Översikt metabolismen



Relevanta dokument
Citronsyracykelns reaktioner sker i mitokondriematrix. Mitokondrierna kan sägas vara cellens kraftstationer p g a den stora produktionen av ATP.

BASÅRET KEMI B BIOKEMI VT METABOLISM (sid )

Cellens metabolism (ämnesomsättning) Kap8 Sidor i boken Enzymer: Metabolism: , , ,257,

Cellens metabolism (ämnesomsättning)

Användning av kol och energikällor

Metabolism och energi. Hur utvinner cellen energi från sin omgivning? Hur syntetiserar cellen de byggstenar som bygger upp dess makromolekyler?

Svar: 3. a) Vid enzymkatalys binder enzymet in substratet/substraten till aktiva ytan. Närhet och orientering är förutsättning för katalys.

ENERGI FLÖDEN AV MATERIAL OCH ENERGI ÄMNESOMSÄTTNINGEN

Hur celler får energi från föda (Alberts kap. 13) Introduktion

Cellens energivaluta är främst ATP adenosintrifosfat. Finns även andra analoger till ATP, t ex UTP uridintrifosfat där kvävebasen adenin bytts mot

Översikt metabolismen

Institutionen för Laboratoriemedicin

Modifierat av ÅRö , ÅRö+BiA VÄTTERNRUNDAN. Seminarieuppgifter i medicinsk kemi för tandläkarstuderande seminarium 4-5

hour Metabolism. Ett arbete i Biokemi kursen vt Sofia Bertolino Annlouise Mickelsen

Energiomsättning. ATP utgör den omedelbara energikällan ATP+H 2 0 ADP+Pi+energi ATP. Energi Muskelarbete Jontransport Uppbyggnad

Tentamen. Kurskod: MC1004. Medicin A, Molekylär cellbiologi. Kursansvarig: Christina Karlsson. Datum Skrivtid 4h

Medquiz Nutrition, metabolism & elimination HT 2012 MEDQUIZ. T2 Nutrition, metabolism & elimination

Tentamen i Biokemi 2, 7 juni Hur samverkar katabolismen och anabolismen i en cell? Vad överförs mellan dessa processer?

Övningstentafrågor i Biokemi, Basåret VT 2012

Info r prov i cellbiologi Biologi B

Kapitel Var är vi i kursen???

Integrerad metabolism

Frågor. Behöver vi kunna processen för RNA för polymeras I,II och III? Eller räcker det att kunna vad de gör? Det räcker med att kunna vad de gör

KARLSTADS UNIVERSITET KEMI

1. a) Markera polära och icke-polära delar i nedanstående molekyl. Vilken typ av ämne är det, och vad heter molekylen? (2p)

Cellbiologi. Maria Ankarcrona Nov 2010

Frågor om intermediärmetabolismen med svar till vissa frågor

Mitokondrier tillverkar ATP - adenosintrifosfat

Sluttentamen Bke2/KE0003, 29:e Oktober 2003, Max poäng = 94 p. Preliminär gräns för godkänd = 50 p (53 %).

Tentamen NMET2 HT2014 (7/ ) (Totalpoäng 56 p)

Omtenta NMET2 (datum 4/2 2012) (totalt 63 p)

5. Transkriptionell reglering OBS! Långsam omställning!

Göran Solders Karolinska Universitetssjukhuset. Mitokondriella sjukdomar. Behandling

Svar till övningstentafrågor i Biokemi, Basåret VT 2012

Tentamen med svarsmallar Biokemi BI1032, 13:e jan 2011, Max poäng = 100 p. Slutliga betygsgränser: 3 = 52%; 4 = 70%; 5 = 85%.

