Bilaga 2. Inventering av infrastrukturen vid Biologiska storinstitutionen.

Transkript

1 Bilaga 2. Inventering av infrastrukturen vid Biologiska storinstitutionen. DNA-sekvenseringslabb, CGE 2 Elektrofysiologilab 5 Syngruppen, Integrativ zoologi 5 Feromongruppen, Kemisk ekologi/ekotoxikologi 5 Fermentors and large scale protein production, Molekylär genetik 6 Masspektrometri, Kemisk ekologi/ekotoxikologi 7 IRMS (Isotopkvot-masspektrometri) för stabila isotoper 7 GC-MS (gaskromatografi-masspektrometri) 8 Mikroskopicentrum, Zoologihuset 8 Svepelektronmikroskopi / Transmissionselektronmikroskopi 8 Konfokalmikroskop 9 Skanner, Botaniska museet 10 Växtekologens laboratorium för oorganisk analys 10 Målföljningsradar för studier av flyttfåglar 11 Tornseglarholkar 12 Vindtunnelbyggnaden vid Ekologihuset 13 Vindtunnel 13 Energetiklab 14 Teknik/IT-labb för Linnémiljön CAnMove, Ekologihuset 15 Verkstaden i Biologihuset 16 Klimatrum och frysrum i Ekologihuset 16 Klimatkammare med befuktning 16 Akvarierum 17 Odlingsutrymmen 18 Vid f.d. Geneticum 18 Biologihuset 19 Djurlokaler vid biologicentrum 20 Biologiska museerna 22 Aneboda fältstation 24 Stensoffa fältstation 25 Biologibiblioteket 28 IT, underhåll och organisation av datorsupport i Biologihuset 29 IT-resurser vid de Biologiska samlingarna 30 IT-support på Institutionen för biologisk grundutbildning 30 IT-support på Ekologiska institutionen 31 IT-kostnader för hela biologiområdet, CFL och W-LAN 32 Webborganisation hos de biologiska organisationerna 33 Kemikalier 35 1

2 DNA-sekvenseringslabb Centrum för Genomisk Ekologi Historik År 2003 inrättades med medel från det s.k. Swegene-programmet ett laboratorium för DNAsekvensering. Initiativet togs av Anders Tunlid. Laboratoriet kom att bli en central del i Centrum för Genomisk Ekologi (CGE), som förutom sekvenslabbet driver en forskarskola i Genomisk ekologi (GENECO) (startade 2008). DNA-sekvenslabbet är placerat vid avdelningen för Mikrobiologisk ekologi. Utrustning och personal DNA-sekvenslabbet är utrustat med en kapillärsekvenator (ABI Prism 3130 xl), robot för provbehandling, centrifuger och PCR-maskiner. Utrustningen uppgraderades år Sedan starten 2003 har enhetens skötts av en laboratorieassistent, Eva Friman (65 % tjänst). Eva sköter kontakten med användare, utför analyserna och underhåller utrustningen. Förutom sekvensering har enheten under åren knutit till sig personal med kompetens i bioinformatik. Personerna har varit anställda som postdoc, forskare och extern konsult. Användare och finansiering DNA-sekvensering brukas av såväl interna (dvs. från LU) som externa kunder. Sett över hela perioden står interna kunder för ca 80 % av brukartiden. Bland de interna kunderna finns ett 20-tal olika forskargrupper, främst från Ekologisk institutionen, Med Fak och i mindre utsträckning från COB. Stora externa kunder är Kalmar universitet (Marin mikrobiologi) och Göteborgs universitet (Marin ekologi). I stor sett fyller brukarna upp den kapacitet som finns för sekvenseringsenheten med nuvarande instrumentering och personalstyrka. Enheten används också i GU undervisning, främst inom kursen Molekylär ekologi och evolution (BI0R25). Förutom förbrukningsvaror, är de stora kostnaderna för DNA-sekvenslabbet servicekontrakt (ca 120 kkr per år) och lön till Eva Friman (ca 200 kkr per år). Finansieringen av dessa kostnader har skett genom brukaravgifter (dvs. externa anslag) och tillfälliga anslag från Swegene-programmet. Detta program lades ned Under 2007 till 2009 har Nat Fak stött enheten med 200 till 400 kkr per år. Strategisk betydelse och framtidsplaner De forskargrupper som har varit aktiva i drivandet av DNA-sekvenslabbet är mycket positiva till att driva verksamheten vidare. DNA-sekvensering utgör en viktig del i många forskningsprojekt. En in-house utrustning med god tillgänglighet, service och flexibilitet (t.ex. för att pröva nya protokoll och metoder) har varit mycket värdefull. Verksamheten har också stimulerat utvecklingen av nya samarbetsprojekt mellan forskare vid Lunds universitet och universiteten i Kalmar och Göteborg. Vi söker nu medel för en ny utrustning för DNA-sekvensering, s.k. Next-generation sequencing technology (NGS). Tekniken innebär att DNA kan sekvensera ca 200 gånger snabbare och mer än 100 gånger billigare jämfört med traditionella metoder. Det står nu klar att NGS-tekniken kommer att revolutionera genomisk forskning. Detta gäller inte minst studier av struktur och uttryck av genom hos organismer som hittills varit dåligt karakteriserade och som är av stort intresse inom ekologisk och organismbiologisk forskning. I Sverige finns den sökta typen av utrustning i Stockholm (KTH och SMI). Instrument finns även vid universiteten i Oslo och Köpenhamn. En inventering har visat att möjligheten att 2

3 sekvensera vid dessa enheter är begränsade och det är därmed stor risk att sekvenseringen vid flera av våra projekt kommer att få oacceptabelt långa väntetider. Vidare avser vi att komplettera sekvenseringsutrustningen med ett laser-mikrodissektionsmikroskop. Ett sådant mikroskop ger möjligheter att skära ut specifika celler och vävnader för transkriptionsanalyser baserat på NGS-teknik. Bakom detta initiativ står 17 forskare inom ekologi och COB (se bifogad tabell), plus flera grupper från Med Fak. Vi avser att med Rektors stöd skicka in en ansökan till Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse. Ansökan samordnas av Anders Tunlid. Från och med den 1 januari 2010 kommer Ekologiska institutionen, COB och de Biologiska museerna att bilda en gemensam storinstitution. CGEs verksamhet har en mycket viktig roll att fylla för att integrera verksamheten vid dessa tre enheter. NGS-tekniken kommer att innebära en revolution för ekologisk, systematisk och organismbiologisk forskning. Det är mycket viktigt att biologer vid Lunds universitet är med och helst intar en internationell tätposition i denna utveckling. Baserat på våra track-record så finns det goda förutsättningar för att detta kan ske men då måste LU bygga upp en enhet för storskalig DNAsekvensering. Ett problem med att driva DNA-sekvenseringslabbet vidare är det nya overheaduttaget. Detta kommer förmodligen medföra att servicen kommer att bli för dyr för att kunna attrahera externa användare (dvs. utanför institutionen). Parallellt med att arbeta för att införskaffa en NGS-utrustning måste det ske en satsning på att utveckla kompetens inom bioinformatik. Det kommer därför snarast att utlysas en 50 % forskningsingenjörstjänst i bioinformatik. Finansiering av tjänsten kommer under det första året att ske med medel (330 kkr) som Nat Fak har beslutat tilldela de tre biologinstitutionerna för att integrera forskning inom ekologi, biologi och de biologiska museerna. Satsningen har alltså stöd från de nuvarande biologi -prefekterna samt fakultetens ledning. Denna person ska serva och inte minst handleda forskare, inklusive doktorander och postdoc att hantera data från NGS-sekvensering. Sammanställt av Anders Tunlid, mikrobiologisk ekologi, 26 maj

