PubMed Susanne Gustafsson Lotta Mathiesen Klas Moberg Karolinska Institutets Universitetsbibliotek
Medline / PubMed PubMed - in process PubMed 21,3 miljoner Medicin, odontologi, omvårdnad etc Medline 19,2 miljoner PubMed - indexed for MEDLINE (1809)1947- PubMed - as supplied by publisher Ca 5 500 tidskrifter från hela världen Antalet referenser ökar varje vecka med ca 17 000 Produceras av National Library of Medicine (NLM) KIB 2011-11-10
PubMed Länkar till artikeln i fulltext Related Citations MeSH Database Mappning till kontrollerad term Clinical Queries Clinical Queries Systematic Reviews Medical Genetic Searches Journals in NCBI Databases Förkortningar ISSN Elektroniska tidskrifter Single Citation Matcher Kontrollera ofullständiga referenser My NCBI Spara sökstrategier Registrering krävs KIB 2011-11-10
MeSH Medical Subject Headings Rheumatoid Arthritis Reumatoid artrit (Sv) Arthritis, Rheumatoid Ledgångsreumatism (Sv) Rheuma (Ty) Revmatoid artritt (No) Polyarthrite rhumatoide (Fr) KIB 2011-11-10
MeSH Medical Subject Headings >25 500 termer hierarkiskt ordnade aspektord (subheadings) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh Finns översatt till flera andra språk Svensk MeSH KIB 2011-11-10
MeSH Hierarkiskt ordnade Explode = inkluderar alla underordnade termer i sökningen KIB 2011-11-10
* = Major Topic (Tyngdpunkten i artikeln) / = subheading, t ex diagnosis, drug therapy, etiology, methods, prevention and control KIB 2011-11-10
FIKA och PICO Frågeformulering Informationssökning Kritisk granskning Applikation av resultatet Patient Intervention Control Outcome KIB 2011-11-10
PICO Efter avslutad bröstcancerbehandling, kan en graviditet öka risken för recidiv/återfall? PICO P kvinnor i fertil ålder med tidigare bröstcancer I graviditet C icke graviditet O återfall KIB 2011-11-10
Sök i PubMed Ledgångsreumatism förekomst i Sverige. Vård i livets slutskede på intensivvårdsavdelningar. Sök fram artiklar om utbrott av mässling. KIB 2011-11-10
Smått & gott MeSH med tidigare indexering Medline - subsets KIB 2011-11-10
Humans och Animals Begränsa till Humans Begränsa med NOT Animals Konsekvenser, vad säger NLMs indexeringsavd? KIB 2011-11-10
Tutorials och nyheter PubMed Tutorials och Quick Tours http://www.ncbi.nlm.nih.gov/feed/rss.cgi?chankey=pubmednews New and Noteworthy http://www.ncbi.nlm.nih.gov/feed/rss.cgi?chankey=pubmednews PubMed Technical Bulletin http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/tb.html KIB 2011-11-10
Reference Formats Sign in to your My NCBI account Click NCBI Site Preferences Click Abstract Supplemental Data under PubMed Preferences Click the checkbox next to the word Open. Click Save Now click on Result Display Settings Click Abstract Click Save Do a search in PubMed Your results will appear in the Abstract display with the MeSH terms expandable list open. KIB 2011-11-10
Qualifier Hierarchy http://www.nlm.nih.gov/mesh/subhierarchy.html KIB 2011-11-10
Om BioNOT Negativa forskningsresultat publiceras sällan. Men om det görs kan de vara svåra att hitta kolla BioNOT. ca 32 miljoner meningar med negationer från 2 miljoner fulltext-artiklar Elsevier, PubMed Central 20 miljoner abstracts från PubMed artikeln KIB 2011-11-10
Growth of PubMed citations from 1986 to 2010. Over the past 20 years, the total number of citations in PubMed has increased at a _4% growth rate. There are currently over 20-million citations in PubMed. 2010 is partial data (through December 1). (Lu, 2011) Namn Efternamn 10 november 2011 17
