Handbok för QIAsymphony DSP DNA

Februari 2012 Handbok för QIAsymphony DSP DNA 192 (katalognr 937236) Version 1 96 (katalognr 937255) QIAsymphony DSP DNA Mini Kit QIAsymphony DSP DNA Midi Kit 937236, 937255 1069185SV QIAGEN GmbH, QIAGEN Strasse 1, D-40724 Hilden R1 1069185SV Sample & Assay Technologies

QIAGEN provtagnings- och analysmetoder QIAGEN är den ledande tillverkaren av innovativa provtagnings- och analysmetoder som möjliggör isolering och detektion av innehållet i vilket som helst biologiskt prov. Våra avancerade, högkvalitativa produkter och tjänster säkerställer framgång från prov till resultat. QIAGEN bestämmer normerna vid: rening av DNA, RNA och proteiner nukleinsyra- och proteinanalyser mikrorna-forskning och RNAi automatisering av provtagnings- och analysmetoder. Vår uppgift är att göra det möjligt för dig att uppnå stor framgång och genombrott. För ytterligare information, se www.qiagen.com.

Innehåll QIAGEN provtagnings- och analysmetoder 2 Avsedd användning 4 Sammanfattning och förklaring 4 Principer för förfarandet 4 Material som medföljer 7 Kitinnehåll 7 Material som behövs men inte medföljer 8 Varningar och försiktighetsåtgärder 9 Förvaring och hantering av reagens 11 Hantering och förvaring av prover 11 Förfarande 12 Automatiserad rening på QIAsymphony SP 12 Protokoll Rening av DNA 17 Felsökningsguide 21 Kvalitetskontroll 24 Begränsningar 24 Referenser 24 Symboler 26 Kontaktinformation 27 Bilaga: Kvantifiering och bestämning av renhet av DNA 28 Kvantifiering av DNA 28 Renhet av DNA 29 Beställningsinformation 30 Handbok för QIAsymphony DSP DNA 02/2012 3

Avsedd användning QIAsymphony DSP DNA Mini Kit och QIAsymphony DSP DNA Midi Kit använder magnetisk partikelteknologi för automatiserad isolering och rening av DNA från biologiska prover. Produkterna är avsedda att användas av yrkesanvändare, såsom tekniker och läkare som är utbildade i molekylärbiologiska metoder. QIAsymphony DSP DNA-systemet är avsett för in vitro-diagnostik. Sammanfattning och förklaring QIAsymphony DSP DNA Kit ska endast användas tillsammans med QIAsymphony SP. QIAsymphony DSP DNA Kit består av reagenser för helautomatiserad och samtidig rening av total-dna från humant helblod, buffy coat, vävnader, FFPE-vävnader, odlade celler och bakterieodlingar samt virus-dna från humant helblod. Prestandaegenskaperna för varje virusart, vävnad, FFPE-vävnad, cellodling eller bakterieart har emellertid inte fastställts och måste valideras av användaren. Den magnetiska partikelteknologin möjliggör rening av högkvalitativa nukleinsyror som är fria från proteiner, nukleaser och andra orenheter. Renade nukleinsyror är färdiga för direkt användning i påföljande tillämpningar, t.ex. förstärkning eller andra enzymatiska reaktioner. QIAsymphony SP utför alla steg i reningsförfarandet. I en enda körning behandlas upp till 96 prover i satser på 24. Manuell provförbehandling krävs för protokoll med vävnader, FFPE-vävnader, odlade celler och bakterier. Principer för förfarandet QIAsymphony-teknologin kombinerar hastigheten och effektiviteten av kiselbaserad nukleinsyrarening med den praktiska hanteringen av magnetiska partiklar (figur 1, sida 5). Reningsförfarandet är utformat för att säkerställa säker och reproducerbar hantering av potentiellt infektiösa prover och utgör fyra steg: lysering, bindning, tvättning och eluering (se flödesdiagram, sida 6). Användaren kan välja mellan olika elueringsvolymer. 4 Handbok för QIAsymphony DSP DNA 02/2012

Stavskydd Magnetisk stav Långsam rörelse upp och ned för att samla in magnetiska partiklar Långsam rörelse upp och ned av stavskyddet för att frigöra magnetiska partiklar Magnetisk stav Stavskydd Överföring Reagens 1 och magnetiska partiklar Reagens 2 och magnetiska partiklar Brunn 1 Brunn 2 Figur 1. Schematisk bild av QIAsymphony SP-principen. QIAsymphony SP behandlar ett prov som innehåller magnetiska partiklar enligt följande: En magnetisk stav som skyddas av ett stavskydd förs ned i en brunn som innehåller provet och drar till sig de magnetiska partiklarna. Det magnetiska stavskyddet placeras över en annan brunn och de magnetiska partiklarna frigörs. QIAsymphony SP använder ett magnethuvud som består av en uppsättning av 24 magnetiska stavar och kan därför behandla upp till 24 prover samtidigt. Steg 1 och 2 upprepas flera gånger under provbehandlingen. Handbok för QIAsymphony DSP DNA Kit 02/2012 5

QIAsymphony DSP DNA-förfarande Blod och buffy coat Vävnader och celler Extern lysering Prov plus lyseringsbuffert och magnetiska partiklar överförs till provberedningspatronen Överföring av lysat till QIAsymphony Lysat plus bindningsbuffert och magnetiska partiklar överförs till provberedningspatronen DNA binder till magnetiska partiklar Magnetisk separation Tvättning Magnetisk separation Ren och högkvalitativ DNA 6 Handbok för QIAsymphony DSP DNA 02/2012

Material som medföljer Kitinnehåll QIAsymphony DSP DNA Kit Mini Midi Katalognr 937236 937255 Antal provpreparat 192 96* RC ER PL ATE RSS Reagent Cartridge (Reagenspatron) Enzyme Rack (Enzymställ) Piercing Lid (Instickslock) Buffer ATE (Buffert ATE) (20 ml) Reuse Seal Set (Återanvändbar tätningssats) 2 2 2 2 2 2 20 ml 20 ml 2 2 Handbook (Handbok) 1 1 * För 96 x 1000 μl preparat eller 144 x 400 μl preparat. Innehåller guanidinsalter. Får inte komma i kontakt med desinfektionsmedel som innehåller blekmedel. Se sidan 9 för säkerhetsinformation. Innehåller natriumazid som konserveringsmedel. En återanvändbar tätningssats innehåller 8 återanvändbara tätningsremsor. Handbok för QIAsymphony DSP DNA Kit 02/2012 7

