Beställningsinformation AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP 100 Tests P/N: 20759414 122 Specimen Preparation Kit ART: 07 5941 4 US: 83315

COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test CT FÖR IN VITRO-DIAGNOSTISK ANVÄNDNING. Beställningsinformation AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP 100 Tests P/N: 20759414 122 Specimen Preparation Kit ART: 07 5941 4 US: 83315 AMPLICOR CT/NG CT/NG AMP 96 Tests P/N: 20759902 122 Amplification Kit ART: 07 5990 2 US: 83319 COBAS AMPLICOR CT DK 100 Tests P/N: 20757497 122 Chlamydia trachomatis ART: 07 5749 7 Detection Kit US: 83277 COBAS AMPLICOR DK 100 Tests P/N: 20757470 122 Detection Reagents Kit ART: 07 5747 0 US: 83276 COBAS AMPLICOR WB 500 Tests P/N: 20759899 123 Wash Buffer ART: 07 5989 9 US: 83314 Följande kit kan användas för detektion av Neisseria gonorrhoeae i prover som amplifieras med AMPLICOR CT/NG amplifieringskit. Detektion av Neisseria gonorrhoeae är ett användaralternativ. COBAS AMPLICOR NG DK 100 Tests P/N: 20757535 122 Neisseria gonorrhoeae ART: 07 5753 5 Detection Kit US: 83278 Följande kit kan användas för detektion av CT/NG internkontroll som amplifieras med AMPLICOR CT/NG amplifieringskit. Detektion av CT/NG-internkontroll är ett användaralternativ när urinprover eller pinnprover som tagits i klamydiaodlingstranportmedium testas. Detektion av internkontroll är obligatoriskt vid testning av pinnprover som tagits och transporterats med AMPLICOR STD pinnprov- och transportkit. COBAS AMPLICOR IC DK 100 Tests P/N: 20757608 122 Internal Control Detection Kit ART: 07 5760 8 US: 83281 Följande kit kan användas för uppsamling och transport av pinnprov från livmoderhals och urinrör. AMPLICOR STD STD SWAB 50 Tests P/N: 20753920 122 Swab Specimen Collection ART: 07 5392 0 and Transport Kit US: 83075 6/2008, Revision 7.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 1/35 P/N: 03788334 190

Avsedd användning Testet COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis (CT) är ett kvalitativt in vitro-test för detektion av C. trachomatis DNA i kliniska prover på COBAS AMPLICOR Analyzer. I testet används PCR-nukleinsyreamplifiering och nukleinsyrehybridisering för detektion av C. trachomatis i urogenitala prover. Sammanfattning och förklaring av testet Klamydia är gramnegativa, icke-motila bakterier som existerar som obligata intracellulära parasiter i eukaryota celler på grund av deras oförmåga att syntetisera ATP. Genuset Chlamydia består av fyra rapporterade arter: C. trachomatis, C. psittaci, C. pecorum och C. pneumoniae (TWAR). C. psittaci och C. pecorum är huvudsakligen animala patogener 1-3. C. trachomatis-infektioner är idag den främsta orsaken till sexuellt överförbara sjukdomar (STD) i världen med ungefär 89,1 miljoner fall årligen. 4 I USA rapporteras ungefär 3 miljoner fall per år 5. C. trachomatis orsakar infektion i livmoderhalsen, underlivssjukdom, spädbarnskonjunktivit, lunginflammation hos spädbarn, urinrörskatarr, bitestikelinflammation och inflammation i ändtarmen 1,6. C. trachomatis är även den främsta orsaken (ungefär 25 55 % av fallen) till icke-gonokock urinrörskatarr hos män. Bland kvinnor kan obehandlade klamydiainfektioner få allvarliga följder. Eftersom cirka tre fjärdedelar av dessa infektioner är asymtomatiska, är det många fall som inte upptäcks och förblir obehandlade. Detta leder till följdproblem, i synnerhet hos gravida kvinnor. Spädbarn som fötts av klamydiasmittade mödrar löper stor risk att utveckla konjunktivit och lunginflammation. Testprincip Det finns flera metoder med vilka man kan upptäcka C. trachomatis i kliniska prover. Dessa metoder innefattar direkt Giemsa-färgning av smittad vävnad, detektion av klamydiainklusionskroppar i infekterade odlingsceller med fluorescerande antikroppsfärgning, direkt antigendetektion med fluorescerande antikroppsfärgning och nukleinsyreprober 1,7-9. Odling är högst specifik men är mindre än 100 % känslig när den används i den medicinska rutinen. Eftersom klamydiaodling inte är 100 % känslig, har det föreslagits att flera icke-odlingstester används som kan identifiera smittade prover som cellodlingen missar 10. Andra testmetoder än odling används för att identifiera organismkomponenter (protein eller nukleinsyra) som antas korrelera med infekterande organismer. Dessa metoder kan detektera ytterligare positiva prover som odlingen missar. Eftersom dessa metoder är mindre än 100 % specifika, har verifiering av C. trachomatis-antigen eller nukleinsyra med en alternerande metod rekommenderats (1993 CDC recommended action) 4. Testet COBAS AMPLICOR CT baseras på fyra grundläggande principer: extraktion, PCR-amplifiering 11.12 av target DNA med hjälp av CT-specifika komplementära primers, hybridisering av de amplifierade produkterna till oligonukleotidprober som är target-specifika, samt detektion av de probbundna amplifierade produkterna genom kolorimetrisk bestämning. Utveckling av PCR-analys involverar identifiering av den särskilda region i target- DNA som ska amplifieras och syntetisering av två korta biotinylerade oligonukleotid-primers som är komplementära till regionerna som omger 2/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 6/2008, Revision 7.0

