Utmaningar och senaste. miljöövervakning i Sverige

Transkript

1 Maria Kahlert Dept. of Aquatic Sciences & Assessment Utmaningar och senaste utvecklingen inom DNAstreckkodning för akvatisk miljöövervakning i Sverige Maria Kahlert, samordnare för Svenska nätverket EDNA styrelseledamot i Europeiska COST nätverket DNAqua-net utförare & expert i Svensk miljöövervakning (kiselalger)

2 Idag Vad pågår i Sverige kring DNA-streckkodning? Nätverk EDNA (SE) & DNAqua-net (EU) Färsk från forskningsfronten: Vad kan vi göra idag? Vad kan vi göra potentiellt? Vilka begränsningar finns det? Viktigt med nätverk Viktigt att användarna är delaktiga i utvecklingsarbete

3 Förvandlingen Apmeljåkkå bild: Bart van de Vijver bild: L.Forsström BLASTN Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, AlejandroA. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, anddavid J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a newgeneration of protein database search programs", NucleicAcids Res. 25: RID: 5WRR0WJ501RDatabase: Nucleotide collection (nt) 29,053,639 sequences; 82,763,006,317 total lettersquery= :15:07.442Length=321 Score ESequences producing significant alignments: (Bits) Valuegb KF Fragilaria rumpens isolate TCC666 ribulose-1, e- 153gb KM Luticola sparsipunctata strain D06_029 ribulos e-116gb KF Encyonema silesacum isolate TCC678 ribulose-1, e-116gb KC Amphora montana clone TCC477 ribulose-1,5-bisp e-116gb JN Rhabdonema arcuatum strain ECT3898-Rhabdo ribu e-116gb JN Sellaphora blackfordensis strain (Bfp04)02 rib e-116gb JN Pinnularia cf. isselana strain Cal 878 TM ribu e-116gb JN Pinnulariacf. microstauron strain (B2)c ribul e-116gb EF Sellaphora pupula clone BLA15 ribulose-1,5-bis e- 116gb EF Sellaphora laevissimaclone THR3 ribulose-1, e-116gb EF Sellaphora laevissimaclone THR4 ribulose-1, e- 116gb EF Sellaphora pupula clone THR8 ribulose-1,5-bisp e-116gb EF Sellaphora laevissimaclone THR5 ribulose-1, e- 116gb EF Sellaphora pupula clone BLA14 ribulose-1,5-bis e-116gb EF Sellaphora laevissimaclone THR6 ribulose-1, e- Över 1000 kiselalgsarter i Sverige 116gb EF Sellaphora pupula clone RBG1 ribulose-1,5-bisp e-116gb AY Encyonema cf. sinicum voucher E3457 ribulose e-116gb AY Uncultured marine eukaryote ribulose-1,5-bisph e-116gb EF Sellaphora pupula clone GER1 ribulose-1,5-bisp e-116gb KM Pinnularia sp. JZ-2014 strain Navi2 ribulose e-115gb KM Navicula radiosa strain D06_102 ribulose-1,5-b e-115gb KC Asterionella formosa chloroplast, complete genome 423 9e-115gb KC Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P3B6 ribulose e-115gb KC Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P4B4 ribulose e-115gb KC Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P4A5 ribulose e-115gb KJ Uncultured marine phototrophic eukaryote clone e-115gb KJ Uncultured marine phototrophic eukaryote clone e-115gb KJ Uncultured marine phototrophic eukaryote clone e-115gb KC Sellaphora pupula strain LE D35 ribulose-1,5-b e-115gb KC Sellaphora pupula strain LE J9 ribulose-1,5-bi e-115dbj AB Diatomamoniliformechloroplast rbcl gene for e-115dbj AB Asterionella formosa chloroplast rbcl gene fo e-115gb JN Pinnularia acuminata strain Pin 876 TM ribulos e-115gb HQ Asterionella formosa strain UTCC605 ribulose e-115gb HQ Lemnicola hungarica strain UTEX FD456 ribulose e-115gb HQ Diatoma tenue strain UTCC62 ribulose-1,5-bisph e-115gb HQ Diatoma tenue strain UTEX FD106 ribulose-1,5-b e-115gb HQ Urosolenia eriensis strain Y98-8 ribulose-1, e-115gb FJ Amphora coffeaeformis isolate C107 ribulose-1, e-115gb KJ Amphoracaribaea isolate 7320-AMPH086 ribulose e-114gb KF Uncultured phototrophic eukaryote clone Stn3_A e-114gb HQ Rhizosolenia setigera culture-collection PCC: e-114gb FJ Rhizosolenia cf. setigera isolate C65 ribulose e-114gb KM Pinnularianeomajor strain PinnB ribulose-1, e-113gb KM Pinnularia viridiformisstrain Pinn2 ribulose e-113gb KM Pinnularianeomajor strain Pinn1 ribulose-1, e-113gb KM Pinnularia viridiformisstrain ElPin01 ribulos e-113gb KC Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P11D6 ribulose e-113gb KC Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P28C3 ribulose e-113gb KJ Amphora hyalina isolate 8571-AMPH136 ribulose e-113gb KJ Uncultured marine phototrophic eukaryote clone e-113gb KJ Uncultured marine phototrophic eukaryote clone e-113gb KF Uncultured microorganism clone NA1R_21 ribulos e-113gb KF Uncultured microorganism clone N422R_36 ribulo e- 113gb JN Pinnularianeglectiformis strain Pin 706 F rib e-113gb JN Pinnulariaborealis strain Alka 1 ribulose-1, e- 113gb JN Pinnulariasp. 