Utmaningar och senaste. miljöövervakning i Sverige

Maria Kahlert Dept. of Aquatic Sciences & Assessment Utmaningar och senaste utvecklingen inom DNAstreckkodning för akvatisk miljöövervakning i Sverige Maria Kahlert, samordnare för Svenska nätverket EDNA styrelseledamot i Europeiska COST nätverket DNAqua-net utförare & expert i Svensk miljöövervakning (kiselalger)

Idag Vad pågår i Sverige kring DNA-streckkodning? Nätverk EDNA (SE) & DNAqua-net (EU) Färsk från forskningsfronten: Vad kan vi göra idag? Vad kan vi göra potentiellt? Vilka begränsningar finns det? Viktigt med nätverk Viktigt att användarna är delaktiga i utvecklingsarbete

Förvandlingen Apmeljåkkå bild: Bart van de Vijver bild: L.Forsström BLASTN 2.2.30+Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, AlejandroA. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, anddavid J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a newgeneration of protein database search programs", NucleicAcids Res. 25:3389-3402.RID: 5WRR0WJ501RDatabase: Nucleotide collection (nt) 29,053,639 sequences; 82,763,006,317 total lettersquery= 2014-11-08 19:15:07.442Length=321 Score ESequences producing significant alignments: (Bits) Valuegb KF959647.1 Fragilaria rumpens isolate TCC666 ribulose-1,5... 549 9e- 153gb KM084940.1 Luticola sparsipunctata strain D06_029 ribulos... 428 2e-116gb KF959648.1 Encyonema silesacum isolate TCC678 ribulose-1,... 428 2e-116gb KC736590.1 Amphora montana clone TCC477 ribulose-1,5-bisp... 428 2e-116gb JN975266.1 Rhabdonema arcuatum strain ECT3898-Rhabdo ribu... 428 2e-116gb JN418674.1 Sellaphora blackfordensis strain (Bfp04)02 rib... 428 2e-116gb JN418664.1 Pinnularia cf. isselana strain Cal 878 TM ribu... 428 2e-116gb JN418638.1 Pinnulariacf. microstauron strain (B2)c ribul... 428 2e-116gb EF143321.1 Sellaphora pupula clone BLA15 ribulose-1,5-bis... 428 2e- 116gb EF143313.1 Sellaphora laevissimaclone THR3 ribulose-1,5-... 428 2e-116gb EF143309.1 Sellaphora laevissimaclone THR4 ribulose-1,5-... 428 2e- 116gb EF143308.1 Sellaphora pupula clone THR8 ribulose-1,5-bisp... 428 2e-116gb EF143307.1 Sellaphora laevissimaclone THR5 ribulose-1,5-... 428 2e- 116gb EF143294.1 Sellaphora pupula clone BLA14 ribulose-1,5-bis... 428 2e-116gb EF143293.1 Sellaphora laevissimaclone THR6 ribulose-1,5-... 428 2e- Över 1000 kiselalgsarter i Sverige 116gb EF143271.1 Sellaphora pupula clone RBG1 ribulose-1,5-bisp... 428 2e-116gb AY571754.1 Encyonema cf. sinicum voucher E3457 ribulose-1... 428 2e-116gb AY356332.1 Uncultured marine eukaryote ribulose-1,5-bisph... 428 2e-116gb EF143318.1 Sellaphora pupula clone GER1 ribulose-1,5-bisp... 426 7e-116gb KM084984.1 Pinnularia sp. JZ-2014 strain Navi2 ribulose-1... 423 9e-115gb KM084955.1 Navicula radiosa strain D06_102 ribulose-1,5-b... 423 9e-115gb KC509519.1 Asterionella formosa chloroplast, complete genome 423 9e-115gb KC969796.1 Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P3B6 ribulose-... 423 9e-115gb KC969787.1 Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P4B4 ribulose-... 423 9e-115gb KC969786.1 Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P4A5 ribulose-... 423 9e-115gb KJ153398.1 Uncultured marine phototrophic eukaryote clone... 423 9e-115gb KJ153330.1 Uncultured marine phototrophic eukaryote clone... 423 9e-115gb KJ153075.1 Uncultured marine phototrophic eukaryote clone... 423 9e-115gb KC911813.1 Sellaphora pupula strain LE D35 ribulose-1,5-b... 423 9e-115gb KC911812.1 Sellaphora pupula strain LE J9 ribulose-1,5-bi... 423 9e-115dbj AB430674.1 Diatomamoniliformechloroplast rbcl gene for... 423 9e-115dbj AB430671.1 Asterionella formosa chloroplast rbcl gene fo... 423 9e-115gb JN418667.1 Pinnularia acuminata strain Pin 876 TM ribulos... 423 9e-115gb HQ912497.1 Asterionella formosa strain UTCC605 ribulose-1... 423 9e-115gb HQ912490.1 Lemnicola hungarica strain UTEX FD456 ribulose... 423 9e-115gb HQ912486.1 Diatoma tenue strain UTCC62 ribulose-1,5-bisph... 423 9e-115gb HQ912457.1 Diatoma tenue strain UTEX FD106 ribulose-1,5-b... 423 9e-115gb HQ912441.1 Urosolenia eriensis strain Y98-8 ribulose-1,5-... 423 9e-115gb FJ002103.1 Amphora coffeaeformis isolate C107 ribulose-1,... 423 9e-115gb KJ463458.1 Amphoracaribaea isolate 7320-AMPH086 ribulose... 421 3e-114gb KF536243.1 Uncultured phototrophic eukaryote clone Stn3_A... 421 3e-114gb HQ656822.1 Rhizosolenia setigera culture-collection PCC:6... 421 3e-114gb FJ002102.1 Rhizosolenia cf. setigera isolate C65 ribulose... 421 3e-114gb KM084989.1 Pinnularianeomajor strain PinnB ribulose-1,5-... 419 1e-113gb KM084988.1 Pinnularia viridiformisstrain Pinn2 ribulose-... 419 1e-113gb KM084987.1 Pinnularianeomajor strain Pinn1 ribulose-1,5-... 419 1e-113gb KM084981.1 Pinnularia viridiformisstrain ElPin01 ribulos... 419 1e-113gb KC969791.1 Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P11D6 ribulose... 