BIMA15 mikrobiologi VT16 (v1.5)

Transkript

1 BIMA15 mikrobiologi VT16 (v1.5) Vecka 1. Bakteriella strukturer. FL: Grundläggande bakteriologi FL: Introduktion till examinationsuppgiften WS: Introduktion till TBL (Team Based Learning) FL: Bakteriella strukturer Vecka 2. Bakteriell cellvägg och uppbyggnad. FL: Cellväggens uppbyggnad TBL: Gruppmöte 1 TBL: Readiness Assurance Tests (RATs) Vecka 3. Metabolism; förberedelser inför lab FL: Bakteriell metabolism TBL: Planering för laboration S: Kamratgranskning/Författande S: Riskanalys vid laboration Vecka 4. Bakteriologilaboration Bakteriologilaboration Vecka 5. Genreglering i bakterier Laboration uppföljning S: Metabolism FL: Bakteriell genreglering Inskick delmål 1 för kamratgranskning Vecka 6. Bakteriella genetiska element FL: Akademiskt skrivande Inskick feedback kamratgranskning WS: Referenshantering Inskick frågor (Vad är svårt?) TBL: Gruppmöte 2 TBL: Readiness Assurance Tests (RATs) Vecka 7. Repetition och Kamratgranskning Tillämpning: Genreglering EL: Vad var svårt? Inlämning av färdigt arbete för kamratgranskning Vecka 8. Avslutning Inlämning av Feedback på kamratgranskning Deadline för slutlig inlämning av examensuppgiften. Skickas in till Moodle.

2 Kurslitteratur Flera alternativ av kurslitteratur kan användas och diskuteras med kursledare innan start. I mikrobiologi rekommenderas Microbiology An Introduction (10-11th ed) av Tortora, Funke och Case. Mycket information kommer också att utvinnas via den medicinska datorbasen PubMed. Lärare EB Eleni Bratanis, IKVL, B14 eleni.bratanis@med.lu.se FP Frida Peterson, IKVL, B14 frida.peterson@med.lu.se JD Jonatan Dereke, IKVL, B11 jonatan.dereke@med.lu.se MH Magnus Hillman, IKVL, B11 magnus.hillman@med.lu.se OS Oonagh Shannon, IKVL, B14 oonagh.shannon@med.lu.se Rolf Lood, IKVL, B14 rolf.lood@med.lu.se MB Matthias Bank, ITK matthias.bank@med.lu.se Lokaler Rune Grubb LabBio lablokaler C315 - HSC C218/C217 Datorsal HSC 2

3 Lokaler för Gruppmöten. 12/2 11/3 Baciller I1208 I1208 Streptococker I1211 I1211 Staphylococker I1212 I1212 Bakteriofager I1245 I1245 Bdellovibrio I1250 I1250 Undervisningsmoment FL = Föreläsning S = seminarium WS = workshop TBL = Team based learning RATs = Readiness Assurance Tests 3

4 Kunskapsmål Under kursmål 1 redogöra för human- och bakteriecellers övergripande morfologi och strukturella organisation samt mekanismer för transport av joner och molekyler över cellmembranet Att beskriva olika morfologier för bakterier Att redogöra för uppbyggnaden av cellväggar för både Gram-positiva och Gram-negativa bakterier Att redogöra för strukturella skillnader mellan LPS och LTA Att beskriva peptidoglykanlagrets uppbyggnad Att redogöra för skillnader i en bakteries cellstruktur och en human cell Att redogöra för andra strukturer på bakteriers yta, inkluderande pili och fimbrier Under kursmål 3 beskriva hur en gen ser ut och uttrycks samt förklara transkriptions- och translationsbegreppen och redogöra för likheter och skillnader mellan eu- och prokaryota celler Att redogöra för generella skillnader mellan en bakteriell kromosom och humana kromosomer Att redogöra för extrakromosomala element i bakterier (plasmider, bakteriofager, mobila genetiska element), samt exemplifiera hur dessa kan påverka bakteriens förmåga att överleva under olika förhållanden Att redogöra för generell genreglering i bakterier och uppbyggnaden av operon Att översiktligt beskriva hur mikrobiella element (plasmider, bakteriofag-dna) kan användas inom (molekylärbiologisk) forskning Under kursmål 6 redogöra för grundläggande metabola processer i cellen samt hur de samverkar och regleras Att beskriva anaerob och aerob respiration Att redogöra för bakteriell fermentering Att beskriva bakteriell fotosyntes och hur detta tillför energi Under kursmål 7 redogöra för grundläggande metodik vid rening och analys av DNA, proteiner och bakterier, samt immunkemiska visualiseringstekniker Att redogöra för olika sätt att växa bakterier Att känna till hur vi kan använda bakterier för att producera protein Under kursmål 9 redogöra för olika skaltyper, deskriptiv statistik, grundläggande statistiska analyser och hypotesprövningar Att känna till begrepp som median, medelvärde och normalfördelning i samband med mikrobiologiska frågeställningar 4

