Nationell Biobanksutbildning

Transkript

1 Nationell Biobanksutbildning -praktisk tillämpning och tillgång till blodprov Karolin Bergenstråhle,

2 Agenda s uppdrag och organisation Preanalytiska faktorer, några exempel Praktisk tillämpning i Uppsala-Örebro regionen

3 Organisation UCR FoU-ledare Stefan James Johan Sundström Klinisk forskning Raf Lemmens Forskare, forskargrupper Kvalitetsregister Peter Hedman Biobank och lab Anna Beskow Verksamhetschef Jonas Oldgren

4 Uppsalas biobanksorganisation Vetenskapsområdet för medicin och farmaci Biobanksråd Biobanksansvarig Forskningsprovsamling: Avtal VDB-provsamling: SD beslut VC Provsamlingsansvarig Kontaktperson

5 s verksamhet Fyra uppdrag från LUL och UU Administrera (nr 827) Skapa och underhålla en stabil organisation och struktur kring biobanksprov och provsamlingar Tillhandahålla kompetens och verktyg för att uppfylla gällande lagar och förordningar som reglerar biobanksverksamhet Utveckla en infrastruktur för forskning

6 Värdet av biobanksprover Olja 560 kr/fat Blodkomponenter kr /fat

7 Processen för ett biobanksprov Riskhantering Provgivare och prov Provtagning och insamling Preanalytiska processer Distribution Analyser

8 Provets spårbarhet-chain of custody Tracking pre-analytical variables and bioprocessing chain of custody data enables documentation of adherence to best practices, regulatory, and quality banking practices Miranda et al (2013) Biopreservation and Biobanking 11: Chain of Custody följer provets hantering kronologiskt, både ur ett administrativt perspektiv (dokumentation), men också dess fysiska hantering-från provtagning till lagring, till att det används i analysverksamhet. Tips: skapa individuell märkning av proverna, undvik löpnummer. Använd helst streckkod för att möjliggöra automatiserad hantering och inläsning i informationssystem

9 Preanalytiska faktorer 23% 15% 62% Pre-analytical Analytical Post-analytical

10 Olika variabler som har preanalytisk påverkan Patient/provgivare -kön -ålder -diet -medicinsk historik -Särskilda tillstånd (graviditet, behandlingar -Social historik (rökning) -Typ av prov (fasta) Provtagning -Typ av nål -Typ av insamlingskit - Stas -Position för patient -Rörordning -Typ av blod (venöst) Provtagningsbehållare - Glas eller plast - Gel separation eller utan gel - Andra tillsatser - Information från leverantör Provberedning -Provtyp: serum/plasma -Om plasma: typ av koagulant -Om serum: koagulationsprocedur -Detaljer i protokoll (centrifugering och tid) Förvaring -Infrysning innan analys -Tid innan infrysning -Tid i frys --Sekundär provbehållare(glas/plast) -Om plast: typ av plast -Antalet tina-frys cykler -transport/distrubution

11 Preanalytiska faktorer, några exempel Blod Plasma-kan centrifugeras direkt Serum- optimalt att centrifugera efter min, vänta inte längre än 4 timmar Centrifugeringstid och g-tal beroende på mängden trombocyter. Vilken typ bör man använda i metabolomics/proteomics? Serum innehåller flest proteiner och Ig sekvenser, men behöver en fördröjning innan centrifugering. Är plasma ett mer stabilt val? Plasma RCF Centrifugeringstid (min) Trombocyt-rik Trombocyt-låg Trombocyt-fri

12 Preanalytiska faktorer, några exempel Blod Det finns olika tillsatser som används för att stabilisera prover Protease inhibitors Phosphatase inhibitors PAXgene för DNA och RNA DNA utbyte minskar vid tinafrys-cykler (från 40µg/ml till 20µg/ml) OK att lagra i 4 C i upp till 28 dagar! Mer än 60% av proteinkodande gener regleras av mirnas (expressionsprofilerna är olika beroende på blodcell). Jämförelse mellan 1 och 2 tina-fryscykler: Efter 1 cykel- 137 mirnas detekteras Efter 2 cykler -117 mirnas detekteras

13 Preanalytiska faktorer och dygnsrytm (circadiansk rytm circa dies) Genexpression och sjukdom Synkronisering till ljus-mörker cykeln (melatonin) Rytm i genexpression, och cirkulerande proteiner (hormoner, pro inflammatoriska cytokiner) Rytm i antalet celler, antalet monocyter i omlopp, neutrofiler, NK-celler, lymfocyter Rytm i DNA syntesens processer, DNA reparering (circadiansk rytm och cancer) Praktisk tillämpning på detta är när man skall ta sin medicin, en del läkemedel skall tas på morgonen, andra skall tas på eftermiddagen. Vissa på fastande mage, andra tillsammans med förtäring.

14 Preanalytiska faktorer och dygnsrytm (circadiansk rytm circa dies) Metabolomics Många aminosyror toppar vid midnatt Glukos toppar på eftermiddagen Ureacykeln har en circadiansk rytm Kreatinsyntesen har circadiansk rytm Vi har en metabolisk tidtabell som till exempel känner av jet lag! Det tar cirka 14 dagar att nå ursprungsnivåerna efter att ett tidskifte ägt rum.

15 Fitness for purpose! Valorisering och fitness for purpose! Vi måste säkerhetsställa att våra resurser (prover och provdata) som finns tillgängliga inom en studie/ett projekt ger resultat som är pålitliga utan att överarbeta provhanteringen.

16 Preanalytiska faktorer-utmaningar Det är svårt att i praktiken uppfylla alla kriterier för att få det ultimat insamlade provet, även om du i teorin känner till hur du uppnår detta. Prover samlas in inom sjukvården och vi måste lita på deras kompetens och erfarenhet i både provtagning och provhantering. Inom sjukvården utförs ett flertal analyser för att ställa diagnos, bör inte detta vara gott nog även för forskning? Det är av stor vikt att utveckla en god insamlingsprocess av prover, men det är än mer viktigt att den data som samlas in tillsammans med proverna är korrekt. En god spårbarhet på proverna och att de behandlas lika, åtminstone inom en provsamling/studie/kohort räcker långt!

17 Blodinsamling via Klinisk kemi och farmakologi, Akademiska Sjukhuset Sorterar Centrifugerar Avproppar Alikvoterar 8 x 225 ul 500 ul rör i SBS-format Kliniker Prover beställs i patientjournalen, etiketter skrivs ut och prover skickas till KKF Prov Cosmic.xml Pre-analytisk robot KKF Klinisk Kemi och farmakologi Flex- Lab.xml Biobank LIMS Biobank robot EvoWare.csv Uppsala Ishotell Långtidsförvaring -80 DC Omformatering DNA/RNA extraktion Utplock av prover

18 Tack! -Frågor? För mer information: