Komponent System Metod Enhet Nivå/Mätosäkerhet Ort

Transkript

1 1 (14) Klinisk mikrobiologi Utdrag ur Ackrediteringens omfattning MIK Komponent ystem Metod Enhet Nivå/Mätosäkerhet Ort Bakteriologisk diagnostik Antikroppsbestämning B. pertussis IgG- och IgA-Ak EIA IU/ml PT-IgG Immunitet: Ingen mätbar immunitet/ annolikt immun men på låg nivå/ annolikt långvarig immunitet Övriga: Påvisade hög nivå/ Påvisade/ Negativ Borrelia IgG- och IgM-Ak /P CLIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Borrelia IgG- och IgM-Ak EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Borrelia IgG- och IgM-Ak / Csv EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Chlamydophila pneumoniae IgG- och IgM-Ak EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Difteri toxin-ak NT IU/ml Ingen mätbar immunitet/ annolikt immun men på låg nivå/ annolikt långvarig immunitet. +/- 1 titersteg Helicobacter pylori IgG-Ak EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Mycoplasma pneumoniae IgG- och IgM-Ak EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ yfilis IgG- och IgM-Ak CMIA Påvisade/ Negativ CV <10% H, yfilis IgM-Ak EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ yfilis TPPA / Csv AGGL Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ +/- 1 titersteg

2 2 (14) yfilis VDRL / Csv FLOCKN Tetanus IgG-Ak EIA IU/ml Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ +/- 1 titersteg Immunitet : Ingen mätbar immunitet/ annolikt immun men på låg nivå/ annolikt långvarig immunitet. CV 16 % Komponent ystem Metod Enhet Nivå/Mätosäkerhet Ort Blod/ Cerebrospinalvätska Bakterier samt jästsvamp och mögelsvamp Blod ODL AE+AN Växt/ Ingen växt H, Bakterier samt jästsvamp och mögelsvamp Csv ODL AE+AN Växt/ Ingen växt H, Jästsvamp och mögelsvamp Blod ODL Växt/ Ingen växt H, Pneumokock-DNA, Haemophilus influenzae-dna, Meningokock-DNA. (Meningitbakterier) Csv/ isolat PCR Positiv/ Negativ H, Faeces Clostridium difficile-toxin B-DNA F PCR Positiv/ Negativ H, EHEC-, EPEC-, ETEC- och EIEC-DNA F PCR Positiv/ Negativ, Helicobacter pylori-ag F IMKR Positiv/ Negativ almonella, higella, Yersinia, Campylobacter, Aeromonas, Plesiomonas, Vibrio, Clostridium difficile. (Patogena tarmbakterier) F ODL Växt/ Ingen växt H

3 3 (14) Genitala prov Bakterier och jästsvamp Cervix/ uretra ODL Växt/ Ingen växt H, Chlamydia trachomatis- och Neisseria gonorrhoeae-dna Mycoplasma genitalium-dna Neisseria gonorrhoeae Neisseria gonorrhoeae-dna Cervix/ uretra/ U/ vaginalsekret/ vaginalsekret i urin U/ cervix- och uretrasekret i urin ekret/ cervix/ uretra/ rektum ekret/ cervix/ uretra/ rektum NAT; DA Positiv/ Negativ H PCR Positiv/ Negativ H ODL Växt/ Ingen växt H PCR Positiv/ Negativ H Luftvägar Arcanobacterium haemolyticum ekret/ svalg ODL Växt/ Ingen växt Bordetella pertussis- och Bordetella parapertussis-dna Chlamydophila pneumoniae-dna Corynebacterium diphtheriae Legionella Nf asp/ Nf/ svalgsekret/ trakealsekret/ bronksekret/ BAL/ sputum Nf asp/ Nf/ svalgsekret/ trakealsekret/ bronksekret/ BAL/ sputum ekret/ svalgsekret/ sårsekret BAL/ luftvägar/ trakealsekret/ vävnad/ kultur PCR **POITIV**/ Negativ PCR **POITIV**/ Negativ ODL Växt/ Ingen växt ODL Växt/ Ingen växt

