cobas 4800 CT/NG Test

Transkript

1 cobas 4800 CT/NG Test FÖR IN VITRO-DIAGNOSTISK ANVÄNDNING. cobas 4800 System Sample Preparation Kit c4800 SMPL PREP 960 Tests P/N: Tests P/N: cobas 4800 CT/NG Amplification/Detection Kit c4800 CT/NG AMP/DET 960 Tests P/N: Tests P/N: cobas 4800 CT/NG Controls Kit c4800 CT/NG CTLS 10 Sets P/N: cobas 4800 System Control Diluent Kit 10 Sets P/N: cobas 4800 System Wash Buffer Kit c4800 WB 960 Tests P/N: Tests P/N: cobas 4800 System Liquid Cytology Preparation Kit c4800 LIQ CYT 960 Tests P/N: Tests P/N: MEDDELANDE: Köpet av denna produkt ger köparen rätten att använda den för amplifiering och detektion av nukleinsyrasekvenser via PCR (polymerase chain reaction) och relaterade processer för human in vitro-diagnostik. I det här dokumentet tilldelas inget allmänt patent eller annan licens förutom den särskilda användningsrätt som beviljas vid köpet. AVSEDD ANVÄNDNING c4800 CDIL Testet cobas 4800 CT/NG är ett in vitro-test med nukleinsyraamplifiering för kvalitativ detektion av Chlamydia trachomatis (CT) och/eller Neisseria gonorrhoeae (NG) i patientprover. I testet används amplifiering av target DNA genom PCR-teknik (Polymerase Chain Reaction) och nukleinsyrahybridisering för detektion av Chlamydia trachomatis- och Neisseria gonorrhoeae-dna i endocervikala pinnprover, vaginala pinnprover som tagits av läkare, vaginala pinnprover som är självtagna efter instruktion från läkare samt urinprover från män och kvinnor i cobas PCR-medium (Roche Molecular Systems, Inc.) och cervixprover i PreservCyt -lösning (Hologic, Inc.). Testet är avsett att användas som diagnostiskt verktyg och som screeningverktyg hos såväl symptomatiska som asymptomatiska populationer. SAMMANFATTNING OCH FÖRKLARING AV TESTET Chlamydia är gramnegativa, icke-motila bakterier som existerar som obligata intracellulära parasiter i eukaryota celler. Genuset Chlamydia består av fyra rapporterade arter: C. trachomatis, C. psittaci, C. pecorum och C. pneumoniae (TWAR). C. psittaci är huvudsakligen en animal patogen, och den patogena rollen hos C. pecorum är inte klargjord 1. C. trachomatis består av femton huvudsakliga serovarer som kan orsaka sjukdom hos människor. Chlamydia trachomatis (CT) är den mest frekvent rapporterade bakteriella sexuellt överförbara sjukdomen (STD) i USA 1,2 samt den näst vanligaste orsaken till sexuellt överförbara sjukdomar i världen med cirka 89,1 miljon fall årligen 2. The Centers for Disease Control (CDC) Sexually Transmitted Disease Surveillance 2008 Supplement rapporterar CT-infektioner från de 50 staterna. 3 The U.S. National Health and Nutrition Examination rapporterar att amerikanska medborgare i åldrarna är bärare av CT 4. CT är den orsakande smittbärande agensen för en rad sjukdomar hos män: urinrörskatarr, inflammation i ändtarmen, konjunktivit, bitestikelinflammation och Reiters syndrom. Hos kvinnor kan obehandlade klamydiainfektioner få allvarliga följder. Eftersom cirka hälften av dessa infektioner är asymptomatiska, är det många fall som inte upptäcks och förblir obehandlade. Detta leder till följdproblem, i synnerhet hos gravida kvinnor. Dessutom är återkommande smitta vanligt om sexuella partners inte blir behandlade. 5 CT-infektion kan orsaka urinrörskatarr, infektion i livmoderhalsen, inflammation i ändtarmen, konjunktivit, livmoderslemhinneinflammation, äggledarinflammation (med infertilitet eller utomkvedshavandeskap som följd) och perihepatit. Spädbarn till infekterade mödrar kan utveckla konjunktivit, faryngit och lunginflammation. 6 Neisseria gonorrhoeae (gonokocker) är den agens som orsakar gonorré. N. gonorrhoeae är gramnegativa diplokocker, cytokromoxidaspositiva, icke-motila och bildar inga sporer. Totalt rapporterades fall av NG-infektion till CDC under 2008, 7 och det uppskattas att fler än personer får nya infektioner varje år. Efter flera år av relativt stabila infektionsnivåer har man nu noterat en minskning med ca 5,4 % till 111,5 fall per personer i USA sedan Det finns flera kliniska tecken på NG-infektion. Hos män visar sig akut urinrörskatarr efter en 1 10 dagar lång inkubationsperiod med urinläckage och smärtsam blåstömning. 9 Endast en liten andel av männen förblir asymptomatiska utan några tecken på urinrörskatarr. 10 Akut bitestikelinflammation är den vanligaste komplikationen, i synnerhet hos yngre män. Hos kvinnor är det livmoderhalsen som är primärt infektionsställe. Förekomsten är hög av coinfektioner med CT, Trichomonas vaginalis och bakteriell vaginos. Många kvinnor förblir asymptomatiska och kontaktar därför inte läkare. De dominerande symptomen är tilltagande flytningar, dysuri och intermenstruell blödning. 11 Underlivssjukdom kan uppstå hos % av kvinnorna, kombinerat med livmoderslemhinneinflammation, äggledarinflammation, tubo-ovarial abscess, bäckenperitonit och perihepatit. 12 Andra ställen för gonokock-infektion är rektum, farynx, konjunktiva, och i mindre utsträckning visar sig sjukdomen som utbredd gonokock-infektion. 13 Spädbarn till infekterade mödrar kan utveckla konjunktivit. 13 Avsnittet med information om revidering av dokumentet finns i slutet av det här dokumentet SV 1 Doc Rev. 8.0

2 Presumtiv diagnos av gonorré baserar sig på: (1) observation av gramnegativa intracellulära diplokocker i gramfärgade utstryk av utsöndringar från urinröret på män och av sekret från livmoderhalsen på kvinnor; (2) tillväxt av N. gonorrhoeae från urinröret (män) eller livmoderhalsen på utvalda odlingsmedier följt av demonstration av typisk kolonimorfologi, positiv oxidasaktivitet och typisk gramnegativ diplokockmorfologi och/eller (3) detektion av N. gonorrhoeae med icke-odlingslaboratorietest. En definitiv diagnos av gonorré kräver (1) isolering av Neisseria gonorrhoeae från exponeringsplatserna genom odling (48 72 timmars odling på utvalt medium), demonstration av typisk kolonimorfologi, positivt oxidastest, typisk gramnegativ morfologi och (2) bekräftelse på N. gonorrhoeaeodlingsisolat genom specifika identifieringsmetoder (syraproduktion från kolhydrater, snabba enzymtest, serologiska analyser, test för specifik nukleinsyra) Odling är nödvändig för resistensbestämning. Avsedda målsekvenser för testet cobas 4800 CT/NG inkluderar alla femton Chlamydia trachomatis-serovarerna, den svenska C. trachomatis-mutanten (nvct) samt både vildtyp och variant DR-9-sekvenser av Neisseria gonorrhoeae. ANVÄNDNINGSPRINCIPER Testet cobas 4800 CT/NG för Chlamydia trachomatis och Neisseria gonorrhoeae baseras på 2 grundläggande principer: (1) automatisk provpreparation för att erhålla nukleinsyror, inklusive CT och NG DNA; (2) samtidig PCR-amplifiering av mål-dna-sekvenser med hjälp av både CT- och NG-specifika komplementära primerpar samt realtidsdetektion av klyvda CT- och NG-specifika oligonukleotidprober märkta med fluorokromer. Internkontroll, innehållande CT och NG DNA, adderas till alla prover under den automatiska provpreparationen och amplifieras och detekteras samtidigt med varje prov för att övervaka hela processen. Provpreparation för testet cobas 4800 CT/NG automatiseras med användningen av instrumentet cobas x 480. Proverna lyseras i provtagningsröret eller under provpreparationen med den kaotropiska agensen i cobas PCR-medium respektive lyseringsbuffert. Frigjorda nukleinsyror, tillsammans med adderat CT/NG internkontroll DNA, renas genom absorption till magnetiska glaspartiklar, tvättas och separeras slutligen från dessa partiklar, vilket bereder dem för PCR-amplifiering och detektion. Master mix-reagenset innehåller primerpar och prober som är specifika för kryptiskt CT-plasmid DNA, CT-genomiskt ompa gen DNA, vildtyp och variant NG målsekvens-dna inom DR-9-regionen och CT och NG internkontroll DNA. PCR-amplifiering Val av målsekvens Förutom kromosomalt DNA innehåller C. trachomatis en kryptisk plasmid (ungefärlig storlek baspar) som är gemensam för alla C. trachomatis-serovarer. 18,19 I testet cobas 4800 CT/NG används CP102- och CP103-primers för att definiera en sekvens med cirka 206 nukleotider inom den kryptiska DNA-plasmiden i C. trachomatis. I testet cobas 4800 CT/NG används dessutom CTMP101- och CTMP102-primers för att definiera en sekvens på cirka 182 nukleotider inom kromosomalt DNA i C. trachomatis. Målsekvensplatsen för N. gonorrhoeae är en i hög grad konserverad direkt upprepningsregion som kallas DR-9. I testet cobas 4800 CT/NG används NG514- och NG519-primers för att definiera en sekvens på cirka 190 nukleotider från den här regionen. I testet cobas 4800 CT/NG används dessutom en annan uppsättning NG-primers, NG552 och NG579, för att definiera en andra sekvens på cirka 215 nukleotider, identifierade som en konserverad sekvensvariant från den här regionen. Målsekvensamplifiering Bearbetade prover tillsätts i amplifieringsblandningen i en mikrotiterplatta där PCR-amplifiering sker. Reaktionsblandningen värms så att den isolerade dubbelsträngade DNA-kedjan separeras och primer-målsekvenserna exponeras. När blandningen svalnar binder primers till målsekvens-dna. I närvaro av Mn 2+ och överskotts-dntps förlänger Z05 DNA-polymeras bundna primers längs målmallarna och producerar dubbelsträngat DNA. Detta slutför den första PCR-cykeln och ger en dubbelsträngad DNA-kopia av målregionerna för CT och/eller NG DNA och CT/NG internkontroll DNA. Upprepning av proceduren resulterar i amplifiering av DNA mellan primer-målsekvenserna och ger en dubbelsträngad DNA-molekyl som kallas amplicon. Proceduren upprepas automatiskt i analysinstrumentet cobas z 480 under ett bestämt antal cykler, där varje cykel är avsedd att fördubbla mängden amplicon-dna. Det erforderliga antalet cykler förprogrammeras i programmet cobas Amplifiering sker endast i specifika CT- och/eller NG-targets mellan deras respektive primers. Hela den kryptiska CT-plasmiden eller CT- och/eller NG-genom amplifieras inte. Amplifiering av internkontroll CT/NG internkontroll är en kombination av två icke smittsamma rekombinanta plasmid-dna, båda med primerbindningsregioner identiska med antingen C. trachomatis eller N. gonorrhoeae genom-målsekvenser. Båda dessa rekombinanta plasmid-dna har en identisk randomiserad intern målsekvens och en unik probbindningsregion som särskiljer CT/NG internkontroll från target-amplicon. Dessa egenskaper valdes för att ge samma oberoende amplifiering för CT/NG internkontroll och C. trachomatis och N. gonorrhoeae målsekvens- DNA. CT/NG internkontrollreagens ingår i testet cobas 4800 CT/NG och tillsätts i varje prov i instrumentet cobas x 480 under provbearbetningen. Selektiv amplifiering Selektiv amplifiering av målnukleinsyrasekvenser från provet kan göras med testet cobas 4800 CT/NG genom användning av AmpErase (uracil-n-glykosylas) och deoxiuridintrifosfat (dutp). AmpErase-enzymet påvisar och katalyserar nedbrytning av DNAsträngar som innehåller deoxiuridin 20, men inte DNA som innehåller deoxitymidin. Deoxiuridin finns inte i naturligt förekommande DNA, men finns alltid i amplicon på grund av användningen av deoxiuridintrifosfat i stället för tymidintrifosfater som en av deoxinukleosidtrifosfaterna i Master mix-reagenset. Följaktligen innehåller endast amplicon deoxiuridin. Deoxiuridin gör kontaminerande amplicon känsligt för nedbrytning av AmpErase-enzym före amplifiering av målsekvens-dna. AmpErase-enzym, som ingår i Master mixreagenset, katalyserar klyvning av DNA innehållande deoxiuridin vid deoxiuridinresterna genom att öppna deoxiriboskedjan vid C1-positionen. Vid uppvärmning i det första termocykelsteget vid alkaliskt ph för Master mix, bryts amplicon-dna-kedjan vid deoxiuridinets position vilket ger icke amplifierbart DNA. AmpErase-enzym är inaktivt vid temperaturer över 55 C, dvs. genom värmecykelstegen, och förstör därför inte målsekvens-amplicon. Testet cobas 4800 CT/NG har visat sig inaktivera minst 10 3 kopior av CT/NG-amplicon innehållande deoxiuridin per PCR SV 2 Doc Rev. 8.0