4 Tabell. Projekt vid CGE som förväntas att använda 454 sekvenator PI Affiliation a Project title Funding source Dag Ahrén (DA) EcolL/ME Diversity and adaptation of metabolic networks in VR fungi Erik Andreasson (EA) COB/Plant Phytophthora resistance and MAPK signalling FORMAS Biology Staffan Bensch (SB) Ecol/AE Mating patterns and genes for local adaptations in birds and parasites Transmission of avian malaria parasites from VR FORMAS afrotropical migrants to European resident birds Bengt Hansson (BH) Ecol/AE Experimental and genomic evaluation of inbreeding VR depression: from pedigree to gene expression Dennis Hasselquist (DH) Ecol/AE Genomic ecology: gene expression and gene VR mapping in natural bird populations Katarina Hedlund (KH) Ecol/CE Soil Service Diveristy of soil food webs EU (FP7) FORMAS Mikael Hedrén (MH) Ecol/PE Fine-scale spatial genetic patterns and processes in VR allopolyploid Dactylorhiza (Orchidaceae) Tomas Johansson (TJ) EcolL/ME Secreted Proteins in fungal parasitic interactions for feed, food and non-food industry Danish Council for Strategic Research Per Lundberg (PL) Ecol/TE Marine bacterioplankton community dynamics in the FORMAS Baltic Sea: responses to disturbance Christer Löfstedt (CL) EcolL/CE The evolution of novel pheromone systems VR exploring gene families involved in reproductive isolation and speciation Jure Piskur (JP) COB/ Yeast Birth of new genes/enzymes through duplications and multiple inventions of the same gene/enzyme functions Genome organisation in non-conventional yeasts Non-conventional yeasts for bioethanol production VR Crafoord EU/INTAS Honor C. Prentice (HP) Ecol/PE Allelic varaition and protein function in a plant VR community context: PGI in Festuca ovina Karin Rengefors (KR) EcolL/LI Biogeography in aquatic eukaryotic microorganisms: evolutionary jumps between limnic and marine systems Invasion patterns and dominance dynamics of a bloom-forming alga Identification of genes regulating sexuality in a VR FORMAS CRAFOORD toxic dinoflagellate Lars Råberg (LR) Ecol/AE The maintenance of genetic variation for pathogen virulence and host defence against pathogens The evolution of pathogen virulence in response to VR FORMAS environmental change Anders Tunlid (AT) Ecol/AE Genomic ecology of symbiotic fungi VR Håkan Wallander (HW) EcolL/ME What is the role of ectomycorrhizal fungi in apatite VR weathering in forest soils? Helena Westerdahl (HW) Ecol/AE A study on how natural selection generates adaptation at the genetic level, hence, finding associations between genotypes and phenotypes. VR a Ecol, Department of Ecology with ME, Microbial Ecology; AE (Animal Ecology); PE (Plant Ecology and Systematics); CE (Chemical Ecology); LI (Limnology); TE (Theoretical Ecology). COB, Department of Cell- and Organism Biology, Yeast, Yeast molecular biology group. 4

5 Elektrofysiologilabb Syngruppen, Integrativ zoologi Det finns 2 laboratorier. Båda har ungefär samma riggar bestående av elektrofysiologisk utrustning för att göra intracellulära mätningar av fotoreceptorer och högre synceller hos olika organismer med single-cellteknik (SC). Båda riggarna består av ett mikroskop och till dessa piezoelektriska mikromanipulatorer för att hålla preparatet samt xenonlampor, spektralfilter, gråfilter och diverse optik som stimulatorer. Dessutom ingår datainsamlingsboxar och styrutrustning. Programvaran för datainsamling och analys är LabView. En rigg har dessutom en stimulussystem bestående av en datorstyrd skärm som kan stimulera högre synceller med rörliga mönster. Man har diskuterat att bygga ett tredje elektrofysiologilabb, främst för försök på högre synceller, men detta ligger en bit in i framtiden. Ekonomi: Drift och underhåll: kr/rigg/år, samt gastubavtal: 1500 kr/rigg/år. Cirka 25 doktorander, postdocs, tekniker och forskare utgör syngruppen. Hemsida: Utländska forskare som använt labben kommer från USA, Finland, England, Australien, Sydafrika, Kina, Tyskland och Nya Zeeland. Feromongruppen, Kemisk ekologi/ekotoxikologi Det finns 2 laboratorier. Det ena har en rigg bestående av ett forskningsmikroskop med piezoelektriska mikromanipulatorer av samma modell som syngruppens. Denna rigg används för antingen single-cellmätningar (SC) av inseksantenners enskilda receptorer, eller kopplad GC-SC, då man kör insektsextrakt genom en ansluten gaskromatograf som splittrar injektionen så att hälften av provet går till gaskromatografens detektor (FID) och den andra halvan av provet stimulerar den uppspända insektsantennen. Gaskromatografen är en äldre HP 5890 Series II. Mikroskopet är ett Nikon Eclipse E600FN inköpt Datainsamlingsboxen är en Syntech 4-kanals IDAC 4. Programvara är för datainsamling är Syntech Autospike och Syntech GC-EAD Pro. Programvara för styrning av GC är Agilent ChemStation. På mikroskopet finns en högupplösande digitalkamera Infinity 2, inköpt Det andra labbet har en rigg för mätning av EAD och GC-EAD. Vid denna teknik mäter man potentialskillnader i hela insektsantenner, inte enstaka sensiller i antennen. GC-EAD innebär att man på samma sätt som ovan splittrar provet i två delar, hälften till gaskromatografens detektor och den andra hälften till insektsantennen. Denna rigg har manuella mikromanipulatorer och ett enklare mikroskop. Men GCn är en Agilent 7890A inköpt Båda riggarna har termoreglerade interface för att utflödet från GCn inte skall kondensera i kolonnen. Datainsamlingsboxen är en 2-kanals Syntech IDAC-2. Programvarorna är ungefär identiska med rigg 1. Ett tredje elektrofysiologilabb finns på önskelistan. Feromongruppen består av omkring 13 doktorander, postdocs, tekniker och forskare. Hemsida: Sammanställt av Erling Jirle, kemisk ekologi/ekotoxikologi, 26 juni (I syngruppen har Eva Kreiss besökts och Eric Warrant har gett kommentarer). 5

6 Fermentors and large scale protein production Background Jure Piskur started as professor of molecular genetics at COB/LU in the autumn His lab purchased equipment for large scale protein purification (small and large ÄKTA) with a grant from the Crafoord Foundation and as a part of the JP start-up grant. The equipment has afterwards been used to purify enzymes for biochemical studies and 3D studies. A majority of the prepared proteins overlapped with the VR-funded project on metabolism of nucleic acid precursors, and have been used in the lab and sent to several international collaborators. In 2005 an initiative on genomic ecology started at the Faculty, and development of a platform to study experimental evolution represented an important and integral part of this initiative. A crucial equipment for this platform would be a set of fermentors to perform a controlled growth of microorganisms. In 2007 a VR grant enabled a purchase of such equipment (fermentors and analytical tools), Equipment and personal The present platform consists of a set of fermentors (14) for fully controlled growth of microorganisms, such as bacteria and yeast. The fermentors can be on-line coupled to various analytical instruments, such as electrodes to detect oxygen, etc. The fermentation products could then be analyzed by a coupled HPLC system. The main task is to serve as a platform for experimental evolution studies. However, the set can easily be upgraded for larger production of any microorganisms. Attached is also a system, ÄKTA chromatography, for large scale purification of proteins. For example, expressed recombinant proteins (using different hosts) can be purified in larger quantities to be used as antigens for antibody production, for crystallization purposes and 3D structure determination, as tools for biochemical experiments/production, etc. The whole configuration has an important link to MAX-4 and neutron spalation source (as a facility to produce larger amounts of recombinant proteins). The equipment is currently run by two Ph.D. students, what is not an optimal solution. A lab engineer would be a preferred solution in the future. The fermentor part is used for collaborative research within Genomic Ecology Initiative and for teaching purposes. The protein purification part, including our expertise to design mutant protein forms, is becoming an integral part of the MAX4 activities. Users and financing The fermentor part is used for collaborative research within Genomic Ecology Initiative, including ecology and molecular genetic groups, BMC/LU and Kalmar University groups, as well as our collaborators from Copenhagen, Bratislava, Milan, etc., and for undergraduate and postgraduate teaching purposes at LU. The protein purification part, including our expertise to design mutant protein forms, is becoming an integral part of the MAX4 activities, and should serve several groups at our Faculty as well as BMC. The Crafoord grant has enabled a smooth start to install and start using the fermentor equipment. The protein purification is covered from a VR grant. Two smaller grants have recently been obtained from the Faculty and will be sued to develop further collaborative projects within the Faculty and complete the platform configuration. However, a more permanent source of funding to run the lab and pay an engineer, and enable to provide a better service to the University community is necessary. Strategic importance and future plans In a sense this fermentor & large scale protein production platform also represents a bridge between the Department sequencing platform, bioinformatics efforts at our Faculty as well as at the whole LU, MAX4 and ESS. The platform is also becoming essential to run several VR, 6

