Utdrag ur Ackrediteringens omfattning MIK3241-12

1 (11) 2015-04-15 Klinisk mikrobiologi Utdrag ur Ackrediteringens omfattning MIK3241-12 Bakteriologisk diagnostik Antikroppsbestämning B. pertussis IgG- och IgA-Ak EIA FHA-IgG CV < 15%; FHA-IgA CV < 15% PT-IgG CV < 10% PT-IgA CV < 20%. Borrelia IgG- och IgM-Ak EIA IgG CV < 15%, IgM CV < 10% Borrelia IgG- och IgM-Ak /Csv EIA erum Borr IgG CV < 20%, IgM 30 %; csv Borr IgG CV <15%, IgM CV =15% Chlamydophila IgG- och IgM-Ak EIA IgG CV < 20 % IgM CV < 25% Difteri toxin-ak NT IU/ml +/- 1 titersteg Helicobacter pylori IgG-Ak EIA CV <20% Mycoplasma pneumoniae IgG- och IgM-Ak EIA IgG CV < 20 % IgM CV < 15% yfilis IgG- och IgM-Ak CMIA CV <20% H, yfilis IgM-Ak EIA CV < 10% yfilis TPPA /Csv AGGL +/- 1 titersteg yfilis VDRL /Csv FLOCKN +/- 1 titersteg Tetanus IgG-Ak EIA IU/ml CV < 10 %

2 (11) Blod/Cerebrospinalvätska Bakterier och svamp Blod ODL AE+AN Växt/Ingen växt H, Bakterier och svamp Csv ODL AE+AN Växt/Ingen växt H, vamp Blod ODL Växt/Ingen växt H, Meningitbakterier DNA CV/ isolat PCR Positiv/Negativ H, Faeces Clostridium difficile-toxin B-DNA F PCR Positiv/Negativ H, EHEC-, EPEC-, ETEC- och EIEC-DNA F PCR Positiv/negativ, vt1- och/eller vt2-, eaea- och bfpa-, eltboch/eller esta-, ial-generna har påvisats/ej påvisats Helicobacter pylori-ag F IMKR Positiv/Negativ Patogena tarmbakterier (almonella, higella, Yersinia, Campylobacter, Aeromonas, Plesiomonas, Vibrio, Clostridium difficile) F ODL Växt/Ingen växt H, Genitala prov Bakterier och svamp Cervix/Uretra ODL Växt/Ingen växt H, Chlamydia trachomatis-/neisseria gonorrhoeae-dna Cervix/Uretra/U/Vaginalsekret NAT; DA Positiv/Negativ H Mycoplasma genitalium-dna U/ Cervix- och uretrasekret i urin PCR Positiv/Negativ H Neisseria gonorrhoeae ekret/cervix/uretra/rektum ODL Växt/Ingen växt H Neisseria gonorrhoeae-dna ekret/cervix/uretra/rektum PCR Positiv/Negativ H

3 (11) Luftvägar Arcanobacterium haemolyticum ekret/ svalg ODL Växt/Ingen växt H, Bordetella pertussis/ parapertussis-dna Chlamydophila pneumoniae-dna PCR Påvisad/ej påvisad PCR Påvisad/Ej påvisad Corynebacterium diphtheriae ekret/svalg/sår ODL Växt/Ingen växt Legionella BAL/luftvägar/sekret/vävnad/ kultur ODL och/eller MIKR, IF Växt/Ingen växt Legionella species-dna ekret/bal/putum PCR Påvisad/Ej påvisad Legionella pneumophila-dna PCR Påvisad/Ej påvisad Icke-tuberkulösa mykobakterier Kultur EKV Artbestämning Mycobacterium tuberculosis-komplexet- och Mykobakterier-DNA Kultur PCR/ HYBR Art och resistensbestämning Mycobaterium tuberculosis-dna ekret/vävnader/kroppsvätskor PCR Påvisad/ Ej påvisad Mykobakterier ekret/vävnader/kroppsvätskor MIKR Förekomst/Ingen förekomst Mykobakterier ekret/vävnader/kroppsvätskor ODL Växt/Ingen växt Mykobacterium tuberculosis-komplexet Kultur RE /R Mycoplasma pneumoniae- DNA Nf-aspirat/Nf-sekret/valgsekret/Trakealsekret/Bronksekret/BAL/CV/putum Nf-aspirat/Nf-sekret/valgsekret/Trakealsekret/Bronksekret/BAL/CV/putum Nf-aspirat/Nf-sekret/valgsekret/Trakealsekret/Bronksekret/BAL/CV/putum Nf-aspirat/Nf-sekret/valgsekret/Trakealsekret/Bronksekret/BAL/CV/putum PCR Påvisad/ Ej påvisad Patogena luftsvägbakterier ekret/nf/svalg ODL Växt/Ingen växt H, Patogena bakterier och svamp BAL/Borste/Bronk/gingiva/sinus ODL Växt/Ingen växt H,