3 Detektion av PCR-produkter i testet cobas 4800 CT/NG I testet cobas 4800 CT/NG används PCR-teknik i realtid 21,22. Användning av prober märkta med fluorokromer möjliggör realtidsdetektion av PCR-produktansamling genom övervakning av emissionsintensitet av fluorokromer som frigörs under amplifieringen. Proberna består av kryptisk CT-plasmid, CT ompa, NG DR-9, NG DR-9var och CT/NG internkontroll-specifika oligonukleotider, alla märkta med en reporterfluorokrom och en quencher. Om proberna som är märkta med fluorokromer är intakta hämmas reporterfluorokromen av quencherns närhet på grund av energiöverföringseffekter av Förster-typ. Medan PCR pågår hybridiseras proberna till deras respektive målsekvens och klyvs med 5' till 3' nukleasaktivitet hos värmebeständigt Z05 DNA-polymeras. När reporterfluorokromen och quenchern har separerats avstannar quenching och den fluorescerande emissionen hos reporterfluorokromen ökar. Amplifiering av CT-målsekvenser, NG-målsekvenser och CT/NG-internkontroll mäts oberoende och vid olika våglängder. Proceduren upprepas för ett bestämt antal cykler, varvid varje cykel ökar emissionsintensiteten hos de enskilda reporterfluorokromerna. REAGENS cobas 4800 System Sample Preparation Kit Provpreparationskit för cobas c4800 SMPL PREP 4800-systemet 240 test (P/N: ) MGP 10 x 4,5 ml (Magnetiska glaspartiklar för cobas 4800-systemet) Magnetiska glaspartiklar 93 % isopropanol Xi 93 % (viktprocent) isopropanol Irriterande F 93 % (viktprocent) isopropanol Mycket brandfarligt R: , S: /25 26 EB (Elueringsbuffert för cobas 4800-systemet) Tris-HCl-buffert 0,09 % natriumazid cobas 4800 System Sample Preparation Kit Provpreparationskit för cobas 4800-systemet (P/N: ) MGP (Magnetiska glaspartiklar för cobas 4800-systemet) Magnetiska glaspartiklar 93 % isopropanol Xi 93 % (viktprocent) isopropanol c4800 SMPL PREP 10 x 18 ml 960 test 10 x 13,5 ml Irriterande F 93 % (viktprocent) isopropanol Mycket brandfarligt R: , S: /25 26 EB (Elueringsbuffert för cobas 4800-systemet) Tris-HCl-buffert 0,09 % natriumazid cobas 4800 System Wash Buffer Kit Tvättbuffertkit för cobas 4800-systemet (P/N: ) WB (Tvättbuffert för cobas 4800-systemet) Natriumcitrat-dihydrat 0,05 % N-metylisotiazolon-HCl c4800 WB 10 x 18 ml 240 test 10 x 55 ml SV 3 Doc Rev. 8.0

4 cobas 4800 System Wash Buffer Kit Tvättbuffertkit för cobas 4800-systemet (P/N: ) WB (Tvättbuffert för cobas 4800-systemet) Natriumcitrat-dihydrat 0,05 % N-metylisotiazolon-HCl cobas 4800 System Liquid Cytology Preparation Kit Preparationskit för vätskebaserad cytologi för cobas 4800-systemet (P/N: ) PK (cobas 4800 proteinas K) Tris-HCl-buffert EDTA Glycerol Kaliumklorid Kalciumacetat < 2 % proteinas K SDS (SDS-reagens för cobas 4800-systemet) Tris-HCl-buffert 0,2 % SDS 0,09 % natriumazid LYS (Lyseringsbuffert för cobas 4800-systemet) Tris-HCl-buffert 37 % (viktprocent) guanidin-hcl < 5 % polydokanol c4800 WB c4800 LIQ CYT 960 test 10 x 200 ml 240 test 10 x 0,9 ml 10 x 3 ml 10 x 10 ml Xn 37 % (viktprocent) guanidin-hcl Hälsoskadlig R: 22 36/38, S: N < 5 % polydokanol Farlig för miljön R: , S: cobas 4800 System Liquid Cytology Preparation Kit Preparationskit för vätskebaserad cytologi för cobas 4800-systemet (P/N: ) PK (cobas 4800 proteinas K) Tris-HCl-buffert EDTA Glycerol Kaliumklorid Kalciumacetat < 2 % proteinas K SDS (SDS-reagens för cobas 4800-systemet) Tris-HCl-buffert 0,2 % natriumdodecylsulfat 0,09 % natriumazid c4800 LIQ CYT 960 test 20 x 1,2 ml 10 x 9 ml SV 4 Doc Rev. 8.0

5 LYS (Lyseringsbuffert för cobas 4800-systemet) Tris-HCl-buffert 37 % (viktprocent) guanidin-hcl < 5 % polydokanol 10 x 36 ml Xn 37 % (viktprocent) guanidin-hcl Hälsoskadlig R: 22 36/38, S: N < 5 % polydokanol Farlig för miljön R: , S: cobas 4800 CT/NG Amplification/Detection Kit Amplifierings-/detektionskit för CT/NG för cobas 4800 (P/N: ) CT/NG MMX (Master Mix för CT/NG för cobas 4800) Tricinbuffert Kaliumacetat Kaliumhydroxid Glycerol < 0,01 % datp, dctp, dgtp, dutp < 0,01 % uppströms- och nedströms-ct- och -NG-primers < 0,01 % fluorescensmärkta CT- och NG-prober < 0,01 % fluorescensmärkta internkontrollprober < 0,01 % oligonukleotid-aptamer < 0,10 % Z05 DNA-polymeras (mikrobiellt) < 0,10 % AmpErase-enzym (uracil-n-glykosylas) (mikrobiellt) 0,09 % natriumazid CT/NG Mn (Manganlösning för CT/NG för cobas 4800) < 1,0 % manganacetat < 0,02 % isättika 0,09 % natriumazid cobas 4800 CT/NG Amplification/Detection Kit Amplifierings-/detektionskit för CT/NG för cobas 4800 (P/N: ) CT/NG MMX (Master Mix för CT/NG för cobas 4800) Tricinbuffert Kaliumacetat Kaliumhydroxid Glycerol < 0,01 % datp, dctp, dgtp, dutp < 0,01 % uppströms- och nedströms-ct- och -NG-primers < 0,01 % fluorescensmärkta CT- och NG-prober < 0,01 % fluorescensmärkta internkontrollprober < 0,01 % oligonukleotid-aptamer < 0,10 % Z05 DNA-polymeras (mikrobiellt) < 0,10 % AmpErase-enzym (uracil-n-glykosylas) (mikrobiellt) 0,09 % natriumazid CT/NG Mn (Manganlösning för CT/NG för cobas 4800) < 1,0 % manganacetat < 0,02 % isättika 0,09 % natriumazid c4800 CT/NG AMP/DET c4800 CT/NG AMP/DET 240 test 10 x 0,5 ml 10 x 1,5 ml 960 test 20 x 1,0 ml 10 x 1,5 ml SV 5 Doc Rev. 8.0

6 cobas 4800 System Control Diluent Kit Spädningsreagenskit för kontroller för cobas 4800-systemet (P/N: ) CDIL (Spädningsreagens för kontroller för cobas 4800-systemet) Tris-HCl-buffert 37 % guanidin-hcl Xn 37 % (viktprocent) guanidin-hcl c4800 CDIL 10 set 10 x 4,3 ml Hälsoskadlig R: 22 36/38, S: cobas 4800 CT/NG Controls Kit Kontrollkit för CT/NG för cobas 4800 c4800 CT/NG CTLS 10 set (P/N: ) CT/NG (+) C 10 x 0,5 ml (Positiv kontroll för CT/NG för cobas 4800) Tris-HCl-buffert EDTA 0,05 % natriumazid < 0,002 % poly ra RNA (syntetiskt) < 0,01 % icke smittbärande plasmid-dna (mikrobiellt) innehållande C. trachomatis-sekvenser < 0,01 % icke smittbärande plasmid-dna (mikrobiellt) innehållande N. gonorrhoeae-sekvenser ( ) C 10 x 0,5 ml (Negativ kontroll för cobas 4800-systemet) Tris-HCl-buffert EDTA 0,05 % natriumazid < 0,002 % poly ra RNA (syntetiskt) CT/NG IC 10 x 0,3 ml (Internkontroll för CT/NG för cobas 4800) Tris-HCl-buffert EDTA 0,05 % natriumazid < 0,002 % poly ra RNA (syntetiskt) < 0,01 % icke smittbärande plasmid-dna (mikrobiellt) innehållande C. trachomatis-primerbindningsekvenser och en unik probbindningsregion < 0,01 % icke smittbärande plasmid-dna (mikrobiellt) innehållande N. gonorrhoeae -primerbindningsekvenser och en unik probbindningsregion VARNINGAR OCH FÖRSIKTIGHETSÅTGÄRDER A. FÖR IN VITRO-DIAGNOSTISK ANVÄNDNING. B. Detta test ska användas med endocervikala och vaginala pinnprover som tagits med cobas PCR Female Swab Sample Kit, urin från män och kvinnor som tagits med cobas PCR Urine Sample Kit och cervixprover som tagits i PreservCyt-lösning. C. Pipettera inte med munnen. D. Ät, drick eller rök inte i laboratorium. Använd engångshandskar, laboratorierock och ögonskydd när du hanterar prover och kitets reagens. Tvätta händerna noga efter hantering av prover och testreagens. E. Undvik mikrobiell kontamination och DNA-kontamination av reagens. F. Kassera oanvända reagens och avfall enligt gällande nationella, regionala och lokala föreskrifter. G. Använd inte reagens efter utgångsdatum. H. Blanda inte reagens. I. Kontakta närmaste Roche-kontor om du vill erhålla säkerhetsdatablad (MSDS). J. Handskar ska användas och ska bytas mellan hantering av prover och cobas 4800-reagens för att undvika kontamination. K. Prover ska behandlas som smittbärande i enlighet med säkra laboratorierutiner som exempelvis de rutiner som beskrivs i Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories 23 och i CLSI-dokument M29-A3 24. L. cobas PCR-medium (från primärprovrör), LYS och CDIL innehåller guanidinhydroklorid. Guanidinhydroklorid får inte komma i direkt kontakt med natriumhypoklorit (blekmedel) eller några andra högreaktiva reagens som syror eller baser. Dessa blandningar kan bilda en skadlig gas. Utspilld vätska som innehåller guanidinhydroklorid torkas upp med lämplig laboratoriedetergent och vatten. Om den utspillda vätskan innehåller potentiellt smittbärande agenser ska det aktuella området FÖRST rengöras med laboratoriedetergent och vatten, och därefter med 0,5 % natriumhypoklorit. M. MGP innehåller isopropanol och är mycket brandfarligt. Håll borta från öppna lågor och miljöer som kan bilda gnistor SV 6 Doc Rev. 8.0