Chlamydia trachomatis målsekvensen. Dessa biotinylerade primers binder till det komplementära omgivande området, och DNA-polymeraset förlänger sekvensen i 5' to 3'-riktningen med hjälp av överskott av deoxinukleotidtrifosfater (dntps) i reaktionsblandningen och skapar därmed en biotinylerad, komplementär DNA-sekvens som kallas amplicon. En oligonukleotidprob, specifik för amplicon, är bunden till ett fast stöd (mikropartiklar) och används för hybridisering (capture) av amplicon. Analysens detektionssystem använder ett avidin-hrp som binder till det biotinylerade amplicon som fångas på mikropartiklarna. Ett väteperoxidsubstrat och tetrametylbenzidinkromofor används för kolorimetrisk bestämning. Testet COBAS AMPLICOR CT är en multiplex-analys som möjliggör samtidig amplifiering av C. trachomatis target DNA, Neisseria gonorrhoeae target DNA och CT/NG internkontroll (CT/NG IC) DNA. Master Mix-reagenset innehåller biotinylerade primerpar specifika för C. trachomatis, N. gonorrhoeae och CT/NG IC. Detektion av N. gonorrhoeae amplifierat DNA kan utföras om användaren vill. Detektion av CT/NG IC är obligatoriskt vid testning av pinnprover som tagits och transporterats med AMPLICOR STD pinnprov- och transportkit. Detektion av CT/NG IC kan utföras om användaren vill när urinprover eller pinnprover testas som tagits och transporterats i klamydiaodlingstranportmedium. Extraktion PCR-amplifiering Urogenitala epitelceller som samplas upp på provtagningspinnar eller pelleteras från urin behandlas med ett detergentlösning som frigör klamydia-dna som finns i retikulära klamydiakroppar. Ytterligare en detergentlösning tillsätts sedan som förbereder det lyserade provet för amplifiering. Urval C. trachomatis innehåller, förutom kromosomalt DNA, en kryptisk plasmid (ungefärlig storlek 7500 baspar) som är gemensam för alla C. trachomatisserovarer 13,14. Testet COBAS AMPLICOR CT använder biotinylerade primers CP24 och CP27 för att definiera en sekvens med cirka 208 nukleotider inom den kryptiska DNA-plasmiden i C. trachomatis. Amplifiering av target Bearbetade prover tillsätts i amplifieringsblandningen i amplifieringsrör (A-rör) där PCR-amplifiering sker. Reaktionsblandningen värms så att den dubbelsträngade DNA-kedjan denatureras och de specifika primer-målsekvenserna på den kryptiska plasmiden i C. trachomatis exponeras. När blandningen svalnar binder biotinylerade primers CP24 och CP27 till target DNA. Vid förekomst av överskott av deoxinukleosidtrifosfater (dntps), inklusive deoxiadenosin-, deoxiguanosin-, deoxicytidin- och deoxiuridin- (i stället för deoxitimidin) trifosfater, förlänger värmebeständigt Thermus aquaticus DNA-polymeras (Taq pol) bundna primers längs målmallarna och skapar en 208-baspars dubbelsträngad DNA-molekyl kallad amplicon. COBAS AMPLICOR Analyzer upprepar automatiskt detta förfarande ett angivet antal cykler, varvid varje cykel fördubblar mängden amplicon-dna. Amplifiering av internkontroll I enzymbaserade amplifieringsprocesser, t.ex. PCR, kan effektiviteten minskas av hämmare som kan förekomma i det kliniska provet. CT/NG internkontroll möjliggör identifiering av bearbetade prover innehållande ämnen som kan störa PCR-amplifieringen. CT/NG internkontroll är ett icke smittsamt rekombinant plasmid-dna med primerbindningsregioner identiska med C. trachomatis- 6/2008, Revision 7.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 3/35

målsekvensensens, en randomiserad intern sekvens med samma längd- och baskomposition som C. trachomatis-målsekvensen, och en unik probbindningsregion som särskiljer CT/NG internkontroll från target-amplicon. Dessa egenskaper valdes för att ge samma amplifiering för CT/NG internkontroll och C. trachomatis target DNA. CT/NG internkontrollreagenset inkluderas i AMPLICOR CT/NG amplifieringskit och tillsätts i varje amplifieringsreaktion för att amplifieras tillsammans med target DNA från det kliniska provet. Det valfria COBAS AMPLICOR detektionskitet för internkontroll innehåller en IC-specifik oligonukleotid captureprob som kan användas för identifiering av en positiv IC-signal i reaktionsblandningen. CT/NG internkontroll är utformad för identifiering av prover som innehåller hämmare som kan störa amplifieringen och detektion av 20 eller fler kopior av C. trachomatis-target nukleinsyra, fastställd genom Poisson-analys. Detektion av CT/NG internkontroll kan utföras om användaren vill när urinprover eller pinnprover testas som tagits och transporterats i klamydiaodlingstranportmedium. Detektion av CT/NG IC är obligatoriskt vid testning av pinnprover som tagits och transporterats med AMPLICOR STD pinnprov- och transportkit. Selektiv amplifiering Selektiv amplifiering av target-nukleinsyra från det kliniska provet kan göras med testet COBAS AMPLICOR CT genom användning av AmpErase (uracil-nglykosylas) och deoxiuridintrifosfat (dutp). AmpErase-enzymet identifierar och katalyserar nedbrytning av DNA-strängar som innehåller deoxiuridin 15, men inte DNA-strängar som innehåller deoxitymidin. Deoxiuridin finns inte i naturligt förekommande DNA, men alltid i amplicon på grund av användningen av deoxiuridintrifosfat i stället för deoxitymidintrifosfater som en av dntps i Master Mix-reagenset. Följaktligen innehåller endast amplicon deoxiuridin. Deoxiuridin gör kontaminerande amplicon känsligt för nedbrytning av AmpErase-enzym före amplifiering av target DNA. AmpErase, som ingår i Master Mix-reagenset, katalyserar klyvning av DNA innehållande deoxiuridin vid deoxiuridinresterna genom att öppna deoxiriboskedjan vid C1-positionen. Vid uppvärmningen i det första värmecykelsteget vid alkaliskt ph på Master Mix brister amplicon-dnakedjan i deoxyuridinpositionen, varvid DNA-kedjan blir icke-amplifierbar. AmpErase-enzym är inaktivt vid temperaturer över 55 C, d.v.s. genom alla termocykelsteg. Därför förstörs inte target amplicon. Efter amplifiering denatureras eventuellt resterande enzym genom tillsats av denatureringslösning, vilket förhindrar nedbrytning av target amplicon. AmpErase-enzymet i testet COBAS AMPLICOR CT har visat sig inaktivera minst 10 3 kopior av C. trachomatis amplicon innehållande deoxiuridin per PCR. Hybridiseringsreaktion Efter PCR-amplifiering tillsätter COBAS AMPLICOR Analyzer automatiskt denatureringslösning till A-rören för kemisk denaturering av CT amplicon och CT/NG internkontroll-amplicon så att enkelsträngat DNA bildas. Portioner av denaturerad amplicon överförs sedan till detektionskoppar (D-koppar). En suspension av magnetpartiklar täckta med en oligonukleotidprob som är specifik för C. trachomatis (eller internkontroll, om användaren önskar) tillsätts i var och en av D-kopparna. Biotinmärkt CT och CT/NG internkontroll-amplicon hybridiseras till de målspecifika oligonukleotidproberna som är bundna till magnetpartiklarna. Hybridiseringen av amplicon till den målspecifika proben ökar testets allmänna specificitet. 4/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 6/2008, Revision 7.0

Chlamydia trachomatis Detektionsreaktion Efter hybridiseringsreaktionen tvättar COBAS AMPLICOR Analyzer magnetpartiklarna i D-kopparna så att obundet material avlägsnas och tillsätter sedan avidin-hrp. Avidin-HRP binder till biotinmärkt amplicon som hybridiseras till målspecifika oligonukleotidprober vilka är bundna till magnetpartiklarna. COBAS AMPLICOR Analyzer avlägsnar obundet konjugat genom att tvätta magnetpartiklarna och tillsätter sedan en substratlösning som innehåller väteperoxid och 3,3',5,5'-tetrametylbensidin (TMB) till varje D-kopp. Vid förekomst av väteperoxid katalyserar partikelbundet HRP oxidation av TMB så att ett färgat komplex bildas, vars absorbans mäts av COBAS AMPLICOR Analyzer vid en våglängd på 660 nm. Reagenser AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP 100 Tests P/N: 20759414 122 Specimen Preparation Kit ART: 07 5941 4 AMPLICOR CT/NG extraktionskit US: 83315 CT/NG URINE WASH (CT/NG urintvättbuffert) Tris-HCl-buffert 300 mm natriumklorid < 0,1 % rengöringsmedel 0,09 % natriumazid CT/NG LYS (CT/NG lyseringsreagens) Tris-HCl-buffert < 1 % solubiliserande ämne 0,09 % natriumazid CT/NG DIL (CT/NG spädningsmedel) Tris-HCl-buffert 6 mm magnesiumklorid < 25 % rengöringsmedel 0,05 % natriumazid 1 x 50 ml 1 x 25 ml 2 x 50 ml AMPLICOR CT/NG CT/NG AMP 96 Tests P/N: 20759902 122 Amplification Kit ART: 07 5990 2 AMPLICOR CT/NG amplifieringskit US: 83319 CT/NG MMX (CT/NG huvudblandning) Tris-HCl-buffert EDTA 100 mm kaliumklorid Glycerol < 0,016 % dutp < 0,01 % AmpliTaq (Taq DNA-polymeras, mikrobiellt) < 0,005 % datp, dctp, dgtp < 0,01 % AmpErase (uracil-n-glykosylas) (mikrobiellt) < 0,0004 % SS01, SS02, CP24 och CP27 primers, biotinylerade 0,05 % natriumazid 3 x 1,8 ml 6/2008, Revision 7.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 5/35