10 CS-2011 ribulose-1,5-bisphos e-113gb JN Pinnularia neomajorstrain Corsea 2 ribulose e- 113gb JN Pinnulariaborealis var. subislandica strain ( e-113gb JN Pinnularianeomajorstrain (Tor1)a ribulose-1, e- 113gb EF Sellaphora pupula clone US1 ribulose-1,5-bisph e-113ALIGNMENTS>gb KF Fragilaria rumpens isolate TCC666 ribulose- 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1401 Score = 549 bits (608), Expect = 9e-153 Identities = 309/312 (99%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 633 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 692Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 693 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 752Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 753 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 812Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 813 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCAAAAAAATCACGGTATCAACTTCCGTGT 872Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 873 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTAGG 932Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 933 TAAATTAGAAGG 944>gb KM Luticola sparsipunctata strain D06_029 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=980 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 651 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTAAACATCACTGCAGGTACTATGGAAGAAGTTTACAA 710Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 711 ACGTGCACAATACGCTAAATCAGTAGGTTCTGTTATCGTTATGATCGATTTAGTTATGGG 770Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 771 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCAATCTGGGCTCGTGAAAACGATATGATTTTACACTT 830Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 831 ACACCGTGCAGGTAACTCAACATACGCTCGTCAAAAAAATCATGGTATTAACTTCCGTGT 890Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 891 TATTTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGACCACATTCACGCTGGTACAGTAGTTGG 950Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 951 TAAATTAGAAGG 962>gb KF Encyonema silesacum isolate TCC678 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1401 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 633 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTAAACATCACTGCTGGTACAATGGAAGAAGTTTACAA 692Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 693 ACGTGCTGAGTACGGTAAAGCTGTAGGTTCTGTAGTTGTAATGATCGATTTAGTTATGGG 752Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 753 TTACACAGCGATTCAAAGTGCTGCAATCTGGTCTCGTGAAAACGATATGGTTTTACATTT 812Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 813 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTATGCACGTCAAAAAAATCATGGTATTAACTTCCGTGT 872Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 873 AATCTGTAAATGGATGCGTATGGCTGGTGTAGATCATATTCACGCAGGTACTGTTGTTGG 932Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 933 TAAATTAGAAGG 944>gb KC Amphora montana clone TCC477 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1497 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 672 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACTGGTGGTACAATGGAAGAAGTTTACAA bild: M.Kahlert 731Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 732 ACGTGCTGAGTACGCAAAAGCAGTAGGTTCTGTAATTGTAATGATCGATTTAGTTATGGG 791Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 792 TTACACAGCAATTCAAAGTATTGCTCTTTGGGCTCGTGAAAACGATATGTTATTACACTT 851Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 852 ACACCGTGCAGGTAACTCTACATACGCTCGTCAAAAAAATCACGGTATTAACTTCCGTGT 911Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 912 TATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCACATCCACGCTGGTACAGTTGTAGG 971Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 972 TAAATTAGAAGG 983>gb JN Rhabdonema arcuatum strain ECT3898-Rhabdo ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1349 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 672 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACAGCTGCAACTATGGAAGAAGTTTACAA 731Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 732 ACGTGGTATCTATGCTAAAGAAGTAGGTTCTGTCATCGTAATGATCGATTTAGTTATGGG 791Query 130

4 Behov av nätverk för utveckling av streckkodningsmetoden för Svensk miljöövervakning Många små problem att lösa innan en metod kan anses vara standard och felmarginalerna ok rutinforskning Många forskargrupper som jobbar med streckkodning och andra molekylära metoder - ofta samma frågor vid tekniska problem även när projekten är olika - utveckling av befintliga strukturer så de passar även andra projektens behov - nödvändighet att förstå varandra lösningar som passar en organismgrupp/metod passar inte alltid