1. a) Markera polära och icke-polära delar i nedanstående molekyl. Vilken typ av ämne är det, och vad heter molekylen? (2p)

Energi, katalys och biosyntes (Alberts kap. 3)

Tentamen NMET2 VT2015 (17/4 2015) (Totalpoäng 55 p)

Så började det Liv, cellens byggstenar. Biologi 1 kap 2

Rättningsmall fråga 1: a) b) mellan N och Ca (0.5p); Ca och C (0.5p). c) vid ph 5: NH COOH (0.5p); vid ph 9: NH COO - (0.


Svarsmall Tentamen NME Termin 2, 22 november 2013

Det gäller att vara tydlig!

BASÅRET KEMI B BIOKEMI VT PROTEINER OCH ENZYMER (sid )

TENTAMEN I MEDICINSK BIOKEMI (10 hp)

Biologi 2. Cellbiologi

Sluttentamen Biokemi KE7001p3, 20 mars 2006, Max poäng = 75 p. Slutlig gräns för godkänd = 38 p (51 %).

Kväve Metabolism. Elin Johansson, Maria Grahn och Beatrice Lundin. KE0026 Stefan Knight

Tentamen NME T2 (datum: 22/ ) maxpoäng (84p)

Sluttentamen med svarsmallar Bke2/KE0003, 31:e Oktober 2001, Max poäng = 123 p. Preliminär gräns för godkänd = 65 p (53 %).

Innehåll. Cellfysiologi och mikrobiologi. Humana cellers storlekar. Cellmembranets uppbyggnad Ambulans- och akutsjukvård

Omtentamen Läkarutbildningen T1:B vårterminen 2006 Kodnr:

Cellbiologi. Maria Ankarcrona Nov

Biomolekyler & Levande organismer består av celler. Kapitel 3 & 4

Aerob och anaerob elektrontransport (Alberts kap. 14 och Madigan kap. 17)

Enzymer Farmaceutisk biokemi. Enzymet pepsin klyver proteiner i magsäcken till mindre peptider

Frågor och svar till ordinarie tentamen för KE7001 period 4 (Biokemi, 10p) Totalpoäng: 70 p (24 frågor) Preliminär gräns för G: 37 p (53%)

Tentamen i Medicinsk kemi för biomedicinare 2010:

BASÅRET KEMI B BIOKEMI VT Introduktion till cellens och organismers metabolism (sid )

Medicin, Molekylär cellbiologi, 15hp

TENTAMEN I MEDICINSK BIOKEMI (10 hp)

Utmaningen. SEMINARIEUPPGIFTER och Instuderingsfrågor. TILL DFM1: MOMENT 2 (avsnitt 4-7) Namn: Grupp:

Cellbiologi: Intracellulär sortering och cellsignalering

Kroppens påverkan av fysisk aktivitet

Grunder i elektrontransportfosforylering (Alberts, kap. 14)

Omtentamen KE0026, 10p, Max poäng = 76p. Preliminär gräns för G utan bonus = 57p.

Cellen och biomolekyler

Tentamen Läkarutbildningen T1:B höstterminen

Lite basalt om enzymer

Tentamensuppgifter moment 2, organisk kemi.

Provet kommer att räknas igenom under vt16 på torsdag eftermiddagar ca Meddelande om sal och exakt tid anslås på min kontorsdörr (rum419).

SKRIFTLIG DUGGA AVSNITT 6 HT

INSTITUTIONEN FÖR MEDICIN

FYSIOLOGI, FARMAKOLOGI OCH BIOKEMI SOMMAROMSKRIVNING I 5 AUGUSTI 2016 Kl , Viktoriagatan 30

Fig 1-29 Alla celler har utvecklats från samma urcell för ca 3,5 miljarder år sedan Fem kungadömen och Tre domäner

Sluttentamen Biokemi BI1032, 14:e januari 2010, Max = 100 p. Preliminära gränser: 3 = 55p; 4 = 70p; 5 = 85p.

Fråga nr. Sluttentamen Bke2/KE0003, 31:e Oktober 2001, Max poäng =123 p. Preliminär gräns för godkänd = 65 p (53%).

Biologiska membran Kap 10 fig10-1, 15, 18, 19 & med tillhörande beskrivningar. Övrigt är repetition.