7 N. EB, SDS, CT/NG MMX, CT/NG Mn, ( ) C, CT/NG (+) C och CT/NG IC innehåller natriumazid. Natriumazid kan reagera med bly- eller kopparrör och bilda mycket explosiva metallazider. Förhindra aziduppbyggnad genom att spola med mycket kallt vatten om lösningar som innehåller natriumazid hälls ut i avloppet. O. Använd engångshandskar, laboratorierock och ögonskydd när du hanterar reagens. Undvik att dessa material kommer i kontakt med hud, ögon och slemhinnor. Tvätta omedelbart med stora mängder vatten vid eventuell kontakt. Brännskador kan annars uppstå. Om spill förekommer, späd med vatten innan spillet torkas upp. P. Alla engångsartiklar är avsedda att användas en gång. Återanvänd dem inte. Q. Använd inte natriumhypokloritlösning (blekmedel) vid rengöring av instrumentet cobas x 480 eller analysinstrumentet cobas z 480. Rengör instrumentet cobas x 480 eller analysinstrumentet cobas z 480 enligt anvisningarna i användarhandboken till cobas 4800-systemet. R. Ytterligare varningar, försiktighetsåtgärder och procedurer för att minska kontaminationsrisken för instrumentet cobas x 480 eller analysinstrumentet cobas z 480 finns i användarhandboken till cobas 4800-systemet. FÖRVARING OCH HANTERING A. Frys inte reagens. B. Förvara provpreparationskitet (MGP, EB), det preparationskitet för vätskebaserad cytologi (PK, SDS, LYS), amplifierings-/ detektionskitet för CT/NG (CT/NG MMX, CT/NG Mn) och kontrollkitet för CT/NG (CT/NG (+) C, ( ) C och CT/NG IC) i 2 8 C. Reagensen är hållbara till angivet utgångsdatum. C. Förvara tvättbuffertkitet (WB) och spädningsreagenskitet för kontroller (CDIL) i C. Reagensen är hållbara till angivet utgångsdatum. MATERIAL SOM MEDFÖLJER A. cobas 4800 System Sample Preparation Kit Provpreparationskit för cobas 4800-systemet c4800 SMPL PREP 240 test (P/N: ) MGP (Magnetiska glaspartiklar för cobas 4800-systemet) EB (Elueringsbuffert för cobas 4800-systemet) B. cobas 4800 System Sample Preparation Kit Provpreparationskit för cobas c4800 SMPL PREP 4800-systemet 960 test (P/N: ) MGP (Magnetiska glaspartiklar för cobas 4800-systemet) EB (Elueringsbuffert för cobas 4800-systemet) C. cobas 4800 System Wash Buffer Kit Tvättbuffertkit för cobas c4800 WB 4800-systemet 240 test (P/N: ) WB (Tvättbuffert för cobas 4800-systemet) D. cobas 4800 System Wash Buffer Kit Tvättbuffertkit för cobas c4800 WB 4800-systemet 960 test (P/N: ) WB (Tvättbuffert för cobas 4800-systemet) E. cobas 4800 System Liquid Cytology Preparation Kit Preparationskit för vätskebaserad cytologi för cobas c4800 LIQ CYT 4800-systemet 240 test (P/N: ) PK (cobas 4800 proteinas K) SDS (SDS-reagens för cobas 4800-systemet) LYS (Lyseringsbuffert för cobas 4800-systemet) F. cobas 4800 System Liquid Cytology Preparation Kit Preparationskit för vätskebaserad cytologi för cobas 4800-systemet c4800 LIQ CYT 960 test (P/N: ) PK (cobas 4800 proteinas K) SDS (SDS-reagens för cobas 4800-systemet) LYS (Lyseringsbuffert för cobas 4800-systemet) SV 7 Doc Rev. 8.0

8 G. cobas 4800 CT/NG Amplification/Detection Kit Amplifierings-/detektionskit för CT/NG för cobas 4800 (P/N: ) CT/NG MMX (Master Mix för CT/NG för cobas 4800) CT/NG Mn (Manganlösning för CT/NG för cobas 4800) H. cobas 4800 CT/NG Amplification/Detection Kit Amplifierings-/detektionskit för CT/NG för cobas 4800 (P/N: ) CT/NG MMX (Master Mix för CT/NG för cobas 4800) CT/NG Mn (Manganlösning för CT/NG för cobas 4800) I. cobas 4800 System Control Diluent Kit Spädningsreagenskit för kontroller för cobas 4800-systemet (P/N: ) CDIL (Spädningsreagens för kontroller för cobas 4800-systemet) J. cobas 4800 CT/NG Controls Kit Kontrollkit för CT/NG för cobas 4800 (P/N: ) CT/NG (+) C (Positiv kontroll för CT/NG för cobas 4800) ( ) C (Negativ kontroll för cobas 4800-systemet) CT/NG IC (Internkontroll för CT/NG för cobas 4800) 240 test 960 test MATERIAL SOM BEHÖVS MEN INTE MEDFÖLJER Prov- och reagenshantering cobas PCR Female Swab Sample Kit (Roche P/N ) cobas PCR Urine Sample Kit (Roche P/N ) CO-RE Tips, µl, rack om 96 (Roche P/N eller Hamilton P/N ) 50 ml-reagensbehållare (Roche P/N ) 200 ml-reagensbehållare (Roche P/N ) Extraktionsplatta (djupbrunn) till cobas 4800-systemet (Roche P/N ) AD-platta (mikrotiter) 0,3 ml och skyddsfilm till cobas 4800-systemet (Roche P/N ) Påse för fast avfall [Roche P/N (liten) eller (stor)] Hamilton STAR avfallsnedkast i plast (Roche P/N ) 13 ml-rör med rund botten, (Sarstedt P/N ) för användning som sekundära provrör Korkar, neutral färg (Sarstedt P/N ) för återförslutning av prover efter körning i 13 ml-rör med rund botten från Sarstedt Engångshandskar, puderfria Instrument och programvara Instrumentet cobas x 480 Analysinstrumentet cobas z 480 Kontrollenhet till cobas 4800-systemet med systemprogramversion 2.1 eller högre YTTERLIGARE UTRUSTNING OCH MATERIAL Pipetter: kapacitet µl DNase-fria spetsar med aerosolbarriär: kapacitet µl Centrifug försedd med en swing bucket-rotor med RCF på minst Fristående magnetplatta (Roche P/N ) Vortexmixer (ett rör) Vortexmixer för flera rör [t.ex. VWR P/N ] c4800 CT/NG AMP/DET c4800 CT/NG AMP/DET c4800 CDIL c4800 CT/NG CTLS 10 set 10 set SV 8 Doc Rev. 8.0

