Gene expression from a cold-treated Swedish isolate of Haemonchus contortus Daniel Martinsson
|
|
- Marianne Ivarsson
- för 5 år sedan
- Visningar:
Transkript
1 Biomedicinska analytikerprogrammet vårtermin -09 Gene expression from a cold-treated Swedish isolate of Haemonchus contortus Daniel Martinsson Handledare: Johan Höglund, Sveriges Lantbruksuniversitet Annie Engström, Sveriges Lantbruksuniversitet Karin Troell, Uppsala universitet
2 ABSTRACT Totally 84 differentially expressed mrna clones from infective L3 larvae of the parasite Haemonchus contortus, a blood sucking nematode, were analyzed with single strand hybridization assay (SSH). Altogether 79 clones were sequenced, edited, and compared with proteins found via BLAST in GeneBank. The aim was to investigate gene expression and potential protein expression following storage at 5 C for 32 weeks. mrna was extracted from fresh and stored L3. The SSH derived products were cloned into E. coli, purified and sequenced with Big Dye Terminator v3.1, and then compared with uploaded sequences in GeneBank. BLAST showed 59 (70 %) reliable protein results, where 39 (66 %) were of nematode origin.. Three sequences (4 %) were recognized as H. contortus-related metabolic proteins. Further research is necessary to elucidate the role of these proteins in relation to storage. Many of the sequences (36 %) are also present in other nematodes, such as Caenorhabditis briggsae and C. elegans, where whole-genome projects have been conducted. Bigger and more accurate databases need to be developed. Maybe the most significant future project is to sequence the whole genome of H. contortus. Keywords: Single Strand Hybridization, BigDye Terminator, protein-blast, Nematode, Sheep
3 INLEDNING Haemochus contortus, eller fårets stora löpmagsmask, har länge setts som en tropisk parasit hos får och getter och masken trivs framför allt i tropiska områden. Parasiten finns dock även i tempererade områden och på senare år har man sett en ökning även i Sverige (Troell et al. 2006). Parasiten är en nematod som orsakar anemi som leder till alltifrån viktproblem till dödsfall, framförallt hos ungdjur med ett mindre utvecklat immunförsvar. Min uppgift var att avsluta ett arbete som påbörjades av Karin Troell, inom hennes doktorandstudier vid SWEPAR, Sveriges Lantbruksuniversitet (SLU), Uppsala. Ett av dessa avslutas genom att studera H. contortus genuttryck, och potentiella proteinuttryck, vid kyla, en liten fråga i en stor fråga om parasiten kan köldanpassa sig och ha förmåga att övervintra på kyligare breddgrader som larv? H. contortus är en blodsugare som skär upp ett snitt i de ytliga blodkärlen i löpmagsslemhinnan. Masken blir i sitt könsmogna stadium ~2-3 cm lång och då värddjuret är kraftigt infekterat leder detta till anemi, med viktnedgång och utvecklingsstörningar som följder (Troell, K 2006). En vuxen parasit bidrar med en blodförlust på cirka 0,05 ml/dag (Jambre 1994). Ett djur som är infekterat med 5000 maskar tappar alltså i medel runt 250 ml blod om dagen till följd av infektionen. Vid obduktion är det relativt enkelt att se de vuxna maskarna men diagnosen ställs oftast utifrån kliniska symptom och påvisande av ägg i faeces. För oss människor leder angreppen till ekonomiska problem eftersom djuret kan stanna i växt och utveckling (Hunt et al. 2007). - Figur 1. H. contortus livscykel frånägg i faces, infekterbara stadiet L3 och könsmogna L5-stadie. Figur från SVA H. contortus har en direkt livscykel där värddjuret infekteras på betet. Den behöver alltså inte någon mellanvärd, som många andra parasiter, för att utvecklas, utan kan direkt infektera värddjuret. På betesmarkerna kan maskäggen utvecklas till tredje larvstadiet (L3) på 10 dagar, som är det utvecklingsstadium hos H. contortus som infekterar fåren. Djuren blir infekterade med L3 som följer med gräset ned till löpmagen där den utvecklas vidare via L4-stadiet till L5 som är det vuxna könsmogna stadiet hos parasiten. Tiden för denna utveckling är runt 2-3 veckor (Thamsborg, Söland & Vigh- Larsen (2001); Urquhart et al. (1996)). En fertil hona kan utskilja ~7000 ägg/dag(coyne MJ et al 1991; Coyne & Smith (1992) som följer med djurets faeces som når betet där livscykeln kan börja om på nytt.
4 Fårets stora löpmagsmask har en optimal utveckling på betesmarken vid 28 C och >70 % luftfuktighet (Rossanigo & Gruner 1995). I Sverige är klimatet kallare, men det har visat sig att temperaturen måste sjunka under 9 C för att den externa utvecklingen hos äggen till infektiva L3 ska avstanna (Troell et al 2006)). Figur 2. Huvud H. contortus L4 hane 20x. Nematoder Figur 3. Svans H. contortus L4 hane i 20x förstoring skiljer sig från varandra tydligast i huvudpartiet, Figur från SVA svansen och könsorgan. Figur från SVA Karin Troell har, som tidigare nämnts, utfört en studie i hur genuttrycket hos H. contortus påverkas av långtidsförvaring i kyla, ett arbete jag nu har avslutat. Parasitisolatet som använts i försöket isolerades år 2000 från får vid en gård i Noraström i Medelpad (Troell, K. 2006). Parasiterna har sedan dess fram till 2005 årligen passerats genom att inokulera nyligen avvanda parasitfria lamm med L3 i oral suspension. Ursprungligen isolerades parasiten genom att plantera vuxna maskar direkt i löpmagen hos får vid kirurgiska ingrepp, under narkos. Ägg i faeces samlades sedan dagligen under flera veckor och inkuberades vid rumstemperatur under 10 dagar för att larverna skulle nå L3-stadiet. L3 förvarades slutligen i kranvatten med Fungizon ( 0,25 mg l -1 PBS, ph 7,5 ) i cellodlingsflaskor och användes sedan till att infektera nya lamm. I detta försök, innan jag tog vid, odlades larverna i faeces 10 dagar till L3 och delades upp i 2 grupper, varav en grupp utsattes för kyla, 5 C i 32 veckor, medan den andra frystes ned. Målet var att se skillnad i genuttryck hos larver som frysts ned utan köldinkubation mot larver som långtidsförvarats i 5 C. Från L3 extraherades mrna framför allt med QuickPrep micro mrna Purification kit för att tekniskt sedan översättas till cdna vid SSH-PCR. För att ta reda på om de köldförvarade L3 hade ett unikt genuttryck användes supression subtractive hybridization (SSH) PCR. Detta är en teknologi som möjliggör PCR-baserad amplifiering av unik cdna. Tekniken bygger på att man sorterar bort allt cdna som bildas när man hybridiserar enkelsträngat mrna från de båda grupperna. Detta leder till att det cdna som förekommer i samma koncentration hos de båda grupperna elimineras. I detta fall gav det cdna som var unikt och/eller som uttrycktes i olika hög grad hos larverna i det köldinkuberade provet. De unika cdna sekvenserna klonades sedan in i E. coli tillsammans med en ampicillin-resistent gen för möjliggöra selektiv odling av bakterier med ett insert av det unika parasit-cdnat. När jag tog vid fanns bakterierna förvarade i glycerol i -80 C.