419 1e-113gb KC969784.1 Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P28C3 ribulose... 419 1e-113gb KJ463462.1 Amphora hyalina isolate 8571-AMPH136 ribulose-... 419 1e-113gb KJ153409.1 Uncultured marine phototrophic eukaryote clone... 419 1e-113gb KJ153401.1 Uncultured marine phototrophic eukaryote clone... 419 1e-113gb KF137466.1 Uncultured microorganism clone NA1R_21 ribulos... 419 1e-113gb KF136445.1 Uncultured microorganism clone N422R_36 ribulo... 419 1e- 113gb JN418666.1 Pinnularianeglectiformis strain Pin 706 F rib... 419 1e-113gb JN418662.1 Pinnulariaborealis strain Alka 1 ribulose-1,5... 419 1e- 113gb JN418660.1 Pinnulariasp. 10 CS-2011 ribulose-1,5-bisphos... 419 1e-113gb JN418655.1 Pinnularia neomajorstrain Corsea 2 ribulose-1... 419 1e- 113gb JN418645.1 Pinnulariaborealis var. subislandica strain (... 419 1e-113gb JN418641.1 Pinnularianeomajorstrain (Tor1)a ribulose-1,... 419 1e- 113gb EF143314.1 Sellaphora pupula clone US1 ribulose-1,5-bisph... 419 1e-113ALIGNMENTS>gb KF959647.1 Fragilaria rumpens isolate TCC666 ribulose- 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1401 Score = 549 bits (608), Expect = 9e-153 Identities = 309/312 (99%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 633 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 692Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 693 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 752Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 753 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 812Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 813 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCAAAAAAATCACGGTATCAACTTCCGTGT 872Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 873 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTAGG 932Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 933 TAAATTAGAAGG 944>gb KM084940.1 Luticola sparsipunctata strain D06_029 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=980 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 651 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTAAACATCACTGCAGGTACTATGGAAGAAGTTTACAA 710Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 711 ACGTGCACAATACGCTAAATCAGTAGGTTCTGTTATCGTTATGATCGATTTAGTTATGGG 770Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 771 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCAATCTGGGCTCGTGAAAACGATATGATTTTACACTT 830Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 831 ACACCGTGCAGGTAACTCAACATACGCTCGTCAAAAAAATCATGGTATTAACTTCCGTGT 890Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 891 TATTTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGACCACATTCACGCTGGTACAGTAGTTGG 950Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 951 TAAATTAGAAGG 962>gb KF959648.1 Encyonema silesacum isolate TCC678 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1401 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 633 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTAAACATCACTGCTGGTACAATGGAAGAAGTTTACAA 692Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 693 ACGTGCTGAGTACGGTAAAGCTGTAGGTTCTGTAGTTGTAATGATCGATTTAGTTATGGG 752Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 753 TTACACAGCGATTCAAAGTGCTGCAATCTGGTCTCGTGAAAACGATATGGTTTTACATTT 812Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 813 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTATGCACGTCAAAAAAATCATGGTATTAACTTCCGTGT 872Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 873 AATCTGTAAATGGATGCGTATGGCTGGTGTAGATCATATTCACGCAGGTACTGTTGTTGG 932Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 933 TAAATTAGAAGG 944>gb KC736590.1 Amphora montana clone TCC477 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1497 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 672 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACTGGTGGTACAATGGAAGAAGTTTACAA bild: M.Kahlert 731Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 732 ACGTGCTGAGTACGCAAAAGCAGTAGGTTCTGTAATTGTAATGATCGATTTAGTTATGGG 791Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 792 TTACACAGCAATTCAAAGTATTGCTCTTTGGGCTCGTGAAAACGATATGTTATTACACTT 851Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 852 ACACCGTGCAGGTAACTCTACATACGCTCGTCAAAAAAATCACGGTATTAACTTCCGTGT 911Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 912 TATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCACATCCACGCTGGTACAGTTGTAGG 971Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 972 TAAATTAGAAGG 983>gb JN975266.1 Rhabdonema arcuatum strain ECT3898-Rhabdo ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1349 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 672 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACAGCTGCAACTATGGAAGAAGTTTACAA 731Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 732 ACGTGGTATCTATGCTAAAGAAGTAGGTTCTGTCATCGTAATGATCGATTTAGTTATGGG 791Query 130