CT/NG IC (CT/NG internkontroll) Tris-HCl-buffert < 0,001 % icke smittbärande rekombinant plasmid-dna (mikrobiellt) innehållande CT-primerbindningsekvenser och en unik probbindningsregion < 0,005 % poly ra RNA (syntetisk) EDTA Amarant-färgämne 0,05 % natriumazid CT (+) C [C. trachomatis (+)-kontroll] Tris-HCl-buffert < 0,001 % icke smittbärande rekombinant plasmid-dna (syntetiskt) innehållande C. trachomatis-sekvenser < 0,005 % poly ra RNA (syntetisk) < 0,5 % rengöringsmedel EDTA 0,05 % natriumazid NG (+) C [C. trachomatis ( )-kontroll] Tris-HCl-buffert < 0,001 % icke smittbärande rekombinant plasmid-dna (syntetiskt) innehållande N. gonorrhoeae-sekvenser < 0,005 % poly ra RNA (syntetisk) < 0,5 % rengöringsmedel EDTA 0,05 % natriumazid 3 x 0,1 ml 1 x 0,8 ml 1 x 0,8 ml COBAS AMPLICOR CT DK 100 Tests P/N: 20757497 122 Chlamydia trachomatis Detection Kit ART: 07 5749 7 COBAS AMPLICOR US: 83277 Chlamydia trachomatis detektionskit CT PS1 1 x 100 Tests (CT probsuspension 1) MES-buffert < 0,3 % suspension av Dynabeads (paramagnetiska partiklar) täckta med C. trachomatis-specifik oligonukleotid captureprob (CP35) 0,9 % natriumazid CT4 (CT probsuspension 2) Natriumfosfatbuffert 25 % Natriumtiocyanat < 0,2 % solubiliserande ämne + Xn 25 % (viktprocent) natriumtiocyanat 1 x 100 Tests Hälsoskadlig 6/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 6/2008, Revision 7.0

Chlamydia trachomatis COBAS AMPLICOR DK 100 Tests P/N: 20757470 122 Detection Reagents Kit ART: 07 5747 0 COBAS AMPLICOR detektionsreagenskit US: 83276 DN4 (Denatureringslösning) 1,6 % natriumhydroxid EDTA Tymolblått + Xi 1,6 % (viktprocent) natriumhydroxid 1 x 100 Tests Irriterande CN4 (Avidin-HRP konjugat) Tris-HCl-buffert < 0,001 % avidin-hrp Bovint serumalbumin (mammalie) Emulsit 25 (Dai-ichi Kogyo Seiyaku Co., Ltd.) 0,1 % fenol 1 % ProClin 150 konserveringsmedel SB3 (Substrat A) Citratlösning 0,01 % väteperoxid 0,1 % ProClin 150 konserveringsmedel SB (Substrat B) 0,1 % 3,3',5,5'-tetrametylbensidin (TMB) 40 % dimetylformamid (DMF) T 40 % (viktprocent) dimetylformamid (DMF) 1 x 100 Tests 5 x 75 Tests 5 x 5 ml Giftig R: 61-20/21-36 Kan ge fosterskador. Farligt vid inandning och hudkontakt. Irriterar ögonen. S: 53-45 Undvik exponering Begär specialinstruktioner före användning. Vid olycksfall, illamående eller annan påverkan, kontakta omedelbart läkare. Visa om möjligt etiketten. 6/2008, Revision 7.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 7/35

COBAS AMPLICOR WB 500 Tests P/N: 20759899 123 Wash Buffer ART: 07 5989 9 COBAS AMPLICOR tvättbuffert US: 83314 WB (10X-tvättkoncentrat) < 2 % fosfatbuffert < 9 % natriumklorid EDTA < 2 % rengöringsmedel 0,5 % ProClin 300 konserveringsmedel 2 x 250 Tests Varningar och säkerhetsåtgärder För in vitro-diagnostisk användning. Betydelsen av termen kopia i den här metodmanualen är 1 kopia av C. trachomatis target nukleinsyra. En (1) kopia motsvarar den minsta mängd C. trachomatis target nukleinsyra som skulle generera ett positivt PCR-testresultat. Detta test är endast avsett att användas med livmoderhals-, urinrörs- och urinprover. Detta test är inte avsett för användning med svalg, rektal eller andra typer av prover, annat än de som anges. Pipettera inte med munnen. Ät, drick eller rök inte i laboratorium. Använd puderfria engångshandskar, laboratorierock och ögonskydd när du hanterar prover och kitets reagens. Tvätta händerna noga efter hantering av prover och kitets reagenser. Undvik mikrobiell förorening av reagenserna när portioner tas från reagensflaskor. Användning av sterila engångspipetter och pipettspetsar rekommenderas. Sammanför inte reagenser från olika lot eller från olika flaskor i samma lot. Kassera oanvända reagenser och avfall enligt gällande nationella, regionala och lokala föreskrifter. Använd inte kit efter utgångsdatum. Kontakta närmaste Roche-kontor om du vill erhålla informationsblad om materialsäkerhet (MSDS). Arbetsgången på laboratoriet ska börja i pre-amplifieringsområdet och fortsätta mot post-amplifieringsområdet (amplifiering/detektion). Pre-amplifieringsarbetena ska börja med reagensberedning och fortsätta till extraktion. Förbrukningsmaterial och utrustning ska speciellt tilldelas varje pre-amplifieringsarbete och får inte användas för andra arbeten eller flyttas mellan områden. Handskar ska användas i alla områden. Byt handskar innan ett område lämnas. Utrustning och förbrukningsmaterial som används för reagensberedning får inte användas för extraktion eller för pipettering eller bearbetning av amplifierat DNA eller andra källor för target DNA. Förbrukningsmaterial och utrustning för post-amplifiering ska alltid stanna kvar i post-amplifieringsområdet. 8/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 6/2008, Revision 7.0

