Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi Uppsala Unversitet Molekylärgenetik/Mikrobiologi och immunologi (Kurskod 3FM007) Anvisning för enskilda pm-arbeten (Prov 1004, 0,8 hp) A3 vt 2009 Varför skall jag göra pm? En viktig roll för den yrkesverksamma apotekaren och receptarien är att kommunicera med allmänheten, kollegor och övrig vårdpersonal på ett sådant sätt att informationen når fram och blir förståelig. För detta krävs goda fackkunskaper men också god förmåga att uttrycka sig på svenska och engelska och kunna anpassa framställningen till mottagarens kunskapsnivå. Apotekar- och receptarieutbildningarna har under 2007 startat en kommunikationsstrimma med beteckning MedFarmKom för att träna studenternas förmåga att kommunicera. Denna PM kommer att från och med höstterminen 2008 ingå i kommunikationsstrimman. Hur går övningen till och hur väljer jag ämne för mitt arbete, hur finner jag vetenskapliga artiklar som behandlar ämnet och hur omfattande skall PM vara? Övningen som ingår som ett obligatoriskt momentet på kursen i mikrobiologi och immunologi är ett PM-arbete men kan också utföras i kursen i molekylärgenetik även om resultatet bokförs på kursen i mikrobiologi och immunologi. Du skall meddela ämnesval senast i samband med starten av mikrobiologidelen den 19 mars 2009. Om Du inte valt då kommer Claës Linder att tilldela Dig lämpligt ämne. Du skall sedan sända in Din PM i en slutversion före 31 mars kl. 22.00 till Claës Linder. Ämnet Du skriver om skall ha nära anknytning till undervisningsinnhållet i kurserna i molekylärgenetik eller mikrobiologi och immunologi och utgöra en 1
fördjupning. Du är ensam om Ditt ämne och det är därför viktigt att Du talar med Claës innan Du slutgiltigt bestämmer Dig! PM utgörs av en sammanfattning av minst 6 vetenskapliga artiklar som behandlar Ditt ämne. Artiklar från webbadresser som inte är länkade till vetenskapliga artiklar accepteras inte. Av de vetenskapliga artiklarna skall minst två vara publicerade 2008 eller 2009. Denna del av Din PM skall omfatta 600-750 ord (cirka 2 A4- sidor), (tabeller, bilder och bildtexter och referenslistan räknas ej in, men däremot räknas referenserna i löpande text) på god svenska. Du skall också göra ett sammandrag ( abstract ) av den svenska texten på god engelska på en sida (motsvarar 300-400 ord). För lång eller för kort PM kommer att sändas tillbaka till studenten och rättas inte. Exempel på olika ämnen finns i slutet av denna anvisning, men Du får gärna välja egna ämnen också. Det är en viktig övning för Dig att Din PM varken är större eller mindre än det anvisade formatet. Är Du tveksam om ämnesvalet, kontakta Claës, så kan han hjälpa Dig med valet! När Du valt ämne behöver Du söka efter artiklar. Lämpligen använder Du då PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez Här kan Du söka på ett eller flera sökord. Artiklarna är ordnade i tidsordning så att de senaste ligger överst på listan. Använd artiklar i tidskrifter som finns på biblioteket eller är direkt tillgängliga ("on line") på PubMed eller på "Elektroniska tidskrifter vid Uppsala universitet tillgängliga via Internet. http://www.ub.uu.se/databas/eresurs/etidskr/start.cfm? titel=a Totalt finns i januari 2009 14 946 olika tidskrifter så det måste räcka! Vill Du ha andra tidskrifter kan Du själv betala kostnaden och vända Dig till BMC s bibliotek. Du måste läsa hela originalartikeln eller den del Du refererar till och det går inte bara att läsa sammandraget. Det är nödvändigt att använda en dator på Universitetet för att komma åt dessa tidskrifter! Claës kommer att gå igenom hur man söker litteratur om ämnet man vill skriva om på molekylärgenetiken den 23 januari och sedan tillsammans med Sonja Entzenberg från Institutionen för nordiska språk, berätta mer i detalj hur man skriver den 20 februari. En vetenskaplig referens refererar till en artikel eller bok eller en elektronisk tidskrift. De tidskrifter som finns i Elektroniska tidskrifter vid Uppsala universitet kan utgöra sådana referenser. Genom att välja dessa tidskrifter kan Du också vara säker på att 2
