Utredningsuppdrag 18/05 Redovisa en strategi för hur genetisk diagnostik kan utvecklas

Planeringsenheten TJÄNSTESKRIVELSE Datum 2018-10-25 Diarienummer 180025 Sida 1 (2) Regionstyrelsen Utredningsuppdrag 18/05 Redovisa en strategi för hur genetisk diagnostik kan utvecklas Förslag till beslut Regionstyrelsen godkänner slutredovisning av utredningsuppdrag 18/05 Redovisa en strategi för hur genetisk diagnostik kan utvecklas. Bakgrund I landstingsplanen för 2018 2020 fick landstingsdirektören i uppdrag att redovisa en strategi för hur genetisk diagnostik kan utvecklas. Sammanfattning Med målet att skapa en strategi för utveckling av molekylärgenetisk diagnostik för invånarna inom Landsting i Kalmar län behövs en fortsatt uppbyggnad av molekylär genetiskt laboratorium inom Diagnostisk centrum. Inrätta en funktion samordnare genetik och stärka interaktionen med Klinisk genetik i Linköping genom att bilda en filial vid länssjukhuset. I takt med ökade kunskaper om genetiska förändringar som orsak till många sjukdomar kommer den molekylär genetiska diagnostiken (analys av DNA eller kromosomer) att få en allt större roll i sjukvården. Nya diagnostiska, prognostiska och behandlingsprediktiva möjligheter leder till en ökad efterfrågan av genetiska kunskaper. Moderna behandlingsalternativ är mer individstyrda och därför måste hänsyn tas till patientens genetiska profil. Att kunna förutse hur väl en enskild individ kommer att svara på en föreslagen behandling leder inte bara till högre kostnadseffektivitet och bättre medicinskeffekt utan besparar även patienten verkningslösa behandlingar. Behovet av genetiska analyser har ökat de senaste fem åren och därför bör landstinget etablera NGS-baserade genetiska analyser som utförs lokalt i syfte att hålla nere svarstider och stärka den regionala kompetensen. Landstinget i Kalmar län Webbplats Ltkalmar.se E-post landstinget@ltkalmar.se Postadress Besöksadress Telefon 0480-810 00 vx Organisationsnr 232100-0073 Bankgiro 833-3007

Landstinget i Kalmar län Datum 2018-10-25 180025 Sida 2 (2) Anita Bergsell Utredare Sofia Hartz Planeringsdirektör Bilaga Slutredovisning utredningsuppdrag 18/05 - Strategi för utveckling av molekylärgenetisk diagnostik inom Landstinget i Kalmar

Strategi för utveckling av molekylärgenetisk diagnostik inom Landstinget i Kalmar Utredningsuppdrag 18/05 Handläggare Anita Bergsell Planeringsenheten Datum: 2018-08-16 Version: 04 Dnr: 180025

Sammanfattning Med målet att ta fram en strategi för molekylärgenetisk diagnostik för att kunna ge länets invånare den bästa vården, föreslår denna utredning att landstinget etablerar ett laboratorium för molekylärgenetik, tillsätter en tjänst som genetisk samordnare och tillhandahåller kliniska lokaler för mottagning av genetisk rådgivning. Det är också viktigt att fortsätta samverkan inom Sydöstra sjukvårdsregionen för att bli en aktiv resultatproducerande del av den nationella satsningen inom Genomic Medicin Sweden (GMS). Medicinsk diagnostik utgör navet i hälso- och sjukvården då många av alla medicinska beslut, behandlingar och vårdprocesser förutsätter medicinsk diagnostik i någon form. Genetiska analyser på DNA leder till bättre diagnostik och behandling vilket förbättrar de medicinska resultaten för patienten. DNA-analys blir därmed en ännu viktigare pusselbit för att diagnos och behandling skräddarsys till individens unika genetiska förutsättningar. Dessutom bedöms volymerna öka i takt med att flera vårdprogram, Standardiserade vårdförlopp och nationella riktlinjer inkluderar krav på genetiska analyser. En ny revolutionerande teknik (NGS-tekniken) kan analysera allt från enstaka gener till ett komplett humangenom inom ett till ett par dygn. Tekniken kan användas för molekylär diagnostik för både diagnostiska frågeställningar, ärftliga sjukdomar, behandlingsvägledning för målstyrd cancerbehandling eller bestämning av mikroorganismer (bakterier/virus).

