KURSINFORMATION ALLMÄN OCH ORGANISK KEMI HT13

KAROLINSKA INSTITUTET Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik (MBB) Biomedicinprogrammet (kandidat) KURSINFORMATION ALLMÄN OCH ORGANISK KEMI HT13

Kursplan och kursinnehåll Kursen finns beskriven i kursplanen, se http://ki.se/kursplan?coursecode=1bi000. Vi vill att du ska förstå hur kemiska reaktioner sker, dvs vilka mekanismerna är och hur man därigenom kan förutse reaktioner. Du ska också förstå hur man kan separera och analysera substanser, eftersom detta är frågeställningar man ställs inför både när man syntetiserar nya föreningar som t ex läkemedel, och när man vill ta reda på vilka metaboliter som bildas av dem i kroppen. Kursen är inriktad mot metoder och substanser som är speciellt intressanta för att studera förlopp i kroppen och läkemedelsmetabolism. Kursen innehåller också litet miljökemi och läkemedelskemi. Webben På kursens hemsida, http://pingpong.ki.se/public/courseid/7096/publicpage.do, läggs mycket information ut även om en del av det också kommer i pappersform. Där finns schema, seminarieuppgifter, föreläsningspresentationer, gamla tenta- och duggafrågor m m. En del är lösenordsskyddat. För att kunna se dessa delar måste du logga in i PingPong! Schema Vi vet av erfarenhet att vi kan behöva ändra i schemat med kort varsel. Vi anslår i så fall utanför kursexpeditionen och på kurswebben, och meddelar på föreläsning och via email till studentemailadresser. Asterisk anger obligatoriskt moment: Måste du vara frånvarande så kontakta kursexp (Christine, 524 87734, christine.jansson@ki.se) eller kursledaren (Bernhard Lohkamp, 524 87651, bernhard.lohkamp@ki.se), så tidigt som möjligt, helst i förväg eftersom det då ofta går att hitta lösningar. Frånvaro från obligatoriska moment resulterar i restmoment. Gruppindelning Varje student får ett nummer = studentnummer. Studenter med jämna nummer har seminarium eller vissa labbar vid ett tillfälle och studenter med udda nummer vid ett annat. Kursen är indelad i 32 grupper = gruppnummer 1-32. På de inledande och sista labbarna (introduktion på labbet, separation, substitution, click chemistry) labbar man i grupp, endast tre labbar (eliminering och addition, kondensation och elektrofil aromatisk substitution) genomförs individuellt. Vid IR/UV-labben, seminarier och för projektarbeten i december slås studenter ihop till större grupper. Se också separata scheman för detta. Var medveten om skillnaden mellan gruppnummer och studentnummer! Föreläsningar och seminarier Föreläsningarna tjänar på många sätt som grund för seminarier. Seminarierna ger en möjlighet att diskutera och sammanfatta, samt att belysa speciellt knepiga begrepp. Det är alltså nödvändigt att alla är väl förberedda och har gått igenom uppgifterna på förhand och försökt lösa dem. Alla skall kunna föra resonemang utgående från uppgifterna och redovisa detta, och speciellt bör man ha tänkt igenom vad som är svårt att förstå. Det finns dessutom några fristående föreläsningar, och det som sägs där ingår också i kursens innehåll. Under kursen skall du lära dig att söka litteratur med PubMed och SciFinder. Detta kommer sedan till användning under projektarbetet. Självstudier Att läsa kursboken, jobba med problem i den och med seminarieuppgifter är de absolut viktigaste sätten att lära in teoriinnehållet i kursen. Till hjälp om du vill fråga något, t ex när du fastnat i en uppgift, finns det lärare tillhands på olika sätt. Du kan naturligtvis fråga på seminarier, i föreläsningspauser osv. Dessutom finns det frågestunder på schemalagda tider inför tentan och den andra duggan. Vidare kan du kontakta per email, och då i första hand kursledaren Bernhard Lohkamp som sedan svarar eller slussar frågan vidare. Projektarbeten Under projektarbetena skall du tillsammans med några medstudenter praktisera dina kunskaper på något problem, ta reda på det du inte kan, och slutligen redovisa vad ni funnit. Det finns flera syften med detta: Du skall tränas i ett sätt att arbeta som du sedan kan använda var du än hamnar. Du skall

