimal reningsprocess. 2. Produktkomponenter, lagringsförhållanden och symbolförklaring PRODUKT STORLEK KAT.# Maxwell CSC DNA FFPE Kit 48 prep. AS1350 Endast för in vitro-diagnostik. Endast för professionellt bruk. Tillräckligt för 48 automatiserade isolationer från FFPE-prov. Maxwell FFPE-kassetter är för engångsbruk. 15 C 30 C 6010TB 48 Innehåller: 25ml Mineral Oil 20ml Lysis Buffer 2 1ml Proteinase K (PK) 100µl Blue Dye 1ml RNase A 48 Maxwell FFPE Cartridges 50 CSC/RSC Plungers 50 Elution Tubes (0.5ml) 25ml Nuclease-Free Water Förvaringsförhållanden: Förvara Maxwell CSC DNA FFPE Kit i 15 30 C. Säkerhetsinformation: Reagenskassetterna innehåller etanol och isopropanol. Dessa substanser är att betrakta som brandfarliga, giftiga och irriterande. Maxwell FFPE-kassetter är utformade för att användas tillsammans med potentiella smittoämnen. Bär lämplig personskyddsutrustning (t.ex. handskar och skyddsglasögon) vid hantering av potentiella smittoämnen. Hörsamma din inrättnings riktlinjer för hantering och destruktion av potentiella smittoämnen som används tillsammans med detta system. Varning: Hantera kassetterna med försiktighet, tätningskanterna kan vara vassa. 2 Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Avgiftsfritt i USA 800-356-9526 608-274-4330 Fax 608-277-2516 TM395 Reviderad 5/18 www.promega.com

Ytterligare information: Komponenterna i Maxwell CSC DNA FFPE Kit är godkända och kvalitetstestade för att fungera tillsammans. Att blanda komponenter från olika kit-lotter rekommenderas inte. Använd bara de komponenter som följer med i kitet. Symbolförklaring Symbol Förklaring Symbol Förklaring Medicinteknisk produkt avsedd för in vitro-diagnostik Auktoriserad representant inom Europeiska gemenskapen 15 C 30 C Förvara i 15-30 C. 2800 Woods Hollow Rd. Madison, WI USA Tillverkare Viktigt Irriterande Cancerframkallande Räcker till n tester Conformité Européenne Viktigt. Mikrobiologisk risk. Viktigt. Risk för klämskada. Listnummer Satsnummer Får inte återanvändas Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Avgiftsfritt i USA 800-356-9526 608-274-4330 Fax 608-277-2516 3 www.promega.com TM395 Reviderad 5/18

3. Produktens avsedda användning Maxwell CSC DNA FFPE Kit är avsett att användas i kombination med Maxwell CSC Instrument och reningsmetoden Maxwell CSC FFPE DNA, som medicinteknisk produkt för in vitro-diagnostik (IVD) för att genomföra automatiserad isolering av DNA från mänskliga FFPE-prov (formalinfixerade, paraffininbäddade) från bröst-, lung- och kolonvävnad. Det renade DNA:t är lämpligt för användning i förstärkningsbaserade in vitrodiagnostikanalyser. Maxwell CSC DNA FFPE Kit är avsett att användas i en temperatur på mellan 15 C och 30 C. Användning utanför detta temperaturintervall kan leda till suboptimala resultat. FFPE-prov preparerade med 10 % neutralbuffrat formalin kan användas med Maxwell CSC DNA FFPE Kit. Maxwell CSC DNA FFPE Kit är inte avsett att användas som en del av ett specifikt in vitro-diagnostiktest. Maxwell CSC DNA FFPE Kit är endast avsett för yrkesmässig användning. Diagnostiska resultat som erhållits vid användning av DNA som renats med det här systemet måste tolkas tillsammans med andra kliniska eller laboratoriska data. 4. Begränsningar för produktens användning Maxwell CSC DNA FFPE Kit är endast avsett att användas tillsammans med mänskliga FFPE-vävnadsprov hämtade från bröst, lunga eller kolon. Det är inte utformat för att användas tillsammans med icke-ffpe-prov såsom färska eller frysta vävnadsprov eller med mänskliga FFPE-vävnadsprov av annan vävnad bröst, lunga och kolon. Maxwell CSC DNA FFPE Kit är inte avsett att användas med andra typer av prov, inklusive icke-mänskliga prov eller för rening av RNA. Maxwell CSC DNA FFPE Kit är inte avsett att användas med vävnadsprov som har preparerats med andra fixeringsmetoder än 10 % neutralbuffrat formalin. Prestandan hos Maxwell CSC DNA FFPE Kit har utvärderats genom att DNA från FFPE-vävnadsprov i storleksintervallet 0,1 mm³ till 2,0 mm 3 har isolerats. Det är inte avsett att användas med prov utanför dessa intervall. Användaren är ansvarig för att fastställa nödvändiga prestandaegenskaper för efterföljande diagnostiska tillämpningar. Lämpliga kontroller måste finnas inkluderade i alla efterföljande diagnostiska tillämpningar där man använder DNA renat med Maxwell CSC DNA FFPE Kit. 5. Innan du startar Material som ska tillhandahållas av användaren mikrocentrifug pipetter och pipettspetsar för förbehandling och överföring av prov till förfyllda reagenskassetter 1,5 2,0 ml-rör för provinkubering (till exempel Microtubes, 1,5 ml [Kat.# V1231]) 4 Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Avgiftsfritt i USA 800-356-9526 608-274-4330 Fax 608-277-2516 TM395 Reviderad 5/18 www.promega.com