Innehåll 1 Inledning/bakgrund... 5 A: Ärftlighetsutredningar eller prenataldiagnostik (fosterdiagnostik). 5 B: Förvärvade genetiska förändringar (cancer)... 6 C: Mikrobiella genetiska analyser... 7 2 Syfte och mål... 8 2.1 Metod... 8 3 Resultat... 9 3.1 Nulägesbeskrivning för Landstinget i Kalmar/Sydöstra sjukvårdsregionen... 9 A: Ärftlighetsutredningar... 9 B: Förvärvade genetiska förändringar (cancer)... 11 C: Mikrobiella genetiska analyser... 12 3.2 Pågående arbete/utveckling Nationellt/sydöstra sjukvårdsregionen (SÖR) 13 Teknisk utveckling ett stort steg framåt!... 13 Genomic Medicine Sweden (GMS)... 13 Genomic Medicine Center (GMC) Sydöstra sjukvårdsregionen... 15 4 Analys och slutsatser... 16 5 Bilagor... 18 5.1 Bilaga 1 Uppskattad kostnadsberäkning bemanning och ombyggnad... 18 5.2 Bilaga 2 Uppskattade provvolymer... 19 5.3 Bilaga 3 - Avrapportering av arbetssätt med team och länssamordnare... 20 6 Referenser... 21

1 Inledning/bakgrund I takt med ökade kunskaper om genetiska förändringar som orsak till många sjukdomar kommer den molekylärgenetiska diagnostiken (analys av DNA eller kromosomer) att få en allt större roll i sjukvården. Nya diagnostiska, prognostiska och behandlingsprediktiva (vägledande) möjligheter leder till en ökad efterfrågan av genetiska kunskaper. Moderna behandlingsalternativ är mer individstyrda och därför måste hänsyn tas till patientens genetiska profil. Att kunna förutse hur väl en enskild individ kommer att svara på en föreslagen behandling leder inte bara till högre kostnadseffektivitet och bättre medicinsk effekt utan besparar även patienten verkningslösa behandlingar. Kunskapsutvecklingen inom molekylär human genetik och bioinformatik går oerhört snabbt och det är därför av stor vikt att kartlägga behov av kompetens på olika nivåer inom sjukvården. Inom universitetssjukhusen i Sverige satsar man på att erbjuda fördjupad genetiska diagnostik inom sjukvården och forskning (se nedan avsnitt om GMS), men det är även viktigt med regional/landstings riktade satsningar på molekylär diagnostik för att inte komma efter i patientvård eller kunskap. Den molekylärgenetiska diagnostiken kan delas i tre olika delar: A: Ärftlighetsutredningar eller prenataldiagnostik (fosterdiagnostik) Vid ärftlighetsutredningar utreds om det finns en ärftlig DNA- eller kromosomförändring hos en individ. Den genetiska förändringen kan då identifieras i kroppens alla celler och därför är det ofta tillräckligt med ett blodprov för att utföra analysen. För fosterdiagnostiken kan man behöva prov från fostervatten eller moderkaka. Analyserna används t ex för att fastställa misstänkta ärftliga sjukdomar eller syndrom och ofta krävs det större familjeutredningar med DNA från flera individer i en familj. Analyserna efterföljs ofta av genetisk vägledning där en sjukhusgenetiker informerar familjen om resultatet av den genetiska utredningen. Verksamheten Klinisk genetik på Universitetssjukhuset i Linköping utför de ärftliga genetiska utredningarna för Landstinget i Kalmar län inom ramen för regionsjukvårdsavtalet. Den innefattar diagnostik, släktutredning och genetisk vägledning avseende ärftliga sjukdomar. Patienter med ärftliga sjukdomar och deras familjer ska erbjudas diagnostik och vård enligt evidens och gällande riktlinjer. 2014 gjordes en utredning 1 inom landstinget med syfte att kartlägga hur verksamheten är organiserad samt att se över det framtida behovet av kompetensstöd, kunskapsöverföring och resurspersoner inom ramen för regionavtalet. Utredningen kom fram till att riktlinjer för remittering till genetisk provtagning behöver tas fram, att inrätta en genetisk verksamhet för kardiogenetik och att införa solidarisk finansiering för genetiska tester. Två år senare (2016) gav Centrumrådet hjärtsjukvård uppdraget till ordförande i RMPG medicinsk diagnostik att inom nivåstrukturering, uppföljning, administration och IT skapa likvärdig vård avseende genetiska utredningar, och att använda tillgänglig kompetens på bästa sätt. Resultatet från denna utredning redovisas längre fram i dokumentet. 1 Utredning genetik inom Landstinget i Kalmar län 2014-10-02 5

