Aeromonas Faeces Specifik odling Kvalitativ Lund

Transkript

1 (12) Bakteriologi Actinomyces spp Sekret, aspirat, vävnad, genitalia m.m. Specifik odling Aeromonas Faeces Specifik odling Antibiotikakänslighet Antibiotikakänslighet Antibiotikakänslighet Antibiotikakänslighet Antibiotikakänslighet Artbestämning Artbestämning Artbestämning Bakterier Bakteriekultur Bakteriekultur Bakteriekultur M. tuberculosiskomplexet Jästsvampkultur Mykobakteriekultur Bakteriekultur Bakteriekultur M. tuberculosiskomplexet och icke-tuberkulösa mykobakterier Bakteriekultur / jästsvampkultur / Blod, likvor och andra sterila punktat Lappdiffusionsmetod Muller-Hinton MIC-bestämning E-test/ strip, kolorimetri, omvänd hybridisering, Hain Lifescience för rifampicin och/eller isoniazid MIC-bestämning E-test, kolorimetri Resistensbestämning M tuberculosis 16S rdna och sekvensanalys, och omvänd hybridisering strip, Hain Lifescience VITEK SIR Tillgänglig på laboratoriet MIC /SIR + 1 spädningssteg Tillgänglig på laboratoriet Twin Cubator VITEK MIC / SIR + 1 spädningssteg Tillgänglig på laboratoriet Bactec 960 SIR Tillgänglig på laboratoriet Konventionell PCR Fragmentanalysator Sekvenator Twin Cubator Masspektrometri (MS) MALDI Biotyper Bactec FX Bakterier, patogena Genitalia odling

2 (12) Bakterier, patogena Bakterier, patogena Bakterier, patogena Bakterier, patogena Bakterier, patogena Bakterier, patogena Kammarvätska, konjunktivalsekret, glaskroppsmaterial Luftvägar nedre, sekret vid CF Punktat, katetrar/drän, biomaterial/spets, främmande kropp, CAPD Sekret luftvägar sekret övre - öga, öra, nasopharynx, sinus Borstprov Sårsekret, djupa infektioner Sårsekret, ytliga infektioner odling odling, specifik mikroskopi Bakterier, patogena Urin Aerob/anaerob odling Bakterier, patogena inkl S. agalactiae (GBS) Betahemolytiska streptokocker A, C, G Borrelia species DNA Urin Aerob odling CFU/ ml CFU/L CFU/L Luftvägar - Svalgsekret Specifik odling Vävnad, ledvätska och likvor, DNA-påvisning Realtids-PCR - Borrelia IgG Serum CLIA Liaison XL AU/mL 0 240, CV 8% Borrelia IgM Serum CLIA Liaison XL Kvantitativ; Index , CV 11% Borrelia IgG, Intratekalt producerad Borrelia IgM Intratekalt producerad Parat serum-/likvorprov Parat serum-/likvorprov EIA EIA eller semikvantitativ; index eller semikvantitativ; index CV 14% CV 10% Campylobacter Faeces Specifik odling

3 (12) Chlamydia trachomatis Urogenitala prov Ögonsekret Aptima Combo 2 Panther Hologic Gen-probe Clostridium difficile Faeces Specifik odling Clostridium difficile Toxin A & B Faeces Toxinbestämning VIDAS D- och L-arabinitolkvot Urin Masspektrometri GC-MS Relativ mängd (kvot) Dermatofyter Hudskrap, hår, nagel/skrap Odling EHEC Faeces / bakteriekultur Specifik odling, anrikning Realtids-PCR Endotoxin Vatten Kinetisk kromogen metod Endosafe MCS EU/mL EU/ml Gonokocker (Neisseria gonorrhoeae) Gonokocker (Neisseria gonorrhoeae) Haemophilus influenzae Helicobacter pylori Genitalia, ögon, svalg, sekret Urogenitala prov Ögonsekret Sterila punktat likvor, ledvätska mm Biopsi Specifik odling Aptima Combo 2 Panther Hologic Gen-probe Realtids-PCR inkl klaritromycinresistensbestämning Realtids-PCR Helicobacter pylori IgG Serum/plasma ELISA Euroimmun RU/mL CV < 20% Jästsvamp Blod, likvor och andra sterila punktat Jästsvamp Borstprov Specifik odling BacT/Alert CFU/mL Jästsvamp Hudskrap, hår, nagel/skrap Odling Jästsvamp Kroppsvätskor, sekret Specifik odling

