Nationell modell för sjukvårdsintegrerad biobankning en resurs för forskning

Transkript

1 Nationell modell för sjukvårdsintegrerad biobankning en resurs för forskning Inger Lindström Projektledare sjukvårdsintegrerad biobankning, Biobank Sverige Maria Jönsson Biomedicinsk analytiker, Klinisk kemi Lund Johanna Ekström Processteamledare Biobanksprocessen AMM Syd och Biobank Region Skåne

2 Workshop SIB - Innehåll Sjukvårdsintegrerad biobankning inom VR-BiS Nationell inventering av SIB Inger Beskrivning av SIB vid region Skåne och BD47 Maria & Johanna Behov av nationell harmonisering av SIB Utmaningar för expansion och utveckling av SIB Inger Frågor och diskussion

3 Sjukvårdsintegrerad biobanking av vätskebaserade prover för forskning (SIB) Beställning och insamling av forskningsprover görs genom sjukvårdens befintliga rutiner Stora nationella forskningsstudier har efterfrågat och drivit på införandet av SIB Nationellt initiativ till gemensam modell för införande av SIB.

4 Sjukvårdsintegrerad biobanking av vätskebaserade prover för forskning (SIB).xml.xml.csv Bild: Anna Beskow, Uppsala Biobank

5 Fördelar med SIB Standardiserad hantering av forskningsprov från provtagning till infrysning medför spårbarhet, känd kvalitet och jämförbara prover oavsett provtagningstillfälle och provtagningsplats Införande av SIB över hela landet möjliggör för deltagande i forskningsstudier oavsett bostadsort SIB skapar förutsättningar för ett kvalitetssäkrat och kostnadseffektivt sätt att hantera prover för medicinsk forskning.

6 Införande av SIB Sjukvårdsintegrerad biobankning innan starten av SIB- Swelife projektet dec 2015: Totalt 17 st 2 st 8 st 7 st Umeå Sjukvårdsintegrerad biobankning mars 2019: Totalt 26 st 10 st 14 st 2 st Införande av SIB har delfinansierats genom Swelife projekt Införande av sjukvårdsintegrerad biobankning på ett flertal platser. Sjukvårdsintegrerad biobankning införd och inkluderar samtliga: -automation (robot), LIMS och elektroniska remisser. Karlstad Örebro Gävle Uppsala Stockholm Sjukvårdsintegrerad biobankning införd men saknar en eller fler av följande: -automation (robot), LIMS och elektroniska remisser. Göteborg Linköping Arbetar med införandet eller planerar att införa sjukvårdsintegrerad biobanking under 2018/2019. Kristianstad Helsingborg Lund Malmö Växj ö Karlskrona Bild från Therese Fagerqvist, RBC Uppsala-Örebro

7 Insamling via SIB för biobankning Insamling via SIB BD47, Lund Biobank Väst BBF, Linköping Stockholm, SMB* Örebro biobank Uppsala Biobank Biobank Norr Singelcenter studier Multicenter studier Antal primärrör < 10 aktiva multicenter studier under 2018, flera i uppstartsfas *Studieinformation från Stockholm saknas

8 Införande av SIB i nationellt perspektiv Införande av SIB har oftast anpassats till befintliga rutiner vid klinisk verksamhet vid mottagande sjukhus Införande av SIB har ofta skett i anslutning till stora multicenterstudier med behov av rutinbaserad provtagning För att underlätta start av multicenterstudier erbjuds rådgivning och stöd till forskare via Provservicekoordinatorer med erfarenhet från biobanksområdet.

9 Provservicekoordinatorer - forskarstöd vid nationell insamling Provservicekoordinatorer är verksamma vid biobanksfaciliteter i anslutning till universitet med medicinsk fakultet. PSK medfinansieras från respektive universitet. Uppdraget för PSK Ge rådgivning och koordineringshjälp vid insamling av blod och vätskebaserade prover vid uppstart av multicenterstudier Ge råd avseende provtyper och kvalitetsfrågor vid nyinsamling av biobanksprov Ge råd och hjälp med uttag av befintliga vätskebaserade prov Ge råd och information om tillgängliga analysplattformar. Besök PSK-poster för mer information!

10 SIB i nationellt perspektiv (VR-BiS) Nationell projektledare för sjukvårdsintegrerad biobankning inom VR-BiS projektet med uppdrag att Inventera SIB nationellt för att identifiera delar i processen som skiljer mellan olika platser Arbeta tillsammans med PSK gruppen och utförare för nationell harmonisering av processer för SIB Tillsammans med utförare och användare arbeta fram förslag för expansion och fortsatt utveckling av modellen för SIB.