5 E. coli med inklonade parasit-dnafragment odlades på agarplattor. Efter odlingen utfördes en koloni- PCR, vilket gav svar på om kloningen hade lyckats och som även visade att bakterierna inte hade fryst sönder under förvaringen i glycerol vid -80 C. I de fall koloni-pcren lyckades odlades bakterierna i LB-agarmedium varefter plasmiderna preparerades med ett E-colikit(Plasmid DNA Purification User manual Nucleospin Plasmid, MACHEREY-NAGEL). I de fall koloni PCRen lyckades, odlades bakterierna, varefter det unika cdna-insertet från parasiten sekvenserades med APPLIED BIOSYSTEMS Big Dye Terminator (BDT) v3.1 och de erhållna sekvenserna jämfördes med träffar i Gene Bank. I mitt projekt var syftet att identifiera unika genuttryck efter en inkubationstid för larverna på 32 veckor i 5 C. MATERIAL & METOD Analyserade prov Infektiva larver (L3) av H. contortus, ursprungligen från får på en gård i Noraström, Medelpad, analyserades. Det material som jämfördes var dels mrna från ett kontrollprov L3, dels från ett prov som inkuberats i 5 C under 32 veckor. mrna från parasiterna hade extraherats med QuickPrep micro mrna Purification kit. För att isolera unika mrna-fragment som uttrycks hos långtidsförvarade parasiter, hade Karin Troell utfört SSH-PCR och klonat in de presenterade sekvenserna i E. coli som, när jag tog vid, fanns förvarade som glycerolstockar i -80 C. Odling på platta För att öka bakterieantalet och ta fram en klon, odlades bakterierna från 84 glycerolstockar på Laura Bertani (Lb)-agarplattor med Ampicillin (50 mg/ml) tillsatt. Plattorna inkuberades över natt i 37 C. Koloni-PCR PCR Från de inkuberade plattorna togs en koloni/prov till 25 µl Super-Q H 2 O och kokades i 5 min. Därefter centrifugerades proverna vid g i 30 sek. Sedan togs 1 µl prov som tillsattes till 49,0 µl PCR-mix, i PCRrör, innehållandes 40,8 µl Super-Q H 2 O, 1,5 mm ABI 10x PCR Buffer ( MgCl 2 ), 0,2 µm TR1, 0,2 µm TR2 (Tabell 1), 0,2 mmol dntp och 1 unit ABI AmpliTaq DNA Polymerase. Proven amplifierades på MJ-Research PTC-200 i 30 cykler med 96 C i 15 sek denaturering, 68 C i 20 sek annealing och 72 C i 60 sek elongering. Till negativ kontroll togs 1 µl Super-Q H 2 O till 49 µl PCR-mix.
6 Analys av koloni-pcr på agarosgel Produkterna från koloni-pcren kördes ~40 min, på en 1,5 % agarosgel innehållande ethidium bromid (~0,8 µg/ml) i 1x TAE-buffer och till samtliga prover tillsattes även Gel Loading Solution (GLS)(0,2 µl/µl prov). Banden visualiserades med UV-ljus och fotograferades med Kodak Digital Science Electrophoresis Documentation and Analysis System 120. Tabell 1. Primers som användes under projektet. Primernamn Primersekvens Nested primer 1 (TR1) 5 - CTA ATA CGA CTC ACT CAC TAT AGG GC - 3 Nested primer R2 (TR2) 5 AGC GTG GTC GCG GCC GAG GT 3 M13F 5 GTA AAA CGA CGG CCA GT 3 M13R 5 GGA AAC AGC TAT GAC CAT G - 3 Plasmid-preparation och koncentrationsmätning En koloni från agarplattan sattes även till en 50 ml E-kolv innehållande 5,0 ml LB-medium och Ampicillin (50 mg/ml) som inkuberades på skak över natt (~16 h) i 37 C. Proverna från övernattskulturen pipetterades därefter stegvis (1,0 ml åt gången) till eppendorfrör och centrifugerades vid g, 30 s. Supernantanten hälldes av, varefter ytterligare 1,0 ml överfördes. Steget upprepades till dess att all övernattskultur hade förts över till eppendorfrören. Därefter följde plasmidpreparation enligt MACHEREY-NAGEL Plasmid DNA Purification User manual Nucleospin Plasmid kap. 6. Efter preparationen mättes koncentrationen av plasmiddna i proverna med TECHTUMLAB Picodrop med programmet ALPHA INNOTEC Alpha Spec Picodrop där 3,0 µl prov analyserades i en spektrofotometer och koncentrationen dsdna uttrycks som kvoten 260/280 nm. DNA-sekvensering Sekvensering De renade plasmiderna sekvenserades med BDT, reverse och forward sekvensering, där 1 µl prov sattes till en BDT-mix bestående av 1,0 µl BDT v3.1, 5 pmol M13F eller M13R (Tab. 1), 0,5 µl BDT v3.1 Buffer 5x, 0,5 µl Super-Q H 2 O. Understeg plasmiddna-koncentrationen 150 ng/µl togs 1,5 µl prov, men 0,5 µl Super- Q H 2 O tillsattes ej då totalvolymen ej fick överstiga 5 µl. Var plasmiddna-koncentrationen 300 ng/µl användes 0,5 µl prov och 1,0 µl Super-Q H 2 O i BDT-mixen. Proverna kördes på ABI 2720 Thermal cycler i 30 cykler med 96 C i 10 sek denaturering, 50 C i 5 sek annealing och 60 C i 4 min elongering.
7 Rening av sekvens Sista steget innan sekvensanalysen var att rena produkterna vilket utfördes med MILLIPORE Montage SEQ 96 Sequencing Reaction Clean up Kit. Instruktionerna i medföljande instruktionsmanual följdes och proverna analyserades efter reningen på ABI 3100 Genetic Analyzer. Sekvensanalys Sekvenserna analyserades från en dator med programmet ContigExpress, som ingår i programserien Vector NTI Advance 10 INVITROGEN. För de båda sekvenserna, forward och reverse, gjordes så kallade contigs för varje klon. Övriga nukleotider klipptes bort vilket resulterade i en konsesussekvens som jämfördes mot sekvenser i databasen GeneBank i NCBI - Blast, National Center for Biotechnology Information Basic Local Alignment Search Tool (090422). Vid BLAST-sökning jämförs sekvenserna procentuellt och inom alla läsramar mot träffarna eftersom det vid ren BLAST finns en chans att det ingår flera stoppkodon vid kompletmentär BLAST, se fig TAA CCC TCA ATT AAG GGA CTA GTC CTG CAG GTT TAG ACG...3 I G S * F P A G A V G I V Figur 4. Exempel på vad som hänt vid 13 aminosyror direktblast då ATT kodar för UAA, ett stoppkodon, *. I figuren har sekvensen BLASTats direkt istället för procentuellt. Vid procentuell BLAST ignoreras stoppkodonen vilket i detta fall skulle resultera i 12/13 träffar alltså 92 % träff. Sekvensering I denna studie användes BDT vid sekvensering. Principen för BDT bygger på dideoxynukleotider som är märkta med fluorescens och som ersätter OH-gruppen, som är platsen där nukleotiderna binder till varandra. Tillsammans med dntp körs en BDT som är linjär, till skillnad frånpcr som är exponentiell. Elongering är förlängd till 4 min och stannar när en fluorescensinmärkt nukleotid klistras in eftersom det är omöjligt för ytterliggare en nukleotid att binda in. För att primrarna skall visualiseras, men främst för att om man har ett dåligt fragment, sekvenseras nukleotiderna från båda hållen dels med en forward, dels en reverse primer. Fragmenten överlappas med två sekvenser så att man lätt ska upptäcka fel vid basecall, alltså nukleotider som satts fel.
