1(14) Klinisk mikrobiologi 2019-01-09 Utdrag ur Ackrediteringens omfattning MIK3241-40 Bakteriologisk diagnostik Antikroppsbestämning B. pertussis IgG- och IgA-Ak / P EIA IU/ml PT-IgG Immunitet: Ingen mätbar immunitet/ annolikt immun men på låg nivå/ annolikt långvarig immunitet Övriga: Påvisade hög nivå/ Påvisade/ Negativ Borrelia IgG- och IgM-Ak / P/ Csv CLIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Chlamydophila pneumoniae IgG- och IgM-Ak / P EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Difteri toxin-ak NT IU/ml Ingen mätbar immunitet/ annolikt immun men på låg nivå/ annolikt långvarig immunitet. +/- 1 titersteg Helicobacter pylori IgG-Ak EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Mycoplasma pneumoniae IgG- och IgM-Ak / P EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ yfilis IgG- och IgM-Ak / P CMIA Påvisade/ Negativ CV 5% yfilis IgM-Ak EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ yfilis IgG- och IgM-Ak / P ECLIA Påvisade/ Negativ, CV 16% yfilis TPPA / P/ Csv AGGL Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ +/- 1 titersteg H,, KUL 24sju
2(14) yfilis VDRL / P/ Csv FLOCKN Tetanus IgG-Ak EIA IU/ml Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ +/- 1 titersteg Immunitet: Ingen mätbar immunitet/ annolikt immun men på låg nivå/ annolikt långvarig immunitet. CV 13% Blod/ Cerebrospinalvätska Bakterier samt jästsvamp och mögelsvamp Blod ODL AE+AN Växt/ Ingen växt H,, KUL 24sju +D Bakterier samt jästsvamp och mögelsvamp Csv ODL AE+AN Växt/ Ingen växt H, Jästsvamp och mögelsvamp Blod ODL Växt/ Ingen växt H, Pneumokock-DNA, Haemophilus influenzae-dna, Meningokock-DNA. (Meningitbakterier) Csv/ isolat PCR Positiv/ Negativ H, Faeces Clostridium difficile-toxin B-DNA F PCR Positiv/ Negativ H, EHEC-, EPEC-, ETEC- och EIEC-DNA F PCR Positiv/ Negativ Helicobacter pylori-ag F CLIA Positiv/ Negativ almonella, higella, Yersinia, Campylobacter, Aeromonas, Plesiomonas, Vibrio, Clostridium difficile. (Patogena tarmbakterier) F ODL Växt/ Ingen växt H Genitala prov
Bakterier och jästsvamp Cervix/vagina/rektum/uretra ODL Växt/ Ingen växt H, 3(14) Chlamydia trachomatis- och Neisseria gonorrhoeae-dna Mycoplasma genitalium-dna Neisseria gonorrhoeae Neisseria gonorrhoeae-dna, konfirmation Cervix/ uretra/ U/ vaginalsekret/ vaginalsekret i urin U/ cervix- och uretrasekret i urin ekret/ cervix/ uretra/ rektum Cervix/ uretra/ U/ vaginalsekret/ vaginalsekret i urin NAAT; DA Positiv/ Negativ H NAAT; PCR Positiv/ Negativ H ODL Växt/ Ingen växt H NAAT; PCR Positiv/ Negativ H Luftvägar Arcanobacterium haemolyticum ekret/ svalg ODL Växt/ Ingen växt Bordetella pertussis- och Bordetella parapertussis-dna Chlamydophila pneumoniae-dna Nf asp/ Nf/ svalgsekret/ trakealsekret/ bronk-sekret/ BAL/ sputum Nf asp/ Nf/ svalgsekret/ trakealsekret/ bronksekret/ BAL/ sputum PCR **POITIV**/ Negativ PCR **POITIV**/ Negativ Chlamydophila psittaci-dna BAL/ sputum/ trakealsekret PCR **POITIV**/ Negativ Corynebacterium diphtheriae Legionella Legionella species-dna Legionella pneumophila-dna ekret/ svalgsekret/ sårsekret BAL/ luftvägar/ trakealsekret/ vävnad/ kultur Trakealsekret/ bronksekret/ BAL/ sputum Trakealsekret/ bronksekret/ BAL/ sputum ODL Växt/ Ingen växt ODL Växt/ Ingen växt PCR **POITIV**/ Negativ PCR **POITIV**/ Negativ
