MATERIAL SUPLEMENTAR Tabela 1S. Dados de RMN de 1 H (400 MHz) e de 13 C (100 MHz) para a (E)-6-estirilpiran-2-ona (1) Posição do átomo de carbono δ 13 C* δ 1 H* 5 105,03 6,15 (d, J=6,68 Hz, 1H) 7 114,30 6,63 (d, J=16 Hz, 1H) 3 118,77 6,22 (dd, J=9,2 Hz, J=0,5 Hz, 1H) 12 127,44 (2C) 7,50 (dd, J=7,1 Hz, J=8,8 Hz, 2H) 11 e 13 128,93 (2C) 7,35 (m, 2H) 10 e 14 129,45 7,35 (m, 1H) 8 135,30 7,50 (dd, J=10Hz, J=16,0 Hz, 1H) 9 135,32 --- 4 143,70 7,35 (m, 1H) 6 159,66 --- 2 161,81 --- * Deslocamento químico em ppm. 1
Tabela 2S. Dados de RMN de 1 H (400 MHz) e de 13 C (100 MHz) para a (R)-goniotalamina (2) Posição do átomo de carbono δ 13 C* δ 1 H* 5 29,80 2,52-2,55 (m, 2H) 6 77,90 5,07-5,12 (m, 1H) 3 121,60 6,07-6,10 (dt, J=1,9 Hz, J=9,8 Hz, 1H) 7 125,70 6,24-6,30 (dd, J=6,5 Hz, J=15,8 Hz, 1H) 12 126,70 7,26-7,35 (m, 1H) 10 e 14 128,30 (2C) 7,39-7,40 (m, 2H) 11 e 13 128,70 (2C) 7,39-7,40 (m, 2H) 8 133,10 6,70 (d, J=15,8 Hz, 1H) 9 135,80 --- 4 144,70 6,90-6,94 (dt, J=9,8 Hz, J=4,3 Hz,1H) 2 163,90 --- * Deslocamento químico em ppm. 2
Tabela 3S. Similaridades (%) das sequências de aminoácidos da fumarato hidratase de Meloidogyne hapla (Mhapla), Escherichia coli (1FUR), Saccharomyces cerevisiae (1YFM), Homo sapiens (3E04), Mycobacterium tuberculosis (4ADM), Thermus thermophilus (1VDK) e Rickettsia prowazekii (3GTD) Mhapla 1FUR 1YFM 3E04 4ADM 1VDK 3GTD Mhapla 100 59 63 73 46 56 60 1FUR 59 100 56 57 45 60 57 1YFM 63 56 100 64 45 55 58 3E04 73 57 64 100 49 54 60 4ADM 46 45 45 49 100 45 44 1VDK 56 60 55 54 45 100 52 3GTD 60 57 58 60 44 52 100 3
Tabela 4S. Cadeias e resíduos de aminoácidos que formam cada um dos quatro sítios ativos da enzima fumarato hidratase de Meloidogyne hapla Sítio Cadeia Resíduos de aminoácidos 1 D 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 B 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 C 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 2 C 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 A 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 D 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 3 B 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 D 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 A 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 4 A 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 C 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 B 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 4
Figura 1S. Espectro de UV-Vis da (E)-6-estirilpiran-2-ona (1) em solução de EtOH 5
Figura 2S. Espectro de IV da (E)-6-estirilpiran-2-ona (1) pura 6
Figura 3S. Espectro de RMN de 1 H (CDCl3, 400 MHz) de 1 [(E)-6-estirilpiran-2-ona], com ampliações das regiões de δ 6,10 a 6,30, δ 6,55 a 6,70 e de δ 7,25 a 7,60 7
Figura 4S. Espectro de RMN de 1 H (CDCl3, 400 MHz) de 1 [(E)-6-estirilpiran-2-ona], com ampliações das regiões de δ 6,10 a 6,30, δ 6,55 a 6,70 e de δ 7,25 a 7,60 8
