BD BBL Oxi/Ferm Tube II

Transkript

1 BRUKSANVISNING BBL Oxi/Ferm Tube II IA Rev: April 2007 BD BBL Oxi/Ferm Tube II AVSEDD ANVÄNDNING BBL Oxi/Ferm Tube II är ett färdigställt identifieringssystem för identifiering av fermenterande, oxidaspositiva och för icke-fermenterande gramnegativa bakterier som isolerats från kliniska prover. PRINCIPER FÖR OCH FÖRKLARING AV METODEN Mikrobiologisk metod. Fermenterande oxidaspositiva och icke-fermenterande oxidaspositiva eller -negativa gramnegativa bakterier fungerar som infektiösa agens. Denna grupp av bakterier använder kolhydrater huvudsakligen genom oxidation, och ibland genom fermentering. Dessa organismer har vanligtvis både enzymet katalas, som kan bryta ned väteperoxid till vatten och syre, och oxidas (cytokrom c-oxidas), ett enzym som snabbt kan oxidera dimetyl- eller tetrametyl-parafenylendiamin. Oxidastesten används för att skilja dessa organismer från Enterobacteriaceae, som med undantag av Plesiomonas shigelloides är oxidasnegativa [Det har nyligen föreslagits att P. shigelloides skall inkluderas i Enterobacteriaceae baserat på 16S rrna sekvensering och eftersom det innehåller den gemensamma enterobakteriella antigenen. 1,2 Tidigare inkluderades denna organism, som är oxidaspositiv, i familjen Vibrionaceae]. Med hjälp av klassiska biokemiska tester och eventuellt en rad olika bekräftande tester för utvalda organismer, kan identifiering av kliniskt viktiga taxa av icke-fermenterande, oxidaspositiva eller -negativa, och fermenterande oxidaspositiva gramnegativa bakterier utföras med BBL Oxi/Ferm Tube II-systemet. BBL Oxi/Ferm Tube II är ett slutet, avdelat plaströr, innehållande tolv olika medier som möjliggör bestämning av 14 biokemiska reaktioner. Den medföljande inokulationstråden möjliggör inokulation av alla avdelningar i ett steg från en eller några få enstaka kolonier från ett isolat. Dessutom behövs en off-line oxidastest. Efter 48 h inkubering avläses resultaten och alla positiva reaktioner registreras. Resultatblocket och färgreaktionstabellen möjliggör en snabb kontroll av de positiva resultaten som erhålls. De avprickade positiva numren läggs ihop och kompositnumret lokaliseras i biokodmanualen till BBL Oxi/Ferm Tube II för identifiering av organismerna. Om två eller flera organismer räknas upp, anges också den bekräftande testen som krävs för ytterligare identifiering. Följande flödesschema visar hur oxidastesten kan användas för differentiering av medlemmar i familjen Enterobacteriaceae, från dessa fermenterande oxidaspositiva och icke-fermenterande, oxidaspositiva eller negativa gramnegativa bakterier och när BBL Oxi/Ferm Tube II eller BBL Enterotube II skall används: Renodling på icke-selektivt medium Oxidastest positiv negativ Inokulera BBL Oxi/Ferm Tube II Inokulera BBL Enterotube II Anaerob glukos Glukos Positiva Negativa Positiva Negativa* Aeromonas spp., Plesiomonas shigelloides, Vibrio spp. Achromobacter spp., Alcaligenes spp., Bordetella bronchiseptica, Moraxella spp., Pasteurella spp., etc. Enterobacteriaceae Acinetobacter spp., Stenotrophomonas maltophilia, etc. * Dessa species kan också identifieras med BBL Enterotube II-systemet, men den kan bli nödvändigt att använda BBL Oxi/Ferm Tube II för bekräftning. IA