7 Formas, etc. sponsored research projects at the Department. The platform could easily be upgraded to provide service even to a larger community at LU (this was a part of our Strategical project application) and bridging groups from the Faculty of Sciences, LTH and BMC). For example, a larger volume fermentor added and more protein purification facilities. A main task is now to find a more permanent source of funding to run the lab and pay an engineer, and enable to provide a better service to the University community is necessary. Sammanställt av Jure Piskur, molekylär genetik, Biologihuset, 17 juni Masspektrometri, Kemisk ekologi/ekotoxikologi IRMS (Isotopkvot-masspektrometri) för stabila isotoper Detta instrument finns i masspektrometrilabbet på Plan 3 i Ekologihuset, avdelningen Kemisk ekologi och ekotoxikologi. Numera är det troligen Sveriges enda exemplar av detta instrument: PDZ Europe IRMS. Det kan analysera gasprover, fasta prover, vattenprover och prover i organiska lösningsmedel. Fasta prover kan vara vävnadsmaterial, sediment, jord etc. Bland annat används analyserna för att studera trofiska nivåer i födoväven, men har många andra användningsområden. Precisionen i promille är 0,1 (C) 0,2 (N) 0,3 (S) och 0,5 (O) vid provmängder om 100 µg av element. Element som inte redan föreligger i gasform som prover förbränns genom oxidation eller pyrolys före analysen i masspektrometern. Gasprover, vattenprover och prover i organiskt lösningsmedel kan också släppas in till IRMS via en gaskromatograf (GC-IRMS). Forskningsingenjör Marie Svensson är den som kör instrumentet eller handleder personer så att de kan köra sina prover själva, sköter den dagliga servicen på instrumentet och ser till att förbrukningsmaterial finns tillgängligt. Huvudansvarig för instrumentet är prof. Göran Bengtsson. Han tillkallas vid driftstopp och tekniska problem och även forskningsingenjör Tommy Olsson från avdelningen Växtekologioch systematik hjälper till vid tekniska problem. Tyvärr börjar instrumentet bli något ålderstiget och slitet och har de senaste 2 åren stått stilla långa tider pga. problem med trasiga instrumentdelar. Dock har instrumentet nyligen gått igenom flera större reparationer och reservdelsbyten. Support och reservdelar fås från SerCon Ltd. i England. De långa stillestånden har gjort att kön av användare ökat, men förhoppningsvis kommer instrumentet snart igång igen. Ett stort antal forskare är användare; personer från Ekologihuset, Lunds universitet, andra universitet i Sverige och till en mindre del andra personer. Flera avdelningar på Ekologiska institutionen (Zooekologi, Limnologi, Växtekologi- och systematik, Mikrobiologisk ekologi) har s.k. abonnemang, vilket innebär att det betalas en engångssumma varje år och kostnaden per analys då blir lägre. Förutom forskare i Ekologihuset används abonnemangstjänsten också av bl.a. SLU Uppsala, Högskolan i Kalmar samt Stockholms universitet. Externa förfrågningar ökar eftersom flera liknande instrument i Sverige inte längre är i bruk. Finansieringen sker genom avgift. Det finns olika taxor för olika kategorier av användare, se prislista på IRMS analysservice hemsida: Omsättningen var under 2007 och 2008 ungefär 200 kkr/år. IK-problemet kommer även här att ställa till problem. Troligen får avgiften per prov höjas pga. detta. Sammanställt av Erling Jirle, kemisk ekologi/ekotoxikologi, 24 juni

8 GC-MS (gaskromatografi-masspektrometri) I masspektrometrilabbet hos forskargruppen Feromongruppen, Plan 2 i Ekologihuset, finns två GC-MS-instrument. Det ena, äldre, är en gaskromatrograf HP 5890 Series II kopplad till en Agilent 5972 masselektiv detektor (MSD). Det andra instrumentet är betydligt nyare. Det är en gaskromatograf HP 6890 Plus kopplad till en HP 5973 MSD. MSD:n uppgraderades 2008 ("performance upgrade" för 121 kkr) som motsvarar ungefär modell 5975, som nu bland annat kan köra simultan SIM-SCAN. Programvaran är Agilent ChemStation. Till detta instrument är även kopplat en robot för dygnetruntkörning av prover (ALS, Automatic Liquid Sampler). Det nyare instrumentet har ett serviceavtal med Agilent för 80 kkr/år, då ingår ett besök med rengöring av jonkälla och utbyte av delar om så behövs. Det äldre instrumentet rengörs och servas av Erling Jirle (supportas ej längre av Agilent). Båda instrumenten, men framför allt det nyare, används flitigt och kör periodvis dygnet runt. De är mycket viktiga för feromongruppens verksamhet och forskare som kör prover inom egna forskningsprojekt eller tillsammans med samarbetsparters i Sverige, Kenya, Nigeria, Nederländerna, Kina m.fl. Även GU-kurser i Kemisk ekologi och doktorandkursen Sensory Ecology utnyttjar instrumenten, liksom examensarbetare. Ett ökat användningsområde är analyser inom molekylärbiologisk forskning. Driften finansieras genom avgift per prov. Kommer liksom all annan liknande verksamhet att drabbas av IK-problemet och avgiftshöjning kommer troligen att bli nödvändig. Årsomsättningen är omkring 100 kkr, där serviceavtal och heliumförbrukning utgör de största kostnaderna. Lönekostnader för teknisk personal för driften är ej inräknat. Tidigare ingick det nyare instrumentet i den analysavdelning inom avdelningen som drevs av Göran Birgersson med även externa tjänster, men numera används de båda instrumenten mest internt. Sammanställt av Erling Jirle, kemisk ekologi/ekotoxikologi, 24 juni Mikroskopicentrum, Zoologihuset Svepelektronmikroskopi / Transmissionselektronmikroskopi Historik Zoologiska institutionen (numera Institutionen för cell- och organismbiologi) var en pionjär inom elektronmikroskopi vid Lunds universitet. Redan i mitten av 1960-talet anskaffades det första transmissionselektronmikroskopet och det första svepelektronmikroskopet inköptes i början av 1970-talet. Under de år som följt har det elektronmikroskopiska laboratoriet haft en påfallande utåtriktad verksamhet och användarna har kommit från hela Lunds universitet och även från verksamheter utanför detta. Laboratoriet är inriktat på traditionell elektronmikroskopi, främst inom området biomedicin, med tillämpningar inom t.ex. immunocytokemi. Att laboratoriet har, och har haft, en sådan stor och delvis utåtriktad verksamhet beror på att det finns personal som kan ge service till användarna, samt att mikroskopparken med jämna mellanrum har kunnat uppgraderas så att den senaste tekniken har funnits tillgänglig vid laboratoriet. Förutom de rena forskningstillämpningarna bedrivs även kursverksamhet på olika nivåer: Demonstrationer för gymnasieelever; Demonstrationer för biologistuderande, nanoteknologer och medicinare vid universitetet; Kurser inom forskarutbildningen. Årligen produceras också ett stort antal examensarbeten där elektronmikroskopi ingår. 8