Material som behövs men inte medföljer Använd alltid en lämplig laboratorierock, engångshandskar och skyddsglasögon vid hantering av kemikalier. Se lämpliga datablad för materialsäkerhet för ytterligare information som finns tillgängliga från produktleverantören. Sample Prep Cartridges, 8-well cartridges (Provberedningspatroner, 8 brunnar), (kat.nr 997002) 8-Rod Covers (8-stavars skydd) (kat.nr 997004) Filter-Tips (Filterspetsar), 200 μl och 1500 μl (kat.nr 990332 och 997024) Provrör (t.ex. 2 ml provrör med skruvlock, Sarstedt kat.nr 72.693 eller utan lock, Sarstedt kat.nr 72.608 eller Sarstedt kat.nr 72.694). Kompatibla primära och sekundära format för rör och plattor finns på www.qiagen.com/goto/dspdnakits. Elueringsrör eller -plattor. Kompatibla format för elueringsrör och -plattor finns på www.qiagen.com/goto/dspdnakits. Fosfatbuffrad koksaltlösning (PBS, kan krävas för att späda prover) Vortex Valfritt: DNase-fritt RNase A (om RNA-fri DNA krävs) För ytterligare material som behövs för tillämpningar för vävnad och blod med virus, se protokollblad på www.qiagen.com/goto/dspdnakits. 8 Handbok för QIAsymphony DSP DNA 02/2012

Varningar och försiktighetsåtgärder För in vitro-diagnostik. Använd alltid lämplig laboratorierock, engångshandskar och skyddsglasögon vid hantering av kemikalier. Se lämpliga datablad för materialsäkerhet för ytterligare information. Dessa finns tillgängliga online i praktiskt och kompakt PDF-format på www.qiagen.com/support/msds.aspx där du finner och kan skriva ut datablad för materialsäkerhet för alla QIAGEN-kit och kitkomponenter. FÖRSIKTIGHET: Tillsätt INTE blekmedel eller sura lösningar direkt till provavfallet. Buffertar i reagenspatronerna (RC) innehåller guanidinsalter som kan bilda mycket reaktiva föreningar när de kombineras med blekmedel. Om vätska innehållande dessa buffertar spills måste den torkas upp med lämpligt laboratorierengöringsmedel och vatten. Om den utspillda vätskan innehåller potentiellt infektiösa ämnen ska ytan först rengöras med laboratorierengöringsmedel och vatten och därefter med 1 % (v/v) natriumhypoklorit. Följande riskhänvisningar och skyddsfraser (R- och S-fraser) gäller för komponenterna i QIAsymphony DSP DNA Kit. QSL1 Xn Innehåller guanidinhydroklorid: hälsoskadligt och irriterande. Risk- och skyddsfraser:* R22-36/38, S13-26-36-46 QSB1 F, Xn Innehåller isopropanol och guanidintiocyanat: mycket brandfarligt, hälsoskadligt och irriterande. Risk- och skyddsfraser:* R11-20/21/22-32-36-67, S13-26-36/37/39-46 QSW1 F, Xn Innehåller guanidinhydroklorid och etanol: mycket brandfarligt, hälsoskadligt och irriterande. Handbok för QIAsymphony DSP DNA Kit 02/2012 9

Risk- och skyddsfraser:* R11-22-36/38, S13-26-36/37/39-46 QSW2 F Innehåller etanol: mycket brandfarligt. Risk- och skyddsfraser:* R11, S7-16 Proteinas K Xn Innehåller proteinas K: sensibiliserande, irriterande. Risk- och skyddsfraser:* R36/37/38-42/43, S23-24-26-36/37 24-timmars nödsituationsinformation Medicinsk nödsituationsinformation på engelska, franska och tyska kan erhållas dygnet runt från: Giftinformationscentret i Mainz, Tyskland Tel: +49-6131-19240 * R11: Mycket brandfarligt, R20/21/22: Farligt vid inandning, hudkontakt och förtäring, R22: Farligt vid förtäring, R32: Utvecklar mycket giftig gas vid kontakt med syra, R36: Irriterar ögonen, R36/38: Irriterar ögonen och huden, R36/37/38: Irriterar ögonen, andningsorganen och huden, R42/43: Kan ge allergi vid inandning och hudkontakt, R67: Ångor kan göra att man blir dåsig och omtöcknad, S7: Förpackningen förvaras väl tillsluten, S13: Förvaras åtskilt från livsmedel och djurfoder, S16: Förvaras åtskilt från antändningskällor rökning förbjuden, S23: Undvik inandning av ånga, S24: Undvik kontakt med huden, S26: Vid kontakt med ögonen, spola genast med mycket vatten och kontakta läkare, S36: Använd lämpliga skyddskläder, S36/37: Använd lämpliga skyddskläder och skyddshandskar, S36/37/39: Använd lämpliga skyddskläder, skyddshandskar samt skyddsglasögon eller ansiktsskydd, S46: Vid förtäring kontakta genast läkare och visa denna förpackning eller etiketten. 10 Handbok för QIAsymphony DSP DNA 02/2012