9 PROVTAGNING, TRANSPORT OCH FÖRVARING AV PROVER Obs! Hantera alla prover som potentiellt smittbärande. A. Provtagning Endocervikala och vaginala pinnprover som tagits med cobas PCR Female Swab Sample Kit, urinprover från män och kvinnor som tagits med cobas PCR Urine Sample Kit och cervixprover som tagits i PreservCyt-lösning har validerats för användning med testet cobas 4800 CT/NG. Följ tillverkarens anvisningar vid tagning av endocervikala och vaginala pinnprover samt urinprover med cobas PCR Female Swab Sample Kit respektive cobas PCR Urine Sample Kit. Följ tillverkarens instruktioner för cervixcellprovtagning i PreservCyt-lösning. B. Transport av prover Endocervikala och vaginala pinnprover som tagits med cobas PCR Female Swab Sample Kit, urinprover från män och kvinnor som tagits med cobas PCR Urine Sample Kit och cervixprover som tagits i PreservCyt-lösning kan transporteras i 2 30 C. Vid transport av CT/NG-prover i cobas PCR-medium och PreservCyt-lösning ska gällande bestämmelser för transport av etiologiska agenser följas 25. C. Förvaring av prover Endocervikala pinnprover och vaginala pinnprover som tagits med cobas PCR Female Swab Sample Kit och urinprover från män och kvinnor som tagits med cobas PCR Urine Sample Kit kan förvaras i 2 30 C i upp till 12 månader efter att proverna stabiliserats i cobas PCR-medium. Cervixprover som tagits i PreservCyt-lösning kan förvaras i 2 30 C i upp till 12 månader. BRUKSANVISNING Obs! Alla reagens utom CT/NG MMX och CT/NG Mn ska ha rumstemperatur innan de laddas i instrumentet cobas x 480. CT/NG MMX och CT/NG Mn kan tas direkt från förvaring i 2 8 C eftersom de hinner ekvilibreras till rumstemperatur i instrumentet cobas x 480 innan de används i processen. Obs! Prover i cobas PCR-medium och PreservCyt-lösning måste ekvilibreras i rumstemperatur i minst 30 minuter innan de laddas i instrumentet cobas x 480. Obs! Om prover måste överföras från sina primära provrör med cobas PCR-medium till korrekt streckkodsmärkta sekundära rör ska pipetter med spets med aerosolbarriär eller positiv förskjutning användas vid provhantering. Var noga med att undvika smitta. Obs! Utförliga driftsanvisningar finns i användarhandboken till cobas 4800-systemet. Omgångsstorlek: cobas 4800-systemet är avsett att användas tillsammans med testet cobas 4800 CT/NG med omgångsstorlekar från 1 till 94 prover plus kontroller (upp till 96 test per körning). Varje provpreparationskit för cobas 4800-systemet, preparationskit för vätskebaserad cytologi för cobas 4800-systemet och tvättbuffertkit för cobas 4800-systemet innehåller reagens som räcker till 10 körningar av antingen 24 test (240 test per kit) eller 96 test (960 test per kit). Varje amplifierings-/detektionskit för CT/NG för cobas 4800 innehåller reagens som räcker till 10 körningar av antingen 24 test (240 test per kit) eller 96 test (960 test per kit); flera kit för 240 test kan användas för att optimera användning av reagens för 48 eller 72 test. Spädningsreagenskitet för kontroller för cobas 4800-systemet och kontrollkitet för CT/NG för cobas 4800 innehåller reagens som räcker till totalt 10 körningar (10 set per kit). Den minsta körningsstorleken i cobas 4800-systemet är 1 prov plus kontroller. Ett replikat av negativ kontroll för cobas 4800-systemet [( ) C] och ett replikat av positiv kontroll för CT/NG för cobas 4800 [CT/NG (+) C] behövs för att utföra varje testkörning (se avsnittet Kvalitetskontroll ). Arbetsflöde: Obs! Ett provpreparationskit för 960 test kan användas för en körning med 24 prover och ett amplifierings-/detektionskit för CT/NG för 960 test kan användas för en körning med 24, 48 eller 72 prover, även om reagensen inte används optimalt. Testet cobas 4800 CT/NG kan köras med ett av två arbetsflöden, vilka benämns Full workflow eller Recovery workflow i cobas 4800-programmet. Fullständigt arbetsflöde för CT/NG: CT/NG Full Workflow består av provpreparation i instrumentet cobas x 480 följt av amplifiering/detektion i analysinstrumentet cobas z 480. Mer information finns i avsnittet Utföra ett fullständigt arbetsflöde nedan och i användarhandboken till cobas systemet. Recovery-arbetsflöde för CT/NG: CT/NG Recovery Workflow består av manuell preparation av PCR-plattan med eluat från den bearbetade djupbrunnsplattan följt av amplifiering/detektion på analysinstrumentet cobas z 480. Mer information finns i avsnittet Utföra ett Recovery-arbetsflöde nedan och i användarhandboken till cobas 4800-systemet. Prover: Följande provtyper har godkänts för användning med testet cobas 4800 CT/NG: a) endocervikala pinnprover i cobas PCR-medium (pinnprov), b) vaginala pinnprover som tagits av läkare och som är självtagna efter instruktion från läkare i cobas PCR-medium (pinnprov), c) urinprover från män och kvinnor som stabiliserats i cobas PCR-medium (urin) och d) cervixprover som tagits i PreservCyt-lösning (PC). Endocervikala pinnprover, vaginala pinnprover och urinprover ska finnas i cobas PCR-medierörbehållare med korrekt streckkod eller i ett korrekt streckkodsmärkt 13 ml-sarstedtrör med rund botten för bearbetning i instrumentet cobas x 480. Cervixprover ska finnas i primära PreservCyt-lösningsbehållare med korrekt streckkod eller i ett korrekt streckkodsmärkt 13 ml- Sarstedtrör med rund botten för bearbetning i instrumentet cobas x 480. Läs om korrekta förfaranden för streckkodsmärkning i användarhandboken till cobas 4800-systemet, där det även finns en lista över godkända streckkoder för cobas 4800-systemet SV 9 Doc Rev. 8.0

10 Endocervikala pinnprover och vaginala pinnprover: Obs! Följande reagenskit krävs för att bearbeta endocervikala och vaginala pinnprover i instrumentet cobas x 480: provpreparationskit för cobas 4800-systemet, spädningsreagenskit för kontroller för cobas 4800-systemet, tvättbuffertkit för cobas 4800-systemet, amplifierings-/detektionskit för CT/NG för cobas 4800 och kontrollkit för CT/NG för cobas Obs! Använd endast cobas PCR Female Swab Sample Kit vid tagning av endocervikala och vaginala pinnprover för testet cobas 4800 CT/NG. Testet cobas 4800 CT/NG har inte validerats med andra pinnprovtagningsenheter eller medietyper. Obs! För att undvika korskontamination av bearbetade prover ska extra cobas PCR-mediekorkar i en annan färg (neutral, se "Material som behövs men inte medföljer") användas för att försluta prover efter bearbetning. Obs! Endocervikala och vaginala pinnprover som innehåller en enda pinne i cobas PCR-medierör kan bearbetas direkt i cobas 4800-systemet. Om det behövs kan pinnen avlägsnas innan provröret laddas i instrumentet (mer information finns i användarhandboken till cobas 4800-systemet). Obs! Ett korrekt taget endocervikalt och vaginalt pinnprov ska ha en enda provpinne med skaftet brutet vid markeringen. Pinnskaft som är brutna ovanför markeringen blir längre än normalt och kan även ha böjts för att passa i cobas PCRmedieröret. Detta kan skapa hinder i systemet som kan göra att testresultat förloras. Om ett pinnprov har ett felaktigt brutet skaft ska pinnen tas bort innan provet bearbetas i instrumentet cobas x 480. Obs! Endocervikala och vaginala primära provrör som kommer in utan pinne eller med två pinnar har inte tagits enligt anvisningarna i cobas PCR Female Swab Sample Kit och ska inte testas. Obs! Bearbeta inte endocervikala och vaginala pinnprover som verkar blodiga eller har en mörkbrun färg. Obs! Ibland innehåller inkommande stabiliserade endocervikala eller vaginala pinnprover för mycket slem som kan orsaka ett pipetteringsfel (t.ex. koagel eller hinder) i instrumentet cobas x 480. Före omtestning av prover som uppvisat koagel under den inledande bearbetningen ska provpinnen tas bort och kasseras och proverna förslutas igen och vortexas i 30 sekunder så att det överflödiga slemmet löses upp. Obs! Endocervikala och vaginala pinnprover kan analyseras två gånger i instrumentet cobas x 480 med pinnen i provröret. Om ytterligare testning behövs, eller om det första testet misslyckas på grund av provpipetteringsfel (t.ex. koagel eller annat hinder), ska pinnen tas bort och återstående vätska måste ha en volym på minst 1,0 ml. Korken kan avlägsnas från cobas PCR-medieröret med pinnprovet och laddas direkt i instrumentet cobas x 480 eller så kan en del av provet om minst 1,0 ml överföras till ett korrekt streckkodsmärkt 13 ml-sarstedtrör med rund botten som sedan laddas i instrumentet cobas x 480. Obs! Var försiktig när prover överförs från primära behållare till sekundära 13 ml-rör med rund botten. Blanda primära prover innan de överförs. Byt pipettspets för varje prov. Urinprover från män och kvinnor: Obs! Följande reagenskit krävs för att bearbeta urinprover i instrumentet cobas x 480: provpreparationskit för cobas systemet, spädningsreagenskit för kontroller för cobas 4800-systemet, tvättbuffertkit för cobas 4800-systemet, amplifierings-/detektionskit för CT/NG för cobas 4800 och kontrollkit för CT/NG för cobas Obs! Använd endast cobas PCR Urine Sample Kit vid tagning av urinprover för testet cobas 4800 CT/NG. Testet cobas 4800 CT/NG har inte validerats med andra urinprovtagningsenheter eller medietyper. Obs! För att undvika korskontamination av bearbetade prover ska extra cobas PCR-mediekorkar i en annan färg (neutral, se "Material som behövs men inte medföljer") användas för att försluta prover efter bearbetning. Obs! På otestade urinprover ska vätskenivåns ovandel befinna sig mellan de två svarta strecken på cobas PCR-medierörets etikettfönster. Om vätskenivån befinner sig över eller under dessa streck har provet inte tagits korrekt och kan inte användas för testning. Obs! Bearbeta inte urinprover som verkar blodiga eller har en mörkbrun färg. Korken kan avlägsnas från cobas PCR-medieröret med urinprovet och laddas direkt i instrumentet cobas x 480 eller så kan en del av provet om minst 1,5 ml överföras till ett korrekt streckkodsmärkt 13 ml-sarstedtrör med rund botten som sedan laddas i instrumentet cobas x 480. OBS! Var försiktig när prover överförs från primära behållare till sekundära 13 ml-rör med rund botten. Blanda primära prover innan de överförs. Byt pipettspets för varje prov. En och samma körning kan ha valfri kombination av endocervikala prover, vaginala prover och urinprover och varje prov kan testas för CT eller NG eller både CT och NG SV 10 Doc Rev. 8.0

11 Cervixprover: Obs! Följande reagenskit krävs för att bearbeta cervixprover i instrumentet cobas x 480: provpreparationskit för cobas 4800-systemet, preparationskit för vätskebaserad cytologi för cobas 4800-systemet, tvättbuffertkit för cobas systemet, amplifierings-/detektionskit för CT/NG för cobas 4800 och kontrollkit för CT/NG för cobas Obs! Testet cobas 4800 CT/NG Test har validerats för cervixprover tagna i PreservCyt-lösning. Testet cobas 4800 CT/NG har inte validerats för cervixprover tagna i andra medietyper. Användning av testet cobas 4800 CT/NG med andra medietyper kan leda till falskt negativa, falskt positiva och/eller ogiltiga resultat. Obs! Cervixprover i både primära och sekundära behållare kan bearbetas i cobas 4800-systemet. När prover från primära behållare portioneras i 13 ml-sarstedtrör med rund botten för bearbetning i instrumentet cobas x 480, ska pipettspetsar med aerosolbarriär eller positiv förskjutning användas. För att undvika korskontamination ska extra korkar i en annan färg (neutral; se "Material som behövs men inte medföljer") användas till rören för att försluta dessa prover efter bearbetning. Obs! Var försiktig när prover överförs från primära behållare till sekundära 13 ml-rör med rund botten. Vortexa primära prover innan de överförs. Byt pipettspets efter varje prov. Obs! Bearbeta inte prover som tagits i PreservCyt-lösning och som verkar blodiga eller har en mörkbrun färg. För cervixprover är den minsta volym som krävs i primära behållare med PreservCyt-lösning 3,0 ml. Om sekundära 13 ml-rör med rund botten används ska de fyllas med minst 1,0 ml och högst 10 ml. En och samma körning med cervixprover kan ha valfri kombination av primära och sekundära behållarrack och varje prov kan testas för CT eller NG eller både CT och NG. Obs! Cervixprover kan inte bearbetas med endocervikala prover, vaginala prover eller urinprover i samma körning. För att maximera reagensanvändningen ska grupper om 22 cervixprovtest köras per körning (plus en negativ kontroll för cobas 4800-systemet och en positiv kontroll för cobas 4800 CT/NG) med hjälp av kit för 240 test eller grupper om 94 cervixprovtest per körning (plus en negativ kontroll för cobas 4800-systemet och en positiv kontroll för cobas 4800 CT/NG) med hjälp av kit för 960 test. Arbetsflöden Utföra ett fullständigt arbetsflöde: A. Testet cobas 4800 CT/NG kan användas för körningar av 1 till 94 prover plus en negativ kontroll för cobas 4800-systemet och en positiv kontroll för cobas 4800 CT/NG. B. Utför systemstart och underhåll genom att följa anvisningarna i användarhandboken till cobas 4800-systemet. C. Starta en ny körning genom att klicka på knappen New run. D. I fönstret Select test väljer du arbetsflödestypen Full och väljer sedan testet CT/NG. E. Ange ett körningsnamn eller använd standardkörningsnamnet och klicka på OK för att fortsätta. F. Följ programguiden för att ladda prover. OBS! Endocervikala prover, vaginala prover och urinprover kan laddas i streckkodsmärkta primära eller sekundära rör i vilken ordning som helst. OBS! Cervixprover i PreservCyt-lösning kan bearbetas i rack med primära flaskor eller sekundära rör i samma körning. Om primära PreservCyt-flaskor används för bearbetning ska varje flaska vortexas innan den laddas. G. Välj en provtyp för varje prov. Välj Swab för att beställa endocervikala pinnprover och vaginala pinnprover Välj Urine för att beställa urinprover Välj PC för att beställa PreservCyt-prover H. Välj begärt resultat för varje prov. Välj begärt resultat CT/NG om både CT- och NG-testresultat ska rapporteras. Välj begärt resultat CT om endast CT-testresultat ska rapporteras. Välj begärt resultat NG om endast NG-testresultat ska rapporteras. I. Följ programguiden och ladda alla förbrukningsartiklar. J. Följ programguiden och ladda alla reagens. OBS! Kontroller [CT/NG (+) C, CT/NG IC och ( ) C] laddas inte tillsammans med prover. De laddas i reagens-carriern under reagensladdningen. Två positioner (A1 och B1) på varje extraktionsplatta och AD-platta är reserverade för kontrollerna CT/NG (+) respektive ( ). OBS! cobas 4800-systemet har en intern klocka som övervakar den tid som reagensen finns i instrumentet. Efter att WB har skannats har man 1 timme på sig att utföra laddningen och klicka på Start -knappen. Ett tidur visas som räknar ned tiden på fliken Workplace. Systemet tillåter inte att körningen startar om tiden som reagensen finns i instrumentet har gått ut. OBS! Säkerställ noggrann överföring av MGP genom att vortexa eller kraftigt skaka MGP-flaskan före dispensering i reagensbehållaren SV 11 Doc Rev. 8.0