Kunskapsmål ht (reviderade )

Resultat:... (Cellbiologi:... Immunologi...) Betyg...

Godkända hälsopåståenden

BIOKEMI BB1080/BB2380 KURS-PM VT 2013

MATSMÄLTNINGEN, NÄRINGSÄMNEN, CELLANDNING OCH FOTOSYNTESEN = KOST & HÄLSA

Tentamen Biologi BI1112 Termin och år: Klockan:

Tenta 1 Cellbiologi ht Grundbegrepp

Isomerer. Samma molekylformel men olika strukturformel. Detta kallas isomeri. Båda har molekylformeln C 4 H 10

Sluttentamen Biokemi KE7001p3, 15:e mars 2007, Max poäng = 76 p. Slutlig gräns för godkänd = 36 p (47 %).

Protein. Struktur. Enzymer. Transport. kanaler och pumpar PROTEINER. Hormoner. syrabasbalans. Antikroppar. Vätskebalans

Organisk kemi / Biokemi. Livets kemi

Medicin A, Medicinsk temakurs 2, 30 högskolepoäng Tema Nutrition/Metabolism/Elimination

Frågor och svar till ordinarie tentamen för KE7001 period 4 (Biokemi, 10p) Totalpoäng: 70 p (23 frågor) Preliminär gräns för G: 37 p (53%)

Insulin för muskeluppbyggnad OCH fettförbränning

Näringslära En måltid

KOMMENTARER TILL KAPITEL 7 OCH 8. Den centrala dogmen är gemensam för eukaryoter och prokaryoter.

Näringsämnena och matspjälkning

Sluttentamen Biokemi KE7001p3, 22 mars 2005, Max poäng = 70 p. Preliminär gräns för godkänd = 37 p (53 %).

Skrivning i Medicinsk kemi,

Vilka ämnen finns det i maten och hur använder kroppen dem?

Omtentamen Läkarutbildningen T1:B vårterminen

(Maxp.4 p, 1p per celltyp som är helt korrekt markerad, annars 0p för raden.)

Transkript:

Översikt metabolismen Glykolysen Glukoneogenesen Citronsyracykeln Andningskedjan Lipidmetabolism I Lipidmetabolism II

Glykolysen Vad händer med Pyruvat Glukos Vidbrist på syre Vid tillgång på syre Citronsyracykeln

Omvandling av pyruvat till Acetyl-CoA Pyruvat+ CoA+ NAD + acetylcoa+ CO 2 + NADH + H + Pyruvatdehydrogenaskomplexet Dekarboxylering Oxidation Irreversibel Omvandlingen av Pyruvattill AcetylCoAutgör länken mellan glykolysen och citronsyracykeln

Omvandling av pyruvat till Acetyl-CoA Katalyseras av ett enzymkomplex som består av: 3 olika enzymer -Pyruvatdehydrogenas(E1) -Dihydrolipoyltransacetylas (E2) - Dihydrolipoyldehydrogenas(E3) 5 coenzymer - Thiaminpyrofosfat(TPP) -Liposyra -FAD -CoA -NAD + Katalytiska kofaktorer-kemisk förening som binder till enzymer för att bidra till dess katalytiska förmåga Kofaktorer som fungerar som substrat

Omvandling av pyruvat till Acetyl-CoA kräver B-vitaminer B-vitaminer, benämning på ett flertal vattenlösliga vitaminer som förekommer främst i spannmål och vegetabilier, men också i mjölk och vissa animalieprodukter. De olika B-vitaminerna, som sinsemellan inte är kemiskt besläktade, har betydelse för energiomsättningen, blodbildningen, nervsystemet eller proteinomsättningen. www.ne.se/b-vitaminer B1 tiamin Pyruvatdehydrogenas B2 riboflavin FAD B3 niacin NAD + B7 biotin Karboxylaser

