Laboratorieanalyser av särskild betydelse för smittskydd

Transkript

1 = laboratorium för klinisk mikrobiologi = förmedlas till utländskt laboratorium kademiska Universitetssjukhuset, Uppsala entrallasarettet i Västerås entralsjukhuset i Karlstad entrallasarettet i Växjö Unilabs B leris Medilab pkoppor Påvisande av apkopp virus-nukleinsyra i kliniskt prov Påvisande av apkopp- virus i kliniskt prov med elektronmikroskopi typiska mykobakterier Isolering av atypiska mykobakterier från kliniskt prov Beta-hemolyserande grupp streptokocker Isolering av Streptococcus pyogenes (GS) från blod, likvor eller annan normalt steril lokal Botulism Isolering av lostridium botulinum från sår (sårvätska) eller, hos barn ett år och yngre, även från feces Påvisande av botulinustoxin i kliniskt prov Brucellos Isolering av Brucella spp. från kliniskt prov Påvisande av Brucella-specifik antikroppsreaktion som indikerar aktuell infektion. ampylobacterinfektion Isolering och/eller nukleinsyrapåvisande av ampylobacter spp., från feces eller blod. B K Variant reutzfeldt-jakobs sjukdom (vjd) Uteslutande av EEG förändringar som vid sporadisk JD Typiska förändringar påvisade med bildteknik (ex. MRT) Positiv tonsillbiopsi Post mortem neuropatologiskt verifierat fall ryptosporidiuminfektion Påvisande av ryptosporidium spp oocystor i kliniskt prov (vanligen feces) med mikroskopi Påvisande av ryptosporidium-antigen i feces Påvisande av ryptosporidium-nukleinsyra i feces. Denguefeber Påvisande av denguevirus-nukleinsyra i kliniskt prov Påvisande av denguevirus-specifikt antikroppssvar som indikerar aktuell infektion. Difteri Isolering av toxinproducerande orynebacterium diphtheriae,. ulcerans eller. pseudotuberculosis från kliniskt Eastern equine encephalitis virus-infektion Påvisande av Eastern equine encephalitis -virus nukleinsyra i kliniskt prov Påvisande av Eastern equine encephalitis virus -specifikt antikroppsvar Echinokockinfektion Histopatologiskt /parasitologiskt fynd förenligt med E. multilocularis eller E. granulosus, t ex hakar och/eller larver Påvisande av antikroppssvar med Echinococcus-specifik serologi och konfirmerande högspecifik serologisk test Påvisande av nukleinsyra av E. multilocularis eller E. granulosus i kliniskt prov Typiska organförändringar påvisade med bildteknik (ex. ultraljud, T) och positiv, konfirmerande serologi. EHE (STE/VTE) inkl. HUS Isolering av E. coli som har förmåga att producera Shigatoxin (stx) eller som bär på stx1/stx2 gener Påvisande av stx1 och/eller stx2-gener från kliniskt prov (utan isolering av stam) Påvisande av Shigatoxin i feces (utan isolering av stam) Om möjligt bör STE/VTE-stam isoleras och karakteriseras avs. serotyp, fagtyp, eae gener och subtyper av stx1 för STE/VTE vid HUS: Påvisande av serogruppspecifikt antikroppssvar (LPS) för E.coli Entamöba histolytica infektion Påvisande av Entamoeba histolytica/e.dispar cystor vid mikroskopi Påvisande av specifikt antikroppssvar (invasiv infektion) Fynd av Entamoeba histolytica-trofozoiter med intracellulära erytrocyter Påvisande av E. histolytica-nukleinsyra i kliniskt prov. ESBL-producerande Enterobacteriaceae Fenotypiskt eller genotypiskt påvisad karbapenemas (ESBLRB) Fynd av E. coli, K. pneumoniae, P. mirabilis, Salmonella, Shigella spp. med feno-/genotypiskt påv. ESBL- Fynd av bakterier av övriga arter inom familjen Enterobacteriaceae med fenotypiskt/genotypiskt påvisad ESBL- Fågelinfluensa H5N1 Påvisande av högpat. aviärt influensavirus /H5N1 i klin. prov Påvisande av influensa /H5N1-nukleinsyra i kliniskt prov Påvisande av /H5N1-specifikt antikroppssvar som indikerar aktuell infektion. D B B B B B B B B B B B B F F B B B D B B B B B B B B B B B B B B B