B: Förvärvade genetiska förändringar (cancer) I Sverige diagnostiserades 2016 cirka 60 000 invånare med någon typ av cancerdiagnos. Incidensen ökar under åren 1970-2016 (se figur 1), men dödligheten minskar något under motsvarande tid 2. Baserat på befolkningsmängd i Landstinget i Kalmars län (ca 250 000 invånare) drabbas cirka 1500 personer av cancer per år inom landstinget. Orsaken till den noterade ökningen tros vara en bättre och tidigare diagnostik, men även delvis orsakade av förändrade levnadsvanor hos befolkningen med t ex av ökande solvanor och ett mer stillasittande liv. 800 700 (Grön linje män, blå linje kvinnor) 600 500 400 300 200 100 0 1980 1985 1990 1995 2000 2005 2010 2016 Figur 1: Insjuknande i cancer, i förhållande till befolkningen, Totalsiffror för cancer, 1980-2016. Antal fall per 100 000 invånare, Åldersstandardisering enligt Sveriges befolkning 2016(Graf och data Cancer i Siffror 2018/Socialstyrelsen) Cancer är en genetisk sjukdom som uppkommer p.g.a. genetiska mutationer i vissa av kroppens celler. Genom att studera tumörcellerna med mikroskop (histopatologi) och i kombination med genetiskt kartläggning av vilka mutationer eller kromosomavvikelser som finns i en tumör kan inte bara sjukvården ställa en korrekt diagnos, utan även förutse behandling för den enskilda patienten (målstyrd cancerbehandling). Till skillnad mot ärftlighetsutredningar, där man analyserar DNA från blodprov, behöver man här analysera DNA från enskilda tumörceller vilket ställer högre krav på den tekniska analysen. Cancersjukdom behandlas vanligen med kirurgi, cytostatikabehandling eller strålbehandling, men den målstyrda cancerbehandlingarna har ökat lavinartat de senaste åren (se figur 2). Behandlingsformen är inriktad på cellulärnivå och blockerar cancercellen mer specifikt än cytostatika. Många av de målinriktade behandlingarna leder till både förlängd överlevnad och inte minst betydligt mildare bieffekter för patienten. Gemensamt för många av de målstyrda cancerterapierna är att behandlingsstart måste föregås av genetisk analys för undersöka om tumören är mottaglig för behandlingen. De målstyrda behandlingarna är ofta mycket kostsamma för sjukvården och dessutom verkningslösa i fel patient (ibland även rent toxiska), varför genetiskanalys är nödvändigt innan behandlingsval. År 2 (http://www.socialstyrelsen.se/statistik/statistikefteramne/cancer).

Figur 2: Exempel på behandlingspreparat för målstyrd cancerbehandling (inom fyrkanterna) och vilka genetiska undersökningar som bör utföras (Kalimutho et al. TPS. Dec 2015). https://doi.org/10.1016/j.tips.2015.08.009 C: Mikrobiella genetiska analyser Nittio procent av de celler som bildar en människa är bakterieceller. Vi lever i symbios med bakterier och därför är det viktigt att vi har en balans med vår bakterieflora. Senare tids forskning har visat att t ex tarmflorans bakterier spelar stor roll för hur väl vi svarar på vissa behandlingar och vårt allmänna välbefinnande. Då vi blir sjuka rubbas ofta den finstämda balansen mellan människans egna celler och bakterier och våra kroppar kommer i obalans. Vi kan även förstås attackeras av främmande patogena bakterier eller virus och då är det viktigt att sjukvården snabbt kan artbestämma våra angripare för att vi effektivt ska kunna behandla patienten med rätt antibiotika/antivirala behandling. För att korrekt specificera en bakterie eller virus används främst diverse odlingstekniker, men vi ser ett ökande behov i sjukvården av molekylär genetiskt typning. Flera universitetssjukhus sätter nu upp NGS-tekniker (Next Generation Sequencing, se även nedan) för att effektivt kunna utföra genetiska mikrobiella analyser. Inom landstinget utförs idag flera molekylär genetiska mikrobiella analyser som såsom; Klamydia/Gonorré, Influensa, Calicivirus (vinterkräksjukan), Herpes Simplex Virus, Mycoplasma pneumoniae (lunginflammation) och Tuberkulos. 7

Målsättning: 2 Syfte och mål Klargöra behovet av kliniska genetiska analyser för invånarna inom Landstinget i Kalmar län för både ärftlighetsutredningar och förvärvade genetiska förändringar (cancer) samt mikrobiella genetiska analyser. I landstingsplanen för 2018-2020 gavs uppdraget att redovisa en strategi för hur genetisk diagnostik kan utvecklas. Syftet med uppdraget är ta fram en strategi för hur molekylärgenetisk diagnostik kan utvecklas inom landstinget. Utredningen ska söka svar på: Hur man på bästa sätt ska möta framtidens behov inom området och kunna ge länets invånare den bästa vården. 2.1 Metod Metoder som har använts i utredningen är genomgång av litteratur/styrdokument, intervjuer och enkätfrågor med representanter inom Hälso- och sjukvårdsförvaltningen, Primärvården och Cecilia Gunnarsson Diagnostiskt centrum i Linköping.