Förvaring och hantering av reagens QIAsymphony DSP DNA Kit ska förvaras upprätta vid rumstemperatur (15 25 C). De magnetiska partiklarna i reagenspatronerna (RC) förblir aktiva vid förvaring vid denna temperatur. Förvara inte reagenspatronerna (RC) vid temperaturer lägre än 15 C. QIAsymphony DSP DNA Kit innehåller bruksfärdig proteinas K-lösning som kan förvaras vid rumstemperatur. Kitet är hållbart fram till utgångsdatumet som anges på kitkartongen vid korrekt förvaring. Delvis använda reagenspatroner (RC) kan förvaras under maximalt 2 veckor vilket möjliggör kostnadseffektiv återanvändning av reagenser och flexiblare provbearbetning. Om en reagenspatron (RC) används delvis ska locket placeras på tråget med de magnetiska partiklarna och reagenspatronen (RC) ska förseglas med de medföljande återanvändbara tätningsremsorna omedelbart efter avslutning av en protokollkörning för att undvika avdunstning. För att undvika avdunstning får reagenspatronen (RC) vara öppen under maximalt 15 timmar (inklusive körningstider) vid en maximal omgivningstemperatur på 30 C. Körning av satser med lågt provantal (<24) ökar både tiden som reagenspatronen (RC) är öppen och de nödvändiga buffertvolymerna vilket möjligtvis kan minska det totala antalet möjliga provberedningar per patron. Undvik exponering av reagenspatronerna (RC) för UV-ljus (t.ex. vid dekontamination) eftersom exponering kan orsaka accelererad föråldring av reagenspatronerna (RC) och buffertarna. Obs! Etiketten på kartongen för QIAsymphony DSP DNA Kit anger utgångsdatum för kitet. Resultatfilen dokumenterar utgångsdatum för endast reagenspatronen (RC). Hantering och förvaring av prover Undvik skumbildning i eller på proverna. Provförbehandling kan vara nödvändig beroende på startmaterialet. Prover ska bringas i jämvikt till rumstemperatur (15 25 C) innan du startar körningen. För mer information om det automatiserade förfarandet (inklusive information om provrör som kan användas med specifika protokoll) och specifika provförbehandlingar, se det relevanta protokollbladet som finns tillgängligt på www.qiagen.com/goto/dspdnakits. Handbok för QIAsymphony DSP DNA Kit 02/2012 11

Förfarande Automatiserad rening på QIAsymphony SP QIAsymphony SP gör automatiserad provberedning enkel och praktisk. Prover, reagenser och konsumtionsvaror samt eluat separeras i olika lådor. Ladda helt enkelt prover, reagenser som tillhandahålls i särskilda patroner och förinstallerade konsumtionsvaror i lämplig låda före en körning. Starta protokollet och avlägsna renad DNA från lådan Eluate (eluat) efter bearbetningen. De användarhandböcker som medföljer instrumentet innehåller driftinstruktioner. Obs! Valfritt underhåll är inte obligatoriskt för instrumentfunktionen men det rekommenderas starkt för att minska risken för kontamination. Omfattningen av tillgängliga protokoll utökas kontinuerligt och ytterligare QIAGEN-protokoll kan gratis laddas ned från www.qiagen.com/goto/dspdnakits. Ladda reagenspatroner (RC) i lådan Reagents and Consumables (reagenser och konsumtionsvaror) Reagenser för rening av DNA finns inneslutna i en innovativ reagenspatron (RC) (figur 2). Varje tråg i reagenspatronen (RC) innehåller ett särskilt reagens, till exempel magnetiska partiklar, lyseringsbuffert, tvättbuffert eller elueringsbuffert. Delvis använda reagenspatroner (RC) kan stängas på nytt med återanvändbara tätningsremsor för senare återanvändning vilket förhindrar uppkomsten av avfall på grund av överblivna reagenser mot slutet av reningsförfarandet. Återanvändbar tätningsremsa Instickslock (PL) Enzymställ (ER) Skåror för skruvlock från enzymrör Tråg för magnetiska partiklar Ram med reagenstråg Reagenspatronhållare Figur 2. QIAsymphony-reagenspatron (RC). Reagenspatronen (RC) innehåller alla reagenser som behövs för protokollkörningen. 12 Handbok för QIAsymphony DSP DNA 02/2012

Innan du startar förfarandet måste du säkerställa att de magnetiska partiklarna är helt återsuspenderade. Tag bort tråget för de magnetiska partiklarna från reagenspatronramen, vortexblanda det kraftfullt under minst tre minuter och sätt tillbaka det i reagenspatronramen igen före den första användningen. Placera reagenspatronen (RC) i reagenspatronhållaren. Placera enzymstället (ER) i reagenspatronhållaren. Innan du använder en reagenspatron (RC) för första gången ska du placera instickslocket (PL) på reagenspatronen (RC) (figur 3). Obs! Instickslocket (PL) är vasst. Var försiktig när du placerar det på reagenspatronen (RC). Kontrollera att du placerar instickslocket (PL) på reagenspatronen (RC) i rätt riktning. När du har tagit bort locket till tråget för de magnetiska partiklarna och öppnat enzymställrören (skruvlock kan förvaras i skåror avsedda för detta ändamål, se figur 2 ovan) laddar du därefter reagenspatronen (RC) i lådan Reagents and Consumables. Instickslock (PL) Figur 3. Enkel inställning av arbetsbord med reagenspatroner (RC). Delvis använda reagenspatroner (RC) kan förvaras tills de ska användas igen, se Förvaring och hantering av reagens på sidan 11. Ladda plastartiklar i lådan Reagents and Consumables Provberedningspatroner, 8-stavars skydd (båda förinstallerade i enhetsaskar) och filterspetsar för engångsbruk (200 μl spetsar i blå ställ och 1500 μl spetsar i grå ställ) laddas i lådan Reagents and Consumables. Obs! Säkerställ att du har tagit bort skydden på enhetsaskarna innan du laddar enhetsaskarna i lådan Reagents and Consumables. Obs! Spetsar har filter vilket hjälper till att förhindra korskontamination. Handbok för QIAsymphony DSP DNA Kit 02/2012 13