Figura 5S. Espectro de RMN de 13 C (CDCl3, 100 MHz) de 1 [(E)-6-estirilpiran-2-ona], com ampliação da região de δ 126,00 a 140,00 9
Figura 6S. Expansão do mapa de contornos COSY de 1 [(E)-6-estirilpiran-2-ona] (400 MHz, CDCl3) 10
Figura 7S. Espectro de RMN de 13 C DEPT 135 (100 MHz, CDCl3) de 1 [(E)-6-estirilpiran-2-ona] 11
Figura 8S. Expansão do mapa de contornos HMBC de 1 [(E)-6-estirilpiran-2-ona] (400 MHz, CDCl3) 12
Figura 9S. Expansão do mapa de contornos HSQC de 1 [(E)-6-estirilpiran-2-ona] (400 MHz, CDCl3) 13
Figura 10S. Espectro de UV-Vis d 2 [(R)-goniotalamina] em solução de EtOH 14
Figura 11S. Espectro de IV de 2 [(R)-goniotalamina] na forma pura 15
Figura 12S. Espectro de RMN de 1 H (CDCl3, 400 MHz) de 2 [(R)-goniotalamina] com ampliações das regiões de δ 5,00 a 5,20, δ 6,00 a 6,40, δ 6,60 a 7,00 e de δ 7,00 a 7,50 16
Figura 13S. Espectro de RMN de 1 H (CDCl3, 400 MHz) de 2 [(R)-goniotalamina] com ampliações das regiões de δ 5,00 a 5,20, δ 6,00 a 6,40, δ 6,60 a 7,00 e de δ 7,00 a 7,50 17
Figura 14S. Espectro de RMN de 13 C (CDCl3, 100 MHz) de 2 [(R)-goniotalamina] com ampliações das regiões de δ 76,00 a 79,00 e δ 125,00 a 130,00 18
Figura 15S. Mapa de contornos COSY de 2 [(R)-goniotalamina] (400 MHz, CDCl3) 19
Figura 16S. Espectro de RMN de 13 C DEPT 135 (100 MHz, CDCl3) de 2 [(R)-goniotalamina] 20
Figura 17S. Mapa de contornos HMBC de de 2 [(R)-goniotalamina] (400 MHz, CDCl3) 21
Figura 18S. Mapa de contornos HSQC de 2 [(R)-goniotalamina] (400 MHz, CDCl3) 22
Figura 19S. Expansão do mapa de contornos HSQC de 2 [(R)-goniotalamina] (400 MHz, CDCl3) 23
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100............................................................ Mhapla 1 ----------------CRLFIQQTFRMSTENFRIERDTFGELKVPNDRYYGAQTARSMQFFKIGGPEERMPLPIIHAFGYLKKAAASVNQEFG-LDPKLV 1FUR 1 ----------------------------MNTVRSEKDSMGAIDVPADKLWGAQTQRSLEHFRIST--EKMPTSLIHALALTKRAAAKVNEDLGLLSEEKA 1YFM 1 ----MLRFTNCSCKTFVKSSYKLNIRRMNSSFRTETDAFGEIHVPADKYWGAQTQRSFQNFKIGGARERMPLPLVHAFGVLKKSAAIVNESLGGLDPKIS 3E04 1 --MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSMMASQNSFRIEYDTFGELKVPNDKYYGAQTVRSTMNFKIGGVTERMPTPVIKAFGILKRAAAEVNQDYG-LDPKIA 4ADM 1 MSYYHHHHHHLESTSLYKKAGSMAVDADSANYRIEHDTMGEVRVPAKALWRAQTQRAVENFPISG--RGLERTQIRALGLLKGACAQVNSDLGLLAPEKA 1VDK 1 -----------------------------MEYRIERDTMGEVRVPADKYWGAQTQRSLENFRIGTDRFRMPLEIIRAYGMLKKAAARANLELGELPEEIA 3GTD 1 -------MAHHHHHHMGTLEAQTQGPGSMKNYRIESDSFGEIQIEEKFYWGAQTQRSLNNFKISK--QKMPKILIRALAILKKCAAQVNYEFGDLEYKIA 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200............................................................ Mhapla 84 SAISQAADEVISGKLDEHFPLVVWQTGSGTQSNMNVNEVIANRAIEILGGVLGSKSPVHPNDHVNMSQSSNDTFPTAMHVATALEINNRLLPALKYFHDE 1FUR 71 SAIRQAADEVLAGQHDDEFPLAIWQTGSGTQSNMNMNEVLANRASELLGGVRGMERKVHPNDDVNKSQSSNDVFPTAMHVAALLALRKQLIPQLKTLTQT 1YFM 97 KAIQQAADEVASGKLDDHFPLVVFQTGSGTQSNMNANEVISNRAIEILGGKIGSK-QVHPNNHCNQSQSSNDTFPTVMHIAASLQIQNELIPELTNLKNA 3E04 98 NAIMKAADEVAEGKLNDHFPLVVWQTGSGTQTNMNVNEVISNRAIEMLGGELGSKIPVHPNDHVNKSQSSNDTFPTAMHIAAAIEVHEVLLPGLQKLHDA 4ADM 99 DAIIAAAAEIADGQHDDQFPIDVFQTGSGTSSNMNTNEVIASIAAK-------GGVTLHPNDDVNMSQSSNDTFPTATHIAATEAAVAHLIPALQQLHDA 1VDK 72 KAIIQAAEEVVQGKWDDHFPLVVFQTGSGTQTNMNVNEVIANRASEILGKPLGSK-YAHPNDHVNRGQSSNDTFPTAMYVAVALALHQRLYPAVEGLIRT 3GTD 92 TSIDKAIDRILAGEFEDNFPLVVWQTGSGTQTNMNMNEVIASIANEELTGKKGGKFPVHPNDHVNKGQSSNDSFPTAMHIATVLATKQQLIPALNNLLTY 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300............................................................ Mhapla 184 LEKKAKEFEHIIKIGRTHTQDAVPLTLGQEFSGYVVQLANGMERIKSTLPRLYELAAGGTAVGTGLNTRKGFAEKIASKLSQLTNL-PLVTAPNKFEALA 1FUR 171 LNEKSRAFADIVKIGRTNLQDATPLTLGQEISGWVAMLEHNLKHIEYSLPHVAELALGGTAVGTGLNTHPEYARRVADELAVITCA-PFVTAPNKFEALA 1YFM 196 LEAKSKEFDHIVKIGRTHLQDATPLTLGQEFSGYVQQVENGIQRVAHSLKTLSFLAQGGTAVGTGLNTKPGFDVKIAEQISKETGL-KFQTAPNRFEALA 3E04 198 LDAKSKEFAQIIKIGRTHTQDAVPLTLGQEFSGYVQQVKYAMTRIKAAMPRIYELAAGGTAVGTGLNTRIGFAEKVAAKVAALTGL-PFVTAPNKFEALA 4ADM 192 LAAKALDWHTVVKSGRTHLMDAVPVTLGQEFSGYARQIEAGIERVRACLPRLGELAIGGTAVGTGLNAPDDFGVRVVAVLVAQTGLSELRTAANSFEAQA 1VDK 171 FTAKAQAFDQIVKVGRTHLMDAVPITLGQEIGSWAAQLKTTLAAVKEMEKGLYNLAIGGTAVGTGLNAHPRFGELVAKYLAEETGL-PFRVAENRFAALA 3GTD 192 LQDKSKDWDKIIKIGRTHLQDATPLTLKQEFSGYITQIEYALERIEDALKKVYLLAQGGTAVGTGINSKIGFDIKFAQKVAEFTQQ-PFKTAPNKFESLA Figura 20S. Alinhamento das sequências de aminoácidos da fumarato hidratase de Meloidogyne hapla (Mhapla), Escherichia coli (1FUR), Saccharomyces cerevisiae (1YFM), Homo sapiens (3E04), Mycobacterium tuberculosis (4ADM), Thermus thermophilus (1VDK) e Rickettsia prowazekii (3GTD) 24
310 320 330 340 350 360 370 380 390 400............................................................ Mhapla 283 AHDALVEVHGALNVIATSFMKIANDIRFLGSGPRCGLGELSLPENEPGSSIMPGKVNPTQCEALTMIAAQVMGNQVAVTIGGSNGHFELNVFKPLIVRNV 1FUR 270 TCDALVQAHGALKGLAASLMKIANDVRWLASGPRCGIGEISIPENEPGSSIMPGKVNPTQCEALTMLCCQVMGNDVAINMGGASGNFELNVFRPMVIHNF 1YFM 295 AHDAIVECSGALNTLACSLFKIAQDIRYLGSGPRCGYHELMLPENEPGSSIMPGKVNPTQNEALTQVCVQVMGNNAAITFAGSQGQFELNVFKPVMIANL 3E04 297 AHDALVELSGAMNTTACSLMKIANDIRFLGSGPRSGLGELILPENEPGSSIMPGKVNPTQCEAMTMVAAQVMGNHVAVTVGGSNGHFELNVFKPMMIKNV 4ADM 292 ARDGLVEASGALRTIAVSLTKIANDIRWMGSGPLTGLAEIQLPDLQPGSSIMPGKVNPVLPEAVTQVAAQVIGNDAAIAWGGANGAFELNVYIPMMARNI 1VDK 270 AHDELVNVMGAIRTLAGALMKIGNDVRWLASGPYAGIGEITIPANEPGSSIMPGKVNPTQVEALTMVVVRVYGNDHTVAFAGSQGNFQLNVYKPVMAYST 3GTD 291 AHDALVEFSGTLNTIAVSLMKIANDIRLLGSGPRCGLGELHLPENEPGSSIMPGKVNPTQVEALTMVCTQVMGNHVTVTIAGSNGHLELNVFKPVIIYNI 410 420 430 440 450 460 470 480 490......................................................... Mhapla 383 LQSIRLLSDGSESFTRNCVIGIIANEENISKILNESLMLVTALNPHIGYDNSAKIAKTAHKNGTTLKEEAIKSGLLTA----EQFDEWVKPKEMI 1FUR 370 