använda en pedagogisk metod som gör att man bättre kommer ihåg vad man lärt sig. Du skall tränas i att använda dina kunskaper. Grupperna arbetar med frågorna i grupprummen på KI:s bibliotek (KIB) eller på valfri plats. På KIB kan du lätt få tag i ytterligare information från böcker. En lärare finns ibland till hands för att hjälpa er till rätta om ni kör fast, men inte för att svara på faktafrågor sådana problem ska ni lösa med hjälp av böckerna! Teman för projektarbetena utdelas senare i kursen. Eftersom det är olika teman skall ni berätta för varandra vad ni har kommit fram till vid en projektarbetsredovisning. Gruppen skall då inför övriga studenter på kursen genomföra en kort muntlig presentation. Laborationer Att labba i organisk kemi är kul. Tyvärr är det inte helt riskfritt om man inte vet precis vad man gör och hur man skall göra när något går snett. Det är därför mycket viktigt att du noga lär dig säkerhetsföreskrifterna och ordningsreglerna som finns i labkompendiet! Skrivningen i labteknik och labsäkerhet måste vara godkänd för att du skall få fortsätta laborera! Det är viktigt att du vet vad du gör: Därför inleds varje lab med ett labförhör. Vid detta förhörs du på aktuell syntes, och du måste då behärska teorin, utförandet, risker etc. Detta måste bli godkänt för att du ska få laborera. Vidare skall du ha gått igenom instuderingsuppgifterna så att du kan diskutera dem med amanuenserna och fråga dem om det är något som är oklart. De olika syntesuppgifterna fördelas enligt separat lista som anslås vid kurslab. Den 8 januari finns reservtid för laborationer som inte blivit färdiga (reservlab). Några studenter skall fungera som ordningsmän (se nedan och på listan med syntesuppgifterna). Ansvarsområden för en ordningsman beskrivs i labkompendiet och på en separat lista som finns i labbet. Laboration Ordningsmän grupper Reserv grupper Introduktion på lab 1, 32 12, 21 Separation 2, 3, 30, 31 13, 20 Substitution 4, 29 + första student av 16, 17 12, 21 Eliminering & addition 5, 6, 27, 28 14, 19 Kondensation 7, 8, 25, 26 14, 19 IR/UV alla EAS 9, 10, 23, 24 15, 18 Click chemistry 11, 12 + andra student av 16, 17 15, 18 Reservlab alla Att skriva aborationsredogörelser ska ge träning i att författa vetenskapliga artiklar. Skriv ett utkast till labrapport direkt i anslutning till laborationen. Rapporterna under kursen ska skrivas på följande sätt (se också separata anvisningar som utdelas = Lab Report Guidelines ): Titel - Beskrivande, t ex Syntes av 1-bromooktan genom substitution Författare - Den eller de som utfört experimentet, samt vilken grupp de tillhör. Sammanfattning - Max ca fyra meningar som beskriver syfte, genomförande och resultat. Inledning - Ska innehålla bakgrund och teori. Beskrivning av reaktionstyp, med fullständig reaktionsmekanism. Formler. Tänkbara sidoreaktioner. Material och metoder (Experimentell del) - Kortfattad beskrivning av utförandet. Volymer och mängder. Redogörelser för avvikelser från utförandet i labkompendiet, med motiveringar. Resultat - Primärdata, utbyte med beräkning, resultat från kromatografi (avritad TLC, Rf-värden, ange rörlig fas), smältpunkt/kokpunkt. Avvikelser från förväntat förlopp: Inga kristaller, fel produkt etc. Diskussion - Jämför resultaten med de förväntade, diskutera avvikelser från detta och vad de kan bero på. Förklaring till lågt utbyte eller fel produkt. Eventuellt hänvisningar till textböcker och artiklar, i så fall i en referenslista. Referenser - Om referenser anges så ska det göras enligt KIBs rekommendationer för Vancouver style, http://kib.ki.se/node/4711.