12 K. Ladda provpreparationsreagensen (WB, MGP, EB, SDS och LYS) i de streckkodsmärkta reagensbehållarna med scan-scan-pourplace -metoden: Skanna reagensflaskans streckkod Skanna reagensbehållarens streckkod Häll reagenset i behållaren Placera den fyllda reagensbehållaren i reagens-carriern L. Reagensbehållarna finns i två storlekar: 200 ml och 50 ml. Följ programguiden och välj rätt storlek på reagensbehållarna. Reagensbehållarnas streckkoder måste vara vända åt höger i carriern. OBS! Amplifierings-/detektionsreagens (CT/NG MMX och CT/NG Mn), kontroller [CT/NG (+) C, CT/NG IC och ( ) C] och spädningsreagens för kontroller (CDIL) laddas direkt i reagens-carriern och skannas automatiskt av instrumentet cobas x 480. OBS! Alla reagens och reagensbehållare har streckkod och är avsedda för engångsbruk. Programmet cobas 4800 registrerar användningen av reagens och reagensbehållare och matar ut tidigare använda reagens eller reagensbehållare. Programmet kontrollerar även att tillräckligt med reagens laddas på instrumentet. OBS! Programmet cobas 4800 håller reda på utgångsdatumet för alla reagens. Reagens som har passerat utgångsdatum godkänns inte för användning med cobas 4800-systemet. M. Starta provpreparationen genom att klicka på Start Run. N. Klicka på Unload när provpreparationen är klar** så matas platt-carriern ut. ** Provpreparationens status kan visas här, innan du klickar på Unload. Se användarhandboken till cobas 4800-systemet. O. Följ anvisningarna i användarhandboken till cobas 4800-systemet för att försluta mikrotiterplattan, transportera plattan till analysinstrumentet cobas z 480 och starta amplifierings- och detektionskörningen. OBS! cobas 4800-systemet har en intern klocka som övervakar tiden efter tillsats av de preparerade proverna till working master mix. Amplifiering och detektion ska startas så snart som möjligt men senast 90 minuter efter att körningen i instrumentet cobas x 480 avslutats. Ett tidur visas som räknar ned tiden på fliken Workplace. Systemet avbryter körningen om tiden har gått ut. P. När amplifierings- och detektionskörningen är klar ska mikrotiterplattan matas ut från analysinstrumentet cobas z 480. Q. Följ anvisningarna i användarhandboken till cobas 4800-systemet för att granska och godkänna resultaten. Utföra ett Recovery-arbetsflöde OBS! Recovery-arbetsflödet finns som ett återställningsalternativ om det fullständiga arbetsflödet inte kan slutföras på grund av omständigheter som ligger utanför användarens kontroll (t.ex. strömavbrott under amplifierings-/ detektionskörning). OBS! Endast prover som bearbetats klart i instrumentet cobas x 480 kan amplifieras/detekteras med hjälp av återställningskörningen. Systemets övervakning av reagens och förbrukningsartiklar är begränsad under återställningskörningen. Provpositionsspårning tillhandahålls inte när Recovery-arbetsflödet används slutanvändaren måste säkerställa att provets faktiska position på mikrotiterplattan motsvarar den position som tilldelats i arbetsbeställningsfilen för återställningsplattans layoutrapport. Största försiktighet måste iakttas när mikrotiterplattan prepareras så att korrekt PCR-inställning säkerställs och kontamination undviks. OBS! Prover som bearbetas i instrumentet cobas x 480 har begränsad hållbarhet. De måste amplifieras/detekteras med Recovery-arbetsflödet inom 24 timmar om de förvaras vid 15 C till 30 C och inom 7 dagar om de förvaras vid 2 C till 8 C. A. Starta en återställningskörning genom att klicka på knappen New run. B. I fönstret Select test väljer du arbetsflödestypen Recovery och väljer sedan testet CT/NG. C. Ange ett körningsnamn eller använd standardkörningsnamnet och klicka på OK för att fortsätta. D. Välj en körning som ska återställas. E. Ange nytt ID för mikrotiterplattan. F. Ange ID för Master Mix och metalljoner för alla flaskor med amplifierings-/detektionsreagens i kitet. G. Preparera working master mix för CT/NG för cobas 4800 så här: a. För ett kit med 240 test tillsätts 240 µl CT/NG Mn till en flaska CT/NG MMX (0,5 ml-flaska från kit för 240 test). b. För ett kit med 960 test tillsätts 450 µl CT/NG Mn till var och en av de två flaskorna med CT/NG MMX (1,0 ml-flaskor från kit för 960 test). OBS! Återställningskörningen måste startas inom 90 minuter efter tillsats av CT/NG Mn till CT/NG MMX. Systemet övervakar inte tiden efter tillsats av de preparerade proverna till working master mix i Recovery-arbetsflödet. Slutanvändaren måste säkerställa att amplifiering och detektion startar inom den fastställda tiden. H. Blanda working master mix noga genom att vända flaskan(orna) försiktigt. Vortexa inte working master mix. I. Överför 25 µl working master mix till de brunnar som behövs på mikrotiterplattan. J. Placera extraktionsplattan från den körning som ska upprepas på den fristående magnetplattan. K. Överför manuellt 25 µl eluat från extraktionsplattans brunnar till motsvarande brunnar på mikrotiterplattan. Kontrollera att brunnspositionerna behålls (t.ex. eluat i A1-brunnen på extraktionsplattan överförs till A1 på mikrotiterplattan). Kontrollera att MGP inte överförs till mikrotiterplattan. L. Följ anvisningarna i användarhandboken till cobas 4800-systemet för att försluta mikrotiterplattan. M. Centrifugera mikrotiterplattan med en swing bucket-rotor i minst 5 sekunder vid RCF SV 12 Doc Rev. 8.0

13 N. Transportera plattan till analysinstrumentet cobas z 480 och starta amplifierings- och detektionskörningen. O. När amplifierings- och detektionskörningen är klar ska mikrotiterplattan matas ut från analysinstrumentet cobas z 480. P. Följ anvisningarna i användarhandboken till cobas 4800-systemet för att granska och godkänna resultaten. Tolkning av resultat Obs! All analys- och körningsvalidering fastställs av programmet cobas Obs! En giltig körning kan innehålla båda giltiga och ogiltiga provresultat. Om körningen är giltig tolkas provresultaten enligt tabell 1: Tabell 1 Tolkning av resultat av testet cobas 4800 CT/NG Testet cobas Resultatrapport och tolkning 4800 CT/NG Begärt resultat CT/NG : CT positivt, NG positivt. POS CT, POS NG Provet är positivt för förekomst av både CT och NG DNA. CT negativt*, NG negativt*. NEG CT, NEG NG Varken CT eller NG DNA, om förekommande, kunde detekteras. CT positivt, NG negativt*. POS CT, NEG NG Provet är positivt för förekomst av CT DNA. NG DNA, om förekommande, kunde inte detekteras. POS CT, Invalid NG NEG CT, POS NG Invalid CT, POS NG Invalid CT, NEG NG NEG CT, Invalid NG Invalid Failed Begärt resultat CT : POS CT NEG CT Invalid Failed CT positivt, NG ogiltigt. Provet är positivt för förekomst av CT DNA. NG-resultatet är ogiltigt. Det ursprungliga provet ska testas om högst två gånger så att ett giltigt NG-resultat erhålls. Om resultaten fortfarande är ogiltiga ska ett nytt prov tas. CT negativt*, NG positivt. CT DNA, om förekommande, kunde inte detekteras. Provet är positivt för förekomst av NG DNA. CT ogiltigt, NG positivt. CT-resultatet är ogiltigt. Det ursprungliga provet ska testas om högst två gånger så att ett giltigt CT-resultat erhålls. Om resultaten fortfarande är ogiltiga ska ett nytt prov tas. Provet är positivt för förekomst av NG DNA. CT ogiltigt, NG negativt*. CT-resultatet är ogiltigt. Det ursprungliga provet ska testas om högst två gånger så att ett giltigt CT-resultat erhålls. Om resultaten fortfarande är ogiltiga ska ett nytt prov tas. NG DNA, om förekommande, kunde inte detekteras. CT negativt*, NG ogiltigt. CT DNA, om förekommande, kunde inte detekteras. NG-resultatet är ogiltigt. Det ursprungliga provet ska testas om högst två gånger så att ett giltigt NG-resultat erhålls. Om resultaten fortfarande är ogiltiga ska ett nytt prov tas. CT ogiltigt, NG ogiltigt. Både CT- och NG-resultatet är ogiltigt. Det ursprungliga provet ska testas om högst två gånger så att giltiga CT- och NG-resultat erhålls. Om resultaten fortfarande är ogiltiga ska ett nytt prov tas. Inget resultat för prov Läs användarhandboken till cobas 4800-systemet för anvisningar om granskning av körningsflaggor och rekommenderade åtgärder. Det ursprungliga provet ska testas om så att giltiga CT- och NG-resultat erhålls. CT positivt. Provet är positivt för förekomst av CT DNA. CT negativt*. CT DNA, om förekommande, kunde inte detekteras. CT ogiltigt. CT-resultatet är ogiltigt. Det ursprungliga provet ska testas om högst två gånger så att ett giltigt CT-resultat erhålls. Om resultaten fortfarande är ogiltiga ska ett nytt prov tas. Inget resultat för prov Läs användarhandboken till cobas 4800-systemet för anvisningar om granskning av körningsflaggor och rekommenderade åtgärder. Det ursprungliga provet ska testas om så att giltiga CT-resultat erhålls SV 13 Doc Rev. 8.0