11 Inventering av SIB Inventering av kartläggning av sjukvårdsintegrerad biobankning i Sverige med avseende på Organisation av egen biobanksfacilitet, tex arbetsgrupp för SIB Rutiner för beställning av prover Rutiner för hantering av prover (insamling, förvaring, utplock) LIMS och IT Prissättning av service / användaravgifter Samarbeten / expansion inom sjukvårdsregionen Utvecklingsplaner för SIB

12 Inventering av SIB blod & vätska Standardprover / rör

13 Inventering av SIB blod & vätska Udda provtyper

14 Inventering av SIB preanalytiska variabler Norr/Umeå Uppsala Örebro Sthlm SMB/KUL Väst/ Göteborg Sydöstra/ Linköping Syd/BD47 Beställning Papper e-remiss / BoS Tid från arm till frys Centrifugering, standard e-remiss / E-remiss / Takecare 1-2 h 2-4 h <4 h <2h, <10h, <24h, >24h 15 min 1500g 7 min 2400g 7 min 2400g 10 min 2000g e-remiss / LabBest e-remiss / RoS 2-8 h 2-4 h 2 h 10 min 2000g 10 min 2000g Papper 10 min 2000g Centrifugering, citratplasma 25 min 2500g 20 min 2400g 20 min 2400g 15 min 2000g 20 min 2500g 20 min 2500g 20 min 2500g Rör till förvaring FluidX / kryorör från VC Transport av primärrör Transport av alikvoterade prover Rörpost inom NUS -20C från VC 1g/v (Sofiabox) Micronic Micronic REMP REMP REMP / kryorör Rörpost inom sjukhus -20C med Jumbolans <30 min, Inom sjukhus Nej Kylda. Serum & plasma Alikvotering på KULmottagning Bud från VC & Möndahl Kylda inom regionen REMP / kryorör Provtagning på sjukhus Nej Nej Frusna plattor (torr-is )med temp.log

15 Sjukvårdsintegrerad biobankning vid Region Skåne Maria Jönsson Biomedicinsk analytiker, Klinisk kemi och Farmakologi, Lund Johanna Ekström Processteamledare Biobanksprocessen AMM Syd och Biobank

16 Region Skånes biobank 35 st biobanksavdelningar utspridda över olika förvaltningar BD47-servicefacilitet -ca 100 olika forskningsprovsamlingar -2 st vård- och behandlingsprovsamlingar

17

18 Sjukvårdsintegrerad biobankning För mig: Alla prover som tas på sjukhuset och sparas i en biobank. Provhanteringen kan vara manuell eller automatisk.

19 Provtagning Dokumentation är viktig så att prov alltid kan spåras till provgivare

20 Biobanksremiss och prover- LUCAS Remiss med etiketter att märka ursprungsrör Serum EDTA STRECK

21 Lager av plattor 22 olika provsamlingar

22 Prov till BD47 22 provsamlingar på REMP-plattor - varav 7 är RCC syd ansvariga för 3 provsamlingar i kryorör.

23 Provsamlingar: Cancer Regionalt Cancer Centrum Syd BioMel melanom GUNNEL- gyn LUCAS- lung SARA- sarcom SCAN-B - bröst Uro-SCAN urinblås VIOLA- lymfom

24 Provsamlingar till BD47 14 olika provsamlingar på REMP plattor Lokala provsamlingsansvariga inom Hjärt/lung Psykiatri Neurologi

25 Lokala Biobanker på sjukhuset Infektion Sepsis Onkologi Bröstcancer Neurologi Minnessjukdomar

26 Multicenter BD47 SweVAD- hjärtpump KETECT Andra biobanksavdelningar MINSS stora bukoperationer TTM-2- hjärtstopp ScanCLAD - lungtransplantationer IMPACT gravida preeklampsi

27 Infysning av rör EDTA PAX-Gene TEMPUS Urin Faces

28 Hantering- manuellt REMP Kryorör Plasma/serum Buffycoat STRECKplasma Liqvor

29 Ett set med plattor En ursrungsplatta En målplatta En serum En EDTAplasma

30 Remiss Plattmall Serumplatta -Käll och målplatta Plasmaplatta

31 En etikett tas från remissen för märkning av plattmall.

32 CSP 8

33 Överföring mellan källplatta och målplatta Källplatta Före Målplatta frys Källplatta Efter Målplatta

34 Full platta

35 Excelfil med provdata som skickas till BD47 Platta Pos. Ident. Provtagning Infrysning LUCAS SC B : :20 LUCAS SC B : :20 LUCAS SC B : :55 LUCAS SC B : :15 LUCAS SC A : :50 LUCAS SC A : :30 LUCAS SC B : :00 LUCAS SC A : :25 LUCAS SC B : :05 LUCAS SC A : :50 LUCAS SC A : :35 LUCAS SC B : :40 LUCAS SC A : :10 LUCAS SC A : :00 LUCAS SC A : :55 LUCAS SC B : :30 LUCAS SC A : :40 LUCAS SC B : :45 LUCAS SC A : :20 LUCAS SC A : :10 LUCAS SC B : :50 LUCAS SC B : :30 LUCAS SC B : :30 LUCAS SC B : :15

