LIFECODES HLA-SSO TYPNINGSSATSER För in vitro-diagnostik

Transkript

1 Immucor GTI Diagnostics, Inc Crossroads Circle, Waukesha, WI USA Tel: +1 (855) Produktdokumentation och översättningar finns tillgängliga på: P R O D U K T I N L A G A LIFECODES HLA-SSO TYPNINGSSATSER För in vitro-diagnostik INNEHÅLLSFÖRTECKNING Beskrivning av symbolerna... 1 Bruksanvisning... 6 Satser/reagenser enligt katalognummer... 2 A. Rening av genomiskt DNA... 6 Användningsområde... 4 B. DNA-förstärkning (PCR)... 6 Översikt och förklaring... 4 C. Hybridisering... 7 Procedurens principer... 4 D. Provanalys med Luminex Instrument... 7 Reagenser... 5 Resultat... 8 A. Identifiering... 5 Kvalitetskontroll... 8 B. Varningar och försiktighetsåtgärder... 5 Procedurens begränsningar... 8 C. Förvaringsanvisningar... 5 Felsökning... 9 D. Rening eller användningsbehandling... 5 Förväntade värden... 9 E. Instabilitetsindikatorer... 5 Specifika prestandaegenskaper... 9 Instrumentkrav... 5 Referenser Provtagning och förberedelse... 5 Begränsade licenser Procedur... 5 Tillverkarens information A. Tillhandahållet material... 5 Använda varumärken B. Material som behövs, men inte tillhandahålls... 5 Bilaga A C. Ytterligare material som användaren ska tillhandahålla... 5 Gelelektrofores Geltolkning BESKRIVNING AV SYMBOLERNA (produktetiketter och bilagor) Batchnr. Katalog- nummer Temperaturbegräsningar Övre temperatur gräns Använd före Tillräckligt för N-tester Får inte frysas Observera Se bruksanvisningen Se handhavandebeskrivningen Tillverkare Auktoriserad representant i Europeiska Gemenskapen Fara Sida 1 av 11

2 KITS/REAGENSER ENLIGT KATALOGNUMMER LCT-A LIFECODES HLA-A SSO Typningssats, katalog nr LM-A LIFECODES HLA-A Typningssats att använda med Luminex Produkt nr MX-A LIFECODES HLA-A Huvudblandning µl BM-A LIFECODES HLA-A Sondblandning µl DS Förtunningslösning ,9 ml 18 till 30ºC LCT-AE LIFECODES HLA-A eres SSO Typningssats, katalog nr LC-AE LIFECODES HLA-A eres Typningssats att använda med Luminex Produkt nr MX-A LIFECODES HLA-A Huvudblandning µl BM-A LIFECODES HLA-A Sondblandning µl BM-AeRES LIFECODES HLA-A eres Sondblandning µl DS Förtunningslösning ,7 ml 18 till 30ºC LCT-B LIFECODES HLA-B SSO Typningssats, katalog nr LM-B LIFECODES HLA-B Typningssats att använda med Luminex Produkt nr MX-B LIFECODES HLA-B Huvudblandning µl BM-B LIFECODES HLA-B Sondblandning µl DS Förtunningslösning ,9 ml 18 till 30ºC LCT-BE LIFECODES HLA-B eres SSO Typningssats, katalog nr LC-BE LIFECODES HLA-B eres Typningssats att använda med Luminex Produkt nr MX-B LIFECODES HLA-B Huvudblandning µl BM-B LIFECODES HLA-B Sondblandning µl BM-BeRES LIFECODES HLA-B eres Sondblandning µl DS Förtunningslösning ,7ml 18 till 30ºC Sondblandningarna är ljuskänsliga. Undvik ljus i görligaste mån. OBSERVERA: Använd inte produkterna efter utgångsdatum. OBSERVERA: Avvikelser från det rekommenderade protokollet och material som krävs inklusive LIFECODES Taq-polymeras har inte validerats. Sida 2 av 11

3 KITS/REAGENSER ENLIGT KATALOGNUMMER LCT-CE LIFECODES HLA-C eres SSO Typningssats, katalog nr LC-CE LIFECODES HLA-C eres Typningssats att använda med Luminex Produkt nr Förvaring MX-C LIFECODES HLA-C Huvudblandning µl BM-CeRES LIFECODES HLA-C eres Sondblandning µl 50 DS Förtunningslösning ,7 ml 18 till 30ºC LCT-DR1 LIFECODES HLA-DRB1 SSO Typningssats, Katalog nr LM-DR1 LIFECODES HLA-DRB1 Typningssats att använda med Luminex Produkt nr MX-DR1 LIFECODES HLA-DRB1 Huvudblandning µl BM-DR1 LIFECODES HLA-DRB1 Sondblandning µl DS Förtunningslösning ,9 ml 18 till 30ºC LCT-DR1E LIFECODES HLA-DRB1 eres SSO Typningssats, katalog nr MX-DR1 LIFECODES HLA-DRB1 Huvudblandning µl BM-DR1 LIFECODES HLA-DRB1 Sondblandning µl BM-DR1eRES LIFECODES HLA-DRB1 eres Sondblandning µl DS Förtunningslösning ml 18 till 30ºC LCT-DRB3,4,5 LIFECODES HLA-DRB 3,4,5 SSO Typningssats, katalog nr LC-DR1E LIFECODES HLA-DRB1 eres Typningssats att använda med Luminex Produkt nr LC-DRB3,4,5 LIFECODES HLA-DRB 3,4,5 Typningssats att använda med Luminex Produkt nr Reagens Påfyllningsvolym Produktnummer MX-DRB3,4,5 LIFECODES HLA-DRB 3,4,5 Huvudblandning µl BM-DRB3,4,5 LIFECODES HLA-DRB 3,4,5 Sondblandning µl DS Förtunningslösning ,7 ml 18 till 30ºC Sondblandningarna är ljuskänsliga. Undvik ljus i görligaste mån. OBSERVERA: Använd inte produkterna efter utgångsdatum. OBSERVERA: Avvikelser från det rekommenderade protokollet och material som krävs inklusive LIFECODES Taq-polymeras har inte validerats.. Sida 3 av 11