Behov av nätverk för utveckling av streckkodningsmetoden för Svensk miljöövervakning Många små problem att lösa innan en metod kan anses vara standard och felmarginalerna ok rutinforskning Många forskargrupper som jobbar med streckkodning och andra molekylära metoder - ofta samma frågor vid tekniska problem även när projekten är olika - utveckling av befintliga strukturer så de passar även andra projektens behov - nödvändighet att förstå varandra lösningar som passar en organismgrupp/metod passar inte alltid

Definitioner: edna edna: miljö-dna, environmental DNA: 1. blandning av DNA från olika organismer som hittas när man tar prover i mark, vatten, eller annan miljö 2. fri DNA utanför organisms kropp -> I praktiken innehåller ett sådant prov alltid både DNA från hela (små) organismer plus fri DNA

Bild: M. Kahlert Fragilaria rumpens (Kützing) G.W.F. Carlson Min första streckkod: TCTCATCCCTCGTGTCTCCACTCAGTCCTGAATCTCGATAGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTGAACGTTACTGCAGCTACTCAAG Definitioner: barcoding Barcoding (SV: streckkodning): Att identifiera ett taxon med hjälp av en kort genetisk markör i organismens arvsmassa (DNA) Metabarcoding: Kombination av edna och barcoding: Analys av alla streckkoder från ett prov taget ute i naturen BLASTN 2.2.30+Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, AlejandroA. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, anddavid J. Lipman (199 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a newgeneration of protein database search programs", NucleicAcids Res. 25:3389-3402.RID: 5WRR0WJ501RDatabase: Nucleotide collection (nt) 29,053,639 sequences; 82,763,006,317 total lettersquery= 2014-11-08 19:15:07.442Length=321 Score ESequences producing significant alignments: (Bits) Valuegb KF959647.1 Fragilaria rumpens isolate TCC666 ribulose-1,5... 549 9e- 153gb KM084940.1 Luticola sparsipunctata strain D06_029 ribulos... 428 2e-116gb KF959648.1 Encyonema silesacum isolate TCC678 ribulose-1,... 428 2e-116gb KC736590.1 Amphora montana clone TCC477 ribulose-1,5-bisp... 428 2e-116gb JN975266.1 Rhabdonema arcuatum strain ECT3898-Rhabdo ri 428 2e-116gb JN418674.1 Sellaphora blackfordensisstrain (Bfp04)02 rib... 428 2e-116gb JN418664.1 Pinnulariacf. isselana strain Cal 878 TM ribu... 4 2e-116gb JN418638.1 Pinnularia cf. microstauron strain (B2)c ribul... 428 2e-116gb EF143321.1 Sellaphora pupula clone BLA15 ribulose-1,5-bis... 428 116gb EF143313.1 Sellaphora laevissima clone THR3 ribulose-1,5-... 428 2e-116gb EF143309.1 Sellaphora laevissima clone THR4 ribulose-1,5-... 428 116gb EF143308.1 Sellaphora pupula clone THR8 ribulose-1,5-bisp... 428 2e-116gb EF143307.1 Sellaphora laevissima clone THR5 ribulose-1,5-... 428 116gb EF143294.1 Sellaphora pupula clone BLA14 ribulose-1,5-bis... 428 2e-116gb EF143293.1 Sellaphora laevissima clone THR6 ribulose-1,5-... 428 116gb EF143271.1 Sellaphora pupula clone RBG1 ribulose-1,5-bisp... 428 2e-116gb AY571754.1 Encyonema cf. sinicum voucher E3457 ribulose-1... 42 2e-116gb AY356332.1 Uncultured marine eukaryote ribulose-1,5-bisph... 428 2e-116gb EF143318.1 Sellaphora pupula clone GER1 ribulose-1,5-bisp... 4 7e-116gb KM084984.1 Pinnulariasp. JZ-2014 strain Navi2 ribulose-1... 423 9e-115gb KM084955.1 Navicula radiosa strain D06_102 ribulose-1,5-b... 423 9e-115gb KC509519.1 Asterionella formosa chloroplast, complete genome 423 9e-115gb KC969796.1 Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P3B6 ribulose- 423 9e-115gb KC969787.1 Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P4B4 ribulose-... 423 9e-115gb KC969786.1 Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P4A5 ribulose-... 423 9e-115gb KJ153398.1 Uncultured marine phototrophic eukaryote clone... 423 9e-115gb KJ153330.1 Uncultured marine phototrophic eukaryote clone... 423 9e-115gb KJ153075.1 Uncultured marine phototrophiceukaryote clone... 423 9e-115gb KC911813.1 Sellaphorapupula strain LE ribulose-1,5-b... 423 9e-115gb KC911812.1 Sellaphora pupula strain LE J9 ribulose-1,5-bi... 423 9e-115dbj AB430674.1 Diatomamoniliformechloroplas rbcl gene for... 423 9e-115dbj AB430671.1 Asterionella formosa chloroplast rbcl gene fo... 423 9e-115gb JN418667.1 Pinnularia acuminata strain Pin 8 TM ribulos... 423 9e-115gb HQ912497.1 Asterionellaformosa strain UTCC605 ribulose-1... 423 9e-115gb HQ912490.1 Lemnicola hungarica strain UTE FD456 ribulose... 423 9e-115gb HQ912486.1 Diatoma tenue strain UTCC62 ribulose-1,5-bisph... 423 9e-115gb HQ912457.1 Diatoma tenue strain UTE FD106 ribulose-1,5-b... 423 9e-115gb HQ912441.1 Urosolenia eriensis strain Y98-8 ribulose-1,5-... 423 9e-115gb FJ002103.1 Amphora coffeaeformis isolate C107 ribulose-1,... 423 9e-115gb KJ463458.1 Amphoracaribaea isolate 7320-AMPH086 ribulose... 421 3e-114gb KF536243.1 Uncultured phototrophic eukaryote clone Stn3_A... 421 3e-114gb HQ656822.1 Rhizosolenia setigera culture-collection PCC:6... 421 3e-114gb FJ002102.1 Rhizoso cf. setigera isolate C65 ribulose... 421 3e-114gb KM084989.1 Pinnularianeomajor strain PinnB ribulose-1,5-... 419 1e-113gb KM084988.1 Pinnularia viridiformisstrain Pinn2 ribulose-... 419 1e-113gb KM084987.1 Pinnularianeomajor strain Pinn1 ribulose-1,5-... 419 1e-113gb KM084981.1 Pinnularia viridiformisstrain ElPin01 ribulos... 419 1e-113gb KC969791.1 Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P11D6 ribulose... 419 1e-113gb KC969784.1 Odont sp. 1BOF voucher UNBF_P28C3 ribulose... 419 1e-113gb KJ463462.1 Amphora hyalina isolate 8571-AMPH136 ribulose-... 419 1e-113gb KJ153409.1 Uncultured marine phototrophiceukaryote clone... 419 1e-113gb KJ153401.1 Uncultured marine phototrophic eukaryote clone... 419 1e-113gb KF137466 Uncultured microorganism clone NA1R_21 ribulos... 419 1e-113gb KF136445.1 Uncultured microorganism clone N422R_36 ribulo... 419 1e- 113gb JN418666.1 Pinnularianeglectiformis strain Pin 706 F rib... 419 1e-113gb JN418662.1 Pinnulariaborealis strain Alka 1 ribulose-1,5... 419 1e- 113gb JN418660.1 Pinnulariasp. 10 CS-2011 ribulose-1,5-bisphos... 419 1e-113gb JN418655.1 Pinnularia neomajorstrain Corsea 2 ribulose-1... 419 1 113gb JN418645.1 Pinnulariaborealis var. subislandica strain (... 419 1e-113gb JN418641.1 Pinnularianeomajorstrain (Tor1)a ribulose-1,... 419 1e- 113gb EF143314.1 Sellaphora pupula clone US1 ribulose-1,5-bisph... 419 1e-113ALIGNMENTS>gb KF959647.1 Fragilaria rumpens isolate TCC666 ribulo 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1401 Score = 549 bits (608), Expect = 9e-153 Identities = 309/312 (99%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 6 Bergsten, Sbjct J. (Naturhistoriska 633 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA Riksmuseet) 692Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 693 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 752Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 753 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 812Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 813 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCAAAAAAATCACGGTATCAACTTCCGTGT 872Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 873 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTAGG 932Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 933 TAAATTAGAAGG 944>gb KM084940.1 Luticola sparsipunctata strain D06_029 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, p cds; chloroplastlength=980 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10