4(14) Mycoplasma pneumoniae- DNA Nf asp/ Nf/ svalgsekret/ trakealsekret/ bronk-sekret/ BAL/ putum PCR **POITIV**/ Negativ Patogena luftvägsbakterier ekret/ Nf/ svalgsekret ODL Växt/ Ingen växt H, Patogena bakterier, jästsvamp och mögelsvamp Patogena bakterier, jästsvamp och mögelsvamp BAL/ borste/ bronk/ gingiva/ sinus Trakealsekret/ Bronksekret/ Trakealtubsekret ODL Växt/ Ingen växt H, ODL Växt/ Ingen växt H, Patogena bakterier, jästsvamp och mögelsvamp putum ODL Växt/ Ingen växt H, år/ekret Patogena bakterier ekret/ punktat/ dränvätska/ vävnad/ kateter ODL AE+AN Växt/ Ingen växt H, Urin Legionella pneumophila-ag U IMKR Positiv/ Negativ H, Pneumokock-Ag U IMKR Positiv/ Negativ H, Patogena bakterier U ODL Växt/ Ingen växt H, Övrigt, bakteriologisk diagnostik Artbestämning av bakterier Isolat MALDI-TOF H, Art-/Resistensbestämning Isolat IR H, Resistensbestämning Isolat RE; DIK IR H, Resistensbestämning, MIC Isolat RE mg/l IR H, Resistensbestämning, MIC Isolat RE, mik mg/l IR Resistensbestämning av anaeroba bakterier, MIC Isolat RE; Agarspädning mg/l IR
Mykobakteriologisk diagnostik Artbestämning av icke-tuberkulösa mykobakterier - DNA Isolat EKV Art 5(14) Artbestämning av icke-tuberkulösa mykobakterier - DNA Isolat PCR/ HYBR Art Art- och molekylärbiologisk resistensbestämning av MAC, M. abcessus-komplexet och M. chelonae Isolat PCR/ HYBR Art Molekylärbiologisk resistensbestämning av Mycobacterium tuberculosis-komplexet-dna Isolat PCR/ HYBR Påvisad/ Inte påvisad Mycobacterium tuberculosis-komplexet-dna Mykobakterier Mykobakterier ekret/ vävnader/ kroppsvätskor ekret/ vävnader/ kroppsvätskor ekret/ vävnader/ kroppsvätskor PCR Positiv/ Negativ MIKR Positiv/ Negativ ODL Växt/ Ingen växt Mykobacterium tuberculosis-komplexet Isolat RE / R TB-antigen, Interferon-gamma Blod EIA Positiv/ Negativ Mykologisk diagnostik Artbestämning av jästsvamp och mögelsvamp Isolat MALDI-TOF H, Aspergillus-Ag / BAL EIA Positiv/ Negativ Aspergillus-DNA Blod/ P/ BAL/ vävnad PCR Positiv/ Negativ H Cryptococcus-Ag / Csv Lateral Flow Assay Titer, Positiv/ Negativ H, Dermatofyter, jästsvamp, mögelsvamp Nagel/ hudskrap/ hår ODL Växt/ Ingen växt Dermatofyt-DNA, Trichophyton interdigitale-dna och Trichophyton rubrum-dna Nagel/ hudskrap (från fötter) PCR Positiv/ Negativ Pneumocystis jiroveci-dna BAL/ sputum PCR Positiv/ Negativ H
6(14) Resistensbestämning av jästsvamp och sporulerande mögelsvamp, MIC Resistensbestämning av jästsvamp och Aspergillus mögelsvamp, MIC Isolat EUCAT mg/l Isolat RE, mik mg/l H, Dermatofyter, jästsvamp, mögelsvamp hudskrap/ hår/ sekret/ MIKR Fynd/ Inga fynd Jästsvamp, mögelsvamp sekret/ vävnader/ kroppsvätskor MIKR Fynd/ Inga fynd H, Dimorfa (endemiska) svampar ekret/vävnader/ kroppsvätskor MIKR, ODL Fynd/Inga fynd Växt/Ingen växt Jästsvamp, mögelsvamp ekret/ vävnader/ kroppsvätskor ODL Växt/ Ingen växt H, Parasitologisk diagnostik Cryptosporidier F MIKR Påvisad/Ej påvisad H Cystor och maskägg F MIKR Påvisad/Ej påvisad H Leishmania Benmärg/ sår MIKR Påvisad/Ej påvisad H Malaria Blod MIKR Påvisad/Ej påvisad H, Mikrofilaria Blod MIKR Påvisat/ Inte påvisat H Mikrofilaria Hud MIKR Påvisat/ Inte påvisat H chistosoma U/ biopsi MIKR Påvisat/ Ej påvisad H pringmask (Enterobius vermicularis) Tejpprov MIKR Påvisat/ Inte påvisat H trongyloides F ODL, MIKR Påvisad/ Ej påvisad H Cryptosporidium spp-dna, Entamoeba histolytica-dna och Giardia intestinalis-dna Tarmparasiter-DNA F PCR **POITIV**/ Negativ H Toxoplasma gondii IgG-Ak CMIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ
Toxoplasma gondii IgM-Ak CMIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Toxoplasma gondii-dna Blod, Csv, fostervatten PCR Positiv/ Negativ H Trofozoiter F färsk MIKR Påvisat/ Inte påvisat H Trypanosoma Blod MIKR Påvisat/ Inte påvisat H Vårdhygienisk diagnostik Heterotrofa bakterier Bassängvatten ODL CFU/mL Detektionsnivå: 5CFU/mL 7(14) Pseudomonas aeruginosa Bassängvatten ODL CFU/100 ml Detektionsnivå: 1CFU/100mL Viabla mikroorganismer Viabla mikroorganismer Cellsuspension, medium, trombocytkoncentrat och andra blodprodukter utan antibiotika Cellsuspension och medium, med antibiotika ODL CFU/mL Detektionsnivå: 5CFU/mL H, ODL CFU/mL Detektionsnivå: 1CFU/mL H, Patogena bakterier Bröstmjölk ODL CFU/mL Godkänt/ Ej godkänt Detektionsnivå:10 CFU/mL H Bakterier, jästsvamp och mögelsvamp Renat vatten, hemodialysvätska ODL CFU/mL Detektionsnivå: 5CFU/mL Bakterier, jästsvamp och mögelsvamp Renat vatten, hemofiltrationsvätska ODL CFU/100 ml Detektionsnivå: 1CFU/100mL Heterotrofa bakterier, Pseudomonas aeruginosa, Legionella och mykobakterier köljvätska från endoskopdiskdesinfektor ODL CFU/100 ml Detektionsnivå: 1CFU/100mL Endotoxin Renat vatten, hemodialysvätska, hemofiltrationsvätska och övrigt vatten Endoafe-MC system EU/mL Detektionsnivå 0,05EU/mL EBL (screening) F/ ekret/ U ODL Växt/ Ingen växt H,
8(14) Legionella Vatten ODL CFU/100 ml Detektionsnivå: 1CFU/100mL MRA-DNA, nucgen (screening) Näsa/ ekret/ U ODL, PCR Växt/ Negativ H, MRA-DNA, nucgen- och meca gen (verifiering) Isolat ODL, PCR, MALDI-TOF Positiv/ Negativ H, VRE-DNA (screening) F/ ekret/ U PCR, ODL Växt/ Negativ H VRE-DNA (verifiering) Isolat ODL, PCR, MALDI-TOF Positiv/ Negativ H Virologisk diagnostik Adenovirus-DNA, bocavirus-dna, coronavirus OC43- RNA, coronavirus NL63-RNA, coronavirus HKU1-RNA, coronavirus 229E-RNA, enterovirus-rna, parainfluensavirus 1, 2 och 3-RNA och rhinovirus-rna Luftvägsvirus utvidgad diagnostik Metapneumovirus-RNA Nf/ Nf asp/ BAL/ trakealsekret Nf/ Nf asp/ BAL/ trakealsekret PCR **POITIV**/ Negativ PCR **POITIV**/ Negativ Influensa A-virus-RNA, Influensa B-virus-RNA och R-virus-RNA Nf/ Nf asp/ BAL/ trakealsekret PCR **POITIV**/ Negativ KUL 24sju H,, ö, D Adenovirus Adenovirus-DNA / P PCR; kvant Kopior/mL **POITIV**/ Negativ, <500-1x10 8, CV <35% H Adenovirus-DNA F/ kornea/ konjunktivalsekret/ svalg PCR **POITIV**/ Negativ H, Astrovirus-RNA F PCR Positiv/ Negativ H,