Chlamydia trachomatis Prover ska behandlas som smittbärande i enlighet med säkra laboratorierutiner som exempelvis de rutiner som beskrivs i Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories 16 och i CLSI-dokument M29-A3 17. Rengör och desinficera noga alla arbetsytor med nyberedd lösning bestående av 0,5 % natriumhypoklorit i avjoniserat eller destillerat vatten. Obs! Vanliga hushållsblekmedel innehåller normalt 5,25 % natriumhypoklorit. En utspädning 1:10 med hushållsblekmedel ger en lösning med 0,5 % natriumhypoklorit. Prover som laboratoriet tar emot med provtagningspinnen i AMPLICOR STM kan ej testas. Dessa prover ska kasseras och ett nytt prov tas. Prover som tagits och transporterats med AMPLICOR STD pinnprov- och transportkit kan hämma PCR. Detektion av CT/NG IC är obligatoriskt när dessa prover testas. För prover som transporteras i Chlamydia-odlingstransportmedium ska provtagningspinnen lämnas kvar i transportröret för att ge visuellt bevis på provinokulering. Testet COBAS AMPLICOR CT/NG för Chlamydia trachomatis utvärderades med prover som transporterades med provtagningspinnen i CTM-röret. CTM-prover transporterade utan provtagninspinnar har inte utvärderats och rekommenderas inte för användning med detta test. Förvaring av urinprov i rumstemperatur i mer än 24 timmar kan leda till nedbrytning av prov. Urinprov som förvaras i rumstemperatur i mer än 24 timmar ska inte användas för testning. CT/NG URINE WASH, CT/NG LYS, CT/NG DIL, CT/NG MMX, CT/NG IC, CT (+) C, NG (+) C, CT PS1 och IC PS1 innehåller natriumazid. Natriumazid kan reagera med bly- eller kopparrör och bilda mycket explosiva metallazider. Förhindra aziduppbyggnad genom att spola med mycket vatten om lösningar som innehåller natriumazid hälls ut i avloppet. Använd ögonskydd, laboratorierock och puderfria engångshandskar när du hanterar DN4, CN4, SB3, SB och Working Substrate (blandad SB3- och SBreagens). Undvik att dessa material kommer i kontakt med hud, ögon och slemhinnor. Tvätta omedelbart med stora mängder vatten vid eventuell kontakt. Brännskador kan annars uppstå. Vid spill av dessa reagenser, späd med vatten innan spillet torkas upp. Undvik att SB eller Working Substrate kommer i kontakt med hud eller slemhinnor. Vid hudkontakt, tvätta genast med stora mängder vatten. SB och Working Substrate innehåller dimetylformamid som har rapporterats vara giftigt i höga orala doser och kan ge fosterskador. Undvik hudkontakt, inandning av rök och förtäring. Vid kontakt med huden, tvätta noga med tvål och vatten och kontakta omedelbart läkare. Rör med skruvkork ska användas vid prov- och kontrollextraktion för att hindra stänk och möjlig överföring av smitta mellan prov. Rör med snäpplock får inte användas. 6/2008, Revision 7.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/35

Förvaring och hantering Frys inte reagenser. Förvara CT/NG LYS i 2 25 C. Förvara CT/NG URINE WASH och CT/NG DIL i 2 8 C. Om en fällning bildas i dessa reagenser vid förvaring, värm till rumstemperatur och blanda noga före användning. Dessa reagenser är hållbara till det angivna utgångsdatumet. Förvara CT/NG MMX och CT/NG IC i 2 8 C. I oöppnad förpackning är dessa reagenser hållbara till angivet utgångsdatum. Working Master Mix (beredd genom tillsats av CT/NG IC i CT/NG MMX) ska förvaras i 2 8 C och är hållbar i 4 veckor. Förvara CT (+) C och NG (+) C i 2 8 C. Dessa reagenser är hållbara till det angivna utgångsdatumet. Förvara CT PS1 och CT4 i 2 8 C. Dessa reagenser är hållbara till det angivna utgångsdatumet. Efter att CT PS1 och CT4 har blandats, är Working Reagent hållbar i 30 dagar i 2 8 C. Working Reagent kan användas till högst 6 instrumentcykler (12 timmar per cykel) och ska förvaras i 2 8 C mellan instrumentcykler. Förvara DN4 i 2 25 C. DN4 är hållbart till angivet utgångsdatum. Efter att förpackningen öppnats är DN4 hållbart i 30 dagar i 2 8 C, dock längst till angivet utgångsdatum. DN4 kan användas för högst 6 instrumentcykler (12 timmar per cykel) och ska förvaras i 2 8 C mellan instrumentcykler. Förvara CN4 i 2 8 C. CN4 är hållbart till angivet utgångsdatum. Efter att förpackningen öppnats är CN4-reagens hållbart i 30 dagar i 2 8 C, dock längst till angivet utgångsdatum. CN4 kan användas för högst 6 instrumentcykler (12 timmar per cykel) och ska förvaras i 2 8 C mellan instrumentcykler. Förvara SB3 och SB i 2 8 C. I oöppnad förpackning är dessa reagenser hållbara till angivet utgångsdatum. Working Substrate ska beredas varje dag genom blandning av SB3 och SB. Working substrate är hållbart i 16 timmar i COBAS AMPLICOR Analyzer. Utsätt inte SB3, SB eller Working Substrate för metaller, oxideringsmedel eller direkt ljus. Förvara WB i 2 30 C. WB är hållbart till angivet utgångsdatum. Undersök WB och värm vid behov i 30 37 C så att eventuell fällning löses upp. Working Wash Buffer (1X) som beretts genom spädning 1:10 av WB med destillerat eller avjoniserat vatten ska förvaras i 2 25 C i COBAS AMPLICOR tvättbuffertbehållare och är hållbar i 2 veckor från beredningsdatum. Förvara delvis använda detektionsreagenser i 2 8 C mellan instrumentkörningarna. Kontrollera utgångsdatum för Working Reagents innan de laddas i COBAS AMPLICOR Analyzer. 10/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 6/2008, Revision 7.0

Chlamydia trachomatis Material som medföljer AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP P/N: 20759414 122 Specimen Preparation Kit ART: 07 5941 4 AMPLICOR CT/NG extraktionskit US: 83315 CT/NG URINE WASH (CT/NG urintvättbuffert) CT/NG LYS (CT/NG lyseringsreagens) CT/NG DIL (CT/NG rengöringsmedel) AMPLICOR CT/NG CT/NG AMP P/N: 20759902 122 Amplification Kit ART: 07 5990 2 AMPLICOR CT/NG amplifieringskit US: 83319 CT/NG MMX (CT/NG huvudblandning) CT/NG IC (CT/NG internkontroll) CT (+) C [C. trachomatis (+)-kontroll] NG (+) C [C. trachomatis ( )-kontroll] COBAS AMPLICOR CT DK P/N: 20757497 122 Chlamydia trachomatis Detection Kit ART: 07 5749 7 COBAS AMPLICOR US: 83277 Chlamydia trachomatis detektionskit CT PS1 (CT probsuspension 1) CT4 (CT probsuspension 2) COBAS AMPLICOR DK P/N: 20757470 122 Detection Reagents Kit ART: 07 5747 0 COBAS AMPLICOR detektionsreagenskit US: 83276 DN4 (Denatureringslösning) CN4 (Avidin-HRP konjugat) SB3 (Substrat A) SB (Substrat B) 6/2008, Revision 7.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 11/35

