BIMA15 mikrobiologi VT17 (v1.0) Vecka 1. Bakteriella strukturer. FL: Grundläggande bakteriologi FL: Introduktion till examinationsuppgiften WS: Introduktion till TBL (Team Based Learning) FL: Bakteriella strukturer WS: Referenshantering Vecka 2. Bakteriell cellvägg och uppbyggnad. FL: Cellväggens uppbyggnad TBL: Gruppmöte 1 TBL: Readiness Assurance Tests (RATs) Vecka 3. Metabolism; förberedelser inför lab FL: Bakteriell metabolism TBL: Planering för laboration S: Kamratgranskning/Författande S: Riskanalys vid laboration Vecka 4. Bakteriologilaboration Bakteriologilaboration Vecka 5. Genreglering i bakterier Laboration uppföljning S: Metabolism FL: Bakteriell genreglering FL: Akademiskt skrivande Inskick delmål 1 för kamratgranskning Vecka 6. Bakteriella genetiska element Inskick feedback kamratgranskning WS: Referenshantering TBL: Gruppmöte 2 TBL: Readiness Assurance Tests (RATs) Vecka 7. Repetition och Kamratgranskning Tillämpning: Genreglering Inlämning av färdigt arbete för kamratgranskning Vecka 8. Avslutning Inlämning av Feedback på kamratgranskning Deadline för slutlig inlämning av examensuppgiften. Skickas in till Moodle.
Kurslitteratur Flera alternativ av kurslitteratur kan användas och diskuteras med kursledare innan start. I mikrobiologi rekommenderas Microbiology An Introduction (10-11th ed) av Tortora, Funke och Case. Mycket information kommer också att utvinnas via den medicinska datorbasen PubMed. Lärare EB Eleni Bratanis, IKVL, B14 eleni.bratanis@med.lu.se FP Frida Peterson, IKVL, B14 frida.peterson@med.lu.se JD Jonatan Dereke, IKVL, B11 jonatan.dereke@med.lu.se MH Magnus Hillman, IKVL, B11 magnus.hillman@med.lu.se OS Oonagh Shannon, IKVL, B14 oonagh.shannon@med.lu.se RL Rolf Lood, IKVL, B14 rolf.lood@med.lu.se MB Matthias Bank, ITK matthias.bank@med.lu.se MC Mattias Collin, IKVL, B14 mattias.collin@med.lu.se Lokaler RG Rune Grubb LabBio lablokaler C315 - HSC C218/C217 Datorsal HSC 2
Lokaler för Gruppmöten. 2/2 2/3 A H1006 H1006 B H1007 H1007 C H1008 H1008 D H1018 H1018 E H1019 H1019 Undervisningsmoment FL = Föreläsning S = seminarium WS = workshop TBL = Team based learning RATs = Readiness Assurance Tests 3
Kunskapsmål Under kursmål 1 redogöra för human- och bakteriecellers övergripande morfologi och strukturella organisation samt mekanismer för transport av joner och molekyler över cellmembranet Att beskriva olika morfologier för bakterier Att redogöra för uppbyggnaden av cellväggar för både Gram-positiva och Gram-negativa bakterier Att redogöra för strukturella skillnader mellan LPS och LTA Att beskriva peptidoglykanlagrets uppbyggnad Att redogöra för skillnader i en bakteries cellstruktur och en human cell Att redogöra för andra strukturer på bakteriers yta, inkluderande pili och fimbrier Under kursmål 3 beskriva hur en gen ser ut och uttrycks samt förklara transkriptions- och translationsbegreppen och redogöra för likheter och skillnader mellan eu- och prokaryota celler Att redogöra för generella skillnader mellan en bakteriell kromosom och humana kromosomer Att redogöra för extrakromosomala element i bakterier (plasmider, bakteriofager, mobila genetiska element), samt exemplifiera hur dessa kan påverka bakteriens förmåga att överleva under olika förhållanden Att redogöra för generell genreglering i bakterier och uppbyggnaden av operon Att översiktligt beskriva hur mikrobiella element (plasmider, bakteriofag-dna) kan användas inom (molekylärbiologisk) forskning Under kursmål 6 redogöra för grundläggande metabola processer i cellen samt hur de samverkar och regleras Att beskriva anaerob och aerob respiration Att redogöra för bakteriell fermentering Att beskriva bakteriell fotosyntes och hur detta tillför energi Under kursmål 7 redogöra för grundläggande metodik vid rening och analys av DNA, proteiner och bakterier, samt immunkemiska visualiseringstekniker Att redogöra för olika sätt att växa bakterier Att känna till hur vi kan använda bakterier för att producera protein Under kursmål 9 redogöra för olika skaltyper, deskriptiv statistik, grundläggande statistiska analyser och hypotesprövningar Att känna till begrepp som median, medelvärde och normalfördelning i samband med mikrobiologiska frågeställningar 4