EDNA Svensk nätverk Syfte: Att knyta ihop forskning och användare för att utveckla och öka användandet av kvalitetssäkrade DNA-metoder för miljöövervakning och miljöanalys Start: oktober 2016 Samordnare: Maria Kahlert Deltagarna: Universitet (GU, KTH, SLU, SU, UmU, UU) Myndigheter, institut, privata aktörer (SciLifeLab, HaV, NV, NRM, SVA, CCB) Vad gör vi? Arbetsgrupper inom relevanta områden Möten för kunskapsutbyte (nästa: 27-28 Nov. 2017, Uppsala: Metabarcoding for research and environmental monitoring https://www.slu.se/en/ew-calendar/2017/11/edna-and-umbla/) Hemsida för att sprida information (http://swebol.org/e-dna-i-miljoovervakning/natverkedna)

Samarbete med andra initiativ COST Action CA15219 (DNAqua-Net) Mål: Främja tillämpningen av DNA-baserade verktyg för biodiversitetsanalyser och miljöövervakning & utveckla en färdplan för att inkludera dessa i standardiserade ekologiska bedömningar av akvatiska ekosystem i och utanför Europa. (http://dnaqua.net) Swebol - ett nätverk som kan samordna nationella initiativ när det gäller DNA-streckkodning och olika applikationer (http://swebol.org/) Swedish Museum of Natural History (NRM) Centrum för genetisk identifiering (CGI), erbjuder myndigheter och organisationer hjälp att DNA-analysera biologiskt material Miljöövervakarens DNA-skola, ett forum för övervakare med det senaste om DNA från forskningens värld (http://www.nrm.se/)