4 (11) Patogena bakterier och svamp ekret från bronk /trakea/trakealtub ODL Växt/Ingen växt H, Patogena bakterier och svamp putum ODL Växt/Ingen växt H, år/ekret Patogena bakterier ekret/pus/punktat/dränage/ Vävnad/pleura kateter/faeces ODL AE+AN Växt/Ingen växt H, Urin Legionella pneumophila-ag U EIA Påvisat/Ej påvisat Patogena bakterier U ODL Växt/Ingen växt H, Övrigt, bakteriologisk diagnostik Artbestämning av bakterier Kultur Maldi-TOF H, Bestämning av MIC, minsta hämmande koncentration antibiotika Resistensbestämning Kultur RE, mik mg/ml H, Resistensbestämning Kultur RE; DIK H, Mykologisk diagnostik Artbestämning av jästsvamp och mögelsvamp Kultur Maldi-TOF H, Aspergillus-Ag /BAL/Bronk EIA Påvisad/Ej påvisad Aspergillus-DNA Blod/P/putum/Bal/Vävnad PCR Positivt/Negativt H Cryptococcus-Ag /Csv Lateral Flow Assay Negativt/Positivt/Påvisad/ Ej påvisad H, Dermatofyter, jästsvamp, mögelsvamp Hud-, nagelskrap/hår ODL Växt/Ingen växt Dermatofyt-DNA Nagel/Hudskrap från fötter PCR Positivt/Negativt Pneumocystis jiroveci-dna BAL, sputum PCR Positivt/Negativt H Resistensbestämning Kultur EUCAT mg/l

5 (11) Resistensbestämning Kultur NCCL mg/l Resistensbestämning Kultur RE, mik mg/l H, Resistensbestämning av jästsvamp och Aspergillus mögelsvamp Isolat RE, mik mg/l H, vamp ekret/vävnader/kroppsvätskor MIKR Fynd/ Inga fynd H, vamp ekret/vävnader/kroppsvätskor ODL Växt/Ingen växt H, Candida-arter Blod (från blod odlingsflaskor) PNA FIH Hybridiseri ng Påvisat/Ej påvisat H, Parasitologisk diagnostik Cryptosporidier F MIKR Påvisad/Ej påvisad H Cystor och maskägg F MIKR Påvisad/Ej påvisad H Leishmania Benmärg/sår MIKR Påvisad/Ej påvisad H Malaria Blod MIKR Påvisad/Ej påvisad H, Mikrofilaria Blod MIKR Påvisad/Ej påvisad H Mikrofilaria Hud MIKR Påvisad/Ej påvisad H chistosoma U, Rektal vävnad MIKR Påvisad/Ej påvisad H pringmask, Enterobius vermicularis Tapeprov MIKR Påvisad/Ej påvisad H trongyloides F ODL Påvisad/Ej påvisad H Toxoplasma gondii IgG-Ak CMIA CV <20% Toxoplasma gondii IgM-Ak CMIA CV <15 % Toxoplasma gondii-dna Fostervatten PCR Positivt/Negativt H Trophozoiter F, färskprov MIKR Påvisad/Ej påvisad H Trypanosoma Blod MIKR Påvisad/Ej påvisad H

