Appendix 1 - Vad som ska ingå i de olika delmålen Delmål 1 ligger under v3 för kamratgranskning (17/11) och slutlig inlämning v4 (24/11). Det är lämpligt om innehållet i vecka 1 och 2 är skrivet till vecka 3. Bakgrunden bör ha påbörjats, kortfattat hur har du tänkt dig i skapandet av mikroben? Detta kommer med stor sannolikhet att revideras under arbetets gång. Din struktur ska vara bestämd liksom infektionsrutt och hur den ska komma förbi immunförsvarets första barriär. Tank på att genomgående fundera på fördelar och nackdelar av de olika egenskaper du välja till din patogen. Vad är det som kännetecknar en effektiv patogen? Innehållsmässigt ska samtliga delar av tabell 1 finnas med i texten. Storleksmässigt bör arbetet vid delmål 1 uppnått kring 800-1000 ord + referenser. Tabell 1. Punkter som ska inkluderas i ditt examensarbete till delmål 1. Bakgrund och syfte. Hur har du tänkt när du skapat din mikrob? Vilket var ditt syfte. Tänk på att hålla det kortfattat (<150 ord). Beskriv metoderna du använt för att kunna finna svar på dina frågeställningar. T ex vilka sökord och databaser har du använt? Se instruktioner för eget arbete för exempel. Detta kommer sannolikt att revideras genom delmålen. PUNKTER FÖR INNEHÅLL I DELMÅL 1 FÖLJER NEDAN. Vilken typ av genom. (Virusgenom? Bakterier, finns det något extra kromosomalt eller mobila genetiska element) Vilka strukturer bygger upp mikroben. Varför har du valt dessa? Vilken vävnad infekteras? Vilken spridningsväg använder mikroben? Var finns mikroben när den inte infekterar (utanför kroppen eller i andra delar av kroppen?) Hur kan din mikrob förflytta sig? Beskriv några proteiner/enzymer som din patogen är utrustad med för att orsaka infektionen. Hur tar sig mikroben igenom första barriären? Kommer värden att känna igen mikroben och starta en akutfasrespons? Hur sker detta? Vilka konsekvenser kommer det att ha för mikroben och värden? Fördelar och nackdelar vägs mot varandra. Kommer de första stegen i det medfödda immunförsvaret hämmas och i så fall hur? Är det viktigt att hämma här eller kan det till och med vara gynnsamt för din patogena mikrob att initiera medfödda immunförsvaret. Har du figurer eller tabeller med? Se till att du skapat dem själv och att de Referenser. Ange löpande referenser i texten och använd EndNote. Några referenser bör hamna i texten men det är formatet snarare än antalet som ni ska känna på till första delmålet. Till nästa delmål ska det finnas betydligt fler. Arbetets omfattning bör ligga runt 800-1000 ord + referenser. Det ska vara snyggt strukturerat och lättläst. Använd rättstavningskontroll. Deadline! Kom arbetet in i LUVIT i tid? Gäller både inför kamratgranskning och för examinator. på delmål 1 innan du lämnar in det till examinatorn den 24/11.