värmeblock inställda på 56 C och 80 C (Observera: Värmeblocken ska ställas in på den fordrade temperaturen. Värmeblockets faktiska temperatur ska läsas av med en kalibrerad termometer. Se till att temperaturen är korrekt inom termometerns felmarginal.) FFPE-prov med en total vävnadsvolym på 0,1 till 2,0 mm 3 (Observera: Prov ska förvaras i rumstemperatur [15 30 C].) rakblad(observera: Iaktta försiktighet när rakblad används för att skrapa prov från objektsglas. 5.A. Preparering av FFPE-prov Förbehandling av tvärsnittsprov 1. Placera snitt i ett 1,5 ml mikrocentrifugrör. Om vävnadssnitt på objektsglas används, skrapa snittet från glaset med ett rent rakblad. 2. Tillsätt 300 µl mineralolja i provrören. Vortexa i 10 sekunder. 3. Värm proven till 80 C i 2 minuter. Flytta proven till rumstemperatur medan mastermixen prepareras. 4. Preparera en mastermix med lyseringsbufferten, Proteinas K och blå färg såsom visas nedan. Reagens Mängd /Reaktion Reaktioner (antal som ska köras +1) Total Lyseringsbuffert 224 µl n + 1 224 (n + 1)µl Proteinas K 25 µl n + 1 25 (n + 1)µl Blå färg 1 µl n + 1 1 (n + 1)µl 5. Tillsätt 250 µl mastermix till varje provrör och vortexa i 5 sekunder. 6. Centrifugera med 10,000 g i 20 sekunder för att separera skikten. Om en pellet går att se i det vattenhaltiga skiktet (det nedre blå skiktet) blanda försiktigt det vattenhaltiga skiktet. 7. Flytta provrören till ett värmeblock inställt på 56 C och inkubera i 30 minuter. 8. Flytta provrören till ett värmeblock inställt på 80 C och inkubera i 4 timmar. 9. Flytta proven till bänken och låt dem svalna till rumstemperatur i 5 minuter. 10. Tillsätt 10 µl DNas A till varje provrör. Blanda med pipettering. 11. Inkubera i 5 minuter i rumstemperatur (15 30 C). 12. Centrifugera på full hastighet i en mikrocentrifug i 5 minuter. 13. Överför omedelbart den blå vattenhaltiga fasen innehållande DNA till brunn #1 i Maxwell FFPE-kassetten innan Avsnitt 6, Steg 5. Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Avgiftsfritt i USA 800-356-9526 608-274-4330 Fax 608-277-2516 5 www.promega.com TM395 Reviderad 5/18