4 KITS/REAGENSER ENLIGT KATALOGNUMMER LCT-DQAB LIFECODES HLA-DQA1/B1 SSO Typningssats, katalog nr LC-DQAB LIFECODES HLA-DQA1/B1 Typningssats att använda med Luminex Produkt nr Reagens Produktnummer Påfyllningsvolym Förvaring MX-DQAB LIFECODES HLA DQA1/B1 Huvudblandning µl BM-DQAB LIFECODES HLA DQA1/B1 Sondblandning µl Räcker till 50 prover DS Förtunningslösning ,7 ml 18 till 30ºC LCT-DPAB LIFECODES HLA-DPA1/B1 SSO Typningssats, katalog nr LC-DPAB LIFECODES HLA-DPA1/B1 Typningssats att använda med Luminex Produkt nr Förvaring MX-DPAB LIFECODES HLA DPA1/B1 Huvudblandning µl BM-DPAB LIFECODES HLA DPA1/B1 Sondblandning µl Räcker till 50 prover DS Förtunningslösning ,7 ml 18 till 30ºC Sondblandningarna är ljuskänsliga. Undvik ljus i görligaste mån. OBSERVERA: Använd inte produkterna efter utgångsdatum. OBSERVERA: Avvikelser från det rekommenderade protokollet och material som krävs inklusive LIFECODES Taq-polymeras har inte validerats.. ANVÄNDNINGSOMRÅDE DNA-typning av HLA-alleler klass I och klass II till stöd för matchning i transfusion och transplantation mellan donator och mottagare. ÖVERSIKT OCH FÖRKLARING DNA-baserad HLA-typning med PCR-förstärkt DNA är en vanlig laboratorieprocedur. PCR-förstärkning av DNA används i syfte att anrika en viss DNA-region. Vid HLA-typning används en efterföljande analys som ska fastställa egenskaperna hos förstärkt DNA. Flera analystyper, som t ex. SSP (1), direkt SSOP (2), RFLP (3) och omvänd SSOP punktblottningsteknik (4) har använts vid HLA-typning. LIFECODES HLA-SSO typningssats använder, precis som SSOP och omvänd punktblottningsteknik, sekvensspecifika oligonukleotider (SSO) för att identifiera de HLA-alleler som förekommer i ett PCR-förstärkt prov. Det är SSOsatsen och inte metoderna som avgör förmågan att urskilja olika alleler i ett PCR-förstärkt prov. Medan omvänd punktblottningsteknik och SSOP används enzymetiketter och kolorimetriska substrat som kräver vidareutveckling, är LIFECODES-analysen är ett homogent multiplexsystem. Det innebär att SSOanalyserna sker samtidigt och hela analysen utförs i ett och samma reagensrör med tillsats av en enskild reagens. PROCEDURENS PRINCIPER Själva LIFECODES HLA-SSO-typningen är baserad på hybridisering av etiketterade enkelsträngade PCR-produkter till SSO-sonder. Vid PCR-förstärkning av DNA används vanligtvis ekvimolara mängder av både framåt- och bakåtprimerer för att skapa en dubbelsträngad DNA-produkt. Men om mängden av en primer överskrider de övriga, kan reaktionen generera några enkelsträngade DNA-produkter utöver de dubbelsträngade. Under LIFECODES-förstärkningens initiala cykler genereras dubbelsträngat DNA. När den begränsande primeren är slut använder återstående primerer den dubbelsträngade produkten som mall för att skapa enkelsträngat DNA. Den här metoden ger alltså både dubbel- och enkelsträngade produkter, som båda vid denaturering deltar i hybridiseringsreaktionen. Var och en av de olika sonderna är ev. homolog till en sekvens inom förstärkt DNA som är unik för en allel eller en grupp av alleler. Dessa sonder är alltså utformade så att var och en av dem prioriterar hybridiseringen av en kompletterande region, som ev. förekommer i den förstärkta DNA-produkten. Förstärkt DNA hybridiseras även mot en eller flera konsensussonder som ska är homologa till sekvenserna i samtliga alleler i ett lokus. SSO-typningen kan påverkas av typen av biologiskt material, reningsmetod, den genomiska DNA-produktens mängd och integritet. Den signal som erhålls för konsensussonden/-sonderna kan således fungera som en indikator för en framgångsrik förstärknings- och hybridiseringsprocess. Den signal som konsensussonden ger kan även användas för att normalisera signalen från allelspecifika sonder, och korrigera för ev. varierande mängder av den kopierade produkten i hybridiseringsreaktionen. Analysen av resultaten från SSO-typningen kan användas för att fastställa närvaro eller frånvaro av särskilda DNA-sekvenser i förstärkt DNA, samt identifiera möjliga alleler i provet. Vid LIFECODES HLA-SSO-typningen fästs sonder vid Luminex Microspheres som är avsedda för Luminex 100 eller 200 Instrument. Upp till 100 olika populationer av Luminex Microspheres kan blandas och analyseras av Luminex 100 eller 200 Instrument, eftersom varje population av mikrosfärer kan urskiljas med hjälp av unika fluorescerande signaturer eller färger. Olika SSO-sonder kan kopplas till varje färgmikrosfär. På så sätt kan en kombination av olika sonder särskiljas från varandra genom att de kan associeras med en viss färgmikrosfär. Luminex 100 eller 200 Instrument kan även kvantifiera de relativa mängderna etiketterade PCR-produkter som hybridiseras i varje Luminex Microsphere. Den relativa signalen som erhålls med SSO-sonderna vid LIFECODES-analysen kan därför, precis som med andra SSOP-metoder, användas för att fastställa sondernas positiva eller negativa reaktivitet med det förstärkta DNA-provet (se avsnittet Resultat). Härmed erhålls den information som krävs för att fastställa provets HLA-fenotyp. Sida 4 av 11