4 (12) Kontroll Bakterier Bröstmjölk Odling Kontroll Bakterier Svamp Kontroll Bakterier Sterilkontroll medier, blod och blodprodukter, benbitar, hjärtklaffar mm Sterilkontroll av medicinska instrument och vätskor Kontroll Bakterier Vatten, terapibassäng Odling Kontroll Bakterier, relevanta Kontroll Bakterier, svamp Kontroll Bakteriesporer CFU/L Odling Sterilitetskontroll Bioburden odling CFU/100 ml Miljöprov Odling Vatten, i samband med dialysbehandling Sterilkontroll, hetluftssterilisator odling CFU/mL Odling /anrikning Kontroll Bakteriesporer Sterilkontroll, ångautoklav Odling /anrikning Listeria Meningokocker (Neisseria meningitidis) Faeces, Genitalia, Placenta, likvor mm Likvor Sekret nasopharynx, svalg Specifik Specifik odling MRSA Sekret, bakteriekultur, miljö Odling /anrikning, nukleinsyraamplifiering Realtids-PCR Mycoplasma genitalium Mycoplasma pneumoniae IgG Mycoplasma pneumoniae IgM Genital, urin Aptima Panther Hologic Gen-probe Serum/plasma ELISA Euroimmun RU/mL 0 200; CV < 20% Serum/plasma ELISA Euroimmun Mykobakterier Sputum, blod m m ACCU-probe

5 (12) Mykobakterier Sputum, blod m m Mikroskopi Mykobakterier Sputum, blod m m Specifik odling Mikr. fluorescens, ljusmikroskop Bactec 12B, 13A Bactec MGIT 960 System Bactec FX Mykobakterier Sputum, bronkialsköljvätska Cobas TaqMan Mögelsvamp Borstprov Specifik odling Mögelsvamp Mögelsvamp Hudskrap, hår, nagelskrap, naglar Sekret - nedre luftvägar djupa mykoser CFU/mL Odling Odling Mögelsvamp Sekret, djupa mykoser Mikroskopi Mögelsvamp Sterila punktat, vävnad Specifik odling Meningokocker (Neisseria meningitidis) Pneumokocker penicillinnedsatta S. agalactiae (GBS) Sterila punktat likvor, ledvätska mm Realtids-PCR Nasopharynxsekret Odling Genitalia, Neonatal screen (svalg,,öra navel, rectum) Salmonella sp Faeces Specifik Shigella sp Faeces Specifik odling Spa-typ Staphylococcus aureus och sekvensanalys Realtids-PCR Fragmentanalysator Sekvenator Streptococcus Sterila punktat likvor, Realtids-PCR

6 (12) pneumoniae ledvätska mm Svamp Sekret mm Direktmikroskopi Mikroskop Kvalitetiv Syfilisantikroppar Syfilisantikroppar Syfilisantikroppar Serum Serum Serum TPPA - partikelagglutination VDRL - flockningsreaktion WR komplementbindning titer +1spädningssteg Arbträra enheter +1 spädningssteg titer +1spädningssteg Syfilisantikroppar Serum/plasma CLIA Vitros 3600 Syfilisantikroppar Serum/plasma CLIA Liaison XL Toxoplasma gondii IgG Serum/plasma CLIA Liaison XL <3 400 IU/mL CV 14% Toxoplasma gondii IgM Serum/plasma CLIA Liaison XL Vibrio cholerae Faeces Specifik VRE (Vancomycinresistenta enterokocker) Sekret, faeces / bakteriekultur mm Anrikning / nukleinsyraamplifiering / Specifik odling Realtids-PCR Yersinia enterocolitica Faeces Specifik odling

7 (12) Parasiter Cryptosporidium Faeces Mikroskopi Cyclospora Faeces Mikroskopi Maskar, intestinala Faeces Mikroskopi Oocystor Faeces Mikroskopi Protozoer, intestinala Faeces Mikroskopi Schistosoma, ägg Urin, Faeces Mikroskopi

8 (12) Virologi Blodsmittescreen anti-hbc HBsAg HBsAg Hepatit C virus: anti-hcv Humant immunbrist virus (HIV): HIV-1 och HIV-2 antikroppar samt HIV-1 antigen (Combo) Humant T-cellslymfotropt virus: anti-htlv I/II Serum/plasma CLIA Vitros 3600 Serum CLIA Vitros 3600 Serum/plasma CLIA Liaison XL Serum/plasma CLIA Vitros 3600 Serum/plasma CLIA Vitros 3600 Serum/plasma CLIA Liaison XL Syfilisantikroppar Serum/plasma CLIA Vitros 3600