14 Testet cobas 4800 CT/NG Begärt resultat NG : POS NG NEG NG Invalid Failed Resultatrapport och tolkning NG positivt. Provet är positivt för förekomst av NG DNA. NG negativt*. NG DNA, om förekommande, kunde inte detekteras. NG ogiltigt. NG-resultatet är ogiltigt. Det ursprungliga provet ska testas om högst två gånger så att ett giltigt NG-resultat erhålls. Om resultaten fortfarande är ogiltiga ska ett nytt prov tas. Inget resultat för prov Läs användarhandboken till cobas 4800-systemet för anvisningar om granskning av körningsflaggor och rekommenderade åtgärder. Det ursprungliga provet ska testas om så att giltiga NG-resultat erhålls. * Ett negativt resultat utesluter inte förekomst av CT- och/eller NG-infektion eftersom resultaten är beroende av rätt provtagning, avsaknad av hämmare och tillräckligt med DNA. KVALITETSKONTROLL Ett set positiva och negativa kontroller för testet cobas 4800 CT/NG ingår i varje körning. För varje körning måste giltiga resultat erhållas både för den positiva och negativa kontrollen för att programmet cobas 4800 ska visa de rapporterbara resultaten från testet cobas 4800 CT/NG från körningen. Positiv kontroll CT/NG (+)-kontrollresultatet måste vara "Valid". Kontakta din Roche-representant och begär teknisk hjälp om CT/NG (+)- kontrollresultaten genomgående är ogiltiga. Negativ kontroll ( )-kontrollresultatet måste vara "Valid". Kontakta din Roche-representant och begär teknisk hjälp om ( )-kontrollresultaten genomgående är ogiltiga. FÖRSIKTIGHETSÅTGÄRDER Liksom för alla testmetoder är det mycket viktigt att använda god laboratorieteknik för att denna analys ska fungera korrekt. Med hänsyn till testets höga analytiska sensitivitet är noggrannhet nödvändig så att reagens- och amplifieringsblandningarna hålls rena. TESTETS BEGRÄNSNINGAR 1. Testa endast de angivna provtyperna. Testet cobas 4800 CT/NG har endast validerats för användning med endocervikala prover, vaginala pinnprover som tagits av läkare och vaginala pinnprover som är självtagna efter instruktion från läkare som tagits i cobas PCR-medium (UT), urinprover från kvinnor och män som stabiliserats i cobas PCR-medium (UUT) samt cervixprover som tagits i PreservCyt-lösning (PC). 2. Interfererande ämnen inkluderar, men är inte begränsat till följande: Förekomst av slem i endocervikala prover och cervixprover kan hämma PCR och ge falskt negativa testresultat. Slemfria prover krävs för optimala testresultat. Använd en torksudd eller en extra provtagningspinne för att avlägsna sekret och utsöndring från cervix innan provet tas. Urinprover som stabiliserats i cobas PCR-medium som innehåller mer än 0,35 % (viktprocent) blod kan ge falskt negativa resultat. Endocervikala pinnprover, vaginala pinnprover och cervixprover, var och en innehållande upp till 5 % (viktprocent) helblod, visade inga interferenseffekter. Helblodsnivåer över 5 % (viktprocent) kan ge ogiltiga eller falskt negativa resultat. Endocervikala pinnprover, vaginala pinnprover och urinprover som alla stabiliserats i cobas PCR-medium och som innehåller mer än 1 x 10 5 PBMC celler/ml och cervixprover som innehåller mer än 1 x 10 7 PBMC celler/ml kan ge ogiltiga eller falskt negativa resultat. Urinprover som tagits från patienter som använt den receptfria produkten Replens vaginalgel kan ge ogiltiga eller falskt negativa resultat. 3. Detektion av C. trachomatis och N. gonorrhoeae är beroende av antalet organismer i provet och kan påverkas av provtagningsmetoder, patientfaktorer (t.ex. ålder, STD-historik, förekomst av symptom), infektionsstaduim och/eller smittande C. trachomatis- och N. gonorrhoeae-stammar. 4. Falskt negativa resultat kan ske på grund av polymerashämmare. CT/NG-internkontrollen ingår i testet cobas 4800 CT/NG och bidrar till att prover som innehåller ämnen som kan störa nukleinsyra-isoleringen och PCR-amplifieringen kan identifieras. 5. Förekomst av infektion i en population kan påverka resultatet. Positiva predikativa värden minskar när populationer med låg prevalens eller personer utan risk för infektion testas. Eftersom prevalensen av C. trachomatis och N. gonorrhoeae kan vara låg i vissa populationer eller patientgrupper, kan ett falskt positivt värde överstiga det sant positiva värdet så att det predikativa värdet för ett positivt test är väldigt lågt. Eftersom vissa patienter som är faktiskt smittade inte identifieras genom att ett enskilt prov testas, kan det faktiska värdet för falskt positiva prov inte fastställas eller förutsättas utifrån kliniska data. Hur stort antal falskt positiva testresultat som förekommer kan bero på erfarenhet, användarens kunskap, reagens- och provhantering eller andra liknande faktorer som gäller det enskilda laboratoriet SV 14 Doc Rev. 8.0

15 6. Resultatens tillförlitlighet förutsätter rätt provtagning, transport, förvaring och behandling av prover. Följ beskrivningarna i denna bipacksedel, i bipacksedlarna till cobas PCR-medieprovtagningskit och användarhandboken till cobas 4800-systemet. 7. Tillsats av AmpErase-enzym i cobas 4800 CT/NG Master Mix möjliggör selektiv amplifiering av target-dna. Kontaminering av reagens kan dock endast undvikas om god laboratoriesed tillämpas och de förfaranden som beskrivs i den här bipacksedeln noga följs. 8. Endast personal med erfarenhet av PCR-teknik ska använda produkten och cobas 4800-systemet. 9. Endast instrumentet cobas x 480 och analysinstrumentet cobas z 480 har validerats för att användas tillsammans med denna produkt. Inga andra provpreparationsinstrument eller PCR-system kan användas med denna produkt. 10. På grund av inneboende skillnader mellan metoder rekommenderas användaren, innan en metod byts ut mot en annan, att genomföra metodkorrelationsanalyser i laboratoriet för att bestämma skillnaderna mellan metoderna. 11. Testet cobas 4800 CT/NG rekommenderas inte för bestämning av misstänkt sexuellt utnyttjande eller för andra rättsmedicinska indikationer. 12. Testet cobas 4800 CT/NG ger kvalitativa resultat. Det finns inget samband mellan det Ct-värde som rapporteras för ett positivt cobas 4800 CT/NG-test och antalet C. trachomatis- och N. gonorrhoeae-celler i det infekterade provet. 13. Testet cobas 4800 CT/NG för urintestning på män och kvinnor bör utföras på det första av urinstrålen (de första 10 till 50 ml av urinstrålen). Effekterna av andra variabler, t.ex. den första delen av strålen vs. mellanstrålen, efterstrålen osv. har inte utvärderats. 14. Felaktigt tagna endocervikala pinnprover kan innehålla överflödigt slem, vilket orsakar koagel i cobas 4800-systemet. Om detta sker i ovanligt hög grad kan endocervikala pinnprover vortexas innan de laddas i instrumentet cobas x 480 så att det överflödiga slemmet löses upp. Vortexa proverna i 30 sekunder i rpm. Använd en vortexmixer för flera rör för ökad effektivitet [se avsnittet "Ytterligare utrustning och material"]. 15. Effekterna av andra möjliga variabler, t.ex. vaginalflytning, användning av tamponger, sköljning osv. samt provtagningsvariabler har inte utvärderats. 16. Testet cobas 4800 CT/NG är inte avsett att ersätta undersökning av cervix och provtagning från livmoderhalsen för diagnos av urogenital infektion. Patienterna kan ha infektion i livmoderhalsen, urinrörskatarr, urinvägsinfektion eller vaginala infektioner på grund av andra orsaker eller samtidigt pågående infektioner med andra agenser. 17. Mutationer inom de maximalt konserverade regionerna på det kryptiska plasmid-dna eller genomiska DNA hos C. trachomatis eller genomiska DNA hos N. gonorrhoeae som täcks av cobas 4800 CT/NG-testets primers och/eller andra prober är visserligen sällsynta, men kan resultera i att förekomst av bakterier inte kan detekteras. 18. Närvaron av PCR-hämmare kan orsaka falskt negativa eller ogiltiga resultat. EGENSKAPER Korrelationsstudier Korrelationsstudie med endocervikala pinnprover och urinprover från män och kvinnor Egenskaperna hos testet cobas 4800 CT/NG och CE-märkta komparatortester jämfördes genom analys av endocervikala pinnprover och urinprover (från män och kvinnor) som tagits från CT- och/eller NG-infekterade och friska patienter. Alla endocervikala pinnprover togs tillsammans med hjälp av cobas PCR Female Swab Sample Kit för testet cobas 4800 CT/NG och komparatortestets provtagningskit. Proverna togs i Europa och Nordamerika och testades i USA och Nederländerna. Totalt urinprover testades med testet cobas 4800 CT/NG efter "standard-of-care"-laboratorietestning med komparatortesten. Totalt 37 prover togs bort från analysen. Trettio prover var feletiketterade under NAT 1-testning, två misslyckades i testet cobas 4800 CT/NG på grund av koagler som bildades under provbearbetningen och fem prover på grund av upprepad hämning (fyra prover upprepat ogiltiga med NAT 1-testet och 1 prov upprepat ogiltigt med testet cobas 4800 CT/NG). Totalt 656 samtidigt tagna endocervikala pinnprover testades med testet cobas 4800 CT/NG och komparatortest. Totalt 1 prov togs bort från analysen på grund av upprepad hämning med NAT 1-testet. Alla resultat redovisas i tabellerna 2 10, bland annat procentuell överensstämmelse för positiva, negativa och totalt antal prover tillsammans med deras nedre gräns (n. gr.) för det 95-procentiga konfidensintervallet. Resultaten av Chlamydia trachomatis-testning av urinprover redovisas i tabell 2 4. Procentandelen positiv överensstämmelse för alla urinprover var 100,0%. Procentandelen negativ överensstämmelse för alla urinprover var 99,7% och den totala procentuella överensstämmelsen (se tabell 2) för alla urinprover var 99,7 % mellan testet cobas 4800 CT/NG och komparatortestet. När urinresultaten delades upp efter kön (se tabell 3 och 4) var procentandelen positiv överensstämmelse 100,0 % för urinprover från män och 100,0% för urinprover från kvinnor {Fishers exakta test (p-värde ~1,0)}, procentandelen negativ överensstämmelse var 99,8 % för urinprover från män och 99,4 % för urinprover från kvinnor {Fishers exakta test (p-värde = 0,9668)}. Den totala procentuella överensstämmelsen var 99,9 % för urinprover från män och 99,5 % för urinprover från kvinnor {Fishers exakta test (p-värde = 0,9683)}. Fishers exakta test indikerar inte några statistiskt viktiga skillnader i korrelation för urinprover från män, kvinnor eller det totala antalet urinprover mellan de två testmetoderna. Resultaten av Chlamydia trachomatis-testning av endocervikala pinnprover redovisas i tabell 5. Procentandelen positiv överensstämmelse för endocervikala pinnprover var 96,2 %. Procentandelen negativ överensstämmelse för endocervikala pinnprover var 100,0 % och den totala procentuella överensstämmelsen för endocervikala pinnprover var 99,5 % mellan testet cobas 4800 CT/NG och komparatortestet. Resultaten av Neisseria gonorrhoeae-testning av urinprover redovisas i tabell 6 8. Procentandelen positiv överensstämmelse för alla urinprover var 100,0%. Procentandelen negativ överensstämmelse för alla urinprover var 99,8% och den totala procentuella överensstämmelsen (se tabell 6) för alla urinprover var 99,8 % mellan testet cobas 4800 CT/NG och komparatortestet. När resultaten delades upp efter kön (se tabell 7 och 8) var procentandelen positiv överensstämmelse 100,0 % för urinprover från män och 100,0 % för urinprover från kvinnor {Fishers exakta test (p-värde ~1,0)}, procentandelen negativ överensstämmelse var 99,9 % för urinprover från män och 99,8% för urinprover från kvinnor {Fishers exakta test (p-värde = 1,0)}. Den totala procentuella överensstämmelsen var 99,9 % för urinprover från män och 99,8% för urinprover från kvinnor {Fishers exakta test (p-värde = 1,0)}. Fishers exakta test indikerar inte några statistiskt viktiga skillnader i korrelation för urinprover från män, kvinnor eller det totala antalet urinprover mellan de två testmetoderna SV 15 Doc Rev. 8.0