COBAS AMPLICOR WB P/N: 20759899 123 Wash Buffer ART: 07 5989 9 COBAS AMPLICOR tvättbuffert US: 83314 WB (10X-tvättkoncentrat) Material som behövs men som inte medföljer Provtagning Pinnprov från livmoderhals och urinrör: Använd endast provtagningspinnar med toppar av dacron, rayon eller kalciumalginat och skaft av plast eller annat ickealuminiummaterial. Använd endast 2SP eller SPG odlingstransportmedium, Bartels ChlamTrans klamydiatransportmedium (Trinity Biotech Plc.), M4 MicroTest odlingstransportsystem eller M4RT MicroTest odlingstransportsystem (Remel, Inc.) Urinprovsbehållare i polypropylen utan konserveringsmedel M4RT MicroTest odlingstransportsystem - Female (x100) (Remel, Inc.) M4RT MicroTest odlingstransportsystem - Male (x100) (Remel, Inc.) Pre-amplifiering reagensberedningsområde COBAS AMPLICOR A-ring utrustad med 12 A-rör COBAS AMPLICOR A-ringhållare Eppendorf Multipette pipett med 1,25 ml Combitip behållare (steril, styckförpackad) Pipetter (kapacitet 100 µl)* med spets som har aerosolbarriär eller positiv förskjutning Vortexmixer Engångshandskar, puderfria Pre-amplifiering prov- och kontrollextraktionsområdet 2,0 ml polypropylenrör med skruvkork, sterila, ej silikonbehandlade, koniska (Sarstedt 72.693.005 eller motsvarande)** Rörrack (Sarstedt 93.1428 eller motsvarande) Sterila transferpipetter, graderade Pipetter (kapacitet 50 µl, 100 µl, 200 µl, 250 µl, 500 µl och 1 000 µl)* med spets med aerosolbarriär eller positiv förskjutning Mikrocentrifug (max. RCF 16 000 x g, min. RCF 12 500 x g); Eppendorf 5415C, HERMLE Z230M eller motsvarande Förlängda aerosolbarriärspetsar (Matrix 7055 eller motsvarande) för användning med prover som transporteras i Bartels ChlamTrans klamydiatransportmedium (Trinity Biotech Plc.), M4 MicroTest odlingstransportsystem eller M4RT MicroTest odlingstransportsystem (Remel, Inc.) 37 C ± 2 C värmeblock 12/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 6/2008, Revision 7.0

Chlamydia trachomatis Vortexmixer Absorberande papper Engångshandskar, puderfria Post-amplifiering amplifierings-/detektionsområde COBAS AMPLICOR Analyzer och skrivare Användarhandbok för COBAS AMPLICOR Analyzer Tillval: Programmet AMPLILINK inklusive: Datastation för programmet AMPLILINK, med skrivare Användarhandbok till programmet AMPLILINK version 2.4-serien för användning med analysinstrumentet COBAS AMPLICOR (för användning med programmet AMPLILINK, v2.41) eller applikationshandbok till programmet AMPLILINK version 3.2-serien för användning med instrumentet COBAS AmpliPrep, analysinstrumentet COBAS TaqMan, analysinstrumentet COBAS TaqMan 48 och analysinstrumentet COBAS AMPLICOR (för användning med programmet AMPLILINK, v3.2-serien) Rack för D-koppar Destillerat eller avjoniserat vatten 5 ml serologiska pipetter Graderad cylinder (min. 1 liter) Vortexmixer Engångshandskar, puderfria * Pipetterna ska ha en noggrannhet inom 3 % av angiven volym. Spetsar med aerosolbarriär eller positiv förskjutning ska användas då så anges för att hindra överföring av smitta mellan prov och amplicon. ** Rör med skruvkork ska användas för prov- och kontrollextraktion för att hindra stänk och möjlig överföring av smitta mellan prover och kontroller. Rör med snäpplock får inte användas. Provtagning, transport och förvaring av prover Obs! Hantera alla prover som potentiellt smittbärande. Endast följande prover är godkända: 1. Urinprover (från män och kvinnor) transporterade i rena polypropylenbehållare. Använd inte urinprover i behållare som innehåller konserveringsmedel. 2. Prover från livmoderhals och urinrör uppsamlade och transporterade i AMPLICOR STD pinnprov- och transportkit. Detektion av CT/NG IC är obligatoriskt när dessa prover testas. 3. Prover från livmoderhals och urinrör uppsamlade och transporterade i: 2SP eller SPG odlingstransportmedium, Bartels ChlamTrans klamydiatransportmedium (Trinity Biotech Plc.), 6/2008, Revision 7.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 13/35

M4 MicroTest odlingstransportsystem (Remel, Inc.), M4RT MicroTest odlingstransportsystem (Remel, Inc.). Medialoter måste vara kvalificerade för användning i varje laboratorium (se avsnittet Kvalitetskontroll för mer information). För tillförlitliga testresultat, följ instruktionerna nedan så att provtagningen blir korrekt. Detta test är inte avsett för användning med svalg, rektal eller andra typer av prover, annat än de som anges. För att säkerställa leverans av högkvalitativa prover till laboratoriet för testning ska urinprov och urogenitala pinnprover transporteras på så kort tid som möjligt till laboratoriet. Prover får inte transporteras utan kontrollerade temperaturförhållanden. Provtagning Obs! Urinprover Patienten får inte ha urinerat under de två närmast föregående timmarna. 1. Samla 10 till 50 ml av det första av urinstrålen (den första delen av strålen) i en ren polypropylenbehållare utan konserveringsmedel. 2. Förslut provbehållaren och märk den. Följ tillverkarens riktlinjer för provtagning och transport. Provet kan transporteras till testplatsen i rumstemperatur 18 25 C. Pinnprover uppsamlade i AMPLICOR provtransportmedium (STM) 1. Avlägsna slem från exocervix med en av de tjocka provtagningspinnarna. Kasta pinnen. 2. För in den andra tjocka provtagningspinnen i livmoderhalskanalen till dess att spetsen på pinnen inte längre är synlig. 3. Rotera 3 5 sekunder. Dra ut. Undvik kontakt med vaginala ytor. 4. Sätt pinnen i AMPLICOR STM-röret. Vispa eller skaka kraftigt med pinnen i vätskan i 15 sekunder. Obs! Om pinnen är i kontakt med STM mer än 15 sekunder kan det leda till PCR-inhibition. 5. Tryck ut vätska från pinnen genom att pressa pinnen mot rörväggen. Avlägsna överflödigt slem i provet genom att samla upp det på pinnen. Pressa ut eventuell kvarbliven vätska ur slemmet genom att trycka pinnen mot rörväggen. Dra ut pinnen och ta bort eventuellt kvarblivet slem som samlats på den. Släng pinnen. Sätt i korken på röret. 6. Förslut provbehållaren och märk den. Följ tillverkarens riktlinjer för transport. Förvara proverna i rumstemperatur fram till transporten till laboratoriet. Pinnprover uppsamlade i odlingstransportmedium (CTM) 1. Pinnprover från livmoderhals och urinrör kan tas och transporteras i 1 till 3 ml 2SP eller SPG odlingstransportmedium, Bartels ChlamTrans klamydia- 14/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 6/2008, Revision 7.0