8 Exempel: ATGCCGTATAGCCCGTCGATG F-primer TACGGCATATCGGGCAGCTAC R-primer TACGGCATATCGGGCAGCTA* TACGGCATATCGGGCAGCT* TACGGCATATCGGGCAGC* TACGGCATATCGGGCAG* TACGGCATATCGGGCA* TACGGCATATCGGGC* TACGGCATATCGGG* TACGGCATATCGG* TACGGCATATCG* TACGGCATATC* TACGGCATAT* O.s.v till: T*A*C*G*G*C*A*T*A*T*C*G*G*G*C*A*G*C*T*A*G*C* Figur 5. Sekvensanalys med programmet CongExpress där en övre Forward-primer sekvens jämförs med en nedre Reverseprimer sekvens. N* är fluorescerande nukleotider där OH-gruppen ersatts med en fluorofor, ddntp*. Efter sekvensering analyseras klonerna med ABI 3100 Genetic Analyzer. Proverna körs genom en kapillär som separerar sekvenserna enligt storleksordning samtidigt som ddntp* visualiseras genom fluorescensinmärkningen. Cytosin har en unik inmärkning, Guanin en annan vilket gör att analysmaskinen kan avgöra vilken nukleotid som märkt in varje sekvens (fig. 5). Reaktionen har så många repriser så att alla möjligheter kommer att bildas. När sedan denna mix av sekvenser körs genom sekvensanalysatorn färdas små fragment fortare genom
9 kolonnen än större. Eftersom de olika nukleotiderna avger olika ljus kan maskinen översätta provet till en enda stor sekvens. Varje cdna-prov från parasiten kontrollerade genom att analysera samtliga prov både med en forward- och en reverse-primer. På detta vis dubbelcheckas att den erhållna sekvensen är riktig oavsett från vilket håll den läses. RESULTAT Som tidigare nämnts, i material & metod, krävdes en koncentration på ng/µl plasmiddna till sekvenseringen. Trots att dessa koncentrationer endast fanns i 38 prover lyckades totalt 76 prover sekvenseras. De uppmätta koncentrationerna varierade mellan 5 och 370 ng/µl. De prover som lyckades sekvenseras presenteras i figur 6 där uppmätt koncentration redovisas tillsammans med de prover som jag inte lyckades sekvensera och de prover som inte gav någon träff vid BLAST. Figur 6. Redovisning av koncentrationsfördelningen cdna mellan proverna uppmätta på picodrop 260/280 nm. ProteinBLAST Totalt 79 unika sekvenser BLASTades varav 76 gav en träff i databasen NCBI Gen Bank (fig. 7), vilket resulterade i sammanlagt 21 olika organismer varav 6 nematoder. Organismer som gav träff presenteras i figur 8. För varje BLAST av sekvens fick vi svar på de 5 bästa träffarna klonerna träffat mot. Vi har i detta försök endast tagit med den bästa träffen. Trots flera försök växte inte klonerna i 5 prov på plattorna och de har därmed inte kunnat sekvenseras. Prover med en koncentration <150 ng/µl där sekvensreaktionen lyckades, har tagits med i resultatet tillsammans med övriga prover som hade en koncentration mellan 150 och 300 ng/µl. De flesta sekvenserna gav resultatet hypotetiska proteiner som visar att proteinet i databasen existerar men inte blivit påvisat
10 exprementiellt i en organism. Figur 7. Resultat vid BLAST av sekvenserades kloner. Genuttrycken har jämförts i en databas med proteinblast där de flesta träffade hypotetiska träffar. I denna figur har vi inte tagit hänsyn till E-värde utan bara bästa BLAST-träff. Figur 8. Procentuell fördelning mellan organismer vid BLAST av editerade sekvenser. Av Totalt 79 sekvenser gav 43 (54%) träff med nematoder och 3 (4%) specifikt med H. contortus. De erhållna sekvenserna var olika långa, och varierade mellan ~ N. Fördelningen sekvenserna emellan visas i figur 9 där 27 kända proteinträffar (32 %) presenteras tillsammans med övriga organismer som fått proteinträffar på kända proteiner.
11 Figur 9. Längd på sekvenserade kloner med, vid BLAST, kända proteinuttryck. Sekvensernas längd stämde bra överens med fragmenten vi fick ut vid analys av koloni-pcr på agaros-gel. Totalt 27, varav 14 stycken var nematoder. Vid resultat-analysen visade de olika sekvenserna träffar mot sammanlagt 21 olika organismer, varav 4 (Caenorhabditis briggsae, Caenorhabditis elegans, Clostridium nexile och Brugia Malayi ) ofta var återkommande (Fig. 8). Fig. 10 visar E-värdena för samtliga träffar. Signifikanta E-värden, <E-5 (X. Bai et al. 2009), uppmättes hos 59 (77 %) av 76 av de BLASTade sekvenserna. Flest träffar gav de närbesläktade nematoderna Caenorhabditis briggsae och C. elegans. Nematoder återfanns hos så många som 39 (66 %), av 59 träffar med lägre E-värde än cut-offnivån (Fig 11). Bakterier sågs endast hos 12 (20 %) träffar, medan övriga organismer såsom amfibier, fiskar och däggdjur återfanns bland 8 (14 %) av samtliga 59 träffar med ett E-värde <E-5. 3 prover träffade inget protein i databasen och kan därmed inte redovisas. Figur 10. Den procentuella andelen BLAST träff med ett signifikant E-värde (<10-5 )visade sig vara högt, 75 %.
12 Figur 11. Fördelning mellan huvudgrupper med E-värde <E-5 där huvuddelen träffade släktingar till H. contortus, nematoder. DISKUSSION Denna studie baseras på 84 unika mrna-kloner från L3 av H. contortus förvarade vid 5 C under 32 veckor. Bara 4 % av sekvenserade kloner gav träff med H. contortus vid BLAST-sökningen, vilket kan förklaras med att det pågående hel-genomsprojekt med parasiten är långt ifrån avslutat. Den största delen av proteinblasten, 21 %, träffade Caenorhabditis briggsae, en nematod som är helgenomsekvenserad (L D. Stein et al. 2003). Den är nära släkt med en annan helgenomsekvenserad nematod, C. elegans (R. Ainscough et al. 1998) vilket var den nematod med näst flest träffar, 15 %. Övriga nematoder som påträffades var Brugia malayi, som även den är helgenomsekvenserad (Scott A. L & Ghedin E 2009), Ancylostoma caninum och Dictyocaulus viviparus som genomgår helgenomsekvensering (Abubucker S et al. 2008; Ranganathan S et al. 2007). Sammanlagt 15 % av träffarna var med Clostridium nexile, som är en anaerob gram-positiv bakterie i Clostridium-släktet (Wiegel J. Et al 2006) Vi satte en cut-off gräns på < E-5 vid BLAST för att sekvensen skulle betraktas som signifikant. Totalt 70 % av de erhållna sekvenserna hade ett lägre värde än detta, vilket visar att de flesta av de unika cdnaklonerna som upptäcktes i detta projekt har likheter med andra redan identifierade proteiner. Sekvenserna som träffade H. contortus kodar för proteiner som ingår i cellmetabolism cytochrome c oxidase subunit 1 och 2 (Roderick A, et al. 1990) och ett protein, GBR-2A, som ingår i glutamat-receptorerna (Catherine L. et al 2001) som ivermectin (nervgift) binder till vid avmaskning. Informationen i databaser utökas ständigt och vid BLAST-sökning av samma sekvenser vid senare tillfällen leder sannolikt till fler träffar och delvis andra slutsatser. Uttryck som kunde förväntats av långtidsförvaringen är till exempel någon sekvens som kodar för metabolisk stress då larverna har lipidreserver som måste ta slut. Dock säger Lettini et al. (2006) att larver i torka, klarar sig bättre i låga temperaturer (0 C) även fast de inte änvänder sig av egen metabolism och det hade varit ett spännande resultat om vi hittat något stressrelaterat.