5 REAGENSER A. Identifiering I tabellerna i avsnittet Satser/Reagenser efter katalognummer hittar du kompletta listor över produkter och katalognummer. B. Varningar och försiktighetsåtgärder 1. För in vitro-diagnostik. 2. Använd separata pipetter till för- och efterhantering av PCR. 3. Bioriskvarning: Alla biologiska prover och blodprover ska behandlas som potentiellt smittsamma. Följ allmänna säkerhetsåtgärder vid hantering. 4. Förtunningslösning, sondblandningar, Taq-polymeras och R-fykoerytrin-konjugerat streptavidin innehåller farliga föreningar. Låt inte dessa komma i kontakt med hud och ögon. Bortskaffa materialen efter användning i enlighet med lokala föreskrifter. Se materialsäkerhetsdatabladen för ytterligare info. 5. Resultatet från dessa satser används inte som enda grund, på vilken man fattar ett kliniskt beslut som påverkar patienten. C. Förvaringsanvisningar 1. Information om korrekta lagringstemperaturer hittar du på förpackningens etikett. 2. Sondblandningar och R-fykoerytrin-konjugerat streptavidin är ljuskänsliga. FÖRVARAS MÖRKT, FÅR EJ FRYSAS. 3. Använd inte produkterna efter deras utgångsdatum. D. Rening eller användningsbehandling Se Provtagning och förberedelse. E. Instabilitetsindikatorer 1. Om salter har fällts ut ur lösningen under transport eller förvaring, måste dessa återlösas före användning. Vortexa i rumstemperatur (18 C till 30 C). 2. Använd inte R-fykoerytrin-konjugerat streptavidin som har frysts under transport eller förvaring. 3. Typningspaketet är stabilt minst 6 månader efter öppnandet vid förvaring enligt rekommendationerna. INSTRUMENTKRAV 1. Luminex 100 eller 200 Instrument och XY Platform (produktnummer , ) 2. Följande termocykler har validerats: 96-Well Gene Amp PCR system 9700 inställd i MAX-läget (baskategori nr. N , Gold Block kat. nr ), Veriti 96-Well termocykler inställd på 9700 MAX-läget (kategori nr ). Se Tabell 2 för maximal ramphastghet. Observera: andra termocykler och ramphastigheter har inte validerats. PROVTAGNING OCH FÖRBEREDELSE a. Mänskligt DNA kan renas från helblodprover, lättcellsskikt eller bukala svabbprover med hjälp av en validerad process som uppfyller kriterierna nedan. b. DNA extraherad från blod bevarat i EDTA och ACD (Acid Citrate Dextrose) har testats och har visat förväntade resultat i denna analys. DNA extraherat från blod bevarat i heparin kan inte användas i denna analys. Andra konserveringsmedel har inte testats. c. Isolerat DNA ska ligga i 10 mm TRIS, ph 8,0-9,0 eller i nukleasfritt vatten. Vid förekomst av ett kelatbildande medel som t ex. EDTA, får inte den slutgiltiga koncentrationen av det kelatbildande medlet överskrida 0,5 mm. d. Förekomst av alkohol, rengöringsmedel eller salter kan påverka DNA-förstärkningen negativt. e. Den slutliga DNA-koncentrationen bör vara ng/µl. f. Mätningen av absorberingen i DNA-proverna vid 260 och 280 nm bör ge en proportion på 1,65 till 2,0. g. DNA-produkten kan användas omedelbart efter isoleringen, eller lagras vid -20 C i upp till ett år. Upprepad infrysning/upptining bör undvikas eftersom det kan försämra DNA-kvaliteten. PROCEDUR Observera: Avvikelser från det rekommenderade protokollet och materialet som behövs har inte validerats. A. Tillhandahållet material (Se tabellerna i avsnittet Satser/Reagenser efter katalognummer finns mer information) Lämplig huvudblandning (MX) Lämplig sondblandning (BM) Förtunningslösning (DS) B. Material som behövs men inte tillhandahålls Följande material användes vid satsens validering: Luminex Sheath Fluid (1x Lifecodes kategori nr ) Nukleasfritt vatten (Lifecodes kategori nr ; 20 ml) PCR-rör och hattar - Corning Thermowell Tube Strips (Costar kategori nr. 6542, LIFECODES kategori nr ) eller Axygen 8-Strip PCR-rör (Axygen kategori nr. PCR0208CPC) eller Applied Biosystems MicroAmp 8-rör Strip och MicroAmp 8-Cap Strip (ABI kategori nr. N och N ) eller Corning Thermowell PCR 96 brunnar (kategori nr. CLS6551) eller Thermo Scientific AB Gene SuperPlate 96-brunn PCR-platta (kategori nr. AB-2100) C. Ytterligare material som användaren ska tillhandahålla Vortexmixer Kompressionsmatta av silikon Axygen Scientific