Instuderingsfrågor avsnitten Molekylär genetik och Rekombinant DNA tekniker, MCB Molekylärgenetikdelen 1. Vad är DNA? 2. Vad heter byggstenarna i DNA? 3. Vad är RNA? 4. Vad är en bas, nukleosid, nukleotid och nukleosidfosfat? 5. Namnge de olika baser, nukleosider, nukleotider som finns. 6. Vilka baser finns i DNA resp. RNA? 7. Vad skiljer "sockret" i DNA från "sockret" i RNA, vad heter respektive "socker"? 8. Hur är strukturen på dubbelsträngat DNA? 9. Är dsdna böjligt? Förklara varför. 10. Är peptidens α-helix böjlig? Förklara varför. 11. Vad innebär att två DNA eller RNA strängar är anti-parallella? 12. Vilka baser kan baspara med varandra? 13. Vad menas med den komplementära DNA strängen? 14. Vad händer när man denaturerar DNA? 15. Nämn två sätt att denaturera DNA. 16. Vad innebär hybridisering? 17. Hur uppkommer DNA strängens polaritet? 18. Vad behövs för att DNA skall syntetiseras i cellen? 19. Vilka former/typer av DNA kan man hitta hos djur? och var finns de i cellen? 20. Vad menas med en eukaryot resp. prokaryot cell.? 21. Ge exempel på två arter som har respektive cell typ. 22. Vad menas med den centrala dogmen? 23. Var finns informationen lagrad för hur cellen fungerar? 24. Hur avläses denna information? 25. Hur förs informationen vidare till nästa cell när en cell delar sig? 26. Vad menas med replikation? 27. Vilka enzym sköter om replikationen? 28. Vad är ett helikas och vad gör det? 29. Vilken funktion har primaset? 30. Vilka polymeras sköter om syntesen vid leading strand? 31. Vad behövs för att DNA polymeras skall kunna syntetisera DNA? 32. Var i en eukaryot cell sker replikationen av det genomiska DNAt? 33. Vad är en replikationsgaffel och Okazakifragment? 34. Vad heter sekvensen där replikationen startar och hur många sådana sekvenser finns det humana genomet respective i bakteries? 35. Vad är en telomer? 36. Varför kan förlust av DNA ske vid replikationen av en telomer? 37. Hur har cellen löst problemet att kunna replikera hela kromosomen inklusive ändarna på kromosomerna? 38. Vad gör topoisomeraseer? 39. Vilka olika former av RNA finns det i celler? 40. Beskriv funktionen hos budbärarrna (mrna) 1
41. Beskriv funktionen hos ribosomaltrna (rrna) 42. Beskriv funktionen hos transferrna (trna) 43. Vad är ett kodon resp. antikodon? 44. Vad är den genetiska koden? 45. Vad är skillnaden mellan den genetiska koden och den genetiska informationen? 46. Vad menas med att den genetiska koden är degenererad? 47. Hur laddas ett transferrna med en aminosyra. 48. Vad heter det enzym som utför laddningen? 49. Finns det lika många trna som aminosyror? 50. Vilka typer av rrna finns det och hur uppkommer de? 51. Vilket RNApolymeras sköter om syntesen av mrna hos eukaryoter? 52. Hur många RNA polymeras finns det hos eukaryoter? och vad syntetiserar de? 53. Vad kallas den region av DNAt där transkriptionen initieras? 54. Vad är ett exon rep. intron? 55. Var på ett mrna startar translationen och var stoppar den? 56. Vad finns i 3' resp. 5' änden på ett mrna? 57. Vad innebär splicing? 58. Vilken funktion har polya svansen? 59. Hur ser en CAP ut som finns på mrna och var sitter den? 60. Vad är en gen? 61. Transkriberas introner till RNA? 62. Vad menas med 5 -UTR i ett mrna? 63. Vad menas med protein-cds i ett mrna? 64. Vad menas med en enkel resp komplex transkriptionsenhet? 65. Hur kan flera mrna uppkomma från en gen? 66. Vad menas med att två gener är homologa? 67. Vad är skillnaden på paraloga och orthologa gener? 68. Hur många gener har människan? 69. Hur långt (antal bp) är det humana genoment? 70. Vad är en kromosom? 71. Vd är en metafaskromosom? 72. Vad heter metafaskromosomens delar och hur namnges dess armar? 73. Vad är ett polycistroniskt mrna? 74. Hur mycket av vårt genomiska DNA utgörs av gener? 75. Vilka typer av repetetivt DNA finns det? 76. Vad är en mikrosatellit? 77. Varför finns det många kopior av rrna gener? 78. Vad är genotyp respektive fenotyp? 79. Vad är kromatin? 80. Vilken funktion har histoner? 81. Var finns histonerna i cellen? 82. Vad är skillnaden på heterokromatin och eukromatin? 83. Vad är en nukleosom? 84. Vad är skillnaden på 11nm kromatin fiber och 30 nm kromatin fiber? 85. Hur många histoner finns det och vad är deras funktion? 86. Varför binder DNAt till histonerna? 87. Vilken roll fyller modifiering av histonsvansarna ex genom acetylering? 88. Vad menas med diploid respektive haploid? 89. Vad är en karyotyp? 2