6 (11) Vårdhygienisk diagnostik Bacillus subtilis och Bacillus stearotermophilus portest, autoklav och torrsterilisator ODL terilt/osterilt H Bakterier Bassängvatten ODL cfu/ml Bakterier Cellodlingsmedier mm, med och utan antibiotika, samt graft, benbitar mm ODL cfu/ml H, Bakterier Modersmjölk ODL cfu/ml H Bakterier Övrigt vatten ODL cfu/ml Bakterier Trombocytkoncentrat och andra blodprodukter ODL cfu/ml H, Bakterier och svamp Renat vatten, hemodialysvätska ODL cfu/ml Bakterier och svamp Hemofiltrationsvätska ODL cfu/ml Bakterier och svamp köljvätska från endoskopdiskdesinfektor, ODL cfu/ml Endotoxin Vatten Endoafe- MC system EU/mL EBL, screening F/ekret/U ODL Växt/Ingen växt H, Legionella Vatten ODL Växt/Ingen växt MRA, nuc screening Näsa/ekret/U PCR Påvisad/Ej påvisad/ Positiv/Negativ H, MRA, verifiering Kultur PCR Påvisad/Ej påvisad/ Positiv/Negativ H, VRE, screening F/ekret/U PCR Positiv/Misstänkt positiv/negativ H VRE verifiering Kultur PCR Positiv/Negativ H

7 (11) Virologisk diagnostik tora luftvägsviruspaketet Adenovirus, bocavirus, coronavirus OC43, coronavirus NL63, coronavirus HKU1, coronavirus 229E, enterovirus-rna, influensa-virus A typ H1N1, metapneumovirus, parainfluensavirus 1, 2 och 3, rhinovirus, Lilla luftvägsviruspaketet Influensa-virus A och B, R-virus Nf/BAL/sekret, sputum PCR Positiv/Negativ Nf-aspirat /BAL /trakealsekret PCR Positiv/Negativ H, Adenovirus Adenovirus-DNA P PCR; kvant Kopior/mL 500-1x10 8 (CV <50%) H Adenovirus-DNA F/Ögonsekret PCR kval Positiv/Negativ H, CMV CMV-DNA /Vävnad PCR Positiv/Negativ H CMV-DNA BAL/Helblod/U/bröst-mjölk/Csv PCR; kvant Kopior/mL 500-1x10 8 CV <50% H CMV IgG-Ak CMV IgM-Ak CMIA Au/mL CV <15% H, EIA CV <20% CMIA CV <20% EIA CV <10%

8 (11) EBV EBV-DNA PCR; kvant Kopior/mL 500-1x10 8 CV <40% H EBV EBNA IgG-Ak CMIA CV <10% EBV VCA IgG-Ak EBV VCA IgM-Ak Enterovirus ELFA Påvisade/Gränsvärde/Negativ CMIA CV<15% ELFA Påvisade/Gränsvärde/Negativ CMIA CV<15% Enterovirus-RNA Csv/F PCR Positiv/Negativ H, Hepatit A-, B-, C- och D-virus Hepatit A IgG-Ak CMIA Positiv/Negativ H, Hepatit A IgM-Ak CMIA Positiv/Gränsvärde/Negativ H, Hepatit B core-ak (anti-hbcii) CMIA Positiv/Negativ H, ChLIA Positiv/Negativ H Hepatit B core IgM-Ak (anti-hbc IgM) CMIA Positiv/Negativ H, Hepatit B e-ak (anti-hbe) CMIA Positiv/Negativ H, Hepatit B yt-ak (anti-hbs) CMIA IU/L 0 1000, CV <15% H, Hepatit B e-ag (HBeAg) CMIA Positiv/Negativ H, Hepatit B-DNA kvant P PCR; kvant IU/mL Ej påvisat - >1.70E8, CV <25% H Hepatit B yt-ag (HBsAg Qualitative II) CMIA Positiv/Negativ H, ChLIA Positiv/Negativ H