3 Resultat 3.1 Nulägesbeskrivning för Landstinget i Kalmar/Sydöstra sjukvårdsregionen A: Ärftlighetsutredningar 2016 gjordes en utredning om klinisk genetik i Sydöstra sjukvårdsregionen på uppdrag av Centrumrådet Hjärtsjukvård. Uppdraget bestod av fyra olika områden, nivåstrukturering, uppföljning, administration och IT. Nivåstrukturering Team/Länssamordnare projekt: Ett av deluppdragen var att testa ett arbetssätt med team och länssamordnare. Figur 3: RMPG medicinsk diagnostik framtidsmodell för nivåstrukturering Ett pilotprojekt startades för att ta fram ett förslag till arbetsorganisation/samarbetsstruktur för Klinisk genetik och Landstinget i Kalmar län. En länssamordnare utsågs i landstinget som koordinator i arbetet rörande projektet för länsdelen. Arbetet har genomförts för att undersöka möjligheter till web- mottagning och även logistik vid traditionell mottagning då genetiker har konsultmottagning på plats i Kalmar och Västervik. Projektet avslutades vid årets slut 2017 och aktiviteter som utförts är Kontaktpersoner är utsedda inom olika verksamheter i Kalmar län. Regelbundna möten mellan representanter från landstinget och Kliniskt genetik US Patientmottagning via video/distans testades Gemensamma ronder med genetiker via web för diskussion om handläggning av enskilda patienter Sedvanlig konsultmottagning på plats nu även tillägg av onkogenetisk vägledare på plats i Kalmar vid två tillfällen 9

Ett gemensamt IT stöd som behövs för att möjliggöra en nivåstrukturering inom klinisk genetik har lämnats till espir. Det kvarstår en del åtgärder att göra efter pilotprojektet avslutades som: Inrätta en funktion för en person som samordnare för genetik Utbilda genetiska vägledare (enl. rapporten från Sydöstra sjukvårdsregionen 3, skulle med tanke på befolkningsmängd tre stycken genetiska vägledare behövas). Etablera lokal på länssjukhuset för en fysisk genetisk mottagning där patienter tas emot från andra verksamheter vid behov (även sällsynta fall), Skapa en tydlig struktur för video/distans mottagning mellan länen och att IT stödet förbättras. Kardiogenetik - Familjär hyperkolesterolemi Ett annat delprojekt var att skapa en likvärdig vård inkl. utredning, uppföljning och behandling av patienter med familjär hyperkolesterolemi (FH) i Sydöstra sjukvårdsregionen. Höga kolesterolvärden i blodet, är mycket vanligt förekommande, hos cirka 0,5 procent av befolkningen är det höga kolesterolvärdet nedärvt, s.k. familjär hyperkolesterolemi (FH). De allra flesta som bär på anlaget känner inte till att de har FH. Socialstyrelsens riktlinjer för hjärtsjukvård 2015 ger hög prioritet för kaskadtestning (test av föräldrar, syskon, barn) av patienter med FH. Genetisk utredning och behandling med statiner är klart kostnadseffektivt vid en hälsoekonomisk analys. Någon slutrapport för uppdraget finns inte i dagsläget i Sydöstra sjukvårdsregionen. Vid intervjuer med personal som arbetar med kardiogenetik i landstinget framkommer önskan om ett mer strukturerat arbetssätt, tjänsteutrymme och kompetensutbildning. Lagring av blodprover i biobank i Kalmar 4 Centrumrådet Hjärtsjukvård gav RMPG medicinsk diagnostik i uppdrag att utreda om det är önskvärt och om det finns förutsättningar för lagring av blodprover i Kalmar. Biobanksansvarig och verksamhetschefen på Klinisk kemi och transfusionsmedicin, ser i nuläget inte någon plan eller önskan att skapa biobank för genetiska analyser. Men med tanke på den ökade efterfrågan kan det vara befogat att ta upp diskussionen på nytt inom rimlig framtid. Uppföljningssystem för klinisk genetik En grupp med sjukvårdsregionalt ansvariga ekonomer har nyligen bildats för att säkerställa att genetiska utredningar erbjuds på ett likvärdigt sätt. Ett första arbete är att inventera hur enheterna registrerar och kodar i Cosmic. Administration 5 Administrativa rutiner för behörighet i Cosmic, medicinsk kodning, genetisk provtagning och fakturering är framtagna inom sydöstra sjukvårdsregionen. 3 Klinisk genetik i Sydöstra sjukvårdsregionen 2016-04-20 4 Slutredovisning i uppdraget lagring av blodprover i biobank 2017-09-18 5 Administrativa rutin, klinisk genetik Sydöstra sjukvårdsregionen 2018-04-01

