Beställningsinformation AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP 100 Tests P/N: Specimen Preparation Kit ART: US: 83315

Transkript

1 COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeaetest NG FÖR IN VITRO-DIAGNOSTISK ANVÄNDNING. Beställningsinformation AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP 100 Tests P/N: Specimen Preparation Kit ART: US: AMPLICOR CT/NG CT/NG AMP 96 Tests P/N: Amplification Kit ART: US: COBAS AMPLICOR NG DK 100 Tests P/N: Neisseria gonorrhoeae ART: Detection Kit US: COBAS AMPLICOR DK 100 Tests P/N: Detection Reagents Kit ART: US: COBAS AMPLICOR WB 500 Tests P/N: Wash Buffer Kit ART: US: Följande kit kan användas för detektion av Chlamydia trachomatis i prover som amplifieras med AMPLICOR CT/NG amplifieringskit. Detektion av Chlamydia trachomatis är ett användaralternativ. COBAS AMPLICOR CT DK 100 Tests P/N: Chlamydia trachomatis ART: Detection Kit US: Följande kit kan användas för detektion av CT/NG internkontroll som amplifieras med AMPLICOR CT/NG amplifieringskit. Detektion av internkontroll är ett användaralternativ när urinprover eller pinnprover som tagits i klamydiaodlingstranportmedium testas. Detektion av internkontroll är obligatoriskt vid testning av pinnprover som tagits och transporterats med AMPLICOR STD pinnprov- och transportkit. COBAS AMPLICOR IC DK 100 Tests P/N: Internal Control Detection Kit ART: US: Följande kit kan användas för uppsamling och transport av pinnprov från livmoderhals och urinrör. AMPLICOR STD STD SWAB 50 Tests P/N: Swab Specimen Collection ART: and Transport Kit US: P/N: /2009, Revision 5.0 COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae Test 1/36

2 Avsedd användning Testet COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae (NG) är ett kvalitativt in vitro-test för detektion av N. gonorrhoeae DNA i kliniska prover på COBAS AMPLICOR Analyzer. I testet används nukleinsyreamplifiering genom PCR (Polymerase Chain Reaction) och nukleinsyrehybridisering för detektion av Neisseria gonorrhoeae i urogenitala prover. Sammanfattning och förklaring av testet Neisseria gonorrhoeae (gonokocker) är den agens som orsakar gonorré. N. gonorrhoeae är gramnegativa diplokocker, cytokromoxidas-positiva, ickemotila och bildar inga sporer 1-3. N. gonorrhoeae är närbesläktad med N. meningitidis (meningokocker), den orsakande agensen för en typ av bakteriell hjärnhinneinflammation, och något mindre besläktad med N. lactamica, en ibland förekommande human patogen. Både N. gonorrhoeae och N. meningitidis smittar endast människor. Det finns flera andra arter av Neisseria som kan betraktas som normal flora hos människor, bland annat N. cinerea, N. elongata, N. flavescens, N. mucosa, N. sicca, och N. subflava 1,2. Neisseria gonorrhoeae-infektioner är den tredje vanligaste orsaken till sexuellt överförbara sjukdomar med 62,2 miljoner rapporterade fall av gonorré i världen 4. Hos män leder denna sjukdom vanligtvis till urinrörskatarr åtföljt av varig utsöndring. Hos kvinnor är sjukdomen vanligast i livmoderhalsen, men vagina och livmoder kan också smittas 2,5. Presumptiv diagnos av gonorré baserar sig på: observation av gramnegativa intracellulära diplokocker i gramfärgade utstryk av utsöndringar från urinröret på män och av sekret från livmoderhalsen på kvinnor; tillväxt av N. gonorrhoeae från urinröret (män) eller livmoderhalsen på utvalda odlingsmedier följt av demonstration av typisk kolonimorfologi, positiv oxidasaktivitet och typisk gramnegativ diplokockmorfologi, och/eller detektion av N. gonorrhoeae med icke-odlingslaboratorietest. En definitiv diagnos av gonorré kräver isolering av Neisseria gonorrhoeae från exponeringsplatserna genom odling (48-72 timmars odling på utvalt medium), demonstration av typisk kolonimorfologi, positivt oxidastest, typisk gramnegativ morfologi och bekräftelse på N. gonorrhoeae-odlingsisolat genom specifika identifieringsmetoder (syreproduktion från kolhydrater, snabba enzymtest, serologiska analyser, tester för specifik nukleinsyra) 1-3,5-7. Odling är nödvändig för resistensbestämning. 2/36 COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae Test 2/2009, Revision 5.0

3 Neisseria gonorrhoeae Testprincip Testet COBAS AMPLICOR NG baserar sig på fyra grundläggande processer: extraktion, PCR-amplifiering 8,9 av target DNA med hjälp av NG-specifika komplementära biotinylerade primers, hybridisering av de amplifierade produkterna till oligonukleotidprober som är target-specifika, samt detektion av probbundna amplifierade produkter genom kolorimetrisk bestämning. Utveckling av PCR-analys involverar identifiering av den särskilda region i target- DNA som ska amplifieras och syntetisering av två korta biotinylerade oligonukleotid-primers som är komplementära till regionerna som omger målsekvensen. Dessa biotinylerade primers binder till det komplementära omgivande området, och DNA-polymeraset förlänger sekvensen i 5' to 3'-riktningen med hjälp av överskott av deoxinukleotidtrifosfater (dntps) i reaktionsblandningen och skapar därmed en biotinylerad, komplementär DNA-sekvens som kallas amplicon. En oligonukleotidprob, specifik för amplicon, är bunden till ett fast stöd (mikropartiklar) och används för hybridisering (capture) av amplicon. Analysens detektionssystem använder ett avidin-hrp som binder till det biotinylerade amplicon som fångas på mikropartiklarna. Ett väteperoxidsubstrat och tetrametylbenzidinkromofor används för kolorimetrisk bestämning. Testet COBAS AMPLICOR NG är en multiplex-analys som möjliggör samtidig amplifiering av N. gonorrhoeae target DNA, C. trachomatis target DNA och CT/NG internkontroll DNA. Master Mix-reagenset innehåller biotinylerade primerpar specifika för C. trachomatis, N. gonorrhoeae och CT/NG IC. Detektion av C. trachomatis amplifierat DNA kan utföras om användaren vill. Detektion av CT/NG IC är obligatoriskt vid testning av pinnprover som tagits och transporterats med AMPLICOR STD pinnprov- och transportkit. Detektion av CT/NG IC kan utföras om användaren vill när urinprover eller pinnprover testas som tagits och transporterats i klamydiaodlingstranportmedium. Extraktion PCR-amplifiering Urogenitala epitelceller, leukocyter och associerade N. gonorrhoeae-celler samlas upp på pinnprov eller pelleteras från urin. Prover behandlas med ett rengöringsmedel som lyserar celler och frigör gonokock-dna. Därefter tillsätts ett till detergent som förbereder provet för amplifiering. Val av target Neisseria gonorrhoeae innehåller en maximalt konserverad DNA-sekvens (M Ngo PII) som, baserat på sekvenshomologi, till synes kodar för ett cytosin DNAmetyltranferas som hämmar nedbrytning av kromosomalt DNA av HaeIII restriktionsendonukleas. M Ngo PII-gensekvensen (ungefär 1044 baspar) finns i de olika N. gonorrhoeae-stammarna, och finns inte i de flesta andra, icke-gonokocka Neisseria-arter 10. Testet COBAS AMPLICOR NG använder biotinylerade primers SS01 och SS02 för att definiera en sekvens med cirka 201 nukleotider inom M Ngo PII-genen i N. gonorrhoeae. Amplifiering av target Bearbetade prover tillsätts i amplifieringsblandningen i amplifieringsrör (A-rör) där PCR-amplifiering sker. COBAS AMPLICOR Analyzer termocykel värmer reaktionsblandningen så att dubbelsträngat DNA denatureras och de specifika primer-målsekvenserna exponeras på Neisseria gonorrhoeae M Ngo PII-genen. När blandningen svalnar binder biotinylerade primers SS01 och SS02 till den komplementära N. gonorrhoeae DNA-sekvensen. 2/2009, Revision 5.0 COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae Test 3/36