Mitokondrien Omvandling av pyruvat till AcetylCoA samt citronsyracykeln sker i matrix av mitokondrien Mitokondriernakan sägas vara cellens kraftstationer p g a den stora produktionen av ATP. Mitokondriernabestår av ett dubbelt membransystem: -yttermembran -innermembran (starkt veckat) Området mellan membranerna kallas intermembran-utrymmetmedan området innanför båda membranerna benämns matrix. Notera att antalet mitokondriervarierar i olika celltyper beroende på cellens funktion. Flest mitokondrierper cell (ca 1000 per cell) har hjärtmuskelceller eftersom den muskelcelltypen ständigt är aktiv.

Citronsyracykeln kort översikt Acetyl-CoA Citronsyracykeln producerar: CO 2 GTP NADH FADH 2 Kolföreningar C 6, C 5, C 4 Citronsyracyken tjänar två viktiga syften Att reducera NAD + samt FAD (till NADH och FADH 2 ) vilket i andningskedjan resulterar i bildandet av ATP Att förse kroppen med byggstenar som kan användas till att bilda proteiner eller fettsyror

Citronsyracykeln detaljerad översikt 1 2 8 3 7 4 6 5

Citronsyracykeln reaktion 1 AcetylCoA(C 2 ) kondenserar med oxaloacetat(c 4 ) varmed Citrat (C 6 )bildas tioesterbindning Enzym: Citratsyntas Energin för att driva kondensationen fås från klyvning av tioesterbindningen mellan acetylgruppen och CoA

Citronsyracykeln reaktion 2 Citrat isomeriseras till isocitrat sker via intermediären cis-aconitat Dehydratisering Hydratisering Enzym: Aconitas

Citronsyracykeln reaktion 3 Oxidation och dekarboxylering av isocitrat för produktion av α-ketoglutarat Oxidation Dekarboxylering Enzym: Isocitratdehydrogenas

Citronsyracykeln reaktion 4 Oxidation och dekarboxylering av α-ketoglutarat samt koppling till CoA + H + Dekarboxylering Oxidation Enzym: α-ketoglutaratdehydrogenaskomplexet Enzymkomplexet innehåller 3 enzymer som är homologa till de enzymer som ingår pyruvatdehydrogenaskomplexet Pyruvat+ CoA+ NAD + pyruvatdehydrogenaskomplexet AcetylCoA+ CO2 + NADH + H + α-ketoglutarat+ CoA+ NAD + α-ketoglutaratdehydrogenaskomplexet SuccinylCoA+ CO 2 + NADH + H +

Citronsyracykeln detaljerad översikt 1 2 8 3 Nu har vi gått igenom halva citronsyracykeln Härmed har de två kol som kom in i citronsyracykelnvia AcetylCoAavgått som CO 2 7 4 Resterande reaktioner syftar till att regenerera oxaloacetat 6 5

Citronsyracykeln reaktion 5 SuccinylCoA omvandlas till succinat Enzym: SuccinylCoAsyntetas SuccinylCoAinnehåller en högenergibindning Energin frigörs när CoA-delan spjälkas av och används för att bilda GTP GTP kan direkt omvandlas till ATP genom sk substratnivåfosforylering energin överförs direkt från en förening till en annan GTP + ADP GDP + ATP Katalyseras av enzymet: Nukleosiddifosfokinas

Citronsyracykeln reaktion 6 Succinat oxideras till fumarat Enzym: Succinatdehydrogenas Dettaenzym sitter i mitokondriensinnermembran och deltar även i andningskedjan (detta återkommer vi till) FAD används istället för NAD + eftersom FAD är ett starkare oxidationsmedel än NAD + vilket behövs för att introducera en dubbelbindning i strukturen

Citronsyracykeln reaktion 7 Vatten adderas till dubbelbindningen Enzym: Fumaras

Citronsyracykeln reaktion 8 Malat oxideras till oxaloacetat Enzym: Malatdehydrogenas