Färdigheter och förmåga Under mål 1 planera, utföra, dokumentera och skriftligt sammanfatta laborativt arbete Att i samråd med handledare planera, utföra, dokumentera och skriftligt sammanfatta ett mikrobiologiskt arbete Under mål 2 söka vetenskaplig litteratur, samt hantera referenshanteringsprogram Att självständigt söka vetenskaplig litteratur till stöd för påståenden i den mikrobiologiska rapporten, och hantera referenserna med ett referenshanteringsprogram Under mål 3 statistiskt analysera och presentera egna data Att sammanställa egna data från laborativt arbete i en rapport Att använda statistiska tankesätt för att beskriva hur erhållit material är fördelat 5
Vecka 1. Bakteriella strukturer V4 Mån 23/1 Tis 24/1 10.15-12.00 FL: Introduktion kursen och examinationsarbetet GK OS 13.00-14.00 FL: Grundläggande bakteriologi GK RL 14.00-16.00 FL: TBL GK MH/OS Ons 25/1 Tors 26/1 10.15-12.00 FL: Bakteriella strukturer Segerfalk RL 13.00 15.00 Referenshantering och artikelsökning grupp 1 C218 MB Fre 27/1 13.00-15.00 Referenshantering och artikelsökning grupp 2 C218 MB 6
Vecka 2. Bakteriell cellvägg och uppbyggnad V5 Mån 30/1 Tis 31/1 10.15-12.00 FL: Cellväggens uppbyggnad Segerfalk RL Ons 1/2 Tors 2/2 10.15-12.00 Gruppmöte 1 Grupp OS 13.00-16.00 RATs och diskussion B235 OS Fre 3/2 7
Vecka 3. Metabolism, förberedelser inför lab V6 Mån 6/2 Tis 7/2 10.15-12.00 Tillämpning 1 Mikrobiologisk laboration TBA OS 13.15-15.00 FL: Bakteriell metabolism GK MC Ons 8/2 Tors 9/2 10.00-12.00 S: Kamratgranskning; Författande av texter C180 MH 13.00-16.00 Laborationen planering/risker C180 OS/FP Fre 10/2 8
Vecka 4. Bakteriologilaboration V7 Mån 13/2 Tis 14/2 9.00-12.00 Lab dag 1 1 LabBio EB/FP/OS 13.00-16.00 Lab dag 1 2 LabBio EB/FP/OS Ons 15/2 Tors 16/2 8.00-12.00 Lab dag 2 1 LabBio EB/FP/OS 13.00-17.00 Lab dag 2 2 LabBio EB/FP/OS Fre 17/2 9
Vecka 5. Genreglering i bakterier och Akademisk skrivande V8 Mån 20/2 Tis 21/2 9.00-10.00 Lab (uppföljning) LabBio EB/FP/OS 10.15-12.00 S: Metabolism Segerfalk MC Ons 22/2 Tors 23/2 10.15-12.00 FL: Bakteriell genreglering GK RL 13.15-15.00 FL: Akademiskt skrivande GK Studieverkstaden Fre 24/2 16.00 Deadline inskick första kamratgranskningen 10
Vecka 6. Genreglering i bakterier och Akademisk skrivande V9 Mån 27/2 Tis 28/2 10.00-12.00 Referenshantering - workshop grupp 1 C218 JD 13.00-15.00 Referenshantering - workshop grupp 2 C218 JD Ons 1/3 Tors 2/3 10.00-12.00 Gruppmöte 2 Grupp OS 13.00-16.00 RATs och diskussion C315 OS Fre 3/3 11
Vecka 7. Laborationsrapport och Kamratgranskning V10 Mån 6/3 Tis 7/3 9.00-12.00 Tillämpning - Genreglering C315 MC/OS Ons 8/3 Tors 9/3 16.00 Deadline: Lämna arbete för kamratgranskning Fre 10/3 12
Vecka 8. Inlämning laborationsrapport 13/3 14/3 16.00 Deadline: Kamratgranskning klar 17/3 16.00 Deadline: Inlämning rapport 13
Gruppindelning under TBL och kamratgranskare TBL grupper Kamratgranskare Labgrupp Examination Examination av kunskapsmålen görs framförallt via det skriftliga arbetet (laborationsrapporten), där även ytterligare frågor ska diskuteras i anknytning till laborationen. I detta arbete är det viktigt att samtliga kunskapsmål är uppnådda och att det finns en ordentlig motivering om varför man själv tycker att man uppnått kunskapsmålen. Det är också viktigt att det är strukturellt välskrivet och vetenskapligt korrekt, dvs att det styrks av vetenskapliga fakta. Bedömningsmallen ska vara till stor hjälp för att uppnå samtliga kriterier och ni har också ansvar som kamratgranskare att hjälpa varandra att höja kvaliteten på arbetena. Om man efter kompletteringen inte uppnår samtliga kriterier ligger ett tillfälle i slutet av augusti för uppsamlingstentamen av de kursmål som man inte lyckats uppnå. Vi genomför även tester med flervalsfrågor (så kallade Readiness Assurance Tests) individuellt och i grupp. Dessa kommer att bedömas formativt och summativt. 14