Spetsställskåror på QIAsymphony SP-arbetsbordet kan fyllas med valfri typ av spetsställ. QIAsymphony SP identifierar typen av spetsar som laddats under inventarieskanningen. Obs! Fyll inte spetsställ eller enhetsaskar för provberedningspatroner eller 8- stavars skydd på nytt innan du startar ännu en protokollkörning. QIAsymphony SP kan använda delvis använda spetsställ och enhetsaskar. För information om nödvändiga konsumtionsvaror, se det relevanta protokollbladet som finns tillgängligt på www.qiagen.com/goto/dspdnakits. För information om beställning av plastartiklar, se sidan 30. Ladda lådan Waste (avfall) Provberedningspatroner och 8-stavars skydd som används under en körning ställs på nytt i tomma enhetsaskar i lådan Waste. Säkerställ att lådan Waste innehåller tillräckligt med tomma enhetsaskar för plastavfall som uppkommer under protokollkörningen. Obs! Säkerställ att du har tagit bort skydden på enhetsaskarna innan du laddar enhetsaskarna i lådan Waste. Om du använder askar för 8-stavars skydd för att samla in förbrukade provberedningspatroner och 8-stavars skydd måste du säkerställa att du har tagit bort askens avståndsbricka. En påse för förbrukade filterspetsar måste fästas på framsidan av lådan Waste. Obs! Systemet kontrollerar inte om det finns en spetsavfallspåse. Se till att spetsavfallspåsen har fästs ordentligt innan du startar en protokollkörning. Användarhandböckerna som medföljer instrumentet ger mer information. Töm spetspåsen när du har kört maximalt 96 prover, så att det inte anhopas för många spetsar. En avfallsbehållare samlar in flytande avfall som alstrats under reningsförfarandet. Lådan Waste kan endast stängas om avfallsbehållaren finns på plats. Kassera det flytande avfallet enligt lokala säkerhets- och miljöregler. Autoklavera inte den fyllda avfallsflaskan. Töm avfallsflaskan när du har bearbetat maximalt 96 prover. Ladda lådan Eluate Ladda det nödvändiga elueringsstället i lådan Eluate. Eftersom långtidsförvaring av eluat i lådan Eluate kan leda till avdunstning av eluat rekommenderar vi starkt att du använder avkylningspositionen: använd endast Elution slot 1 (elueringsskåra 1) med motsvarande avkylningsadapter. Inventarieskanning Innan du startar en körning kontrollerar instrumentet att tillräckligt med konsumtionsvaror för satsen/satserna i kön har laddats i motsvarande lådor. 14 Handbok för QIAsymphony DSP DNA 02/2012

Beredning av provmaterial QIAsymphony DSP DNA Kit är utformade för automatiserad rening av total- DNA från humant helblod, buffy coat, vävnader, formalinfixerade och paraffininbäddade (FFPE) vävnader, odlade celler och bakterieodlingar samt virus-dna från humant helblod (tabell 1 på sidan 16). Undvik skumbildning i eller på proverna. Provförbehandling kan vara nödvändig beroende på startmaterialet. Prover ska bringas i jämvikt till rumstemperatur (15 25 C) innan du startar körningen. Manuell provförbehandling krävs för protokoll med vävnader, FFPE-vävnader, odlade celler och bakterier. För mer information om det automatiserade förfarandet (inklusive information om provrör som kan användas med specifika protokoll) och specifika provförbehandlingar, se det relevanta protokollbladet som finns tillgängligt på www.qiagen.com/goto/dspdnakits. Utbyte av renad DNA DNA-utbyten beror på provtyp, antal kärnförsedda celler i provet, startmaterialets kvalitet och protokollet som används för isolering av DNA. Eluering i små volymer ökar den slutliga DNA-koncentrationen i eluatet men minskar det totala DNA-utbytet något. Vi rekommenderar att du använder en elueringsvolym som är lämplig för den avsedda påföljande tillämpningen. QIAsymphony DSP DNA Kit renar RNA och DNA samtidigt om båda förekommer i provet. Om RNA-fri DNA krävs ska du tillsätta RNase A till provet innan du startar förfarandet. För mer information, se protokollbladen på www.qiagen.com/goto/dspdnakits. Förvara DNA Renad DNA kan förvaras vid 2 8 C i upp till fem dagar. Långtidsförvara DNA vid 20 C eller 80 C. Handbok för QIAsymphony DSP DNA Kit 02/2012 15

Tabell 1. Protokollöversikt Prov Provvolym (μl) Elueringsvolym (μl) Kit QIAsymphony SPprotokoll Helblod 200 50, 100, 200 Mini DNA Blood 200 DSP 400 100, 200, 400 Midi DNA Blood 400 DSP 1000 200, 400, 500 Midi DNA Blood 1000 DSP Buffy coat 200 200, 300, 400 Mini DNA Buffy Coat 200 DSP 400 200, 400 Midi DNA Buffy Coat 400 DSP Blod med virus Vävnad 200 200 60, 85, 110, 165 200 50, 100, 200, 400 100, 200, 400 Mini Mini Mini VirusBlood 200 DSP Tissue LC 200 DSP Tissue HC 200 DSP 16 Handbok för QIAsymphony DSP DNA 02/2012

Protokoll: rening av DNA Nedan följer ett allmänt protokoll för användning av QIAsymphony DSP DNA Kit. Detaljerad information för varje protokoll, inklusive volymer och rör, finns i protokollblad som kan laddas ned från www.qiagen.com/goto/dspdnakits. Viktigt att tänka på före start Se till att du känner till hur man använder QIAsymphony SP. De användarhandböcker som medföljer instrumentet innehåller driftinstruktioner. Valfritt underhåll är inte obligatoriskt för instrumentfunktionen men det rekommenderas starkt för att minska risken för kontamination. Innan du påbörjar förfarandet ska du läsa avsnittet Principer för förfarandet på sidan 4. Säkerställ att du är bekant med protokollbladet som motsvarar förfarandet som du vill använda (www.qiagen.com/goto/dspdnakits). Innan du använder en reagenspatron för första gången ska du kontrollera att buffertarna QSL1 och QSB1 inte innehåller någon fällning. Vid behov avlägsnar du de tråg som innehåller buffertarna QSL1 och QSB1 från reagenspatronen och inkuberar under 30 minuter vid 37 C med sporadiska omskakningar för att lösa upp fällningen. Sätt tillbaka trågen i korrekta positioner. Om du redan har stuckit igenom reagenspatronen ska du kontrollera att trågen är tätade med återanvändbara tätningsremsor och inkubera hela reagenspatronen under 30 minuter vid 37 C med sporadiska omskakningar i ett vattenbad. Försök att undvika kraftiga omskakningar av reagenspatronen (RC) eftersom det kan bildas skum, vilket kan ge upphov till problem med att upptäcka vätskenivån. Saker som bör utföras före start Innan du startar förfarandet måste du säkerställa att de magnetiska partiklarna är helt återsuspenderade. Vortexblanda tråget som innehåller de magnetiska partiklarna kraftfullt under minst tre minuter före första användningen. Se till att du har placerat instickslocket på reagenspatronen och att du har tagit bort locket på tråget för de magnetiska partiklarna. Om du använder en delvis använd reagenspatron ska du se till att du har tagit bort de återanvändbara tätningsremsorna. Se till att öppna enzymrören. Handbok för QIAsymphony DSP DNA Kit 02/2012 17