källorna är tillförlitliga. De flesta vetenskapliga artiklarna är på engelska och det är meriterande att använda flera engelskspråkliga artiklar. För att skriva en allmän inledning kan man ha stor hjälp av NE (Nationalencyklopedin) men inte Wikipedia som inte är faktagranskad. Använd aldrig en okontrollerad källa som Wikipedia. Vilken målgrupp skriver jag för? Du skall alltid utgå från att det är Dina kurskamrater som är målgruppen Du skriver för. Så sådana termer som de inte känner till måste Du förklara och sådant som gåtts igenom på grundkurserna behöver inte i detalj beskrivas. Hur disponerar jag min pm? Du börjar med att skriva Ditt namn och Din e-postadress, Ditt personnummer samt vilken kurs Du läser och handledarnamn. Härefter sätter Du en titel på Ditt arbete. Benämn inte Din PM med ämnets namn för då blir det svårt att hitta det i lagringen utan använd istället Ditt efternamn och därefter Ditt förnamn (t.ex Johansdotter.Anna.doc). Ibland känns det svårt att komma igång för man tycker man behöver ha en allmän inledning. Ett bra sätt är att läsa om ämnet i Nationalencyklopedin och då kan man referera till den också. (Den referensen räknas dock inte till de sex vetenskapliga som krävs för PM!). Precisera först en frågeställning! Inled arbetet med en inledning, som följs av en avhandling av ämnet och en avslutning/sammanfattning/värdering. Det är oftast lämpligt att börja med att just beskriva vilken/vilka frågeställningar som skall bearbetas i arbetet och därefter skriva avhandlingsdelen först. Härefter skriver Du avslutningen och allra sist inledningen (!). Du kan gärna sätta rubriker när Du skriver Din PM och sedan ta bort dem när Din PM är färdig! Det brukar vara en god hjälp för dispositionen! Bra underrubriker lockar läsaren att fortsätta att läsa och är positivt för bedömningen. Försök skriva så lätt text som möjligt. Det är mycket förtjänstfullt att också objektivt värdera olika forskningsresultat som är motstridiga och som Du får kunskap om i arbetet. Tyng inte med oförklarade medicinska 3
termer! Arbetet blir sämre av obegripliga termer! Vill Du använda vissa termer kan det vara klokt att göra en ordlista och förklara begreppen. Förklara alltid termen första gången Du omnämner den och ha alltid samma beteckning på en sak och stava på samma sätt (alltid med stor bokstav eller aldrig med stor bokstav, men var konsekvent!). Sjukdomsnamn skrivs med liten bokstav liksom generiska läkemedelsnamn. Ofta är Dina referenser skrivna på engelska och då kan Du ofta inte göra ordagranna översättningar utan måste skriva om texten så att det blir god svenska och därvid kan ett engelskt ord behöva översättas med flera svenska ord ibland t.o.m. med en hel mening. Även engelsk text måste skrivas om när den översätts till svenska och inte översättas ordagrant för då är det risk att det blir plagiat. I den svenska delen skall Du vara noga med att inte särskriva ord och att böja orden rätt (t-genus och n-genus). Hur skriver jag det engelska sammandraget? I det engelska sammandraget sammanfattar Du all information som finns i den svenska delen. I sammandraget får Du inte ha några referenser och inte ta upp information som inte finns med i den svenska delen. Du placerar sammandraget precis efter titeln på arbetet före den svenska inledningen. I den engelska texten skall Du vara noga med rak ordföljd och anpassa verbformerna till subjektet. Hur hanterar jag facktermer? Det är mycket viktigt att kunna skriva begripliga sammanfattningar av olika uppgifter i ett framtida yrkesliv och många studenter