CMV CMV-DNA Vävnad PCR **POITIV**/ Negativ H 9(14) CMV-DNA BAL/ P/ U/ / Csv PCR; kvant IU/mL **POITIV**/ Negativ, <500-1x10 8, CV <35% H CMV IgG-Ak / P CMIA Au/mL Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ CV 8% EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ CMV IgG-Ak / P ECLIA U/mL Påvisade 1- > 500/ Negativ, CV 9% H,, KUL 24sju CMIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ CMV IgM-Ak / P EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ EBV EBV-DNA / P PCR; kvant Kopior/mL **POITIV**/ Negativ, <500-1x10 8, CV <35% H EBV EBNA IgG-Ak / P CMIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ EBV VCA IgG-Ak EBV VCA IgM-Ak / P / P ELFA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ CMIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ ELFA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ CMIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Enterovirus Enterovirus-RNA Csv/ F PCR **POITIV**/ Negativ H,
Hepatit A-, B-, C- och D-virus Hepatit A IgM-Ak (anti-hav IgM) / P ECLIA Positiv/ Negativ, CV 12% H,, KUL 24sju Hepatit A IgG- och IgM-Ak (anti-hav) / P ECLIA Positiv/ Negativ, CV 8% H,, KUL 24sju Hepatit B core-ak (anti-hbc) / P ECLIA Positiv/ Negativ, CV 8% H,, KUL 24sju Hepatit B core IgM-Ak (anti-hbc IgM) / P ECLIA Positiv/ Negativ, CV 16% H,, KUL 24sju Hepatit B e-ak (anti-hbe) / P ECLIA Positiv/ Negativ, CV 9% H,, KUL 24sju Hepatit B s-ak (anti-hbs) / P ECLIA IU/L 10 - >1000/ Negativ, CV 8% H,, KUL 24sju Hepatit B e-ag (HBeAg) / P ECLIA Positiv/ Negativ, CV 15% H,, KUL 24sju Hepatit B s-ag kvant (HBsAg kvant) / P ECLIA IU/mL 0.05 - > 52 000 Positiv/ <0,05, CV 10% H,, KUL 24sju Hepatit B-DNA / P/ Csv PCR; kvant IU/mL <10 - >1.00E9 Positiv/ Negativ, CV 5% H Hepatit B s-ag (HBsAg) / P ECLIA Positiv/ Negativ, CV 9% H,, KUL 24sju Hepatit B s-ag konfirm (HBsAg konfirm) / P ECLIA Positiv/ Negativ H,, KUL 24sju Hepatit C-Ak / P ECLIA Positiv/ Negativ, CV 4% H,, KUL 24sju Hepatit C-Ak konfirmation INNO-LIA Positiv/ Gränsvärde/ Negativ/ H, Hepatit C-RNA / P PCR; kvant IU/mL <15 - >1.00E8 Positiv/ Negativ, CV 6% H Hepatit D-Ak EIA Positiv/ Negativ H Herpes simplex 10(14) Herpes simplex 1- och 2-DNA Csv, Blåsa, konjunktivalsekret, serum, nf sekret och svalgsekret. PCR Positiv/ Negativ H,
11(14) Herpes simplex 1- och 2-DNA Blåsa NAT; DA **POITIV**/ Negativ H Herpes simplex 1- och 2-DNA ekret/ kornea/ konjunktivalsekret PCR Positiv/ Negativ Herpes simplex 1 och 2 IgG-Ak CLIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Herpes simplexvirus IgG-Ak / P CLIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Herpesvirus 6 Herpesvirus 6 (HHV-6) -DNA P/ / Benmärg PCR; kvant Kopior/mL **POITIV**/ Negativ, <500-1x10 8, CV <25% H HIV och HTLV HIV-1/HIV-2-Ag/Ak / P ECLIA Positiv/ Negativ, CV 5% H,, KUL 24sju HIV-1-/HIV-2-Ak konfirmation / P IMKR Positiv/ Gränsvärde/ Negativ H, HIV p24 antigen och HIV p24 antigen neutralisationstest / P EIA Positiv/ Negativ H, HTLV-1/HTLV-2-Ak / P ECLIA Positiv/ Negativ, CV 9% H,, KUL 24sju HIV-1-RNA P PCR; kvant kopior/ml 20 - >1.00E7 Positiv/ <20, CV 4% H Morbillivirus Morbillivirus IgG-Ak / P CLIA AU/mL Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Morbillivirus IgM-Ak / P CLIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Morbillivirus-RNA / U/ Nf asp/ Nf PCR **POITIV**/ Negativ
