1 (12) 2016-04-20 Klinisk mikrobiologi Utdrag ur Ackrediteringens omfattning MIK3241-18 Bakteriologisk diagnostik Antikroppsbestämning B. pertussis IgG- och IgA-Ak EIA IU/ml PT-IgG Immunitet Immun; Ej immun Övriga: Påvisade hög nivå/påvisade/negativ S Borrelia IgG- och IgM-Ak EIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S Borrelia IgG- och IgM-Ak /Csv EIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S Chlamydophila pneumoniae IgG- och IgM-Ak S EIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S Difteri toxin-ak S NT IU/ml Immun; Ej immun +/- 1 titersteg S Helicobacter pylori IgG-Ak S EIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S Mycoplasma pneumoniae IgG- och IgM-Ak S EIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S Syfilis IgG- och IgM-Ak CMIA Påvisade/Negativ CV <10% H, S Syfilis IgM-Ak S EIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S Syfilis TPPA /Csv AGGL Påvisade/Gränsvärde/Negativ +/- 1 titersteg S Syfilis VDRL /Csv FLOCKN Påvisade/Gränsvärde/Negativ +/- 1 titersteg S Tetanus IgG-Ak S EIA IU/ml Immun; Ej immun CV 16 % S
2 (12) Blod/Cerebrospinalvätska Bakterier och svamp Blod ODL AE+AN Växt/Ingen växt H, S Bakterier och svamp Csv ODL AE+AN Växt/Ingen växt H, S Svamp Blod ODL Växt/Ingen växt H, S Meningitbakterier DNA CSV/ isolat PCR Positiv/Negativ H, S Faeces Clostridium difficile-toxin B-DNA F PCR Positiv/Negativ H, S EHEC-, EPEC-, ETEC- och EIEC-DNA F PCR Positiv/negativ, vt1- och/eller vt2-, eaea- och bfpa-, eltb- och/eller esta-, ial-generna har påvisats/ej påvisats S Helicobacter pylori-ag F IMKR Positiv/Negativ S Patogena tarmbakterier (Salmonella, Shigella, Yersinia, Campylobacter, Aeromonas, Plesiomonas, Vibrio, Clostridium difficile) F ODL Växt/Ingen växt H Genitala prov Bakterier och svamp Cervix/Uretra ODL Växt/Ingen växt H, S Chlamydia trachomatis-/neisseria gonorrhoeae-dna Mycoplasma genitalium-dna Cervix/Uretra/U/Vaginalsekr et U/ Cervix- och uretrasekret i urin NAT; SDA Positiv/Negativ H PCR Positiv/Negativ H Neisseria gonorrhoeae Sekret/cervix/Uretra/Rektum ODL Växt/Ingen växt H Neisseria gonorrhoeae-dna Sekret/cervix/Uretra/Rektum PCR Positiv/Negativ H
3 (12) Luftvägar Arcanobacterium haemolyticum Sekret/ svalg ODL Växt/Ingen växt S Bordetella pertussis/ parapertussis-dna Chlamydophila pneumoniae-dna Nf-aspirat/Nf-sekret/Svalgsekret/Trakealsekret/Bronk -sekret/bal/sputum Nf-aspirat/Nf-sekret/Svalgsekret/Trakealsekret/Bronk -sekret/bal/sputum PCR Påvisad/ej påvisad S PCR Påvisad/Ej påvisad S Corynebacterium diphtheriae Sekret/svalg/sår ODL Växt/Ingen växt S Legionella Legionella species-dna Legionella pneumophila-dna BAL/luftvägar/trakealsekret /vävnad/ kultur Trakelalsekret/Bronksekret /BAL/Sputum Trakealsekret/Bronksekret/BAL/Sputum ODL Växt/Ingen växt S PCR Påvisad/Ej påvisad S PCR Påvisad/Ej påvisad S Icke-tuberkulösa mykobakterier Kultur SEKV Artbestämning S Mycobacterium tuberculosis-komplexet- och Mykobakterier-DNA Mycobaterium tuberculosis-dna Mykobakterier Mykobakterier Kultur Sekret/vävnader/kroppsvät skor Sekret/vävnader/kroppsvät skor Sekret/vävnader/kroppsvät skor PCR/ HYBR Art och resistensbestämning PCR Påvisad/ Ej påvisad S MIKR Förekomst/Ingen förekomst S ODL Växt/Ingen växt S Mykobacterium tuberculosis-komplexet Kultur RES S/R S S