9 Användare och finansiering Det allra största nyttjandet av tranmissionselektronmikroskopin (TEM) sker inom biomedicinska forskningsområdet. Användarna kommer till största delen från Naturvetenskapliga och Medicinska fakulteterna, men även från Lunds Tekniska Högskola, Högskolan i Kalmar, Köpenhamns universitet etc. Svepelektronmikroskopin (SEM) har ett vidare arbetsfält förutom de mer traditionella biomedicinska forskningsprojekten. Inom den systematiska forskningen har möjligheten att använda SEM med lågvakuum inneburit en stor fördel, då även typmaterial kan studeras. Förbrukningsvaror och servicekostnader (200/250 kkr/år) samt ¼ av min (RW) tjänst betalas av brukare utanför COB. Resterande ¾ av tjänsten betalas av COB. Antalet användare är 25-30/år på respektive instrument. Av dessa kommer från COB. Resterande användare fördelar sig mellan Nat Fak, Med Fak och LTH. Om man ser till antalet mikroskoperingstimmar står Med Fak för drygt hälften. Konfokalmikroskop Förutom elektronmikroskop har avancerade ljusmikroskop (konfokalmikroskop) funnits på Zoologen sedan ca 20 år tillbaka. Detta instrument har nyligen ersatts med ett modernt och avancerat mikroskop. Konfokalmikroskopet har också många användare utanför COB och intäkterna räcker till att finansiera servicekontraktet. Beläggningen på instrumentet är ungefär 50 % så det finns möjlighet för fler användare. För att handha instrumentet krävs tidigare erfarenhet eller genomgången kurs i konfokalmikroskopi. Strategisk betydelse och framtidsplaner EM-enheten servar hela LU med traditionell elektronmikroskopi, både vad gäller preparation och mikroskopi. Biologin behöver nu förnya mikroskopparken och kommer att ansöka om externa anslag för att täcka kostnaden för nya elektronmikroskop. Inom ramen för ett mikroskopicentrum ingår även avancerad ljusmikroskopi (konfokalmikroskopi) som en instrument/kompetens-facilitet. Både elektronmikroskopin och den avancerade ljusmikroskopin servar många forskargrupper inom olika delar av Nat Fak, Med Fak och LTH, samt även det lokala näringslivet. Mikroskopicentrum utgör en viktig infrastruktur för grundläggande elektronmikroskopi och avancerad ljusmikroskopi för hela Södra högskoleregionen. År 2010 kommer mikroskopicentrum att flytta in i nya ändamålsenliga lokaler i Wallenberglab 1, och det är i samband med denna flytt som det är lämpligt att förnya instrumentparken med ett nytt transmissionselektronmikroskop och ett svepelektronmikroskop, och därmed inte flytta med motsvarande två äldre instrument till Wallenberglab 1. Starkt specialiserad elektronmikroskopi med dyrbar analysutrustning finns på flera ställen inom LU, och detta motiveras av de forskningsprojekt där sådan utrustning är central. Den mer grundläggande elektronmikroskopin används istället av betydligt fler projekt, men utgör normalt ett mindre inslag i varje projekt, vilket gör att dessa projekt kräver tillgång till en enhet som står för infrastuktur i form av instrument och kompetens. För att säkra enkel tillgång till dessa metoder inom LU och södra högskoleregionen krävs mindre ekonomiskt stöd från institutionen och ekonomiskt ansvarstagande för att kunna garantera fungerande service med metodkunnig teknisk personal. Sammanställt av Rita Wallén, zoologi, 24 juni

10 Skanner, Botaniska museet På Botaniska museet finns en Epson Expression XL. Det är en A3-skanner som konverterats av Royal Botanic Garden Kew för permanent användning i inverterat läge (inget lock). Den är monterad i en specialtillverkad ställning (från RBGK) som möjliggör att herbariearken lyfts upp och pressas mot mot skannerns glas. Skannern används för att i första hand skanna in typbelägg av växter från Afrika och Latinamerika i hög upplösning i ALUKA:s regi. Hemsida: Skannern är finansierad av The Andrew W. Mellon Foundation. Hemsida: Sammanställt av Ingvar Kärnefelt, Biologiska museerna, 26 juni Växtekologens laboratorium för oorganisk analys av växt-, mark-, djur- och vattenprover Historik Labbet har byggts upp främst av de två stora forskargrupper som var aktuella för ca 10 år sedan. Markgruppen, vars ledare var av prof. Germund Tyler och Skogsgruppen, vars chef var prof. Bengt Nihlgård. De två tyngsta analysinstrumenten härstammar från denna period då FRN gav oss 2,5 Mkr till inköp av två stycken ICP instrument, ett med MS-detektor och ett med en optisk detektor. Övriga instrument som vi har är betydligt nyare och inköpta de senaste fem åren. Utrustning och personal Analysutrustning som labbet förfogar över är ICPAES, ICPMS. Med denna teknik kan man analysera de flesta av grundelementen i det periodiska systemet i ett mycket stort koncentrationsområde. FIA-utrustning för analys av ammonium, fosfat, klorid, nitrat i vattenlösningar, TOC/IC/TN för analys av kol och kväve i vatten och C/N elementaranalysator för kol och kväve i fast material, jonkromatograf med kolonn för analys av fluorid, klorid, nitrit, bromid, nitrat, fosfat och sulfat) och flera utrustningar för provuppslutning. Labbet har följande personal: en forskningsingenjör (50%, Tommy Olsson) och en laboratorieassistent (100%, Maj-Lis Gernersson). Användare och finansiering Laboratoriet säljer analystjänster till forskare vid Ekologiska institutionen, Miljövetenskapliga institutionen, Institutionen för kemiteknik, Miljöstrategi, Teknisk vattenresurslära och ett tiotal andra avdelningar och institutioner vid LU och LTH, samt externa forskare vid SLU både i Alnarp och Uppsala, UMU, Chalmers, SU, SGI, Landskrona kommun, Helsingborgs kommun, Hultsfreds kommun och LKAB m.fl. Analyser utförs även åt olika kurser, t.ex. markekologi, limnologi, kemisk ekologi och vattenkemi (LTH). Kapaciteten utnyttjades till 100 % ifjol. Alltså alltid analysjobb i kö gjorde vi totalt 202 analysjobb varav 75 var inom Ekologiska institutionen, GU och Miljövetenskapliga institutionen, dvs. <50% internt. Intäkter under år 2008 var ca 1,9 Mkr. Detta täcker lönekostnader för personalen, förbrukningsmaterial, all service av utrustningen samt har under årens lopp även räckt till utbyte av analysinstrument. Resultatet för 2008 blev 308 kkr plus blir det trots de stora OH-uttagen ungefär +-0 tack vare några mycket stora anlysjobb. 10