4 4 (14) Legionella species-dna Legionella pneumophila-dna Mycoplasma pneumoniae- DNA Trakelalsekret/ bronksekret/ BAL/ sputum Trakealsekret/ bronksekret/ BAL/ sputum Nf asp/ Nf/ svalgsekret/ trakealsekret/ bronksekret/ BAL/ putum PCR **POITIV**/ Negativ PCR **POITIV**/ Negativ PCR **POITIV**/ Negativ Patogena luftvägsbakterier Patogena bakterier, jästsvamp och mögelsvamp Patogena bakterier, jästsvamp och mögelsvamp ekret/ Nf/ svalgsekret BAL/ borste/ bronk/ gingiva/ sinus Trakelasekret/ Bronksekret/ Trakealtubsekret ODL Växt/ Ingen växt H, ODL Växt/ Ingen växt H, ODL Växt/ Ingen växt H, Patogena bakterier, jästsvamp och mögelsvamp putum ODL Växt/ Ingen växt H, år/ekret Patogena bakterier ekret/ punktat/ dränage/ vävnad/ pleurakateter/faeces ODL AE+AN Växt/ Ingen växt H, Urin Legionella pneumophila-ag U IMKR Positiv/ Negativ H, Pneumokock-Ag U IMKR Positiv/ Negativ H, Patogena bakterier U ODL Växt/ Ingen växt H,

5 5 (14) Övrigt, bakteriologisk diagnostik Artbestämning av bakterier Kultur Maldi-TOF H, Bestämning av MIC, minsta hämmande koncentration antibiotika Resistensbestämning Kultur RE, mik mg/l H, Resistensbestämning Kultur RE; DIK H, Mykobakteriologisk diagnostik Artbestämning av icke-tuberkulösa mykobakterier - DNA Isolat EKV Art Artbestämning av icke-tuberkulösa mykobakterier - DNA Art- och molekylärbiologisk resistensbestämning av MAC, M. Abcessus-komplexet och M. chelonae Molekylärbiologisk resistensbestämning av Mycobacterium tuberculosis-komplexet-dna Mycobaterium tuberculosis-komplexet-dna Mykobakterier Mykobakterier Isolat Isolat Isolat ekret/ vävnader/ kroppsvätskor ekret/ vävnader/ kroppsvätskor ekret/ vävnader/ kroppsvätskor PCR/ HYBR PCR/ HYBR PCR/ HYBR Art Art Påvisad/ Inte påvisad PCR Positiv/ Negativ MIKR Positiv/ Negativ ODL Växt/ Ingen växt Mykobacterium tuberculosis-komplexet Isolat RE / R TB-antigen, Interferon-gamma Blod EIA Positiv/ Negativ Mykologisk diagnostik Artbestämning av jästsvamp och mögelsvamp Isolat Maldi-TOF H,

6 Aspergillus-Ag / BAL EIA Positiv/ Negativ Aspergillus-DNA Blod/ P/ BAL/ vävnad PCR Positiv/ Negativ H Cryptococcus-Ag / Csv Lateral Flow Assay Titer, Positiv/ Negativ Dermatofyter, jästsvamp, mögelsvamp Nagel/ hudskrap/ hår ODL Växt/ Ingen växt Dermatofyt-DNA, Trichophyton interdigitale-dna och Trichophyton rubrum-dna Nagel/ hudskrap (från fötter) 6 (14) PCR Positiv/ Negativ Pneumocystis jiroveci-dna BAL/ sputum PCR Positiv/ Negativ H Resistensbestämning av jästsvamp och sporulerande mögelsvamp Resistensbestämning av jästsvamp och Aspergillus mögelsvamp Dermatofyter, jästsvamp, mögelsvamp Jästsvamp, mögelsvamp Jästsvamp, mögelsvamp och endemiska (dimorfa) svampar Isolat EUCAT mg/l Isolat RE, mik mg/l H, hudskrap/ hår/ sekret/ vävnader/ kroppsvätskor sekret/ vävnader/ kroppsvätskor ekret/ vävnader/ kroppsvätskor MIKR Fynd/ Inga fynd MIKR Fynd/ Inga fynd H ODL Växt/ Ingen växt H, H, Parasitologisk diagnostik Cryptosporidier F MIKR Påvisad/Ej påvisad H Cystor och maskägg F MIKR Påvisad/Ej påvisad H Leishmania Benmärg/ sår MIKR Påvisad/Ej påvisad H Malaria Blod MIKR Påvisad/Ej påvisad H, Mikrofilaria Blod MIKR Påvisat/ Inte påvisat H