2 = laboratorium för klinisk mikrobiologi = förmedlas till utländskt laboratorium kademiska Universitetssjukhuset, Uppsala entrallasarettet i Västerås entralsjukhuset i Karlstad entrallasarettet i Växjö Unilabs B leris Medilab Giardiainfektion ystor eller trofozoiter av G. intestinalis (lamblia / duodenalis) i feces, duodenalvätska eller tunntarmsbiopsi med Påvisande av Giardia-antigen i kliniskt prov Påvisande av Giardia nukleinsyra i kliniskt prov. Gonorré Isolering av Neisseria gonorrhoeae från kliniskt prov Påvisande av N. gonorrhoeae nukleinsyra med två specifika analysmetoder med olika målgener i samma/två Fynd av Gramnegativa intracellulära diplokocker i urethrautstryk från en man Gula febern Isolering av gula febernvirus från ett kliniskt prov Påvisande av gula febern-nukleinsyra i kliniskt prov Påvisande av gula febernvirus-specifikt antikroppssvar som indikerar aktuell infektion Påvisande av gula febern-antigen i kliniskt prov Vävnadsprov (framför allt lever) analyserat med immun-histokemiskt påvisande av gula febern med virusspecifika Haemophilus influenzae (invasiv infektion) Isolering av H. influenzae från blod, likvor eller annan normalt steril lokal påvisande av Haemophilus influenzae-nukleinsyra från blod, likvor eller annan normalt steril lokal Harpest Isolering av Francisella tularensis från kliniskt prov Påvisande av F. tularensis-nukleinsyra i kliniskt prov Påvisande av F. tularensis-specifikt antikroppssvar som indikerar aktuell infektion. Hepatit Påvisande av IgM antikroppar mot hepatit virus i serum Påvisande av hepatit virus-nukleinsyra i serum eller feces. Hepatit B Hepatit B-virus ytantigen (HBsg) i serum/plasma: Hepatit B-virus-DN (HBV-DN) i serum/plasma: Hepatit B-virus IgM-core antikroppar (anti-hbc IgM/HBc IgM-k) påvisade i serum/plasma Hepatit B-virus IgG-core antikroppar (anti-hbc IgG/HBc IgG-k) Hepatit Hepatit -virus-rn (HV-RN) Hepatit -virusantigen (HV-antigen/HV-g) Hepatit -virusantikroppar (HV-antikroppar/HV-k) påvisade med immunoblot1. Hepatit D Påvisande av hepatit D virus-specifikt antikroppssvar i serum Påvisande av hepatit D-nukleinsyra i serum Påvisande av hepatit D virus-antigen i serum. Hepatit E Påvisande av hepatit E virusspecifikt antikroppssvar i serum som indikerar aktuell infektion Påvisande av hepatit E virus-nukleinsyra i serum eller feces. Hivinfektion Positivt hiv-antikroppstest eller kombinerad hiv-antigen/antikroppstest, inklusive konfirmerande test Påvisande av hiv- nukleinsyra (hiv-rn, hiv-dn) Påvisande av hiv p24 antigen, inkl. neutralisationstest Isolering av hiv HTLV-1 eller HTLV-2 Positivt HTLV-specifikt antikroppstest, inklusive konfirmerande test Påvisande av HTLV-nukleinsyra (HTLV DN) Isolering av HTLV Influensa (H1N1)pdm09 Påvisande av influensa (H1N1)pdm09-nukleinsyra i ett kliniskt prov Påvisande av influensa (H1N1)pdm09-specifikt antikroppssvar som indikerar aktuell infektion Isolering av influensa (H1N1)pdm09-virus från ett kliniskt prov