Chlamydia trachomatis transportmedium (Trinity Biotech Plc.), M4 MicroTest odlingstransportsystem eller M4RT MicroTest odlingstransportsystem (Remel, Inc.). Använd rekommenderade metoder för att ta kolonnlika celler och kolonnlika skivepitelceller när slem från livmoderhalsen har avlägsnats 16. 2. Använd endast provtagningspinnar med toppar av dacron, rayon eller kalciumalginat med skaft av plast eller annat icke-aluminiummaterial. Använd inte provtagningspinnar med skaft av trä eller aluminium. 3. Lämna kvar provtagningspinnarna i odlingstransportmediet. Förslut provbehållaren och märk den. Följ tillverkarens riktlinjer för provtagning och transport. Placera pinnprover i kylskåp om transport till laboratoriet sker först efter mer än en timme från provtagningstillfället. Transport av prover Urinprover 1. Urinprover kan transporteras till testplatsen i 18 25 C. Urinprover är hållbara i 24 timmar i 18 25 C. Urinprover som inte behandlas inom 24 timmar efter provtagning ska förvaras i 2 8 C och behandlas inom 7 dagar efter provtagning. Urinprover som inte kan bearbetas inom 7 dagar efter provtagning kan förvaras i 20 C eller kallare och testas inom 30 dagar efter uppsamling. 2. Urinprover som ska levereras till avlägsna testplatser ska transporteras över natten med garanterad ankomst inom 24 timmar. Leverans kan ske i 18 25 C. Om urinprover transporteras i 18 25 C ska de förvaras i 2 8 C fram till transporttidpunkten, så att förvaringstiden i 18 25 C inte överstiger 24 timmar. Vid transport av prover ska gällande bestämmelser för transport av etiologiska agens följas 18. Pinnprover uppsamlade i AMPLICOR provtransportmedium (STM) 1. Pinnprover är hållbara i 10 dagar i 18 25 C. Pinnprover ska förvaras i rumstemperatur och bearbetas inom 10 dagar efter provtagning. 2. Pinnprover som måste transporteras till avlägsna testcenter ska förvaras i rumstemperatur fram till transporttidpunkten. De ska transporteras i rumstemperatur och anlända till testplatsen så att de kan bearbetas inom 10 dagar efter provtagning. Vid transport av prover ska gällande bestämmelser för transport av etiologiska agens följas 18. Pinnprover uppsamlade i odlingstransportmedium (CTM) 1. Pinnprover kan transporteras till testplatsen i 18 25 C förutsatt att den totala förvarings- och transporttiden i 18 25 C är mindre än 1 timme. Placera pinnprover i kylskåp om transport till laboratoriet sker först efter mer än en timme från provtagningstillfället. 2. Pinnprover som ska levereras till avlägsna laboratorier ska transporteras i kylskåpstemperatur så snart som möjligt efter provtagning. Följ laboratoriets rutiner för transport av klamydiaodlingsprov. Vid transport av prover ska gällande bestämmelser för transport av etiologiska agens följas 18. 6/2008, Revision 7.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 15/35

Förvaring av prover Obs! Rutinnedfrysning eller förlängd förvaring av prover kan påverka resultaten. Urinprover 1. Urinprover som inte behandlas inom 24 timmar efter provtagning ska förvaras i 2 8 C och måste bearbetas inom 7 dagar efter provtagning. Urinprover som inte kan bearbetas inom 7 dagar efter provtagning kan förvaras i 20 C eller kallare i upp till 30 dagar. Pinnprover uppsamlade i AMPLICOR provtransportmedium (STM) 1. Pinnprover är hållbara i 10 dagar i 18 25 C. Pinnprover ska förvaras i 18 25 C och behandlas inom 10 dagar efter provtagning. 2. Pinnprover ska förvaras i rumstemperatur fram till leveranstidpunkten. De ska transporteras i 18 25 C och anlända till testplatsen så att de kan bearbetas inom 10 dagar efter provtagning. Pinnprover uppsamlade i odlingstransportmedium (CTM) 1. Placera pinnprover i kylskåp om transport till laboratoriet eller bearbetning av proverna sker först efter mer än en timme från provtagningstillfället. Pinnprover som ska levereras till avlägsna laboratorier ska transporteras så snart som möjligt efter provtagning. Följ laboratoriets rutiner för transport av klamydiaodlingsprov. 2. Förvara pinnprover som inte testas vid ankomst till testlaboratoriet i 2 8 C och bearbeta inom 7 dagar. Pinnprover som inte kan bearbetas inom 7 dagar efter provtagning ska förvaras i 20 C eller kallare och testas inom 30 dagar efter provtagning. Bruksanvisning Obs! Obs! Obs! Detaljerad information om användning, utskrift av resultat och tolkning av flaggor och kommentarer finns i (1) användarhandboken till analysinstrumentet COBAS AMPLICOR och (2) vid användning av programmet AMPLILINK, v2.41, i användarhandboken till programmet AMPLILINK version 2.4-serien för användning med analysinstrumentet COBAS AMPLICOR eller, vid användning av programmet AMPLILINK v3.2-serien, i applikationshandboken till programmet AMPLILINK version 3.2-serien för användning med instrumentet COBAS AmpliPrep, analysinstrumentet COBAS TaqMan, analysinstrumentet COBAS TaqMan 48 och analysinstrumentet COBAS AMPLICOR. Samtliga reagenser ska ha rumstemperatur före användning. Använd pipetter med spets med aerosolbarriär eller positiv förskjutning om så anges. Var ytterst noga med att säkerställa selektiv amplifiering. Urin- och pinnprover ska ha rumstemperatur före användning. Använd pipetter med spets med aerosolbarriär eller positiv förskjutning om så anges. Var ytterst noga med att säkerställa selektiv amplifiering. 16/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 6/2008, Revision 7.0

Chlamydia trachomatis Obs! PCR-inhibitionen kan minskas genom att de bearbetade proverna förvaras i 2-8 C över natten innan de tillsätts i Working Master Mix 21. Obs! Omgångsstorlek: Rör med skruvkork ska användas vid prov- och kontrollextraktion för att hindra stänk och möjlig överföring av smitta mellan prover. Rör med snäpplock får inte användas. Ett kit innehåller reagens för åtta körningar med 12 prover, vilka kan utföras separat eller samtidigt. Minst ett replikat vardera av C. trachomatis (+)-kontroll och C. trachomatis ( )-kontroll måste ingå i varje testkörning (se avsnittet Kvalitetskontroll ). Obs! NG (+)-kontroll fungerar som CT ( )-kontroll för testet COBAS AMPLICOR CT. Varje förpackning med extraktionsreagens räcker till 100 test. CT (+)-kontroll och NG (+)-kontroll är förpackade i engångsflaskor och räcker till att bereda 8 set med bearbetade kontroller. CT/NG Master Mix och CT/NG internkontroll är förpackade i tre flaskor som räcker till 32 test vardera inklusive prover och kontroller. Reagenserna utnyttjas bäst om prover och kontroller bearbetas i grupper som är multiplar av 12. Arbetsflöde Reagensberedning Testet COBAS AMPLICOR CT kan slutföras på en dag eller delas upp på två dagar. Följ anvisningarna i avsnitten Reagensberedning, Prov- och kontrollextraktion, Amplifiering och detektion i tur och ordning, om testet ska slutföras på en och samma arbetsdag. Du kan slutföra testet på 2 dagar om provextraktion utförs dag 1, och reagensberedning, kontrollextraktion, amplifiering och detektion utförs dag 2. Alternativt kan reagensberedning, prov- och kontrollextraktion samt tillsats av extraherade prover och kontroller till Master Mix utföras dag 1 och amplifiering och detektion dag 2. Utförs i: Pre-amplifiering reagensberedningsområde 1. Fastställ det antal A-ringar som behövs för testning av patientprov och kontroller. Placera A-ringen på A-ringhållaren. Obs! Även om CT/NG internkontrollsdetektion inte utförs, ska CT/NG IC tillsättas i Master Mix. 2. Bered Working Master Mix genom att tillsätta 100 µl CT/NG IC till en flaska med CT/NG MMX. Det är inte nödvändigt att mäta volymen Master Mix. Tillsätt 100 µl CT/NG IC till hela flaskan med CT/NG MMX. Sätt tillbaka korken på röret och blanda väl genom att vända röret 10-15 gånger. Vortexa inte Working Master Mix. Det rosa färgämnet i CT/NG IC används för visuell bekräftelse på att CT/NG IC har tillsatts i CT/NG MMX. Kassera återstående CT/NG IC. Blanda väl genom att vända röret 10-15 gånger. Working Master Mix ska förvaras i 2 8 C och användas inom 4 veckor efter beredning. 3. Tillsätt 50 µl Working Master Mix i varje A-rör med hjälp av en repetitionspipett eller en pipett med spets som har aerosolbarriär eller positiv förskjutning. Stäng inte skydden på A-rören ännu. 6/2008, Revision 7.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 17/35