har tränat detta mycket litet. Ett problem är att finna goda svenska ord för vad man skall beskriva och i denna PM accepteras inte "svengelska termer"! När det inte finns svenska ord för ett begrepp måste man försöka skapa ett nytt begrepp. Man säger annars att det har blviti en domänförlust, vilket alltså innebär att man på svenska inte kan skriva eller tala om ett visst begrepp. Vissa engelska termer är svåra att förklara och översätta till god svenska, men försök! En hjälp i detta sammanhang är biotermgruppens hemsida http://www.tnc.se/bioterm/. Där kan Du också ställa 4
frågor om ord Du inte klarar av själv! Sätt den engelska termen inom parentes första gången Du använder den svenska beteckningen så blir det lättare att förstå. Det är viktigt att artikeln är lättförståelig. Du får inte plagiera text från annan student eller bok/artikel, men korta citat är naturligtvis tillåtna. Om någon gör anspråk på att en text är en egen skapelse och inte uppger källor, är det plagiat. Den nya texten måste ha ett visst mått av självständighet och originalitet. Man kan alltså inte heller göra ordagranna översättningar av engelsk text som nämnts ovan. Förekomsten av plagiat kommer att kontrolleras med hjälp av en databas Urkund dit alla PM sänds i sin slutversion innan de kommer till Claës. Var noggrann med att få med alla referenser i referenslistan. Om referenser saknas kan det allså anses som plagiat och PM underkännas. 5
Följ svenska och engelska grammatiska regler! Skriv fullständiga meningar och gör inga satsradningar (flera meningar i en mening utan bindeord!). Skriv som regel i imperfekt och använd bara presens när informationen är allmänt vedertagen. Se till att varje mening innehåller subjekt och predikat. Hur skriver jag referenserna? I den löpande texten anger Du när Du använt Dig av någon information en referens till varifrån informationen kommer. Du anger referensen till författaren inom parentes t.ex. om författaren heter Gutell och publicerade arbetet 2008 skriver Du: (Gutell 2008). Om Du refererar till fler än två författare skriver Du t.ex. (Gutell et al 2008). Nedan ges exempel på hur referenser skall skrivas! För att kunna skriva referenslistan måste Du också veta vilket som är författarens förnamn och efternamn. Följer Du inte anvisningarna kommer arbetet att återsändas för ändring. Alltså accepteras inga andra referenssystem än detta här beskrivna. Referera till tryckta publikationer eller tidskrifter som finns bland universitetets elektroniska tidskrifter. Det är Du själv som ansvarar för faktagranskningen av PM men Claës har bred kunskap på området så han hittar ofta uppenbara sakfel. Referenslistan Exempel där Du referar till artiklar som visas nedan: Tidskrift en författare: Johnston, M. 1999. Feasting, fasting and fermenting. Glucose sensing in yeast and other cells. Trends Genet. 15: 29-33 (I texten referar Du till denna artikel som "Johnston, 1999) Tidskrift flera författare: Giettz, R.D., and A. Sugino. 1988. New yeast-escherichia coli shuttle vectors. Gene 74:527-534 [I texten referar Du till denna artikel som (Giettz et al., 1988)] Artikel i bok: Riley, M., and Labedan.1996.Escherichia coli gene products p. 2277-2294. In F.C. Neidhardt (ed.) Escherichia coli and Salmonella, 2nd ed. ASM Press, Washington.D.C. (I texten refererar Du till Riley et al.1996). 6