Infektion med ny subtyp av human influensa Påvisande av specifik nukleinsyra (minst två olika gener) för ny subtyp av human influensa i kliniskt prov Påvisande av ny subtyp av human influensa genom sekvensering och isolering Japansk encephalit virus-infektion Påvisande av Japansk encephalit virus -nukleinsyra i kliniskt prov Påvisande av Japansk encephalit virus -specifikt antikroppsvar D B B B H H H H H H H H H H H H H B B B B B B B B B B B B B B B B B B B B B B B B B B B B B B B B B B B B B B B

3 = laboratorium för klinisk mikrobiologi = förmedlas till utländskt laboratorium kademiska Universitetssjukhuset, Uppsala entrallasarettet i Västerås entralsjukhuset i Karlstad entrallasarettet i Växjö Unilabs B leris Medilab Kikhosta Isolering av Bordetella pertussis från ett kliniskt prov Påvisande av Bordetella pertussis-nukleinsyra i ett kliniskt prov Påvisande av B. pertussis-specifikt antikroppssvar med sero-konversion / signifikant antikroppsstegring mot Klamydia inkl. LGV Påvisande av hlamydia trachomatis-nukleinsyra i ett kliniskt prov Isolering av hlamydia trachomatis från ett kliniskt prov (anogenitalt eller konjunktiva) Påvisande av hlamydia trachomatis med direkt F i kliniskt prov. Påvisande i prov (anogenitalt eller konjunktiva) av nukleinsyra specifik för genotyp (serotyp) L1, L2 eller L3 av. B Kolera Isolering av Vibrio cholerae i ett kliniskt prov Påvisande av serotyp O1 eller O139 hos isolatet Påvisande av kolera-enterotoxin (TX) eller toxingen (ctx) hos isolatet. Legionellainfektion Isolering av Legionella spp. från luftvägssekret, lungvävnad eller någon annan normalt steril lokal Påvisande av Legionella spp.-nukleinsyra i luftvägssekret, lungvävnad eller någon annan normalt steril lokal Påvisande av Legionella pneumophila-antigen i luftvägssekret, lungvävnad eller någon annan normalt steril lokal Påvisande av Legionella pneumophila-antigen i urin. Påvisande av specifikt antikroppssvar (minst fyrfaldig titerstegring) mot Legionella pneumophila serogrupp 1 Påvisande av specifikt antikroppssvar (minst fyrfaldig titerstegring) mot L. pneumophila icke serogrupp 1 eller Påvisande av enstaka hög antikroppstiter mot L. pneumophila serogrupp 1, andra serogrupper eller andra L. spp i Leptospirainfektion Påvisande av Leptospira interrogans- eller annan patogen Leptopira spp.-nukleinsyra i kliniskt prov Isolering av Leptospira interrogans eller annan patogen Leptopira spp.-från ett kliniskt prov Påvisande av Leptopira interrogans- eller annan patogen L. spp.-specifikt antikroppssvar som indikerar aktuell Listeriainfektion Påvisande av Listeria monocytogenes nukleinsyra i blod, likvor eller annan normalt steril lokal Isolering av Listeria monocytogenes från blod, likvor eller annan normalt steril lokal Isolering av L. monocytogenes från normalt icke-steril lokal hos foster/dödfött barn/modern inom 24 tim från B D Malaria Påvisande av malariaparasiter med mikroskopi i blodutstryk/tjock droppe Påvisande av Plasmodium-nukleinsyra i blod Melioidos Isolering av Burkholderia pseudomallei från kliniskt prov Påvisande av Burkholderia pseudomallei-nukleinsyra i kliniskt prov Meningokocksjukdom (invasiv) Isolering av Neisseria meningitidis från blod, likvor eller annan normalt steril lokal Påvisande av Neisseria meningitidis-nukleinsyra från blod, likvor eller annan normalt steril