13 Ett fåtal prover växte inte på agarplattorna vilket har flera förklaringar. En möjlighet är att bakterierna inte överlevt förvaringen i glycerolstocken vid -80 C under flera år. Ytterligare en möjlighet är att bakterier med ett insert inte kom med vid utstryken till plattorna. Det förekommer att plasmiderna spottas ut, jobbiga att bära på, särskilt när antibiotikan börjar bli gammal. Vi brukar därför förnya våra stockar. Enligt instruktionsmanualen till BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit protocol skall sekvensreaktionen fungera normalt vid plasdmiddna-koncentrationer mellan ng/µl. Vi har dock i vissa prov haft koncentrationer med endast ~10 ng/µl, tillsatt 2x volym prov och trots detta fått ut rena sekvenser (fig. 12). Det visade sig alltså att det inte behövs 150 ng/µl för att för att sekvenseringen skall lyckas. Den lägsta möjliga koncentrationen som krävs måste dock undersökas vidare. Figur 12. Sekvensering av ett prov med koncentrationen 16,0 ng/µl Framöver kan vi göra realtids-pcr för att detektera och mäta mängden cdna i klonerna. Vi skulle också kunna undersöka den verkliga biologiska funktionen hos sekvenserna vi fått fram. Vi måste ta reda på vad sekvenserna kodar för och undersöka eventuella proteiners egenskaper med till exepmel 2-D elektrofores som visar proteiners pi och storlek i kda. Då måste vi dock först ta ut vår sekvens ur nuvarande vektor och klona in den i en expressionsvektor. Sammanfattningsvis kan det konstateras att 76 (90 %) av 84 undersökta klonerna gav en lyckad sekvensreaktion som varierade i längd mellan ~150 och ~1350 N. 76 prover har alltså uttryckt något differentiellt vid köldförvaringen 5 C i 32 veckor, vilket är fantastiskt och bör undersökas vidare. Av dessa sekvenser gav 70 (92 %) träff mot en känd organism inlagd i GeneBank, varav hela 43 st (61 %) var med nematoder och då företrädesvis med sådana arter där helgenomprojekt är avslutade eller pågår. Vi kan inte dra några slutsatser om funktionen eller betydelsen av de specifika genuttrycken hos de köldförvarande larverna, utan bara presentera vilka proteiner i databasen våra resultat stämde bäst med vid det aktuella tillfället då BLAST-sökningen gjordes (090422). Eftersom H. contortus ännu inte är helgenomsekvenserad kan vi just nu inte få ut de svar vi söker.
14 ACKNOWLEDGEMENTS Jag vill fram för allt tacka mina handledare Johan Höglund och Annie Engström på SLU som hjälpt mig med projektet på Ultuna. Tillsammans med dem vill jag också hjärtligt tacka Karin Troell vars projekt jag hjälpt till med. Till sist vill jag tacka alla underbara medarbetare på SWEPAR, både forskning och diagnostik, som hela tiden visat intresse och velat hjälpa till i mitt projekt, ni har varit till stor hjälp. Jag hoppas detta i framtiden kan bidra till en bättre förståelse om Haemonchus contortus. REFERENSER Abubucker S. et al The canine hookworm genome: analysis and classification of Ancylostoma caninum survey sequences. Molecular and Biochemical Parasitology 157: Catherine L. et al High-affinity ivermectin binding to recombinant subunits of the Haemonchus contortus glutamate-gated chloride channel. Molevular and Biochemical Parasitology 114: Hunt P. W. et al Genetic and phenotypic differences between isolates of Haemonchus contortus in Austrailia. International Journal for Parasitology 38: Jagannathan S Ligand-gated chloride channel subunits encoded by the Haemonchus contortus and Ascaris suum orthologues of the Caenorhabditis elegans gbr-2 (avr-14) gene*1. Molecular and Biochemical Parasitology 103: Jambre L. F Relationship of blood loss to worm numbers, biomass and egg production in Haemonchus infected sheep. International Journal of Parasitology 25: Lettini S. E. & Sukhdeo M. V. K Anhydrobiosis increases survival of Trichostrongyle nematodes. Journal of Parasitology 92: Ranganathan S. et al A transcriptomic analysis of the adult stage of the bovine lungworm, Dictyocaulus viviparous. BMC Genomics 8: 311 Roderick A. Capaldi Structure and function of cytochrome c oxidase. Annual review of Biochemistry. 59:
15 Rossanigo C. E. & Gruner L Moisture and temperature requirements in faeces for the development of free-living stages of gastrointestinal nematodes of sheep, cattle and deer. Journal of helminthology 69: Scott A. L & Ghedin E The genome of Brugia malayi All worms are not created equal. Parasitology International. 58: 6-11 Stein L. D., et al The Genome Sequence of Caenorhabditis briggsae: A Platform for Comparative Genomics. PloS Biology 1: Thamsborg S. M Klinisk haemonchose hos får. Dansk veterinärtidskrift 84: 6-9 The C. elegans Sequencing Consortium et al Genome Sequence of the Nematode C. elegans: A Platform for Investigating Biology. Science 282: Troell K Genotypic and phenotypis characterization of Haemonchus contortus in Sweden. Swedish University of Agricultural Sciences, Uppsala. Acta Universitatis Agriculturae Sueciae, No 2006:36 ISBN Troell K et al The development and overwintering survival of free-living larvae of Haemonchus contorts in Sweden. Journal of Helminthology 79: Urquhart G.M et al Veterinary parasitology. 2nd edition. Blackwell Science Ltd. Oxford 307 pp. Wiegel J, Tanner R & Rainey F An Introduction to the Family Clostridiaceae. Prokaryotes 4: Xiaodong B. et al Transcriptomic analysis of the entomophatogenic nematode, Heterorhabditis bacteriophora TTO1. BMC Genomics 10: 1-14
Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR
Avdelningen för kemi och biomedicin Karlstads universitet Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR Frågeställning: Vattenlednings system med tillväxt av Legionella pneumophilia
Läs merTillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen
IFM/Kemi Linköpings Universitet September 2011/LGM Projektlaboration i genteknik Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen Innehållsförteckning Inledning... 3 Amplifiering
Läs merDNA-labb / Plasmidlabb
Översikt DNA-labb Plasmidlabb Preparation och analys av -DNA från Escherichia coli Varför är vi här idag? Kort introduktion till biokemi och rekombinant DNA- teknologi Vad skall vi göra idag? Genomgång
Läs merTillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen
IFM/Kemi Linköpings Universitet September 2004/LGM Projektlaboration i genteknik Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen Innehållsförteckning Inledning... 3 Amplifiering
Läs merPolymerase Chain Reaction
Polymerase Chain Reaction The Polymerase Chain Reaction Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls Kunskapsmål för detta avsnitt Från kursplan: Studenten skall kunna: förklara grundläggande principer
Läs merLaboration DNA. Datum:16/11 20/ Labgrupp: 11 Laboranter: Johanna Olsson & Kent Johansson
Laboration DNA Datum:16/11 20/11 2015 Labgrupp: 11 Laboranter: Johanna Olsson & Kent Johansson Material och metod Materiallista hänvisas till labhandledning s.3 (BIMA15 ht 2015, Lab III: DNA.) Uppsamling
Läs merTFKE32/TFKI09/9KEA21. Laboration i Genteknik
TFKE32/TFKI09/9KEA21 Laboration i Genteknik Denna laboration består av tre delar: A. Restriktionsklyvning av plasmiden pcantab samt konstruering av restriktionskarta. B. Preparation av plasmiden pcantab
Läs merLinköpings Universitet. Laboration i genteknik
IFM/Kemi Linköpings Universitet Maj 2008/LGM Laboration i genteknik Restriktionskarta av pcantab Restriktionsklyvning samt separation av DNA-fragment mha agarosgelelektrofores Material: pcantab (minst
Läs merGenkloning och PCR av tetracyklinresistensgen. från pacyc184 till puc19
Umeå Universitet Biomedicinska analytikerprogrammet Genkloning och PCR av tetracyklinresistensgen från pacyc184 till puc19 Årskull: Laborationsrapport i Molekylärbiologisk laboratoriemetodik, termin 3