Bok (utan författar- eller redaktörsnamn): Nationalencyklopedin. Utgivningsår (alternativt webbadress och datum Du besökt den). Nationalencyklopedins förlag, Malmö Om Du tycker att webadresserna tar för mycket plats i texten kan Du numrera dem och hänvisa till siffrorna i numreringen istället. Observera att inget annat sätt att skriva referenserna accepteras. Om Du har fått artikeln genom Elektroniska tidskrifer vid Uppsala universitet kan det ibland vara svårt att veta volymnummer eller sidnummer. Då skall Du ange doi-numret som Du ser som en samling siffror i slutet av webbadressen. Om volym anges men inte sidnummer utan i stället en e-sida anger Du denna. När Du skriver referenserna i texten kan Du skriva referensen före meningens avslutande punkt och då refererar Du till fakta i meningen. Om Du skriver referensen efter punkten hänvisar den till hela föregående stycket. Hantering av arbetet PM-arbetet är ett enskilt arbete, och hanteringen av Era PM är en omfattande procedur där Ni måste följa det uppsatta regelverket för att hanteringen skall kunna ske så snabbt som möjligt. PM-arbetet har varit ett mycket uppskattat inslag i kursen och jag hoppas att Ni också skall tycka att det är roligt att arbeta med det. Det som speciellt har uppskattats är den individuella behandlingen och återkopplingen. När Du får tillbaka Ditt arbete får Du också återkoppling från Claës och Du skall då också meddela vilken glädje Du har haft av återkopplingen för utvecklingen av Din skrivförmåga för att få resultatet godkänt i UPPDOK. Själv tycker Claës det är väldigt intressant och stimulerande också därför att det ger en möjlighet att möta studenterna individuellt. Parrättning av PM! Du rekommenderas att låta någon kurskamrat läsa igenom Din PM innan Du slutligen lämnar in den. Kamraten kan se olika språkfel och otydligheter vilket kan vara till stor hjälp för Claës som kan spara mycket tid och då kan göra en snabbare rättning. Du får 7
dessutom möjligheten att läsa en annan students PM vilket kan vara mycket stimulerande och trevligt 8
Hur lämnar jag in mitt arbete? Du sätter samman Din text till ett dokument som Du sätter Ditt efternamn, förnamn på (t.ex Carlsson.Anna.doc). Många använder sina ämnesnamn som dokumentnamn men gör inte det för då är det omöjligt att hitta Era PM i min dator. Arbetet skall lämnas som ett Worddokument som kan rättas och kompletteras av handledaren. Lämna aldrig ett dokument i pdf-format. Sedan skickar Du slutversionen av Ditt via Urkund till Claës (Claes.Linder.uu@analys.urkund.se) som bilaga till ett e-brev, varav det framgår vem som skickat bilagan. När Du rättat Din PM behöver Du som regel inte skicka den mera genom Urkund. Urkund granskar att ingenting är plagierat. Upptäcks plagiering i Din PM analyseras detta närmare. Visar det sig att det är fusk anmäls detta till Disciplinnämnden. För att bedömas måste pm skickas in till Urkund senast den 31 mars kl. 22. Din PM kan underkännas om den är plagierad, dåligt genomarbetad eller inte följer anvisningarna. Då måste Du välja nytt ämne. Du kan begära förlängd inlämningstid om Du i god tid före 31 mars anmäler detta, annars får Du återkomma under höstterminen 2009. Återkoppling Första gången Ditt arbete bedöms får Du återkoppling på innehåll, språk, sammanhang och disposition. Du skall då som ovan nämnts svara med att kommentera vilken nytta Du haft av återkopplingen. Spara dokument och återkoppling på Din dator Genom att Du sparar dokumentet på Din dator och återkopplingen kan Du följa Din egen utveckling av kommunikativ förmåga i utbildningen. Du uppmanas att göra det. Claës sparar också alla dokument och återkopplingar. Språkverkstaden http://www.nordiska.uu.se/sprakverkstaden/ Språkverkstaden är öppen för alla studenter vid Uppsala universitet som själva känner behov av hjälp eller vill förbättra sin förmåga när det gäller skriftlig eller muntlig framställning. Både i 9