Citronsyracykeln summering reaktion 6, 7, 8 Oxaloacetat regenereras via oxidering av succinat Oxidering Hydratisering Oxidering Oxidering hydratisering oxidering: METABOLISK motiv som återkommer i syntes/degradering av fettsyror och i degradering av vissa aminosyror

Citronsyracykeln Energivinst - effektivitet Nedbrytning av acetylcoa: AcetylCoA+ 3 NAD + + FAD + GDP + Pi + 2 H 2 O 2 CO 2 + 3 NADH + FADH 2 + CoA + GTP 1 GTP motsvarar i energihänseende 1 ATP. NADH och FADH2 återoxideras via oxidativfosforyleringviket frigör stora mängder ATP: 1 NADH 2.5 ATP 1 FADH2 1.5 ATP ATP-vinst/varv: 3 2.5 + 1 1.5 + 1 = 10 ATP Idag finns det bevis för att alla enzymer som ingår i citronsyracykelnsitter nära varandra för att effektivisera citronsyracykelndå reaktionsprodukterna kan passera direkt från en plast till nästa i en sammankopplad kanalisering sk substratkanalisering Ett föreslaget ord på sådana multi-enzymkomplex är METABOLON

Citronsyracykeln Kontroll 1 1. Pyruvatdehydrogenaskomplexet Hormonstyrning leder till: Aktivering av ett kinas fosforylering av pyruvatdehydrogenas INAKTIVERING Aktivering av ett fosfatas defosforylering av pyruvatdehydrogenas AKTIVERING

Citronsyracykeln Kontroll 1 1. Pyruvatdehydrogenaskomplexet Muskel cell i vila NADH/NAD + AcetylCoA/CoA ATP/ADP Muskel cell i aktivitet NADH/NAD + AcetylCoA/CoA ATP/ADP PDH stängs av när cellen har god tillgång på energi!

Citronsyracykeln Kontroll 2 Enzym: Isocitratdehydrogenas Oxidation Dekarboxylering Enzymet aktiveras allosteriskt av ADP vilket stimulerar enzymets affinitet för att binda substrat Enzymet inhiberas av: -ATP - NADH (kan ge ATP via andningskedjan)

Citronsyracykeln Kontroll 3 Enzym: α-ketoglutaratdehydrogenas Dekarboxylering Oxidation Enzymet inhiberas av: - SuccinylCoA -NADH -ATP Reaktionsprodukter

Citronsyracykeln Kontroll - summering Nyckelkontrollpunkter: Pyruvadehydrogenaskomplexet Isocitratdehydrogenas α-ketoglutaratdehydrogenas Primära regulatorer är: ATP NADH (kan ge ATP) Hastigheten på citronsyracykelnminskar då cellen har god tillgång på energi Inhiberingavisocitratdehydrogenas Mängden citrat ökar vilket kan transporteras ut till cytoplasman och: 1. Inhibera Fosfofruktokinas(haltar glykolysen) 2. Källa för syntes av acetylcoa för vidare fettsyntes Inhiberingavα-ketoglutaratdehydrogenas Mängden α-ketoglutarat ökar vilket kan användas till: 1. Byggstenar för syntes av aminosyror 2. Byggstenar för syntes av purinbaser(adenin o guanin)

Citronsyracykeln Citronsyracyken Omvandla energiinnehållet i kolhydrater till cellens energivaluta ATP Att förse kroppen med intermediära byggstenar för att bilda proteiner eller fettsyror. KATABOLT ANABOLT En process som kan användas både i nedbrytande, katabola, syften och biosyntetiska, anabola, syften sägs vara AMFIBOL.