Laborationsredogörelsen skickas som Word-dokument via email till den amanuens du haft under laborationen (filnamn: studentnamn precis som i student-email, omedelbart följt av datum för sista labdag, punkt och docx, t ex: karin_svensson121016.docx. En säkerhetskopia som genomgår plagiatkontroll skall också skickas som bifogad fil (Word-dokument) till e-mailadressen: Bernhard.Lohkamp.ki@analys.urkund.se. E-postmeddelandet bör ha lämplig labidentifierare som ämnesnamn (dvs SEP13, SUB13, ELA13, CON13, EAS13 eller CLK13), som ges i fyrkantiga parantes (!!, t ex: [SUB13]). Redogörelsen skall vara skriven på dator och ev. bilagor såsom handritade grafer, fotografier m.m., skall skannas och inkorporeras i filen. Laboration Skickas senast Rättad senast Introduktion på lab Ingen redogörelse Separation Torsdag 31 Oct kl. 23.00 Onsdag 6 nov kl. 23.00 Substitution Torsdag 7 nov kl. 23.00 Torsdag 14 nov kl. 23.00 Eliminering och addition Fredag 15 nov kl. 23.00 Fredag 22 nov kl. 23.00 Kondensation Måndag 25 nov kl. 23.00 Måndag 2 dec kl. 23.00 IR/UV Se separata anvisningar EAS Tisdag 3 dec kl.23.00 Måndag 9 dec kl.23.00 Click chemistry Onsdag 11 dec kl. 23.00 Tisdag 17 dec kl. 23.00 Reservlab Måndag 13 jan kl. 23.00 Måndag 20 jan kl. 23.00 Ett bedömningsformulär används för att betygsätta labredogörelser. Läs kommentarerna noga! Försök förbättra till kommande laborationer. Underkända rapporter som returneras ska omedelbart åtgärdas. Korrigerade labredogörelser ska återsändas för ny granskning till din amanuens snarast men senast efter 5 veckodagar (märk filen enligt ovan men med tillägget korr. före namnet. En säkerhetskopia skall också skickas. Laborationsredogörelser som skickats in försent ger poängavdrag och kommer endast i undantagsfall att granskas före tentamen. Labbrapporter som lämnas in mer än 1 månad efter kursens slut kommer inte att accepteras, och labben måste göras om vid nästa kurstillfälle för att få en ny chans att bli godkänd. Duggor och tentamen Alla duggor och labsäkerhetsförhöret är skrivningar. Innehållet motsvarar det som kommit upp på föreläsningar, seminarier, vid laborationer och i böckerna enligt kapitelhänvisningar i Teorikursens innehåll. Tentan skrivs i slutet av kursen och betygsätts med skalan A-F. För att få skriva tentamen krävs betyget G (godkänt) på dugga 1 och dugga 2. Kontakta kurssekretariatet vid oklarheter. Betygskriterier A. Studenten visar utmärkt förståelse för grundläggande kemiska begrepp samt klarar av att på ett närmast felfritt sätt redogöra för de viktigaste principerna. Studenten kan analysera problemställningar inom ämnet på ett utmärkt sätt. Studenten behärskar de begreppsmässiga såväl som teoretiska aspekterna av ämnet på ett utomordentligt sätt. Studenten uppvisar en mycket hög grad av självständigt tänkande och utmärkt förmåga till självständiga bedömningar. B. Studenten visar en mycket god förståelse för grundläggande kemiska begrepp samt klarar av att redogöra för de viktigaste principerna. Studenten kan analysera problemställningar inom ämnet på ett mycket bra sätt. Studenten behärskar de begreppsmässiga såväl som teoretiska aspekterna av ämnet på ett mycket bra sätt. Studenten uppvisar en mycket god förmåga till självständigt tänkande och självständiga bedömningar. C. Studenten visar en god förståelse för huvuddelarna av de grundläggande kemiska begreppen samt klarar av att redogöra för de viktigaste principerna. Studenten kan analysera problemställningar inom ämnet på ett bra sätt. Studenten behärskar de begreppsmässiga såväl som teoretiska aspekterna av ämnet på ett bra sätt. Studenten uppvisar förmåga till självständigt tänkande och självständiga bedömningar.