DNAqua-net - Ett Europeisk forskarnätverk om barcoding 2016-2020 Problem: Ett överflöd av metoder som utvecklas parallellt av flera olika forskargrupper bromsar utvecklingen av användningen i praktiken, t.ex. inom miljöövervakningen. Lösning: att träffas och diskutera inom nätverket, utbyta erfarenhet och data, och testa bestpractice lösningar tillsammans för att sedan kunna ge rekommendationer för användarna och lagtexter WG1 DNA Barcode References WG2 Biotic Indices & Metrics WG3 Field & Lab Protocols WG4 Data Analysis & Storage WG5 Implementation Strategy & Legal Issues Bild: DNAqua-net 05/12/2017 COST Action CA15219 (DNAqua-Net) 9

Structure & working groups Action Chair (Florian Leese) Vice-Chair (Agnès Bouchez) T. Ekrem / F. Ciampor J. Pawlowski /M. Kahlert K. Bruce / E. Keskin K. Abarenkov/D. Fontaneto P. Mergen / D. Hering Grant Manager (Alexander Weigand) Workplan 2017: WG1 DNA Barcode References Review of reference databases in Europe, filling gaps WG2 Biotic Indices & Metrics Development of indices based on molecular data Comparison of ecological status classification between traditional and molecular methods WG3 Field & Lab Protocols Review of pre-sequencing protocols Development of a strategy to test and compare protocols WG4 Data Analysis & Storage Review of bioinformatics in Europe Development of a strategy to test and compare pipelines WG5 Implementation Strategy & Legal Issues ECOSTAT workshop Other dissemination of DNAqua-net 05/12/2017 COST Action CA15219 (DNAqua-Net) 10

Färsk från forskningsfronten: Vad kan vi göra idag? Metoder som redan idag kan användas*: edna metabarcoding av fisk i sjöar Fastsittande kiselalger Bottenfauna från kick-sampling eller sediment cores och fler * under vissa förutsättningar

SLU:s miljöanalys Bentiska kiselalger med DNA Utveckling av streckkodningsmetoden ( metabarcoding ) med syftet att förbättra miljöövervakning i Sverige Många frågetecken som måste utredas först Ett samarbete! Ekologisk statusklass (EU WFD) Vattendrag 1 måttligt måttligt Vattendrag 2 dåligt dåligt Vattendrag 3 måttligt måttligt Vattendrag 4 god god Modified from: Kermarrec et al. 2014. A nextgeneration sequencing approach to river biomonitoring using benthic diatoms. Freshw. Sci. 33(1):349-363. http://www.slu.se/institutioner/vatten-miljo/forskning/alla-forskningsprojekt/dna-streckkodning/

SLU:s miljöanalys Bentiska kiselalger med DNA Korrekt referensbibliotek curated av taxonomer & fungerade pipeline Pågående standardisering: European Committee for Standardization CEN (CEN/TC 230 N 1018 and 1019) for the use of diatom metabarcoding in lakes and rivers (sampling & management of barcodes) Ekologisk statusklass (EU WFD) Nytt: abundans! Vattendrag 1 måttligt måttligt Vattendrag 2 dåligt dåligt Vattendrag 3 måttligt måttligt Vattendrag 4 god god Modified from: Kermarrec et al. 2014. A nextgeneration sequencing approach to river biomonitoring using benthic diatoms. Freshw. Sci. 33(1):349-363. Valentin Vasselon, INRA

Pågående Standardisering CEN/TC 230 N 1073 European Committee for Standardization CEN Nu: Next Stage for WI 00230349 "Water quality - Technical report. The routine sampling of benthic diatoms from rivers and lakes adapted for metabarcoding analyses. Next Stage for WI 00230348 "Water quality - Technical report for the management of diatom barcodes" "We agree to progress this document to the next stage. 18 countries voted Yes

Bottenfauna DNAqua-net WG2 arbetsgrupp bottenfauna planerar just nu ett liknande samarbetsprojekt som kiselalgsgruppen för att utveckla bottenfauna metabarcodingmetoden Workshop 2018

edna metabarcoding av fisk Forskarna är överens om att fiskmetoden är Högeffektiv Referensbibliotek är nästan kompletta och korrekta Billigare och enklare än fiskprovtagningen idag Bättre resultat än dagens metoder Inga ingrepp i miljön, skonar organismer OBS: annan rumslig skala! Diatoms, Plancton water samples biofilm Invertebrates Bulk samples Mainly DNA from organisms Similar sampling scale than traditional methods vs Fish water samples degraded DNA Spatial integration Didier Pont, SpyGen, DNAqua-net presentation

Färsk från forskningsfronten: Vad kan vi göra potentiellt? Allt! Alla organismgrupper Abundans Många prover på stor skala Genetisk variation inom en art Funktionella gener

Twenty-five species of frogs in a liter of water: edna survey for exploring tropical frog diversity. Miklós Bálint

DNA-barcoding används redan Övervakning av växtpatogena svampar i skog- och åkermark Utvecklar och utvärdera metoder för provtagning och detektion av befintliga och främmande svamparter Använder metabarcoding för att identifiera svamparter från biologiska prov Bygger på lång erfarenhet av molekylär detektion och identifiering av svampar utvecklar metoder för barcoding & edna i sötvatten och hav (fisk, skaldjur, säl, mm) Alger (kiselalger och växtplankton) som miljöindikator i sötvatten Sveriges alla arter av ryggradsdjur har fått streckkoder Svenska artprojektets marina inventering resulterade i data för både morfologisk och barcoding identifiering 2015 testas möjligheten att övervaka chironomider

Vilka begränsningar finns det? Luckor och fel i referensbiblioteken Stort behov av forskning hur mikroorganismernas taxonomi är kopplat till ekologi, helt nya resultat kommer fram för många organismgrupper Många olika metoder med många steg som utvecklas parallellt i snabb takt Ingen golden standard - olika metoder fungerar olika bra i olika sammanhang och för olika mål Finansiering Ingen samordnad infrastruktur för streckkodning i Sverige i nuläget

Exempel av bioinformatikproblem med mikroorganismer: vilken art har vi?