5.B. Maxwell FFPE-kassettförberedelser 1. Byt handskar innan du hanterar Maxwell FFPE-kassetter, CSC/RSC-kolvar och elueringsrör. Kassetterna placeras på Maxwell CSC-trågbrickan utanför instrumentet och trågbrickan innehållande kassetterna och proven överförs till instrumentet för rening. Placera kassetterna som ska användas i Maxwell CSCtrågbrickan (Illustration 2). Placera kassetterna i trågbrickan med brunn #1 (kassettens största brunn) längst bort från elueringsrören. Tryck nedåt på kassetten för att fästa den på plats. Se till att båda kassettens ändar sitter fast i trågbrickan. Dra försiktigt tillbaka förseglingen så att hela förseglingen tas bort från kassettens ovansida. Kontrollera att all förseglingstejp och alla limrester tas bort innan kassetterna placeras i trågbrickan. Varning: Hantera kassetterna med försiktighet. Tätningskanterna kan vara vassa. 2. Placera en kolv i brunn #8 i varje kassett. Observera: Använd endast de kolvar som tillhandahålls med Maxwell CSC DNA FFPE Kit. Kolvarna till Maxwell 16 LEV och SEV Kit är inte kompatibla med Maxwell CSC Instrument. 3. Placera ett tomt elueringsrör i elueringsrörspositionen för varje kassett i Maxwell CSC-trågbrickan. Observera: Använd endast de elueringsrör som tillhandahålls med Maxwell CSC DNA FFPE Kit. Andra elueringsrör är inte nödvändigtvis kompatibla med Maxwell CSC Instrument vilket kan påverka DNAreningsprestandan. 4. Tillsätt 50 µl nukleasfritt vatten i botten på varje elueringsrör. Observera: Använd endast det nukleasfria vatten som tillhandahålls med Maxwell CSC DNA FFPE Kit. Användning av annan elueringsbuffert kan påverka DNA-reningen. Kommentarer Maxwell FFPE-kassettförberedelser 1. Om färre än 16 prov behandlas ska kassetterna centreras på trågbrickan. 2. Rengör prov- eller reagensspill över hela Maxwell CSC-trågbrickan såsom indikeras i Maxwell CSC Instrument Operating Manual. Använd inte blekmedel på någon av instrumentets delar. 11339TC 1 2 3 4 5 6 7 8 1. Bindande Binding Buffer buffert 2. Magnetiska Magnetic Particles cellulosapartiklar 3. Tvättlösning Wash Solution 4. Tvättlösning Wash Solution 5. Tvättlösning Wash Solution 6. Tvättlösning Wash Solution Empty 7. Tom Empty 8. Tom Well Content User Adds: Brunnsinnehåll 1. Preprocessed som sample tillsätts av användaren: 1. 8. Förbehandlat CSC/RSC Plunger prov 8. CSC/RCS-kolv Illustration 1. Maxwell FFPE-kassett Denna illustration visar kassettens innehåll. Förbehandlade FFPE-prov tillsätts brunn #1 och en kolv tillsätts brunn #8. 6 Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Avgiftsfritt i USA 800-356-9526 608-274-4330 Fax 608-277-2516 TM395 Reviderad 5/18 www.promega.com

10828TB Illustration 2. Inställning och konfiguration av Maxwell CSC trågbricka. Nukleasfritt vatten tillsätts till elueringsrören såsom indikerat. 6. Instrumentkörning Metoden Maxwell CSC FFPE Method kan laddas hem från Promegas webbplats: www.promega.com/ resources/tools/maxwellcscmethod. Se Maxwell CSC Methods Installation Technical Manual #TM401 för mer detaljerad information. 1. Sätt på Maxwell CSC Instrument och surfplattan. Instrumentets gränssnitt startas automatiskt och instrumentet går igenom en självtest och alla rörliga delar återgår till respektive utgångslägen. 2. Välj Start på Hem-skärmen. 3. Skanna eller ange metodens streckkod från Maxwell CSC DNA FFPE Kit-etiketten för att automatiskt välja den metod som ska köras (Illustration 3). Observera: Streckkoden för Maxwell CSC DNA FFPE Kit-metoden krävs för DNA-rening med Maxwell CSC Instrument. Kit-etiketten innehåller två streckkoder. Metodstreckkoden visas i Illustration 3 nedan. Kontakta Promegas tekniska support om streckkoden inte kan skannas. Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Avgiftsfritt i USA 800-356-9526 608-274-4330 Fax 608-277-2516 7 www.promega.com TM395 Reviderad 5/18