11 Strategisk betydelse och framtidsplaner Labbet har stor betydelse för de som vill utföra den här typen av analysarbete. Det finns ingen annat laboratorium vid LU och LTH som har den analysbredd när det gäller oorganisk analys som finns vid detta labb och som är tillgängligt för alla. Tyvärr har forskargrupperna som en gång startade labbet vid Växtekologi och systematik nu försvunnit, bl.a. genom pensionsavgångar. Det finns dock ett antal forskare (Pål Axel Olsson, Bo Bergkvist, Nils Cronberg, Ann-Mari Fransson, Hans Henrik Bruun, Håkan Wallander, Anders Tunlid, Gertrud Cronberg, Emma Kritzberg, Per Nyström, Karin Rengefors, Olof Regnell, Göran Bengtsson och Olof Berglund) och deras doktorander vid institutionen för vilka labbet har stor betydelse, samt för alla andra vid LU/LTH som vi gör arbeten åt. Hur framtiden ser ut är svårt att säga, delvis på grund av att avdelningens och institutionens utnyttjande just nu dock måste sägas vara för liten för att försvara den stora analyskapacitet som labbet har. Samt att det nya ekonomiska systemet för omkostnadsuttag som LU infört fr.o.m. i år gör det ca kr dyrare att driva labbet. Om labbet skall fortsätta i framtiden behöver det sökas nya pengar till byte av de två ICPinstrumenten. Eftersom instrumenten börjar bli äldre finns ej utbytesdelar till allt. Skulle CCD-detekorn i det optiska instrumentet gå sönder måste man kassera instrumentet. Håkan Wallanders FRN-ansökan 2008 som bl.a. inkluderade utbyte av instrument föll ej ut. Sammanställt av Tommy Olsson, växtekologi- och systematik, 15 juli 2009 Kompletterat 21 september. Målföljningsradar för studier av flyttfåglar Bakgrund Vid byggnationen av Ekologihuset gjordes en fast installation av en målföljningsradar på takutsprånget i husets västra ände. Förutom den fast installerade radarn finns även en mobil radarstation av samma modell. Det är högpresterande radarstationer som har kapacitet att följa såväl enskilda fåglar som flockar och registrera flygbanan i detalj. Med radarstationerna kan man också mäta vindförhållanden i den volym man observerar fåglar. Sammantaget ger det möjlighet till en unik inblick i flyttfåglars beteende under aktivt flygning under i övrigt helt naturliga omständigheter. Radarföljningar kan ge insikt i t.ex. när under året olika grupper av fåglar flyttar, i vilken geografisk riktning de flyger, vilka hastighet de flyger med och hur de klarar att kompensera för vindens inverkan. Den mobila radarstationen har använts på ett flertal expeditioner med isbrytare i Arktis och vid olika lokaler på svenska fastlandet. Användning Radarstationerna används av doktorander och seniorforskare vid Ekologiska institutionen. Några kurser använder radar för projektarbeten. Radarstationerna används under vår och höst samt tidvis under sommaren. Kostnad Drift och underhåll finansieras med projektmedel till Thomas Alerstam, zooekologi. Framtid Radarstationerna är grunden för hittills tre doktorsavhandlingar, ett flertal examensarbeten och åtskilliga vetenskapliga artiklar av högsta klass. Innevarande år har ytterligare en doktorand antagits som kommer att arbeta under kommande år med 11

12 radarstationerna som grund. Radarstationerna är en unik tillgång med få liknande anläggningar i världen. Stationerna har vidareutvecklats med analys av radarekon (ger vingslagsfrekvens) samt programvara för databaslagring och dataanalys. Viss fortsatt utveckling kommer att ske för att underlätta framtida analyser. Löpande underhåll sker på stationerna som bedöms kunna fortsätta att vara en värdefull resurs under många år. Sammanställt av Susanne Åkesson, zooekologi, 22 september Tornseglarholkar Bakgrund Tornseglarholkar, totalt 144 st, finns inbyggda i Ekologihusets öst och sydsida på fjärde våningen. Holkarna är placerade om 6 per sektion och kan öppnas och observeras från insidan. Thomas Alerstam på Zooekologiska avdelningen såg till att holkarna kom in i huset vid byggnadstillfället. Häckningsframgången har observerats och ungar ringmärkts från startåret Från 2009 sköts observationerna och studierna inom CAnMove programmet. Holkarna, som också utnyttjas av starar som häckplats, kommer under 2009 att instrumenteras med filmutrustning, samt möjlighet att fånga och observera fåglar. Kostnaderna för dessa instrument täcks av CAnMove. Användning Studier av häckningsframgång, flyttningsrörelser samt sjukdomar hos fåglar m.m. kommer att ske på den i ekologihuset häckande tornseglarkolonin. Användare finns inom (tidigare Flyttfågelgruppen) CAnMove såväl som inom avdelningarna för zooekologi och teoretisk ekologi. Personal inom CAnMove ansvarar för holkarnas tillsyn. Kostnad Holkarna ryms inom befintliga lokaler där ventilationsanläggning ryms. Hyreskostnad ringa om någon alls. Kostnader för utrustning och studier i kolonin finansieras av CAnMove respektive av enskilda projekt. Framtid Utnyttjandegraden av holkarna kommer ett betydligt öka under de kommande åren, då CAnMove kommer att arbeta aktivt för att attrahera ytterligare häckfåglar till kolonin. Kolonin kommer att följas med filmkameror som kommer att läggas ut på CAnMoves hemsida och utgör ett ansikte utåt, såväl ett forskningsobjekt. Visst intresse kan finnas från GU och för examensarbetesstudenter. Även inom kursarbete kan kolonin i viss mån att kunna utnyttjas, dock ej utan ansvariga personer pga. den stora störningsrisken vid kolonin. Sammanställt av Susanne Åkesson, zooekologi, 22 september

13 Vindtunnel samt övrig forskningsutrustning som ryms i vindtunnelbyggnaden vid Ekologihuset Vindtunnel (Anders Hedenström, teoretisk ekologi & Thomas Alerstam, zooekologi) Bakgrund Vindtunneln bygger på anslag från Wallenberg (huvudsökande: Thomas Alerstam) och ytterligare anslag för instrumentering har erhållits under åren (se nedan). Omfattande investeringar har gjorts i specialanpassad utrustning med hjälp av forskningsanslag från FRN, VR, Knut och Alice Wallenbergs stiftelse m.fl. PIV-system I. Kameror och mjukvara finansierades av utrustningsanslag från NFR (Till AH), samt PIV-laser med anslag från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse. PIV-system II. Ny kamera och mjukvara finansierad m h a VR medel (AH). High-speed stereo PIV-system III. Inköptes 2007 med hjälp av anslag från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse (AH). High-speed kameror (3 st.). Har finansierats med hjälp av anslag från VR, Crafoords och Magnus Bergvalls stiftelser (Christoffer Johansson). Dessutom finns det äldre men fullt användbara systemet kvar (Redlake), som finansierades med medel från FRN (TA). Aerodynamisk våg. En avancerad trekomponentsvåg för mätning av aerodynamiska krafter har finansierats med hjälp av anslag från Carl Tryggers Stiftelse (AH). Varmtrådsanemometer. För exakta mätningar av flöden. Finansierades med medel från FRN (TA). Uppbyggnad och utveckling av PIV-analys har möjliggjorts med anslag för gästforskare Prof. G. R. Spedding, USC, från NFR och STINT (AH). Utöver ovanstående finns utrustning och apparatur, som t ex pulsenergimätare för laserljus, anemometer för flödesmätning, samt en verkstad, som anskaffats med hjälp av VR-medel (AH). Drift och utveckling av vindtunnelverksamheten sker genom VR-anslag (AH, Christoffer Johansson). En reparationsfond som skapats med hjälp av forskningsanslag finns för att buffra oförutsedda reparationer. Användning Vindtunneln används för studier av fåglars och fladdermöss aerodynamik, samt för studier av fasta vingar och uppstoppade fåglar, frön mm. Framförallt är det medlemmar i Animal Flight Lab, som har huvuddelen av sin forskning i vindtunnelanläggningen. PI: Anders Hedenström, PI: Christoffer Johansson, PhD: Marta Wolf; Doktorander: Per Henningsson, Florian Muijres, Rhea von Busse, Post docs: Melissa Bowlin (USA), Sophia Engel (Tyskland), Gästforskare: Geoff Spedding (USA). Andra användare har varit naturgeografer vid LU, växtekologi LU, samt företag som Ericson och andra Ideon-baserade företag som testat något en eller några få dagar. Kurser inom LU: Evolutionär zooekologi (BIOR35), Ornitologi (BIOR51), Internationella doktorandkurser vid LU: Ecology of Animal Migration (Ekol inst), Sensory Ecology (COB, Ekol inst). Under året används vindtunneln 80% av tiden. Vindtunnen används för experiment/utveckling dagligen från 15 juli - december. Under vintern är beläggningen något lägre, med i huvudsak experiment på icke-levande objekt som döda fågelkroppar, flygplansvingar och växtfrön. Från och med 1 april till 30 juni är det full beläggning, med experiment som involverar levande djur. Verksamheten är av den art att varje enskilt experiment kräver en unik uppställning och kalibrering av instrument, vilket utesluter andra experiment under den tiden som ett visst experiment pågår. En stor del av tiden används för träning av försöksdjur. 13