4 Vid förekomst av överskott av deoxinukleosidtrifosfater (dntps), inklusive deoxiadenosin-, deoxiguanosin-, deoxicytidin- och deoxiuridin- (i stället för deoxitimidin) trifosfater, förlänger värmebeständigt Thermus aquaticus DNApolymeras (Taq pol) bundna primers längs målmallarna och skapar en 201- baspars dubbelsträngad DNA-molekyl som kallas amplicon. COBAS AMPLICOR Analyzer upprepar automatiskt detta förfarande ett angivet antal cykler, varvid varje cykel effektivt fördubblar mängden amplicon-dna. AMPLICOR CT/NG Master Mix innehåller även en andra uppsättning biotinylerade primers som amplifierar Chlamydia trachomatis (CT) target DNA i provet samtidigt med CT/NG internkontroll genom en analog process som den som beskrivs för Neisseria gonorrhoeae. Amplifiering av internkontroll I enzymbaserade amplifieringsprocesser, t.ex. PCR, kan effektiviteten minskas av hämmare som kan förekomma i det kliniska provet. CT/NG internkontroll möjliggör identifiering av bearbetade prover innehållande ämnen som kan störa PCR-amplifieringen. CT/NG internkontroll är ett icke smittbärande rekombinant plasmid-dna med likadana primerbindningsregioner som C. trachomatismålsekvensens, en randomiserad intern sekvens med samma längd och baskomposition som NG och CT-målsekvenserna, och en unik probbindningsregion som skiljer sig från target-amplicon. Dessa egenskaper valdes för att ge samma amplifiering för CT/NG internkontroll och CT/NG target DNA. CT/NG internkontrollreagens ingår i AMPLICOR CT/NG amplifieringskit. Det tillsätts i varje amplifieringsreaktion och amplifieras tillsammans med target DNA från det kliniska provet. Det valfria COBAS AMPLICOR detektionskitet för internkontroll innehåller en IC-specifik oligonukleotid captureprob som kan användas för identifiering av en positiv IC-signal i reaktionsblandningen. CT/NG internkontroll kan identifiera prover som innehåller hämmare som kan påverka amplifieringen och detektionen av 20 eller fler kopior av N. gonorrhoeae target nukleinsyra, fastställt genom Poisson-analys. Detektion av CT/NG internkontroll kan utföras om användaren vill när urinprover eller pinnprover testas som tagits och transporterats i klamydiaodlingstranportmedium. Detektion av CT/NG IC är obligatoriskt vid testning av pinnprover som tagits och transporterats med AMPLICOR STD pinnprov- och transportkit. Selektiv amplifiering Selektiv amplifiering av target DNA från det kliniska provet i testet COBAS AMPLICOR NG görs genom att använda AmpErase -enzym (uracil-nglykosylas) och deoxiuridintrifosfat (dutp). AmpErase-enzym identifierar och katalyserar nedbrytning av DNA-strängar innehållande deoxiuridin 11, men inte DNA-strängar innehållande deoxitymidin. Deoxiuridin finns inte i naturligt förekommande DNA, men alltid i amplicon på grund av användningen av deoxiuridintrifosfat i stället för deoxitymidintrifosfater som en av dntps i Master Mix-reagenset. Följaktligen innehåller endast amplicon deoxiuridin. Deoxiuridin gör kontaminerande amplicon känsligt för nedbrytning av AmpErase-enzym före amplifiering av target DNA. AmpErase-enzym, som ingår i Master Mix-reagenset, katalyserar klyvning av DNA som innehåller deoxiuridin vid deoxiuridinresterna genom att öppna deoxiriboskedjan vid C1-positionen. Vid uppvärmningen i det första värmecykelsteget vid alkaliskt ph på Master Mix brister amplicon-dnakedjan i deoxyuridinpositionen, varvid DNA-kedjan blir icke-amplifierbar. AmpErase-enzym är inaktivt vid temperaturer över 55 ºC, d.v.s. genom alla värmecykelsteg, och förstör därför inte target amplicon. Efter amplifiering denatureras eventuellt resterande enzym genom tillsats av denatureringslösning, 4/36 COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae Test 2/2009, Revision 5.0

5 Neisseria gonorrhoeae vilket förhindrar nedbrytning av target amplicon. AmpErase-enzymi testet COBAS AMPLICOR NG har visat sig inaktivera minst 10 3 kopior av deoxiuridininnehållande amplicon per PCR. Hybridiseringsreaktion Efter PCR-amplifiering tillsätter analysinstrumentet COBAS AMPLICOR automatiskt denatureringslösning till reaktionsblandningen i varje A-rör för kemisk denaturering av NG-amplicon och CT/NG internkontroll-amplicon så att enkelsträngat DNA bildas. Analysinstrumentet COBAS AMPLICOR överför portioner av denaturerat amplicon från varje A-rör till enskilda detektionskoppar (D-koppar). En suspension av magnetpartiklar täckta med en oligonukleotidprob specifik för N. gonorrhoeae (eller internkontroll, om användaren önskar) tillsätts i var och en av D-kopparna. Biotinmärkt NG och CT/NG internkontroll amplicon hybridiseras till de målspecifika oligonukleotidproberna som är bundna till magnetpartiklarna. Hybridiseringen av amplicon till den målspecifika proben ökar testets allmänna specificitet. Detektionsreaktion Efter hybridiseringsreaktionen tvättar COBAS AMPLICOR Analyzer magnetpartiklarna i varje D-kopp så att obundet material avlägsnas och tillsätter sedan avidin-hrp. Avidin-HRP binder till biotinmärkt amplicon som hybridiseras till de målspecifika oligonukleotidproberna som är bundna till magnetpartiklarna. COBAS AMPLICOR Analyzer avlägsnar obundet konjugat genom tvättning av magnetpartiklarna och tillsätter sedan en substratlösning som innehåller väteperoxid och 3,3',5,5'-tetrametylbensidin (TMB) i varje D-kopp. I närvaro av väteperoxid katalyserar partikelbundet HRP oxidation av TMB så att ett färgat komplex bildas, vars absorbans mäts av COBAS AMPLICOR Analyzer vid en våglängd på 660 nm. Reagenser AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP 100 test P/N: Specimen Preparation Kit ART: AMPLICOR CT/NG extraktionskit US: CT/NG URINE WASH (CT/NG urintvättbuffert) Tris-HCl-buffert 300 mm natriumklorid < 0,1 % rengöringsmedel 0,09 % natriumazid CT/NG LYS (CT/NG lyseringsreagens) Tris-HCl-buffert < 1 % solubiliserande ämne 0,09 % natriumazid CT/NG DIL (CT/NG spädningsmedel) Tris-HCl-buffert 6 mm magnesiumklorid < 25 % rengöringsmedel 0,05 % natriumazid 1 x 50 ml 1 x 25 ml 2 x 50 ml 2/2009, Revision 5.0 COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae Test 5/36