16 Neisseria gonorrhoeae-testning av endocervikala pinnprover jämfördes med två CE-märkta komparatortest (NAT 1 och NAT 2) och redovisas i tabell 9 och 10. Från jämförelse med NAT 1 var procentandelen positiv överensstämmelse för endocervikala pinnprover 100,0 %. Procentandelen negativ överensstämmelse för endocervikala pinnprover var 99,3 % och den totala procentuella överensstämmelsen för endocervikala pinnprover var 99,3 % mellan testet cobas 4800 CT/NG och komparatortestet NAT 1. Från jämförelse med NAT 2 var procentandelen positiv överensstämmelse för endocervikala pinnprover 100,0 %. Procentandelen negativ överensstämmelse för endocervikala pinnprover var 100,0 % och den totala procentuella överensstämmelsen för endocervikala pinnprover var 100,0 % mellan testet cobas 4800 CT/NG och komparatortestet NAT 2. Tabell 2 Sammanfattning av cobas 4800 CT/NG-testresultat för CT i jämförelse med ett CE-märkt komparatortest (NAT 1) med urinprover från friska och CT-infekterade patienter Samtliga urinprover N = Komparatortest (NAT 1) Positivt Negativt Totalt Positivt 115 4* 119 Testet cobas 4800 Negativt CT/NG Totalt Positiv överensstämmelse = 115/115 = 100,0 % (95 % CI LB 97 %) Negativ överensstämmelse = 1162/1166 = 99,7 % (95 % CI LB 99 %) Total överensstämmelse = 1277/1 281 = 99,7 % (95 % CI LB 99 %) *Efterföljande CT-amplifieringsresultat indikerar att 2 av 4 avvikande urinprover var positiva. Nedre gräns (n. gr.) för det 95-procentiga konfidensintervallet Tabell 3 Sammanfattning av cobas 4800 CT/NG-testresultat för CT i jämförelse med ett CE-märkt komparatortest (NAT 1) med urinprover från friska och CT-infekterade manliga patienter Urinprover från män N = 700 Komparatortest (NAT 1) Positivt Negativt Totalt Positivt 70 1* 71 Testet cobas 4800 Negativt CT/NG Totalt Positiv överensstämmelse = 70/70 = 100,0 % (95 % CI LB 95 %) Negativ överensstämmelse = 629/630 = 99,8 % (95 % CI LB 99 %) Total överensstämmelse = 699/700 = 99,9 % (95 % CI LB 99 %) *Avvikande prov var fortsatt avvikande efter ytterligare testning. Nedre gräns (n. gr.) för det 95-procentiga konfidensintervallet Tabell 4 Sammanfattning av cobas 4800 CT/NG-testresultat för CT i jämförelse med ett CE-märkt komparatortest (NAT 1) med urinprover från friska och CT-infekterade kvinnliga patienter Urinprover från kvinnor N = 581 Komparatortest (NAT 1) Positivt Negativt Totalt Positivt 45 3* 48 Testet cobas 4800 Negativt CT/NG Totalt Positiv överensstämmelse = 45/45 = 100,0 % (95 % CI LB 92 %) Negativ överensstämmelse = 533/536 = 99,4 % (95 % CI LB 98 %) Total överensstämmelse = 578/581 = 99,5 % (95 % CI LB 99 %) *Efterföljande CT-amplifieringsresultat indikerar att 2 av 3 avvikande urinprover från kvinnor var positiva. Nedre gräns (n. gr.) för det 95-procentiga konfidensintervallet SV 16 Doc Rev. 8.0

17 Tabell 5 Sammanfattning av cobas 4800 CT/NG-testresultat för CT i jämförelse med ett CE-märkt komparatortest (NAT 1) med endocervikala pinnprover från friska och CT-infekterade patienter Endocervikalt pinnprov N = 399 Komparatortest (NAT 1) Positivt Negativt Totalt Positivt Testet cobas 4800 Negativt 2* CT/NG Totalt Positiv överensstämmelse = 50/52 = 96,2 % (95 % CI LB 87 %) Negativ överensstämmelse = 347/347 = 100,0 % (95 % CI LB 99 %) Total överensstämmelse = 397/399 = 99,5 % (95 % CI LB 98 %) *Alla avvikande prover var fortsatt avvikande efter ytterligare testning. Nedre gräns (n. gr.) för det 95-procentiga konfidensintervallet Tabell 6 Sammanfattning av cobas 4800 CT/NG-testresultat för NG i jämförelse med ett CE-märkt komparatortest (NAT 1) med urinprover från friska och NG-infekterade patienter Samtliga urinprover N = Komparatortest (NAT 1) Positivt Negativt Totalt Positivt 46 2* 48 Testet cobas 4800 Negativt CT/NG Totalt Positiv överensstämmelse = 46/46 = 100,0 % (95 % CI LB 92 %) Negativ överensstämmelse = 1233/1235 = 99,8 % (95 % CI LB 99 %) Total överensstämmelse = 1279/1 281 = 99,8 % (95 % CI LB 99 %) *Alla avvikande prover var fortsatt avvikande efter ytterligare testning. Nedre gräns (n. gr.) för det 95-procentiga konfidensintervallet Tabell 7 Sammanfattning av cobas 4800 CT/NG-testresultat för NG i jämförelse med ett CE-märkt komparatortest (NAT 1) med urinprover från friska och NG-infekterade manliga patienter Urinprover från män N = 700 Komparatortest (NAT 1) Positivt Negativt Totalt Positivt 30 1* 31 Testet cobas 4800 Negativt CT/NG Totalt Positiv överensstämmelse = 30/30 = 100,0 % (95 % CI LB 88 %) Negativ överensstämmelse = 669/670 = 99,9 % (95 % CI LB 99 %) Total överensstämmelse = 699/700 = 99,9 % (95 % CI LB 99 %) *Avvikande prov var fortsatt avvikande efter ytterligare testning. Nedre gräns (n. gr.) för det 95-procentiga konfidensintervallet Tabell 8 Sammanfattning av cobas 4800 CT/NG-testresultat för NG i jämförelse med ett CE-märkt komparatortest (NAT 1) med urinprover från friska och NG-infekterade kvinnliga patienter Urinprover från kvinnor N = 581 Komparatortest (NAT 1) Positivt Negativt Totalt Positivt 16 1* 17 Testet cobas 4800 Negativt CT/NG Totalt Positiv överensstämmelse = 16/16 = 100,0 % (95 % CI LB 79 %) Negativ överensstämmelse = 564/565 = 99,8 % (95 % CI LB 99 %) Total överensstämmelse = 580/581 = 99,8 % (95 % CI LB 99 %) *Avvikande prov var fortsatt avvikande efter ytterligare testning. Nedre gräns (n. gr.) för det 95-procentiga konfidensintervallet SV 17 Doc Rev. 8.0