lokal Påvisande av Neisseria meningitidis-antigen i likvor Påvisande av Neisseria meningitidis-specifikt antikroppssvar med serokonversion och/eller signifikant MERS-oronavirus-infektion Påvisande av MERS-oV-nukleinsyra (minst två olika gener) i kliniskt prov Påvisande av MERS-oV genom sekvensering och isolering Mjältbrand Isolering av kapsel- och toxinproducerande Bacillus anthracis i ett kliniskt prov Påvisande av Bacillus anthracis-nukleinsyra i ett kliniskt prov. Meticillinresistenta Staphylococcus aureus (MRS) Påvisande av fenotypisk resistens förenlig med meticillinresistenta Staphylococcus aureus Påv. i isolat av genetisk meticillinresist.-markör (mec-gen/annan relev. mec-gen) alt. (PBP2a/annat relevant pc- Mässling påvisande av mässlingsspecifikt antikroppssvar i serum eller saliv som indikerar aktuell infektion Isolering av mässlingvirus i kliniskt prov Påvisande av mässlingvirus-nukleinsyra (RN) i kliniskt prov Påvisande av mässling-antigen med specifika monoklonala antikroppar i immunofluorescens Nipah virus-infektion Påvisande av Nipah virus-nukleinsyra i kliniskt prov Påvisande av Nipah virus-specifikt antikroppsvar G D G D D G I

4 = laboratorium för klinisk mikrobiologi = förmedlas till utländskt laboratorium kademiska Universitetssjukhuset, Uppsala entrallasarettet i Västerås entralsjukhuset i Karlstad entrallasarettet i Växjö Unilabs B leris Medilab Papegojsjuka Isolering av hlamydophila psittaci från ett kliniskt prov Påvisande av hlamydophila psittaci nukleinsyra i ett kliniskt prov Påvisande av hlamydophila psittaci-specifikt antikroppssvar med sero-konversion och/eller signifikant Paratyfoidfeber Isolering av Salmonella Paratyphi (Salmonella enterica serovar Paratyphi) i kliniskt prov. Pest Isolering av Yersinia pestis i ett kliniskt prov Påvisande av Yersinia pestis-nukleinsyra i kliniskt prov Påvisande av Yersinia pestis-f1 specifikt antikroppssvar som indikerar aktuell infektion. Pneumokockinfektion (invasiv) Isolering av S. pneumoniae från blod, likvor eller annan normalt steril lokal Påvisande av S. pneumoniae-nukleinsyra från blod, likvor eller annan normalt steril lokal (ej urin) Påvisande av pneumokockantigen i prov från blod, likvor eller annan normalt steril lokal (ej urin) Pneumokocker med nedsatt känslighet för penicillin G (PNSP) Påvisande av Streptococcus pneumoniae i kliniskt prov Påvisande av nedsatt känslighet mot penicillin G, MI över 1 mg/l B B Polio Isolering av vildtyp poliovirus (Wild polio virus, WPV) verifierat med typning Isolering av vaccinderiverat poliovirus (VDPV) verifierat med typning. Påssjuka Isolering av parotitvirus från ett kliniskt prov (saliv, likvor eller urin) Påvisande av parotitvirus-nukleinsyra (RN) i kliniskt prov (saliv, likvor eller urin) Påvisande av parotitspecifikt antikroppssvar i serum eller saliv som indikerar aktuell infektion Q-feber Isolering av oxiella burnetii i ett kliniskt prov Påvisande av oxiella burnetii-nukleinsyra i kliniskt prov Påvisande av specifikt oxiella burnetii-antikroppssvar som indikerar aktuell infektion Rabies Isolering av Lyssavirus i ett kliniskt prov Påvisande av Lyssavirus-nukleinsyra i kliniskt prov Påvisande av Lyssavirus-antigen i kliniskt prov Påvisande av specifikt Lyssavirus-antikroppssvar i serum eller likvor. Rots Isolering av Burkholderia mallei från kliniskt