IT stöd regionövergripande system för klinisk Genetik Ett uppdrag har getts till en grupp med företrädare för olika kliniker att skapa ett patientsäkert IT-stöd som kan användas i hela sjukvårdsregionen avseende både ritningar av släktträd och beräkning av risk. Ett IT-stöd och arbetssätt som kan användas på samma sätt oberoende av vilken klinik som är berörd. Inriktningen är att inom ramen för den strategiska utvecklingen av Cosmic optimera funktionaliteten i syfte att stödja delar av verksamhetens processer. Utveckling av mer verksamhetsspecifika funktioner hanteras i de befintliga systemen. Utveckling skall även ske i syfte att skapa bättre förutsättningar för fjärråtkomst mellan de olika huvudmännen inom den sydöstra sjukvårdsregionen. Enkät till verksamheter inom landstinget i Kalmar: Kartläggning kring framtida behov har gjorts genom enkätfrågor till i första hand verksamhetschefer inom kvinnoklinikerna, kirurgklinikerna, onkologen, medicinklinikerna, barnklinikerna, och hudklinikerna. Sammantaget visar det att efterfrågan på genetisk provtagning ökar, att det är viktigt att samarbetet med Klinisk genetik i Linköping gällande videomöten om och med patienter utvecklas, lokal kompetens för utredning och bedömning och en egen enhet för detta. Sammanhållen journalföring för bättre synlighet vad i processen utredningen är. B: Förvärvade genetiska förändringar (cancer) Modern målstyrd cancerbehandling har utvecklats starkt de senaste 5 åren. Läkemedelsindustrin har utvecklat många nya behandlingsalternativ som inte bara tolereras bättre av patienten (mildare biverkningar) utan även förlänger livet för den drabbade. Signifikant för de flesta av dessa preparat som ibland betecknas som små molekyler (antikroppar/tyrosinkinasinhibitorer m.fl.) är att de bara fungerar om patientens tumör-dna har vissa mutationer. Det har därför blivit viktigt att sjukvården inte bara erbjuder en histologisk granskning (mikroskop) utan även kan komplettera med vilka mutationer som påvisas i tumörens celler. Många av de målstyrda cancerbehandlingarna kan användas redan i första linjen (som första alternativ till behandling vid sjukdom) och det är därför ytterst viktigt att man utför den genetiska analysen redan vid diagnostillfället. Dessa typer av genetiska analyser på solida tumörer (t ex bröstcancer, koloncancer, malignt melanom, lungcancer etc.) från paraffininbäddad vävnad kallas för molekylärpatologi. Inom de hematologiska tumörerna (blodcancer) råder ett liknande scenario med ökade krav på genetisk analys inför diagnostik eller behandlingsval (målstyrd cancerbehandling). Idag efterfrågas molekylär patologiska analyser främst av onkologer och hematologer inför terapival. Inom landstinget har man ännu inte haft möjlighet att själva utföra ovan analyser (solida eller hematologiska-tumörer), utan de har skickats till Linköping eller andra universitetssjukhus för genetisk analys. Under förra året (2017) skickade drygt 120 (patologi) + mikro + klin kem genetiska analyser till andra landsting för analys. Denna process är inte bara kostsam utan kan även leda till en fördröjd behandlingsstart för den drabbade cancerpatienten. Inom Diagnostiskt centrum vid länssjukhuset finns idag ett mindre molekylär genetiskt laboratorium som redan är etablerat med kliniska mikrobiologiska analyser. Laboratoriet är bemannat med 2-3 personer, men kommer under hösten att utöka sin bemanning med 1-2 personer i syfte att möte den ökade efterfrågan på genetiska utredningar. Målsättningen för det 11

lokala laboratoriet är att till 2019 kunna utveckla sitt analysspektra med både molekylär patologiska som hematologiska analyser. Bildandet av ett molekylärgenetiskt centrum inom länssjukhuset kommer att stärka sjukvård genom att kunna erbjuda kostnadseffektiva genetiska analyser i rätt tid till invånare. Laboratoriet kommer även att samverka med andra liknade laboratorium,(främst med sjukhusen i Linköping och Jönköping) i syfte att skapa en stark effektiv samverkanstruktur (se nedan). C: Mikrobiella genetiska analyser Flera av de mikrobiella genetiska analyserna utförs idag redan inom landstinget (Diagnostiskt centrum), men behovet av att ytterligare genotypa och artbestämma bakterier med NGS-teknik tros öka. För att få ett effektivt och kostandeseffektivt laboratorieflöde så kan med fördel både mikrobiella och cancerrelaterade frågeställningar utredas med samma NGS-utrustning vid det molekylärgenetiska centrumet vid länssjukhuset i Kalmar.