18 Tabell 9 Sammanfattning av cobas 4800 CT/NG-testresultat för NG i jämförelse med ett CE-märkt komparatortest (NAT 1) med endocervikala pinnprover från friska och NG-infekterade patienter Endocervikalt pinnprov N = 445 Komparatortest (NAT 1) Positivt Negativt Totalt Positivt 15 3* 18 Testet cobas 4800 Negativt CT/NG Totalt Positiv överensstämmelse = 15/15 = 100,0 % (95 % CI LB 78 %) Negativ överensstämmelse = 427/430 = 99,3 % (95 % CI LB 98 %) Total överensstämmelse = 442/445 = 99,3 % (95 % CI LB 98 %) *Efterföljande NG-amplifieringsresultat indikerar att 2 av 3 avvikande endocervikala pinnprover var positiva. Nedre gräns (n. gr.) för det 95-procentiga konfidensintervallet Tabell 10 Sammanfattning av cobas 4800 CT/NG-testresultat för NG i jämförelse med ett CE-märkt komparatortest (NAT 2) med endocervikala pinnprover från friska och NG-infekterade patienter Endocervikalt pinnprov N = 210 Komparatortest (NAT 2) Positivt Negativt Totalt Positivt Testet cobas 4800 Negativt CT/NG Totalt Positiv överensstämmelse = 11/11 = 100,0 % (95 % CI LB 72 %) Negativ överensstämmelse = 199/199 = 100,0 % (95 % CI LB 98 %) Total överensstämmelse = 210/210 = 100,0 % (95 % CI LB 98 %) Nedre gräns (n. gr.) för det 95-procentiga konfidensintervallet Korrelationsstudie med vaginala pinnprover och cervixprover som tagits i PreservCyt-lösning Självtagna vaginala pinnprover och vaginala pinnprover som tagits av läkare med cobas PCR Female Swab Sample-provtagningspinne samt PreservCyt-prover lämnades av symptomatiska och asymptomatiska kvinnliga patienter på obstetrik-/gynekologimottagningar, kliniker för sexuellt överförbara sjukdomar (STD) och familjeplaneringskliniker på 12 geografiskt olika platser i USA. Förutom vaginala prover och PreservCyt-prover lämnade var och en av patienterna 3 endocervikala pinnprover som togs med cobas PCR Female Swab Sample-provtagningspinne och två provtagningspinnar för referenstestet NAAT (Nucleic Acid Amplification Test). Ett av NAAT-testen användes också för att utvärdera PreservCyt-prover. Alla provtyper testades med testet cobas 4800 CT/NG. Egenskaperna för vaginala pinnprover och PreservCyt-prover baserades på det totala antalet cobas 4800 CT/NG-testresultat för dessa provtyper jämfört med egenskaperna hos testet cobas 4800 CT/NG (med tidigare CE-märkta) endocervikala pinnprover. Resultaten av de två referenstesten NAAT med endocervikala pinnprover och PreservCyt-prover användes för att korrigera avvikande vaginala pinnprover och PreservCyt-prover i korrelationsstudien. Totalt patienter lämnade vaginala pinnprover som antingen togs av läkare eller var självtagna och ett endocervikalt pinnprov, som analyserades med testet cobas 4800 CT/NG. Sextiofem prover (28 endocervikala pinnprover, 37 vaginala pinnprover) togs bort från analysen på grund av otillräcklig volym, koagler som bildades under provbearbetningen eller andra okända systemfel. Analysen innehöll inga ogiltiga resultat. Det slutliga antalet patienter som ingick i analysen var Resultaten av Chlamydia trachomatis-testning och Neisseria gonorrhoeae-testning av alla vaginala pinnprover redovisas i tabell 11 respektive 12. För Chlamydia trachomatis var procentandelen positiv överensstämmelse för alla vaginala pinnprover 94,6 %. Procentandelen negativ överensstämmelse för alla vaginala pinnprover var 99,6 % och den totala procentuella överensstämmelsen (se tabell 11) för alla vaginala prover var 99,3 % jämfört med resultaten för endocervikala pinnprover med testet cobas 4800 CT/NG. För Neisseria gonorrhoeae var procentandelen positiv överensstämmelse för alla vaginala pinnprover 97,7 %. Procentandelen negativ överensstämmelse för alla vaginala pinnprover var 99,9 % och den totala procentuella överensstämmelsen (se tabell 12) för alla vaginala prover var 99,9 % jämfört med resultaten för endocervikala pinnprover med testet cobas 4800 CT/NG. PreservCyt-prover testades med hjälp av en portion om 1 ml i sekundära rör före cytologibehandling (pre-cyt.) och med hjälp av den ursprungliga primära PreservCyt-flaskan efter cytologibehandling (post-cyt.). PreservCyt-testresultat för pre-cyt. och post-cyt. jämfördes med testresultat från endocervikala pinnprover som tagits från samma patienter med testet cobas 4800 CT/NG. Totalt patienter lämnade PreservCyt pre-cyt.-prover och endocervikala pinnprover. Åttio prover (29 endocervikala pinnprover, 51 PreservCyt pre-cyt.- prover) togs bort från analysen på grund av koagler som bildades under provbearbetningen eller andra okända systemfel, vilket gjorde att totalt patienter återstod. Analysen innehöll inga ogiltiga resultat. För post-cyt.-testningen lämnade totalt patienter PreservCyt post-cyt.-prover och endocervikala pinnprover. Nittiosju prover (28 endocervikala pinnprover, 69 PreservCyt post-cyt.-prover) togs bort från analysen på grund av otillräcklig volym, koagler som bildades under provbearbetningen eller andra okända systemfel, vilket gjorde att totalt patienter återstod. Analysen innehöll inga ogiltiga resultat. 1 Av de vaginala pinnprover som testades togs 51,4 % av läkare och 48,6 % var självtagna av patienten SV 18 Doc Rev. 8.0

19 Resultaten av Chlamydia trachomatis-testning och Neisseria gonorrhoeae -testning av pre-cyt. PreservCyt-prover redovisas i tabell 13 respektive 14. För Chlamydia trachomatis var procentandelen positiv överensstämmelse för alla pre-cyt. PreservCyt-prover 95,2 %. Procentandelen negativ överensstämmelse för alla pre-cyt. PreservCyt-prover var 99,5 % och den totala procentuella överensstämmelsen (se tabell 13) för alla pre-cyt. PreservCyt-prover var 99,3 % jämfört med resultaten för endocervikala pinnprover med testet cobas 4800 CT/NG. För Neisseria gonorrhoeae var procentandelen positiv överensstämmelse för alla pre-cyt. PreservCyt-prover 95,6 %. Procentandelen negativ överensstämmelse för alla pre-cyt. PreservCyt-prover var 99,9 % och den totala procentuella överensstämmelsen (se tabell 14) för alla pre-cyt. PreservCyt-prover var 99,8 % jämfört med resultaten för endocervikala pinnprover med testet cobas 4800 CT/NG. Resultaten av Chlamydia trachomatis-testning och Neisseria gonorrhoeae -testning av post-cyt. PreservCyt-prover redovisas i tabell 15 respektive 16. För Chlamydia trachomatis var procentandelen positiv överensstämmelse för alla post-cyt. PreservCyt-prover 94,5 %. Procentandelen negativ överensstämmelse för alla post-cyt. PreservCyt-prover var 99,7 % och den totala procentuella överensstämmelsen (se tabell 15) för alla post-cyt. PreservCyt-prover var 99,5 % jämfört med resultaten för endocervikala pinnprover med testet cobas 4800 CT/NG. För Neisseria gonorrhoeae var procentandelen positiv överensstämmelse för alla post-cyt. PreservCyt-prover 95,6 %. Procentandelen negativ överensstämmelse för alla post-cyt. PreservCyt-prover var 99,9 % och den totala procentuella överensstämmelsen (se tabell 16) för alla post-cyt. PreservCyt-prover var 99,9 % jämfört med resultaten för endocervikala pinnprover med testet cobas 4800 CT/NG. Alla resultat visas i tabell 11 till 16, inklusive nedre gräns (n. gr.) för det 95-procentiga konfidensintervallet. Testresultat från endocervikala pinnprover med referenstesten NAAT1 och NAAT2 användes för korrigeringsanalys av vaginala prover. Ett positivt endocervikalt pinnprovsresultat från något av referenstesten indikerade ett sant positivt resultat för det avvikande vaginala pinnprovet. Resultat för endocervikala pinnprover med referenstestet NAAT1 och resultat för endocervikala pinnprover och PreservCyt-prover med referenstestet NAAT2 användes för korrigeringsanalys av PreservCyt-prover (pre-cyt. och post-cyt.). Minst två positiva resultat av tre möjliga med testen NAAT1 och NAAT2 indikerade ett sant positivt resultat för det avvikande PreservCyt pre-cyt.- eller post-cyt.-provet. Tabell 11 Sammanfattning av cobas 4800 CT/NG-testresultat för CT där vaginala pinnprover jämförs med endocervikala pinnprover från friska och CT-infekterade patienter Testet cobas 4800 CT/NG CT-infektion N = Vaginalt pinnprov Endocervikalt pinnprov Positivt Negativt Totalt Positivt ** 171 Negativt 9* Totalt Positiv överensstämmelse = 158/167 = 94,6 % (95 % CI LB 90 %) Negativ överensstämmelse = 2993/3006 = 99,6 % (95 % CI LB 99 %) Total överensstämmelse = 3151/3 173 = 99,3 % (95 % CI LB 99 %) *Korrigering av avvikande resultat med hjälp av NAAT1 och NAAT2 indikerar att 6 av 9 är sant positiva **Korrigering av avvikande resultat med hjälp av NAAT1 och NAAT2 indikerar att 8 av 13 är sant positiva Nedre gräns (n. gr.) för det 95-procentiga konfidensintervallet Tabell 12 Sammanfattning av cobas 4800 CT/NG-testresultat för NG där vaginala pinnprover jämförs med endocervikala pinnprover från friska och NG-infekterade patienter Testet cobas 4800 CT/NG NG-infektion N = Vaginalt pinnprov Endocervikalt pinnprov Positivt Negativt Totalt Positivt 42 2** 44 Negativt 1* Totalt Positiv överensstämmelse = 42/43 = 97,7 % (95 % CI LB 88 %) Negativ överensstämmelse = 3128/3130 = 99,9 % (95 % CI LB 99 %) Total överensstämmelse = 3170/3 173 = 99,9 % (95 % CI LB 99 %) *Korrigering av avvikande resultat med hjälp av NAAT1 och NAAT2 indikerar sant positivt **Korrigering av avvikande resultat med hjälp av NAAT1 och NAAT2 indikerar att 1 av 2 är sant positivt Nedre gräns (n. gr.) för det 95-procentiga konfidensintervallet SV 19 Doc Rev. 8.0

20 Tabell 13 Sammanfattning av cobas 4800 CT/NG-testresultat för CT där PreservCyt-prover (pre-cyt.) jämförs med endocervikala pinnprover från friska och CT-infekterade patienter Testet cobas 4800 CT/NG CT-infektion N = Endocervikalt pinnprov Positivt Negativt Totalt Positivt ** 174 PreservCyt Negativt 8* (pre-cyt.) Totalt Positiv överensstämmelse = 159/167 = 95,2 % (95 % CI LB 91 %) Negativ överensstämmelse = 2973/2988 = 99,5 % (95 % CI LB 99 %) Total överensstämmelse = 3132/3 155 = 99,3 % (95 % CI LB 99 %) *Korrigering av avvikande resultat med hjälp av NAAT1 och NAAT2 indikerar att 4 av 8 är sant positiva **Korrigering av avvikande resultat med hjälp av NAAT1 och NAAT2 indikerar att 6 av 15 är sant positiva Nedre gräns (n. gr.) för det 95-procentiga konfidensintervallet Tabell 14 Sammanfattning av cobas 4800 CT/NG-testresultat för NG där PreservCyt-prover (pre-cyt.) jämförs med endocervikala pinnprover från friska och NG-infekterade patienter Testet cobas 4800 CT/NG NG-infektion N = Endocervikalt pinnprov Positivt Negativt Totalt Positivt 43 3** 46 PreservCyt Negativt 2* (pre-cyt.) Totalt Positiv överensstämmelse = 43/45 = 95,6 % (95 % CI LB 85 %) Negativ överensstämmelse = 3107/3110 = 99,9 % (95 % CI LB 99 %) Total överensstämmelse = 3150/3 155 = 99,8 % (95 % CI LB 99 %) *Korrigering av avvikande resultat med hjälp av NAAT1 och NAAT2 indikerar att 1 av 2 är sant positivt **Korrigering av avvikande resultat med hjälp av NAAT1 och NAAT2 indikerar att 1 av 3 är sant positivt Nedre gräns (n. gr.) för det 95-procentiga konfidensintervallet Tabell 15 Sammanfattning av cobas 4800 CT/NG-testresultat för CT där PreservCyt-prover (post-cyt.) jämförs med endocervikala pinnprover från friska och CT-infekterade patienter Testet cobas 4800 CT/NG CT-infektion N = Endocervikalt pinnprov Positivt Negativt Totalt Positivt 155 8** 163 PreservCyt Negativt 9* (post-cyt.) Totalt Positiv överensstämmelse = 155/164 = 94,5 % (95 % CI LB 90 %) Negativ överensstämmelse = 2959/2967 = 99,7 % (95 % CI LB 99 %) Total överensstämmelse = 3114/3 131 = 99,5 % (95 % CI LB 99 %) *Korrigering av avvikande resultat med hjälp av NAAT1 och NAAT2 indikerar att 6 av 9 är sant positiva **Korrigering av avvikande resultat med hjälp av NAAT1 och NAAT2 indikerar att 2 av 8 är sant positiva Nedre gräns (n. gr.) för det 95-procentiga konfidensintervallet SV 20 Doc Rev. 8.0