LQSVRLLADGMESFNKHCAVGIEPNRERINQLLNESLMLVTALNTHIGYDKAAEIAKKAHKEGLTLKAAALALGYLSE----AEFDSWVRPEQMV 1YFM 395 LNSIRLITDAAYSFRVHCVEGIKANEPRIHELLTKSLMLVTALNPKIGYDAASKVAKNAHKKGITLKESALELGVLTE----KEFDEWVVPEHML 3E04 397 LHSARLLGDASVSFTENCVVGIQANTERINKLMNESLMLVTALNPHIGYDKAAKIAKTAHKNGSTLKETAIELGYLTA----EQFDEWVKPKDML 4ADM 392 LESFKLLTNVSRLFAQRCIAGLTANVEHLRRLAESSPSIVTPLNSAIGYEEAAAVAKQALKERKTIRQTVIDRGLIGDRLSIEDLDRRLDVLAMA 1VDK 370 LESINLLADAVASFDAHLAQGIEPNLERIEEYLQKNPMLATALNKAIGYDKAAEIVKKALKEKKTLKQAALELGYLTE----EEFDRIVVPMRLA 3GTD 391 LQSIELLSDSVNSFVTHCVKGLEPNIARINTLRDKSLMLVTVLNPHIGYDNAAKIAKEAHKYGITLKEAAKKLNFLSE----EEFDKIVVPEKMI Figura 20S. Alinhamento das sequências de aminoácidos da fumarato hidratase de Meloidogyne hapla (Mhapla), Escherichia coli (1FUR), Saccharomyces cerevisiae (1YFM), Homo sapiens (3E04), Mycobacterium tuberculosis (4ADM), Thermus thermophilus (1VDK) e Rickettsia prowazekii (3GTD) (Continuação) 25
Figura 21S. Estrutura da fumarato hidrogenase de Meloidogyne hapla (ita2-1yfm) representada na forma de NewCartoon pelo programa computacional VMD 1.9.1. A cada cadeia foi conferida uma cor diferente 26
Figura 22S. Estrutura da fumarato hidrogenase de Saccharomyces cerevisiae (1YFM) representada na forma de NewCartoon pelo programa computacional VMD 1.9.1. Esta enzima foi previamente alinhada com ita2-1yfm (Figura 21S) 27
Figura 23S. Estruturas das fumarato hidrogenases de Meloidogyne hapla (ita2-1yfm; Figura 21S) e de Saccharomyces cerevisiae (1YFM. Figura 22S), representadas na forma de NewCartoon pelo programa computacional VMD 1.9.1. Estas enzimas foram sobrepostas 28
Figura 24S. Estruturas de um dos sítios ativos das fumarato hidrogenases de Meloidogyne hapla (ita2-1yfm; Figura 21S) e de Saccharomyces cerevisiae (1YFM. Figura 22S), representadas na forma de NewCartoon pelo programa computacional VMD 1.9.1. Estas enzimas foram sobrepostas conforme na Figura 23S 29
Figura 25S. Ampliação das estruturas de um dos sítios ativos das fumarato hidrogenases de Meloidogyne hapla (ita2-1yfm; Figura 21S) e de Saccharomyces cerevisiae (1YFM. Figura 22S), representadas na forma de NewCartoon pelo programa computacional VMD 1.9.1. Estas enzimas foram sobrepostas 30
Figura 26S. Root mean square deviation (RMSD) versus tempo para simulação por dinâmica molecular que foi realizada com a fumarato hidratase de Meloidogyne hapla (ita2_1yfm) 31
Figura 27S. Estrutura da fumarato hidrogenase de Meloidogyne hapla (ita2-1yfm) representada na forma de MSMS pelo programa computacional VMD 1.9.1. A cada cadeia foi conferida uma cor diferente. Com coloração azul claro e branco, aparece a (R)-goniotalamina (2) entre as cadeias de cor vemelha e azul escuro, representada na forma de VDW. Ela foi ancorada em cavidade próxima do sítio ativo da enzima 32