Lösningar Streckkoda mera! Samarbeta mera mellan taxonomer, molekylär & morfologisk expertis, bioinformatiker samt användarna för att utveckla metoder Användarna: ställ krav på forskarna/utförarna!

BLASTN 2.2.30+Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, AlejandroA. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, anddavid J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a newgeneration of protein database search programs", NucleicAcids Res. 25:3389-3402.RID: 5WRR0WJ501RDatabase: Nucleotide collection (nt) 29,053,639 sequences; 82,763,006,317 total lettersquery= 2014-11-08 19:15:07.442Length=321 Score ESequences producing significant alignments: (Bits) Valuegb KF959647.1 Fragilaria rumpens isolate TCC666 ribulose-1,5... 549 9e-153gb KM084940.1 Luticola sparsipunctata strain D06_029 ribulos... 428 2e-116gb KF959648.1 Encyonema silesacum isolate TCC678 ribulose-1,... 428 2e-116gb KC736590.1 Amphora montana clone TCC477 ribulose-1,5-bisp... 428 2e- 116gb JN975266.1 Rhabdonema arcuatum strain ECT3898-Rhabdo ribu... 428 2e-116gb JN418674.1 Sellaphora blackfordensis strain (Bfp04)02 rib... 428 2e-116gb JN418664.1 Pinnularia cf. isselana strain Cal 878 TM ribu... 428 2e-116gb JN418638.1 Pinnularia cf. microstauron strain (B2)c ribul... 428 2e-116gb EF143321.1 Sellaphora pupula clone BLA15 ribulose-1,5-bis... 428 2e-116gb EF143313.1 Sellaphora laevissima clone THR3 ribulose-1,5-... 428 2e-116gb EF143309.1 Sellaphora laevissima clone THR4 ribulose-1,5-... 428 2e-116gb EF143308.1 Sellaphora pupula clone THR8 ribulose-1,5-bisp... 428 2e-116gb EF143307.1 Sellaphora laevissima clone THR5 ribulose-1,5-... 428 2e-116gb EF143294.1 Sellaphora pupula clone BLA14 ribulose-1,5-bis... 428 2e-116gb EF143293.1 Sellaphora laevissima clone THR6 ribulose-1,5-... 428 2e-116gb EF143271.1 Sellaphora pupula clone RBG1 ribulose-1,5-bisp... 428 2e-116gb AY571754.1 Encyonema cf. sinicum voucher E3457 ribulose-1... 428 2e-116gb AY356332.1 Uncultured marine eukaryote ribulose-1,5-bisph... 428 2e-116gb EF143318.1 Sellaphora pupula clone GER1 ribulose-1,5-bisp... 426 7e-116gb KM084984.1 Pinnularia sp. JZ-2014 strain Navi2 ribulose-1... 423 9e-115gb KM084955.1 Navicula radiosa strain D06_102 ribulose-1,5-b... 423 9e-115gb KC509519.1 Asterionella formosa chloroplast, complete genome 423 9e-115gb KC969796.1 Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P3B6 ribulose-... 423 9e-115gb KC969787.1 Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P4B4 ribulose-... 423 9e-115gb KC969786.1 Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P4A5 ribulose-... 423 9e-115gb KJ153398.1 Uncultured marine phototrophic eukaryote clone... 423 9e-115gb KJ153330.1 Uncultured marine phototrophiceukaryote clone... 423 9e-115gb KJ153075.1 Uncultured marine phototrophic eukaryote clone... 423 9e-115gb KC911813.1 Sellaphora pupula strain LE D35 ribulose-1,5-b... 423 9e-115gb KC911812.1 Sellaphorapupula strain LE J9 ribulose-1,5-bi... 423 9e- 115dbj AB430674.1 Diatoma moniliforme chloroplast rbcl gene for... 423 9e-115dbj AB430671.1 Asterionella formosa chloroplast rbcl gene fo... 423 9e-115gb JN418667.1 Pinnularia acuminata strain Pin 876 TM ribulos... 423 9e-115gb HQ912497.1 Asterionella formosa strain UTCC605 ribulose-1... 423 9e-115gb HQ912490.1 Lemnicola hungarica strain UTEX FD456 ribulose... 423 9e-115gb HQ912486.1 Diatomatenue strain UTCC62 ribulose-1,5-bisph... 423 9e-115gb HQ912457.1 Diatomatenue strain UTEX FD106 ribulose-1,5-b... 423 9e-115gb HQ912441.1 Urosolenia eriensis strain Y98-8 ribulose-1,5-... 423 9e-115gb FJ002103.1 Amphora coffeaeformisisolate C107 ribulose-1,... 423 9e-115gb KJ463458.1 Amphoracaribaea isolate 7320-AMPH086 ribulose... 421 3e-114gb KF536243.1 Uncultured phototrophic eukaryote clone Stn3_A... 421 3e- 114gb HQ656822.1 Rhizosolenia setigera culture-collection PCC:6... 421 3e-114gb FJ002102.1 Rhizosolenia cf. setigera isolate C65 ribulose... 421 3e-114gb KM084989.1 Pinnularia neomajor strain PinnB ribulose-1,5-... 419 1e-113gb KM084988.1 Pinnularia viridiformis strain Pinn2 ribulose-... 419 1e-113gb KM084987.1 Pinnularia neomajor strain Pinn1 ribulose-1,5-... 419 1e-113gb KM084981.1 Pinnularia viridiformis strain ElPin01 ribulos... 419 1e-113gb KC969791.1 Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P11D6 ribulose... 419 1e-113gb KC969784.1 Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P28C3 ribulose... 419 1e-113gb KJ463462.1 Amphora hyalina isolate 8571-AMPH136 ribulose-... 419 1e-113gb KJ153409.1 Uncultured marine phototrophic eukaryote clone... 419 1e-113gb KJ153401.1 Uncultured marine phototrophic eukaryote clone... 419 1e-113gb KF137466.1 Uncultured microorganism clone NA1R_21 ribulos... 419 1e-113gb KF136445.1 Uncultured microorganism clone N422R_36 ribulo... 419 1e-113gb JN418666.1 Pinnularianeglectiformisstrain Pin 706 F rib... 419 1e-113gb JN418662.1 Pinnulariaborealis strain Alka 1 ribulose-1,5... 419 1e- 113gb JN418660.1 Pinnularia sp. 10 CS-2011 ribulose-1,5-bisphos... 419 1e-113gb JN418655.1 Pinnularia neomajor strain Corsea 2 ribulose-1... 419 1e-113gb JN418645.1 Pinnularia borealis var. subislandica strain (... 419 1e-113gb JN418641.1 Pinnularia neomajor strain (Tor1)a ribulose-1,... 419 1e-113gb EF143314.1 Sellaphora pupula clone US1 ribulose-1,5-bisph... 