Bakterier, allmän diagnostik

Transkript

1 Bakterier, allmän diagnostik Utrustning Enhet Lab/Ort Artbestämning Bakterier, jästsvamp Masspektrometri Microflex MALDI Biotyper Allmän odling Patogena bakterier, Sekret från sår/abscess /punktat/intravasala Odling Växt/Ingen växt jästsvamp katetrar/vävnad/sekret urogenital. Ögonsekr/ skrap/sterila punktat Bakterier, jästsvamp Sterila punktat Odling Växt/Ingen växt Bakterier, jästsvamp CAPD-vätska Odling Växt/Ingen växt Multiresistenta Sekret/punktat/ Odling Växt/Ingen växt bakterier abscesser/feces Gonokocker Sekret urogenital-/svalg- /anus- Odling Växt/Ingen växt Bakterier, jästsvamp Blod/Trombocytkonc Odling BacTAlert Växt/Ingen växt Feces odling Patogena Feces Odling Växt/Ingen växt tarmbakterier EHEC 0157 Feces PCR Rotorgene Clostridium difficile Feces Odling Växt/Ingen växt Clostridium difficile Feces toxinpåvisn. minividas Påvisat/Gräns-värde /Ej påvisat toxin ELFA Luftvägar odling β-hem. streptokkr., Coryneb. difteriae, speciella patogena bakt. Sekret från svalg Odling Växt/Ingen växt 1(13)

2 Patogena bakterier Sekret fr nasofarynx Odling Växt/Ingen växt Patogena bakterier, jästsvamp Patogena bakterier, jästsvamp Sekret från bronk/bal/ borstprov/ mellanöra/ Odling Växt/Ingen växt sinus/ trakea/tubspets/ peritonsillabscess/ sputum Urinodling Urin Odling CFU/L (rutin) CFU/L (utvidg) Mykologisk diagnostik Jäst-/mögelsvamp Dermatofyter, Jäst- /mögelsvamp Hyfer- /jästsvampceller Hygiendiagnostik Sekret/punktat/ kroppsvätskor Hud/hår/naglar Odling (se även Derm-PCR) Hud/hår/naglar/annat material Mikroskopi Fluorescensmikroskop Utrustning Enhet Lab/Ort Odling Växt/Ingen växt 2(13) Växt/Ingen växt Utrustning Enhet Lab/Ort Bakterier, jästsvamp Bröstmjölk Odling CFU/mL Bakterier, jästsvamp Dialysat/ultrafilter Odling CFU/mL Bakterier Bassängvatten Odling 1 - >1 000 CFU/mL 1 - >1 000 CFU/100mL Bakteriesporer Sterilkontroll Odling Växt/Ingen växt Bakterier/jäst-/ mögelsvamp Luft Odling Sartorius MD8 1 - >300 CFU/m 3

3 Tropikmedicinsk diagnostik Utrustning Enhet Lab/Ort Malariapåvisning Blod Mikroskopi Ljusmikroskop Påvisade/ Ej påvisade Parasitologi, Feces Feces Mikroskopi Ljusmikroskop Påvisade/ Ej påvisade Antibiotika och antimykotika undersökningar och Övriga dokument Utrustning Enhet Lab/Ort Resistensbestämning Bakterier Diskdiffusion S/I/R-grupp MIC-bestämning E-test MIC Resistensbestämning Jästsvamp MIC Buljong-spädnings-serie mikrotiter-platta Sensitive YeastOne 0, mg/l 0, mg/l 0, mg/L beroende på ab MIC 0,015-8 mg/l 0,008-8 mg/l 0,06-64mg/L 0,008-8mg/L 0,12-128mg/L 0,12-8 mg/l Beroende på antimykotika 3(13)

4 Virusserologi Utrustning Enhet Lab/Ort Hepatit A Anti-HAV IgG Serum/plasma CMIA Architect Negativt/Positivt S/CO " " IgM HAV TOT ELFA Vidas Negativt/Positivt Index Hepatit B HBsAg Serum/plasma CMIA Architect Negativt/Positivt IU/mL HBsAg CLIA VITROS3600 Negativt/Positivt S/CO HBsAg ELFA minividas Negativt/Positivt Index Anti-HBs CMIA Architect miu/ml HBeAg Negativt/Positivt anti-hbe S/CO anti-hbc CLIA VITROS3600 Negativt/Positivt S/CO anti-hbc Ig (total) CMIA Architect Negativt/Positivt anti-hbc IgM S/CO anti-hbc IgG + IgM ELFA minividas Negativ/Gränsvärde/Positiv Index Hepatit C anti-hcv Serum/plasma CMIA Architect Negativt/Gråzon/Positivt S/CO anti-hcv CLIA VITROS3600 Negativt/Gråzon/ Positivt S/CO HCV Ag CMIA Architect Negativt/Positivt fmol/l 4(13)