2 REAGENSER BBL Oxi/Ferm Tube II Substrat och andra aktiva ingredienser (i lämpliga fasta basmedier), samt färgning av det oinokulerade mediet. Medium 1 (Ana-Gluc): Glukos (10,0 g/l), med bromtymolblått som ph-indikator. Mediet är täckt med vax för att åstadkomma anaeroba förhållanden. Oinokulerat: grönt. Medium 2 (Arginin): Arginin (10,0 g/l), med bromkresolpurpur som ph-indikator. Mediet är täckt med vax för att åstadkomma anaeroba förhållanden. Oinokulerat: gult. Medium 3 (Lysin): Lysin (10,0 g/l), med bromkresolpurpur som ph-indikator. Mediet är täckt med vax för att åstadkomma anaeroba förhållanden. Oinokulerat: gult. Medium 4 (Laktos/N 2 ): Laktos (20,0 g/l), kaliumnitrat (2,0 g/l) och natriumnitrit (0,5 g/l) tillsammans med fenolrött som phindikator och täckt med vax för att möjliggöra detektion av gasutveckling. Oinokulerat: rött. Medium 5 (Sackaros/Indol): Sackaros (15,0 g/l) och tryptofan (1,2 ml) med bromtymolblått som ph-indikator. Oinokulerat: grönt. Medium 6 (Xylos): Xylos (10,0 g/l), med bromtymolblått som ph-indikator. Oinokulerat: grönt. Medium 7 (Aer-Gluc): Glukos (10,0 g/l), med bromtymolblått som ph-indikator. Oinokulerat: grönt. Medium 8 (Maltos): Maltos (10,0 g/l), med bromtymolblått som ph-indikator. Oinokulerat: grönt. Medium 9 (Mannitol): Mannitol (10,0 g/l), med bromtymolblått som ph-indikator. Oinokulerat: grönt. Medium 10 (PA): Fenylalanin (1,0 g/l) och järnammoniumcitrat (1,0 g/l) i lämpligt basmedium. Oinokulerat: beige. Medium 11 (Urea): Urea (20,0 g/l), med fenolrött som ph-indikator. Oinokulerat: beige, kan ha en ljust rosa skiftning. Medium 12 (Citrat): Natriumcitrat (2,0 g/l), med bromtymolblått som ph-indikator. Oinokulerat: grönt. FÖRSIKTIGHETSBEAKTANDEN. Endast för professionellt bruk. Rören får inte användas om de visar tecken på mikrobiell kontamination, missfärgning, att vaxet lossnat från respektive medium, torkning, sprickbildning eller annan försämring. Något av följande förhållanden kan interferera med noggrannheten hos BBL Oxi/Ferm Tube II: dehydrering eller kondensering, att vaxet lyfter från medieytan, annan färgförändning i mediet än vad som anges under Oinokulerat i avsnittet REAGENSER. Se skriften ALLMÄN BRUKSANVISNING för information om aseptiska förfaranden vid hantering, biorisker och bortskaffning av använd produkt. FÖRVARING OCH HÅLLBARHET Förvara BBL Oxi/Ferm Tube II mörkt vid 2 8 C i originalkartongen efter mottagandet fram till dess användning. Överhettning och nedfrysning skall undvikas. Rören kan inokuleras fram till utgångsdatum och inkuberas under rekommenderad inkuberingsperiod. Rör från öppnade förpackningar kan användas fram till utgångsdatum. Öppnade rör måste användas omedelbart. KVALITETSKONTROLL UTFÖRD AV ANVÄNDAREN Inokulera BBL Oxi/Ferm Tube II med nedanstående stammar. För inokulation, inkubering och avläsning, fortsätt enligt anvisningarna i avsnittet Testförfarande. IA

3 Organismer* Ana-Gluc. Arginin Lysin Laktos N2 Sackaros Indol Xylos Aer-Gluc. Maltos Mannitol Fenylalanin Urea Citrat Oxidas Typiska biokoder Ac. lwoffii ATCC Aer. hydrophila ± / ATCC 7966 B. bronchiseptica ATCC Br. diminuta ATCC Pl. shigelloides ± / ATCC Ps. aeruginosa ± / ATCC Ps. aeruginosa ATCC St. maltophilia ATCC / / / / * Ac. = Acinetobacter; Aer. = Aeromonas; B. = Bordetella; Br. = Brevundimonas; Pl. = Plesiomonas; Ps. = Pseudomonas; St. = Stenotrophomonas FÖRFARANDE Tillhandahållet material BBL Oxi/Ferm Tube II Mikrobiologiskt kontrollerad. Results Pad (resultatblock) med en färgreaktionstabell för BBL Oxi/Ferm Tube II. Material som ej medföljer: BBL Oxi/Ferm Tube II Biocode Manual (biokodmanual), dokumentnummer CM CE. Indole Dropper Reagent (Kovacs indole reagent), 50 ampuller, kat. nr Oxidase Dropper Reagent, 50 ampuller, kat. nr ; alternativt kan BD DrySlide