5 Definitioner: edna edna: miljö-dna, environmental DNA: 1. blandning av DNA från olika organismer som hittas när man tar prover i mark, vatten, eller annan miljö 2. fri DNA utanför organisms kropp -> I praktiken innehåller ett sådant prov alltid både DNA från hela (små) organismer plus fri DNA

6 Bild: M. Kahlert Fragilaria rumpens (Kützing) G.W.F. Carlson Min första streckkod: TCTCATCCCTCGTGTCTCCACTCAGTCCTGAATCTCGATAGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTGAACGTTACTGCAGCTACTCAAG Definitioner: barcoding Barcoding (SV: streckkodning): Att identifiera ett taxon med hjälp av en kort genetisk markör i organismens arvsmassa (DNA) Metabarcoding: Kombination av edna och barcoding: Analys av alla streckkoder från ett prov taget ute i naturen BLASTN Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, AlejandroA. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, anddavid J. Lipman (199 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a newgeneration of protein database search programs", NucleicAcids Res. 25: RID: 5WRR0WJ501RDatabase: Nucleotide collection (nt) 29,053,639 sequences; 82,763,006,317 total lettersquery= :15:07.442Length=321 Score ESequences producing significant alignments: (Bits) Valuegb KF Fragilaria rumpens isolate TCC666 ribulose-1, e- 153gb KM Luticola sparsipunctata strain D06_029 ribulos e-116gb KF Encyonema silesacum isolate TCC678 ribulose-1, e-116gb KC Amphora montana clone TCC477 ribulose-1,5-bisp e-116gb JN Rhabdonema arcuatum strain ECT3898-Rhabdo ri 428 2e-116gb JN Sellaphora blackfordensisstrain (Bfp04)02 rib e-116gb JN Pinnulariacf. isselana strain Cal 878 TM ribu e-116gb JN Pinnularia cf. microstauron strain (B2)c ribul e-116gb EF Sellaphora pupula clone BLA15 ribulose-1,5-bis gb EF Sellaphora laevissima clone THR3 ribulose-1, e-116gb EF Sellaphora laevissima clone THR4 ribulose-1, gb EF Sellaphora pupula clone THR8 ribulose-1,5-bisp e-116gb EF Sellaphora laevissima clone THR5 ribulose-1, gb EF Sellaphora pupula clone BLA14 ribulose-1,5-bis e-116gb EF Sellaphora laevissima clone THR6 ribulose-1, gb EF Sellaphora pupula clone RBG1 ribulose-1,5-bisp e-116gb AY Encyonema cf. sinicum voucher E3457 ribulose e-116gb AY Uncultured marine eukaryote ribulose-1,5-bisph e-116gb EF Sellaphora pupula clone GER1 ribulose-1,5-bisp e-116gb KM Pinnulariasp. JZ-2014 strain Navi2 ribulose e-115gb KM Navicula radiosa strain D06_102 ribulose-1,5-b e-115gb KC Asterionella formosa chloroplast, complete genome 423 9e-115gb KC Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P3B6 ribulose e-115gb KC Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P4B4 ribulose e-115gb KC Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P4A5 ribulose e-115gb KJ Uncultured marine phototrophic eukaryote clone e-115gb KJ Uncultured marine phototrophic eukaryote clone e-115gb KJ Uncultured marine phototrophiceukaryote clone e-115gb KC Sellaphorapupula strain LE ribulose-1,5-b e-115gb KC Sellaphora pupula strain LE J9 ribulose-1,5-bi e-115dbj AB Diatomamoniliformechloroplas rbcl gene for e-115dbj AB Asterionella formosa chloroplast rbcl gene fo e-115gb JN Pinnularia acuminata strain Pin 8 TM ribulos e-115gb HQ Asterionellaformosa strain UTCC605 ribulose e-115gb HQ Lemnicola hungarica strain UTE FD456 ribulose e-115gb HQ Diatoma tenue strain UTCC62 ribulose-1,5-bisph e-115gb HQ Diatoma tenue strain UTE FD106 ribulose-1,5-b e-115gb HQ Urosolenia eriensis strain Y98-8 ribulose-1, e-115gb FJ Amphora coffeaeformis isolate C107 ribulose-1, e-115gb KJ Amphoracaribaea isolate 7320-AMPH086 ribulose e-114gb KF Uncultured phototrophic eukaryote clone Stn3_A e-114gb HQ Rhizosolenia setigera culture-collection PCC: e-114gb FJ Rhizoso cf. setigera isolate C65 ribulose e-114gb KM Pinnularianeomajor strain PinnB ribulose-1, e-113gb KM Pinnularia viridiformisstrain Pinn2 ribulose e-113gb KM Pinnularianeomajor strain Pinn1 ribulose-1, e-113gb KM Pinnularia viridiformisstrain ElPin01 ribulos e-113gb KC Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P11D6 ribulose e-113gb KC Odont sp. 1BOF voucher UNBF_P28C3 ribulose e-113gb KJ Amphora hyalina isolate 8571-AMPH136 ribulose e-113gb KJ Uncultured marine phototrophiceukaryote clone e-113gb KJ Uncultured marine phototrophic eukaryote clone e-113gb KF Uncultured microorganism clone NA1R_21 ribulos e-113gb KF Uncultured microorganism clone N422R_36 ribulo e- 113gb JN Pinnularianeglectiformis strain Pin 706 F rib e-113gb JN Pinnulariaborealis strain Alka 1 ribulose-1, e- 113gb JN Pinnulariasp. 10 CS-2011 ribulose-1,5-bisphos e-113gb JN Pinnularia neomajorstrain Corsea 2 ribulose gb JN Pinnulariaborealis var. subislandica strain ( e-113gb JN Pinnularianeomajorstrain (Tor1)a ribulose-1, e- 113gb EF Sellaphora pupula clone US1 ribulose-1,5-bisph e-113ALIGNMENTS>gb KF Fragilaria rumpens isolate TCC666 ribulo 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1401 Score = 549 bits (608), Expect = 9e-153 Identities = 309/312 (99%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 6 Bergsten, Sbjct J. (Naturhistoriska 633 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA Riksmuseet) 692Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 693 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 752Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 753 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 812Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 813 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCAAAAAAATCACGGTATCAACTTCCGTGT 872Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 873 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTAGG 932Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 933 TAAATTAGAAGG 944>gb KM Luticola sparsipunctata strain D06_029 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, p cds; chloroplastlength=980 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10