5 Utrustning Enhet Lab/Ort Humant immunbristvirus diagnostik (HIV) anti-hiv-1/2 ak, ag Serum/plasma CMIA Architect Negativt/Positivt S/CO ELFA minividas Negativt/Positivt Index anti-hiv-1/2 ak Immuno-kromatografi Geenius Negativt/Positivt/Ej bedömbart Humant T-cells leukemivirus typ 1 och 2 rhtlv I/II ak Serum/plasma CMIA Architect Negativt/Positivt S/CO Cytomegalovirus diagnostik (CMV) CMV IgG CMV IgM Serum/plasma ELFA minividas Negativt/Positivt au/ml Negativt/Gränsv./ Positivt Index Epstein Barrvirus diagnostik (EBV) EBNA IgG Serum/plasma CLIA Liaison Negativt/Gränsv./ Positivt U/mL kärnantigen EBV-VCA IgG kapsidag. EBV-VCA IgM kapsidag. Negativt/Positivt Negativt/Gränsv./ Positivt U/mL Rubellavirus diagnostik Rubella IgG Serum/plasma CMIA Architect Negativt/Gränsv./ Positivt IU/mL 5(13)

6 Blodscreening Utrustning Enhet Lab/Ort Blodscreening anti-hbc Ig (total) Serum/plasma CMIA Architect Negativt/Positivt S/CO anti-hbc Ig CLIA VITROS3600 Negativt/Positivt S/CO HBsAg CMIA Architect Negativt/Positivt IU/mL HBsAg CLIA VITROS3600 Negativt/Positivt S/CO anti-hcv CMIA Architect Negativt/Gråzon/ Positivt S/CO anti-hcv CLIA VITROS3600 anti-hiv 1/2 ak, ag CMIA Architect Syfilisantikroppar Negativt/Positivt S/CO IgG + IgM HTLV I/II ak Negativt/Positivt S/CO 6(13)

7 Bakterieserologi Borrelia serologi Borrelia IgG (VlsE) Utrustning Enhet Lab/Ort Serum/plasma/likvor CLIA Liaison Negativt/Gränsv./ Positivt AU/mL Index Borrelia IgM (OspC) Helicobacter serologi Helicobacter pylori Serum/plasma EIA Analyzer 1 - >5,0 OD/cutoff ak IgG Helicobacter pylori Feces EIA Spectro-fotometer OD 450/ nm ag Syfilis serologi Syfilisantikroppar Serum/plasma/likvor Flocknings-reaktion 1 4 arb.enh Titer Syfilisantikroppar Serum/plasma/likvor Partikelaggl. 80->1280 Titer Syfilisantikroppar IgG + IgM Serum/plasma CMIA Architect Negativt/Positivt S/CO Övrig bakterieserologi QuantiFERON TB Gold -Mycobacterium tuberculosis stimulerade T-celler. Serum Provtagningkit med: Nil-rör TBag-rör Mitogenrör ELISA IGRA-test (Intrferon Gamma Release Assay) Analyzer I IU/mL 7(13)

8 Klinisk Immunologi Instrument Enhet Lab/Ort Kärnantikroppar (ANA) ANA-screening Serum/plasma IF IF- mikroskop >1600 Titer ENA-screening Serum/plasma IF IF- mikroskop Extraherbara nukleära ag Sm, SM-RNP, SS- A, SS-B, Scl-70, Jo-1, CENP-B, Ro52, Scl/PM, M2, nukleosomer, histoner ndna-antikroppar IgG Celiaki - serologi Vävnadstransglutaminas, t-tg IgA Serum/plasma Immunoblot Euroblot master Negativt/Positivt för varje ag Index Serum/plasma IF IF- mikroskop 10 sluttitr. Titer 8(13) Serum/plasma CLIA Liaison Negativt/Positivt AU/mL Reumatisk artrit serologi Reumafaktor IgM antikroppar Serum/plasma Partikelaggl sluttitr Titer ak mot cyklisk, Serum EIA Analyzer Negativt/Svagt positiv/positiv e/ml citrullinerad peptid, CCP Övrig immunologi ANCA-screen Serum/plasma Capture EIA Analyzer Neg/Pos Index MPO ak PR3 ak för varje ag GBM ak Serum/plasma EIA Analyzer Neg/Pos Index ANCA IF Serum/plasma IF IF- mikroskop titer slut titer