Om prover är streckkodade ska du rikta proverna i rörhållaren så att streckkoderna pekar mot streckkodsläsaren till vänster på QIAsymphony SP. För information om provrör som är kompatibla med ett visst protokoll, se motsvarande laboratorieartikellista (tillgänglig på www.qiagen.com/goto/dspdnakits). För information om minsta provvolymer för prover i primära och sekundära provrör för ett visst protokoll, se motsvarande laboratorieartikellista (tillgänglig på www.qiagen.com/goto/dspdnakits). Denna information anger även vilka provrör som kan användas för olika protokoll. Förfarande 1. Stäng alla lådor och huven. 2. Slå på QIAsymphony SP och vänta tills skärmen Sample Preparation (provberedning) visas och initieringen har slutförts. Strömbrytaren sitter nedtill i det vänstra hörnet på QIAsymphony SP. 3. Logga in på instrumentet. 4. Säkerställ att lådan Waste har förberetts korrekt och skanna inventariet i lådan Waste, inklusive spetsrännan och det flytande avfallet. Byt spetsavfallspåse vid behov. 5. Ladda det nödvändiga elueringsstället i lådan Eluate. Ladda inte en platta med 96 brunnar på Elution slot 4. Använd endast Elution slot 1 med motsvarande avkylningsadapter. Vid användning av en platta med 96 brunnar ska du se till att plattan är korrekt orienterad eftersom inkorrekt placering kan orsaka sammanblandning av prov i påföljande analys. 6. Ladda nödvändigt antal reagenspatroner och konsumtionsvaror i lådan Reagents and Consumables. 7. Utför en inventarieskanning av lådan Reagents and Consumables. 8. Placera proverna i lämplig provhållare och ladda dem i lådan Sample (prov). 9. För tillämpningar av blod med virus: Röret/rören som innehåller den interna kontrollen/buffert ATE-blandningen ska placeras i skåra A i lådan Sample. För mer information om beredning av blandningen och användning av en intern kontroll, se det relevanta protokollbladet (tillgängligt på www.qiagen.com/goto/dspdnakits). 18 Handbok för QIAsymphony DSP DNA 02/2012

10. Med pekskärmen matar du in nödvändig information för varje provsats som ska bearbetas. Ange följande information: Provinformation (beroende på de provställ som används). Protokollet som ska köras (analyskontrolluppsättning). Elueringsvolym och utmatningsposition. För tillämpningar av blod med virus: rör innehållande intern kontroll/interna kontroller. När du har matat in information om satsen ändras statusen från LOADED (LADDAD) till QUEUED (I KÖ). Så snart som en sats är placerad i kö visas knappen Run (kör). 11. Tryck på knappen Run för att starta reningsförfarandet. Alla bearbetningssteg är helautomatiserade. Mot slutet av protokollkörningen ändras satsstatusen från RUNNING (KÖR) till COMPLETED (KLAR). 12. Hämta elueringsstället som innehåller de renade nukleinsyrorna från lådan Eluate. DNA är bruksfärdig eller kan förvaras vid 2 8 C, 20 C eller 80 C. Vi rekommenderar att du tar bort eluatplattan från lådan Eluate omedelbart efter att körningen är slutförd. Beroende på temperatur och fuktighet kan elueringsplattorna som finns kvar i QIAsymphony SP efter det att körningen är slutförd kondensera eller avdunsta. I allmänhet överförs inte de magnetiska partiklarna till eluat. Om en sådan överföring inträffar så påverkas inte de flesta påföljande tillämpningar av magnetiska partiklar i eluat. Om magnetiska partiklar måste avlägsnas innan du ska utföra påföljande tillämpningar ska rör eller plattor med eluat först placeras i en lämplig magnet och eluaten ska överföras till ett rent provrör (se bilaga på sidan 28). Resultatfiler alstras för varje elueringsplatta. 13. Om en reagenspatron endast har använts delvis ska du täta den med medföljande återanvändbara tätningsremsor och stänga rören innehållande proteinas K med skruvlock direkt efter slutförd protokollkörning för att undvika avdunstning. Obs! För mer information om förvaring av delvis använda reagenspatroner (RC), se avsnittet Förvaring och hantering av reagens på sidan 11. 14. Kassera använda provrör, plattor och avfall enligt lokala säkerhetsregler. Handbok för QIAsymphony DSP DNA Kit 02/2012 19

Se sidan 9 för säkerhetsinformation. 15. Rengör QIAsymphony SP. Följ underhållsinstruktionerna i användarhandböckerna som medföljde instrumentet. Se till att du rengör spetsskydden regelbundet för att minimera risken för korskontamination. 16. Stäng instrumentets lådor och stäng av QIAsymphony SP. 20 Handbok för QIAsymphony DSP DNA 02/2012

Felsökningsguide Denna felsökningsguide kan vara användbar för att lösa eventuellt förekommande problem. För mer information, se även sidan Frequently Asked Questions (Vanliga frågor) på vårt tekniska supportcenter: www.qiagen.com/faq/faqlist.aspx. Dessutom svarar teamet hos QIAGEN:s tekniska service gärna på frågor om informationen eller protokollen i denna handbok eller prov- och analysteknologier (för kontaktinformation, se baksidan eller besök www.qiagen.com). Allmän hantering Felmeddelande som visas på pekskärmen Kommentarer och förslag Om ett felmeddelande visas under en protokollkörning, se i de användarhandböcker som medföljde instrumentet. Precipitate in reagent trough of opened cartridge (Fällning i reagenstråg i öppen patron) a) Buffertavdunstning För mycket avdunstning kan leda till ökad saltkoncentration i buffertar. Kassera reagenspatron (RC). Se till att täta bufferttrågen i en delvis använd reagenspatron (RC) med återanvändbara tätningsremsor när dessa inte används för rening. b) Förvaring av reagenspatron (RC) Förvaring av en reagenspatron (RC) under 15 C kan leda till bildning av fällningar. Vid behov avlägsnar du de tråg som innehåller buffertarna QSL1 och QSB1 från reagenspatronen (RC) och inkuberar i ett vattenbad vid 37 C under 30 minuter med sporadiska omskakningar för att lösa upp fällningen. Se till att sätta tillbaka tråget i korrekt position. Om du redan har stuckit igenom reagenspatronen (RC) ska du kontrollera att tråget stängts igen med återanvändbara tätningsremsor och inkubera hela reagenspatronen (RC) i ett vattenbad* vid 37 C under 30 minuter med sporadiska omskakningar. * Säkerställ att du har kontrollerat, underhållit och kalibrerat instrumenten regelbundet enligt tillverkarens rekommendationer. Handbok för QIAsymphony DSP DNA Kit 02/2012 21