7 EDNA Svensk nätverk Syfte: Att knyta ihop forskning och användare för att utveckla och öka användandet av kvalitetssäkrade DNA-metoder för miljöövervakning och miljöanalys Start: oktober 2016 Samordnare: Maria Kahlert Deltagarna: Universitet (GU, KTH, SLU, SU, UmU, UU) Myndigheter, institut, privata aktörer (SciLifeLab, HaV, NV, NRM, SVA, CCB) Vad gör vi? Arbetsgrupper inom relevanta områden Möten för kunskapsutbyte (nästa: Nov. 2017, Uppsala: Metabarcoding for research and environmental monitoring Hemsida för att sprida information (

8 Samarbete med andra initiativ COST Action CA15219 (DNAqua-Net) Mål: Främja tillämpningen av DNA-baserade verktyg för biodiversitetsanalyser och miljöövervakning & utveckla en färdplan för att inkludera dessa i standardiserade ekologiska bedömningar av akvatiska ekosystem i och utanför Europa. ( Swebol - ett nätverk som kan samordna nationella initiativ när det gäller DNA-streckkodning och olika applikationer ( Swedish Museum of Natural History (NRM) Centrum för genetisk identifiering (CGI), erbjuder myndigheter och organisationer hjälp att DNA-analysera biologiskt material Miljöövervakarens DNA-skola, ett forum för övervakare med det senaste om DNA från forskningens värld (

9 DNAqua-net - Ett Europeisk forskarnätverk om barcoding Problem: Ett överflöd av metoder som utvecklas parallellt av flera olika forskargrupper bromsar utvecklingen av användningen i praktiken, t.ex. inom miljöövervakningen. Lösning: att träffas och diskutera inom nätverket, utbyta erfarenhet och data, och testa bestpractice lösningar tillsammans för att sedan kunna ge rekommendationer för användarna och lagtexter WG1 DNA Barcode References WG2 Biotic Indices & Metrics WG3 Field & Lab Protocols WG4 Data Analysis & Storage WG5 Implementation Strategy & Legal Issues Bild: DNAqua-net 05/12/2017 COST Action CA15219 (DNAqua-Net) 9

10 Structure & working groups Action Chair (Florian Leese) Vice-Chair (Agnès Bouchez) T. Ekrem / F. Ciampor J. Pawlowski /M. Kahlert K. Bruce / E. Keskin K. Abarenkov/D. Fontaneto P. Mergen / D. Hering Grant Manager (Alexander Weigand) Workplan 2017: WG1 DNA Barcode References Review of reference databases in Europe, filling gaps WG2 Biotic Indices & Metrics Development of indices based on molecular data Comparison of ecological status classification between traditional and molecular methods WG3 Field & Lab Protocols Review of pre-sequencing protocols Development of a strategy to test and compare protocols WG4 Data Analysis & Storage Review of bioinformatics in Europe Development of a strategy to test and compare pipelines WG5 Implementation Strategy & Legal Issues ECOSTAT workshop Other dissemination of DNAqua-net 05/12/2017 COST Action CA15219 (DNAqua-Net) 10