Oxidase test (kat. nr , 75 tests) användas. Material och reagens för att utföra de tilläggstester som nämns i BBL Oxi/Ferm Tube II Biocode Manual. Provtyper BBL Oxi/Ferm Tube II är ett biokemiskt identifieringssystem och får inte användas direkt med kliniska prover. Använd isolat från lämpliga icke-selektiva medier (se Testförfarande). BBL Oxi/Ferm Tube II kan användas för identifiering av icke-fermenterande, oxidaspositiva eller negativa och fermenterande, oxidaspositiva gramnegativa stavar som isolerats från alla slags prover. Testförfarande För inokulation av BBL Oxi/Ferm Tube II skall tillväxt från icke-selektiva medier användas, t.ex. BD Columbia Agar med 5 % fårblod eller BD Trypticase Soy Agar II med 5 % fårblod. Odlingen som används för inokulationen skall vara minst 18 h gammal, men vanligtvis inte äldre än 48 h. Endast i sällsynta fall tar det längre tid innan organismerna producerat tillräckligt med tillväxt för inokulationen. Kontrollera att isolatet som skall identifieras med BBL Oxi/Ferm Tube II är en renodling från en gramnegativ stav. 1. Före inokulationen av BBL Oxi/Ferm Tube II måste en oxidastest utföras. Denna test hjälper mikrobiologen att bestämma om organismen i fråga tillhör Enterobacteriaceae eller är en oxidativfermenterande gramnegativ stav och om BBL Enterotube II eller BBL Oxi/Ferm Tube II skall inokuleras. Applicera en till två droppar Oxidase Dropper Reagent på en bit vitt filterpapper som placerats i locket på en petriskål. Använd en plastögla och avlägsna en synlig mängd tillväxt från ett eller flera identiska kolonier av isolatet från plattan som ska används för att tillföra inokulatet för inokulation av BBL Oxi/Ferm Tube II. Blanda inokulatet något med oxidasreagensfläcken på filterpapperet och vänta i 15 till 30 sec. En mörkblå till svart färg indikerar en positiv oxidasreaktion. Använd inte resultat som erhålls efter 1 min! Alternativ kan en BD DrySlide oxidastest användas. Följ instruktionerna som medföljer i produkten. 2. Förbered ett blad i kodningsblocket för isolatet genom att skriva in patientens namn, provnummer och datum. 3. För in resultatet av oxidastesten på detta blad. 4. Ta ett BBL Oxi/Ferm Tube II-rör och skriv in patientens namn, provnummer och datum på etiketten. IA

4 5. Ta av båda locken. Inokulationstrådens spets är under det vita locket. Plocka upp en välisolerad koloni med spetsen på tråden utan att bränna den (figur 1). Punktera inte agarn. 6. Inokulera BBL Oxi/Ferm Tube II genom att först vrida tråden och därefter dra den tillbaka genom alla avdelningarna med en vridrörelse (figur 2). 7. För in tråden igen (utan sterilisering) i BBL Oxi/Ferm Tube II tills trådens jack är inriktat med öppningen på röret (figur 3). Spetsen på tråden ska vara synlig i citrat-avdelningen. Bryt av tråden vid jacket genom att böja den. Den del av tråden som finns kvar i röret upprätthåller de anaeroba förhållanden som behövs för sann fermentering av glukos och sackaros. 8. Använd den avbrutna delen av tråden och tryck hål i folien som täcker luftintagen i följande avdelningar: sackaros/indol, xylos, aerob glukos (Aer-Gluc), maltos, mannitol, PA, urea och citrat (figur 4). Sätt tillbaka båda locken. 