D. Studenten visar en tillfredsställande förståelse för huvuddelarna av de grundläggande kemiska begreppen samt klarar av att redogöra för delar av eller en del av de flesta principerna. Studenten kan analysera problemställningar inom ämnet. Studenten behärskar en del begrepp såväl som delar av teoretiska aspekterna av ämnet. Studenten uppvisar en viss förmåga till självständiga bedömningar. E. Studenten visar en tillräcklig förståelse, men ej mer, för en del eller delar av de grundläggande kemiska begreppen samt klarar av att redogöra för delar av eller en del av de flesta principerna på ett tillräckligt acceptabelt sätt. Studenten kan analysera en del eller delar av problemställningar inom ämnet. Studenten behärskar en del eller delar av begrepp såväl som delar av teoretiska aspekterna av ämnet. Studenten kan bara i mycket begränsad omfattning utnyttja sina kunskaper för självständiga bedömningar. Fx. Studenten har ej visat god nog förståelse för grundläggande kemiska begrepp, samt har ej kunnat redogöra för de viktigaste principerna på ett tillräckligt tillfredsställande sätt för ett godkänt betyg. Studenten klarar av att analysera en del problemställningar, dock ej tillräckligt för godkänt betyg. Studenten behärskar ej begreppsmässiga eller teoretiska aspekter av ämnet på ett helt acceptabelt sätt. Studenten kan ej tillräckligt väl utnyttja sina kunskaper för självständiga bedömningar. Studenten har dock visat tillräcklig förståelse för att ges möjligheten att erhålla det antal poäng som krävs för att klara tentamen med betyget E, efter fullföljande av en extra arbetsuppgift i skriftlig form med tillfredsställande innehåll. F. Studenten har visat otillräcklig förståelse för grundläggande kemiska begrepp samt har ej kunnat redogöra för principerna på ett tillfredsställande sätt. Studenten kan ej analysera problemställningar på ett tillfredsställande sätt. Studenten behärskar ej de begreppsmässiga eller teoretiska aspekterna av ämnet på ett acceptabelt sätt. Studenten kan ej utnyttja sina kunskaper för självständiga bedömningar. Betygsättning Moment 1: Skriftlig dugga 1 i flersvarsformat. Betygsätts U / G. Moment 2: Skriftlig dugga 2. Betygsätts U / G. Moment 3: Muntlig projektarbetsredovisning. Betygsätts U /G. Skriftlig dugga 3 i flersvarsformat (frivillig). Betygsätts U / G. Vid G ges en eller två bonuspoäng till tentan. Moment 4: Posterpresentation från studiebesök. Betygsätts U / G. Moment 5: Betygsätts U / G. För G krävs G på samtliga delar nedan: 1. Skrivning i laborationssäkerhet och laborationsteknik. (U / G) 2. Laborativ skicklighet bedömd av labansvariga. Betygsätts av examinator. (U / G) 3. Skriftliga labredogörelser (U / G). Resultatet av två individuellt skrivna laborationsredogörelser kan ge bonuspoäng för tentan om 21 eller fler poäng erhölls vid första betygsättningen (max 2 poäng för vardera laboration). Moment 6: Skriftlig tentamen, poängsätts 0-60 poäng. Betygsätts F / Fx / E / D / C / B / A, med F 0-26,5 # p; Fx 27 # -29,5 p; E 30-35,5 p; D 36-41,5 p; C 42-47,5 p; B 48-53,5 p; A 54-60 p. Slutbetyg på kursen: bestäms av betyg på tentamen och erhållna bonuspoäng. Bonuspoäng adderas till