11 Färsk från forskningsfronten: Vad kan vi göra idag? Metoder som redan idag kan användas*: edna metabarcoding av fisk i sjöar Fastsittande kiselalger Bottenfauna från kick-sampling eller sediment cores och fler * under vissa förutsättningar

12 SLU:s miljöanalys Bentiska kiselalger med DNA Utveckling av streckkodningsmetoden ( metabarcoding ) med syftet att förbättra miljöövervakning i Sverige Många frågetecken som måste utredas först Ett samarbete! Ekologisk statusklass (EU WFD) Vattendrag 1 måttligt måttligt Vattendrag 2 dåligt dåligt Vattendrag 3 måttligt måttligt Vattendrag 4 god god Modified from: Kermarrec et al A nextgeneration sequencing approach to river biomonitoring using benthic diatoms. Freshw. Sci. 33(1):

13 SLU:s miljöanalys Bentiska kiselalger med DNA Korrekt referensbibliotek curated av taxonomer & fungerade pipeline Pågående standardisering: European Committee for Standardization CEN (CEN/TC 230 N 1018 and 1019) for the use of diatom metabarcoding in lakes and rivers (sampling & management of barcodes) Ekologisk statusklass (EU WFD) Nytt: abundans! Vattendrag 1 måttligt måttligt Vattendrag 2 dåligt dåligt Vattendrag 3 måttligt måttligt Vattendrag 4 god god Modified from: Kermarrec et al A nextgeneration sequencing approach to river biomonitoring using benthic diatoms. Freshw. Sci. 33(1): Valentin Vasselon, INRA

14 Pågående Standardisering CEN/TC 230 N 1073 European Committee for Standardization CEN Nu: Next Stage for WI "Water quality - Technical report. The routine sampling of benthic diatoms from rivers and lakes adapted for metabarcoding analyses. Next Stage for WI "Water quality - Technical report for the management of diatom barcodes" "We agree to progress this document to the next stage. 18 countries voted Yes

15 Bottenfauna DNAqua-net WG2 arbetsgrupp bottenfauna planerar just nu ett liknande samarbetsprojekt som kiselalgsgruppen för att utveckla bottenfauna metabarcodingmetoden Workshop 2018

16 edna metabarcoding av fisk Forskarna är överens om att fiskmetoden är Högeffektiv Referensbibliotek är nästan kompletta och korrekta Billigare och enklare än fiskprovtagningen idag Bättre resultat än dagens metoder Inga ingrepp i miljön, skonar organismer OBS: annan rumslig skala! Diatoms, Plancton water samples biofilm Invertebrates Bulk samples Mainly DNA from organisms Similar sampling scale than traditional methods vs Fish water samples degraded DNA Spatial integration Didier Pont, SpyGen, DNAqua-net presentation

17 Färsk från forskningsfronten: Vad kan vi göra potentiellt? Allt! Alla organismgrupper Abundans Många prover på stor skala Genetisk variation inom en art Funktionella gener

18 Twenty-five species of frogs in a liter of water: edna survey for exploring tropical frog diversity. Miklós Bálint

19 DNA-barcoding används redan Övervakning av växtpatogena svampar i skog- och åkermark Utvecklar och utvärdera metoder för provtagning och detektion av befintliga och främmande svamparter Använder metabarcoding för att identifiera svamparter från biologiska prov Bygger på lång erfarenhet av molekylär detektion och identifiering av svampar utvecklar metoder för barcoding & edna i sötvatten och hav (fisk, skaldjur, säl, mm) Alger (kiselalger och växtplankton) som miljöindikator i sötvatten Sveriges alla arter av ryggradsdjur har fått streckkoder Svenska artprojektets marina inventering resulterade i data för både morfologisk och barcoding identifiering 2015 testas möjligheten att övervaka chironomider

20 Vilka begränsningar finns det? Luckor och fel i referensbiblioteken Stort behov av forskning hur mikroorganismernas taxonomi är kopplat till ekologi, helt nya resultat kommer fram för många organismgrupper Många olika metoder med många steg som utvecklas parallellt i snabb takt Ingen golden standard - olika metoder fungerar olika bra i olika sammanhang och för olika mål Finansiering Ingen samordnad infrastruktur för streckkodning i Sverige i nuläget

21 Exempel av bioinformatikproblem med mikroorganismer: vilken art har vi?

22 Lösningar Streckkoda mera! Samarbeta mera mellan taxonomer, molekylär & morfologisk expertis, bioinformatiker samt användarna för att utveckla metoder Användarna: ställ krav på forskarna/utförarna!