4 (12) Mycoplasma pneumoniae- DNA Nf-aspirat/Nf-sekret/Svalgsekret/Trakealsekret/Bronk -sekret/bal/sputum PCR Påvisad/ Ej påvisad S Patogena luftvägsbakterier Sekret/Nf/svalg ODL Växt/Ingen växt H, S Patogena bakterier och svamp Patogena bakterier och svamp BAL/Borste/Bronk/gingiva/ sinus Trakelasekret/Bronksekret/ Trakealtubsekret ODL Växt/Ingen växt H, S ODL Växt/Ingen växt H, S Patogena bakterier och svamp Sputum ODL Växt/Ingen växt H, S Sår/Sekret Patogena bakterier Urin Sekret/pus/punktat/dränag e/ Vävnad/pleura kateter/faeces ODL AE+AN Växt/Ingen växt H, S Legionella pneumophila-ag U IMKR Påvisat/Ej påvisat H, S Pneumokock-Ag U IMKR Påvisat/Ej påvisat H, S Patogena bakterier U ODL Växt/Ingen växt H, S Övrigt, bakteriologisk diagnostik Artbestämning av bakterier Kultur Maldi-TOF H, S Bestämning av MIC, minsta hämmande koncentration antibiotika Resistensbestämning Kultur RES, mik mg/l H, S Resistensbestämning Kultur RES; DISK H, S TB-antigen, Interferon-gamma Blod EIA Positiv/Negativ S
5 (12) Mykologisk diagnostik Artbestämning av jästsvamp och mögelsvamp Kultur Maldi-TOF H, S Aspergillus-Ag S/BAL/Bronk EIA Påvisad/Ej påvisad S Aspergillus-DNA Blod/P/Sputum/Bal/Vävnad PCR Positivt/Negativt H Cryptococcus-Ag S/Csv Lateral Flow Assay Negativt/Positivt/Påvisad/ Ej påvisad Dermatofyter, jästsvamp, mögelsvamp Nagel/hudskrap /hår ODL Växt/Ingen växt S Dermatofyt-DNA Nagel/hudskrap (från fötter) PCR Positivt/Negativt S Pneumocystis jiroveci-dna BAL, sputum PCR Positivt/Negativt H Resistensbestämning Kultur EUCAST mg/l S Resistensbestämning Kultur NCCLS mg/l S Resistensbestämning Kultur RES, mik mg/l H, S Resistensbestämning av jästsvamp och Aspergillus mögelsvamp Svamp Svamp Isolat RES, mik mg/l H, S Sekret/vävnader/kroppsvät skor Sekret/vävnader/kroppsvät skor MIKR Fynd/ Inga fynd H, S ODL Växt/Ingen växt H, S Trichophyton interdigitale-dna Nagel/hudskrap (från fötter) PCR Positivt/Negativt S Trichophyton rubrum-dna Nagel/hudskrap (från fötter) PCR Positivt/Negativt S Candida-arter Blod (från blod odlingsflaskor) PNA FISH Hybridisering Påvisat/Ej påvisat H, S H, S
6 (12) Parasitologisk diagnostik Cryptosporidier F MIKR Påvisad/Ej påvisad H Cystor och maskägg F MIKR Påvisad/Ej påvisad H Leishmania Benmärg/sår MIKR Påvisad/Ej påvisad H Malaria Blod MIKR Påvisad/Ej påvisad H, S Mikrofilaria Blod MIKR Påvisad/Ej påvisad H Mikrofilaria Hud MIKR Påvisad/Ej påvisad H Schistosoma U, Rektal vävnad MIKR Påvisad/Ej påvisad H Springmask, Enterobius vermicularis Tapeprov MIKR Påvisad/Ej påvisad H Strongyloides F ODL Påvisad/Ej påvisad H Tarmparasiter-DNA F PCR **POSITIV**/Negativ H Toxoplasma gondii IgG-Ak CMIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S Toxoplasma gondii IgM-Ak CMIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S Toxoplasma gondii-dna Fostervatten PCR Positivt/Negativt H Trophozoiter F, färskprov MIKR Påvisad/Ej påvisad H Trypanosoma Blod MIKR Påvisad/Ej påvisad H Vårdhygienisk diagnostik Bacillus subtilis och Bacillus stearothermophilus Sportest, autoklav och torrsterilisator ODL Sterilt/Osterilt H Bakterier Bassängvatten ODL cfu/ml S