nr. CM-FLAT eller motsvarande Badsonikator Mikrocentrifug med spärrfiltermunstycken Pipettorer, flerkanaliga pipettorer och munstycken (1-20 µl, µl, µl) Kalkylprogramvara för analys Värmeblock 70 % isopropanol eller 20 % blekmedel Hållarbricka Applied Biosystems nr (att använda endast med 9700 termocykler) Tröskeltabell, träffmönstertabell(er) LIFECODES Taq-polymeras* (LIFECODES kategori nr ) Costar -platta (Costar kategori nr. 6509, LIFECODES kategori nr ) Thermowell genomskinlig polyetylentejp (Costar Nr (LIFECODES kategori nr ) R-fykoerytrin konjugerad streptavidin (SA-PE), 1 mg/ml (LIFECODES kategori nr ) Luminex kalibreringssatser (Luminex 100/200 kalibreringssats, Luminex 100/200 prestandakontroll, LIFECODES kategori nr respektive ) Sida 5 av 11

6 BRUKSANVISNING ANMÄRKNINGAR: Sondblandningar och SA-PE är ljuskänsliga: förvaras mörkt och får ej frysas. Värm kulorna till C i minst 5-10 minuter så att komponenterna solubiliseras ordentligt i sondblandningen. Sonikera helt kort (~15 sek), mixa i vortexsond i minst 15 sekunder tills kulorna är helt solubiliserade. Var mycket försiktig vid alikvoteringen, använd kalibrerade pipetter. Annars får du ev. ingen reagens och provet misslyckas. Alla temperaturangivelser måste iakttas noggrant. Så små fluktuationer som +/- 0,5 C kan påverka resultatet. I hybridiseringsfasen får proverna inte förbli i utspätt tillstånd vid 56 C i mer än fem minuter (se avsnittet Resultat). Vi rekommenderar att de kopierade proverna analyseras så snart som möjligt. Om proverna inte kan köras i Luminex 100 eller 200 samma dag, kan den kopierade produkten lagras i upp till tre dagar vid 2-8 C innan den används. Vid en längre förvaring rekommenderas -20ºC under upp till en vecka fram till tidpunkten för analysen. Den kopierade produkten kan bara frysas och tinas en gång. Upprepad infrysning och upptining gör att de kopierade proverna bryts ned, vilket ger sämre resultat vid analysen. A. Rening av genomiskt DNA, med valfri metod. Slutgiltig koncentration ska ligga på ng/µl. Justera vid behov med sterilt vatten. Se till att alla prover håller samma koncentration. B. DNA-förstärkning (PCR) 1. Värm huvudblandningen till rumstemperatur (18 till 30 C). 2. Vortexa försiktigt reagenserna I cirka 10 sekunder. På så sätt garanteras salthalterna i lösningen. Snurra försiktigt (5-10 sekunder) i mikrocentrifug så att innehållet hamnar på botten av röret. 3. Använd Tabell 1 nedan när du förbereder komponenterna för förstärkning av n+1 reaktioner. Använd mängdanvisningarna för respektive komponent per reaktion (utom för DNA). Den slutgiltiga volymen ska vara 20µL per reaktion med sterilt vatten. Vortexa försiktigt. 4. Pipettera lämplig mängd genomiskt DNA (40 till 120 ng) i PCR-rören. 5. Alikvotera huvudblandningen i PCR-rören med genomiskt DNA. (Den sammanlagda volymen av huvudblandningen och genomiskt DNA ska vara 20µL för respektive reaktion.) 6. Förslut rören väl för att undvika avdunstning vid PCR. 7. Placera proverna i termocyklern och kör programmet, se Tabell 2 och Tabell 3. Tabell 1. Reagenskomponenter vid förstärkning Komponent LIFECODES Huvudblandning 6µl Mängd per PCR provreaktion Genomiskt DNA10-200ng/µl Totalt av ~80ng LIFECODES Taq-polymeras 0,2 µl (1 U) Nukleasfritt vatten Till 20µl slutvolymen Tabell 2. Termocyklernas villkor för förstärkning Termocykler Läge (ramphastighet) GeneAmp PCR System 9700 Veriti 96-Well termocykler MAX läge (3,9 C/sec) 9700 MAX läge (3,9 C/sek.) Tabell 3. Termocyklernas villkor för förstärkning Steg Temperatur och inkubationstid Antal cykler 1 95º C i 3 min 1 95º C i 15 sek º C i 30 sek. 72º C i 30 sek. 95º C i 10 sek. 63º C i 30 sek. 72º C i 30 sek º C i 2 min. 1 5 Konstant 4º C 1 Observera: för att vara säker på provförstärkningen, se produktens gelelektrofores (Bilaga A). Sida 6 av 11

7 C. Hybridisering Kontrollera att hybridiseringens buffertkomponenter i LIFECODES sondblandning solubiliseras och att kulorna är helt suspenderade. Starta Luminex 100 eller 200 och XY-plattformen och låt värma upp i 30 minuter. 1. Värm sondblandningen i C i minst 5-10 minuter, så att komponenterna solubiliseras ordentligt i sondblandningen. 2. Sonikera helt kort (~15 sek), mixa i vortexsond i minst 15 sekunder tills kulorna är helt uppslammade. 