14 Kostnad Hyreskostnad för vindtunnelbyggnaden står institutionen för, medan driften av utrustningen samt underhåll finansieras från projektmedel (främst till Anders Hedenström, men även till Christoffer Johansson, båda teoretisk ekologi). Framtid Då infrastrukturen vindtunneln är unik i sitt slag och har försetts med och ständigt uppdateras med nya tekniska system som möjliggör nya och mer avancerade applikationer får framtiden för vindtunnelverksamheten betraktas som mycket ljus och har av RQ08 bedömts ha världsledande klass. Vindtunneln och dess verksamhet har i stor omfattning utnyttjats för demonstrationer av besökande forskare både till institutionen, under kurser, för allmänhet såväl som vid internationella kontakter till universitetet. Det utgör ett flaggskepp i form av en tekniskt avancerad infrastruktur för LU att även i fortsättningen utveckla och visa upp. Energetiklab (Jan-Åke Nilsson & Åke Lindström, zooekologi) Bakgrund Uppbyggnad av utrustning för energetikmätningar (respirometer) påbörjades av Åke Lindström genom anslag från VR. Därefter har ytterligare utbyggnad och förnyelse av utrustning skett i form av inköp av 8-kanals respirometer finansierat av anslag från VR (Jan- Åke Nilsson). Användning Användare är förutom Jan-Åke Nilsson (PI) är Jan-Åkes doktorander; Johan Nilsson, Andreas Nord och Sandra Chiriac (tidigare också Lars Råberg, Martin Stjernman och Anna Nilsson). Dessutom används den för kursändamål under handledning av någon av de ovanstående, t.ex. under Evolutionär Zooekologi (BIOR35), och den internationella doktorandkursen Ecology of Animal Migration som ges vartannat år. Kostnad Den nu brukade maskinen köptes 2007 av Jan-Åke Nilsson till en summa av $ med medel från VR. Anläggningen kompletterades med nya pumpar 2008 till en kostnad av För driften av anläggningen svarar Jan-Åke Nilsson med hans VR-anslag. Hyra för lokalen betalas av institutionen. Framtid Med den nya respirometern går det att mäta under lägre flöden än tidigare, dvs. mindre djur och väsentligen öka antalet djur som körs samtidigt. Maskinen kommer att användas flitigt inom den aktiva forskargruppen framförallt under häckningsperioden och tidvis under vintern. Vidare pågår diskussioner om att mäta larvmetabolism tillsammans med Karl Gotthard, Stockholms Universitet. Även om respirometern periodvis är hårt utnyttjad finns det gott om utrymme för samarbetsprojekt; med god planering är mycket möjligt! Sammanställt av Susanne Åkesson, zooekologi, 30 juni

15 Teknik/IT-labb för Linnémiljön CAnMove (Centre for Animal Movement), Ekologihuset Bakgrund Teknik/IT labbet är en central verksamhet i Linnéprogrammet CAnMove, som beviljades Syftet är att utveckla nya tekniska lösningar eller anpassa befintliga för att göra det möjligt att spåra och följa djur som förflyttar sig. Utveckling av metoder och tekniker med brett användningsområde prioriteras, liksom nya lösningar. För att uppnå detta har personal med bred teknik och IT kunskap rekryterats, hittills 2 personer. I de fall vi behöver specialkompetens hoppas vi kunna hitta detta i första hand inom LU eller i Lund. Användning De tjänster som erbjuds av Teknik/IT gruppen nyttjas av forskargrupper och projekt inom CanMove programmet. Här finns en databas och webbserver för hantering av data som genereras i forskningsprogrammen. Vid följning av djur (telemetri, satellitspårning, bildanalyser) genereras ofta stora datamängder som måste lagras och bearbetas på ett automatiserat och strukturerat vis för att nå effektivitet i forskningsarbetet. Detta kan vi åstadkomma. Det finns också ett särskilt anpassat utrymme vid Ekologiska institutionen där vi kommer att kunna utveckla tekniska lösningar för att bättre följa djurs förflyttningar. Det innefattar bland annat programvaruutveckling, elektronikkonstruktion, modifieringar av befintlig utrustning och systemlösningar. I de fall resurser som fyller behov redan finns inom LU vill vi utnyttja dessa, t.ex. Akademiska verkstaden, webbpubliceringssystem, informationsspridning o. dyl. För verksamheten ansvarar styrgruppen i CAnMove. Kostnad Teknik/IT labbet finansieras helt och hållet av Linnébidraget, såväl personal som materialkostnader. Enskilda projekt inom CanMove programmet finansierar materialet i de produkter som framställs (där sådant förekommer). Hyra för lokaler bekostas av institutionen. Framtid Verksamheten är i början av sin uppbyggnad. Lokaler är inte färdigställda och det finns inte all apparatur och material som behövs för att driva verksamheten fullt ut, men detta förväntas vara klart under hösten innevarande år. Teknik/IT labbet kommer att vara en central infrastruktur i Linnéprogrammet under de 10 år det hittills finns finansiering till. Vi planerar att införskaffa mätapparatur, utvecklingsverktyg för miniatyrelektronik och viss utrustning för tillverkning av prototyper. Det kan t.ex. vara minidataloggers som djur bär med sig, optiska följsystem och radiobaserade positionssystem. Vidare vill vi bygga upp en gemensam databasfunktion speciellt designad för att hantera rörelsedata för enklare analyser och möjlighet att göra nya, övergripande analyser som hittills varit svåra att utföra. Vid en behovsinventering som tidigare genomfördes bland forskare inom CAnMove programmet framgick att det finns ett stort antal önskemål om lösningar inom teknik/it. En innovationsfunktion av detta slag, med kompetent personal och bra utrustning med den specifika uppgiften att utveckla teknik för att studera rörelser hos djur finns inte på annat håll inom LU och troligen inte i landet. Sammanställt av Susanne Åkesson, zooekologi, 17 september

16 Verkstaden i Biologihuset Verkstaden är belägen på bottenvåningen. Den är relativt välinstrumenterad och strategiskt belägen. Två anställda (Per Vestergren och Stefan Sydoff) har verkstaden som bas men har uppgifter i alla nuvarande tre hus som omfattas av COB, dvs. Biologihuset, Zoofysiologihuset och Zoologihuset. Endast en liten del av arbetet rör direkt verkstadsarbete. Merparten av tiden för de två anställda teknikerna rör underhåll av teknik i byggnaderna, reparation av instrument och utrustning och allmänna göromål (intendentlika uppgifter). Viss arbetstid och utrustning i verkstaden används till byggande av utrustning (främst till forskning inom zoologi). Genom sin höga tekniska kompetens (bl.a. elektronik- och maskin-) kan de två anställda utföra merparten av de reparationer som krävs av utrustning; centrifuger, elektroforesutrustning, frysar, inkubatorer, skakbord, diskmaskiner, autoklaver etc. Detta reparationsarbete skulle dra en mycket hög kostnad och vara utdraget i tid om extern hjälp måste nyttjas. Under de två senaste åren, och pågående, är cirka 50 % av arbetstiden för en person i verkstaden helt uppknuten till byggandet av Biologicentrum. Sammanställt av Lars Hederstedt, Biologihusansvarig, 11 september Klimatrum och frysrum i Ekologihuset Det finns 3 frysrum i Ekologihuset. De har egen apparatur för temperaturreglering och fixerad temperatur och sköts av Akademiska Hus. Detta ingår i den generella hyran. Sedan finns det 44 rum som har fjärrstyrd individuell reglering av klimat, installerat av Tore Andersson (TA AB) kammare finns på limnologiska avdelningen, 14 kammare på kemisk ekologi/ekotoxikologi, 5 kammare på växtekologi- och systematik, 3 kammare på mikrobiologisk ekologi och 1 på GU. Dessutom finns det 3 gemensamma kylrum. Rummen benämns lämpligen klimatrum, eftersom man i de flesta kan styra temperaturen mellan ca +2 C och upp till ca +35 C, och man kan ha olika temperatur dag och natt. Byggnadsenheten och Akademiska Hus kallar dem konstantrum. Ljuset kan regleras helt valfritt i dem, men det görs med separat timer i varje rum. Hösten 2007 gjordes inför en upphandling av nytt styrsystem för de 44 klimatiserade rummen en noggrann utvärdering där 3 företag bjöds in att presentera sina system för en referensgrupp med de viktigaste användarna i Ekologihuset, och det fanns också en professionell konsult med; Lennart van Wassenaar, Ångpanneföreningen. Tore Anderson Consulting (TAC) Svenska AB i Malmö vann denna upphandling. Då installerades en ny PC i källaren, med programvara utvecklad av TAC; TAC Vista (ej att förväxla med Microsofts operativsystem med samma namn). Det nya styrsystemet använder TCP/IP över Internet istället för det gamla systemet med egna linor enbart mellan klimatiserade rummen och PC i källaren. Nytt TCP/IP cat. 6-kablage drogs till utbytta ducar (18 styrenheter utanför kamrarna). Brandvägg och watchdog finns för servern. Det nya systemet gör att man kan logga in och sköta styrning från valfri dator med Internetuppkoppling, även från mobiltelefoner. Larm för fel temp kan fås som SMS eller e- post till en eller flera personer. Loggar över temp i varje kammare kan tas ut om så önskas. Klimatkammare med befuktning Feromongruppen behöver extra befuktning i klimatkammare där det odlas och görs försök med insekter; odlingskammare, beteendelab och vindtunnel för insekter. Dessutom lånas de befuktade kamrarna ibland ut till andra grupper, från bl.a. zooekologi och miljövetenskap. Feromongruppen har 7 befuktare som installerades Modellen heter Defensor Mk 4 16