Low DNA yield (Lågt DNA-utbyte) a) Magnetiska partiklar återsuspenderades inte helt b) Frysta blodprover eller buffy coat -prover blandades inte på lämpligt sätt efter upptining c) Ofullständig provlysering d) Ofullständig nedbrytning av vävnadsprover e) Tilltäppning av pipettspets på grund av olösligt material Kommentarer och förslag Innan du startar förfarandet måste du säkerställa att de magnetiska partiklarna är helt återsuspenderade. Vortexblanda under minst tre minuter före användning. Tina frysta blodprover eller buffy coat -prover med lätt omrörning för att garantera en noggrann blandning. Kontrollera före användning att buffert QSL1 och QSB1 inte innehåller några fällningar. Vid behov avlägsnar du de tråg som innehåller buffertarna QSL1 och QSB1 från reagenspatronen (RC) och inkuberar under 30 minuter vid 37 C med sporadiska omskakningar för att lösa upp fällningen. Om du redan har stuckit igenom reagenspatronen (RC) ska du kontrollera att trågen stängts igen med återanvändbara tätningsremsor och inkubera hela reagenspatronen (RC) under 30 minuter vid 37 C med sporadiska omskakningar i ett vattenbad. Säkerställ att vävnaden bryts ned helt genom att förlänga inkubationstiden med proteinas K. Olösligt material avlägsnades inte från provet innan du startade reningsförfarandet på QIAsymphony. Använd förbehandlingsförfaranden vid behov enligt beskrivning i motsvarande protokollblad, till exempel för viskösa provmaterial. Protokollblad finns tillgängliga på www.qiagen.com/goto/dspdnakits. * Säkerställ att du har kontrollerat, underhållit och kalibrerat instrumenten regelbundet enligt tillverkarens rekommendationer. 22 Handbok för QIAsymphony DSP DNA 02/2012

f) Dålig buffy coat - beredning vid användning av protokoll för buffy coat g) Lågt leukocytantal i helblodprovet som användes som startmaterial för buffy coat -beredning h) Ofullständig lysering av odlade celler, vävnader eller bakterier i) Pellet förlorades under FFPE-förbehandling med xylen/etanol Kommentarer och förslag Säkerställ att leukocytfraktionen samlas in på ett effektivt sätt. Om du använder protokollet för buffy coat ska du öka volymen av det använda helblodet och bibehålla en konstant volym av de insamlade leukocyterna. Om lysatet är visköst och innehåller olösligt material ska du förlänga inkubationstiden med proteinas K. Undersök proverna noggrant under förbehandling. DNA does not perform well in downstream applications (DNA fungerar inte bra i påföljande tillämpningar) a) Otillräcklig DNA använd i påföljande tillämpning b) För mycket DNA använd i påföljande tillämpning Kvantifiera renad DNA med spektrofotometrisk mätning av absorbansen vid 260 nm (se bilaga på sidan 28). För mycket DNA kan hämma vissa enzymatiska reaktioner. Kvantifiera renad DNA med spektrofotometrisk mätning av absorbansen vid 260 nm (se bilaga på sidan 28). * Säkerställ att du har kontrollerat, underhållit och kalibrerat instrumenten regelbundet enligt tillverkarens rekommendationer. Handbok för QIAsymphony DSP DNA Kit 02/2012 23

Kommentarer och förslag A 260 /A 280 ratio for purified DNA is low (A 260 /A 280 -kvoten för renad DNA är låg) Absorbansavläsning vid 320 nm subtraherades inte från absorbansavläsningarn a som erhållits vid 260 nm och 280 nm Kvalitetskontroll För att korrigera för förekomsten av magnetiska partiklar i eluatet bör en absorbansavläsning vid 320 nm utföras och subtraheras från absorbansavläsningarna som erhållits vid 260 nm och 280 nm (se bilaga på sidan 28). För att säkerställa en enhetlig produktkvalitet testas varje lotnummer av QIAsymphony DSP DNA Mini Kit och QIAsymphony DSP DNA Midi Kit med förutbestämda specifikationer enligt QIAGEN:s ISO-certifierade kvalitetshanteringssystem. Begränsningar Systemprestanda har fastställts vid prestandautvärderingsstudier med rening av genom-dna från humant helblod och buffy coat, virus-dna från humant helblod samt genom-dna från vävnader, bakterieodlingar, cellodlingar och från formalinfixerade och paraffininbäddade vävnader. Det är användarens ansvar att validera systemets prestanda för eventuella förfaranden som används i respektive laboratorium som inte täcks av QIAGEN:s prestandautvärderingsstudier. För att minimera risken för negativ påverkan på diagnostiska resultat bör lämpliga kontroller för påföljande tillämpningar användas. För ytterligare validering rekommenderas riktlinjerna enligt International Conference on Harmonisation of Technical Requirements (ICH) i ICH Q2 (R1) Validation of Analytical Procedures: Text and Methodology. Eventuella diagnostiska resultat som erhålls måste tolkas tillsammans med övriga kliniska resultat eller laboratoriefynd. Referenser QIAGEN upprätthåller en stor och uppdaterad databas online med vetenskapliga publikationer som använder QIAGEN-produkter. Omfattande * Säkerställ att du har kontrollerat, underhållit och kalibrerat instrumenten regelbundet enligt tillverkarens rekommendationer. 24 Handbok för QIAsymphony DSP DNA 02/2012

sökalternativ gör att du kan hitta de artiklar du behöver, antingen genom en enkel nyckelordssökning eller genom att specificera tillämpning, forskningsområde, titel etc. För en fullständig lista över referenser, besök QIAGEN:s referensdatabas online på www.qiagen.com/refdb/search.asp eller kontakta QIAGEN:s tekniska support eller din lokala distributör. Handbok för QIAsymphony DSP DNA Kit 02/2012 25