Citronsyracykeln ANABOLT Citronsyracykeln fungerar ANABOLT där 4 Intermediärerfungera som utgångsämnen för andra molekyler Oxaloactat AA och nukleotider α-ketoglutarat AA och nukleotider SuccinylCoA hem och klorofyll Citrat AcetylCoA fe syror

Citronsyracykeln KATABOLT Glukos Fettsyror Aminosyror Citroncyracykelnfungerar KATABOLTför både kolhydrater, lipider och proteiner Aminosyror Lipider fe syror acetylcoasom förbränns vidare i citroncyracykeln Aminosyror Aminosyror acetylcoa α-ketoglutarat succinylcoa fumarat oxaloacetat http://medicalmnemonics4u.blogspot.se/2009/11/citric-acid-cycle.html

Citronsyracykeln Termodynamik 3 reaktioner är fördelaktiga ur energisynpunkt 1. AcetylCoA + oxaloacetat citrat 3. Isocitrat α-ketoglutarat Dessa tre reaktioner har mycket negativa ΔG -värdenoch kan därmed sägas driva hela citronsyracykeln 4. α-ketoglutarat SuccinylCoA

Översikt metabolismen Glykolysen Glykoneogenesen Citronsyracykeln Andningskedjan Lipidmetabolism I Lipidmetabolism II

Citronsyracykeln o andningskedjan I glykolysen och i citronsyracykeln bildas stora mängder NADH och FADH 2 NADH och FADH 2 återoxideras i andningskedjan genom att leverera e - som transporteras genom en elektrontransportkedjasom slutar med att syrereduceras till vatten. Det är därför vi behöver syre!!!! Elektrontransportkedjan sker i innermembranet på mitokondrien

Elektrontransportkedjan Innehåller 4 proteinkomplex CytokromC: Bärare mellan komplex III och IV Komplex I: NADH-Q-oxidoreduktas Komplex II: Succinat-Q-reduktaskomplexet Komplex III: Q-cytokrom C-oxidoreduktas Komplex IV: Cytokrom C-oxidas H + pumpas från matrixtill intermembranutrymmet från komplex I, III och IV

Elektrontransportkedjan -drivkraft CytokromC: Bärare mellan komplex III och IV NAD + + H + + 2e - NADH Reduktionspotentialen är låg(-0.32 V) NADH vill gärna lämna ifrån sig e - Följande reaktion sker vid komplex I: NADH NAD + + H + + 2e - ½ O 2 + 2H + + 2e - H 2 O Reduktionspotentialen är hög(0.82 V) O 2 vill ta upp e - Följande reaktion sker vid komplex IV: ½ O 2 + 2H + + 2e - H 2 O Skillnaden i reduktionspotentialen driver e - genom andningskedjan

Elektrontransportkedjan Elektronerna transporteras nedströms i ett energidiagram. Förloppet katalyseras av de fyra proteinkomplexen I, II, III, IV e - överförs från NADH till O 2 via komplex I, III o IV e - från FADH 2 kommer in i kedjan via komplex II H + pumpas från matrixtill mellanmembranutrymmet via komplex I, III o IV. Detta innebär att e - från NADH passerar tre pumptillfällen och e - från FADH 2 passerar två pumptillfällen. e - från NADH bidrar mer till uppbyggnad av protongradient jämfört med e - från FADH 2 e - från NADH genererar mer ATP än e - från FADH 2 1 FADH 2 motsvarar 1.5ATP 1 NADH motsvarar 2.5 ATP

Elektrontransportkedjan Elektronerna förs mellan proteinkomplexen av mobila bärare Mellan komplex I/II och III bärs e - av UBIQUINON(Q). Detta är en hydrofob molekyl som snabbt kan röra sig i membranet (Q + 2e - + 2H + QH 2 ) Komplex III och IV förbinds via cytokromcsom är ett lösligt protein och innehåller en hemgrupp. Centralt i hemgruppen finns en järnjonsom kan alternera mellan Fe 2+ (tagit upp e - ) och Fe 3+ (avgett e - ).

Elektrontransportkedjan + ATP syntas

ATP syntas Innermembranutrymmet H+ H+ H+ H+H+ H+ Matrix ADP+Pi ATP www.dnatube.com/video/104/atp-synthase-structure-and-mechanism