ANVÄNDARHANDLEDNING v1.0 Electronisk Lektion och Övning INNEHÅLL: Introduktion (kort introduktion och information) sida 2 e-lektion (skärmkopia) sida 3 e-övning Hjälp (skärmkopia) sida 16 Läs mig (installation och körning) sida 21
Sida 2
Sida 3
Sida 4
Sida 5
Sida 6
Sida 7
Sida 8
Sida 9
Sida 10
Sida 11
Sida 12
Sida 13
Sida 14
Sida 15
Sida 16
Sida 17
Sida 18
Sida 19
Sida 20
1. INSTALLATION 1.1 MS-Windows standardinstallation: SpectrJ_setup.exe Denna setup inkluderar ImageJ 1.36, Java JRE 1.5.0_06. Genom att köra filen SpectrJ_setup.exe (ca 40MB) installeras SpectrJ automatiskt och genvägen SpectrJ skapas på skrivbordet. Denna setup inkluderar ImageJ version 1.36b som är ett offentligt bildbehandlingsprogram i Java skrivet av Wayne Rasband vid National Institute of Mental Health (se http://rsb.info.nih.gov/ij) Vid avinstallering av SpectrJ avinstalleras även ImageJ. 1.2 MS-Windows plugin-installation: SpectrJplugin_setup.exe Endast SpectrJ plugin och SpectrJ.exe ingår. SpectrJplugin_setup.exe (~20MB) är en körbar setup-fil. Om du redan har installerat ImageJ (version 1.34 eller enligt ovan) kommer endast plugin-biblioteket SpectrJ och SpectrJ.exe att installeras. Du kan skapa en genväg till skrivbordet. Avinstallering av SpectrJ påverkar inte ImageJ. 1.3 LINUX/UNIX plugin-installation: SpectrJ.tar.gz Denna setup innehåller endast SpectrJ plugin. Du skall således redan ha en lyckad installation av ImageJ (version 1.34 eller enligt ovan), (se http://rsb,info.nih.gov/ij). Öppna SpectrJ.tar.gz under ImageJ:s plugin-bibliotek. Detta skapar ett underbibliotek i SpectrJ med plugin. Du kan sedan köra SpectrJ som plugin från ImageJ Plugin-menyn. 2. KÖRNING 2.1 MS-Windows SpectrJ Du kan starta SpectrJ genom att dubbelklicka på den ikon som skapats på skärmen efter lyckad installation. Temporärt visar sig verktygsraden i ImageJ för att omedelbart ersättas av SpectrJ:s huvudmeny. Här finns tillgång till olika funktioner hos SpectrJ (Introduktion, e-lektion, Hjälp, e-övning, Om, Språk och Avsluta). Genom att avsluta SpectrJ stängs huvudmenyn. ImageJ visas temporärt och avslutas automatiskt (du har själv ingen åtkomst till ImageJ). Vad som här beskrivits gäller oberoende av installationsmetod i MS-Windows. 2.2 MS-Windows ImageJ/SpectrJ plugin Du kan även köra SpectrJ från ImageJ. Starta programmet ImageJ genom att dubbelklicka på dess ikon. Klicka på Plugin i ImageJ-menyn. Gå till SpectrJ i listan. Verktygsraden i ImageJ försvinner och som ovan visar sig huvudmenyn i SpectrJ. Om SpectrJ avslutas här kommer endast menyn att stängas och ImageJ blir möjlig att använda. Körningen är oberoende av installationsmetod i MS-Windows. 2.3 Linux/UNIX ImageJ/SpectrJ plugin Gör på precis samma sätt som då det gällde MS-Windows plugin. Med denna installationsmetod finns inte någon speciell körrutin. 2.4 SpectrJ förnyad körning Om du genomfört (helt eller delvis) en uppgift i e-övning och sedan avslutat kommer redan färdigbehandlade steg automatiskt att visas om uppgiften behandlas på nytt. Detta gäller om du anger samma arbetskod som tidigare (se avsnitt 4 nedan). Sida 21
3. PARAMETRAR (valfria, påverkar endast e-övning) Det finns fyra valfria parametrar som påverkar körningen av e-övning. De är avsedda att snabba på övningen om detta anses nödvändigt. Parametrarna finns i filen egenskaper under SpectrJ i underbiblioteket plugins\spectrj (en editerbar textfil). Där finns kommentarrader (raden börjar med #) och parameterrader (namn = värde). Ändra inte parametrarna i spjtitle och spjversion. De övriga fyra parametrarna används vid körning av e-övning och påverkar endast det sätt på vilket knappen SLUTFÖR är tillgänglig vid ett automatiskt slutförande av en speciell uppgift. (Beträffande Upptäckt, Extraktion och Klassificering se Hjälp). Vid en automatisk behandling av en speciell uppgift slås SLUTFÖR- knappen till utan användarens medverkan. Endast uppgiftens olika steg visas. Minsta antalet uppgifter = 4 Efter att ha slutfört (100%) detta minsta antal uppgifter av ett visst slag är det alltid möjligt att använda SLUTFÖR- knappen (t.ex. efter att ha slutfört UPPTÄCK i AF, AS, BF och BS kan SLUTFÖR användas för upptäckt i återstående CF- och CS- fält/ram) oberoende av parametrarna nedan. Minsta antal objekt upptäckta = 5 Efter upptäckt av detta minsta antal objekt kan SLUTFÖR- knappen användas. Minsta antal spektra extraherade = 3 Efter att ha extraherat detta minsta antal spektra kan SLUTFÖR- knappen användas. Minsta antal spektra klassificerade = 6 Efter att ha klassificerat detta minsta antal spektra kan SLUTFÖR- knappen användas. 4. ANVÄNDARENS ARBETSBIBLIOTEK När e-övningen körs skapas ett arbetsbibliotek, ett underbibliotek till användarens bibliotek (t.ex. C:\Documents and Settings\username i MS Windows XP Pro). Arbetsbibliotekets namn bestäms i början av e-övning då du uppmanas att ange ett Arbetsnamn. Detta underbibliotek tas aldrig bort av SpectrJ. Det innehåller användarens aktuella status och används för att lagra redan genomförda uppgifter om man tillfälligt avslutar för att sedan återvända till SpectrJ igen. Arbetsbiblioteket kan lätt tas bort efter att användaren avslutat övningen. Därför skall olika användare, om de arbetar under samma användarnamn på samma dator, använda olika arbetsnamn (se e-övning Hjälp). 5. RESULTAT Det slutliga resultatet av denna övning efter att alla uppgifter slutförts är alltid det samma. Detta beror på att användaren inte tillåts att felidentifiera eller hoppa över några spektra under UPPTÄCK-fasen eller felaktigt klassificera spektra. Den slutliga statistiken varifrån resultatet kommer är alltid densamma. Sida 22