Läs merLinköpings Universitet. Lägesspecifik Mutagenes av proteiner
IFM/Kemi Linköpings Universitet Augusti 2007/LGM Lägesspecifik Mutagenes av proteiner Lägesspecifik mutagenes Introduktion In vitro lägesspecifik mutagenes är en ovärderlig teknik för att t.ex. studera
Läs merLinköpings Universitet. Lägesspecifik mutagenes av proteiner
IFM/Kemi Augusti2011/LGM Linköpings Universitet Lägesspecifik mutagenes av proteiner Figur1. Flödesschema över lägesspecifik mutagenes laboration. Lägesspecifik mutagenes Introduktion In vitro lägesspecifik
Läs merLAB 12. Preparation och analys av plasmid-dna från E.coli
Institutionen för biokemi och biofysik LAB 12 Preparation och analys av plasmid-dna från E.coli Basåret 2012 (finns på basårshemsida: www.kemi.su.se, välj Basår) INTRODUKTION I denna laboration ska vi
Läs merBIOLOGISK SYNTES AV PROTEIN
UMEÅ UNIVERSITET LABORATIONSHANDLEDNING Biokemi Farmaceutisk kemi 1 Lars Backman 2011-09-09 BIOLOGISK SYNTES AV PROTEIN Utblick Våra gener innehåller all information som behövs för att tillverka en ny
Läs merHUGO-projektet. Kartläggningen av det mänskliga genomet
Vem är HUGO? HUGO-projektet Kartläggningen av det mänskliga genomet Kartläggning av genom Genom= allt DNA hos en organism. Kartläggningen sker genom att man bestämmer DNA-sekvensen för hela genomet och
Läs merOptimerat NGS-flöde för rutintypning av bakterier
Optimerat NGS-flöde för rutintypning av bakterier Paula Mölling, Molekylärbiolog, Docent Bianca Törös, Daniel Golparian, Sara Thulin Hedberg, Paula Mölling Laboratoriemedicinska länskliniken, Molekylärdiagnostik
Läs mer/LGM. Amplifiering och analys av humant mitokondrie-dna med hjälp av PCR teknik och agarosgelelektrofores
2008-01-18/LGM Amplifiering och analys av humant mitokondrie-dna med hjälp av PCR teknik och agarosgelelektrofores Syfte: Med två olika DNA extraktionsmetoder försöka få fram tillräckligt mycket celler
Läs merDNA FRÅN BLOD & KINDCELLER
EQUALIS Användarmöte, Molekylärdiagnostik 2012 Quality Hotel, Ekoxen, Linköping 7 8 november, 2012 DNA FRÅN BLOD & KINDCELLER Majid Osman, kemist, PhD Klinisk kemi, Linköping DNA stabilitet Provtagning
Läs merGenkloning och PCR av tetracyklinresistensgen från pacyc184
Umeå Universitet Biomedicinska analytikerprogrammet Genkloning och PCR av tetracyklinresistensgen från pacyc184 Årskull: Laborationsrapport i molekylärbiologisk labmetodik, termin 4 Laborationsdatum: Inlämnad:
Läs merLaboratoriemetod för att manuellt rena DNA från ett prov på 0,5 ml
Laboratoriemetod för att manuellt rena DNA från ett prov på 0,5 ml För att rena genomiskt DNA från insamlingssatser tillhörande Oragene och ORAcollect -familjerna. Besök vår hemsida, www.dnagenotek.com,
Läs merSTOCKHOLMS UNIVERSITET INSTITUTIONEN FÖR BIOLOGISK GRUNDUTBILDNING
STOCKHOLMS UNIVERSITET INSTITUTIONEN FÖR BIOLOGISK GRUNDUTBILDNING TENTAMEN Kurs: Prokaryot cell- och molekylärbiologi (PCMB) Datum: 2006-10-07 kl. 9-12 Visat betald terminsräkning och legitimation signatur
Läs merGenexpressions analys - RNA-uttryck
Genexpressions analys - RNA-uttryck Alla gener som är aktiva transkriberas: det bildas ett RNA (transkript). Proteinkodande gener transkriberas till mrna, ribosomalrna gener till rrna osv. Man pratar ofta
Läs merCellcykel/Celldöd. Laborationsrapport 20/2-14. Basgrupp 1
Cellcykel/Celldöd Laborationsrapport 20/2-14 Basgrupp 1 Louise Andersson Alexander Barhebreus Pontus Boberg Amanda Dahl Simon Ingves Christina Larsson Kajsa Lethin Thea Wennman Syfte Se skillnad på hur
Läs merDNA-ordlista. Amplifiera: Att kopiera och på så sätt mångfaldiga en DNA-sekvens med hjälp av PCR.
DNA-ordlista Alignment: Att placera DNA-sekvenser intill varandra. Detta gör att man kan urskilja var och hur mycket de skiljer sig från varandra, vilket är ett av de mest grundläggande sätten att analysera
Läs merRealtids-PCR. icycler BioRad, mikrotiterplattor. LightCycler Roche, kapillärer. ABI Prism 7000 Applied Biosystem mikrotiterplattor
Realtids-PCR icycler BioRad, mikrotiterplattor LightCycler Roche, kapillärer ABI Prism 7000 Applied Biosystem mikrotiterplattor Molekylärbiologisk metodik T3 ht 2011 Märit Karls Kunskapsmål för detta avsnitt
Läs merKarakterisering av Haemonchus hos svenska får
Karakterisering av Haemonchus hos svenska får Slutrapport: 6-11-16, Stiftelsen lantbruksforskning, projekt Dnr. 23/157 Johan Höglund & Karin Troell, Avdelningen för parasitologi (SWEPAR), SVA/SLU Sammanfattning
Läs merJANINA WARENHOLT Molekylär patologi LUND
MPCR Multiplex Polymerase Chain Reaktion JANINA WARENHOLT Molekylär patologi LUND Vad är multiplex PCR Variant av PCR Möjliggör samtidigt att amplifiera (masskopiera) många målsekvenser i en enda reaktion.
Läs merErik Eriksson VMD Enheten för Bakteriologi
Diagnostik VTEC/EHEC Erik Eriksson VMD Enheten för Bakteriologi SVA Tänker prata om VTEC / EHEC Sjukdomsframkallande faktorer PCR Magnetiska kulor (Immunomagnetisk separation) Diagnostik de vanligaste
Läs merExpression, produktion och rening av Fatty acid binding protein (FABP) från ökenmyran Cataglyphis fortis
UNIVERSITETET I LINKÖPING Proteinkemi Kemiavdelningen 2011-02-04 Expression, produktion och rening av Fatty acid binding protein (FABP) från ökenmyran Cataglyphis fortis Produktion av FABP i E. coli bakterier
Läs merRättningstiden är i normalfall 15 arbetsdagar, annars är det detta datum som gäller:
Molekylärbiologi Provmoment: Ladokkod: Tentamen ges för: Tentamen TK151C Bt3 7,5 högskolepoäng TentamensKod: Tentamensdatum: 2016-01-12 Tid: 14:00 18:00 Hjälpmedel: Tillåtna hjälpmedel är lexikon. Dock
Läs merBASÅRET KEMI B BIOKEMI VT 2012. GENETISK INFORMATION 191-210 (sid. 157-177)
BASÅRET KEMI B BIOKEMI GENETISK INFORMATION 191-210 (sid. 157-177) DNA/RNA, Transkription, Translation VAR I CELLEN SKER DETTA? Replikation - kopiering av DNA, sker i cellkärnan Transkription - avläsa
Läs merUTVECKLING AV EN PCR METOD FÖR IDENTIFIERING AV NYUPPTÄCKTA MJÖLKSYRABAKTERIER
Hälsa och samhälle UTVECKLING AV EN PCR METOD FÖR IDENTIFIERING AV NYUPPTÄCKTA MJÖLKSYRABAKTERIER MARIA CELANDER Examensarbete Biomedicinsk Laboratorievetenskap Malmö högskola 15 hp Hälsa och samhälle
Läs merStrategy of TCR sequencing by 454
Strategy of TCR sequencing by 44 mrna --CCC XXXXX Universal Oligo Forward Primer (Universal Mix) Forward Primer RT st PCR Va/b ~4bp CDR3 N/nDn ~bp Ja/b ~6bp
Läs merEn bioinformatisk genjakt
En bioinformatisk genjakt Efter en ide från: CUSMOBIO, Milano, Italien. Hur man kan söka i databaser efter information om en gen som kan ge ökad risk för bröstcacer. Bakgrund Människor utan symptom men
Läs merDNA-sekvenserings utskick Carola Andersson KMP-lab Sahlgrenska Universitetssjukhuset
DNA-sekvenserings utskick 2012 Carola Andersson KMP-lab Sahlgrenska Universitetssjukhuset Meningen med utskicket Kvalitets kontroll av: Längd läsbar sekvens Detektion av mutationer/variationer Namngivning
Läs merUndersökning av förekomst av okända virus hos svenska fjällrävar med encefalit
Undersökning av förekomst av okända virus hos svenska fjällrävar med encefalit Helena Thörnvall Handledare: Mikael Berg Inst. för Biomedicin och Veterinär Folkhälsovetenskap, avdelningen för Parasitologi
Läs merPersonnummer. DUGGA Molekylärbiologi T3 / HT p (G = 24 p)
KORTSVARSFRÅGOR 1. Restriktionsenzymet HindIII klyver sekvensen 5 -AAGCTT-3 och lämnar ett fyra basers 5 -överhäng. Rita ut hur DNA-ändarna ser ut på ett fragment som klyvts med HindIII. (2p) SV: 5 -A
Läs merSammanställning över alternativ till etidiumbromid
1 (6) Sammanställning över alternativ till etidiumbromid I nedanstående tabeller har leverantörerna VWR, Invitrogen och Sigma-Aldrich lämnat uppgifter om produkter/n de saluför som alternativ till etidiumbromid.