6 AMPLICOR CT/NG CT/NG AMP 96 test P/N: Amplification Kit ART: AMPLICOR CT/NG amplifieringskit US: CT/NG MMX 3 x 1,8 ml (CT/NG-huvudblandning) Tris-HCl-buffert EDTA 100 mm KCl Glycerol < 0,01 % AmpliTaq (Taq DNA-polymeras, mikrobiellt) < 0,005 % datp, dctp och dgtp < 0,016 % dutp < 0,01 % AmpErase (uracil-n-glykosylas) (mikrobiellt) < 0,0004 % SS01, SS02, CP24 och CP27 primers, biotinylerade 0,05 % natriumazid CT/NG IC (CT/NG internkontroll) Tris-HCl-buffert < 0,001 % icke smittbärande rekombinant plasmid-dna (mikrobiellt) innehållande CT-primerbindningsekvenser och en unik probbindningsregion < 0,005 % poly ra RNA (syntetisk) EDTA Amarant-färgämne 0,05 % natriumazid NG (+) C [N. gonorrhoeae (+)-kontroll] Tris-HCl-buffert < 0,001 % icke smittbärande rekombinant plasmid-dna (syntetiskt) innehållande N. gonorrhoeae-sekvenser < 0,005 % icke-specifik bärare av DNA (mammalie) < 0,5 % rengöringsmedel EDTA 0,05 % natriumazid CT (+) C [N. gonorrhoeae ( )-kontroll] Tris-HCl-buffert < 0,001 % icke smittbärande rekombinant plasmid-dna (syntetiskt) innehållande C. trachomatis-sekvenser < 0,005 % icke-specifik bärare av DNA (mammalie) < 0,5 % rengöringsmedel EDTA 0,05 % natriumazid 3 x 0,1 ml 1 x 0,8 ml 1 x 0,8 ml 6/36 COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae Test 2/2009, Revision 5.0

7 Neisseria gonorrhoeae COBAS AMPLICOR NG DK 100 test P/N: Neisseria gonorrhoeae ART: Detection Kit US: COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae detektionskit NG PS1 1 x 100 test (NG probsuspension 1) MES-buffert < 0,3 % suspension av Dynabeads (paramagnetiska partiklar) täckta med N. gonorrhoeae-specifik oligonukleotid captureprob (SS06T5) 0,09% natriumazid NG4 (NG probsuspension 2) Natriumfosfatbuffert 37 % Natriumtiocyanat < 0,2 % solubiliserande ämne 1 x 100 test + Xn 37 % (viktprocent) natriumtiocyanat Hälsoskadlig COBAS AMPLICOR DK 100 test P/N: Detection Reagents Kit ART: COBAS AMPLICOR detektionsreagenskit US: DN4 (Denatureringslösning) 1,6 % natriumhydroxid EDTA Tymolblått + Xi 1,6 % (viktprocent) natriumhydroxid 1 x 100 test Irriterande CN4 (Avidin-HRP konjugat) Tris-HCl-buffert < 0,001 % avidin-hrp Bovint serumalbumin (mammalie) Emulsit 25 (Dai-ichi Kogyo Seiyaku Co., Ltd.) 0,1 % fenol 1 % ProClin 150 konserveringsmedel SB3 (Substrat A) Citratlösning 0,01 % väteperoxid 0,1 % ProClin 150 konserveringsmedel 1 x 100 test 5 x 75 test 2/2009, Revision 5.0 COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae Test 7/36

8 SB (Substrat B) 0,1 % 3,3',5,5'-tetrametylbensidin (TMB) 40 % dimetylformamid (DMF) T 40 % (viktprocent) dimetylformamid (DMF) 5 x 5 ml Giftig R: 61-20/21-36 Kan ge fosterskador. Farligt vid inandning och hudkontakt. Irriterar ögonen. S: Undvik exponering Begär specialinstruktioner före användning. Vid olycksfall, illamående eller annan påverkan, kontakta omedelbart läkare. Visa om möjligt etiketten. COBAS AMPLICOR WB 500 test P/N: Wash Buffer ART: COBAS AMPLICOR tvättbuffert US: WB (10X-tvättkoncentrat) < 2 % fosfatbuffert < 9 % natriumklorid EDTA < 2 % rengöringsmedel 0,5 % ProClin 300 konserveringsmedel Varningar och säkerhetsåtgärder För in vitro-diagnostisk användning. 2 x 250 test Betydelsen av termen kopia i den här metodmanualen är 1 kopia av N. gonorrhoeae target nukleinsyra. En (1) kopia motsvarar den minsta mängd N. gonorrhoeae target nukleinsyra som skulle skapa ett positivt PCR-testresultat. Detta test är endast avsett att användas med livmoderhals-, urinrörs- och urinprov. Detta test är inte avsett för användning med svalg, rektal eller andra typer av prover, annat än de som anges. Prover är stabila den tid som anges i avsnittet Provtagning, transport och förvaring i denna bipacksedel. Testning av alla prover så tidigt som möjligt efter provtagning skapar mer tillförlitliga testresultat. Multipla variabeleffekter för förvaringstid och variationer associerade med transport av prover har inte utvärderats. Pipettera inte med munnen. Ät, drick eller rök inte i laboratorium. Använd engångshandskar, laboratorierock och ögonskydd när du hanterar prover och kitets reagenser. Tvätta händerna noga efter hantering av prover och kitets reagenser. 8/36 COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae Test 2/2009, Revision 5.0