9. Inkubera vid C i 48 h med BBL Oxi/Ferm Tube II liggande på den platta sidan eller i upprätt läge. Lämna rum för luftcirkulation mellan de inkuberade rören. Observera att urea-avdelningen måste inspekteras efter 18 till 24 h inkubering eftersom denna information kan behövas som bekräftande test ( snabb ureas-test, se biokodmanualen till BBL Oxi/Ferm Tube II). Resultat Följ instruktionerna nedan för att identifiera isolatet. Information om positiva och negativa reaktioners utseende medföljer i tabell Avläs endast urea-reaktionen efter 24 h inkubering och registrera ett positivt resultat. Detta kan behövas som en tilläggstest (snabb ureas-test) för detta isolat. 2. Tolka alla reaktioner efter 48 h inkubering. Avläs reaktionerna steg för steg, med undantag av indol, genom att jämföra färgerna på medierna i röret efter inkubering med de färger som ges i färgschemat på kodningsblockets framsida och (slutligen) med en oinokulerad BBL Oxi/Ferm Tube II som först måste nå rumstemperatur (figur 5). 3. Ange varje positivt testresultat, inklusive ett positivt 48-h urea-resultat, genom att ringa in numret som visas under tillämplig avdelning på resultatblocket (figur 6). 4. Utförande av indoltest: Placera BBL Oxi/Ferm Tube II horisontellt på bänken eller vertikalt i ett ställ med glukosavdelningen (Ana-Gluc) pekande nedåt. Använd en nål eller den avbrutna delen av en BBL Oxi/Ferm Tube II -inokulationstråd eller en het inokulationstråd och punktera eller smält ett hål med omkring 3 4 mm diameter i plastfilmen över sackaros/indol-avdelningen. 5. Tillsätt 3-4 droppar Kovacs reagens (kat. nr ) i sackaros/indol-avdelningen och tillsätt reagens i avdelningen. Låt reagenset komma i kontakt med mediets yta. En positiv test indikeras av utveckling av en röd färg i det tillsatta reagenset inom 10 sek. 6. Lägg ihop alla inringade siffror i varje sektion inom parentes och skriv in denna summa i utrymmet under pilarna (figur 6). 7. De fem siffrorna i dessa utrymmen avläses som ett biokodnummer (t.ex ). 8. Sök upp detta femsiffriga nummer i biokodmanualen till BBL Oxi/Ferm Tube II. Detta nummer används för att identifiera organismens genus och/eller species. För kodnumret som gavs i ovanstående exempel och i figur 6 erhålls identifieringen Pseudomonas aeruginosa. 9. Om mer än ett organismnamn uppträder bakom ett profilnummer, skall den bekräftande testen som ges i biokodmanualen utföras för att differentiera dessa organismer. Figur 1 Figur 2 Figur 3 IA

5 Figur 4 Figur 5 Figur 6: BBL Oxi/Ferm Tube II resultatblock Tabell 1: Negativa och positiva reaktioners utseenden i BBL Oxi/Ferm Tube II Reaktion Negativa Positiva Speciella anmärkningar AVDELNING 1 Anaerob Glukos Arginin dihydrolaselas Lysindecarboxylas Grönt, blått Gult IA Positiv fermentering visas med färgändring från grönt (neutralt) till gult (surt). De flesta oxidativ-fermenterande gramnegativa stavar är negativa. Grönt och blått betraktas som negativt. AVDELNING 2 Gult, grått Lila Dekarboxylation av arginin resulterar i bildning av alkaliska slutprodukter. Detta indikeras av att bromkresolpurpurn ändrar färg från gult (surt) till lila (alkaliskt). Grått är negativt. AVDELNING 3 Gult Lila Dekarboxylation av lysin resulterar i bildning av alkaliska slutprodukter. Detta indikeras av att bromkresolpurpurn i mediet ändrar färg från gult (surt) till lila (alkaliskt). Grått är negativt. AVDELNING 4 Laktos Rött Gult Laktos-fermentering visas med färgändring från rött (neutralt) till gult (surt). De flesta oxidativ-fermenterande gramnegativa stavar är negativa. N 2 -gasutveckling Sackaros Grönt blå-grönt eller blått Vaxöverdr aget lyfter eller separerar Gult Kvävegasutveckling påvisas av att vaxöverdraget lyfter eller separerar från agarytan. Kvävegasutveckling kan ibland också detekteras genom att agarn separerar från väggen på avdelningen. AVDELNING 5 Oxidation av denna kolhydrat påvisas med färgändring från grönt (neutralt) till gult (surt). Grönt och blått betraktas som negativt. Indol Färglöst Rött Alla reaktioner med BBL Oxi/Ferm Tube II skall registreras före tillsats av Kovacs indolreagens. Produktionen av indol från tryptofanmetabolism med det bakteriella enzymet tryptofanas detekteras genom utveckling av en rosa till röd färg efter tillsats av Kovacs reagens. Reagenset tillsätts till avdelningen efter 48 h inkubering av röret.*