3.2 Pågående arbete/utveckling Nationellt/sydöstra sjukvårdsregionen (SÖR) Teknisk utveckling ett stort steg framåt! Utvecklingen av genetiska analyser med Next Generation Sequencing (NGS) är ett stort teknikgenombrotten inom bioteknik och molekylärbiologi. Tekniken möjliggör att man kan utföra mer kompletta genetiska undersökningar än tidigare genom att man studerar flera hundra till tusentals genetiska positioner i en analyskörning. NGS-tekniken genererar stora datamängder (250 Gb/analys) och man behöver även ha kompetens inom bioinformatik för att hantera data. Det finns redan idag flera exempel när NGS analyser används för avancerad klinisk diagnostik och prediktiv (vägledande) behandling. Genom att applicera kunskapen om hur en persons unika arvsmassa påverkar medicinska beslut skapas förutsättningar för det som brukar benämnas precisionsmedicin. Det kan handla om att identifiera förhöjd risk att utveckla en sjukdom, anpassa behandling av cancer till en specifik tumörtyp eller att säkerställa optimal läkemedelsdos (baserat på individens genetiska profil). Vidare finns stora vinster med genomanalys (analys av hela arvsmassan) inom mikrobiologi med exempelvis smittspårning och för att exakt kunna matcha bakterieinfektioner till rätt antibiotikabehandling. I takt med att tekniken blir alltmer användarvänlig och kostnadseffektiv kommer tillämpningsområdet breddas och inkluderas allt mer i rutinsjukvård. Inom Sverige har man etablerat NGS-teknik vid de större universitetssjukhuset sedan cirka 5år, men tekniken kan nu framgångsrikt även etableras regionalt (inom landstinget i Halland har man sedan ett par år kliniskt arbetat med NGS-diagnostik). 2016 beslutades att etablera en plattform för NGS-baserade genetiska analyser i Linköping. Bakgrunden till beslutet var bland annat behovet av att minska sårbarheten, hålla ner svarstider och upprätthålla regional kompetens. Dessutom identifierades nyttor i möjligheter till stärkt klinik forskning och att även i framtiden kunna ses som en attraktiv arbetsgivare. Behovet av genetiska analyser har ökat de senaste fem åren och därför bör Landstingen i Kalmar själva etablera NGS-baserade genetiska analyser. Det främsta syftet är att hålla nere svarstider och stärka den regionala kompetensen för att vara med som en aktiv partner inom SÖR och nationellt (se nedan om GMS). Diagnostiskt centrum har beviljats investeringsmedel för att köpa in NGS-utrustning under 2018/19. Denna process kommer att påbörjas tillsammans med våra kollegor inom SÖR. Diagnostiskt centrum har även varit i kontakt med IT förvaltning för att diskutera en strategi för hantering av de stora datamängder som kommer att genereras. Genomic Medicine Sweden (GMS) Under våren 2017 har det startats ett initiativ för ett nationellt projekt för kompletta genetiska analyser och precisionsmedicin i Sverige (GMS). Projektet fick stöd från regeringens utredning Starka tillsammans 6 som bl. a påtalade Sveriges behov av utökad satsning på kliniska forskningsstudier och samverkan mellan akademin/sjukvård/industri. GMS-initiativet har en stor nationell uppslutning från landets större universitetssjukhus och även regionsjukhus är engagerade i projektet. Likande initiativ finns inom EU och även hos våra nordiska kollegor. 6 (https://www.regeringen.se/contentassets/93fe4a4263384437a81e83e485f9076a/starka-tillsammans-sou- 201387) 13

Det övergripande målet med GMS är att kunna erbjuda en nationell likvärdig fördjupad genetiskanalys för alla patientgrupper. Initialt fokus kommer att läggas på patienter med cancer och ärftliga sjukdomar, men kommer även att utökas till andra områden såsom genetiskt komplexa sjukdomar och mikrobiologiska analyser. Målet är att samverka för att bygga upp regionala centra som möjliggör individuellt anpassande terapival och uppföljningsstrategier. Visionen med GMS är att bli en nationell resurs för svensk sjukvård, akademi, Science för Life Laboratory (SciLifeLab) och industrin som i ett internationellt perspektiv placerar Sverige i den absoluta framkanten för precisionsmedicin. Figur 4 Richard Rosenqvist Brandell, KI Genom pågående samverkan inom GMS har Sydöstra sjukvårdsregionen möjligheten att utveckla den befintliga NGS-plattformen till att bli ett av sex regionala Genomic Medicine Center (GMC). Figur 5 Richard Rosenqvist Brandell, KI

Genomic Medicine Center (GMC) Sydöstra sjukvårdsregionen Inom Region Östergötland pågår ett arbeta att ta fram en strategi för ett GMC inom Sydöstra sjukvårdsregionen. Strategin är att utveckla ett regionalt GMS-centrum med en plattform för rutindiagnostik och forskning, med syfte; att kunna erbjuda en jämlik vård genom samma möjligheter till diagnostik och behandlingsstyrande analyser för alla patienter skapa bästa möjlighet till nationellt kunskapsutbyte och lokal klinisk forskning genom samverkan med andra GMC-centra i ett nationellt nätverk för precisionsmedicin. Linköping kommer att bli den centrala delen inom GMC-SÖR, men genetiska laboratorium i både Jönköping och Kalmar räknar med att vara aktiva partners i analyserande och rapporterande av NGS-data till det nationella Genomic Medicin Sweden projektet. Inledande information/arbetsmöten inom SÖR har påbörjats (maj 2018 i Kalmar) och ett andra planeras till september i Linköping. En tät samverkan inom SÖR är en förutsättning för att regionen i framtiden ska kunna erbjuda effektiv och patientorienterad genetisk diagnostik. 15

