Utmaningar för bioinformatiken inom industri och akademi



Relevanta dokument
Assessing GIS effects on professionals collaboration processes in an emergency response task

Room E3607 Protein bioinformatics Protein Bioinformatics. Computer lab Tuesday, May 17, 2005 Sean Prigge Jonathan Pevsner Ingo Ruczinski

Introduction to the Semantic Web. Eva Blomqvist

Exam Molecular Bioinformatics X3 (1MB330) - 1 March, Page 1 of 6. Skriv svar på varje uppgift på separata blad. Lycka till!!

Final Course Marks will be combined from the examination and the project:

Syns du, finns du? Examensarbete 15 hp kandidatnivå Medie- och kommunikationsvetenskap

Why WE care? Anders Lundberg Fire Protection Engineer The Unit for Fire Protection & Flammables Swedish Civil Contingencies Agency

Erfarenheter från Hazop användning på programvara i Arte740. Presentation för SESAM Claes Norelöv 4Real AB

Lycka till! Tentamen. Kursens namn: Medicin C, Tumörbiologi Kursens kod: MC1728 Kursansvarig: Anna Göthlin Eremo

Fysisk aktivitet och hjärnan

RUP är en omfattande process, ett processramverk. RUP bör införas stegvis. RUP måste anpassas. till organisationen till projektet

Swedish framework for qualification

UU Innovation FÅR SAMARBETEN ATT VÄXA; IDÉER ATT BLI VERKLIGHET. Cecilia Gullberg Anette Persson Stache

Evaluation Ny Nordisk Mat II Appendix 1. Questionnaire evaluation Ny Nordisk Mat II

Mapping sequence reads & Calling variants

KOL med primärvårdsperspektiv ERS Björn Ställberg Gagnef vårdcentral

Introduktion till Entity Framework och LINQ. Källa och läs mer

EVALUATION OF ADVANCED BIOSTATISTICS COURSE, part I

Perspektivtagande. Magnus Johansson

Molekylär Fysiologi: version

Förändrade förväntningar

/Molekylär Fysiologi: version

Svensk vuxenutbildning i ett Nordiskt perspektiv Stockholm 7 okt 2011 Voice of Users. 20 oktober 2011

Ett hållbart boende A sustainable living. Mikael Hassel. Handledare/ Supervisor. Examiner. Katarina Lundeberg/Fredric Benesch

MÅLSTYRNING OCH LÄRANDE: En problematisering av målstyrda graderade betyg

Läkemedelsupptäckt och utveckling (Drug discovery and development)

Dynamics of Air Transportation System Transition

Helsinki, 30 November Väino Tarandi, KTH & buildingsmart SWEDEN

Komponenter Removed Serviceable

Tillgång till alla globala delar i systemet styrs av denna profil, som i sin tur kopplas till respektive användare.

Klicka här för att ändra format

Investigation of buying in retail companies

3/11: TF i datasal D334 9/1: Fb105 16/1: Fb106 (AF: allmän föreläsning, FF: fördjupad föreläsning, TF: tillämpad föreläsning)

Isometries of the plane

Webbtillgänglighet. Tillgänglighet på webben. Hörselskadades behov. Synskadades behov. Kognitivt funktionshindrades behov. Rörelsehindrades behov

Regional Carbon Budgets

The Salut Programme. A Child-Health-Promoting Intervention Programme in Västerbotten. Eva Eurenius, PhD, PT

Preliminärt chema: kan förekomma små förändringar på kursstart

Vässa kraven och förbättra samarbetet med hjälp av Behaviour Driven Development Anna Fallqvist Eriksson

Materialplanering och styrning på grundnivå. 7,5 högskolepoäng

Kvalitetsarbete I Landstinget i Kalmar län. 24 oktober 2007 Eva Arvidsson

Kursplan. AB1029 Introduktion till Professionell kommunikation - mer än bara samtal. 7,5 högskolepoäng, Grundnivå 1

Molecular Biology Primer

Masterprogrammet i molekylära tekniker inom livsvetenskaperna

Design Service Goal. Hantering av demonterbara delar som ingår i Fatigue Critical Baseline Structure List. Presentatör

Service och bemötande. Torbjörn Johansson, GAF Pär Magnusson, Öjestrand GC

Design planning and modelling

Klassificering av brister från internaudit

Supplemental Instruction (SI) - An effective tool to increase student success in your course

Dynamic Review for Models ProjectWise Navigator

Från osäkerhet till säkerhet ISO för mätning

Swedish adaptation of ISO TC 211 Quality principles. Erik Stenborg

Rev No. Magnetic gripper 3

Viktig information för transmittrar med option /A1 Gold-Plated Diaphragm

PORTSECURITY IN SÖLVESBORG

Kardiovaskulär primärpreven2on i kri2sk belysning vad håller vi på med egentligen?