Läs merEn bioinformatisk genjakt
En bioinformatisk genjakt Jämförelser av olika arters genom I den här aktiviteten kan en elev självständigt undersöka det mänskliga genomet samt göra en jämförelse med andra arters genom. Målet för den
Läs merImmunteknologi, en introduktion. Hur man använder antikroppar för att mäta eller detektera biologiska händelser.
Immunteknologi, en introduktion Hur man använder antikroppar för att mäta eller detektera biologiska händelser. Antikroppar genereras av b-lymphocyter, som är en del av de vita blodkropparna Varje ursprunglig
Läs merDetektion av Endosymbionter hos insekter via PCR, kloning och sekvensering
MÄLARDALENS HÖGSKOLA Akademin för hållbar samhälls- och teknikutveckling Detektion av Endosymbionter hos insekter via PCR, kloning och sekvensering Shaheen Rahman Examensarbete, 15 hp Handledare: Carl
Läs merDUGGA Molekylärbiologi T2 / VT p (G = 25 p)
KORTSVARSFRÅGOR 1. Restriktionsenzymet BamHI klyver sekvensen 5 -G*GATCC-3 och lämnar 4 basers 5' överhäng. Rita upp det längsta DNA-fragmentet som bildas efter klyvning av nedanstående given sekvens med
Läs merBakgrund. Bomullsmögel- ny metod ger ökad precision och förbättrad riskbedömning. Bomullsmögel är en sjukdom som vissa år
Bomullsmögel- ny metod ger ökad precision och förbättrad riskbedömning Rapsarealen i Sverige 2008 Ann-Charlotte Wallenhammar, 2 Charlotta Almquist, Anna Redner och 3 Anki Sjöberg HS Konsult AB, Örebro
Läs merInstuderingsfrågor avsnitten Molekylär genetik och Rekombinant DNA tekniker, MCB
Instuderingsfrågor avsnitten Molekylär genetik och Rekombinant DNA tekniker, MCB Molekylärgenetikdelen 1. Vad är DNA? 2. Vad heter byggstenarna i DNA? 3. Vad är RNA? 4. Vad är en bas, nukleosid, nukleotid
Läs merMolekylärbiologisk diagnostik av tarmparasiter
Molekylärbiologisk diagnostik av tarmparasiter Vad, När, Var och Hur? Jessica Ögren Länssjukhuset Ryhov Juni 2012 Molekylärbiologiska metoder De senaste två decennierna har molekylärbiologiska tekniker
Läs merMikrobiologins tekniksprång Dr. Erik Nygren SP Food and Bioscience
Mikrobiologins tekniksprång Dr. Erik Nygren SP Food and Bioscience Mikrobiologins tekniksprång Den högteknologiska mikrobiologin erbjuder idag nya verktyg för att förebygga smittspridning och öka produktsäkerhet.
Läs merPreparation och spektroskopisk karakterisering av Myoglobin
Datum på laborationen: 2010-11-16 Handledare: Alexander Engström Preparation och spektroskopisk karakterisering av Myoglobin Namn/Laborant: Jacob Blomkvist Medlaborant: Emmi Lindgren Antonia Alfredsson
Läs merExpression of recombinant protein including an. His-tag to facilitate purification for diagnosis of. CCHF and Lassa viruses
Examensarbete 10 poäng C-nivå Vt. 2006 Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi Biomedicinska analytikerprogrammet Expression of recombinant protein including an His-tag to facilitate purification
Läs merMed hopp om framtiden transposoner, DNA som flyttar sig själv
Med hopp om framtiden transposoner, DNA som flyttar sig själv Jessica Bergman Populärvetenskaplig sammanfattning av Självständigt arbete i biologi VT 2008 Institutionen för biologisk grundutbildning, Uppsala
Läs merParasiter hos gris Utomhusproduktion. Per Wallgren Enheten för djurhälsa och antibiotikafrågor Statens Veterinärmedicinska Anstalt 751 89 Uppsala
Parasiter hos gris Utomhusproduktion Per Wallgren Enheten för djurhälsa och antibiotikafrågor Statens Veterinärmedicinska Anstalt 751 89 Uppsala Att tänka på Initial status på djuren Betesrotation Bekämpningsstrategi
Läs merDisposition. snabb bedömning med ny metod. Jordbundna sjukdomar Detektionsteknik Markartor Jordanalyser Ärtrotröta
Risken för f klumprotsjuka säker och snabb bedömning med ny metod Disposition Jordbundna sjukdomar Detektionsteknik Markartor Jordanalyser Ärtrotröta Ann-Charlotte Wallenhammar HS Konsult AB Örebro Kravet
Läs merBruksanvisning för SURVEYOR Scan NRAS Kit Exons 2, 3 & 4 CE IVD
1 Tillverkare Bruksanvisning för SURVEYOR Scan NRAS Kit Exons 2, 3 & 4 CE IVD för DHPLC-system Läs dessa anvisningar noga innan du använder produkten. Spara denna bruksanvisning för framtida bruk. Denna
Läs merGRÅÄRTERS BLOMNING - En studie i hur geografiskt ursprung påverkar den genetiska variationen
PROJEKTARBETESRAPPORT Läsåret 2010/2011 GRÅÄRTERS BLOMNING - En studie i hur geografiskt ursprung påverkar den genetiska variationen Projektgrupp: Louise Dahlin, Sanna Renius och Frida Ulander, NV3E Handledare:
Läs merIdentifiering av en genetisk markör för könsbestämning av Gasterosteus aculeatus
Identifiering av en genetisk markör för könsbestämning av Gasterosteus aculeatus 1 Sammanfattning Arbetets uppgift var att identifiera en DNA-sekvens som skulle kunna finnas hos storspiggens könsbestämningsregion.