7 Mikrofilaria Hud MIKR Påvisat/ Inte påvisat H chistosoma U/ biopsi MIKR Påvisat/ Ej påvisad H pringmask (Enterobius vermicularis) Tejpprov MIKR Påvisat/ Inte påvisat H trongyloides F ODL, MIKR Påvisad/ Ej påvisad H Cryptosporidium spp-dna, Entamoeba histolytica-dna och Giardia intestinalis-dna Tarmparasiter-DNA 7 (14) F PCR **POITIV**/ Negativ H Toxoplasma gondii IgG-Ak CMIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Toxoplasma gondii IgM-Ak CMIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Toxoplasma gondii-dna Blod, Csv, fostervatten PCR Positiv/ Negativ H Trofozoiter F färsk MIKR Påvisat/ Inte påvisat H Trypanosoma Blod MIKR Påvisat/ Inte påvisat H Vårdhygienisk diagnostik Geobacillus stearothermophilus och Bacillus atrophaeus porprov från autoklav och torrsterilisator ODL terilt/ Inte sterilt H Heterotrofa bakterier Bassängvatten ODL CFU/mL Detektionsnivå: 5CFU/mL Pseudomonas aeruginosa Bassängvatten ODL CFU/100mL Detektionsnivå: 1CFU/100mL Viabla mikroorganismer Cellsuspension, medium, trombocytkoncentrat och andra blodprodukter utan antibiotika ODL CFU/mL Detektionsnivå: 5CFU/mL H,

8 8 (14) Viabla mikroorganismer Cellsuspension och medium, med antibiotika ODL CFU/mL Detektionsnivå: 1CFU/mL H, Patogena bakterier Bröstmjölk ODL CFU/mL Godkänt/ Ej godkänt Detektionsnivå:100 CFU/mL H Bakterier, jästsvamp och mögelsvamp Bakterier, jästsvamp och mögelsvamp Heterotrofa bakterier, Pseudomonas aeruginosa, Legionella och mykobakterier Renat vatten, hemodialysvätska Renat vatten, hemofiltrationsvätska köljvätska från endoskopdiskdesinfek tor, ODL CFU/mL Detektionsnivå: 5CFU/mL ODL CFU/100mL Detektionsnivå: 1CFU/100mL ODL CFU/100mL Detektionsnivå: 1CFU/100mL Endotoxin Renat vatten, hemodialysvätska, hemofiltrationsvätska och övrigt vatten Endoafe- MC system EU/mL Detektionsnivå 0,05EU/mL EBL (screening) F/ ekret/ U ODL Växt/ Ingen växt H, Legionella Vatten ODL CFU/100mL Detektionsnivå: 1CFU/100mL MRA-DNA, nucgen (screening) Näsa/ ekret/ U ODL, PCR Växt/ Negativ H, MRA-DNA, nucgen- och meca gen (verifiering) Isolat ODL, PCR, Maldi-TOF Positiv/ Negativ H, VRE-DNA (screening) F/ ekret/ U PCR, ODL Växt/ Negativ H VRE-DNA (verifiering) Isolat ODL, PCR, Maldi-TOF Positiv/ Negativ H