36 Proven fryses i -80 på Klinisk kemi i väntan på transport till biobanken Temperaturen i transportlådan monitoreras under hela transporten Transport till biobanken på torris

37 Antal provsamlingar och prover Ca 50 olika provsamlingar prover/månad 1-70 prov / provsamling och månad 1-9 ursprungsrör 1-40 alikvoter / provsamling

38 BD47-servicefacilitet Södra Sverige Sjukhus som skickar prov till förvaring på BD47 Lund Malmö Kristianstad Helsingborg Halmstad Ljungby Växjö Karlskrona BD47 Medicon Village, Lund

39 Regionservice transporterar proven till Biobank Biobank tar emot och packar upp proven

40 Tidigare registrering av alla provsamlingar -nu endast ett fåtal excelfiler Accessdatabas

41 Registrering i webapplikation -för övriga studier i väntan på LIMS

42 Registrering i LIMS -LabVantage (SoftWarePoint) Insamling av prov Hantering av prov Frysposition endast MOS och SCAPIS 1-årsuppföljning

43 Uttagsfunktion i LIMSet

44 Inskanning av remp plattor -innan utskick till klinisk kemi för alikvotering

45 Inskanning av REMP i webapplikationen

46 Koppling av provid med rörid

47 Majoriteten av forskningsprov förvaras i temperaturövervakade -80 C frysar, eller i -20 C frysrum

48 Antal prov tillhörande forskningsprovsamlingar inkom ca alikvoter från ca primärrör insamlade via SIB Uttag från forskningsprovsamlingar Vid BD47 förvaras ca 100 olika provsamlingar varav insamling pågår för ca 45 st

49 Prov från vård och behandlingsprovsamling Klinisk mikrobiologi förvaras i frysrum (-20 C) Totalt > 3 miljoner Uttag till VoB under 2018: 198 st Uttag till forskning under 2018: 244 st

50 Vävnadsprov från vård och behandlingsprovsamling från klinisk patologi förvaras i rumstemperatur Totalt >13 miljoner klossar Uttag till VoB under 2018: 861 st Uttag till forskning under 2018: 5077 st

51 Vid BD47 utförs DNA extraktioner, Manuell extraktion Robotiserad extraktion

52 normeringar och urplock från DNA-prov Pipetteringsrobot

53 Olikheter mellan SIB noder Provhantering Typer och volymer på primärrör Tid från provtagning till alikvotering och infrysning Tid och g-tal vid centrifugering av plasma och serum Rutiner för transport av prover Rör/plattor för infrysning av alikvoter Tining och omfrysning av alikvoter LIMS och IT Registrering och hantering av information om prov Möjlighet att kommunicera via LIMS inom och mellan sjukvårdsregioner LIMS saknas vid mindre provtagningsenheter Prissättning Uppstartskostnad Kostnad för insamling Kostnad för förvaring och utplock

54 Nationell harmonisering av SIB inom VR-BiS Nationell tjänstekatalog för SIB / blod och vätskebaserade prover Arbete med nationell tjänstekatalog pågår inom PSK-gruppen Utvärdera om olikheter i preanalytisk provhantering påverkar analysresultat Kvalitetsprojekt med Gunnel Tybring (f.d KI biobank) för att sammanställa manual Riktlinjer för preanalytisk hantering av blod och vätskebaserade prover inom sjukvårdsintegrerad biobankning LIMS och IT system Kartlägga möjligheter till sjukvårdsregionala LIMS som stöd för SIB samt utreda behov av kommunikation om prover mellan regionala LIMS Uttag och utplock vid multicenterstudier Ta fram en nationell gemensam blankett för utplock från olika noder

55 Utveckling och expansion av modellen för SIB Förslag från befintliga verksamheter SIB i nuläge infört på universitetssjukhus och några större sjukhus. Ej behov av automation för SIB vid mindre sjukhus och vårdcentraler Introducera mobila SIB-kit för att erbjuda möjlighet till provtagning vid mindre sjukhus och vårdcentraler vid enstaka studier Möjlighet till provtagning via mobila enheter, t.ex. blodbussar Flera förslag?

56 Utmaningar för expansion och utveckling av SIB - varierar över landet Låg prioritet från huvudmän för investeringar av utrustning och tilldelning av resurser för införande och utveckling av SIB Geografi långa avstånd och få patienter i delar av Sverige Önskemål om nya och udda prov/rörtyper från forskare för insamling via SIB Låg efterfrågan från forskare Andra faktorer

57 Tack till alla som varit med och bidragit till SIB inventeringen och till alla Provservicekoordinatorer Frågor? Besök SIB poster!

58 Några SIB frågor