Läs merSyns du, finns du? Examensarbete 15 hp kandidatnivå Medie- och kommunikationsvetenskap
Examensarbete 15 hp kandidatnivå Medie- och kommunikationsvetenskap Syns du, finns du? - En studie över användningen av SEO, PPC och sociala medier som strategiska kommunikationsverktyg i svenska företag
Läs merVISK. Hur går vi tillväga för att analysera virus från. Oslo Slutkonferens VISK 19 mars 2013. vattenprover? Fredrik Nyström
VISK Hur går vi tillväga för att analysera virus från vattenprover? Oslo Slutkonferens VISK 19 mars 2013 Fredrik Nyström Agenda Problematiken kring virusanalyser i råvatten Analysmetodik för virus i: Råvatten
Läs merMångfaldigande av mänskligt mitokondrie-dna
John Schollar och Andy Harrison NCBE, The University of Reading Mångfaldigande av mänskligt mitokondrie-dna Syfte Med denna procedur kan du mångfaldiga ett 460 baspar långt stycke DNA, som finns i kontrollregion
Läs merStrain or plasmid Genotype Reference or source 2 Salmonella enterica 1 TR6583; formerly SA2929 mete205 ara-9 K. Sanderson via J.
SUPPLEMENTAL INFORMATION Structure and Mutational Analysis of the Archaeal GTP:AdoCbi-P Guanylyltransferase (CobY) from Methanocaldococcus jannaschii: Insights into GTP Binding and Dimerization. Sean A.
Läs merAnvändning av PCR i växtodlingen. Anders Jonsson, SLU/ JTI, Skara
Användning av PCR i växtodlingen Anders Jonsson, SLU/ JTI, Skara Innehåll Introduktion qpcr och andra DNA-metoder Biologisk markkartering av jordburna patogener DNA-baserade diagnos av bladfläckar på vete
Läs merHar min katt fått mask? (Inälvsparasiter)
i Har min katt fått mask? (Inälvsparasiter) Katter blir ofta angripna av inälvsparasiter (s.k. endoparasiter). Smittan kan spridas från djur till djur genom kontakt med infekterad avföring (bajs med mask)
Läs merGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCC CTGGCCCACCCTCGTGACCACCCTGACC TACGGCGGT TGCAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGA CCACATGAAGCAGCCGACTTCTTCAAGT CCGCCATTT -35
TAGTTATTAATAGTAATCAATTACG GGGTCATTAGTTCATAGCCCATATATGG AGTTCCGCG TTACAACTTACGGTAAATGGCCGCC TGGCTGACCGCCCAACGACCCCCGCCCA TTGACGTCA ATATGACGTATGTTCCCATAGTAAC GCCAATAGGGAC TTGACA TTGACGTCAATGGGTGGAG TATAAT
Läs merCentrum för genetisk identifiering Fisk, kräftor och musslor som edna metod och fältprover
RAPPORT Datum Dnr 1(11) 2016-12-31 4.1-33-2015, 4.1-728-2015 (NRM). SLU.aqua.2015.5.1-188 (SLU) Centrum för genetisk identifiering Fisk, kräftor och musslor som edna metod och fältprover Postadress: Besöksadress:
Läs merTENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik
TENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik 2013-01-15 em (V-salar) Totalt 60 poäng (Frågor 1-8: Joakim Norbeck, totalt 45 poäng; Frågor 9-12: Lisbeth Olsson, totalt 15 poäng). Betygsgränser: 30-38.5 poäng
Läs merChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y.
Bruksanvisning revision 6 (December 2008) ChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y. Se förpackning Se förpackning
Läs merChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y.
Bruksanvisning revision 7 (Februari 2009) ChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y. Se förpackning Se förpackning
Läs merCirkulerande cellfritt DNA
Cirkulerande cellfritt DNA - en introduktion Anne Ricksten Equalismöte 2016-11-14 Vad är cirkulerande fritt DNA (cfdna)? Extracellulärt DNA som finns i cirkulationen Fragmenterat DNA, medelstorlek på ca
Läs merEn studie över förekomsten av genuttryck för enzym i biosyntesen av malarialäkemedlet artemisinin hos Artemisia vulgaris och Artemisia absinthium
Fakulteten för hälso- och livsvetenskap Examensarbete En studie över förekomsten av genuttryck för enzym i biosyntesen av malarialäkemedlet artemisinin hos Artemisia vulgaris och Artemisia absinthium 1
Läs merLadokkod: TK151C Tentamen ges för: Bt3. Namn: Person nummer: Tentamensdatum: 17/12 2012. Tid: 09:00-13:00. Hjälpmedel
Molekylärbiologi 7.5 ECTS Ladokkod: TK151C Tentamen ges för: Bt3 Namn: Person nummer: Tentamensdatum: 17/12 2012 Tid: 09:00-13:00 Hjälpmedel Tillåtna hjälpmedel är lexikon. Dock EJ elektroniskt lexikon
Läs merProv Genetik. Max: 8G+7VG+2MVG G: 7G VG: 7G+4VG MVG: 8G+4VG+1MVG
Prov Genetik Namn: Max: 8G+7VG+2MVG G: 7G VG: 7G+4VG MVG: 8G+4VG+1MVG 1. Vad kallas den delning som ger upphov till haploida könsceller (G) (a) Mitos (b) Milos (c) Meilos (d) Meios 3. Polymera gener (polygener)
Läs merCentrum för genetisk identifiering Teknisk rapport Björnspillningsinventering 2015
RAPPORT Datum Dnr 1(7) 2017-11-07 4.1-628-2015 Centrum för genetisk identifiering Teknisk rapport Björnspillningsinventering 2015 Postadress: Besöksadress: Telefon: 08-519 540 00 Box 50007 Frescativägen
Läs merRapport avseende DNA-analys av spillningsprover från järv och lo
KDB 541/11: Rapport 1 Rapport avseende DNA-analys av spillningsprover från järv och lo Jämförelse av två inlämningsmetoder 212-1-26 Innehållsförteckning 1. Bakgrund 3 2. Metod 3 3. Resultat 3 4. Slutsats
Läs merTENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik
TENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik 2012-01-12 em (V-salar) Totalt 60 poäng (Frågor 1-8: Joakim Norbeck, totalt 45 poäng; Frågor 9-12: Lisbeth Olsson, totalt 15 poäng). Betygsgränser: 30 poäng =
Läs merDNA- alfa- 1- antitrypsin, sekvens med Big Dye Direct
1(6) DNA- alfa- 1- antitrypsin, sekvens med Big Dye Direct Bakgrund, indikation och tolkning Proteinet alfa-1-antitrypsin (A1AT, AAT) är en av kroppens viktigaste proteashämmare och tillhör proteinsuperfamiljen
Läs merUttryck av kloratreduktas och kloritdismutas i Ideonella dechloratans odlade i aerob miljö med tillsatt klorat
Karlstads Universitet Fakulteten för teknik- och naturvetenskap Avdelningen för kemi Uttryck av kloratreduktas och kloritdismutas i Ideonella dechloratans odlade i aerob miljö med tillsatt klorat Laboranter
Läs mer1960 eran då DNA elektrofores började användas. Introduktion av semi-automatiserad mikropipett. DNA isolering Western blot. Reverse transcriptase
november 2018 Det var en gång... Homogenizer Kapillär elektrofores Första vävnad och cell homogenizer av Alexander Dounce Introduktion av kapillär elektrofores av Jorgensen 1980 1960 eran då DNA elektrofores
Läs merSlutrapport till SLU EkoForsk för projektet. Varför drabbas ekologiska värphöns av rödsjuka?
Slutrapport till SLU EkoForsk för projektet Varför drabbas ekologiska värphöns av rödsjuka? Projektansvarig: Professor Claes Fellström, Institutionen för kliniska vetenskaper, SLU Övriga deltagare i projektet:
Läs merSläktträd med hjälp av databaser och program från Internet
Övning: Släktträd sid 1 Övning i bioinformatik Släktträd med hjälp av databaser och program från Internet Det finns databaser som är fritt tillgängliga och innehåller nukleotid- och amino-syrasekvenser
Läs merDetektion av Borrelia burgdorferi IgG. med hjälp av ELISA
Umeå Universitet Biomedicinska analytikerprogrammet Detektion av Borrelia burgdorferi IgG med hjälp av ELISA Årskull: Laborationsrapport i immunologi termin 3 Laborationsdatum: Inlämnad: Godkänd: Handledare:
Läs merMolekylärgenetiskt verktyg för diagnos av T- resp. B-cellslymfom i vävnad/paraffin Diagnostik av Lymfom. Olika ingångar för B-, resp. T-cellslymfom Metodiker: - Morfologi (Mikroskopi) - Immunohistokemi
Läs merClostridium difficile diagnostik. Lucía Ortega Klinisk Mikrobiologi Växjö
Clostridium difficile diagnostik Lucía Ortega Klinisk Mikrobiologi Växjö Clostridium difficile Anaerob, gram positiv stav Sporbildande Producerar toxiner som A och B Orsakar diarré/kolit Indikation: Diarre
Läs merVad är en parasit? Hur är de släkt med oss och varandra? Prokaryoter och Eukaryoter. Kattens tarmparasiter. Giardia.