9 Neisseria gonorrhoeae Undvik mikrobiell förorening av reagenserna när portioner tas från reagensflaskor. Användning av sterila engångspipetter och pipettspetsar rekommenderas. Sammanför inte reagenser från olika lot eller från olika flaskor i samma lot. Kassera oanvända reagenser och avfall enligt gällande nationella, regionala och lokala föreskrifter. Använd inte kit efter utgångsdatum. Kontakta närmaste Roche-kontor om du vill erhålla informationsblad om materialsäkerhet (MSDS). Arbetsgången på laboratoriet ska börja i pre-amplifieringsområdet och fortsätta mot post-amplifieringsområdet (amplifiering/detektion). Pre-amplifieringsarbetena ska börja med reagensberedning och fortsätta till extraktion. Förbrukningsmaterial och utrustning ska speciellt tilldelas varje pre-amplifieringsarbete och får inte användas för andra arbeten eller flyttas mellan områden. Handskar ska användas i alla områden. Byt handskar innan ett område lämnas. Utrustning och förbrukningsmaterial som används för reagensberedning får inte användas för extraktion eller för pipettering eller bearbetning av amplifierat DNA eller andra källor för target DNA. Förbrukningsmaterial och utrustning för post-amplifiering ska alltid stanna kvar i post-amplifieringsområdet. Prover ska behandlas som smittbärande i enlighet med säkra laboratorierutiner som exempelvis de rutiner som beskrivs i Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories 12 och i CLSI-dokument M29-A3 13. Rengör och desinficera noga alla arbetsytor med nyberedd lösning bestående av 0,5 % natriumhypoklorit i avjoniserat eller destillerat vatten. Vanliga hushållsblekmedel innehåller normalt 5,25 % natriumhypoklorit. En utspädning 1:10 med hushållsblekmedel ger en lösning med 0,5 % natriumhypoklorit. Testet COBAS AMPLICOR NG kan reagera med N. subflava och N. cinerea. Dessa organismer kan vara vanliga komponenter i normal svalgflora. Undvik att smitta extraktionsreagens, amplifieringsreagens och patientprover med luftvägsaerosoler. Prover som laboratoriet tar emot med provtagningspinnen i AMPLICOR STM kan ej testas. Dessa prover ska kasseras och ett nytt prov tas. Prover som tagits och transporterats med AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit kan hämma PCR. Detektion av CT/NG IC är obligatoriskt när dessa prover testas. För prover som transporteras i Chlamydia-odlingstransportmedium ska provtagningspinnen lämnas kvar i transportröret för att ge visuellt bevis på provinokulering. Testet COBAS AMPLICOR NG validerades med prover som transporterades med provtagningspinnen i Chlamydia-odlingsstransportröret (CTM). CTM-prover transporterade utan provtagninspinnar har inte utvärderats och rekommenderas inte för användning med detta test. Förvaring av urinprov i rumstemperatur i mer än 24 timmar kan leda till nedbrytning av prov. Urinprov som förvaras i rumstemperatur i mer än 24 timmar ska inte användas för testning. 2/2009, Revision 5.0 COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae Test 9/36

10 Förvaring och hantering CT/NG URINE WASH, CT/NG LYS, CT/NG DIL, CT/NG MMX, CT/NG IC, NG (+) C, CT (+) C, NG PS1 och IC PS1 innehåller natriumazid. Natriumazid kan reagera med bly- eller kopparrör och bilda mycket explosiva metallazider. Förhindra aziduppbyggnad genom att spola med mycket vatten om lösningar som innehåller natriumazid hälls ut i avloppet. Använd ögonskydd, laboratorierock och engångshandskar när du hanterar DN4, CN4, SB3, SB och Working Substrate (blandad SB3- och SB-reagens). Undvik att dessa material kommer i kontakt med hud, ögon och slemhinnor. Tvätta omedelbart med stora mängder vatten vid eventuell kontakt. Brännskador kan annars uppstå. Vid spill av dessa reagenser, späd med vatten innan spillet torkas upp. Undvik att SB eller Working Substrate kommer i kontakt med hud eller slemhinnor. Vid hudkontakt, tvätta genast med stora mängder vatten. SB och Working Substrate innehåller dimetylformamid som har rapporterats vara giftigt i höga orala doser och kan ge fosterskador. Undvik hudkontakt, inandning av rök och förtäring. Vid kontakt med huden, tvätta noga med tvål och vatten och kontakta omedelbart läkare. Rör med skruvkork ska användas vid prov- och kontrollextraktion för att hindra stänk och möjlig överföring av smitta mellan prov. Rör med snäpplock får inte användas. Frys inte reagenser. Förvara CT/NG LYS i 2-25 C. Förvara CT/NG URINE WASH och CT/NG DIL i 2-8 C. Om en fällning bildas i dessa reagenser vid förvaring, värm till rumstemperatur och blanda noga före användning. Dessa reagenser är hållbara till det angivna utgångsdatumet. Förvara CT/NG MMX och CT/NG IC i 2-8 C. I oöppnad förpackning är dessa reagenser hållbara till angivet utgångsdatum. Working Master Mix (beredd genom tillsats av CT/NG IC i CT/NG MMX) ska förvaras i 2-8 C och är hållbar i 4 veckor. Förvara NG (+) C och CT (+) C i 2-8 C. Dessa reagenser är hållbara till det angivna utgångsdatumet. Förvara NG PS1 och NG4 i 2-8 C. Dessa reagenser är hållbara till det angivna utgångsdatumet. Efter att NG PS1 och NG4 har blandats, är Working Reagent hållbart i 30 dagar i 2-8 C. Working Reagent kan användas till högst 6 instrumentcykler (12 timmar per cykel) och ska förvaras i 2-8 C mellan instrumentcykler. Förvara DN4 i 2-25 C. DN4 är hållbart till angivet utgångsdatum. Efter att förpackningen öppnats är DN4 hållbart i 30 dagar i 2-8 C, dock längst till angivet utgångsdatum. DN4 kan användas för högst 6 instrumentcykler (12 timmar per cykel) och ska förvaras i 2-8 C mellan instrumentcykler. Förvara CN4 i 2-8 C. CN4 är hållbart till angivet utgångsdatum. Efter att förpackningen öppnats är CN4-reagens hållbart i 30 dagar i 2-8 C, dock längst till angivet utgångsdatum. CN4 kan användas för högst 6 instrumentcykler (12 timmar per cykel) och ska förvaras i 2-8 C mellan instrumentcykler. 10/36 COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae Test 2/2009, Revision 5.0

11 Neisseria gonorrhoeae Förvara SB3 och SB i 2-8 C. I oöppnad förpackning är dessa reagenser hållbara till angivet utgångsdatum. Working Substrate ska beredas varje dag genom blandning av SB3 och SB. Working substrate är hållbart i 16 timmar i COBAS AMPLICOR Analyzer. Utsätt inte SB3, SB eller Working Substrate för metaller, oxideringsmedel eller direkt ljus. Förvara WB i 2-30 C. WB är hållbart till angivet utgångsdatum. Undersök WB och värm vid behov i C så att eventuell fällning löses upp. Working Wash Buffer (1X) som beretts genom spädning 1:10 av WB med destillerat eller avjoniserat vatten ska förvaras i 2-25 C i COBAS AMPLICOR tvättbuffertbehållare och är hållbar i 2 veckor från beredningdatum. Förvara delvis använda detektionsreagenser i 2-8 C mellan instrumentkörningarna. Kontrollera utgångsdatum för Working Reagents innan de laddas i COBAS AMPLICOR Analyzer. Material som medföljer AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP P/N: Specimen Preparation Kit ART: AMPLICOR CT/NG extraktionskit US: CT/NG URINE WASH (CT/NG urintvättbuffert) CT/NG LYS (CT/NG lyseringsreagens) CT/NG DIL (CT/NG spädningsmedel) AMPLICOR CT/NG CT/NG AMP P/N: Amplification Kit ART: AMPLICOR CT/NG amplifieringskit US: CT/NG MMX (CT/NG-huvudblandning) CT/NG IC (CT/NG internkontroll) NG (+) C [N. gonorrhoeae (+)-kontroll] CT (+) C [C. trachomatis (+)-kontroll] COBAS AMPLICOR NG DK P/N: Neisseria gonorrhoeae ART: Detection Kit US: COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae detektionskit NG PS1 (NG probsuspension 1) NG4 (NG probsuspension 2) 2/2009, Revision 5.0 COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae Test 11/36