Figura 28S. Estrutura da fumarato hidrogenase de Meloidogyne hapla (ita2-1yfm) representada na forma de MSMS pelo programa computacional VMD 1.9.1. A cada cadeia foi conferida uma cor diferente. Com coloração azul claro e branco, aparece a (R)-goniotalamina (2) entre as cadeias de cor vemelha e azul escuro, representada na forma de VDW. Ela foi ancorada em cavidade próxima do sítio ativo da enzima. Esta é uma ampliação da Figura 27S 33
Figura 29S. Estrutura da fumarato hidrogenase de Meloidogyne hapla (ita2-1yfm) representada na forma de Newcartoon pelo programa computacional VMD 1.9.1. A cada cadeia foi conferida uma cor diferente. Com coloração azul claro e branco, aparece a (R)-goniotalamina (2) entre as cadeias de cor vemelha e azul escuro, representada na forma de VDW. Ela foi ancorada em cavidade próxima do sítio ativo da enzima. O ponto de visualização é idêntico ao da Figura 28S 34
Figura 30S. Estrutura de um dos sítios ativos (Tabela 4S) da fumarato hidrogenase de Meloidogyne hapla (ita2-1yfm) representada na forma de Newcartoon pelo programa computacional VMD 1.9.1. A cada cadeia foi conferida uma cor diferente. Com coloração azul claro e branco, aparece a (R)- goniotalamina (2), representada na forma de VDW. Ela foi ancorada em cavidade próxima do sítio ativo da enzima. O ponto de visualização é idêntico ao das Figuras 28S e 29S 35
Figura 31S. Estrutura de um dos sítios ativos (Tabela 4S) da fumarato hidrogenase de Meloidogyne hapla (ita2-1yfm) representada na forma de MSMS pelo programa computacional VMD 1.9.1. A cada cadeia foi conferida uma cor diferente. Com coloração azul claro, branco e vermelho, aparece a (R)-goniotalamina (2), representada na forma de VDW. Ela foi ancorada em cavidade próxima do sítio ativo da enzima, que é representada na forma de CPK com cor verde 36
Figura 32S. Estrutura de um dos sítios ativos (Tabela 4S) da fumarato hidrogenase de Meloidogyne hapla (ita2-1yfm) representada na forma de Newcartoon pelo programa computacional VMD 1.9.1. A cada cadeia foi conferida uma cor diferente. Na forma de MSMS com cor verde, observam-se os resíduos que formam a cavidade na qual a (R)-goniotalamina (2) foi ancorada. O ponto de visualização é idêntico ao da Figura 31S 37
Figura 33S. Estrutura de um dos sítios ativos (Tabela 4S) da fumarato hidrogenase de Meloidogyne hapla (ita2-1yfm) representada na forma de Newcartoon pelo programa computacional VMD 1.9.1. A cada cadeia foi conferida uma cor diferente. Com coloração azul claro, branco e vermelho, aparece a (R)-goniotalamina (2), representada na forma de VDW. Ela foi ancorada em cavidade próxima do sítio ativo da enzima 38
Figura 34S. Estrutura de um dos sítios ativos (Tabela 4S) da fumarato hidrogenase de Meloidogyne hapla (ita2-1yfm) representada na forma de Newcartoon pelo programa computacional VMD 1.9.1. A cada cadeia foi conferida uma cor diferente. Com coloração azul claro, branco e vermelho, aparece o citrato, representado na forma de VDW. Ele foi ancorado em cavidade próxima do sítio ativo da enzima. O ponto de visualização é igual ao da Figura 33S 39