17 (Schweizisk tillverkare). Det finns serviceavtal på dessa, med 2 besök per år. Kostnaden för avtal och reparationer ligger hittills på avd kemisk ekologi/ekotoxikologi, kkr/år. Avtalet är med Climat 80 i Malmö, som har en lokal servicetekniker i Lund. Ansvarig för befuktarna är Erling Jirle. Defensor Mk4 tillverkas ej längre, och från 2008 säljs inte reservdelar. Därför plockas delar från andra apparater i Lund eller från 2 avställda hos feromongruppen. Befuktningsanläggningarna är kostsamma i service och behöver inom några år bytas ut mot nya. En ny av modell Carel kostar styck. Finansiering av detta är inte löst. Akvarierum 9 av klimatkamrarna används som akvarierum; 8 på limnologi (en även utlånad till sländgruppen på zooekologi) och 1 kemisk ekologi/ekotoxikologi. Akvarierummen har separata vattenledningar i plast "från gatan" för att undvika problem med höga kopparhalter. 3 av dem har också avfuktningsaggregat installerade för att förhindra mögelbildning. Ett av dessa aggregat är trasigt. Aggregaten är bekostade av limnologiska avdelningen. Användning Klimatrummen är av stor betydelse för verksamheten hos i stort sett alla avdelningar i Ekologihuset, både för forskning och för undervisning på alla nivåer, inkl. GU. Hela limnologiska avdelningen, feromongruppen och markgruppen inom kemisk ekologi, sländgruppen inom zooekologi, mikrobiologiska avdelningen och växtekologi/systematik är särskilt betjänta av tillgång på klimatrum. Dessutom används kylrummen och frysrummen av samtliga avdelningar. Ansvariga De avdelningar som använder klimatkamrarna har ansvariga som får larm via sms eller e-post om temperaturen avviker från önskat värde. Det finns tre lokala administratörer som kan gå in på servern och ändra användar-id och liknande. Funktionaliteten på utrustningen sköts från och med 2008 via tilläggskontrakt med Akademiska Hus, se ekonomi nedan. Undantaget är befuktare och avfuktare. Ekonomi Efter uppgraderingen av systemet tecknandes 11 december 2007 avtal mellan Byggnadsenheten och Akademiska Hus Syd AB om ett tilläggskontrakt till hyreskontrakt M (Ekologihuset) gällande från enligt följande: Tilläggskostnad totalt kr/år. Denna kostnad betalas av Ekologisk institutionen, kostnadsställe Av detta belopp är kr avskrivningskostnad för styrdatorn och ska betalas av Ekologiska institutionen under 10 år. Om verksamheten upphör eller förändras kan den del av avtalet som berör drift och underhåll av styrdator samt den mekaniska utrustningen i konstantrum, kostnad kr, sägas upp efter 5 år. 2. AH ombesörjer service och underhåll av styrdatorsystemet. Hyrestillägg: kr/år. Indexreglerat enligt konsumentprisindex. Kan sägas upp efter 5 år. 3. AH ombesörjer service och underhåll av den mekaniska utrustningen såsom reglerventiler, fläktkylare mm. Dock ej befuktningsanläggningar (ekokem/ekotox, 40 kkr/år). Hyrestillägg: kr/år. Indexreglerat enligt konsumentprisindex. Kan sägas upp efter 5 år. 17

18 Klimatrum i Biologihuset: se under Odlingsutrymmen vid Biologihuset nedan Klimatrum i Djurhuset: se under kapitlet Djurlokaler vid Biologicentrum Odlingsutrymmen Vid f.d. Geneticum Dessa ytor omfattar 1750 m 2 i växthus (både uppvärmda och kalla utrymmen) samt en bänkgårdsyta på ca 900 m 2. Växthusutrymmena är utrustade med automatbevattning och datorstyrd reglering av luftfuktighet (dysning), temperatur (10-23 C; regleras med varmvatten) och ljusstyrka (regleras med skuggväv). Drygt 20 % av ytan utgörs av kallhus som tål frysgrader efter tömning av vattenledningar. Till växthuset hör en ekonomibyggnad med ett kontor (ca 6 m 2 ), enklare laboratorieutrymmen (ca 70 m 2 ) samt förråd (ca 75 m 2 ) och planteringsbänkar (ca 50 m 2 ). För närvarande används växthusen av minst fem avdelningar (procentvärdet anger hur mycket respektive avdelning formellt ansvarar för i nuläget): Genetik 40 % (utnyttjas i genetiska studier samt för kursmaterial; en del av ytan används av växtfysiologer eller hyrs ut till Genbanken och Carlsberg. Växtekologi- och systematik 45 % (utnyttjas för odlings- och korsningsexperiment, och växtekologiska experiment; under senare år har en allt större del av utrymmena lånats ut till zooekologer och limnologer). Limnologi 10 % (utnyttjas för olika slags limnologiska experiment). Kemisk ekologi/ekotoxikologi 2 % (utnyttjas för experiment där växter ingår). Mikrobiologisk ekologi 3 % (speciellt utformad kammare, ingen användning för tillfället). Bänkgårdsytan består av odlingsbänkar (ca 60 % av ytan) samt gångar, avlastningsytor, redskapsbod och takbelagt vindskydd (ca 40 %). Bänkgården är försedd med stängsel, låsbara grindar, fyra eluttag (220V nätspänning) och tre bevattningskranar. Den är utformad för att skydda från vind, insyn och direktbelysning från omgivande gatlampor. För närvarande är det tre avdelningar som utnyttjar/ansvarar för bänkgården: Genetik 30 % (bänkgårdar, ingen odling för tillfället). Limnologi 10 % (avlastningsyta utnyttjas för olika slags limnologiska experiment). Växtekologi- och systematik 60 % (utnyttjas för jämförande odlingsexperiment, korsningsförsök och växtekologiska experiment; en del av ytan lånas f.n. ut till zooekologer). Gemensamma ytor: Kylrum 6 m 2. Fickor för sand, jord och container. Ekonomi och personal Växthusen och bänkgården används i forskningsprojekt finansierade av VR, Formas, diverse externa och universitetsknutna fonder samt fakultetsmedel (inklusive doktorandprojekt). En del av odlingsytorna används inom grundutbildningen för odling av växtmaterial på genetik- och evolutionskurser samt för olika slags examensarbeten. Av naturliga skäl varierar användningen över året, speciellt i växthusen (mest på sommaren, minst på vintern). Kalla utrymmen och bänkgårdsytor används i första hand för växtmaterial som måste övervintras och utnyttjas därför hela året. Driftspengar har tagits in i förhållande till utnyttade ytor från resp. avdelning via fakturering för att täcka reparationer, lampbyten m.m. Hyra för odlingsytorna har betalats av respektive institution. Kostnader för odlings- och förbrukningsmaterial har användarna själva stått för. 18