9 9 (14) Virologisk diagnostik Adenovirus-DNA, bocavirus-dna, coronavirus OC43- RNA, coronavirus NL63-RNA, coronavirus HKU1-RNA, coronavirus 229E-RNA, enterovirus-rna, metapneumovirus-rna, parainfluensavirus 1, 2 och 3-RNA och rhinovirus-rna Luftvägsvirus utvidgad diagnostik Influensa A-virus-RNA, Influensa B-virus-RNA och R-virus-RNA Nf/ Nf asp/ BAL/ trakealsekret Nf/ Nf asp/ BAL/ trakealsekret PCR **POITIV**/ Negativ PCR **POITIV**/ Negativ H,, Ö Adenovirus Adenovirus-DNA PCR; kvant Kopior/mL **POITIV**/ Negativ, <500-1x10 8, CV <35% H Adenovirus-DNA F/ kornea/ konjunktivalsekret/ svalg PCR **POITIV**/ Negativ H, CMV CMV-DNA Vävnad PCR **POITIV**/ Negativ H CMV-DNA BAL/ P/ U/ / Csv PCR; kvant IU/mL **POITIV**/ Negativ, <500-1x10 8, CV <35% H CMV IgG-Ak CMV IgM-Ak CMIA Au/mL Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ <10% H, EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ CMIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ

10 10 (14) EBV EBV-DNA PCR; kvant Kopior/mL **POITIV**/ Negativ, <500-1x10 8, CV <35% H EBV EBNA IgG-Ak CMIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ EBV VCA IgG-Ak EBV VCA IgM-Ak ELFA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ CMIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ ELFA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ CMIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Enterovirus Enterovirus-RNA Csv/ F PCR **POITIV**/ Negativ H, Hepatit A-, B-, C- och D-virus Hepatit A IgG-Ak CMIA Positiv/ Negativ H, Hepatit A IgM-Ak CMIA Positiv/ Gränsvärde/ Negativ H, Hepatit B core-ak (anti-hbc II) CMIA Positiv/ Negativ H, ChLIA Positiv/ Negativ H Hepatit B core IgM-Ak (anti-hbc IgM) CMIA Positiv/ Negativ H, Hepatit B e-ak (anti-hbe) CMIA Positiv/ Negativ H, Hepatit B yt-ak (anti-hbs) CMIA IU/L , CV <12% H, Hepatit B e-ag (HBeAg) CMIA Positiv/ Negativ H, Hepatit B-DNA / Csv PCR; kvant IU/mL Negativ, <10 - >1.00E9, CV <25% H

11 11 (14) Komponent ystem Metod Enhet Nivå/Mätosäkerhet Ort Hepatit B yt-ag (HBsAg Qualitative II) CMIA Positiv/ Negativ H, ChLIA Positiv/ Negativ H Hepatit C-Ak CMIA Positiv/ Negativ H, ChLIA Positiv/ Negativ H Hepatit C-Ak konfirmation INNO-LIA Positiv/ Gränsvärde/ Negativ/ H, Hepatit C-RNA PCR; kvant IU/mL Negativ,<15 - >1.00E8, CV <25% H Hepatit D-Ak EIA Positiv/ Negativ H Herpes simplex Herpes simplex 1- och 2-DNA Csv PCR Positiv/ Negativ H, Herpes simplex 1- och 2-DNA Blåsa NAT; DA Positiv/ Negativ H Herpes simplex 1- och 2-DNA ekret/ kornea/ konjunktivalsekret PCR Positiv/ Negativ Herpes simplex 1 och 2 IgG-Ak EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Herpes simplexvirus IgG-Ak EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Herpesvirus 6 Herpesvirus 6 (HHV-6)-DNA P/ / Benmärg PCR; kvant Kopior/mL **POITIV**/ Negativ, <500-1x10 8, CV <25% H HIV och HTLV CMIA Positiv/ Negativ H, HIV-1/HIV-2-Ag/Ak ChLIA Postiv/ Negativ H HIV-1-/HIV-2-Ak konfirmation IMKR Positiv/ Gränsvärde/ Negativ H,