universitetsstudierna och i arbetslivet behövs en god förmåga att hantera språket i tal och skrift. Språkverkstaden erbjuder alla studenter hjälp med att utveckla denna förmåga. Vid Språkverkstaden finns möjlighet att boka tid med någon av handledarna. Du kan få hjälp både med svenska och engelska, dock gör inte Språkverkstaden korrekturläsning. Om Du har problem t.ex med dyslexi kan Du få hjälp att kontakta Studenthälsan. Vid Din kontakt med Språkverkstaden är det enklast om Du kontaktar Sonja Entzenberg som väl känner till apotekarstudenternas PM-skrivning (Sonja.Entzenberg@nordiska.uu.se). Sonja möter Ni på presentationen av PM den 19 mars. För att få VG på kursen i Mikrobiologi och immunologi måste PM vara godkänt vid avslutandet av kursen (dvs i samband med inläggningen av tentamensresultaten i UPPDOK). Det är många saker som studenterna måste tänka på när de skriver PM. Kontrollera dessa saker innan Du lämnar in Din PM: 1. Hela Din PM skall vara sammanfattad till ett dokument med Ditt efternamn, förnamn som dokumentbenämning och insändas före den 31 mars kl.22.00 till Claës. 2. Namn, personnummer, e-postadress och kurs samt vilken termin arbetet utförts skall vara angivet överst på första sidan. Härunder anger Du titel för PM på svenska. Sedan kommer Ditt engelska sammandrag ( abstract ) följt av den svenska texten som börjar med att Du skriver en kort inledning. Härefter kommer avhandling och sist en sammanfattning och diskussion. Du får själv välja om Du vill ha underrubriker eller inte men som regel rekommenderas underrubriker som lockar läsaren att läsa vidare. 3. Var noga med att böja pronomen och adjektiv rätt, dvs rätt form om det är den-kön (n-genus) eller det-kön (t-genus). Var också noga med syftningar så att Du har rätt syftningsform (rätt kön!). Om Du tycker det är svårt att skriva så använd alltid korta meningar då blir texten lättare grammatiskt riktig. 4. Alla genbeteckningar och latinska benämningar överhuvud taget skall vara kursiverade (När Du skriver kursiv stil blir det tvärtom!). 10
Genprodukter skrivs som regel med vanlig stil men med första bokstaven som versal (Stor bokstav!). Sjukdomsnamn skrivs som regel med liten bokstav i svenskan. På svenska skriver man gramnegativ men på engelska Gram-negative. 5. Kontrollera att referenserna är skrivna med fullständig titel. Minst två artiklar från 2008 eller 2009 och fyra äldre skall finnas med i referenslistan. Referenserna måste skrivas som anvisats ovan! Det engelska sammandraget skall endast innehålla information som finns i själva arbetet och inga referenser anges där! 6. PM måste innehålla ny information som inte presenterats på föreläsningar eller redovisningar och skall gå utöver vad som står i kurslitteraturen och utgöra en fördjupning inom ämnesområdet och kommer att kontrolleras för förekomst av plagiat. 7. Kontrollera den engelska stavningen. Var noga med predikatformerna så att de har rätt form i förhållande till meningarnas subjekt (tänk speciellt på s i tredje person singularis). Tänk på rak ordföljd i engelskan! Veckodagar och månader skrivs med stor bokstav i engelskan, decimalbråk är decemalpunkt på engelska. Det finns alltid möjlighet att kontrollera stavning och grammatik med speciella program på Din dator. Använd dessa och följ anvisningarna! 7. Tänk på att det heter bacterium i singularis och bacteria i pluralis. På samma sätt böjs liknande ord som t.ex. flagellum. Använd inte förkortningar som isn t i vetenskaplig text. Tänk på att kan inte skrivs på engelska i ett ord, cannot. 8. Försök finna svenska ord för engelska begrepp, "svengelska" accepteras inte. Är Du osäker, sätt den engelska termen inom parentes första gången den omnämns! Kontakta gärna Biotermgruppen, se ovan! 9. På svenska har vi ofta sammansatta ord när engelskan delar upp orden i två; t.ex. virulence factor översätts med virulensfaktor! Att särskriva ord på svenska är ett av de vanligaste felen i Era PM. 11
10. Var noga med den anvisade längden av PM. Låt datorn beräkna antalet ord i Din PM så att det stämmer! All löpande text räknas (alltså även referenser som finns med i den löpande texten), men däremot inte bildtexter eller tabeller. 12