Kattens tarmparasiter Giardia Tritrichomonas Vad är en parasit? Två svar: - En organism som lever av en annan organism utan att ge någonting i utbyte - En grupp sjukdomsalstrande en- eller flercelliga
Läs merKap 26 Nukleinsyror och proteinsyntes. Bilder från McMurry
Kap 26 Nukleinsyror och proteinsyntes Bilder från McMurry Namn Efternamn 26 februari 2011 2 Varje DNA molekyl är uppbyggd av många gener induviduella DNA segmant som innehåller instruktioner för syntes
Läs merDNA-ordlista. 16S: Egentligen 16S rrna. Mitokondriell gen med förhållandevis liten variation som ofta används för att artbestämma DNA från däggdjur.
DNA-ordlista 16S: Egentligen 16S rrna. Mitokondriell gen med förhållandevis liten variation som ofta används för att artbestämma DNA från däggdjur. Alignment: Att placera DNA-sekvenser intill varandra.
Läs merPilotstudie NGS: E. coli ESBL från patienter med misstänkt sepsis
Pilotstudie NGS: E. coli ESBL från patienter med misstänkt sepsis Helena Enroth, Med Dr (PhD), Klinisk molekylärbiologi, Unilabs, Skövde och Adj. Professor, Systems Biology Research Group, Inst. för biovetenskap,
Läs merRening av proteiner: hur och varför?
Rening av proteiner: hur och varför? (och lite biologiska grunder) Joakim Norbeck! norbeck@chalmers.se! Grunder! Plasmider! Protein-rening! Detektion!!!!! Mest relevanta sidor i "Cell" är 510-518 & 532-552!
Läs merALLMÄNT OM PARASITER & DIAGNOSTIK. Anna Lundén & Eva Osterman Lind Avdelningen för mikrobiologi Sektionen för parasitologi
ALLMÄNT OM PARASITER & DIAGNOSTIK Anna Lundén & Eva Osterman Lind Avdelningen för mikrobiologi Sektionen för parasitologi SVA, Statens veterinärmedicinska anstalt 350 anställda: -100 veterinärer -100 forskare
Läs merTentamen 3p mikrobiologi inom biologi 45p, Fråga 1 (2p) Fråga 2 (2p) Fråga 3 (2p)
Tentamen 3p mikrobiologi inom biologi 45p, 050308 Fråga 1 Du har isolerat en bakterie och vill titta på om den kan förflytta sig, vilken/vilka metoder använder du? a Elektronmikroskopi b Gramfärgning c
Läs merNUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra
NUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra Monomererna som bygger upp nukleinsyrorna kallas NUKLEOTIDER. En nukleotid består av tre delar: en kvävebas
Läs merTENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik
TENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik 2011-10-22 em (V-salar) Totalt 60 poäng (Frågor 1-8: Joakim Norbeck, totalt 45 poäng; Frågor 9-12: Lisbeth Olsson, totalt 15 poäng). Betygsgränser: 30 poäng =
Läs merMutationer. Typer av mutationer
Mutationer Mutationer är förändringar i den genetiska sekvensen. De är en huvudorsak till mångfalden bland organismer och de är väsentliga för evolutionen. De här förändringarna sker på många olika nivåer
Läs merSlutrapport - Förstudie om Alternariaförekomst i potatis och behandlingseffekter 2013 i Mellansverige.
1 Slutrapport - Förstudie om Alternariaförekomst i potatis och behandlingseffekter 2013 i Mellansverige. Lisa Andrae, Rådhuset Nordfalan Eva Edin, Institutionen för Skoglig mykologi och växtpatologi, SLU
Läs merStudenters erfarenheter av våld en studie om sambandet mellan erfarenheter av våld under uppväxten och i den vuxna relationen
Studenters erfarenheter av våld en studie om sambandet mellan erfarenheter av våld under uppväxten och i den vuxna relationen Silva Bolu, Roxana Espinoza, Sandra Lindqvist Handledare Christian Kullberg
Läs merKryptosporidier parasiter som angår oss alla!
DJURVÄLFÄRD & UTFODRING SVENSK MJÖLK SAMLAR BRANSCHEN parasiter som angår oss alla! 1 & Charlotte Silverlås 1,2 camilla.bjorkman@slu.se 1 Inst. för kliniska vetenskaper, Sveriges lantbruksuniversitet (SLU),
Läs merFramställning av M1-protein med hjälp av E. coli-bakterier
Framställning av M1-protein med hjälp av E. coli-bakterier Serhat Aktay SerhatAktay@gmail.com Sebastian Valenzuela Sebastian.Valenzuela@live.se Forskningsmentor Robert Daniels, Forskarassistent Institutionen
Läs merTranskription och translation = Översättning av bassekvensen till aminosyrasekvens
Transkription och translation = Översättning av bassekvensen till aminosyrasekvens OBS! Grova drag för prokaryota system! Mycket mer komplicerat i eukaryota system! RNA: Tre huvudtyper: trna transfer RNA
Läs merTomat och banan hur är de släkt?
Bildkälla: https://pixabay.com/ Alignment Introduktion Tomat och banan hur är de släkt? I denna övning studeras släktskapet mellan olika växtarter genom att jämföra DNA-sekvenser från olika växtarter (s
Läs merBakteriell tillväxt i torv i jämförelse med halm och spån. Magnus Thelander. Enheten för miljö och fodersäkerhet Statens veterinärmedicinska anstalt
Projektrapport NR 11 Bakteriell tillväxt i torv i jämförelse med halm och spån Enheten för miljö och fodersäkerhet Statens veterinärmedicinska anstalt Bakteriell tillväxt i torv i jämförelse med halm
Läs merPersonnummer. DUGGA Molekylärbiologi T3 / HT p (G = 28 p)
KORTSVARSFRÅGOR 1. Restriktionsenzymet KpnI klyver sekvensen 5 -GGTACC-3 och lämnar ett fyra basers 3 -överhäng. Enzymet BamHI klyver sekvensen 5 -GGATCC-3 och lämnar ett fyra basers 5 överhäng. Ange det
Läs merDelrapport av projektet diagnostik av spädgrisdiarré- utveckling av en metod för att påvisa Enterococcus hirae i svabbprov från levande djur
Delrapport av projektet diagnostik av spädgrisdiarré- utveckling av en metod för att påvisa Enterococcus hirae i svabbprov från levande djur Syftet med det aktuella projektet var att öka kunskapen om E.
Läs merKlipp-och-klistra DNA: fixa mutationen med gen editering DNA, RNA och Protein
Huntingtons sjukdom forsknings nyheter. I klartext Skriven av forskare För de globala HS medlemmarna. Klipp-och-klistra DNA: fixa mutationen med gen editering Forskare gör exakta ändringar av DNA i ett
Läs merBiblioteket.se. A library project, not a web project. Daniel Andersson. Biblioteket.se. New Communication Channels in Libraries Budapest Nov 19, 2007
A library project, not a web project New Communication Channels in Libraries Budapest Nov 19, 2007 Daniel Andersson, daniel@biblioteket.se 1 Daniel Andersson Project manager and CDO at, Stockholm Public
Läs mer