6. Instrumentkörning (fortsättning) Illustration 3. Kitetikett med indikation på vilken streckkod som ska skannas för metod. Metodstreckkoden som ska skannas på kitetiketten för att starta en reningskörning markeras med en röd fyrkant. 4. Välj kassettpositioner som ska köras (se Maxwell CSC Instrument Operating Manual), och skanna eller ange manuellt den fordrade provspårningsinformationen. Avmarkera oönskade provpositioner. Välj sedan Fortsätt. 5. Verifiera att proven har tillsatts kassetternas brunn #1 (såsom beskrivs i Avsnitt 5.A), att kassetterna har laddats i instrumentet, att elueringsrör innehållande 50 μl nukleasfritt vatten finns med, och att kolvar finns placerade i brunn #8. 6. Flytta Maxwell CSC-trågbrickan innehållande de förberedda kassetterna till tråget i Maxwell CSC Instrument. Kontrollera att trågbrickan har placerats i Maxwell CSC Instrument med elueringsrören närmast luckan. Trågbrickan passar endast i instrumentet med denna orientering. Om du har problem med att få trågbrickan att passa på plattformen, kontrollera att den är vänd åt rätt håll. Se till att trågbrickan står jämnt i instrumentets tråg. Observera: Håll Maxwell CSC-trågbrickan i dess sidor för att undvika att kassetter lossnar från den. Varning: Risk för klämskada. 7. Bekräfta att alla indikerade förberedelser har genomförts och tryck på Starta för att stänga instrumentluckan och starta behandlingen. 8. Maxwell CSC Instrument kommer omedelbart att påbörja reningskörningen. Skärmen kommer att visa stegen som utförts och ungefärlig återstående tid av körningen. Observera: Om körningen avbryts innan den är slutförd kommer instrumentet att tvätta bort partiklarna från kolvarna och mata ut kolvarna i kassettens brunn #8. Proven kommer att gå förlorade. Försök inte att rena om prov för vilka en instrumentkörning avbröts. 9. När den automatiserade reningskörningen är klar visar surfplattans skärm ett meddelande att metoden är avslutad. Körning avslutad. 11588TA 8 Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Avgiftsfritt i USA 800-356-9526 608-274-4330 Fax 608-277-2516 TM395 Reviderad 5/18 www.promega.com

Körning avslutad 10. Följ skärminstruktionerna i slutet av metoden för att öppna luckan. Kontrollera att kolvarna befinner sig i kassettens brunn #8 vid körningens avslut. Avlägsna trågbrickan från instrumentet och avlägsna eluerade prov från trågbrickan. Om alla kolvar inte har avlägsnats från kolvstången: Följ skärmanvisningarna för att genomföra rengöringsmetod för avbruten körning eller välj rengöringsmetoden i Inställningsskärmen för en framgångsrikt genomförd körning för att avlägsna återstående kolvar. 11. Avlägsna och sätt lock på elueringsrören innehållande DNA omedelbart efter körningen för att förhindra att eluater avdunstar. Avlägsna Maxwell CSC trågbricka från instrumentet. Observera: Efter en genomförd automatiserad reningsprocedur kan Maxwell CSC-trågbrickan vara varm. För att avlägsna trågbrickan från instrumentets plattform, håll den i dess sidor. I syfte att undvika skador på den renade nukleinsyran, se till att proven avlägsnas från instrumentet innan UV-sanering körs. 12. Avlägsna kassetter och kolvar från Maxwell CSC-trågbrickan och gör dig av med farligt avfall i enlighet med rutinerna för din inrättning. Kassetter, kolvar och elueringsrör är avsedda för engångsbruk. Återanvänd inte Maxwell FFPE-kassetter, CSC/RSC-kolvar eller elueringsrör. 7. Efter rening. Säkerställ att det renade DNA-provets utfall uppfyller ingångskraven för tillämpliga efterföljande diagnostiska analyser innan provet används. Kitets prestanda utvärderades baserat på rening av förstärkningsbart DNA. Andra kvantifieringsmetoder, såsom absorbering eller bindning med flourescerande färg korrelerar inte nödvändigtvis med förstärkning (1). Absorberingsmätning på renade FFPE-prov kan överskatta utfallet. Vi rekommenderar andra metoder för att mäta utfallet (1). Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Avgiftsfritt i USA 800-356-9526 608-274-4330 Fax 608-277-2516 9 www.promega.com TM395 Reviderad 5/18