3. Kombinera 15 µl av den lämpliga sondblandningen med 5 µl av platsspecifik PCR-produkt i varje brunn av en termocykler 95 brunnplatta (Costar nr. 6509). Observera: Satserna A eres, B eres och DRB1 eres kräver två brunnar per prov, en för eres-sondblandningen och en för standardsondblandningen. eres-sondblandningen och standardsondblandningen behöver inte utföras på samma gång. Båda sondblandningarna krävs för att uppnå eres-resultat för dessa satser. eressatser innehåller endast en standardsondblandning. När du alikvoterar sondblandningen till mer än 10 brunnar, ska du försiktigt vortexa sondblandningen efter varje uppsättning av tio. Täta plattan med polyetylentejp (Costar nr. 6524). 4. Placera kompressionsmattan av silikon ovanpå plattan före hybridiseringen. 5. Hybridisera proverna enligt följande inkubationsförhållanden: Tabell 4. Termocyklerns villkor för hybridisering Slå på Luminex-100 eller 200 instrumentets detektionslaser minst 30 minuter före hybridiseringens slut. 6. Medan proverna hybridiseras, förbered en 1:200 förtunningslösning/sa-pe-blandning. Kombinera 170 µl förtunningslösning (DS) och 0,85 µl 1 mg/ml SA-PE per prov. Här rekommenderas att förtunning för n+1 prover tillverkas, i händelse av pipetteringsförlust. (Se Tabell 5). 7. Förvara förtunningen/ SA-PE-blandningen i mörker, i rumstemperatur; SA-PE är ljuskänsligt! Förtunningslösningen kan värmas i 45 C i 5 minuter och vortexas vid ankomst, så att alla komponenter ligger kvar i lösningen. Förtunningen ska hålla rumstemperatur (18-30 C) innan du blandar. Förbered omedelbart före användning och avyttra ev. rester. Tabell 5. Förberedelse av förtunningslösning 97ºC för 2 minuter 47ºC för 10 minuter 56ºC för 8 minuter 56ºC HOLD Antal prover Förtunningslösning SA-PE (DS) µl 0.85 µl µl 4,25 µl µl 8,5 µl µl 17 µl µl 42,5 µl Anmärkning: STÄNG INTE AV HYBRIDISERINGSPROGRAMMET INNAN BRICKAN HAR AVLÄGSNATS FRÅN TERMOCYKLERN! 8. Vid väntan i 56 C, medan brickan befinner sig i termocyklern, späd proverna med 170 µl förtunning/ SA-PE-blandning. Det är viktigt att alla prov späds ut inom 5 minuter (efter 8 minuters väntan (HOLD) i 56 C). 9. Ta ut provbrickan från termocyklern och placera i Luminex 100 eller 200 Instrument. D. Provanalys med Luminex 100 eller 200 Instrument* Bäst resultat får du om du analyserar proverna i Luminex 100 eller 200 Instrument omedelbart. Proverna kan läsas upp till 30 minuter efter utspädning. Om du inte ska läsa proverna omedelbart, förvara dem i mörker. 1. Starta Luminex 100 eller 200 Instrument mellan 30 minuter och 4 timmar innan proverna ska analyseras. 2. Innan proverna analyseras i Luminex 100 eller 200 Instrument, ställ in den körning som ska användas vid analysen. a) Välj Create a New Batch (Skapa ny batch) i File-menyn (Arkivmenyn). Om du t ex. analyserar HLA-DRB1, lägg till Batch för HLA-DRB1. En Batchmall öppnas och döps, i det här fallet, till HLA-DRB1. Tänk på att mallversionerna är partispecifika och motsvarar partinumren på paketen. Följ de stegvisa anvisningarna på skärmen när du skapar batchar. När du namnger en batch, lägg inte in kommatecken i namnet eftersom all information efter ett komma går förlorad vid exportering av data. b) Mer information om hur du skapar batchar och multibatchar finns i bruksanvisningen till Luminex. c) Klicka på utmatningsikonen för att mata ut platthållaren. Placera termocyklerns platta med proverna i platthållarens XYP-värmeblock. d) Klicka på ikonen för inmatning av plattan. Nu är proverna klara att analyseras. En inledande fas utförs innan själva körningen startas. e) När proverna har körts igenom instrumentet följer en saneringsfas med 70 % isopropanol eller 20 % vanligt blekmedel, följt av två tvättfaser. Om instrumentet inte ska användas mer under dagen, kan det stängas av nu. 3. När en batch är klar, exporteras dina data som en kommaseparerad fil (csv). Dessa filer döps till OUTPUT.CSV och sparas i en mapp med samma batchnamn som matades in i Luminex IS. Dessa data är nu tillgängliga för typning enligt nedanstående anvisningar. *I bruksanvisningen till Luminex hittar du information om instrumentets hanteringsprocedurer, inkl. initiering, kalibrering, underhåll och avstängning. Sida 7 av 11