Ämnesförslag Du kan välja ämne fritt inom något av områdena som behandlas i kurserna, men vill Du ha litet hjälp så kan Du se igenom listan här och då är det den som anmäler sig först som får ta ämnet. Molekylärgenetik (allmännare del) Ett rekombinant läkemedel (från kloningsarbete till färdig produkt). (Olika studenter kan välja olika läkemedel) Sekvensering av det humana genomet. Vilken nytta har vi av HUGO? Riktad mutagenes och dess användning inom gentekniken. Gentekniska metoder som används inom växtförädling. Craig Venter byter ut arvsmassan på en bakterie! Hur kan man påvisa faderskap? Grönt fluorescerande protein, vad kan man ha för nytta av det i sin forskning? Matriser för studier av genuttryck Diabetes typ II och proteinupplagring Prioner hos jäst Prionsjukdomar hos människa Ti-plasmider och växtförädling RNA-interferens X-kromosominaktivering Ärftliga sjukdomar, diagnostik och behandling Amyloidos Alzhemiers sjukdom Parkinsons sjukdom Downs syndrom Progeri (för tidigt åldrande) Albinism Vitiligo (vitfläckssjuka) PKU Huntingtons sjukdom Cystisk fibros Muskeldystrofi Ames test 13
Sicklecellanemi Talassemi Hemofili Färgblindhet Muskeldystrofi Fragilt-X Turners syndrom Cri de chat Vitamin D-resistent rakitis Sicklecellanemi Tallasemi Genetiska orsaker till uppkomsten av glaucom Associationsstudier omfattande hela det mänskliga genomet för att finna genetiska orsaker till folksjukdomar Genetisk undersökning av fostervattensprover Inavel och ärftliga sjukdomar Genterapi för behandling av en specifik ärftlig sjukdom. (Olika studenter kan välja olika sjukdomar) Bakteriologi Jättebakterier (Epulopiscium, Thiomargarita, Thioploca) Kvävefixering hos ärtväxter Biofilmbildning och kvorumreglering. Sporulering hos bakterier. PCR som diagnostisk metod för påvisande av virala/bakteriella infektioner. Kolerabakterier i badvatten i Sverige! Kolibakterier som indikatorer på vattenrenhet Vilka sjukdomar ger rickettsior? Stafylokockinfektioner Streptokocker, scharlakansfeber och halsfluss Toxic shock syndrome, tampongsjuka Lunginflammation orsakad av pneumokocker Hur smittas man av Staphylococcus saprophyticus som ger urinvägsinfektion men inte finns i normalfloran? Syfilis Sjukhusinfektioner 14
Lunginflammation av Pseudomonas aeruginosa Kikhosta Hjärnhinneinflammation orsakad av Neisseria meningitidis Infektioner av Haemophilus influenzae Legionärssjuka Bakeriella infektioner hos AIDS-sjuka Difteri Stelkramp Botulism Hjärhinneinflammation orsakad av bakterier/virus Pseudomembranös kolit och dess orsak Borrelia Mycoplasma som orsak till lunginflammation Campylobacter jejuni Yersinia enterocolitica Acinetobacter Enterokockinfektioner Salmonellos Tyfoidfeber Listeria-infektion Könssjukdomen klamydia Egyptisk ögonsjuka Chlamydia pneumoniae Mjältbrand Bacillus cereus och mjältbrand Myggbekämpning med Bacillus thuringiensis Klebsiella, en bakterie som kan fixera kväve. Vilken nytta har den av det? Spädbarnsdiarré orsakad av kolibakterier i tredje världen Bartonella Wolbachia-infektion hos insekter påverkar avkommans könsfördelning! Bakterier som kan växa på antibiotika Nya antibiotika som avväpnar patogena bakterier Kolistin, ett nygammalt antibiotikum Nya antibiotika som hämmar celldelningen Nya antibiotika som hämmar anaerob respiration Virologi 15
En fag är nödvändig för att kolera skall ge upphov till sjukdom! Virofager, virus som angriper virus Fagterapi Adenovirusinfektioner Könssjukdomen Herpes Mässling Röda hund och fosterskador Cytomegalovirusinfektion Vinterkräksjuka Blåtungevirus Rabies Herpesvirusorsakad hjärnhinneinflammation Könssjukdomen herpes Bältros och vattkoppor Erythema infectiousum Smittkoppor Ockelbosjuka Denguefeber Ebola Förkylningsvirus Mul- och klövsjuka HIVs ursprung Xeroderma pigmentosum Påssjuka LYCKA TILL! Claës Linder Uppsala den 9 januari 2009 Claës Linder Kursledare 16