4 Analys och slutsatser Medicinsk diagnostik utgör navet i hälso- och sjukvården då många av alla medicinska beslut, behandlingar och vårdprocesser förutsätter medicinsk diagnostik i någon form. Högteknologiska genetiska analyser som möjliggör molekylära klassificering av genetiska sjukdomar, tumörer och målinriktade behandlingar utvecklas mycket snabbt. Dessutom bedöms volymerna öka i takt med att flera vårdprogram, Standardiserade vårdförlopp och nationella riktlinjer inkluderar krav på genetiska analyser. Tillgängligheten de senaste åren av en ny teknologi för analys av DNA s.k. Next generation sequencing (NGS) har gett oss möjligheter att även på länsnivå analysera tusentals olika gener hos en enskild patient. I takt med att kunskapen ökar och tekniken utvecklas ytterligare kommer möjligheterna av vad som går att ta reda på att öka. Den molekylärgenetiska diagnostiken kan delas in i tre olika delar, ärftlighetsutredningar eller prenataldiagnostik (A), förvärvade genetiska förändringar (B) och mikrobiella genetiska analyser (C). När det gäller del A (ärftlighetsutredningar eller prenataldiagnostik), har landstinget efter uppdrag av regionala Centrumrådet hjärtsjukvård testat ett arbetssätt med team och länssamordnare. Syftet var att ta fram ett förslag på arbetsorganisation/samarbetsstruktur för Klinisk genetik (US) och Landstinget i Kalmar län. Pilotprojektet avslutades i december 2017 och arbetsgruppen presenterade då ett förslag på framtida organisation (bilaga 3). Utredningen förespråkar att inrätta en funktion som länssamordnare för Klinisk genetik, skapa en mottagning/filial för att ordna genetikmottagning och en tydligare arbetsstruktur. Detta arbete är påbörjat, men ännu inte implementerat. Del B (förvärvade genetiska förändringar) och del C (mikrobiella genetiska analyser). Idag efterfrågas molekylära patologiska analyser främst av onkologer och hematologer inför terapival. Eftersom landstinget ännu inte haft möjlighet att själv utförs dessa analyser skickas dessa analyser till Linköping eller andra universitetssjukhus. Utredningen förespråkar att många av de cancerrelaterade genetiska analyserna (molekylärpatologi) utförs inom landstinget eftersom de gagnar både patienter som landstingsekonomi. När det gäller mikrobiella genetiska analyser utförs flera av dessa redan idag inom Diagnostiskt centrum men behovet av ytterligare genotypa och artbestämma bakterier med NGS-teknik tros öka. Utredningen förespråkar att de mikrobiella analyserna utförs inom landstinget. Inom Diagnostiskt centrum finns idag ett molekylär genetiskt laboratorium som skulle kunna utveckla sitt analysspektra med både molekylär patologiska och mikrobiella genetiska analyser. Ett stärkande av laborativa personalresurser och instrumentering skulle innebära att landstinget kan erbjuda sjukvården en tids och kostandeseffektiv genetiska analys för länets invånare. Landstinget blir även då en del av den nationella GMS-satsningen och bidrar aktivt till utvecklingen inom fältet. Utredningen förespråkar att landstinget satsar på bildande av ett molekylärgenetiskt centrum inom Diagnostiskt centrum på länssjukhuset i Kalmar. Åtgärden är ett viktigt steg i utvecklingen, för att NGS-etablerandet och GMC-samverkan ska bli framgångsrikt. Förutom att erbjuda en mer komplett och riktad sjukvårdsanalys, i rätt tid till nytta för patienten, så kan ett molekylärgenetiskt kunskapscentra bidra med att nationellt stärka landstinget och därmed vara en attraktiv arbetsgivare och rekrytera nya och behålla medarbetare inom landstinget. Uppskattad kostnadsberäkning och ökade provvolymer för åtgärdsförslaget var god se bilaga 1 och 2.

Åtgärdsförslag: Mot bakgrund av vad som framkommit i denna utredning kommer Hälso- och sjukvårdsförvaltningen arbeta för att; Etablerar ett tätare samarbete med Klinisk genetik i Linköping för utredning av ärftliga sjukdomar/syndrom genom att tillsätta en tjänst som genetisk samordnare inom länssjukhuset och tillhandahålla kliniska lokaler för mottagning av genetisk rådgivning (av sjukhusgenetiker som kommer från Linköping). Etablerar ett laboratorium för molekylärgenetik inom Diagnostisk centrum, som tekniskt sätter upp NGS-teknik och utför alla länets cancergenetiska biomarkörer för målstyrd cancerbehandling. Regional samverkan inom Sydöstra sjukvårdsregionen för att bli en aktiv resultatproducerande del av den nationella satsningen inom Genomic Medicine Sweden (GMS). 17