8. Felsökning För övriga frågor ska du kontakta din lokala Promega-återförsäljare. Kontaktinformation finns på: www.promega.com. E-post: techserv@promega.com Symptom Lägre DNA-koncentration än förväntat i eluat Ett typiskt FFPE-snitt ska ge förstärkningsbart DNA i utfall beroende på vävnadsstorlek, cellularitet, formalinfixeringsskick och hantering. Orsaker och kommentarer Kitprestandan har utvärderats genom att DNA har isolerats från FFPE-vävnadsprov i storleksintervallet 0,1 mm 3 till 2,0 mm 3. Kitet utformades inte för prov utanför detta intervall. Använd snitt som ligger innanför detta intervall. Kitet utformades för att användas tillsammans med mänskliga FFPE-vävnadsprov hämtade från bröst, lunga eller kolon. Det utformades inte för att användas tillsammans med icke-ffpe-prov såsom färska eller frysta vävnadsprov eller med mänskliga FFPEvävnadsprov av annan vävnad bröst, lunga och kolon. Inkubationstider och -temperaturer testades endast för mänsklig bröst-, lung- och kolonvävnad. Kitet utformades inte för att användas med vävnadsprov som har preparerats med andra fixeringsmetoder än 10 % neutralbuffrat formalin. Kontrollera med patologlab eller leverantör att inte en alternativ fixeringsmetod använts. Inga garantier lämnas för smutsiga objektsglas eller snitt. Gör om reningen med rena objektsglas eller snitt. Kitets prestanda utvärderades baserat på rening av förstärkningsbart DNA. Andra kvantifieringsmetoder, såsom absorbering eller bindning med flourescerande färg korrelerar inte nödvändigtvis med förstärkning. Använd förstärkningskvantifiering för att utvärdera renhet. 10 Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Avgiftsfritt i USA 800-356-9526 608-274-4330 Fax 608-277-2516 TM395 Reviderad 5/18 www.promega.com

Symptom Lägre kvalitet än förväntat Elutatet innehåller starkt fragmenterat DNA eller komponenter som kan inhibera efterföljande analyser. Orsaker och kommentarer Vävnadssnittet som använts för rening kan innehålla fragmenterat DNA på grund av formalinfixeringsförhållandena eller hanteringen. Om DNA:t fragmenteras innan extraktion/rening kommer det fragmenterade DNA:t renas med detta kit. Upprepa behandlingen med intilliggande snitt för att avgöra om problemet har med provet eller med processen att göra. Vissa förstärkningsbaserade processer är särskilt känsliga för inhiberande komponenter. Efterföljande analyskontroller bör identifiera närvaron av förstärkningshämmare i eluatet. Det är användarens ansvar att verifiera denna produkts kompatibilitet med de efterföljande analyserna. 9. Referens 1. Bonin, S. et al. (2010) Multicentre validation study of nucleic acids extraction from FFPE tissues. Virchows Arch. 457, 309 17. 10. Sammanfattning av ändringar Följande ändring gjordes till 5/18-revisionen av detta dokument: 1. Uppdaterades för att inkludera kraven från EG Direktivet för in vitro-diagnosticering (98/79/EG). (a) Amerikanska patentnr. 6,027,945, 6,368,800 och 6,673,631, europeiska patentnr. 0895546, 1367137 och 1204741, japanska patentnr. 3253638 och 4425513. 2013 5, 2018 Promega Corporation. Med ensamrätt. Maxwell är ett registrerat varumärke som tillhör Promega Corporation. Produkter kan vara skyddade av sökta eller utfärdade patent eller ha vissa begränsningar. Besök vår webbplats för mer information. Alla priser och specifikationer kan ändas utan föregående meddelande. Produktanspråk kan ändras. Kontakta Promegas tekniska support eller öppna Promegas katalog online för den senaste informationen om Promegas produkter. Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI 53711-5399 USA Avgiftsfritt i USA 800-356-9526 608-274-4330 Fax 608-277-2516 11 www.promega.com TM395 Reviderad 5/18