9 (11) Hepatit C-Ak CMIA Positiv/Negativ H, ChLIA Positiv/Negativ H Hepatit C-Ak konfirmation INNO-LIA Positiv/Gränsvärde/Negativ/ H, Hepatit C-RNA P PCR; kvant IU/mL Ej påvisat - >1.00E8, CV <25% H Hepatit D-Ak EIA Positiv/Negativ H Herpes simplex Herpes simplex 1- och 2-DNA Csv PCR Positiv/Negativ H, Herpes simplex 1- och 2-DNA Blåsa NAT; DA Positiv/Negativ H, Herpes simplex 1- och 2-DNA ekret/ögon PCR Positiv/Negativ Herpes simplex 1 och 2 IgG-Ak EIA HV 1: CV=15%, HV 2 C =20% Herpes simplexvirus IgG-Ak EIA CV <20% Herpesvirus 6 Herpesvirus 6 (HHV-6)-DNA P//Benmärg PCR; kvant Kopior/mL Negativt, <500-1x10 8, (CV <15%) H HIV och HTLV HIV-1/HIV-2-Ag/Ak CMIA Positiv/Negativ H, ChLIA Postiv/Negativ H HIV-1-/HIV-2-Ak konfirmation IMKR Positiv/Gränsvärde/Negativ H, HIV p24 antigen och HIV p24 antigen neutralisationstest EIA Positiv/Negativ H, HTLV-1/HTLV-2-Ak CMIA Positiv/Negativ H, ChLIA Positiv/Negativ H HIV-1-RNA P PCR; kvant kopior/ml Ej påvisat =<20 - >1.00E7, CV<25% H

10 (11) Morbillivirus Morbillivirus IgG-Ak EIA miu/ml CV <20% Morbillivirus IgM-Ak EIA CV=20% Norovirus Norovirus G1 och G2 RNA F/kräkningar PCR Positiv/Negativ H, Parechovirus Parechovirus-RNA Csv/F PCR Positiv/Negativ H, Parotitvirus Parotitvirus IgG-Ak EIA CV <15% Parotitvirus IgM-Ak EIA CV <15% Parvovirus B19 Parvovirus B19-DNA Benmärg PCR Positiv/Negativ H Parvovirus B19-DNA PCR; kvant Kopior/mL 500-1x10 8 CV<50% H Parvovirus B19 IgG- och IgM-Ak EIA IgG CV <15%, IgM CV <15% Rotavirus Rotavirus-RNA F PCR Positiv/Negativ H, Rubellavirus Rubellavirus IgG-Ak Rubellavirus IgM-Ak EIA Påvisade/Gränsvärde/Negativ CMIA IU/mL CV <10 % H, ELFA Påvisade/Gränsvärde/Negativ EIA CV=10 %

11 (11) apovirus apovirus-rna F/kräkning PCR Positiv/Negativ H, TBE-virus TBE-virus IgG-Ak EIA CV <20% TBE-virus IgM-Ak EIA CV <15% Varicella zoster-virus Varicella zoster-virus-dna Blåssekret, Csv PCR Positiv/Negativ H, Varicella zoster-virus IgG-Ak EIA miu/ml CV <15% ELFA Påvisade/Gränsvärde/Negativ Varicella zoster-virus IgM-Ak EIA CV<20% ystem: BAL = Bronkoalveolärt lavage, Lkc = Leukocyter, F = Feces, Nf = Nasofarynx, P = Plasma, = erum, Csv = Cerobrospinalvätska, U = Urin, Bi = Biopsi Metoder: AGGL = Agglutination, ChLIA = Chemiluminescent Immuno Assay, CMIA = Chemiluminescent Microparticle Immuno Assay, CYTOTOX = Cytotoxintest, EIA = Enzyme Immuno Assay, ELFA = enzymelinked fluorescent antibody assay, FLOCKN = Flockning, FPIA = Fluorescence Polarisation Immuno Assay, IF = Immunfluorescens, IMKR = Immunkromatografi, KB = Komplementbindning, MEIA = Microparticle Enzyme Immuno Assay, RE, mik = Resistensbestämning vid mikrospädningsmetod, MIF = Immunfluorescens, mikro-, MIKR = Mikroskopi, NAAT= Nucleic Acid Amplification Test, DA = trand Displacement Amplification ( Nukleinsyra-amplifieringsteknik), NT = Neutralisationstest, ODL = Odling, ODL AE+AN = Odling aerob och anaerob, PCR = Polymerase Chain Reaction, PCR HYBR = Polymerase Chain Reaction Hybridisering, PCR; kvant = Realtids-PCR; kvantitativ, RE; DIK = Resistensbestämning, diskdiffusion, RIBA = Recombinant Immunoblot Assay, EKV = ekvensering Nivå/Mätosäkerhet: = sensitiv, R= resistent Ort: H = Huddinge, = olna