5 Bilagor Bilaga 1. Kostnadsberäkning bemanning/ombyggnad Bilaga 2. Uppskattade provvolymer Bilaga 3. Uppdrag: test av arbetssätt med team och länssamordnare 5.1 Bilaga 1 Uppskattad kostnadsberäkning bemanning och ombyggnad av Diagnostiskt centrum på Länssjukhuset Utökad bemanning vid molekylär genetiskt centrum från 1 jan 2019 med två fast tjänster Biolog/Genetiker och BMA. 2019 2020 2021 1.400 tkr inkl LKP 1.450 tkr inkl LKP 1.500 tkr inkl LKP Reagenskostnader/licenser etc Ombyggnad av molekylärgenetiskt laboratorium inom befintlig lokalyta på Diagnostiskt centrum. 1000 tkr 1100 tkr 1200 tkr 500tkr - - Nyinvestering av 1800tkr - 200 tkr utrustning/licenser Total: Ca 4.700 tkr Ca 2.550 tkr Ca 2.900 tkr Finansieringsförslag för år 2019/20/21 Kostnader för externt utförda cancergenetiska analyser: 500 analyser a 6000kr/st (uppskattat medelkostnad) ger utgifter på 3000 tkr/år som årligen betalas till andra landsting/regioner. Övriga externa analyser ca 2700 st a 500kr/st (förmodligen lågt medelpris) ger utgifter på ca 1350 tkr Summa ca 4300 tkr/år för kostnader som debiteras Kalmar Landsting för analyser som utfört av andra landsting. Beräknade kostnader se ovan tabell Redan under 2020 kommer satsningen att vara kostandebärande och besparande för landstinget då landstinget själv kan ombesörja genetiska analyser. GMC- Ett Molekylärgenetiskt centrum vid DC kommer även att delta i det nationella statligt finansierade GMS-initiativet. Om Landstinget i Kalmar blir en aktiv del i GMC kan man även räkna med en stödfinansiering från GMS som totalt kommer att söka statligt finansieringsstöd med flera miljarder.

5.2 Bilaga 2 Uppskattade provvolymer Uppskattade provvolymer för molekylärpatologiska analyser Cancer i Siffror 2018 http://www.socialstyrelsen.se/lists/artikelkatalog/attachments/20976/2018-6-10.pdf Antal cancerfall i Sverige - Kalmar landsting (uppskattat motsvarande 2.5% av total population) Urval ur tumörtyper som kan kopplas till genetisk biomarkör för diagnostik/behandling/prognos Tumörtyp Antal fall i Sverige *2016 Uppskattat antal fall i Lt Kalmar Biomarköranalys Kommentar Bröstcancer 8986 250 HER2*/PIC3CA *Utförs i klinisk rutin i Lt Kalmar Tjock och 6855 170 KRAS/BRAF/NRAS ändtarmscancer Malignt melanom 4151 100 *BRAF/KIT *Vid stadium IV PDL1/TMB Lungcancer Alla typer 3891 100 *EGFR/BRAF/ALK/ROS/RET *NSCLS/NonSquam Livmoderhalscancer (cervix) 543 15 HPV* *Screening på 20.000 kvinnor/år i Lt Kalmarrutin 2019 Äggstockscancer 544 15 BRCA1/2 Magsäckscancer 796 20 HER2 Blodcancer (Lymfom/AML/KML Ca 2500 60 Div. fusionsgener/abl1 resistensmut. mfl Sarkom 379 10 Div. fusionsgener Analys cancer: Uppskattningsvis finns ett behov av 500 nya genetiska canceranalyser/år inom landstinget. Del av denna diagnostik utförs idag utförs på andra nationella laboratorium. Med stor sannolikhet kommer de genetiska analyserna att utökas med 10-20% per år under de närmaste åren. Det nationella samarbetet med Genom Medicine Sweden (GMS) och centrat vid universitetssjukhuset i Linköping kommer att förutsätta att landstinget kan utföra de efterfrågade molekylär patologiska undersökningarna lokalt. Ett bildande av ett molekylär genetisk centrumbildning skulle säkerställa landstigets aktiva roll inom den kliniska cancergenetiken Övriga genetiska analyser som idag (aug 2018) måste skickas för genetisk utredning till annat landsting. Siffrorna är för år 2017. Mikrobiologiska analyser DNA faktor II/V DNA HLA Antal prov Genetisk frågeställning Kommentar 2567st Hepatit B/C, HIV1, Mycobakterium tub.komp, CMV, Bortella, m fl (totalt 32 st) 94 st 4 st 19

5.3 Bilaga 3 - Avrapportering av arbetssätt med team och länssamordnare Arbetsgrupp: Per Ingvarsson, Hälso- och sjukvårdsförvaltningen Eva Järvholm, IT förvaltningen Cathrine Johansson, projektledare länssjukhuset Cecilia Gunnarsson, Klinisk Genetik Linköping

6 Referenser Diagram/Figur Figur 1 Graf och data Cancer i Siffror 2018/Socialstyrelsen Figur 2 Kalimutho et al. TPS dec 2015 Figur 3 RMPG medicinsk diagnostiks framtidsmodell för nivåstrukturering Figur 4 Richard Rosenqvist KI Figur 5 Richard Rosenqvist KI Hemsida Rapport Klinisk genetik i Sydöstra sjukvårdsregionen (fotnot) Strategi för Genomic Medicine Center i Sydöstra sjukvårdsregionen (fotnot) Samarbete Klinisk genetik Sydöstra sjukvårdsregionen och Landstinget i Kalmar län (fotnot) Rapport IT-stöd inom klinisk genetik i Sydöstra sjukvårdsregionen (fotnot) Administrativa rutiner/riktlinjer gällande medicinsk kodning, genetisk provtagning, fakturering och behörigheter i Cosmic (fotnot) 21