8 RESULTAT MATCH IT! DNA Software är avsedd som ett hjälpmedel vid analys av LIFECODES SSO typningspaket Så här kan typningen gå till: De genererade CSV-filerna kan öppnas och dess data bearbetas i vanliga kalkylprogram som t ex. Microsoft Excel, Lotus 123, Corel Quattro Pro eller motsvarande programvara. Analysen består av följande faser: 1) Se till att lägsta antal event för respektive SSO i varje prov uppnås. Du hittar den här informationen under DataType (Datatyp): Count (Räkna) i CSV-filen. 2) Kontrollera att värdena för respektive provs konsensussonder ligger över det lägsta medianvärdet för fluorescensintensitet eller MFI. Lägsta tröskelvärdet är partispecifikt. Du hittar det i tröskelvärdestabellen. Varning: För att resultaten ska bli tillförlitliga måste tillräcklig mängd data hämtas in av Luminex 100 eller 200 Instrument. Samla minst 40 event för HLA-DQA1/B1 (del # ) och HLA-DPA1/B1 (del # ). Samla minst 60 event för resten av de paket som anges i avsnitt "TYPNINGSPAKET/REAGENS EFTER KATALOGNUMMER " eller lägsta antal event som anges i batchspecifika dokument. 3) Samla in minst 60 händelser för varje SSO genom att dra ifrån sondens bakgrundskontrollvärde från provets värde, erhålls en korrigerad uppsättning bakgrundsdata. Bakgrundskontrollens värden återfinns i tröskelvärdestabellen och är partispecifika. Bakgrundsvärdena är genomsnittliga MFI-värden för respektive kula och ska kompensera för bakgrundsbrus orsakat av avvikelser. 4) Genom att, för respektive prov, dela varje sonds korrigerade bakgrundsdata med motsvarande konsensussonds korrigerade bakgrundsvärde, erhålls en normaliserad uppsättning data. MFI (sond) MFI (kontrollämne för sonden) MFI (konsensus) MFI (kontrollämne för konsensus) 5) Vid respektive sond anges det normaliserade värdet i tröskelvärdestabellen. 6) När samtliga sonder har tilldelats värden kan träffmönstret (d v s kombinationen av alla positiva och negativa uppgifter för ett givet prov) jämföras med de medföljande träfftabellerna för sonder. Varning: Varje lokus och varje sondblandning har en separat tröskelvärdestabell. Dessa tröskelvärdestabeller är partispecifika. Kontrollera att partinumret i tabellen matchar partinumret på typningspaketet. Om ett normaliserat värde för en viss sond hamnar över maxgränsen för en negativ uppgift, och under minimigränsen för en positiv uppgift, ska sondens prov anses resultatlöst. Provet ska typas, först genom att värdet antas vara negativt och sedan genom att värdet antas vara positivt. I avsnittet FÖRVÄNTADE VÄRDEN finns mer information om tröskelvärden. KVALITETSKONTROLL Det rekommenderas att en negativ och en positiv kontroll körs med varje prov, till exempel ett blindprov med vatten och ett tidigare typbestämt prov. Consensus sekvensspecifika oligonukleotid (SSO) sonder, som listas i tröskeltabellen, hybridiseras till respektive lokusspecifika alleler. Värden som inhämtas med Consensus SSO från positiva kontroller ska överskrida tröskelvärdet för SSO enligt vad som anges i arbetsbladet med tröskeltabellen. Värden som inhämtas med Consensus SSO från blindprov med ska ligga under tröskelvärdet för SSO enligt vad som anges I arbetsbladet med tröskeltabellen. LIFECODES sondblandningar innehåller en eller flera SSO-konsensussonder identifierade i arbetsbladen för typningspaketet. Dessa konsensussonder hybridiserar till alla alleler och fungerar som interna kontroller för att verifiera förstärkning och för att bekräfta att hybridisering skett. Om minimivärdet inte inhämtas för dessa SSO, kan det inträffa att provet inte ger rätt typ. Provet får då upprepas. Analysen bör köras enligt rekommendationen i förpackningen, samt enligt övriga kvalitetskontrollmetoder i enlighet med gällande lokala, delstatliga, federala och/eller andra kontrollorgan. PROCEDURENS BEGRÄNSNINGAR De beskrivna förutsättningarna för PCR och utvärdering kräver noggranna kontroller. Avvikelser från dessa parametrar kan leda till felaktigheter. Alla instrument ska kalibreras enligt tillverkarens anvisningar och användas inom ramen för tillverkarens parametrar. 1) Kulorna värms upp i förväg och ska vara väl uppslammade före användning. På så sätt garanteras att hybridiseringsbuffertens komponenter finns med i lösningen. 2) Inkubation vid 47 C respektive 56 C kräver precision på hög nivå (+/- 0,5 C). Använd termocykler. Temperaturen ska kontrolleras på plattan i en termocykler med 96 brunnar, med hjälp av en termoomkopplare (t ex. Bio-Rad, VPT-0300 eller motsvarande). Temperaturen i och mellan brunnarna får inte avvika mer än +/- 0,5 C. 3) Tiden vid 56 C är kritisk och får inte överskrida sammanlagt 13 minuter. Här ingår 8 minuters inkubation plus max 5 minuter för spädning av samtliga prov med förtunning/ SA-PE-blandningen. 4) Efter spädning är proven stabila i rumstemperatur i upp till 2 timmar (förvaras mörkt). Det kan ta hela 1,5 timme att köra en hel 96-brunnsplatta genom Luminex 100 eller 200, och för att garantera att det sista provet analyseras inom tvåtimmarsgränsen bör analysen startas max. 30 minuter efter spädningen. 5) Blanda inte komponenter från olika paket och partier. På grund av HLA-typningens komplexa natur bör endast kvalificerad personal hantera datatolkningen och typningsuppgifterna. Sida 8 av 11