23 BLASTN Reference: Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, AlejandroA. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, anddavid J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a newgeneration of protein database search programs", NucleicAcids Res. 25: RID: 5WRR0WJ501RDatabase: Nucleotide collection (nt) 29,053,639 sequences; 82,763,006,317 total lettersquery= :15:07.442Length=321 Score ESequences producing significant alignments: (Bits) Valuegb KF Fragilaria rumpens isolate TCC666 ribulose-1, e-153gb KM Luticola sparsipunctata strain D06_029 ribulos e-116gb KF Encyonema silesacum isolate TCC678 ribulose-1, e-116gb KC Amphora montana clone TCC477 ribulose-1,5-bisp e- 116gb JN Rhabdonema arcuatum strain ECT3898-Rhabdo ribu e-116gb JN Sellaphora blackfordensis strain (Bfp04)02 rib e-116gb JN Pinnularia cf. isselana strain Cal 878 TM ribu e-116gb JN Pinnularia cf. microstauron strain (B2)c ribul e-116gb EF Sellaphora pupula clone BLA15 ribulose-1,5-bis e-116gb EF Sellaphora laevissima clone THR3 ribulose-1, e-116gb EF Sellaphora laevissima clone THR4 ribulose-1, e-116gb EF Sellaphora pupula clone THR8 ribulose-1,5-bisp e-116gb EF Sellaphora laevissima clone THR5 ribulose-1, e-116gb EF Sellaphora pupula clone BLA14 ribulose-1,5-bis e-116gb EF Sellaphora laevissima clone THR6 ribulose-1, e-116gb EF Sellaphora pupula clone RBG1 ribulose-1,5-bisp e-116gb AY Encyonema cf. sinicum voucher E3457 ribulose e-116gb AY Uncultured marine eukaryote ribulose-1,5-bisph e-116gb EF Sellaphora pupula clone GER1 ribulose-1,5-bisp e-116gb KM Pinnularia sp. JZ-2014 strain Navi2 ribulose e-115gb KM Navicula radiosa strain D06_102 ribulose-1,5-b e-115gb KC Asterionella formosa chloroplast, complete genome 423 9e-115gb KC Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P3B6 ribulose e-115gb KC Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P4B4 ribulose e-115gb KC Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P4A5 ribulose e-115gb KJ Uncultured marine phototrophic eukaryote clone e-115gb KJ Uncultured marine phototrophiceukaryote clone e-115gb KJ Uncultured marine phototrophic eukaryote clone e-115gb KC Sellaphora pupula strain LE D35 ribulose-1,5-b e-115gb KC Sellaphorapupula strain LE J9 ribulose-1,5-bi e- 115dbj AB Diatoma moniliforme chloroplast rbcl gene for e-115dbj AB Asterionella formosa chloroplast rbcl gene fo e-115gb JN Pinnularia acuminata strain Pin 876 TM ribulos e-115gb HQ Asterionella formosa strain UTCC605 ribulose e-115gb HQ Lemnicola hungarica strain UTEX FD456 ribulose e-115gb HQ Diatomatenue strain UTCC62 ribulose-1,5-bisph e-115gb HQ Diatomatenue strain UTEX FD106 ribulose-1,5-b e-115gb HQ Urosolenia eriensis strain Y98-8 ribulose-1, e-115gb FJ Amphora coffeaeformisisolate C107 ribulose-1, e-115gb KJ Amphoracaribaea isolate 7320-AMPH086 ribulose e-114gb KF Uncultured phototrophic eukaryote clone Stn3_A e- 114gb HQ Rhizosolenia setigera culture-collection PCC: e-114gb FJ Rhizosolenia cf. setigera isolate C65 ribulose e-114gb KM Pinnularia neomajor strain PinnB ribulose-1, e-113gb KM Pinnularia viridiformis strain Pinn2 ribulose e-113gb KM Pinnularia neomajor strain Pinn1 ribulose-1, e-113gb KM Pinnularia viridiformis strain ElPin01 ribulos e-113gb KC Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P11D6 ribulose e-113gb KC Odontella sp. 1BOF voucher UNBF_P28C3 ribulose e-113gb KJ Amphora hyalina isolate 8571-AMPH136 ribulose e-113gb KJ Uncultured marine phototrophic eukaryote clone e-113gb KJ Uncultured marine phototrophic eukaryote clone e-113gb KF Uncultured microorganism clone NA1R_21 ribulos e-113gb KF Uncultured microorganism clone N422R_36 ribulo e-113gb JN Pinnularianeglectiformisstrain Pin 706 F rib e-113gb JN Pinnulariaborealis strain Alka 1 ribulose-1, e- 113gb JN Pinnularia sp. 10 CS-2011 ribulose-1,5-bisphos e-113gb JN Pinnularia neomajor strain Corsea 2 ribulose e-113gb JN Pinnularia borealis var. subislandica strain ( e-113gb JN Pinnularia neomajor strain (Tor1)a ribulose-1, e-113gb EF Sellaphora pupula clone US1 ribulose-1,5-bisph e-113ALIGNMENTS>gb KF Fragilaria rumpens isolate TCC666 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1401 Score = 549 bits (608), Expect = 9e-153 Identities = 309/312 (99%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 633 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 692Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 693 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 752Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 753 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 812Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 813 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCAAAAAAATCACGGTATCAACTTCCGTGT 872Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 873 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTAGG 932Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 