12(14) Norovirus Norovirus GI- och GII- RNA F/ kräkning PCR Positiv/ Negativ KUL 24sju H,, ö, D Parechovirus Parechovirus-RNA Csv/ F PCR **POITIV**/ Negativ H, Parotitvirus Parotitvirus IgG-Ak / P CLIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Parotitvirus IgM-Ak / P CLIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Parotitvirus IgM-Ak / P EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Parotit-RNA aliv/ U/ Csv PCR **POITIV**/ Negativ H Parvovirus B19 Parvovirus B19-DNA Benmärg PCR **POITIV**/ Negativ H Parvovirus B19-DNA / P PCR; kvant Kopior/mL **POITIV**/ Negativ, <500-1x10 8, CV <35% H Parvovirus B19 IgG- och IgM-Ak / P CLIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Rotavirus Rotavirus-RNA F/ kräkning PCR **POITIV**/ Negativ H,
13(14) Rubellavirus Rubellavirus IgG-Ak / P EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ CMIA IU/mL Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ CV 7% Rubellavirus IgG-Ak / P ECLIA Positiv/ Negativ, CV 8% H,, KUL 24sju ELFA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Rubellavirus IgM-Ak / P EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ apovirus apovirus-rna F/ kräkning PCR **POITIV* / Negativ H, yfilis yfilis-dna årsekret PCR **POITIV** Negativ TBE-virus TBE-virus IgG-Ak / P EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ TBE-virus IgM-Ak EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Varicella zoster-virus Varicella zoster-virus-dna Blåssekret, Csv PCR **POITIV* / Negativ H, Varicella zoster-virus IgG-Ak / P EIA miu/ml Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ CV 21% ELFA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ Varicella zoster-virus IgM-Ak / P EIA Påvisade/ Gränsvärde/ Negativ
14(14) ystem: BAL = Bronkoalveolärt lavage, Lkc = Leukocyter, F = Feces, Nf = Nasofarynxsekret, Nf asp = Nasofarynxaspirat, P = Plasma, = erum, Csv = Cerobrospinalvätska, U = Urin, Bi = Biopsi Metoder: AGGL = Agglutination, CLIA/ ChLIA = Chemiluminescent Immuno Assay, CMIA = Chemiluminescent Microparticle Immuno Assay, CYTOTOX = Cytotoxintest, ECLIA = Electro-chemiluminescence immunoassay, EIA = Enzyme Immuno Assay, ELFA = enzymelinked fluorescent antibody assay, FLOCKN = Flockning, FPIA = Fluorescence Polarisation Immuno Assay, IF = Immunfluorescens, IMKR = Immunkromatografi, INNO-LIA = Line immunoassay, KB = Komplementbindning, MEIA = Microparticle Enzyme Immuno Assay, MIC = minsta inhiberande koncentration, RE, mik = Resistensbestämning vid mikrospädningsmetod, MIF = Immunfluorescens, mikro-, MIKR = Mikroskopi, NAAT= Nucleic Acid Amplification Test, DA = trand Displacement Amplification ( Nukleinsyra-amplifieringsteknik), NT = Neutralisationstest, ODL = Odling, ODL AE+AN = Odling aerob och anaerob, PCR = Polymerase Chain Reaction, PCR HYBR = Polymerase Chain Reaction Hybridisering, PCR; kvant = Realtids-PCR; kvantitativ, RE; DIK = Resistensbestämning, diskdiffusion, EKV = ekvensering Utrustning: PH: Primary ample Handling instrument (Roche); MP96: MagNA Pure 96 (Roche); LC480: LightCycler 480 (Roche); ABI7500: Applied biosystems instrument 7500 (Thermo cientific), WCA: Work Cell Automation (BD Kiestra), TLA: Total Lab Automation (BD Kiestra), Nivå/Mätosäkerhet: = sensitiv, R= resistent Ort: H = Huddinge, = olna, ö = ödersjukhuset, D=Danderyds sjukhus, KUL 24sju ligger på Kemlab