Symboler <N> Innehåller reagenser som räcker för <N> provberedningar Använd före In vitro-diagnostisk medicinsk produkt Katalognummer Lotnummer Materialnummer Komponenter Antal Volym Temperaturbegränsningar Tillverkare Endast för användning med Konsultera bruksanvisningen Innehåller Brunnsnummer Isopropanol Proteinas K Guanidintiocyanat Guanidinhydroklorid Varning Vass kant 26 Handbok för QIAsymphony DSP DNA 02/2012

Kontaktinformation För teknisk hjälp och mer information, besök vårt tekniska supportcenter på www.qiagen.com/support eller ring en av QIAGEN:s tekniska serviceavdelningar eller lokala distributörer (se baksidan eller besök www.qiagen.com). Handbok för QIAsymphony DSP DNA Kit 02/2012 27

Bilaga: Kvantifiering och bestämning av renhet av DNA Kvantifiering av DNA Koncentrationen av DNA ska bestämmas genom mätning av absorbansen vid 260 nm (A 260 ) i en spektrofotometer. Absorbansavläsningar vid 260 nm bör vara mellan 0,1 och 1,0 för att vara korrekta. Ett absorbansvärde på 1 enhet vid 260 nm motsvarar 50 μg DNA per milliliter (A 260 = 1 = 50 μg/ml). Använd buffert ATE för att späda proverna och kalibrera spektrofotometern. Kvoten mellan absorbansvärdena vid 260 nm och 280 nm ger en uppskattning av DNA-renheten (se Renhet av DNA på sidan 29). Mät absorbansen vid 320, 280 och 260 nm. Subtrahera absorbansavläsningen som erhållits vid 320 nm från avläsningar som erhållits vid 260 nm och 280 nm för att korrigera för den potentiella förekomsten av bakgrundsavläsning. Använd följande formel för att beräkna DNA-koncentration och -utbyte: Koncentration av DNA-prov = 50 μg/ml x (A 260 A 320 ) x spädningsfaktor. Total mängd renad DNA = koncentration x volym av prov i milliliter. Om de magnetiska partiklarna överfördes i eluatet och kan påverka påföljande tillämpning (t.ex. renad DNA ska analyseras genom fluorescerande kapillärsekvensering) ska röret med eluat först genomgå en lämplig magnetseparator och eluatet ska sedan överföras till ett rent provrör (se nedan). Om de magnetiska partiklarna måste avlägsnas ska provröret med DNA genomgå en lämplig magnetseparator (t.ex. QIAGEN 12-Tube Magnet, kat.nr 36912) tills de magnetiska partiklarna har separerats. Om DNA finns på mikroplattor ska mikroplattan genomgå en lämplig magnetseparator (t.ex. QIAGEN 96-Well Magnet Type A, kat.nr 36915) tills de magnetiska partiklarna har separerats. Om en lämplig magnetseparator inte finns tillgänglig ska provröret innehållande DNA centrifugeras i 1 minut vid hög hastighet i en mikrocentrifug för att pelletera eventuella återstående magnetiska partiklar. Obs! Vi rekommenderar spädning av provet i motsvarande elueringsbuffert för korrekt kvantifiering av DNA genom absorbans vid 260 nm. Spädning av provet i vatten kan leda till inkorrekta värden. Elueringsbufferten har hög absorbans vid 220 nm, vilket kan leda till höga bakgrundsabsorbansnivåer om spektrofotometerns nollpunkt inte har ställts in korrekt. Avdunstning av eluat kan potentiellt öka risken för påverkan på mätningen, särskilt när låga eluatmängder används ospädda. Extra elueringsbuffert för användning som blankprov i spektrofotometern tillhandahålls i en särskild flaska med QIAsymphony DSP DNA Kit. 28 Handbok för QIAsymphony DSP DNA 02/2012

Renhet av DNA Renheten bestäms genom att beräkna kvoten mellan korrigerad absorbans vid 260 nm och korrigerad absorbans vid 280 nm, dvs. (A 260 A 320 )/(A 280 A 320 ). Ren DNA har en A 260 /A 280 -kvot på 1,7 1,9. Handbok för QIAsymphony DSP DNA Kit 02/2012 29

Beställningsinformation Produkt Innehåll Kat.nr QIAsymphony DSP DNA Mini Kit (192) Inkluderar två reagenspatroner och enzymställ plus tillbehör 937236 QIAsymphony DSP DNA Midi Kit (96) Relaterade produkter Buffer ATL (4 x 50 ml) Buffer ABL (4 x 50 ml) Deparaffinization Solution (1 x 50 ml) Accessory Trough (10) Reagent Cartridge Holder (2) Tube Insert, 2 ml, sample carrier, Qsym Tube Insert, 11 mm, sample carrier, Qsym Tube Insert, 13 mm, sample carrier, Qsym Cooling Adapter, tubes, 2 ml, Qsym Cooling Adapter, EMT, Qsym Inkluderar två reagenspatroner och enzymställ plus tillbehör 4 x 50 ml buffert ATL för användning med QIAsymphony-protokoll för vävnad 4 x 50 ml buffert ABL för användning med QIAsymphony-protokoll för odlad cell och bakterieodling 1 x 50 ml avparaffineringslösning för användning med QIAsymphonyprotokoll för FFPE-vävnad Tillbehörstråg för användning med QIAsymphony SP Reagenspatronhållare för användning med QIAsymphony SP Sekundär röradapter (för 2 ml rör med skruvlock) för användning med QIAsymphony-rörhållare Primär röradapter (11 mm) för användning med QIAsymphonyrörhållare Primär röradapter (13 mm) för användning med QIAsymphonyrörhållare Avkylningsadapter för 2 ml rör med skruvlock. För användning i lådan Eluate på QIAsymphony. Avkylningsadapter för EMT-ställ. För användning i lådan Eluate på QIAsymphony. 937255 939016 939019 939018 997012 997008 9241032 9241033 9241034 9018088 9018086 30 Handbok för QIAsymphony DSP DNA 02/2012