4. Placera A-ringarna med Working Master Mix i en återförslutbar plastpåse och förslut påsen ordentligt. Flytta A-ringarna till pre-amplifiering extraktionsområdet. Förvara A-ring(ar) med Working Master Mix i 2 8 C i pre-amplifiering extraktionsområdet tills prov- och kontrollextraktionen är klar. Working Master Mix är hållbar i 48 timmar i 2 8 C i A-rör inneslutna i plastpåse. Extraktion Utförs i: Pre-amplifiering extraktionsområde Urinprover 1. Märk ett 2,0 ml rör med skruvkork för varje patientprov. Rör med snäpplock får inte användas. 2. Tillsätt 500 µl av CT/NG URINE WASH i vart och ett av de märkta rören. 3. Vortexa urin noga (3 10 sekunder). Om frusna prover används, tinas proverna i rumstemperatur innan de vortexas (större volymer än 2 ml ska tinas över natten i 2 8 C). Fortsätt processen även om en fällning bildas. Ta försiktigt bort korkarna från behållarna med urinprov. Var noga med att inte förorena handskarna med urin i korken. Byt ut handskarna mot ett rent par om de skulle förorenas innan du fortsätter med nästa prov. 4. Tillsätt 500 µl av varje väl blandat urinprov i de märkta rören med CT/NG URINE WASH. Använd en ny aerosolbarriärspets för varje prov. Sätt tillbaka korkarna på rören och blanda väl genom att vortexa. 5. Inkubera i 37 C i 15 minuter. 6. Centrifugera vid 12 500 x g i 5 minuter. 7. Häll av supernatant och torka varje rör på ett eget absorberande papper. 8. Tillsätt, med hjälp av en pipett med en ny aerosolbarriärspets för varje prov, 250 µl CT/NG LYS i varje rör. Sätt tillbaka korkarna på rören och blanda väl genom att vortexa. 9. Inkubera rören i 15 minuter i rumstemperatur. 10. Tillsätt, med hjälp av en pipett med en ny aerosolbarriärspets för varje prov, 250 µl CT/NG DIL i varje rör. Sätt tillbaka korkarna på rören och blanda väl genom att vortexa. 11. Centrifugera rören i 12 500 x g i 10 minuter. 12. Bearbetade prover kan förvaras i rumstemperatur i upp till 2 timmar innan portionerna överförs till A-rören som innehåller Working Master Mix. Förvara bearbetade prover i 2 8 C om portionerna inte överförs till A-rören inom 2 timmar. Bearbetade prover förvarade i 2 8 C måste testas inom 7 dagar. 13. Om de bearbetade proverna förvarades i 2 8 C måste de värmas till rumstemperatur och blandas väl genom att vortexas före amplifiering. Centrifugera bearbetade prover i 10 minuter i 12 500 x g efter vortexing. 18/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 6/2008, Revision 7.0

Chlamydia trachomatis 14. Överför med hjälp av en pipett med aerosolbarriärspets 50 µl av supernatanten till A-röret. Använd en ny aerosolbarriärspets för varje prov. Var försiktig så att pelleten inte vidrörs (pelleten kanske inte är klart synlig). Anteckna positionerna för patientproverna på en A-ringkarta. Sätt lock på A-rören. 15. Förvara återstoden av varje bearbetat prov i 2 8 C i de fall då de behöver testas om. Omtestning måste utföras inom 7 dagar efter bearbetning av prover. Pinnprover Pinnprover transporterade i AMPLICOR provtransportmedium (STM) Obs! Detektion av CT/NG IC är obligatoriskt när dessa prover testas. 1. Kontrollera AMPLICOR STM-provets transportrör. Om ett prov har transporterats i ett rör med en provtagningspinne, ska detta prov kasseras och ett nytt prov tas. 2. Pipettera 1 ml CT/NG DIL i varje transportrör. Använd en ny steril pipett för varje rör. 3. Sätt tillbaka korken på röret. Vortexa i 5-10 sekunder. 4. Inkubera i rumstemperatur i 10 minuter. 5. Bearbetade prover kan förvaras i rumstemperatur i upp till 2 timmar innan portionerna överförs till A-rören som innehåller Working Master Mix. Förvara bearbetade prover i 2-8 C om portionerna inte överförs till A-rören inom 2 timmar. Bearbetade prover förvarade i 2 8 C ska testas inom 4 dagar. 6. Om de bearbetade proverna förvaras i 2 8 C, ska de värmas till rumstemperatur och blandas väl genom att vortexas före amplifiering. 7. Överför med hjälp av en pipett med aerosolbarriärspets 50 µl av varje bearbetat prov till A-röret. Anteckna positionerna för patientproverna på en A-ringkarta. Sätt lock på rören. 8. Förvara återstoden av varje bearbetat prov i 2-8 C i de fall då de behöver testas om. Omtestning måste utföras inom 4 dagar efter bearbetning av prover. Pinnprover transporterade i odlingstransportmedium (CTM) Obs! Testet COBAS AMPLICOR CT har utvärderats med 2SP eller SPG odlingstransportmedium, Bartels ChlamTrans klamydiatransportmedium (Trinity Biotech Plc.), M4 MicroTest odlingstransportsystem eller M4RT MicroTest odlingstransportsystem (Remel, Inc.). Användning av alternativa transportmedier måste utvärderas av laboratoriet. 1. Kontrollera att odlingstransportröret innehåller en pinne. Det finns inte några resultatspecifikationer för detta test för prover som inte innehåller provtagningspinnar. 2. Märk ett 2,0 ml rör med skruvkork för varje patientprov. Rör med snäpplock får inte användas. 6/2008, Revision 7.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 19/35

3. Tillsätt 100 µl CT/NG LYS i de märkta 2 ml polypropylenrören. 4. Blanda väl genom att vortexa. Om proverna förvarades frusna, tina i rumstemperatur före vortexing. Ta försiktigt bort korkarna från provrören. Se noga till att inte handskarna förorenas. Byt ut handskarna mot ett rent par om de skulle förorenas innan du fortsätter med nästa prov. 5. Tillsätt med hjälp av en pipett med en ny aerosolbarriärspets 100 µl väl blandat prov i röret som innehåller CT/NG LYS. Använd en ny aerosolbarriärspets för varje prov. Sätt tillbaka korkarna på rören och blanda väl genom att vortexa. 6. Inkubera i rumstemperatur i 10 minuter. 7. Tillsätt, med hjälp av en pipett med en ny aerosolbarriärspets för varje prov, 200 µl CT/NG DIL i varje rör. Sätt tillbaka korkarna på rören och blanda väl genom att vortexa. 8. Inkubera i rumstemperatur i 10 minuter. 9. Bearbetade prover kan förvaras i rumstemperatur i upp till 2 timmar innan portionerna överförs till A-rören som innehåller Working Master Mix. Förvara bearbetade prover i 2-8 C om portionerna inte överförs till A-rören inom 2 timmar. Bearbetade prover förvarade i 2 8 C måste testas inom 7 dagar. 10. Om de bearbetade proverna förvarades i 2 8 C måste de värmas till rumstemperatur och blandas väl genom att vortexas före amplifiering. 11. Överför med hjälp av en pipett med aerosolbarriärspets 50 µl av varje bearbetat prov till motsvarande A-rör. Använd en ny aerosolbarriärspets för varje prov. Anteckna positionerna för patientproverna på en A-ringkarta. Sätt lock på A-rören. 12. Förvara återstoden av varje bearbetat prov i 2 8 C i de fall då de behöver testas om. Omtestning måste utföras inom 7 dagar efter bearbetning av prover. Kontrollextraktion Obs! Obs! Obs! Del A. Arbetskontroller: Utförs i: Pre-amplifiering kontrollextraktionsområde Arbetskontroller måste beredas varje dag som testet utförs. Arbetskontroller kan användas för att bereda flera bearbetade kontroller under dagen. De ska dock kasseras i slutet av dagen. CT (+)-kontroll fungerar som positiv kontroll för CT-testet. NG (+)-kontroll fungerar som negativ kontroll för CT-testet. Om både pinn- och urinprover testas är det viktigt att bereda en uppsättning kontroller för varje provtyp. Bered följande CT (+) och CT ( ) arbetskontroller. A1. Tillsätt med hjälp av en steril pipettspets 1 ml CT/NG DIL i vart och ett av två 2 ml polypropylenrör med skruvkork. Märk ett rör med CT (+)- arbetskontroll och det andra röret med CT ( )-arbetskontroll. 20/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 6/2008, Revision 7.0