12 COBAS AMPLICOR DK P/N: Detection Reagents Kit ART: COBAS AMPLICOR reagenskit för detektion US: DN4 (denatureringslösning) CN4 (Avidin-HRP konjugat) SB3 (Substrat A) SB (Substrat B) COBAS AMPLICOR WB P/N: Wash Buffer ART: COBAS AMPLICOR tvättbuffert US: WB (10X-tvättkoncentrat) Material som behövs men som inte medföljer Provtagning Pinnprov från livmoderhals och urinrör: Använd endast provtagningspinnar med toppar av dacron, rayon eller kalciumalginat och skaft av plast eller annat icke-aluminiummaterial. Använd endast 2SP eller SPG odlingstransportmedium, Bartels ChlamTrans klamydiatransportmedium (Trinity Biotech Plc.), M4 MicroTest odlingstransportsystem eller M4RT MicroTest odlingstransportsystem (Remel, Inc.) Urinprovsbehållare i polypropylen utan konserveringsmedel M4RT MicroTest odlingstransportsystem Female (x100) (Remel, Inc.) M4RT MicroTest odlingstransportsystem Male (x100) (Remel, Inc.) Pre-amplifiering reagensberedningsområde COBAS AMPLICOR A-ring utrustad med 12 A-rör COBAS AMPLICOR A-ringhållare - Eppendorf Multipette pipett med 1,25 ml Combitip behållare (steril, styckförpackad) Pipetter (kapacitet 100 μl)* med spets som har aerosolbarriär eller positiv förskjutning Engångshandskar, puderfria Pre-amplifiering prov- och kontrollextraktionsområde 2,0 ml polypropylenrör med skruvkork, sterila, ej silikonbehandlade, koniska (Sarstedt eller motsvarande)** Rörrack (Sarstedt eller motsvarande) Sterila transferpipetter, graderade Pipetter (kapacitet 50 μl, 100 μl, 200 μl, 250 μl, 500 μl och 1000 μl)* med spets med aerosolbarriär eller positiv förskjutning Mikrocentrifug (max. RCF x g, min. RCF x g); Eppendorf 5415C, HERMLE Z230M eller motsvarande 12/36 COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae Test 2/2009, Revision 5.0

13 Neisseria gonorrhoeae Förlängda aerosolbarriärspetsar (Matrix 7055 eller motsvarande) för användning med prover som transporteras i 2SP eller SPG odlingstransportmedium, Bartels ChlamTrans klamydiatransportmedium (Trinity Biotech Plc.), M4 MicroTest odlingstransportsystem eller M4RT MicroTest odlingstransportsystem (Remel, Inc.) 37 C ± 2 C värmeblock Vortexmixer Absorberande papper Engångshandskar, puderfria Post-amplifiering amplifierings-/detektionsområde COBAS AMPLICOR Analyzer och skrivare Användarhandbok för COBAS AMPLICOR Analyzer Tillval: Programmet AMPLILINK Tillval: Datastation för programmet AMPLILINK, med skrivare Tillval: Användarhandbok till programmet AMPLILINK version 2.4-serien för användning med analysinstrumentet COBAS AMPLICOR (för användning med programmet AMPLILINK, v2.41) eller applikationshandbok till programmet AMPLILINK version 3.2-serien för användning med instrumentet COBAS AmpliPrep, analysinstrumentet COBAS TaqMan, analysinstrumentet COBAS TaqMan 48 och analysinstrumentet COBAS AMPLICOR (för användning med programmet AMPLILINK v3.2-serien) Metodmanual för testet COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae Rack för D-koppar Destillerat eller avjoniserat vatten 5 ml serologiska pipetter Graderad cylinder (min. 1 liter) Vortexmixer Engångshandskar, puderfria * Pipetterna ska ha en noggrannhet inom 3 % av angiven volym. Spetsar med aerosolbarriär eller positiv förskjutning ska användas då så anges för att hindra överföring av smitta mellan prov och amplicon. ** Rör med skruvkork ska användas för prov- och kontrollextraktion för att hindra stänk och möjlig överföring av smitta mellan prover och kontroller. Rör med snäpplock får inte användas. Provtagning, transport och förvaring av prover Hantera alla prover som potentiellt smittbärande. Endast följande prover är godkända: 1. Urinprover (från män och kvinnor) transporterade i rena polypropylenbehållare utan konserveringsmedel. Använd inte urinprover uppsamlade i behållare som innehåller konserveringsmedel. 2. Prover från livmoderhals och urinrör uppsamlade och transporterade med AMPLICOR STD pinnprov- och transportkit. Detektion av CT/NG IC är obligatoriskt vid testning av pinnprover som transporterats med AMPLICOR STD pinnprov- och transportkit. 2/2009, Revision 5.0 COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae Test 13/36

14 3. Pinnprover från livmoderhals och urinrör måste samlas upp och transporteras i: 2SP eller SPG odlingstransportmedium, Bartels ChlamTrans klamydiatransportmedium (Trinity Biotech Plc.), M4 MicroTest odlingstransportsystem eller M4RT MicroTest odlingstransportsystem (Remel, Inc.) Medialoter måste vara kvalificerade för användning i varje laboratorium (mer information finns i avsnittet Kvalitetskontroll ). För tillförlitliga testresultat, följ instruktionerna nedan så att provtagningen blir korrekt. Detta test är inte avsett för användning med svalg, rektal eller andra typer av prover, annat än de som anges. För att säkerställa leverans av högkvalitativa prover till laboratoriet för testning ska urinprov och urogenitala pinnprover transporteras på så kort tid som möjligt till laboratoriet. Prover får inte transporteras utan kontrollerade temperaturförhållanden. Provtagning Urinprover Patienten får inte ha kastat vatten under de 2 närmast föregående timmarna. 1. Samla 10 till 50 ml av det första av urinstrålen (den första delen av strålen) i en ren polypropylenbehållare utan konserveringsmedel. 2. Förslut provbehållaren och märk den. Provet kan transporteras till testplatsen i rumstemperatur (18-30 C). Pinnprover uppsamlade i AMPLICOR provtransportmedium (STM) 1. Avlägsna slem från exocervix med en av de tjocka provtagningspinnarna. Kasta pinnen. 2. För in den andra tjocka provtagningspinnen i livmoderhalskanalen till dess att spetsen på pinnen inte längre är synlig. 3. Rotera 3 5 sekunder. Dra ut. Undvik kontakt med vaginala ytor. 4. Sätt pinnen i AMPLICOR STM-röret. Vispa eller skaka kraftigt med pinnen i vätskan i 15 sekunder. Om pinnen är i kontakt med STM mer än 15 sekunder kan det leda till PCRinhibition. 5. Tryck ut vätska från pinnen genom att pressa pinnen mot rörväggen. Avlägsna överflödigt slem i provet genom att samla upp det på pinnen. Pressa ut eventuell kvarbliven vätska ur slemmet genom att trycka pinnen mot rörväggen. Ta ut pinnen och ta bort eventuellt kvarblivet slem som samlats på den. Släng pinnen. Sätt i korken på röret. 6. Förslut provbehållaren och märk den. Följ tillverkarens riktlinjer för transport. Förvara prover i rumstemperatur till dess att de ska transporteras till laboratoriet. 14/36 COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae Test 2/2009, Revision 5.0