Solowheel. Namn: Jesper Edqvist. Klass: TE14A. Datum:

Samhälle och karriärutveckling Stockholm sept 2011 Voice of Users

Modern biologi för icke-biologer, 6 hp, 2011

Datavetenskapligt program, N1COS

b) NY KURS (Ange kursnamn, årskurs, önskad läsperiod, schemablocksplacering. Bifoga utkast till kursplan.)

Produktens väg från idé till grav

Kvalitativ design. Jenny Ericson Medicine doktor och barnsjuksköterska Centrum för klinisk forskning Dalarna

Beijer Electronics AB 2000, MA00336A,

Stiftelsen Allmänna Barnhuset KARLSTADS UNIVERSITET

Medicinsk Informatik VT 2002

Resultat av den utökade första planeringsövningen inför RRC september 2005

Kommentar till bilderna. Att spara hörsel för framtiden. Bara det värdefulla är vi beredda att skydda! Hörseln vad kan vi förstå?!

Studieteknik för universitetet 2. Books in English and annat på svenska

A metadata registry for Japanese construction field

FORSKNINGSKOMMUNIKATION OCH PUBLICERINGS- MÖNSTER INOM UTBILDNINGSVETENSKAP

Olika uppfattningar om torv och

Att fastställa krav. Annakarin Nyberg

Implementationsstrategier för PLCS

Eyvind Bergström KATALOGHUS ARKITEKTUR och OBJEKT

Biokemi. Sammanfattande bedömning. Ämnesbeskrivning

Application Note SW

Lycka till! Omtentamen. Kursens namn: Medicin C, Tumörbiologi Kursens kod: MC1728 Kursansvarig: Anna Göthlin Eremo

Klimatpåverkan och de stora osäkerheterna - I Pathways bör CO2-reduktion/mål hanteras inom ett osäkerhetsintervall

Vem är du och vem är jag? Att mäta perspektivtagande utifrån RFT. Ida Mälarstig

Del 2 Processkonsultation Edgar Schein

Biokemi. Biokemi. Kandidatexamen i naturvetenskaper, 180 sp MÅLSÄTTNING

Kanban är inte din process. (låt mig berätta varför) #DevLin Mars 2012

Hur fattar samhället beslut när forskarna är oeniga?

Bridging the gap - state-of-the-art testing research, Explanea, and why you should care

Säkerhetsfunktioner rstå varandra? Finns behov av att avvika från normal säkerhetsfunktion s vissa betingelser under uppstart, ändringar i processen

DET AKADEMISKA SKRIVANDETS POLITISKA EKONOMI. Träff 1, 6/9 2018

Voice over IP / SIP. Switching Costs SIP. Motivation for VoIP. Internet Telephony as PBX replacement. Internet Telephony Modes.

De interaktiva kuddarna Textil som kommunikationsredskap

Design. Vad lärde jag mig förra lekfonen? Hur bidrog jag Fll lärandet? Kravhantering sammanfa0ning 13/04/14

ERS (Electrical Road System) Slide-in project within FFI program

Kristina Säfsten. Kristina Säfsten JTH

Tentamen Molekylärbiologi X3 (1MB608) 10 March, 2008 Page 1 of 5. Skriv svaren på varje fråga på SEPARATA blad.

CHANGE WITH THE BRAIN IN MIND. Frukostseminarium 11 oktober 2018

LARS. Ett e-bokningssystem för skoldatorer.

Urban Runoff in Denser Environments. Tom Richman, ASLA, AICP

Preschool Kindergarten

De interaktiva kuddarna. Textil som kommunikationsredskap

Kvalitativ design. Jenny Ericson Doktorand och barnsjuksköterska Uppsala universitet Centrum för klinisk forskning Dalarna

Styrteknik : Funktioner och funktionsblock

Transkript:

Utmaningar för bioinformatiken inom industri och akademi Per Kraulis Biovitrum AB Industriakademin, 27 okt 2005

Landskapet 1 Homo sapiens genomet klart (nåja) Flera mammalie genom, i användbart skick 1000 bakterie genom (snart) Genidentifiering, annotering Proteinkodande gener identifierade Sköts av stora centra: inget för mindre grupper RNA gener och reglering: mycket att göra

Landskapet 2 Expressionsanalys Mognande teknik och analysmetoder Nya applikationer/analyser? Proteomik Stora dataset, nya typer av data Ex: HPR www.proteinatlas.org Mycket att göra

Landskapet 3 Nätverksanalys Signalering Metabola nätverk Databaser, litteratur (text mining) Systembiologi Modeller av mekanismer, simulering Förklaring av förlopp Men: Prediktion! Varför så skralt?