90. Hur många kromosomer har människan? 91. Vad är en mutation? 92. Vad är ett mutagen? 93. Vad menas med "proof reading"? 94. Vilken aktivitet hos DNA polymeraset sköter om "proof reading"? 95. Hur många fel skulle uppstå vid replikationen av det mänskliga genomet en gång om "proof reading" inte skulle finnas? 96. Vilka är de olika reparationssystemen för skador i DNAt? 97. Hur kan reparation av dubbelsträngsbrott ske? 98. Vad kan ge upphov till dubbelsträngsbrott? 99. Vilken typ av mutation kan UV ljus åstadkomma? 100. Hur repareras denna skada? 101. Vad är homolog rekombination? 102. Nämn några likheter hos prokaryot och eukaryot genreglering 103. Nämn några skillnader mellan prokaryot och eukaryot genreglering 104. Vad är ett operon? 105. Hur fungerar Lac-operonet: 106. Vad är ett polycistroniskt mrna? 107. Vilken är den viktigaste regleringsmekansimen i DNA -> Protein syntesprocessen? 108. Vad menas med reglerad transkription? 109. Vilka regioner brukar man kunna hitta i en promotor? 110. Vilken effekt har en stark resp svag promotor? 111. Vilka typer av gen reglerings-/ regulativa element finns det? 112. Vad menas med en komplex transkriptionsenhet? 113. Vad är en TATA-box, var finns den och varför? 114. Vilket RNA-polymeras gör mrna? 115. Vad är ett transkriptionsinitieringskomplex? 116. Hur startar transkriptionen? 117. Vilken roll spelar carboxyterminala domänen på RNApolymeraset vid transkriptionsinitiering? 118. Vad är en enhancer? 119. Vad kan en enhancer påverka (två exempel)? 120. Vilka olika funktionella domäner har vanligen en transkriptionsfaktor/aktivator? 121. Ge några exempel på olika DNA-bindandedomäner hos TF/aktivatorer. 122. Vad är skillnaden på generella och specifika TF? 123. Vad är vävnadsspecificitet? 124. Hur uppkommer vävnadsspecificiteten? 125. Vad innebär det att en gen är inducerbar? 126. Vad menas med att en promotor är stark? 127. Nämn två metoder att studera mrna expression. 128. Ge ett example på hur en gen kan induceras? 129. Nämn några vanliga transkriptionsfaktorer. 130. Hur kan metylering av histoner påverka genexpression? 131. Hur kan acetylering av histoner påverka genexpression? 132. På vilka olika sätt kan genexpression regleras? 3
Rekombinant DNA tekniker: 1. Vad menas med en klon? 2. Vad är rekombinant DNA? 3. Vad är en vektor? 4. Vilka typer av vektorer finns det? Ge exampel 5. Vad är en plasmid? 6. Finns plasmider naturligt? 7. Ge example på viktiga molekyärgenetiska verktyg. 8. Vad är DNA kloning? 9. Vad är ett restriktionsenzym (RE)? 10. Vilka 3 typer av restriktionsenzym finns det? 11. Vad innebär "sticky ends"? 12. Vad innebär "blunt eller flush ends" 13. Vad är ett ligas? 14. Vad behövs för att ett ligas skall kunna sätta samman två sticky ends? 15. Kan ett ligas sätta samman två DNA ändar som kluvits med respektive nedan RE (använd internet för att ta reda på vilka sekvenser som enzymen känner igen och klyver. Länk tex: http://www.neb.com/nebecomm/products/category1.asp? ) Apa1 och Apa1 ; EcoR1 och HindIII ; SmaI och EcoRV ; Mbo1 och BamH1 ; Cla1 och EcoR1 ; Xho1 och Taq1 ; Xho1 och Sal1. 16. Vad menas med en icke-rekombinant vector (efter en ligering). 17. Vad kan man göra för att minska andelen "icke-rekombinanta" vektorer efter ett försök att klona ett fragment med EcoR1 ändar i en EcoR1 kluven vektor? 18. Vad menas med blå/vit screening och hur går det till? 19. Vilken funktion har ampicillin i en agarplatta för bakterieodling? 20. Hur kan man få in plasmider i bakterier och vad kallas denna process? 21. Vad heter den vanligaste bakteriearten som används på lab. 22. Varför används ibland virus i stället för plasmider som vektorer? 23. Vad är ett cdna bibliotek? 24. Vad är ett genomiskt bibliotek? 25. Vad skiljer dessa åt? 26. Hur gör man cdna? 27. Vad är en restriktionsenzymkarta? 28. Spelar det någon roll vilken vävnad man utgår ifrån när man gör ett genomiskt bibliotek? 29. Spelar det någon roll vilken vävnad man utgår ifrån när man gör ett cdna bibliotek? 30. Om du vill analysera hur promotorn för en viss gen ser ut och vill isolera ett DNA fragment som innehåller promotorn. Skall du använda genomiskt DNA eller cdna? 31. Vad menas med att subklona ett DNA fragment? 32. Vad menas med genexpression? 33. Hur isoleras mrna? 34. Vad är polya+ RNA? 35. Vad är skillnaden mellan totalrna och polya+rna 36. Vad är qrt-pcr? 4
37. Vad menas med följande begrepp: anti-sense, non-sense och sense DNA strängen, nedströms, kodande respektive icke-kodande sträng. 38. Vilka reagens behövs för att köra en PCR reaktion och vilka steg ingår i reaktionen? Vilken funktion har de? 39. Vad menas med ett termostabilt DNA polymeras och vad används det till? 40. Vad är en PCR maskin? 41. Var kommer Taq DNA polymeraset ifrån (vilken organism)? 42. Vilka metoder finns för att sekvensera DNA? 43. Vad är Pyrosequencing och hur går det till? 44. Vad innebär "chain termination" och hur kan detta användas för att bestämma en DNA sekvens? 45. Hur ser en dideoxynukleotid ut? 46. Hur går kapillär elektrofores till? 47. Du har sekvenerat ett DNA fragment som du har isolerat från ett cdna bibliotek. Du tror att det representerar en känd gen men hoppas att det är en helt ny gen. Hur tar du reda på om din sekvens liknar någon annan sekvens? 48. Vad menas med en BLAST sökning? 49. Vad är Bioinformatik? 5