7 (12) Bakterier Cellodlingsmedier mm, med och utan antibiotika, samt graft, benbitar mm ODL cfu/ml H, S Bakterier Modersmjölk ODL cfu/ml H Bakterier Övrigt vatten ODL cfu/ml S Bakterier Bakterier och svamp Trombocytkoncentrat och andra blodprodukter Renat vatten, hemodialysvätska ODL cfu/ml H, S ODL cfu/ml S Bakterier och svamp Hemofiltrationsvätska ODL cfu/ml S Bakterier och svamp Endotoxin Sköljvätska från endoskopdiskdesinfektor, Vatten ODL cfu/ml S EndoSafe- MCS system ESBL, screening F/Sekret/U ODL Växt/Ingen växt H, S Legionella Vatten ODL Växt/Ingen växt S MRSA, nuc screening Näsa/Sekret/U PCR Positiv/Negativ H, S MRSA, verifiering Kultur PCR Positiv/Negativ H, S VRE, screening F/Sekret/U PCR Positiv/ Negativ H VRE verifiering Kultur PCR Positiv/Negativ H EU/mL S
8 (12) Virologisk diagnostik Stora luftvägsviruspaketet Adenovirus-, bocavirus-dna, coronavirus OC43-, coronavirus NL63-, coronavirus HKU1-, coronavirus 229E-,enterovirus-, metapneumovirus-, parainfluensavirus 1, 2 och 3-, rhinovirus-rna Lilla luftvägsviruspaketet Influensavirus A, B och RS-virus RNA Adenovirus Nf-sekret/ Nf-aspirat/ BAL/ trakealsekret Nf-sekret/ Nf-aspirat /BAL/ trakealsekret PCR Positiv/Negativ S PCR Positiv/Negativ H, S, SÖS Adenovirus-DNA PCR; kvant Kopior/mL Negativ, <500-1x10 8, CV <50% H Adenovirus-DNA F/Ögonsekret/svalg PCR Positiv/Negativ H, S CMV CMV-DNA Vävnad PCR Positiv/Negativ H CMV-DNA BAL/P/U/S/Bröstmjölk/ Csv PCR; kvant IU/mL Negativ, <500-1x10 8, CV <50% H CMV IgG-Ak CMV IgM-Ak EBV CMIA Au/mL Påvisade/Gränsvärde/Negativ <10% H, S EIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S CMIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S EIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S EBV-DNA PCR; kvant Kopior/mL Negativ, <500-1x10 8, CV <40% H EBV EBNA IgG-Ak CMIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S
9 (12) EBV VCA IgG-Ak EBV VCA IgM-Ak Enterovirus ELFA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S CMIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S ELFA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S CMIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S Enterovirus-RNA Csv/F PCR Positiv/Negativ H, S Hepatit A-, B-, C- och D-virus Hepatit A IgG-Ak S CMIA Positiv/Negativ H, S Hepatit A IgM-Ak CMIA Positiv/Gränsvärde/Negativ H, S Hepatit B core-ak (anti-hbc II) CMIA Positiv/Negativ H, S ChLIA Positiv/Negativ H Hepatit B core IgM-Ak (anti-hbc IgM) CMIA Positiv/Negativ H, S Hepatit B e-ak (anti-hbe) CMIA Positiv/Negativ H, S Hepatit B yt-ak (anti-hbs) CMIA IU/L 0 1000, CV <12% H, S Hepatit B e-ag (HBeAg) CMIA Positiv/Negativ H, S Hepatit B-DNA PCR; kvant IU/mL Negativ, <10 - >1.00E9, CV <25% H Hepatit B yt-ag (HBsAg Qualitative II) CMIA Positiv/Negativ H, S ChLIA Positiv/Negativ H Hepatit C-Ak CMIA Positiv/Negativ H, S ChLIA Positiv/Negativ H Hepatit C-Ak konfirmation S INNO-LIA Positiv/Gränsvärde/Negativ/ H, S
10 (12) Hepatit C-RNA PCR; kvant IU/mL Negativ,<15 - >1.00E8, CV <25% H Hepatit D-Ak S EIA Positiv/Negativ H Herpes simplex Herpes simplex 1- och 2-DNA Csv PCR Positiv/Negativ H, S Herpes simplex 1- och 2-DNA Blåssekret NAT; SDA Positiv/Negativ H Herpes simplex 1- och 2-DNA Sekret/ögon PCR Positiv/Negativ S Herpes simplex 1 och 2 IgG-Ak EIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S Herpes simplexvirus IgG-Ak EIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S Herpesvirus 6 Herpesvirus 6 (HHV-6)-DNA P/S/Benmärg PCR; kvant Kopior/mL Negativ, <500-1x10 8, CV <15% H HIV och HTLV HIV-1/HIV-2-Ag/Ak CMIA Positiv/Negativ H, S ChLIA Postiv/Negativ H HIV-1-/HIV-2-Ak konfirmation IMKR Positiv/Gränsvärde/Negativ H, S HIV p24 antigen och HIV p24 antigen neutralisationstest HTLV-1/HTLV-2-Ak EIA Positiv/Negativ H, S CMIA Positiv/Negativ H, S ChLIA Positiv/Negativ H HIV-1-RNA P PCR; kvant kopior/ml <20 - >1.00E7, CV<25% H Morbillivirus Morbillivirus IgG-Ak EIA miu/ml CV 14% S