15 Neisseria gonorrhoeae Pinnprover uppsamlade i odlingstransportmedium (CTM) 1. Pinnprover från livmoderhals och urinrör kan samlas upp och transporteras i 1 till 3 ml 2SP eller SPG odlingstransportmedium, Bartels ChlamTrans klamydiatransportmedium (Trinity Biotech Plc.), M4 MicroTest odlingstransportsystem eller M4RT MicroTest odlingstransportsystem (Remel, Inc.). Använd de metoder som rekommenderas för uppsamling av pinnprover när slem från livmoderhalsen har avlägsnats Använd endast provtagningspinnar med toppar av dacron, rayon eller kalciumalginat med skaft av plast eller annat icke-aluminiummaterial. Använd inte provtagningspinnar med skaft av trä eller aluminium. 3. Lämna kvar provtagningspinnarna i odlingstransportmediet. Förslut provbehållaren och märk den. Följ tillverkarens riktlinjer för provtagning och transport. Placera pinnprover i kylskåp om transport till laboratoriet sker först efter mer än en timme från provtagningstillfället. Transport av prover Urinprover 1. Urinprover kan transporteras till testplatsen i C. Urinprover är hållbara i 24 timmar i rumstemperatur. Urinprover som inte behandlas inom 24 timmar efter provtagning ska förvaras i 2-8 C och måste bearbetas inom 7 dagar efter provtagning. Urinprover som inte kan bearbetas inom 7 dagar efter provtagning kan förvaras i -20 C eller kallare och testas inom 30 dagar efter uppsamling. 2. Urinprover som kräver transport till avlägsna testcenter måste transporteras över natten med garanterad ankomst inom 24 timmar. Transport kan ske i rumstemperatur (18-30 C). Om urinprover transporteras i rumstemperatur ska de förvaras i 2-8 C fram till transporttidpunkten, så att förvaringstiden i rumstemperatur inte överstiger 24 timmar. Vid transport av prover ska gällande bestämmelser för transport av etiologiska agens följas 14. Pinnprover uppsamlade i AMPLICOR provtransportmedium (STM) 1. Transportera proverna till testplatsen i rumstemperatur. Pinnprover är hållbara i 10 dagar vid C. Vid mottagande på testplatsen ska pinnprover förvaras i rumstemperatur och bearbetas inom 10 dagar efter provtagning. 2. Pinnprover som måste transporteras till avlägsna testcenter ska förvaras i rumstemperatur fram till transporttidpunkten. De ska transporteras i C och anlända till testplatsen så att de kan bearbetas inom 10 dagar efter provtagning. Vid transport av prover ska gällande bestämmelser för transport av etiologiska agens följas 14. Pinnprover uppsamlade i odlingstransportmedium (CTM) 1. Placera pinnprover i kylskåp om transport till laboratoriet eller om bearbetning av prover sker först en timme eller senare efter provtagning. Pinnprover som ska levereras till avlägsna laboratorier ska transporteras så snart som möjligt efter provtagning. Följ laboratoriets rutiner för transport av klamydiaodlingsprov. 2. Förvara pinnprover som inte testas vid ankomst till testlaboratoriet i 2-8 C och bearbeta inom 7 dagar. Pinnprover som inte kan bearbetas inom 7 dagar efter provtagning ska förvaras i -20 C eller kallare och testas inom 30 dagar efter provtagning. 2/2009, Revision 5.0 COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae Test 15/36

16 Förvaring av prov Rutinnedfrysning eller förlängd förvaring av prover kan påverka resultaten. Bruksanvisning Urinprover 1. Urinprover som inte behandlas inom 24 timmar efter provtagning ska förvaras i 2-8 C och måste bearbetas inom 7 dagar efter provtagning. Urinprover som inte kan bearbetas inom 7 dagar efter provtagning kan förvaras i -20 C eller kallare i upp till 30 dagar. Pinnprover uppsamlade i AMPLICOR provtransportmedium (STM) 1. Pinnprover är hållbara i 10 dagar i rumstemperatur. Pinnprover ska förvaras i rumstemperatur och bearbetas inom 10 dagar efter provtagning. 2. Pinnprover ska förvaras i rumstemperatur fram till leveranstidpunkten. De ska transporteras i rumstemperatur och anlända till testplatsen så att de kan bearbetas inom 10 dagar efter provtagning. Pinnprover uppsamlade i odlingstransportmedium (CTM) 1. Förvara pinnprover som inte testas vid ankomst till testlaboratoriet i 2-8 C och bearbeta inom 7 dagar. Pinnprover som inte kan bearbetas inom 7 dagar efter provtagning ska förvaras i -20 C eller kallare och testas inom 30 dagar efter provtagning. Detaljerad information om användning, utskrift av resultat och tolkning av flaggor och kommentarer finns i (1) användarhandboken till analysinstrumentet COBAS AMPLICOR och (2) vid användning av programmet AMPLILINK, v2.41, i användarhandboken till programmet AMPLILINK version 2.4-serien för användning med analysinstrumentet COBAS AMPLICOR eller, vid användning av programmet AMPLILINK v3.2-serien, i applikationshandboken till programmet AMPLILINK version 3.2-serien för användning med instrumentet COBAS AmpliPrep, analysinstrumentet COBAS TaqMan, analysinstrumentet COBAS TaqMan 48 och analysinstrumentet COBAS AMPLICOR. Samtliga reagenser ska ha rumstemperatur före användning. Använd pipetter med spets med aerosolbarriär eller positiv förskjutning om så anges. Var ytterst noga med att säkerställa selektiv amplifiering. Urin- och pinnprover ska ha rumstemperatur före användning. Använd pipetter med spets med aerosolbarriär eller positiv förskjutning om så anges. Var ytterst noga med att säkerställa selektiv amplifiering. PCR-inhibitionen kan minskas genom att de bearbetade proverna förvaras i 2-8 C över natten innan de tillsätts i Working Master Mix 21. Rör med skruvkork ska användas vid prov- och kontrollextraktion för att hindra stänk och möjlig överföring av smitta mellan prover. Rör med snäpplock får inte användas. 16/36 COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae Test 2/2009, Revision 5.0