9 (12) Övrig virologi Adenovirus typ 40 och 41 DNA Adenovirus DNA BK-virus DNA Cytomegalovirus: CMV DNA Cytomegalovirus: CMV DNA Cytomegalovirus: CMV IgG Cytomegalovirus: CMV IgG Cytomegalovirus: CMV IgM Enterovirus RNA Epstein-Barr-virus: EBV DNA Faeces Realtids-PCR Serum/EDTA-plasma, biopsi, sekret, faeces, BAL, likvor, urin Serum/ EDTA-plasma, urin Realtids-PCR Realtids-PCR EDTA-plasma Cobas 6800 Serum/ EDTA-plasma, BAL, urin, likvor, biopsi, faeces, sekret Kopior/mL Linjärt mätområde 1,0E3 1,0E8 kopior/ml CV 44 % IU/mL Linjärt mätområde 35-1,0E7 IU /ml CV 25% Realtids-PCR Serum/plasma CLIA Vitros 3600 Serum/plasma CLIA Liaison XL Serum/plasma CLIA Liaison XL Faeces, likvor, sekret, biopsi, serum/edtaplasma, urin Serum/ EDTA-plasma, biopsi, likvor, sekret Realtids-PCR Realtids-PCR Kopior/mL Linjärt mätområde kopior /ml CV 39 % Epstein-Barr-virus: EBNA IgG Serum/plasma, ELISA Euroimmun Epstein-Barr-virus: EBV VCA IgM Epstein-Barr-virus: EBV VCA IgG Serum/plasma ELISA Euroimmun Serum/plasma ELISA Euroimmun

10 (12) Hepatit A virus: anti-hav totalantikroppar Hepatit A virus: anti-hav IgM anti HBc IgM anti-hbc totalantikroppar anti-hbe anti-hbs HBeAg HBsAg HBsAg HBsAg konfirmationstest HBV DNA Hepatit C virus: genotypning Serum/plasma CLIA Vitros 3600 Serum/plasma CLIA Vitros 3600 Serum/plasma CLIA Vitros 3600 Serum/plasma CLIA Vitros 3600 Serum/plasma CLIA Vitros 3600 Serum/plasma CLIA Vitros 3600 miu/ml Linjärt mätområde miu/ml, CV 7% Serum/plasma CLIA Vitros 3600 Serum CLIA Vitros 3600 Serum/plasma CLIA Liaison XL Serum/plasma CLIA Vitros 3600 Serum/plasma Cobas 6800 IU/mL Sekvenserad amplifierad RNA från plasma/serum ABI 842 Biometra Genotyp/subtyp Linjärt mätområde 10 1,7 E 9 IU/ml, CV 12% Hepatit C virus: anti-hcv Serum/plasma CLIA Vitros 3600 Hepatit C virus: Serum/plasma Cobas 6800 IU/mL Linjärt mätområde

11 (12) HCV RNA Herpes simplex virus typ 1 och typ 2 IgG Herpes simplex-virus typ 1 DNA Herpes simplex-virus typ 2 DNA Herpes simplex-virus typ 1 och 2 IgM Humant immunbrist virus (HIV-1) RNA Humant immunbrist virus: HIV-1 och HIV-2 antikroppar samt HIV-1 antigen (Combo) Humant papillomvirus (HPV) DNA Humant papillomvirus (HPV) DNA, högrisk HPV-typer Humant T-cellslymfotropt virus: anti-htlv I/II Influensa A virus RNA, inklusive subtyping av H3 och H IU/ml CV 23% Serum/plasma ELISA Euroimmun Serum/ EDTA-plasma, biopsi, likvor, sekret, BAL, urin Serum/ EDTA-plasma, biopsi, likvor, sekret, BAL, urin Realtids-PCR Realtids-PCR Serum/plasma ELISA Enzygnost Plasma Cobas 6800 Kopior/mL Linjärt mätområde kopior/ml CV 20% Serum/plasma CLIA Vitros 3600 Cellprov från slemhinna eller hud eller biopsimaterial Vätskebaserade vaginala cellprov Aptima MagNaPure Luminex Panther Hologic Gen-probe, genotyp Serum/plasma CLIA Liaison XL Luftvägssekret Realtids-PCR Influensa B virus RNA Luftvägssekret Realtids-PCR Morbillivirus IgG Serum/plasma ELISA Euroimmun Morbillivirus IgM Serum/plasma ELISA Enzygnost Norovirus genogrupp I RNA Faeces Realtids-PCR

12 (12) Norovirus genogrupp II RNA Faeces Realtids-PCR Parotitvirus IgG Serum/plasma ELISA Euroimmun Parotitvirus IgM Serum/plasma ELISA Enzygnost Parvovirus B19 DNA EDTA-plasma, serum, fostervatten och vävnadsmaterial Realtids-PCR Parvovirus B19 IgM Serum/plasma CLIA Liaison XL Parvovirus B19 IgG Serum/plasma CLIA Liaison XL Respiratory syncytial virus typ A och B RNA Rotavirus RNA Luftvägssekret Realtids-PCR Faeces, likvor, serum/edta-plasma Realtids-PCR Rubellavirus IgG Serum/plasma CLIA Liaison XL Rubellavirus IgM Serum/plasma CLIA Liaison XL Sapovirus RNA Faeces Realtids-PCR Varicella zoster-virus IgG Serum/plasma CLIA Liaison XL Varicella zoster-virus IgM Serum/plasma ELISA Enzygnost Varicella-zoster-virus DNA Serum/ EDTA-plasma, biopsi, likvor, sekret, BAL, urin Realtids-PCR