5 Färdigheter och förmåga Under mål 1 planera, utföra, dokumentera och skriftligt sammanfatta laborativt arbete Att i samråd med handledare planera, utföra, dokumentera och skriftligt sammanfatta ett mikrobiologiskt arbete Under mål 2 söka vetenskaplig litteratur, samt hantera referenshanteringsprogram Att självständigt söka vetenskaplig litteratur till stöd för påståenden i den mikrobiologiska rapporten, och hantera referenserna med ett referenshanteringsprogram Under mål 3 statistiskt analysera och presentera egna data Att sammanställa egna data från laborativt arbete i en rapport Att använda statistiska tankesätt för att beskriva hur erhållit material är fördelat 5

6 Vecka 1. Bakteriella strukturer 1/2 2/ FL: Grundläggande bakteriologi Introduktion till examinationsarbetet WS: TBL MH/ 3/2 4/ FL: Bakteriella strukturer 5/2 6

7 Vecka 2. Bakteriell cellvägg och uppbyggnad 8/2 9/ FL: Cellväggens uppbyggnad 10/2 11/ Referenshantering och artikelsökning grupp 1 C217 MB Referenshantering och artikelsökning grupp 2 C217 MB 12/ Gruppmöte 1 Grupp RATs och diskussion C315 7

8 Vecka 3. Metabolism, förberedelser inför lab 15/2 16/ Tillämpning 1 Mikrobiologisk laboration C FL: Bakteriell metabolism OS 17/2 18/ S: Kamratgranskning; Författande av texter C315 MH Laborationen planering/risker C315 19/2 8

9 Vecka 4. Bakteriologilaboration 22/2 23/ Lab dag 1 1 LabBio EB/ Lab dag 1 2 LabBio EB/ 24/2 25/ Lab dag 2 1 LabBio EB/ 26/ Lab dag 2 2 LabBio EB/ 9

10 Vecka 5. Genreglering i bakterier 29/2 1/ Lab (plattor) LabBio S: Metabolism OS/FP 2/3 3/ FL: Bakteriell genreglering 4/ Deadline inskick första kamratgranskningen 10

11 Vecka 6. Akademiskt skrivande 7/3 8/ FL: Akademiskt skrivande; Studieverkstaden Feedback kamratgranskning 9/3 10/ Referenshantering - workshop grupp 1 C218 JD Referenshantering - workshop grupp 2 C218 JD Inskick frågor (Vad är svårt) 11/ Gruppmöte 2 Grupp RATs och diskussion C315 11

12 Vecka 7. Repetition och Kamratgranskning 14/3 15/ Tillämpning - Genreglering C315 16/3 17/ EL: Vad var svårt? Deadline: Lämna arbete för kamratgranskning 18/3 12

13 Vecka 8. Kamratgranskning och Inlämning laborationsrapport 21/3 22/ Deadline: Kamratgranskning klar 23/3 24/3 25/ Deadline: Inlämning rapport 13

14 VT 2016 Gruppindelning under TBL och kamratgranskare TBL grupper Baciller Streptococker Staphylococker Bakteriofager Bdellovibrio Kamratgranskare Labgrupp Ariana Friberg Hanna Barresjö Johanna Johansson Nikolaos Karabelas Oskar Lundin Elin Meigård Johanna Johansson Nikolaos Karbelas Oskar Lundin Elin Meigård Ariana Friberg Hanna Barresjö 1a 1a 1b 1b 1c 1c Lovisa Johansson Alma Thelander Towe Gunnarsson Mathias Boger Louise Grövnes Philip Kanold Towe Gunnarsson Mathias Boger Louise Grövnes Philip Kanold Lovisa Johansson Alma Thelander 1d 1d 1e 1e 1f 1f Sofia Tillgren Helene Jacobsson Sanna Nordberg Tim Benthem Emma Nyberg Kent Johansson Sanna Nordberg Tim Benthem Emma Nyberg Kent Johansson Sofia Tillgren Helene Jacobsson 1g 1g 1h 1h 2a 2a Zahraa Hassan Hanna Pettersson Tilde Andersson Mohanad Hayatleh Elin Arvidsson David Södergren Tilde Andersson Mohanad Hayatleh Elin Arvidsson David Södergren Zahraa Hassan Hanna Pettersson 2b 2b 2c 2c 2d 2d Anni Malm Aida Yifter Lindgren Beatrice Fageräng Eric Lindblad Johanna Olsson Per Hallgren Beatrice Fageräng Eric Lindblad Johanna Olsson Per Hallgren Anni Malm Aida Yifter Lindgren 2e 2e 2f 2f 2g 2g 14

15 Examination Examination av kunskapsmålen görs framförallt via det skriftliga arbetet (laborationsrapporten), där även ytterligare frågor ska diskuteras i anknytning till laborationen. I detta arbete är det viktigt att samtliga kunskapsmål är uppnådda och att det finns en ordentlig motivering om varför man själv tycker att man uppnått kunskapsmålen. Det är också viktigt att det är strukturellt välskrivet och vetenskapligt korrekt, dvs att det styrks av vetenskapliga fakta. Bedömningsmallen ska vara till stor hjälp för att uppnå samtliga kriterier och ni har också ansvar som kamratgranskare att hjälpa varandra att höja kvaliteten på arbetena. Om man efter kompletteringen inte uppnår samtliga kriterier ligger ett tillfälle i slutet av augusti för uppsamlingstentamen av de kursmål som man inte lyckats uppnå. Vi genomför även tester med flervalsfrågor (så kallade Readiness Assurance Tests) individuellt och i grupp. Dessa kommer att bedömas formativt och summativt. 15