den skriftliga tentamens poängsumma, men bara om studenten hade 30 p eller mer vid tentamen och om alla andra delmoment är godkända. Betygsättning: F 0-26,5 # p; Fx 27 # -29,5 p; E 30-35,5 p; D 36-41,5 p; C 42-47,5 p; B 48-53,5 p; A 54-66 p. # preliminär poängfördelning; justeras vid varje tentamenstillfälle Obs! Du har rätt att begära en ny granskning av tentabetygssättningen om du märker eller känner att misstag gjordes (t.ex. fel summering av poäng). Kontakta kursledaren och be om sådan granskning så snart som möjligt men senast 10 dagar efter att tentaresultatet officiellt tillkännagivits. Regler för möjlighet att göra en extrauppgift vid betyget Fx En student som ligger nära gränsen för godkänd, dvs. som fått betyget Fx, kan i stället för omexamination ges möjlighet att komplettera ett kursmoment. Det är examinatorn som skall bestämma

vilka uppgifter studenten skall utföra och kompletteringen av varje delmoment skall anpassas individuellt utifrån de mål som inte uppnåtts av studenten. Kompletteringen skall äga rum inom fyra veckor, räknat i terminstid, efter att studenterna meddelats examinationsresultaten, dock senast två veckor före nästkommande examinationstillfälle. Därefter motsvarar betyget Fx betyget F och ingen komplettering kan göras. Genomförd komplettering bör bedömas snarast och resultatet skall meddelas studenten inom en arbetsvecka. Komplettering betygsätts med F eller E, inga andra betyg är möjliga. Det är inte möjligt att göra en ny extrauppgift vid underkänd uppgift. Vid betyget F får studenten möjlighet att skriva omtentamen på vanligt sätt. Obs! Du måste anmäla din önskan att göra en sådan extrauppgift inom 10 dagar efter att tentaresultatet officiellt meddelats. Studiepoäng De 20 poängen för AOK-kursen fördelas enligt följande tabell. När alla delmoment inom ett kursmoment är avklarat inrapporteras detta i LADOK och blir känt bl.a. för CSN. Enskilda delmoment redovisas ej. Dessa delmoment måste du själv hålla reda på t.ex. i tabellen nedan. Även om samtliga delmoment inom ett kursmoment är godkända så kan det ibland ta ett par veckor beroende på arbetsbelastning innan resultaten inrapporteras i LADOK. OBS! Om du har beviljats tillgodoräknande för tidigare studier reduceras dina avklarade poäng gentemot CSN men ej för programmet (bokförs som TG). Du kan själv gå in på Ladok på webb (www.ki.se>ki Student>Ladok på webb) för att se vilka kursmoment som är inrapporterade för dig): https://cas.ki.se/login?service=https%3a%2f%2fkiidp.ki.se%2fidp%2fauthn%2fremoteuser Moment Namn på delmomentet Datum Poäng (bokförs i LADOK) Moment 1 Dugga 1 (skriftlig, flersvarsformat) 2 hp Moment 2 Dugga 2 (skriftlig) 3 hp Moment 3 Projektarbete (muntlig redovisning) 2 hp Moment 4 Studiebesök posterpresentation 1 hp Moment 5 Skrivning i laborationssäkerhet och laborationsteknik Introduktion på lab - laboration - utförande Separation - laboration - utförande Substitution - laboration - utförande Elim+Add - laboration - utförande Kondensation - laboration - utförande IR/UV - laboration Click Chemistry - laboration - utförande - utförande 6 hp Moment 6 Skriftlig tentamen/examination 6 hp (BLo 2013-08-12 18:40)