933 TAAATTAGAAGG 944>gb KM Luticola sparsipunctata strain D06_029 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=980 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 651 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTAAACATCACTGCAGGTACTATGGAAGAAGTTTACAA 710Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 711 ACGTGCACAATACGCTAAATCAGTAGGTTCTGTTATCGTTATGATCGATTTAGTTATGGG 770Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 771 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCAATCTGGGCTCGTGAAAACGATATGATTTTACACTT 830Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 831 ACACCGTGCAGGTAACTCAACATACGCTCGTCAAAAAAATCATGGTATTAACTTCCGTGT 890Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 891 TATTTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGACCACATTCACGCTGGTACAGTAGTTGG 950Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 951 TAAATTAGAAGG 962>gb KF Encyonema silesacum isolate TCC678 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1401 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 633 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTAAACATCACTGCTGGTACAATGGAAGAAGTTTACAA 692Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 693 ACGTGCTGAGTACGGTAAAGCTGTAGGTTCTGTAGTTGTAATGATCGATTTAGTTATGGG 752Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 753 TTACACAGCGATTCAAAGTGCTGCAATCTGGTCTCGTGAAAACGATATGGTTTTACATTT 812Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 813 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTATGCACGTCAAAAAAATCATGGTATTAACTTCCGTGT 872Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 873 AATCTGTAAATGGATGCGTATGGCTGGTGTAGATCATATTCACGCAGGTACTGTTGTTGG 932Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 933 TAAATTAGAAGG 944>gb KC Amphora montana clone TCC477 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1497 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 672 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACTGGTGGTACAATGGAAGAAGTTTACAA 731Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 732 ACGTGCTGAGTACGCAAAAGCAGTAGGTTCTGTAATTGTAATGATCGATTTAGTTATGGG 791Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT Tack! 189 Sbjct 792 TTACACAGCAATTCAAAGTATTGCTCTTTGGGCTCGTGAAAACGATATGTTATTACACTT 851Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 852 ACACCGTGCAGGTAACTCTACATACGCTCGTCAAAAAAATCACGGTATTAACTTCCGTGT 911Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 912 TATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCACATCCACGCTGGTACAGTTGTAGG 971Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 972 TAAATTAGAAGG 983>gb JN Rhabdonema arcuatum strain ECT3898-Rhabdo ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1349 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 672 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACAGCTGCAACTATGGAAGAAGTTTACAA 731Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 732 ACGTGGTATCTATGCTAAAGAAGTAGGTTCTGTCATCGTAATGATCGATTTAGTTATGGG 791Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 792 TTATACAGCAATCCAAAGTGCTGCTATTTGGGCTCGTGAAAATGATTTAGTTTTACACTT 851Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 852 ACACCGTGCAGGTAACTCAACATATGCTCGTCAAAAAAATCATGGTATTAATTTCCGTGT 911Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 912 AATTTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCATATCCACGCTGGTACAGTTGTAGG 971Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 972 TAAATTAGAAGG 983>gb JN Sellaphora blackfordensisstrain (Bfp04)02 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1386 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 633 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACTGCTGGTACTATGGAAGAAGTTTACAA 692Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 693 ACGTGCAGAATACGGTAAAGCAGTTGGTTCTGTAATCGTTATGATCGACTTAGTTATGGG 752Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 753 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCAATCTGGGCTCGTGAAAATGACATGCTTTTACATTT 812Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 813 ACACCGTGCAGGTAACTCTACTTACGCTCGTCAAAAGAATCATGGTATTAACTTCCGTGT 872Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 873 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCATATCCACGCTGGTACAGTTGTTGG 932Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 933 TAAATTAGAAGG 944>gb JN Pinnularia cf. isselana strain Cal 878 TM ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1386 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 633 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTAAACATCACTGCTGCTACAATGGAAGAAGTTTACGC 692Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 693 ACGTGCAGACTATGCTAAATCAGTAGGTTCTATAATTGTTATGATCGATTTAGTTATGGG 752Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 753 TTATACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATTTGGGCTCGTAACAACGATTGTATTTTACACTT 812Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 