17 Neisseria gonorrhoeae Omgångsstorlek Ett kit innehåller reagens för åtta körningar med 12 prover, vilka kan utföras separat eller samtidigt. Minst ett replikat av COBAS AMPLICOR N. gonorrhoeae (+)- kontroll och ett replikat av COBAS AMPLICOR C. trachomatis (+)-kontroll ska ingå i varje testkörning (se avsnittet Kvalitetskontroll ). CT (+)-kontroll fungerar som NG ( )-kontroll för testet COBAS AMPLICOR NG. Varje förpackning med extraktionsreagens räcker till 100 test. NG (+)-kontroll och CT (+)-kontroll är förpackade i engångsflaskor för 8 uppsättningar med behandlade kontroller. CT/NG Master Mix och CT/NG internkontroll är förpackade i tre flaskor som räcker till 32 test vardera inklusive prover och kontroller. Reagenserna utnyttjas bäst om prover och kontroller bearbetas i grupper som är multiplar av 12. Arbetsflöde Reagensberedning Testet COBAS AMPLICOR NG kan slutföras på en dag eller delas upp på två dagar. Följ anvisningarna i avsnitten Reagensberedning, Prov- och kontrollextraktion, Amplifiering och detektion i tur och ordning, om testet ska slutföras på en och samma arbetsdag. Du kan slutföra testet på 2 dagar om Provextraktion utförs dag 1, och Reagensberedning, Kontrollextraktion, Amplifiering och Detektion utförs dag 2. Alternativt kan Reagensberedning, Provextraktion, Kontrollextraktion samt tillsats av extraherade prover och kontroller till Master Mix utföras dag 1 och Amplifiering och Detektion dag 2. Utförd i: Pre-amplifiering - reagensberedningsområde 1. Fastställ det antal A-ringar som behövs för testning av patientprov och kontroller. Placera A-ringen på A-ringhållaren. Även om CT/NG internkontrolldetektion inte utförs, ska CT/NG IC tillsättas i Master Mix. 2. Bered Working Master Mix genom att tillsätta 100 μl CT/NG IC till en flaska med CT/NG MMX. Det är inte nödvändigt att mäta volymen Master Mix. Tillsätt 100 μl CT/NG IC till hela flaskan med CT/NG MMX. Sätt tillbaka korken på röret och blanda väl genom att vända röret gånger. Vortexa inte Working Master Mix. Det rosa färgämnet i CT/NG IC används för visuell bekräftelse på att CT/NG IC har tillsatts i CT/NG MMX. Kassera återstående CT/NG IC. Blanda väl genom att vända röret gånger. Working Master Mix ska förvaras i 2-8 C och användas inom 4 veckor efter beredning. 3. Tillsätt 50 μl Working Master Mix i varje A-rör med hjälp av en repetitionspipett eller en pipett med spets som har aerosolbarriär eller positiv förskjutning. Stäng inte skydden på A-rören ännu. 4. Placera A-ringarna med Working Master Mix i en återförslutbar plastpåse och förslut påsen ordentligt. Flytta A-ringarna till pre-amplifiering - extraktionsområdet. Förvara A-ring(ar) med Working Master Mix i 2-8 C i preamplifiering - extraktionsområdet tills prov- och kontrollextraktionen är klar. Working Master Mix är hållbar i 48 timmar i 2-8 C i A-rör inneslutna i plastpåse. 2/2009, Revision 5.0 COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae Test 17/36

18 Extraktion Utförd i: Pre-amplifiering - extraktionsområde Urinprover 1. Märk ett 2,0 ml rör med skruvkork för varje patientprov. Rör med snäpplock får inte användas. 2. Tillsätt 500 μl av CT/NG URINE WASH i vart och ett av de märkta rören. 3. Vortexa urin noga (3-10 sekunder). Om frusna prover används, tina dem i rumstemperatur innan de vortexas (större volymer än 2 ml tinas över natten i 2-8 C); Fortsätt bearbetningen även om en fällning bildas. Ta försiktigt bort korkarna från behållarna med urinprov. Var noga med att inte förorena handskarna med urin i korken. Byt ut handskarna mot ett rent par om de skulle förorenas innan du fortsätter med nästa prov. 4. Tillsätt 500 μl av varje välblandat patientprov i röret som innehåller CT/NG URINE WASH. Använd en ny aerosolbarriärspets för varje prov. Sätt tillbaka korkarna på rören och blanda väl genom att vortexa. 5. Inkubera i 37 C i 15 minuter. 6. Centrifugera vid x g i 5 minuter. 7. Häll av supernatant och torka varje rör på ett eget absorberande papper. 8. Tillsätt, med hjälp av en pipett med en ny aerosolbarriärspets för varje prov, 250 μl CT/NG LYS i varje rör. Sätt tillbaka korkarna på rören och blanda väl genom att vortexa. 9. Inkubera rören i 15 minuter i rumstemperatur. 10. Tillsätt, med hjälp av en pipett med en ny aerosolbarriärspets för varje prov, 250 μl CT/NG DIL i varje rör. Sätt tillbaka korkarna på rören och blanda väl genom att vortexa. 11. Centrifugera rören i 10 minuter i x g. 12. Bearbetade prover kan förvaras i rumstemperatur i upp till 2 timmar innan portionerna överförs till A-rören som innehåller Working Master Mix. Förvara bearbetade prover i 2-8 C om portionerna inte överförs till A-rören inom 2 timmar. Bearbetade prover förvarade i 2-8 C måste testas inom 7 dagar. 13. Om de bearbetade proverna förvarades i 2-8 C måste de värmas till rumstemperatur och blandas väl genom att vortexas före amplifiering. Centrifugera bearbetade prover i 10 minuter i x g efter vortexing. 14. Överför med hjälp av en pipett med aerosolbarriärspets 50 μl av supernatanten till A-röret. Använd en ny aerosolbarriärspets för varje prov. Var försiktig så att pelleten inte vidrörs (pelleten kanske inte är klart synlig). Anteckna positionerna för patientproverna på en A-ringkarta. Sätt lock på A-rören. 15. Förvara återstoden av varje bearbetat prov i 2-8 C i de fall då de behöver testas om. Omtestning ska utföras inom 7 dagar efter bearbetning av prover. 18/36 COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae Test 2/2009, Revision 5.0

19 Neisseria gonorrhoeae Pinnprover Pinnprover transporterade i AMPLICOR provtransportmedium (STM) Detektion av CT/NG IC är obligatoriskt när dessa prover testas. 1. Kontrollera AMPLICOR STM-provets transportrör. Om ett prov har transporterats i ett rör med en provtagningspinne, ska detta prov kasseras och ett nytt prov tas. 2. Pipettera 1 ml CT/NG DIL i varje transportrör, använd en ny steril pipett för varje rör. 3. Sätt tillbaka korken på röret. Vortexa i 5 10 sekunder. 4. Inkubera i rumstemperatur i 10 minuter. 5. Bearbetade prover kan förvaras i rumstemperatur i upp till 2 timmar innan portionerna överförs till A-rören som innehåller Working Master Mix. Förvara bearbetade prover i 2-8 C om portionerna inte överförs till A-rören inom 2 timmar. Bearbetade prover förvarade i 2-8 C ska testas inom 4 dagar. 6. Om de bearbetade proverna förvaras i 2-8 C, ska de värmas till rumstemperatur och blandas väl genom att vortexas före amplifiering. 7. Överför med hjälp av en mikropipett med aerosolbarriärspets 50 μl av varje bearbetat prov till motsvarande A-rör. Anteckna positionerna för patientproverna på en A-ringkarta. Sätt lock på rören. 8. Förvara återstoden av varje bearbetat prov i 2-8 C i de fall då de behöver testas om. Omtestning måste utföras inom 4 dagar efter bearbetning av prover. Pinnprover som transporteras i odlingstransportmedium Testet COBAS AMPLICOR NG har utvärderats med 2SP eller SPG odlingstransportmedium, Bartels ChlamTrans klamydiatransportmedium (Trinity Biotech Plc.), M4 MicroTest odlingstransportsystem eller M4RT MicroTest odlingstransportsystem (Remel, Inc.). Användning av alternativt transportmedium bör utvärderas av laboratoriet. 1. Kontrollera att odlingstransportmediet innehåller en provtagningspinne. Resultatspecifikationer har inte tagits fram för detta test för prover som inte innehåller provtagningspinnar. 2. Märk ett 2,0 ml rör med skruvkork för varje patientprov. Rör med snäpplock får inte användas. 3. Tillsätt 100 μl av CT/NG LYS i de märkta 2,0 ml-polypropylenrören. 4. Blanda väl genom att vortexa. Om proverna förvarades frusna, tina i rumstemperatur före vortexing. Ta försiktigt bort korkarna från provrören. Se noga till att inte handskarna förorenas. Byt ut handskarna mot ett rent par om de skulle förorenas innan du fortsätter med nästa prov. 2/2009, Revision 5.0 COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae Test 19/36