9 FELSÖKNING PROBLEM MÖJLIG ORSAK LÖSNING Låg kulräkning Sondblandningen är inte ordentligt suspenderad Förvärm, sonikera och vortexa sondlösningen och upprepa analysen. Instrumentet fungerar inte som det ska Kalibrering ej utförd Kalibrera instrumentet. (Se bruksanvisningen till Luminex IS.) Provets flödesväg blockeras Nålen avlägsnas och sonikeras. Gör en backspolning. Om problemet kvarstår, kontakta Immucor GTI Diagnostics, Inc. +1 (855) CON tröskelfel Provet gick inte att förstärka/resultatet blev dåligt* Lågt DNA Salter i huvudblandning saknas i lösningen Kontrollera DNA-produktens koncentration och renhet. Värm Huvudblandning vid 37 C i 5 minuter, vortexa försiktigt och centrifugera helt kort. Dålig Taq-polymeras Använd validerad LIFECODES Taq-polymeras katalognr Förstärkningsförhållandena följer inte de angivna parametrarna Lågt medianvärde för fluorescensintensitet (MFI) Kör en termoprofil på termocyklern och kontrollera att angivna parametrar efterföljs. Värm förtunningslösningen i 45 C i 5 minuter före användning och vortexbehandling. Förvara i rumstemperatur. Flerfaldiga SSO-fel alternativt provet producerar ej HLAtypningsresultat Allelspecifik förstärkning Förorenat DNA-prov Delvis nedbruten DNA-produkt Avdunstning i samband med hybridisering Förstärkningsförhållandena följer inte angivna parametrar Byt ut R-fykoerytrin konjugerat streptavidin. Kör en termoprofil på termocyklern och kontrollera att angivna parametrar efterföljs. Återisolera DNA från blodprovet. Om du inte använder hela plattan, låt en rad på respektive sida om analysproverna vara tom, så att plattan kan förseglas ordentligt. * PCR-förstärkning kan bekräftas med gelelektrofores (se bilaga A). FÖRVÄNTADE VÄRDEN Värden kan normalt bestämmas som positiva och negativa. I vissa sällsynta fall kan värdena vara resultatlösa. Resultatlöst värde innebär att varken positiva eller negativa värden har kunnat iakttas. Om ett prov innehåller resultatlösa värden för en viss SSO-sond, ska provet typas med den sond som är negativ och därefter med den sond som är positiv. Tre utfall finns: 1. Ett av alternativen (dvs. positiv eller negativ) matchar. 2. Båda alternativen ger matchningar. Provet kan analyseras på nytt eller också kan allelerna från båda typningarna rapporteras. 3. Inget av alternativen ger matchning. I det här fallet finns troligtvis flera sonder med felaktiga uppgifter. Provet måste analyseras på nytt och möjligtvis kopieras om. Om fler än två sonder är resultatlösa, ska hela provet analyseras om. Om ett träffmönster inte resulterar i en HLA-typning, ska provet kopieras om och analyseras på nytt. Eventuellt måste även DNA återisoleras ur provet, samt kopieras och analyseras på nytt. Som angavs i avsnittet Procedurens begränsningar, är det mycket viktigt att protokollet följs exakt. Eventuella avvikelser kan leda till en misslyckad typning. SPECIFIKA PRESTANDAEGENSKAPER När LIFECODES HLA SSO typningssats används enligt proceduren som beskrivs i produktinlagan kan DNA-typning av HLA i klass I och klass II fastställas. HLA-A eres-satsen visar en 98,46 % överensstämmelse (94,24 % lägre gräns på 95 % konfidensintervall). Satserna HLA-B eres, DRB1 eres och DRB 3, 4, % överensstämmelse (97,72 % undre gräns på 95 % konfidensintervall) och HLA-C eres-satsen visar 99,23 % överensstämmelse (95,75 % undre gräns på 95 % konfidensintervall) för 130 prover utvärderade vid jämförelse med resultat som inhämtats med tvåriktad sekvensering. Satserna HLA-A, och -B visar 100 % överensstämmelse (92,9 % under gräns på 95 % konfidensintervall) för 50 prover som bedöms i jämförelse med resultaten som erhålls med Pel-Freez SSP UniTray-metoden. HLA-DRB1-satsen visar 98 % överensstämmelse (91,1 % lägre gräns konfidensintervall) för 60 prover utvärderade vid jämförelse med resultat som inhämtats med LIFECODES HLA-DRB-sats. Sida 9 av 11