11 (12) Morbillivirus IgM-Ak EIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S Morbillivirus-RNA S/U/Nf-aspirat/Nf-sekret PCR Positiv/Negativ S Norovirus Norovirus GI- och GII- RNA F/kräkning PCR Positiv/Negativ H, S, SÖS Parechovirus Parechovirus-RNA Csv/F PCR Positiv/Negativ H, S Parotitvirus Parotitvirus IgG-Ak EIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S Parotitvirus IgM-Ak EIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S Parvovirus B19 Parvovirus B19-DNA Benmärg PCR Positiv/Negativ H Parvovirus B19-DNA PCR; kvant Kopior/mL Negativ, <500-1x10 8, CV<50% H Parvovirus B19 IgG- och IgM-Ak EIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S Rotavirus Rotavirus-RNA F/kräkning PCR Positiv/Negativ H, S Rubellavirus Rubellavirus IgG-Ak EIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S CMIA IU/mL CV <12 % H, S Rubellavirus IgM-Ak ELFA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S
12 (12) EIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S Sapovirus Sapovirus-RNA F/kräkning PCR Positiv/Negativ H, S TBE-virus TBE-virus IgG-Ak EIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S TBE-virus IgM-Ak EIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S Varicella zoster-virus Varicella zoster-virus-dna Blåssekret, Csv PCR Positiv/Negativ H, S Varicella zoster-virus IgG-Ak EIA miu/ml CV 20% S ELFA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S Varicella zoster-virus IgM-Ak EIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ S System: BAL = Bronkoalveolärt lavage, Lkc = Leukocyter, F = Feces, Nf = Nasofarynx, P = Plasma, S = Serum, Csv = Cerobrospinalvätska, U = Urin, Bi = Biopsi Metoder: AGGL = Agglutination, ChLIA = Chemiluminescent Immuno Assay, CMIA = Chemiluminescent Microparticle Immuno Assay, CYTOTOX = Cytotoxintest, EIA = Enzyme Immuno Assay, ELFA = enzymelinked fluorescent antibody assay, FLOCKN = Flockning, FPIA = Fluorescence Polarisation Immuno Assay, IF = Immunfluorescens, IMKR = Immunkromatografi, INNO-LIA = Line immunoassay, KB = Komplementbindning, MEIA = Microparticle Enzyme Immuno Assay, RES, mik = Resistensbestämning vid mikrospädningsmetod, MIF = Immunfluorescens, mikro-, MIKR = Mikroskopi, NAAT= Nucleic Acid Amplification Test, SDA = Strand Displacement Amplification ( Nukleinsyraamplifieringsteknik), NT = Neutralisationstest, ODL = Odling, ODL AE+AN = Odling aerob och anaerob, PCR = Polymerase Chain Reaction, PCR HYBR = Polymerase Chain Reaction Hybridisering, PCR; kvant = Realtids-PCR; kvantitativ, RES; DISK = Resistensbestämning, diskdiffusion,, SEKV = Sekvensering Utrustning: PSH: Primary Sample Handling instrument (Roche); MP96: MagNA Pure 96 (Roche); LC480: LightCycler 480 (Roche); ABI7500: Applied biosystems instrument 7500 (Thermo Scientific) Nivå/Mätosäkerhet: S= sensitiv, R= resistent Ort: H = Huddinge, S = Solna, SÖS = Södersjukhuset