Chlamydia trachomatis A2. Vortexa CT (+) C och NG (+) C i 5 sekunder med maximal hastighet. Ta försiktigt bort korkarna från provrören. Se noga till att inte handskarna förorenas. Byt ut handskarna mot ett rent par om de skulle förorenas innan du fortsätter med nästa prov. A3. Tillsätt med hjälp av en pipett med en ny aerosolbarriärspets 100 µl CT (+) C i röret som är märkt CT (+)-arbetskontroll. A4. Tillsätt med hjälp av en pipett med en ny aerosolbarriärspets 100 µl NG (+) C i röret som är märkt CT ( )-arbetskontroll. A5. Sätt tillbaka korkarna på rören och blanda väl genom att vortexa. Förvara i rumstemperatur och kassera i slutet av arbetsdagen. Del B. Urin och AMPLICOR STD-pinnprov: Bered följande CT (+) och CT ( ) behandlade kontroller. B1. Tillsätt med hjälp av en steril pipettspets 250 µl av CT/NG LYS i vart och ett av två 2 ml polypropylenrör med skruvkork. Märk ett rör med CT (+) bearbetad kontroll och det andra röret med CT ( ) bearbetad kontroll. B2. Tillsätt med hjälp av en pipett med en ny aerosolbarriärspets 250 µl CT (+) arbetskontroll i röret som är märkt CT (+) bearbetad kontroll. B3. Tillsätt med hjälp av en pipett med en ny aerosolbarriärspets 250 µl CT ( ) arbetskontroll i röret som är märkt CT ( ) bearbetad kontroll. B4. Sätt tillbaka korkarna på rören och blanda väl genom att vortexa. Inkubera i rumstemperatur i 10 minuter. Förvara i rumstemperatur och kassera i slutet av arbetsdagen. B5. Överför med hjälp av en pipett med aerosolbarriärspets 50 µl av varje bearbetat prov till motsvarande A-rör. Sätt kork på A-rören och anteckna positionerna för kontrollerna på A-ringskartan. B6. Flytta de extraherade proverna (patientproverna och kontrollerna) i A-ringarna till post-amplifieringsområdet. De PCR-färdiga proverna kan förvaras i 2 8 C i högst 16 timmar. Del C. CTM-pinnprover: Bered följande CT (+) och CT ( ) behandlade kontroller. C1. Tillsätt med hjälp av en steril pipettspets 100 µl CT/NG LYS till vart och ett av två 2 ml polypropylenrör med skruvkork. Märk ett rör med CT (+) bearbetad kontroll och det andra röret med CT ( ) bearbetad kontroll. C2. Tillsätt med hjälp av en steril pipettspets 100 µl odlingstransportmedium i varje rör som innehåller CT/NG LYS. C3. Sätt tillbaka korkarna på rören och blanda väl genom att vortexa. C4. Tillsätt med hjälp av en pipett med en ny aerosolbarriärspets 200 µl av CT (+)-arbetskontroll till röret som är märkt CT (+) bearbetad kontroll. C5. Tillsätt med hjälp av en pipett med en ny aerosolbarriärspets 200 µl av CT ( )-arbetskontroll i röret som är märkt CT ( ) bearbetad kontroll. 6/2008, Revision 7.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 21/35

C6. Sätt tillbaka korkarna på rören och blanda väl genom att vortexa. Inkubera i rumstemperatur i 10 minuter. Förvara i rumstemperatur och kassera i slutet av arbetsdagen. C7. Överför med hjälp av en pipett med aerosolbarriärspets 50 µl av varje bearbetat prov till motsvarande A-rör. Sätt kork på A-rören och anteckna positionerna för de bearbetade proverna och kontrollerna på A-ringskartan. C8. Flytta de extraherade proverna (patientproverna och kontrollerna) i A-ringarna till post-amplifieringsområdet. Dessa PCR-färdiga prover kan förvaras i 2 8 C i högst 16 timmar. Amplifiering och Detektion Utförs i: Post-amplifiering amplifierings-/detektionsområde Utför dagligt underhåll av instrumentet, inklusive: Torka av initieringsposten med en fuktad luddfri duk och torka Tvätta D-koppens hanteringsspets med en fuktad luddfri duk och torka torrt Kontrollera tvättbuffertbehållaren och fyll på om det behövs Bered Working Wash Buffer (1X) så här. Undersök WB och värm vid behov i 30 37 C så att eventuell fällning löses upp. Tillsätt 1 volym WB till 9 volymer destillerat eller avjoniserat vatten. Blanda väl. Se till att det alltid finns minst 3 4 liter tvättbuffert (1X) i systemets tvättbuffertbehållare. Töm avfallsbehållaren Utför prime på systemet Kontrollera sprutor och slangar under priming Kontrollera överföringsspetsen under priming Före varje körning: Kontrollera avfallsbehållaren och töm den om det behövs Kontrollera tvättbuffertbehållaren och fyll på om det behövs Byt ut använda D-koppsrack Utför prime på systemet Laddning och systemdrift av analysinstrumentet COBAS AMPLICOR 1. Undersök reagensmängderna i analysinstrumentet COBAS AMPLICOR. Förbered tillräckligt många reagenskassetter för arbetsbelastningen. 2. Blanda CT PS1 väl genom att vortexa. Tillsätt 2,5 ml CT PS1 i CT4- kassetten. Placera kassetten på det testspecifika reagensracket. Kassera den använda CT PS1-flaskan. Anteckna beredningsdatum på kassetten med CT4. Obs! Obs! Om detektionen av internkontroll inte utförs, gå till steg 4. I annat fall, fortsätt med steg 3. Detektion av CT/NG IC är obligatoriskt vid testning av pinnprover som tagits och transporterats med AMPLICOR STD pinnprov- och transportkit. 3. Blanda IC PS1 väl genom att vortexa. Tillsätt 2,5 ml IC PS1 i kassetten med IC4. Placera kassetten på det testspecifika reagensracket. Kassera den använda IC PS1-flaskan. Anteckna beredningsdatum på IC4-kassetten. 22/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 6/2008, Revision 7.0