813 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCAAAAGAATCACGGTATTAACTTCCGTGT 872Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 873 TATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCACATCCACGCTGGTACAGTTGTTGG 932Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 933 TAAATTAGAAGG 944>gb JN Pinnularia cf. microstauron strain (B2)c ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1386 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 633 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTAAACATCACTGCTGGTACAATGGAAGAAGTGTACAA 692Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 693 ACGTGCAGAATATGCTAAAGCAGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTATGGG 752Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 753 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGTCTCGTAACAACGATATGATCTTACACTT 812Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 813 ACACCGTGCGGGTAACTCAACTTACGCTCGTCAAAAAAACCATGGTATTAACTTCCGTGT 872Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 873 TATTTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCATATCCACGCTGGTACAGTTGTTGG 932Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 933 TAAATTAGAAGG 944>gb EF Sellaphora pupula clone BLA15 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1183 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 584 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACTGCTGGTACTATGGAAGAAGTTTACAA 643Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 644 ACGTGCAGAATACGGTAAAGCAGTTGGTTCTGTAATCGTTATGATCGACTTAGTTATGGG 703Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 704 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCAATCTGGGCTCGTGAAAATGACATGCTTTTACATTT 763Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 764 ACACCGTGCAGGTAACTCTACTTACGCTCGTCAAAAGAATCATGGTATTAACTTCCGTGT 823Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 824 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCATATCCACGCTGGTACAGTTGTTGG 883Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 884 TAAATTAGAAGG 895>gb EF Sellaphora laevissima clone THR3 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1369 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 634 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACTGCTGCTACTATGGAAGAAGTTTACAA 693Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 694 ACGTGCAAACTACGCTAAAGCTGTTGGTTCTATAGTCGTTATGATCGACTTAGTTATGGG 753Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 754 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAATGACATGCTTTTACATTT 813Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 814 ACACCGTGCAGGTAACTCTACTTACGCTCGTCAAAAAAACCATGGTATTAACTTCCGTGT 873Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 874 TATTTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCACATCCACGCTGGTACAGTTGTTGG 933Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 934 TAAATTAGAAGG 945>gb EF Sellaphora laevissima clone THR4 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1321 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 638 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACTGCTGCTACTATGGAAGAAGTTTACAA 697Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 698 ACGTGCAAACTACGCTAAAGCTGTTGGTTCTATAGTCGTTATGATCGACTTAGTTATGGG 757Query 130 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAACGATTTAGTATTACACTT 189 Sbjct 758 TTACACAGCAATTCAAAGTGCTGCTATCTGGGCTCGTGAAAATGACATGCTTTTACATTT 817Query 190 ACACCGTGCAGGTAACTCAACTTACGCTCGTCaaaaaaaTCACGGTATCAACTTCCGTGT 249 Sbjct 818 ACACCGTGCAGGTAACTCTACTTACGCTCGTCAAAAAAACCATGGTATTAACTTCCGTGT 877Query 250 AATCTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTTGATCACATCCACGCAGGTACAGTTGTTGG 309 Sbjct 878 TATTTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCACATCCACGCTGGTACAGTTGTTGG 937Query 310 TAAATTAGAAGG 321 Sbjct 938 TAAATTAGAAGG 949>gb EF Sellaphora pupula clone THR8 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit (rbcl) gene, partial cds; chloroplastlength=1346 Score = 428 bits (474), Expect = 2e-116 Identities = 282/312 (90%), Gaps = 0/312 (0%) Strand=Plus/PlusQuery 10 AGGTGAAGTTAAAGGTTCATACTTTAACATCACGGCTGCTACTATGGAAGAACTTTACAA 69 Sbjct 639 AGGTGAAGTTAAAGGTTCTTACTTAAACATCACTGCTGCTACTATGGAAGAAGTTTACAA 698Query 70 ACGTGGTGCTTACGCTAAAGCTGTAGGTTCTGTAATCGTTATGATCGATTTAGTTTTAGG 129 Sbjct 699

24 Av Ronald Slabke - Eget arbete, CC BY-SA 3.0, Bild: M.Kahlert

25 EDNA Svenska investeringar i forskningsinfrastruktur behöver samordnas för att uppnå effektivitet i styrning och nyttjande. (The Swedish Research Council s Guide to Infrastructures 2012, Vetenskapsrådets rapportserie 3:2012) forskningsinfrastruktur måste samordnas med miljöövervakningsinfrastruktur EDNAs vision: Samarbete mellan miljöövervakning och forskning gynnar framtagande och användande av kvalitetssäkrade DNA-metoder för miljöövervakning och miljöanalys.

26 Tack till alla som har bidragit! Bild: Luc Ector