Produkt Innehåll Kat.nr Adapter, tubes, 2 ml, Qsym Adapter för 2 ml rör med skruvlock. För användning i lådan Eluate på QIAsymphony. 9018577 Sample Prep Cartridges, 8-well (336) 8-Rod Covers (144) Filter-Tips, 200 μl (1024) Filter-Tips, 1500 μl (1024) Tip Disposal Bags (15) 12-Tube Magnet 8-brunnars provberedningspatroner för användning med QIAsymphony SP 8-stavars skydd för användning med QIAsymphony SP Filterspetsar för engångsbruk, i ställ (8 x 128). För användning med QIAcube och QIAsymphony SP. Filterspetsar för engångsbruk, i ställ (8 x 128). För användning med QIAsymphony SP. Spetsavfallspåsar för användning med QIAsymphony SP Magnet för att separera magnetiska partiklar i 12 x 1,5 ml eller 2 ml rör 997002 997004 990332 997024 9013395 36912 96-Well Magnet Type A Magnet för att separera magnetiska partiklar i brunnar på plattor med 96 brunnar, 2 x 96-brunnars mikroplattor FB 36915 S-Blocks (24) Reuse Seal Set (20) Elution Microtubes CL (24 x 96) 96-brunnars block med 2,2 ml brunnar, 24 per förpackning Återanvändbara tätningssatser för att täta delvis använda QIAsymphonyreagenspatroner Icke-sterila polypropylenrör (0,85 ml maximal kapacitet, mindre än 0,7 ml förvaringskapacitet, 0,4 ml elueringskapacitet), 2304 i ställ med 96, inkluderar lockremsor 19585 997006 19588 QIAsymphony SP QIAsymphony-provberedningsmodul, 1 års garanti på reservdelar och arbete 9001297 Handbok för QIAsymphony DSP DNA Kit 02/2012 31

Uppdaterad licensinformation och produktspecifika friskrivningsklausuler, se respektive QIAGEN-kithandbok eller användarhandbok. QIAGENkithandböcker och användarhandböcker finns tillgängliga på www.qiagen.com eller kan beställas från QIAGEN:s tekniska support eller från lokal distributör. 32 Handbok för QIAsymphony DSP DNA 02/2012

Den här sidan har avsiktligt lämnats tom Handbok för QIAsymphony DSP DNA Kit 02/2012 33

Den här sidan har avsiktligt lämnats tom 34 Handbok för QIAsymphony DSP DNA 02/2012

Varumärken: QIAGEN, QIAcube, QIAsymphony (QIAGEN Group). Begränsat licensavtal Användning av denna produkt innebär att köparen eller användaren av QIAsymphony DSP DNA Kit godkänner följande villkor: 1. QIAsymphony DSP DNA Mini Kit och QIAsymphony DSP DNA Midi Kit får endast användas i enlighet med handboken för QIAsymphony DSP DNA Kit och endast med komponenter som finns i kitet. QIAGEN ger ingen licens för någon av sina immateriella tillgångar för att använda eller inkludera komponenterna i detta kit med komponenter som inte är inkluderade i detta kit, förutom det som beskrivs i handboken för QIAsymphony DSP DNA Kit och ytterligare protokoll som finns tillgängliga på www.qiagen.com. 2. Förutom de uttryckligen angivna licenserna kan QIAGEN inte garantera att detta kit och/eller dess användning inte kränker oberoende tredje parts rättigheter. 3. Detta kit och dess komponenter är licensierade för engångsbruk och får inte återanvändas, renoveras eller säljas vidare. 4. QIAGEN avsäger sig specifikt alla andra licenser, uttryckliga eller underförstådda, förutom de uttryckligen angivna. 5. Köparen och användaren av kitet åtar sig att inte tillåta någon annan att utföra något som kan leda till eller orsaka otillåtna situationer som beskrivs ovan. QIAGEN kan kräva upphävande av detta begränsade licensavtal i domstol och ska ersättas för alla undersöknings- och rättegångskostnader, inklusive advokatkostnader, vid eventuellt försök att upprätthålla detta begränsade licensavtal eller någon av sina immateriella rättigheter avseende kitet och/eller någon av dess komponenter. För uppdaterade licensvillkor, se www.qiagen.com. 2012 QIAGEN, med ensamrätt. Handbok för QIAsymphony DSP DNA Kit 02/2012 35

www.qiagen.com Australia Orders 1-800-243-800 Fax 03-9840-9888 Technical 1-800-243-066 Austria Orders 0800-28-10-10 Fax 0800-28-10-19 Technical 0800-28-10-11 Belgium Orders 0800-79612 Fax 0800-79611 Technical 0800-79556 Brazil Orders 0800-557779 Fax 55-11-5079-4001 Technical 0800-557779 Canada Orders 800-572-9613 Fax 800-713-5951 Technical 800-DNA-PREP (800-362-7737) China Orders 86-21-3865-3865 Fax 86-21-3865-3965 Technical 800-988-0325 Denmark Orders 80-885945 Fax 80-885944 Technical 80-885942 Finland Orders 0800-914416 Fax 0800-914415 Technical 0800-914413 France Orders 01-60-920-926 Fax 01-60-920-925 Technical 01-60-920-930 Offers 01-60-920-928 Germany Orders 02103-29-12000 Fax 02103-29-22000 Technical 02103-29-12400 Hong Kong Orders 800 933 965 Fax 800 930 439 Technical 800 930 425 Ireland Orders 1800 555 049 Fax 1800 555 048 Technical 1800 555 061 Italy Orders 800-789-544 Fax 02-334304-826 Technical 800-787980 Japan Telephone 03-6890-7300 Fax 03-5547-0818 Technical 03-6890-7300 Korea (South) Orders 080-000-7146 Fax 02-2626-5703 Technical 080-000-7145 Luxembourg Orders 8002-2076 Fax 8002-2073 Technical 8002-2067 Mexico Orders 01-800-7742-639 Fax 01-800-1122-330 Technical 01-800-7742-436 The Netherlands Orders 0800-0229592 Fax 0800-0229593 Technical 0800-0229602 Norway Orders 800-18859 Fax 800-18817 Technical 800-18712 Singapore Orders 1800-742-4362 Fax 65-6854-8184 Technical 1800-742-4368 Spain Orders 91-630-7050 Fax 91-630-5145 Technical 91-630-7050 Sweden Orders 020-790282 Fax 020-790582 Technical 020-798328 Switzerland Orders 055-254-22-11 Fax 055-254-22-13 Technical 055-254-22-12 UK Orders 01293-422-911 Fax 01293-422-922 Technical 01293-422-999 USA Orders 800-426-8157 Fax 800-718-2056 Technical 800-DNA-PREP (800-362-7737) 1069185SV 139313217 Sample & Assay Technologies