Delmål 2 ligger under vecka 6 för kamratgranskning (8/12) och slutlig inlämning v7 (15/12). Det är lämpligt om innehållet i vecka 3-5 är skrivet till vecka 6. Du bygger vidare texten från delmål 1. Din mikrob avancerar i sin utveckling och du ska börja fundera över hur den ska kunna undvika barriär 2 och 3. Om man tycker sig kunna motivera hur vissa av kursmålen blivit uppnådda är det bra om man kan skriva lite om detta i delmål 2. Storleksmässigt ligger det sannolikt på 3500 4000 ord + referenser nu (du har ju redan skrivit ca 1000 ord till delmål 1 sedan tidigare). Tabell 2. Punkter förutom tidigare innehåll som ska inkluderas i ditt examensarbete till delmål 2. Bakgrund och syfte. Har du något att tillägga eller revidera från delmål 1? Tänk på att hålla det kortfattat och samtidigt konkret. Har metoderna utvecklats sedan delmål 1? Har du fått använda nya sökord eller på annat sätt reviderat dina metoder eller källor? PUNKTER FÖR INNEHÅLL I DELMÅL 2 FÖLJER NEDAN. ALLA PUNKTER FRÅN DELMÅL FINNS KVAR MEN KAN REVIDERAS OM NÖDVÄNDIGT. Hur ska mikroben kolonisera i vävnaden? Behöver mikroben binda in eller till och invadera celler och/eller vävnad? Ska den stanna där eller ska den sprida sig? Fördelar och nackdelar vägs mot varandra. Kommer feber att induceras och vilken effekt har detta för mikrobens överlevnad? Motivera ditt resonemang. Kan mikroben undvika det medfödda immunförsvarets effektor- mekanismer? Vilka virulensfaktorer ska då mikroben uttrycka? Kan mikroben förändra sig? Finns det specifika konserverade sekvenser som mikroben måste behålla? Varför är detta kritiskt? Fördelar och nackdelar. Hur ska mikroben undvika antikroppsförsvar? Är den speciellt känslig för vissa antikroppsklasser, varför i så fall? Hur kan den undvika just dessa? När och hur kommer det adaptiva immunförsvaret att angripa mikroben? Hur kan mikroben göra för att undvika det adaptiva så länge som möjligt eller undkomma det helt? Vilka immunceller utgör det största hotet för mikroben och varför är det just dessa? Beskriv effekterna hos dessa immunceller på just din mikrob. Kommer det att uppstå ett immunologiskt minne? Behöver mikroben undvika minnet? Vad krävs för att mikroben ska kunna undvika detta om ens möjligt? Hur sker antigenpresentation för din mikrob? Kan mikroben påverka antigen presentation? Behöver den påverka antigenvariation? Vilka mekanismer kommer din mikrob att slå mot i så fall? Kan mikroben kommunicera med andra mikrober och till och med byta genetiskt material med andra mikrober? Varför eller varför inte? Motivera! Kan mikroben ligga latent i vävnaden? Vad tjänar den på detta? Om inte varför behöver den inte infektera latent? Motivera! Har du figurer eller tabeller med? Se till att du skapat dem själv och att de
Du bör ha kommit upp i åtminstone 15-20 referenser vid detta tillfälle. De ska vara relevanta till ditt arbete och du bör också ha värderat och motiverat minst 7-8 referenser. Det är viktigt att de kommer i rätt ordning och är i rätt format. Om du använt EndNote är det inga problem då sköts detta per automatik. Referenserna ska ske löpande i texten så använd inte långa texter med vetenskapligt innehåll utan att de har stöd i vetenskaplig litteratur. Du bör ha kommit igång och reflekterat över kopplingen till kursmålen och hur du uppnått kursmål 1,2,3,4 och 5 vid detta tillfälle. Några av dem ska du ha hittat en stark motivering till hur du uppnått. Kursmålen finns både i schemat och i kursplanen. Ex. Jag har uppnått kursmål 1 eftersom jag på sidan 4,5 och 7 beskriver hur Arbetet bör nu omfatta 3500 till 4000 ord + referenslista och försättsblad. Snygg struktur och god läsbarhet förutses. Använd för allt i världen rättstavningskontroll. Det blir bara irriterande för din kamratgranskare om det finns en rad stavfel i arbetet. Har deadline följts? Gäller både inför kamratgranskning och inlämning till examinator. på delmål 2 innan du lämnar in det till examinatorn den 15/12.