Förändring av fokus Struktur genom gener proteinsekvenser proteindomäner Processer förlopp nätverk signallering metabolism

Bioinformatics Integrated Pharmacology, Biovitrum Sequence analysis Homologs Orthologs Splice variants Expression patterns Pathway analysis System effects Study design Readouts Biomarkers Target Lead In vitro Animal models In vivo studies CD Drug discovery pipeline Clinical

Tes 1: Sekvensorienterad bioinformatik är rutin Annotering finns i publika DB Verktyg finns tillgängliga Få uppenbara möjligheter till lyft Undantag RNA Fylogenetiska jämförelser

Tes 2: Vissa behov ej uppfyllda Saknas: Annoteringssystem för små grupper med intresse för specifika gener/system Existerande produkter är imperialistiska Idéer: Modell: Dossier eller best current view Editera: web eller specialverktyg Läs: web eller PDF

Tes 3: Nya drug targets från biologi, funktion (inte sekvens) Drug target hunting är passerat kapitel Tillbaka till cellbiologi, farmakologi, mm Hur kan bioinfo hjälpa experimentalisten? Ordna, systematisera litteraturen Designa experiment Välja read outs Handskas med data (DB motsv)

Tes 4: (Bio)informatik krävs för systembiologi Mekanistiska modeller standard (nåja) SBML, Reactome, KEGG, etc Men förloppen som ska simuleras? Datamodeller/databaser saknas! Initialvärden, randvillkor Kontext Dynamiska förändringar

Tes 5: Bioinformatiken måste ta sig an biologiska förlopp Förlopp (processer) är biologins hjärta Den temporala aspekten är central Ex: Vad händer när en cell stimuleras? Ex: Cell cykeln: vilka komponenter, processer? Få databaser/datamodeller! Jmf: Geographical Information Systems (GIS), temporala aspekter forskas kring sedan 15 år

Proto Systems biology? If sufficient regularity can be found between molecular entities and logical and informational outcomes to allow appropriate databases to be built, then genomic and post genomic data could be interrogated more effectively. If successful, this approach would not require detailed kinetic analyses of all processes within cells, but rather rely on more cursory calculations to study phenomena of interest. Paul Nurse, Understanding cells, Nature (424) 2003, 883.

Computable information Unwritten Annotated text Free text Keyword/value data Ontology Relational DB Statecharts, UML Petri Net, logic Diff equ model Simulation

Multiple levels and types in biology Millán & Ridley (2005) Objects Molecules Complexes Compartments Cells Events Reactions Transport Signals Processes

Molecular properties Theory Explanation Prediction Macroscopic structure, dynamics (Computable) information

The predictions Roles of uncharacterized components Behavior after perturbation Suggest points of intervention; drug targets

Part 1: Molecular data Molecular components Genomics, transcriptomics, proteomics, etc Molecular events Interactions Modifications Localisation Explicit data model required for DB!

Part 2: Macroscopic processes Describe macroscopic processes Simulations must be compared with something Goal oriented description? What is required to achieve a specific state? Life processes as projects Goals, milestones Resource usage; scheduling Subprojects, tasks

GeneCV concepts Expression Modification Ras p21 Ras p21 Ras p21 Cell: fibroblast TF: xxx Chem: unmodified Location: cytosol Enzyme: FT Chem: farnesylated Location: membrane Entities Genes Proteins Molecules Complexes States Complexes, member of Modifications Location Transitions Creation Destruction Interactions Regulation Transport

Statecharts David Harel, 1987 Describe reactive computer systems Event driven Responding to external and internal stimuli State transition diagrams extended with: Hierarchy Orthogonality Communication Now part of UML

Statecharts: states and events On Inactive Active Reset Off Fault Error

Statecharts: state hierarchy Inactive On Active Measure Reset Off Fault Error Write

Statecharts: state orthogonality On Active Mode Debug Inactive Reset Off Measure Normal Fault Error Write Debug

Statecharts: conditions Debug_command [User_is_admin] Normal Debug

Modeling T cell transformations Kam, Cohen, Harel 2001

Example: Lysine post transl mod's Methylase Lys Me Lys NH 3 + Deacetylase Acetylase Demethylase Lys NH 2+ CH 3 Lys NH + (CH 3 ) 2 Lys NH COCH 3 Lys N + (CH 3 ) 3

www.reactome.org CSHL, EBI, GO collaboration Entities Generic/concrete No explicit state; no hierarchy of states Events Hierarchy Molecular as well as macroscopic (processes)

www.signaling gateway.org Alliance for Cell Signaling, AfCS Molecules Proteins States No hierarchy Molecular only; complexes are states Location is not state Transitions Conditions?

GeneCV The life of a biomolecule Molecular data only! Creation Maturation Transport Interactions Destruction Mendenhall & Hodge 1998