6 Tabell 1: (forts.) Xylos, aerob glu-kos, maltos, Mannitol Grönt blå-grönt eller blått Gult AVDELNING 6, 7, 8, 9 Oxidation av xylos, glukos, maltos och mannitol påvisas med färgändring från grönt (neutralt) till gult (surt). Grönt och blått betraktas som negativt. AVDELNING 10 PA Beige Ljust brunt Fenylalanin bryts ned till fenylpyrodruvsyra som producerar ett brunaktigt komplex med järnsalter. Varje brun färgskiftning skall betraktas som positiv. AVDELNING 11 Urea Beige Lila Ureas, ett enzym som produceras av olika mikroorganismer, hydrolyserar urea till ammoniak vilket medför att den fenolröda indikatorn i mediet ändrar färg från beige (surt) till rosa eller lila (alkaliskt). Ljust rosa skall betraktas som negativt. AVDELNING 12 Citrat Grönt Blått Denna test detekterar de organismer som kan använda citrat i form av natriumsalt som enda källa för kol. Organismer som kan använda citrat producerar alkaliska metaboliter som ändrar mediets ph vilket resulterar i att färgen på den bromtymolblå indikatorn ändras från grönt (neutral) till blått (alkalisk). Varje blå färgskiftning skall betraktas som positiv. * Kovacs indolreagens kan lösa upp pyorubin. Detta orsakar utveckling av en rödaktig-brun missfärgning som inkorrekt kan tolkas som en positiv indolreaktion. Denna källa för felaktighet elimineras genom att Kovacs reagens tillsätts under plastfolien och inte direkt i agarn. KLINISKA PRESTANDA OCH METODENS BEGRÄNSNINGAR BBL Oxi/Ferm Tube II är speciellt utformat för identifiering av icke-nogräknade, icke-fermenterande oxidaspositiva eller negativa och för fermenterande oxidaspositiva gramnegativa bakterier som isolerats från kliniska prover. Flera publiceringar om systemets prestanda indikerar en identifieringsnoggrannhet på 87 till 93 %. 3-5 För att kunna erhålla en korrekt identifiering måste de förfaranden som anges i avsnittet Testförfarande strikt åtföljas Om kodnumren som erhålls kräver ytterligare bekräftande tester, skall dessa tester utföras enligt anvisningarna i BILAGA 2 och 3 i biokodmanualen. Kliniska prestanda Noggrannhet: I en prestandastudie analyserades 220 tidigare identifierade stammar (inklusive kända ATCC-kulturer) med identifieringssystemet BBL Oxi/Ferm Tube II. Resultat erhölls enligt följande: tre av proven kunde inte identifieras med en konkurrerande metod, tio av proven kunde inte identifieras med BBL Oxi/Ferm Tube II, sex av proven gav resultat med identiska genus men olika species i jämförelse med den konkurrerande metoden och fem av proven gav resultat med olika genus jämfört med den konkurrerande metoden. Dessa data indikerar en 97-procentig överensstämmelse mellan de två metoderna på grundval av både genus och species. Proven i studien sammanfattas i tabell 2. En lista på genus, species, antal testade prover, samt procent organismer som gav positiva biokemiska reaktioner i varje avdelning av BBL Oxe-Ferm Tube II medföljer. IA