12 12 (14) Komponent ystem Metod Enhet Nivå/Mätosäkerhet Ort HIV p24 antigen och HIV p24 antigen neutralisationstest EIA Positiv/ Negativ H, HTLV-1/HTLV-2-Ak CMIA Positiv/ Negativ H, ChLIA Positiv/ Negativ H HIV-1-RNA P PCR; kvant kopior/ml <20 - >1.00E7, CV<25% H Morbillivirus Morbillivirus IgG-Ak EIA miu/ml CV 14% Morbillivirus IgM-Ak EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Morbillivirus-RNA / U/ Nf asp/ Nf PCR **POITIV**/ Negativ Norovirus Norovirus GI- och GII- RNA F/ kräkning PCR Positiv/ Negativ H,, Ö Parechovirus Parechovirus-RNA Csv/ F PCR **POITIV**/ Negativ H, Parotitvirus Parotitvirus IgG-Ak EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Parotitvirus IgM-Ak EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Parvovirus B19 Parvovirus B19-DNA Benmärg PCR **POITIV**/ Negativ H Parvovirus B19-DNA PCR; kvant Kopior/mL **POITIV**/ Negativ, <500-1x10 8, CV<35% H

13 Parvovirus B19 IgG- och IgM-Ak EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ 13 (14) Rotavirus Rotavirus-RNA F/ kräkning PCR Positiv/ Negativ H, Rubellavirus Rubellavirus IgG-Ak Rubellavirus IgM-Ak EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ CMIA IU/mL CV <12 % H, ELFA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ apovirus apovirus-rna F/ kräkning PCR Positiv/ Negativ H, TBE-virus TBE-virus IgG-Ak EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ TBE-virus IgM-Ak EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Varicella zoster-virus Varicella zoster-virus-dna Blåssekret, Csv PCR Positiv/ Negativ H, Varicella zoster-virus IgG-Ak EIA miu/ml CV 20% ELFA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Varicella zoster-virus IgM-Ak EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ

14 14 (14) ystem: BAL = Bronkoalveolärt lavage, Lkc = Leukocyter, F = Feces, Nf = Nasofarynxsekret, Nf asp = Nasofarynxaspirat, P = Plasma, = erum, Csv = Cerobrospinalvätska, U = Urin, Bi = Biopsi Metoder: AGGL = Agglutination, CLIA/ ChLIA = Chemiluminescent Immuno Assay, CMIA = Chemiluminescent Microparticle Immuno Assay, CYTOTOX = Cytotoxintest, EIA = Enzyme Immuno Assay, ELFA = enzymelinked fluorescent antibody assay, FLOCKN = Flockning, FPIA = Fluorescence Polarisation Immuno Assay, IF = Immunfluorescens, IMKR = Immunkromatografi, INNO-LIA = Line immunoassay, KB = Komplementbindning, MEIA = Microparticle Enzyme Immuno Assay, RE, mik = Resistensbestämning vid mikrospädningsmetod, MIF = Immunfluorescens, mikro-, MIKR = Mikroskopi, NAAT= Nucleic Acid Amplification Test, DA = trand Displacement Amplification ( Nukleinsyra-amplifieringsteknik), NT = Neutralisationstest, ODL = Odling, ODL AE+AN = Odling aerob och anaerob, PCR = Polymerase Chain Reaction, PCR HYBR = Polymerase Chain Reaction Hybridisering, PCR; kvant = Realtids-PCR; kvantitativ, RE; DIK = Resistensbestämning, diskdiffusion,, EKV = ekvensering Utrustning: PH: Primary ample Handling instrument (Roche); MP96: MagNA Pure 96 (Roche); LC480: LightCycler 480 (Roche); ABI7500: Applied biosystems instrument 7500 (Thermo cientific) Nivå/Mätosäkerhet: = sensitiv, R= resistent Ort: H = Huddinge, = olna, Ö = ödersjukhuset