Den slutliga examinationsuppgiften lämnas in senast den 3/1 för kamratgranskning och senast den 9/1 till magnus.hillman.lu@urkund.se Inför sista inlämningen ska du bygga vidare på det som du redan skrivit med hänsyn till den feedback du fått från kamratgranskare och examinator. Storleksmässigt bör arbetet nu ha kommit upp i storleksordningen 5000-6000 ord + referenser och försättsblad. Innan inlämning kontrollera noggrant att du följt instruktioner och bedömningsmatris. Inlämning måste ske senast 23.59 den 9/1 till urkund. Därefter accepterar inte urkund inlämningen och du får ett meddelande i retur. Tabell 3. Punkter förutom tidigare innehåll som ska finns med till slutlig inlämning av examensarbetet. Finns det ett komplett Abstract på max 150 ord som översiktligt men konkret beskriver hur din skapade mikrob fungerar? Bakgrund och syfte. Har du något att tillägga eller revidera från de delmål 2? Tänk på att hålla det kortfattat (<150 ord) och samtidigt konkret. Vilka tankar har du brottats med under skapandet av din mikrob? Metoderna ska nu vara kompletta. De metoder och källor du använt ska vara väl lämpade och ska ha hjälpt dig att lösa uppgiften. PUNKTER FÖR VAD DU SKA HA ADDERAT SEDAN DELMÅL 2 FÖLJER NEDAN. DET DU SKREV FÖR ÖVRIGA DELMÅL SKA FORTFARANDE FINNAS KVAR MEN KAN FORTFARANDE REVIDERAS. Kan din skapade mikrob bidra till någon överkänslighetsreaktion? Vilken typ i så fall och hur går det till? Kan den motverka överkänslighet? Motivera. Vilka förutsättningar förutom din skapade mikrob måste man ta hänsyn till om detta ska ske? Hur skulle du som forskare rekommendera att din patogen bekämpas? Hur ska man gå tillväga när den väl fått fäste och skapat epidemier eller pandemier? Hur skulle du presenta din mikrob i media (press release). Hur tror du att en journalist eller reporter skulle rapportera din mikrob? Var sker de vanligaste missuppfattningarna här och varför? Begränsa detta avsnitt till max 600 ord. Om du skapat en bakterie, reflektera kortfattat över hur den skulle kunna samspela med eller motverkas av ett virus. Om du skapat ett virus, reflektera kortfattat över hur den skulle kunna samspela med eller motverkas av en bakterie. Du bör nu ha figurer eller tabeller med? Se till att du skapat dem själv och att de Du ska ha kommit upp i ett minimum av 25 referenser. De ska vara relevanta till ditt arbete och du ska också ha värderat och motiverat minst 10 referenser. Det är viktigt att de kommer i rätt ordning och är i rätt format. Om du använt EndNote är det inga problem då sköts detta per automatik. Referenserna ska ske löpande i texten så använd inte långa texter med vetenskapligt innehåll utan att de har stöd i vetenskaplig litteratur. Du ska ha reflekterat över kopplingen till kursmålen och hur du uppnått kursmål 1,2,3,4,5,6 och 9 vid detta tillfälle. Du ha hittat en stark motivering till hur du uppnått samtliga av dessa. Kursmål 7 och 8 tentas av i och med det skrivna arbetet och presentationen. Kursmålen finns både i schemat och i kursplanen. Ex. Jag har uppnått kursmål 1 eftersom jag på sidan 4,5 och 7 beskriver hur Arbetet ska nu omfatta runt 5000 till 6000 ord + referenslista (4500 till 7000 är acceptabelt) och försättsblad. Snygg struktur och god läsbarhet förutses. Använd rättstavningskontroll. Ni ska känna en stolthet över detta arbete och ni
vill att det ska hålla så hög kvalitet som möjligt. på ditt arbete. Det är också viktigt att du gjort ett bra jobb som kamratgranskare eftersom även detta kommer att bedömas av examinator. Men dessa dokument kommer att laddas ner på LUVIT av examinator och behöver inte skickas via urkund. Har deadline följts? Om det inte skickas till urkund senast 23:59 den 9/1 så returneras arbetet och klassas som underkänd vid första tentamenstillfället. Då måste arbetet skickas igen vid ett annat tillfälle.