10 Satsen HLA-DQA1/B1 (katalog # ) visar 99,2 % överensstämmelse för DQA-alleler (96,2 % lägre gräns med användning av en ensidig exakt metod vid 95 % konfidensintervall) och 98,4 % överensstämmelse för DQB-alleler (95,2 % lägre gräns med användning av ensidig exakt metod vid 95 % konfidensintervall) när HLA-typningsresultaten jämförs i 2 fält i 123 respektive 130 välkarakteriserade prov. Satsen HLA-DPA1/B1 (katalog # ) visar 100 % överensstämmelse för DPA-alleler (97,7 % lägre gräns med användning av en ensidig exakt metod vid 95 % konfidensintervall) och 98,5 % överensstämmelse för DPB-alleler (95,4 % lägre gräns med användning av ensidig exakt metod vid 95 % konfidensintervall) när HLA-typningsresultaten jämförs i 2 fält i 133 respektive 135 välkarakteriserade prov. I laboratorietester har följande ämnen visat en viss inhibition vid utvärdering med typningspaketen LIFECODES HLA-DQA1/B1 och LIFECODES HLA-DPA1/B1 SSO. Den högsta koncentrationen av störande substanser utan inhibition är natriumdodecylsulfat (0,005 % (vikt/vol)), etanol (500 mm), fenol (0,125 % (volym/volym), sackaros (0,1 M), EDTA (500 µm), ACD (0,1 % (v/v), kolesterol (3µg/mL), bilirubin (16,4 µm), hemoglobin (0,0156 mg/ml) samt hemolyserat blod (0,1 % (v/v). REFERENSER 1. Olerup, O., et al. (1992) Tissue Antigens 39: Saiki, RK., et al. (1986) Nature 324: Maeda, M., et al. (1989) Tissue Antigens 34: Bugawan, TL., et al. (1990) Immunogenetics 32: 231 BEGRÄNSADE LICENSER Taq-polymeras tillverkas för Immucor GTI Diagnostics av Promega Corp. Den är licensierad till Promega enligt amerikanska patent nr. 5,338,671 och 5,587,287 och deras utländska motsvarigheter. Vid köp av den här produkten erhålls en begränsad icke överförbar licens enligt amerikanska patent nr. 5,981,180 eller utländsk motsvarighet, som innehas av Luminex Corporation för utförandet av flertaliga HLA-typningsanalyser av kliniska prover. AUKTORISERAD REPRESENTANT Auktoriserad representant: Immucor Medizinische Diagnostik GmbH, Robert-Bosch-Strasse 32, Dreieich, tyskland Europeisk teknisk service: Tel.: + 32/ Dokumentets senaste revidering och utgivning: ANVÄNDA VARUMÄRKEN AB Gene Costar Microseal IDNA Agarose GelStar AB Gene House Corning Incorporated Bio-Rad Laboratories, Inc. Lonza Group, Ltd. Lonza Group, Ltd. Luminex Gene Amp Veriti LIFECODES Luminex Corporation Roche Molecular System Applied Biosystem Immucor Inc. Sida 10 av 11

11 BILAGA A Gelelektrofores PCR-reaktionerna som utförs med LIFECODES HLA-SSO typningssatser är avsedda att generera både dubbel- och enkelsträngade produkter, dvs. de produkter som i huvudsak hybridiseras till SSO. Vid kvalitetskontroll eller felsökning av ett experiment kan ev. en gelelektrofores krävas för att kontrollera förekomsten av förstärkt DNA i PCR-reaktionen Erforderligt material (listat eller motsvarande material) Elektrofores agaros (Lonza Group, Ltd. IDNA agaros nr ) Elektroforesinstrument/nätanslutning 1 x gelbuffert (40xTAE, Promega nr. V4281) GelStar Nucleic Acid Gel Stain (Lonza Group, Ltd. nr ) UV Transilluminator (ChromatoVUE, UVP Inc. modell TM36) Bildhanteringssystem Den relativa migrationen av den enkelsträngade produkten beror på gelkoncentrationen och vilket buffertsystem som används. Ungefärliga migrationer vid varje förstärkning listas nedan för prover som körs i 2 %-ig agarosgel i 1x TAE-buffert. Elektroforesens förutsättningar OBS: Ej tillämplig för HLA-DQA1/B1 (del # ), HLA-DRB 3,4,5 (del # ) och HLA-DPA1/B1 (del # ) eftersom enskilda band inte kan urskiljas i kombinationsmultiplar. 1. Ta ut GelStar Nucleic Acid Stain (Lonza Group nr ) ur frysen och låt tina. Förvara mörkt. 2. Den gel som används här måste vara 2 %-ig, dvs. till en 200 ml gelbädd används 4 gram agaros till 200 ml 1X TAE (späd från 40X TAE). Tillsätt 10 µl GelStar Nucleic Acid Stain till den smälta agarosen. När gelen öses, lämna rikligt med utrymme för DNA-produktens stigning (3-5 cm). VAR FÖRSIKTIG: GelStar är en potentiell carcinogen. ANMÄRKNING: Det går att köra geler med 20 µl av 10 mg/ml etidiumbromid i stället för GelStar Nucleic Acid Stain. Produktbandets intensitet är lägre med gel som innehåller etidiumbromid än geler med GelStar. VAR FÖRSIKTIG: Etidiumbromid är en känd carcinogen. 3. Förvara gelen mörkt och låt stelna. 4. Lägg i en blandning av 2,5 µl av varje PCR-produkt och 2,5 µl 2 X laddningsbuffert med synlig färg per prov, per förstärkning. Kör gelen i mörker vid cirka 160 V i ungefär 45 minuter, eller tills provet har körts så länge att det går att iaktta separata band för enkel- och dubbelsträngad produkt (bromofenolblå band eller annan synlig markör migrerar 3-5 cm från brunnarna). 5. Fotografera med UV-transilluminator och ett GelStar gult fotofilter (Lonza Group Ltd. nr ). OBSERVERA: Vid hantering av GelStar Nucleic Acid Stain eller etidiumbromid, samt vid fotografering av gel med UV-transilluminator, ska skyddsutrustning bäras. Gelanalys HLA-A HLA-B HLA-C HLA-DRB1 Dubbelsträngad(e) (bp) ~420 ~370, ~340 ~476, ~447 ~280 Enkelsträngad(e) (bp) ~240 ~200 ~250, ~200 ~180 Geltolkning Brunn Förstärkning Icke-förstärkning Dubbelsträngat DNA Enkelsträngat DNA Primerband ----(Bright) (mindre ljust) Sida 11 av 11