7 Tabell 2: Resultat från prestandautvärdering Antal testade ANA- GLU ARG LYS LAC N2 SUC IND XYL AER- GLU MAL MAN PA URE CIT OXI Acinetobacter A. calcoaceticus A. Iwoffii* Achromobacter A. xylosoxidans Aeromonas Aer.hydrophila* Alcaligenes Al. denitrificans* Bordetella B. bronchiseptica Flavobacterium F species Moraxella M. species Pasteurella P. multocida Plesiomonas Pl. shigelloides Pseudomonas and related genera Delftia acidovorans Burkh cepacia Ps. aeruginosa Ps. fluorescens Ps.mendocina Ps putida Ps species Ps stutzeri Ralstonia pickettii St.maltophilia Vibrio V. alginolyticus V. parahaemolyticus Förkortningar: A.= Achromobacter; Aer.= Aeromonas; Al.= Alcaligenes; B.= Bordetella; F.= Flavobacterium; M.= Moraxella; P.= Pasteurella; Pl.= Plesiomonas; Burkh.= Burkholderia; Ps.= Pseudomonas; St.= Stenotrophomonas; V.= Vibrio. IA

8 Metodens begränsningar BBL Oxi/Ferm Tube II är avsedd för de taxa (genus och species) som anges. Detta system är ej avsett för identifiering av andra taxa än de som anges i tabell 3. Profilnummer som markeras med L i biokodmanualen har erhållits med ett begränsat antal stammar. Sannolikheten för dessa nummer har inte bestämts. Biokoder för BBL Oxi/Ferm Tube II kan inte användas för att fastställa fenotypidentitet mellan isolat från samma eller olika prover. Biokemiska resultat som erhålls med BBL Oxi/Ferm Tube II kan skilja sig från andra metoder och publicerade material. Biokoder för BBL Oxi/Ferm Tube II kan inte användas för att fastställa fenotypidentitet mellan isolat från samma eller olika prover. Identifiering av gramnegativa bakterier skall göras med hänsyn till ytterligare egenskaper som t.ex. provkälla, patientens anamnes, koloni- och mikroskopisk morfologi, samt serologi och antimikrobiella resistensmönster. Identifiering av sällsynta isolat skall upprepas eller ytterligare testning utföras för att verifiera identifieringen av sådana organismer. Vissa organismstammar kan visa atypiska biokemiska reaktioner pga. ovanliga näringskrav eller mutationer och kan därför vara svåra att identifiera. Vissa organismer kan kräva mer än 48 h inkubering för korrekt identifiering. Även om det nyligen har föreslagits att Plesiomonas shigelloides skall inkluderas i Enterobacteriaceae, baserat på 16S rrna-sekvensering och eftersom den innehåller den gemensamma enterobakteriella antigenen, inkluderas inte denna organism i databasen för BBL Oxi/Ferm Tube II. 1,2 REFERENSER 1. Abbott, S.L Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Serratia, Plesiomonas, and other Enterobacteriaceae. In: Murray, P. R., E. J. Baron, J.H. Jorgensen, M. A. Pfaller, and R. H. Yolken (ed.). Manual of clinical microbiology, 8th ed. American Society for Microbiology, Washington, D.C. 2. Martinez-Murcia, A.J., S. Beniloch, and M.D. Collins Pylogenetic interrelationships of members of the genera Aeromonas and Plesiomonas as determined by 16S ribosomal RNA sequencing: lack of congruence with results of DNA-DNA hybridizations. Int. J. Syst. Bacteriol. 42: Oberhofer, T.R Use of the API 20 E, Oxi/Ferm, and Minitek systems to identify nonfermentative and oxidase-positive fermentative bacteria: seven years of experience. Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 1: Sanyal, S.C Evaluation of a test-kit (Oxi/Ferm system) for identification of vibrios. Zbl. Bakteriol. Hyg. A 251: Koestenblatt, E.K., D.H. Larone, and K.J. Pavletich Comparison of the Oxi/Ferm and N/F systems for identification of infrequently encountered nonfermentative and oxidase-positive fermentatitive bacilli. J. Clin. Microbiol. 