prov Påvisande av Burkholderia mallei-nukleinsyra i kliniskt prov Röda hund inkl. kongenital rubella Isolering av rubellavirus i ett kliniskt prov Påvisande av rubellavirus-nukleinsyra (RN) i kliniskt prov Påvisande av specifikt rubella-antikroppssvar i serum eller saliv med IgM Kvarstående IgG-stegring vid 6 och 12 månaders ålder (med ungefär samma rubella IgG koncentration i minst två Salmonella Isolering och/eller nukleinsyrapåvisande av Salmonella spp (utom S. Typhi och S. Paratyphi) i kliniskt prov. SRS Påvisande av SRS-oV-specifika antikroppar Påvisande av SRS-oV-specifikt antikroppssvar som indikerar aktuell infektion. Påvisande av SRS-oV-nukleinsyra i ett kliniskt prov. Påvisande av SRS-oV-nukleinsyra i kliniskt prov testat med samma metod men med olika reagenser (ex. nytt Isolering av SRS-oV virus i cellkultur från ett kliniskt prov Shigellainfektion Isolering av Shigella spp. i kliniskt prov. Smittkoppor Isolering av variolavirus i kliniskt prov Påvisande av variolavirus-nukleinsyra i kliniskt prov. Sorkfeber Påvisande av Puumalavirus-nukleinsyra i kliniskt prov Påvisande av Puumalavirus-specifikt antikroppssvar som indikerar aktuell infektion. B B B D B

5 = laboratorium för klinisk mikrobiologi laboratorium = förmedlas till utländskt laboratorium kademiska Universitetssjukhuset, Uppsala entrallasarettet i Västerås entralsjukhuset i Karlstad entrallasarettet i Växjö Unilabs B leris Medilab Stelkramp Isolering av lostridium tetani i ett kliniskt prov Påvisande av specifika tetanus toxin-antikroppar i serum som indikerar aktuell infektion. Syfilis inkl. neonatal/kongenital syfilis Påvisande av en positiv ospecifik test (VDRL, RPR, WR) Påvisande av en positiv specifik screeningtest för syfilis. Påvisande av en positiv specifik test (ex. TPP, TPH, I eller EI). Påvisande av IgM antikroppar mot syfilis PR-Påvisande med sekvensering (på kliniskt material) TBE-infektion Påvisande av TBE-specifika IgM-antikroppar i serum Påvisande av TBE-specifika IgM och IgG antikroppar i serum Isolering av TBE-virus i likvor (eller post mortem i hjärnmaterial) Påvisande av TBE-virus-nukleinsyra i likvor (eller post mortem i hjärn-material) Isolering av TBE- virus i serum Påvisande av TBE-virus nukleinsyra i serum Påvisande av TBE specifika IgM antikroppar i likvor Påvisande av serokonversion eller signifikant titerstegring av TBE-specifika antikroppar i parade sera. Trikinos Påvisande av Trichinella larver i vävnad från muskelbiopsi Påvisande av Trichinella-specifikt antikroppssvar. Tuberkulos Isolering av bakterie tillhörande Mycobacterium tuberculosis-komplexet (utom Mycobacterium bovis-bg) i Påvisande av nukleinsyra från M. tuberculosis-komplexet Påvisande av syrafasta stavar vid mikroskopi av kliniskt prov från nedre luftvägarna Histopatologiskt fynd av granulom förenligt med tuberkulos (under förutsättning att infektion med M.bovis-BG Tyfoidfeber Isolering av S. Typhi (S. enterica serovar Typhi) i kliniskt prov. Vancomycinresistenta enterokocker (VRE) Påvisande av fenotypisk resistens mot vankomycin hos Enterococcus faecium eller Enterococcus faecalis Påvisande av genetisk markör för vankomycinresistens (relevant van-gen) i isolatet. Venezulean equine encephalitis virus-infektion Påvisande av Venezulean equine encephalitis virus -nukleinsyra i kliniskt prov Påvisande av Venezulean