20 5. Tillsätt med hjälp av en pipett med en ny aerosolbarriärspets 100 μl av väl blandat prov i rör innehållande CT/NG LYS. Använd en ny aerosolbarriärspets för varje prov. Sätt tillbaka korkarna på rören och blanda väl genom att vortexa. 6. Inkubera i rumstemperatur i 10 minuter. 7. Tillsätt, med hjälp av en pipett med en ny aerosolbarriärspets för varje prov, 200 μl CT/NG DIL i varje rör. Sätt tillbaka korkarna på rören och blanda väl genom att vortexa. 8. Inkubera i rumstemperatur i 10 minuter. 9. Bearbetade prover kan förvaras i rumstemperatur i upp till 2 timmar innan portionerna överförs till A-rören som innehåller Working Master Mix. Förvara bearbetade prover i 2-8 C om portionerna inte överförs till A-rören inom 2 timmar. Bearbetade prover förvarade i 2-8 C måste testas inom 7 dagar. 10. Om de bearbetade proverna förvarades i 2-8 C måste de värmas till rumstemperatur och blandas väl genom att vortexas före amplifiering. 11. Överför med hjälp av en pipett med aerosolbarriärspets 50 μl av varje bearbetat prov till A-röret. Använd en ny aerosolbarriärspets för varje prov. Anteckna positionerna för patientproverna på en A-ringkarta. Sätt lock på A-rören. 12. Förvara återstoden av varje bearbetat prov i 2-8 C i de fall då de behöver testas om. Omtestning måste utföras inom 7 dagar efter bearbetning av prover. Kontrollextraktion Del A. Arbetskontroller: Utförd i: Pre-amplifiering - prov- och kontrollområdet Arbetskontroller ska beredas varje dag som testet utförs. Arbetskontroller kan användas för att bereda flera bearbetade kontroller under dagen. De ska dock kasseras i slutet av dagen. NG (+)-kontroll fungerar som positiv kontroll för NG-testet. CT (+)-kontroll fungerar som negativ kontroll för NG-testet. Om både pinn- och urinprover testas är det viktigt att bereda en uppsättning kontroller för varje provtyp. Bered följande NG (+) och NG ( ) arbetskontroller. A1. Tillsätt med hjälp av en steril pipettspets 1 ml av CT/NG DIL i vart och ett av två 2,0 ml polypropylenrör med skruvkork. Märk ett rör med NG (+)- arbetskontroll och det andra röret med NG ( )-arbetskontroll. A2. Vortexa NG (+) C och CT (+) C i 5 sekunder med högsta hastighet. Ta försiktigt bort korkarna från provrören. Se noga till att inte handskarna förorenas. Byt ut handskarna mot ett rent par om de skulle förorenas innan du fortsätter med nästa prov. A3. Tillsätt med hjälp av en pipett med en ny aerosolbarriärspets 100 μl av NG (+) C till röret som är märkt NG (+)-arbetskontroll. 20/36 COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae Test 2/2009, Revision 5.0

21 Neisseria gonorrhoeae A4. Tillsätt med hjälp av en pipett med en ny aerosolbarriärspets 100 μl av CT (+) C till röret som är märkt NG ( )-arbetskontroll. A5. Sätt tillbaka korkarna på rören och blanda väl genom att vortexa. Förvara i rumstemperatur och kassera i slutet av arbetsdagen. Del B. Urinprover och AMPLICOR STM pinnprover: Bered följande NG (+) och NG ( ) bearbetade kontroller. B1. Tillsätt med hjälp av en steril pipettspets 250 μl av CT/NG LYS i vart och ett av två 2,0 ml polypropylenrör med skruvkork. Märk ett rör med NG (+) bearbetad kontroll och det andra röret med NG ( ) bearbetad kontroll. B2. Tillsätt med hjälp av en pipett med en ny aerosolbarriärspets 250 μl av NG (+)-arbetskontroll i röret som är märkt NG (+) bearbetad kontroll. B3. Tillsätt med hjälp av en pipett med en ny aerosolbarriärspets 250 μl av NG ( )-arbetskontroll i röret som är märkt NG ( ) bearbetad kontroll. B4. Sätt tillbaka korkarna på rören och blanda väl genom att vortexa. Inkubera i rumstemperatur i 10 minuter. Förvara i rumstemperatur och kassera i slutet av arbetsdagen. B5. Överför med hjälp av en pipett med aerosolbarriärspets 50 μl av varje bearbetat prov till motsvarande A-rör. Sätt kork på A-rören och anteckna positionerna för de bearbetade proverna och kontrollerna på A-ringkartan. B6. Flytta de extraherade proverna (patientproverna och kontrollerna) i A-ringarna till post-amplifieringsområdet. De PCR-färdiga proverna kan förvaras i 2-8 C i högst 16 timmar. Del C. CTM-pinnprover: Bered följande NG (+) och NG ( ) bearbetade kontroller. C1. Tillsätt med hjälp av en steril pipettspets 100 μl av CT/NG LYS i vart och ett av två 2,0 ml- polypropylenrör med skruvkork. Märk ett rör med NG (+) bearbetad kontroll och det andra röret med NG ( ) bearbetad kontroll. C2. Tillsätt med hjälp av en steril pipettspets 100 μl av odlingstransportmedium i vart och ett av rören som innehåller CT/NG LYS. C3. Sätt tillbaka korkarna på rören och blanda väl genom att vortexa. C4. Tillsätt med hjälp av en pipett med en ny aerosolbarriärspets 200 μl av NG (+)-arbetskontroll i röret som är märkt NG (+) bearbetad kontroll. C5. Tillsätt med hjälp av en pipett med en ny aerosolbarriärspets 200 μl av NG ( )-arbetskontroll i röret som är märkt NG ( ) bearbetad kontroll. C6. Sätt tillbaka korkarna på rören och blanda väl genom att vortexa. Inkubera i rumstemperatur i 10 minuter. Förvara i rumstemperatur och kassera i slutet av arbetsdagen. C7. Överför med hjälp av en pipett med aerosolbarriärspets 50 μl av varje bearbetat prov till motsvarande A-rör. Sätt kork på A-rören och anteckna positionerna för de bearbetade proverna och kontrollerna på A-ringkartan. 2/2009, Revision 5.0 COBAS AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae Test 21/36