19 Det tekniska ansvaret för odlingsytorna vid Geneticum har legat på en trädgårdsmästare som varit knuten till COB (pensionerad sedan juni 2009). Han har haft hand om styrningen av växthuset (inklusive låsningen), skadedjursbeskämpningen och den dagliga tillsynen av den apparatur som reglerar temperatur, automatbevattning och beskuggning. Den dagliga tillsynen och skötseln av de enskilda forskningmaterialen har forskarna själva tagit hand om, såvida de inte tillhört trädgårdsmästarens institution. Avdelningar utanför COB har (mot separat betalning) fått extra hjälp med vissa funktioner av trädgårdsmästaren (beställning av odlingsmaterial, extra tillsyn, etc.). Bekämpningen av skadedjur måste utföras av någon som har licens för detta, men denna tjänst kan förmodligen köpas in när behov uppstår; övriga funktioner måste skötas av någon som finns på plats, åtminstone en del av dagen. Frågan om ersättare efter trädgårdsmästarens pensionering måste lösas skyndsamt. Ärendet ligger för närvarande hos de båda prefekterna. Utvecklingsmöjligheter Växthusen och bänkgården kan anpassas till flera olika slags projekt- och organismgrupper. En stor del av det södra växthuset (mot f.d. Geneticum) utgörs av ett sammanhängande kallhus som kan användas till storskaliga experiment med växter eller andra organismer. En utökning av bänkgården efter rivningen av det gamla djurhuset och paviljongen skulle skapa en försöksgård som avsevärt skulle förbättra möjligheten att utföra storskaliga försök utomhus, såväl terrestra som akvatiska. Försöksgården måste inhägnas och vattenledningssystemet måste kompletteras för att säkra vattentillgången när djurhuset och paviljongen försvinner. Det är också viktigt att säkra elförsörjningen när djurhusen rivs. I många av växthuskamrarna kan man frigöra golvyta genom att ta bort befintliga odlingsbord. Vissa kammare måste hållas fria från pollinerande insekter, vilket sätter gränser för vilka material som kan hållas tillsammans. Tillgången till stora odlings- och experimentytor är en viktig resurs för lundabiologer som behöver göra stora replikerade försök under kontrollerade förhållanden. Stora odlingsytor krävs i alla forskningsprojekt där man måste skilja på arv och miljö (biosystematik, evolutionär ekologi, kvantitativ genetik) och är till stor nytta i experimentella projekt i ämnen som berör biologisk mångfald, utvecklingsbiologi (evo-devo), kopplingen mellan fenotypisk (adaptiv) och molekylär variation, samt ekologiska och evolutionära konsekvenser av invasiva arter, miljöoch klimatförändringar. Odlingsytorna har nyligen tagits upp som en betydelsefull resurs i det kommande forskningsprogrammet Biodiversity and Ecosystem services in a Changing Climate (BECC). Odlingshusen och försöksgården kan ses som en del av ett experimentarium, eller en ekotron, med stor flexibilitet vad gäller krav och tillgänglighet. Kontakt har tagits med den ansvarige för våra byggnader vid Akademiska Hus Syd, FVO 3, Håkan Sjöström. Han har bekräftat att de gamla djurhusen skall rivas sommaren Det finns enligt honom troligen möjligheter att finna mark i området för utökad försöksgård. Stängsel runt om är en förutsättning för att man skall kunna sätta ut apparatur till försök. Vid Ekologihuset reserverades vid bygget 1993 en grusplan mellan limnologiska avdelningen och mittflygeln till försöksgård. Men eftersom den inte var inhägnad användes den aldrig, utan gjordes efter omkring 5 år om till rosarium. Det är viktigt att det finns en kanal mellan den blivande storinstitutionen - Byggnadsenheten - Akademiska Hus där önskemål som ovan kan föras fram i god tid innan Akademiska Hus redan beslutat om ett projekt. De är ju troligen ute efter mer mark att bebygga. En permanent arbetsgrupp för infrastrukturfrågor som kan arbeta med frågor som ovan bör inrättas. Odlingsutrymmen vid Biologihuset Här finns ett relativt modernt varmväxthus (befuktning, tidsinställd belysning; totalt ca 130 m 2 ), ett kursväxthus (i anslutning till GU-lokaler) och odlingskammare. De senare utgörs av fem isolationskammare (8-10 m 2 per kammare) utrustade med pollentäta filter samt befuktning och fyra klimatkammare (ca 8.5 m 2 per kammare) i vilka man kan reglera ljus, temperatur, 19

20 luftfuktighet och koldioxidhalt. Delar av utrymmet är anpassade för odling av genmodifierade växter enligt jordbruksverkets bestämmelser. Det mesta används av växtfysiologer men det händer att delar lånas ut till andra enheter (växtbiokemi etc.). Sammanställt 26 juni 2009 av Stefan Andersson, växtekologi och systematik, Christer Brönmark, limnologi och Erling Jirle, kemisk ekologi/ekotoxikologi Djurlokaler vid Biologicentrum Bakgrund Biologisk forskning på djur där djurhållning behövs bedrivs f.n. vid Institutionen för celloch organismbiologi som har en barriäravdelning för hållande av traditionella försöksdjur i Zoofyshusets källare samt lokaler i Zoologihuset för hållande av främst grod och kräldjur, fisk och insekter. Dessutom hålls vildfångade djur såsom fågel och fisk i lokaler vid Ekologiska institutionen. Allmän beskrivning För att täcka biologicentrums samlade behov och för att skapa en flexibel djuravdelning med framtidspotential för att hålla både mer traditionella försöksdjur och olika vilda djur för biologisk forskning byggs och utrustas nu nya lokaler för djurhållning vid Biologicentrum (färdiga juni 2010). Dessa lokaler kommer också att utgöra ett komplement till övriga djuravdelningar vid LU som huvudsakligen är inriktade på barriärhållning av mus och råtta för biomedicinsk forskning. Djurlokalerna kommer att bestå av en nybyggnad B2 (i anslutning till W2) som i bottenvåningen innehåller två separata djuravdelningar med skild hygienisk status; en avdelning för hållning, avel och experiment på traditionella laboratoriedjur (såsom mus, råtta och marsvin) och en avdelning för hållning och experiment på gris och fågel (vildfångad). Dessutom ingår en avdelning med ombyggda lokaler i byggnad W1 för hållning och experiment på kräl, groddjur, fiskar samt insekter. Laboratoriedjuren (mus, råtta och marsvin) kommer att hållas i djurrum (6 st.) med öppet bursystem, men avd. skall vara förberedd för hållning i system med Individually Ventilated Cages (IVC). I anslutning till dessa djurrum kommer att finnas 2 st. labb/operationsrum. Dessutom finns en serviceavdelning med diskmaskiner för burar och dricksflaskor samt system för hantering av bäddmaterial (spån). Ett rum finns med plats för gris (3 6 st.), stallas i boxar, med kutterspån som bäddmaterial och halm som berikningsmaterial. Fyra rum finns för fågel, där dessa kan hållas i bur, samt under korta perioder friflygande i rum (voljär). Ett av rummen är byggt som klimatkammare. I anslutning till gris och fågelrum skall finnas labb/operationsrum. Dessutom finns ett servicerum med diskmaskiner för burar. Alla djurrum är utrustade med individuell styrning av ljus (dygnsvariation, nattljus) och temperatur (18 22 C, klimatkammare 4 22 C). Ventilation i tak (15 omsättningar/timme, övertryck, luftfuktighet (50±10 %). El och datanätuttag. Personal, djur och material slussas in och ut till/från resp. avdelning, pga. smittskydd och allergenspridning. Separat, men i anslutning till laboratoriedjursavdelningen finns ett kurslab/operationslab för 10 studenter. 20