equine encephalitis virus -specifikt antikroppsvar Western equine encephalitis virus-infektion Påvisande av Western equine encephalitis virus nukleinsyra i kliniskt prov Påvisande av Western equine encephalitis virusspecifikt antikroppsvar West nile fever virus-infektion Påvisande av West nile virus-nukleinsyra i kliniskt prov Påvisande av West nile virus-specifikt antikroppsvar Vibrioinfektion (exkl. kolera) Isolering av Vibrio spp. annan än toxinproducerande V. cholerae O1 och O139 i kliniskt prov. Virala hemorragiska febrar (exkl. dengue och sorkfeber) Isolering av specifikt VHF-virus från kliniskt prov Påvisande av specifikt VHF-virus nukleinsyra i kliniskt prov. B D D B D B B B B E E E E E E E B B B B B B B B B B B J J Virala meningoencefaliter (exkl. TBE) Isolering av specifikt virus i kliniskt prov annat än likvor eller hjärnmaterial (t.ex. blåsor eller feces) Isolering av specifikt virus i likvor (eller post mortem i hjärnmaterial) Påvisande av specifikt virus nukleinsyra i likvor (eller post mortem i hjärnmaterial) Påvisande av specifikt antikroppssvar i likvor som ind. akt. inf. Påvisande av specifikt virusantikroppssvar i serum eller likvor som indikerar aktuell infektion vid meningoencefalit. Yersiniainfektion Isolering och/eller nukleinsyrapåvisande av Y. enterocolitica (utom biotyp 1) eller Y. pseudotuberculosis i kliniskt

6 Telefon Leveransadress Folkhälsomyndigheten Solna (leverans lokalt Tomtebodavägen 12 B, Solna) Klinisk Mikrobiologi, Norrlands Universitetssjukhus, Målpunkt R 02, Umeå kademiska Universitetssjukhuset, Uppsala kademiska Laboratoriet, kademiska Sjukhuset, UPPSL Provinlämningen 1:72, Karolinska Universitetslaboratoriet, Karolinska Universitetssjukhuset, Huddinge, Stockholm eller Provinlämningen L7:00, Karolinska Universitetslaboratoriet, Karolinska vägen, Karolinska Universitetssjukhuset, Solna, Solna Klinisk Mikrobiologi, Laboratoriemedicinska länskliniken, Universitetssjukhuset Örebro, Örebro Klinisk Mikrobiologi, Universitetssjukhuset, Linköping (bakt.), , (vir.) Klinisk Mikrobiologi, Box 7193, GÖTEBORG (leverans lokalt Guldhedsgatan 10) (Lund), (Malmö) Klinisk Mikrobiologi, Sölvegatan 23, Lund Klinisk Mikrobiologi, Jan Waldenströms gata 59, Malmö Klinisk Mikrobiologi, Sunderby sjukhus, Luleå Laboratoriemedicin, Östersunds sjukhus, Plan 5, Region Jämtland Härjedalen, Östersund Laboratoriemedicin Västernorrland, Länssjukhuset, Sundsvall Klinisk Mikrobiologi, Laboratoriemedicin, Gävle sjukhus, Gävle Klinisk Mikrobiologi, Falu lasarett, Falun entrallasarettet i Västerås , Klinisk Mikrobiologi, Laboratoriemedicin, Ingång 11, Landstinget Västmanland, Västerås entralsjukhuset i Karlstad Klinisk Mikrobiologi, entralsjukhuset, Karlstad , Laboratoriemedicin, Norra Älvsborgs Länssjukhus (NÄL), Trollhättan. (leverans lokalt Lärketorpsvägen, via Huvudentré: Hiss/Trappa F, Plan 3) SÄS Lab för Klinisk Mikrobiologi, Borås Klinisk Mikrobiologi, Visby lasarett, Visby Klinisk Mikrobiologi, Länssjukhuset, Kalmar Klinisk Mikrobiologi, Laboratoriemedicin, Länssjukhuset Ryhov, Jönköping entrallasarettet i Växjö Klinisk Mikrobiologi, entrallasarettet, Växjö , Klinisk Mikrobiologi, Hallands sjukhus Halmstad, Målpunkt H, plan 1, Halmstad Unilabs B Klinisk Mikrobiologi, Unilabs B; Skaraborgs Sjukhus Skövde; Skövde leris Medilab leris Medilab, Box 1550, Täby