15: Murray, P. R., E. J. Baron, J.H. Jorgensen, M. A. Pfaller, and R. H. Yolken (ed.) Manual of clinical microbiology, 8th ed. American Society for Microbiology, Washington, D.C. Förpackningar/Tillgänglighet BBL Oxi/Ferm Tube II Kat.nr rör YTTERLIGARE INFORMATION Kontakta närmaste BD-representant för ytterligare information. BD Diagnostic Systems Tullastrasse 8 12 D Heidelberg/Germany Phone: , Fax: Reception_Germany@europe.bd.com BD Diagnostic Systems Europe Becton Dickinson France SA 11 rue Aristide Bergès Le Pont de Claix/France Tel: Fax: BD, BD logo, BBL, Trypticase and DrySlide are trademarks of Becton, Dickinson and Company. Oxi/Ferm and Enterotube are trademarks of Becton Dickinson GmbH. ATCC is a trademark of the American Type Culture Collection Becton, Dickinson and Company IA

9 Tabell 3: Översikt av genus och species som förekommer i BBL Oxi/Ferm Tube II-databasen (revision: Juli 2003) ORGANISMSTAM Acinetobacter baumannii/calcoaceticusa Acinetobacter haemolyticusa Acinetobacter lwoffiia Aeromonas caviae Aeromonas hydrophila Aeromonas veronii bv. sobria Aeromonas veronii bv. sobria Alcaligenes xylosoxidans subsp denitrificans Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans Alcaligenes faecalis Alcaligenes faecalis (odorans) Alcaligenes spp. Bordetella bronchiseptica Brevundimonas diminuta Brevundimonas vesicularis Burkholderia cepacia komplex b Burkholderia pseudomallei Chromobacterium violaceum Chryseobacterium indologenes Chryseobacterium meningosepticum Comamonas testosteroni/terrigena Delftia acidovorans Empedobacter brevis Flavobacterium spp Kingella denitrificans Moraxella spp. Tidigare beteckningar och ytterligare information Acinetobacter calcoaceticus Aeromonas sobria Aeromonas veronii Alcaligenes denitrificans Achromobacter xylosoxidans, Alcaligenes xylosoxidans Alcaligenes odorans Pseudomonas diminuta Pseudomonas vesicularis Burkholderia cepacia, Pseudomonas cepacia Pseudomonas pseudomallei Flavobacterium indologenes Flavobacterium meningosepticum Pseudomonas testosteroni Comamonas acidovorans, Pseudomonas acidovorans Flavobacterium breve Kan inkludera species med ny genusbeteckning t.ex. Myroides, Chryseobacterium, Sphingobacterium etc. d Kan inkludera Psychrobacter phenylpyruvicus (tidigare Moraxella phenylpyruvica) d Flavobacterium odoratum Grupp Vd Moraxella urethralis Myroides odoratus Ochrobactrum anthropi Oligella urethralis Pasteurella multocida Plesiomonas shigelloidesc Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas alcaligenes Pseudomonas fluorescens Pseudomonas mendocina Pseudomonas oryzihabitans Pseudomonas putida Pseudomonas spp. Pseudomonas stutzeri Ralstonia pickettii Pseudomonas pickettii Rhizobium (Agrobacterium) radiobacter Agrobacterium tumefaciens Shewanella putrefaciens Pseudomonas putrefaciens Sphingobacterium multivorum Flavobacterium multivorum Sphingomonas paucimobilis Pseudomonas paucimobilis Stenotrophomonas maltophilia Pseudomonas maltophilia, Xanthomonas maltophilia Vibrio alginolyticus Vibrio cholerae Vibrio mimicus Vibrio parahaemolyticus Vibrio vulnificus a Genus Acinetobacter består av 23 genomospecies. De flesta kliniska glukosoxiderande stammarna av Acinetobacter är A. baumannii. De flesta hemolytiska stammarna är A. Haemolyticus och de flesta glukosnegativa, icke-hemolytiska stammarna är A. lwoffii. 6 b Burkholderia cepacia består av nio genomospecies. 6 c Plesiomonas shigelloides har nyligen överförts till familjen Enterobacteriaceae även om den är oxidaspositiv. 6 d För detaljer, se respektive kapitel i referens 6. IA