Figura 35S. Estrutura de um dos sítios ativos (Tabela 4S) da fumarato hidrogenase de Meloidogyne hapla (ita2-1yfm) representada na forma de Newcartoon pelo programa computacional VMD 1.9.1. A cada cadeia foi conferida uma cor diferente. Com coloração azul claro, branco e vermelho, aparece o fumarato, representado na forma de VDW. Ele foi ancorado em cavidade próxima do sítio ativo da enzima. O ponto de visualização é igual ao da Figura 33S 40
Figura 36S. Estrutura de um dos sítios ativos (Tabela 4S) da fumarato hidrogenase de Meloidogyne hapla (ita2-1yfm) representada na forma de Newcartoon pelo programa computacional VMD 1.9.1. A cada cadeia foi conferida uma cor diferente. Com coloração azul claro e escuro, branco e vermelho, aparece o (S)-3-nitro-2-hidroxipropanoato, representado na forma de VDW. Ele foi ancorado em cavidade próxima do sítio ativo da enzima. O ponto de visualização é igual ao da Figura 33S 41
Figura 37S. Estrutura de um dos sítios ativos (Tabela 4S) da fumarato hidrogenase de Meloidogyne hapla (ita2-1yfm) representada na forma de Newcartoon pelo programa computacional VMD 1.9.1. A cada cadeia foi conferida uma cor diferente. Com coloração azul claro, branco e vermelho, aparece o oxalato, representado na forma de VDW. Ele foi ancorado em cavidade próxima do sítio ativo da enzima. O ponto de visualização é igual ao da Figura 33S 42
Figura 38S. Estrutura de um dos sítios ativos (Tabela 4S) da fumarato hidrogenase de Meloidogyne hapla (ita2-1yfm) representada na forma de Newcartoon pelo programa computacional VMD 1.9.1. A cada cadeia foi conferida uma cor diferente. Com coloração azul claro e escuro, branco e vermelho, aparece (S,S)-2,3-dicarboxilatoaziridina, representada na forma de VDW. Ela foi ancorada em cavidade próxima do sítio ativo da enzima. O ponto de visualização é igual ao da Figura 33S 43
Figura 39S. Estrutura de um dos sítios ativos (Tabela 4S) da fumarato hidrogenase de Meloidogyne hapla (ita2-1yfm) representada na forma de Newcartoon pelo programa computacional VMD 1.9.1. A cada cadeia foi conferida uma cor diferente. Com coloração azul claro, branco e vermelho, aparece a (R)-goniotalamina (2), representada na forma de VDW. Ela foi ancorada em cavidade próxima do sítio ativo da enzima 44
Figura 40S. Estrutura de um dos sítios ativos da fumarato hidrogenase de Escherichia coli (1FUR) representada na forma de Newcartoon pelo programa computacional VMD 1.9.1. A cada cadeia foi conferida uma cor diferente. Com coloração azul claro e vermelho, aparece o L-malato, representado na forma de VDW. Ele foi cristalizado em cavidade próxima do sítio ativo da enzima. O ponto de visualização é igual ao da Figura 39S 45