9 Instrument Enhet Lab/Ort GBM IF Serum/plasma IF IF- mikroskop GBM-kvant (ANCA) Serum/plasma EIA Analyzer Negativt/Gränsv./ Positivt Unit MPO-kvant IgG Serum/plasma EIA Analyzer Neg/Pos RU/mL (ANCA) PR3-kvant IgG (ANCA) Serum/plasma EIA Analyzer Neg/Pos RU/mL Kardiolipin ak IgG Serum/plasma EIA Analyzer Negativt/Positivt PL-IgG U/mL β2-glykoprotein 1 IgG Serum/plasma EIA Analyzer Negativt/Gränsv./ Positivt RU/mL antimitokondrie ak subtyp M2 Serum/plasma EIA Analyzer Negativt/Gränsv./ Positivt RU/mL 9(13)

10 Molekylärbiologi Molekylära metoder HSV 1 DNA (short unique region) HSV 2 DNA (glykoprotein G-gen) VZV (glykoprotein B-gen) DNA Chlamydophila pneumoniae DNA (MOMP-gen) Mycoplasma pneumoniae DNA (adhesin P1-gen) Chlamydia trachomatis p-dna (kryptisk plasmid) Skrap fr hud- o slemhinnelesioner, kornea, blåsmaterial. Skrap fr hud- o slemhinnelesioner, blåsmaterial. Svalgsekret, sputum, BAL, NPH-aspirat/sekret Urin, ögon-, cervix-, vaginal-, rectum- och urethrasekret. Realtids-PCR Instrument Enhet Lab/Ort MagNaPure 96 och STARlet /Rotorgene m2000sp m2000rt Ct-värde DC-värde Nesseria gonorrhoeae DNA (Opa-gen) Nesseria gonorrhoeae DNA (pora-gen konfirmerande PCR) Mycoplasma genitalium DNA (MgPa-adhesingen) 10(13) m2000sp Rotorgene MagNaPure 96 och STARlet /Rotorgene Ct-värde

11 Instrument Enhet Lab/Ort HSV 1 DNA (short unique region) Likvor Realtids-PCR Biorobot GenoM-48/ Rotorgene Ct-värde HSV 2 DNA (glykoprotein G-gen) VZV DNA Likvor (glykoprotein B-gen) B pertussis DNA (IS481-gen) Nasopharynxsekret MagNaPure 96 och STARlet /Rotorgene B parapertussis DNA (IS1001-gen) Norovirus GGI och GGII RNA Feces, kräkning Biorobot GenoM-48/ Rotorgene (orf1/orf2) Sapovirus Adenovirus DNA, Rotavirus RNA, Astro-virus RNA Feces Adv - smältvärde AsV - Ct-värde RoV - Ct-värde MRSA (nuc,meca) Isolat S aureus/kns Realtids-PCR "Kokprep." Rotorgene smältvärde vana- och vanb-gen DNA EHEC (VT1, VT2 eaea) DNA RS, Influensa A/B RNA Isolat Enterokocker Isolat Ct-värde Sekret från nasofarynx/bal Biorobot GenoM-48/ Rotorgene 11(13)

12 Instrument Enhet Lab/Ort Hepatit C virus RNA Serum/plasma Realtids-PCR m2000sp >0 - <12 m2000rt 12-1,0E8 >1,0E8 IU/mL Hepatit B virus DNA Serum/plasma m2000sp <10, >10- m2000rt <100E7, >100E7 IU/m Legionella pneu. och Sputum och BAL MagNaPure 96 och STARlet ssp. DNA /Rotorgene Ct/Tm Dermatofyt-PCR Hud/hår/naglar MagNaPure 96 och STARlet /m2000rt Ct-värde Högrisk HPV DNA Vätskebaserad cytologi m2000sp m2000rt Ct-värde Förkortningar CMIA, CLIA = Chemiluminiscense Immuno Assay EIA= Enzyme Immuno Assay ELFA= Enzyme Linked Fluorescent Assay, Vidas LiPA= Line probe assay IF = Immunofluorescens S/I/R = Sensitiv / indeterminant / resistent MIC = Minimum Inhibitory Concentration 12(13)

13 Provtagning omfattas inte av ackrediteringen. Om laboratoriet ändå själv utför provtagning omfattas provningen inte av ackrediteringen. Verksamhet utanför de egna laboratorielokalerna, s.k. fältverksamhet, ingår inte i ackrediteringen. Ackrediteringsomfattningen är flexibel enligt vad som anges i detta beslut. Det ackrediterade organet skall alltid kunna tillhandahålla en uppdaterad lista över den aktuella omfattningen för sin ackreditering. 13(13)