419 1e-113ALIGNMENTS>gb KF959647.1 Fragilaria rumpens isolate TCC666 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1401 Score = 549 bits (608), Expect = 9e-153 Identities = 309/312 (99%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 633 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 692Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 693 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 752Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 753 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 812Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 813 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCAAAAAAATCACGGTATCAACTTCCGTGT 872Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 873 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTAGG 932Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 933 TAAATTAGAAGG 944>gb KM084940.1 Luticola sparsipunctata strain D06_029 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=980 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 651 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTAAACATCACTGCAGGTACTATGGAAGAAGTTTACAA 710Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 711 ACGTGCACAATACGCTAAATCAGTAGGTTCTGTTATCGTTATGATCGATTTAGTTATGGG 770Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 771 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCAATCTGGGCTCGTGAAAACGATATGATTTTACACTT 830Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 831 ACACCGTGCAGGTAACTCAACATACGCTCGTCAAAAAAATCATGGTATTAACTTCCGTGT 890Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 891 TATTTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGACCACATTCACGCTGGTACAGTAGTTGG 950Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 951 TAAATTAGAAGG 962>gb KF959648.1 Encyonema silesacum isolate TCC678 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1401 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 633 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTAAACATCACTGCTGGTACAATGGAAGAAGTTTACAA 692Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 693 ACGTGCTGAGTACGGTAAAGCTGTAGGTTCTGTAGTTGTAATGATCGATTTAGTTATGGG 752Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 753 TTACACAGCGATTCAAAGTGCTGCAATCTGGTCTCGTGAAAACGATATGGTTTTACATTT 812Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 813 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTATGCACGTCAAAAAAATCATGGTATTAACTTCCGTGT 872Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 873 AATCTGTAAATGGATGCGTATGGCTGGTGTAGATCATATTCACGCAGGTACTGTTGTTGG 932Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 933 TAAATTAGAAGG 944>gb KC736590.1 Amphora montana clone TCC477 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1497 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 672 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACTGGTGGTACAATGGAAGAAGTTTACAA 731Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 732 ACGTGCTGAGTACGCAAAAGCAGTAGGTTCTGTAATTGTAATGATCGATTTAGTTATGGG 791Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT Tack! 189 Sbjct 792 TTACACAGCAATTCAAAGTATTGCTCTTTGGGCTCGTGAAAACGATATGTTATTACACTT 851Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 852 ACACCGTGCAGGTAACTCTACATACGCTCGTCAAAAAAATCACGGTATTAACTTCCGTGT 911Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 912 TATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCACATCCACGCTGGTACAGTTGTAGG 971Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 972 TAAATTAGAAGG 983>gb JN975266.1 Rhabdonema arcuatum strain ECT3898-Rhabdo ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1349 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 672 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACAGCTGCAACTATGGAAGAAGTTTACAA 731Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 732 ACGTGGTATCTATGCTAAAGAAGTAGGTTCTGTCATCGTAATGATCGATTTAGTTATGGG 791Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 792 TTATACAGCAATCCAAAGTGCTGCTATTTGGGCTCGTGAAAATGATTTAGTTTTACACTT 851Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 852 ACACCGTGCAGGTAACTCAACATATGCTCGTCAAAAAAATCATGGTATTAATTTCCGTGT 911Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 912 AATTTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCATATCCACGCTGGTACAGTTGTAGG 971Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 972 TAAATTAGAAGG 983>gb JN418674.1 Sellaphora blackfordensisstrain (Bfp04)02 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1386 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 633 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACTGCTGGTACTATGGAAGAAGTTTACAA 692Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 693 ACGTGCAGAATACGGTAAAGCAGTTGGTTCTGTAATCGTTATGATCGACTTAGTTATGGG 752Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 753 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCAATCTGGGCTCGTGAAAATGACATGCTTTTACATTT 812Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 813 ACACCGTGCAGGTAACTCTACTTACGCTCGTCAAAAGAATCATGGTATTAACTTCCGTGT 872Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 873 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCATATCCACGCTGGTACAGTTGTTGG 932Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 933 TAAATTAGAAGG 944>gb JN418664.1 Pinnularia cf. isselana strain Cal 878 TM ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1386 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 633 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTAAACATCACTGCTGCTACAATGGAAGAAGTTTACGC 692Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 693 ACGTGCAGACTATGCTAAATCAGTAGGTTCTATAATTGTTATGATCGATTTAGTTATGGG 752Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 753 TTATACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATTTGGGCTCGTAACAACGATTGTATTTTACACTT 812Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 813 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCAAAAGAATCACGGTATTAACTTCCGTGT 872Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 873 TATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCACATCCACGCTGGTACAGTTGTTGG 932Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 933 TAAATTAGAAGG 944>gb JN418638.1 Pinnularia cf. microstauron strain (B2)c ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1386 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 633 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTAAACATCACTGCTGGTACAATGGAAGAAGTGTACAA 692Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 693 ACGTGCAGAATATGCTAAAGCAGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTATGGG 752Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 753 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGTCTCGTAACAACGATATGATCTTACACTT 812Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 813 ACACCGTGCGGGTAACTCAACTTACGCTCGTCAAAAAAACCATGGTATTAACTTCCGTGT 872Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 873 TATTTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCATATCCACGCTGGTACAGTTGTTGG 932Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 933 TAAATTAGAAGG 944>gb EF143321.1 Sellaphora pupula clone BLA15 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1183 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 584 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACTGCTGGTACTATGGAAGAAGTTTACAA 643Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 644 ACGTGCAGAATACGGTAAAGCAGTTGGTTCTGTAATCGTTATGATCGACTTAGTTATGGG 703Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 704 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCAATCTGGGCTCGTGAAAATGACATGCTTTTACATTT 763Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 764 ACACCGTGCAGGTAACTCTACTTACGCTCGTCAAAAGAATCATGGTATTAACTTCCGTGT 823Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 824 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCATATCCACGCTGGTACAGTTGTTGG 883Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 884 TAAATTAGAAGG 895>gb EF143313.1 Sellaphora laevissima clone THR3 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1369 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 634 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACTGCTGCTACTATGGAAGAAGTTTACAA 693Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 694 ACGTGCAAACTACGCTAAAGCTGTTGGTTCTATAGTCGTTATGATCGACTTAGTTATGGG 753Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 754 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAATGACATGCTTTTACATTT 813Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 814 ACACCGTGCAGGTAACTCTACTTACGCTCGTCAAAAAAACCATGGTATTAACTTCCGTGT 873Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 874 TATTTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCACATCCACGCTGGTACAGTTGTTGG 933Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 934 TAAATTAGAAGG 945>gb EF143309.1 Sellaphora laevissima clone THR4 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1321 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 638 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACTGCTGCTACTATGGAAGAAGTTTACAA 697Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 698 ACGTGCAAACTACGCTAAAGCTGTTGGTTCTATAGTCGTTATGATCGACTTAGTTATGGG 757Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 758 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAATGACATGCTTTTACATTT 817Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 818 ACACCGTGCAGGTAACTCTACTTACGCTCGTCAAAAAAACCATGGTATTAACTTCCGTGT 877Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 878 TATTTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCACATCCACGCTGGTACAGTTGTTGG 937Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 938 TAAATTAGAAGG 949>gb EF143308.1 Sellaphora pupula clone THR8 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1346 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 639 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACTGCTGCTACTATGGAAGAAGTTTACAA 698Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 699

Av Ronald Slabke - Eget arbete, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=5703078 Bild: M.Kahlert

EDNA Svenska investeringar i forskningsinfrastruktur behöver samordnas för att uppnå effektivitet i styrning och nyttjande. (The Swedish Research Council s Guide to Infrastructures 2012, Vetenskapsrådets rapportserie 3:2012) forskningsinfrastruktur måste samordnas med miljöövervakningsinfrastruktur EDNAs vision: Samarbete mellan miljöövervakning och forskning gynnar framtagande och användande av kvalitetssäkrade DNA-metoder för miljöövervakning och miljöanalys. http://swebol.org/e-dna-imiljoovervakning/natverk-edna/

Tack till alla som har bidragit! Bild: Luc Ector