Alternativa gränssnitt till PubMed Andra gränssnitt som söker i PubMed Vill förenkla sökprocessen Erbjuder alternativa sätt att organisera Kan delas in i fyra grupper (Lu Z, 2011) De som rankar De som klustrar De som erbjuder semantisk sökning och visualisering De som förbättrar sökgränssnitt och förenklar åtkomst till fulltexter Namn Efternamn 10 november 2011 18
Alternativa sätt att söka i PubMed
GoPubMed Varierade sökmöjligheter på bland annat MeSH-termer, gener och proteiner Går att söka i på samma sätt som i PubMed Klustrar sökresultaten och delar upp i kategorier Omfattande statistikdel Tabeller, diagram, grafer Dras med små buggar http://www.gopubmed.com/ 20
Quertle Semantisk sökmotor Uppmuntrar frassökning, subjekt-verb-objektsökningar what treats headaches Söker även i fulltexter (PubMed Central) Power Terms täcker in olika ämnesområden Ingen Booelsk logik Mer googlifierad och intuitiv(?) sökning http://quertle.info/ Namn Efternamn 10 november 2011 21
LigerCat MeSH tagg-moln Grafisk representation av de MeSH-termer som oftast förekommer i referenser som sökfrågan genererat Tre sökmöjligheter Journals Articles Genes Sökstrategiverktyg Förutsätter viss MeSH-kunskap http://ligercat.ubio.org/ Namn Efternamn 10 november 2011 22
HubMed Omvandlar källförteckningar till fullständiga referenslistor Visualisering av PubMeds related articles Dras i övrigt med flera buggar http://www.hubmed.org/
Testa själva! GoPubMed http://www.gopubmed.com/ Quertle http://quertle.info/ LigerCat http://ligercat.ubio.org/ HubMed http://www.hubmed.org/ Namn Efternamn 10 november 2011 24
Diskussion Namn Efternamn 10 november 2011 25
Sammanfattning Vad har vi på KIB gjort med dessa alternativa gränssnitt? Vad tycker vi om dem? Skulle vi rekommendera användning?
A diverse set of use cases in which different tools may be used. (Lu, 2011) Namn Efternamn 10 november 2011 27
Librarians may want to wait until all of the wrinkles are ironed out of the system before actively promoting the product (Featherstone & Hersey, 2010) Hitta ett alternativt gränssnitt till PubMed som passar dig: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/cbbresearch/lu/search/ Läs mer: Lu Z. PubMed and beyond: a survey of web tools for searching biomedical literature. Database (Oxford). 2011 Jan 18;2011. (PMID: 21245076) Namn Efternamn 10 november 2011 28
Mer läsning Coppernoll-Blach P. Quertle: The Conceptual Relationships Alternative Search Engine for PubMed. J Med Libr Assoc. 2011;99(2):176 7. Doms A, Schroeder M. GoPubMed: exploring PubMed with the Gene Ontology. Nucleic Acids Research. 2005;33(Web Server):W783-W6. Eaton AD. HubMed: a web-based biomedical literature search interface. Nucleic Acids Research. 2006;34(Web Server):W745- W7. Featherstone R, Hersey D. The Quest for Full Text: An In-Depth Examination of Pubget for Medical Searchers. Medical Reference Services Quarterly. 2010;29(4):307-19. Kim Jj, Rebholz-Schuhmann D. Categorization of services for seeking information in biomedical literature: a typology for improvement of practice. Briefings in Bioinformatics. 2008;9(6):452-65. Sarkar IN, Schenk R, Miller H, Norton CN. LigerCat: using "MeSH Clouds" from journal, article, or gene citations to facilitate the identification of relevant biomedical literature. AMIA Annu Symp Proc. 2009;2009:563-7. http://web20spb.blogspot.com/search/label/%23%2016%3a%20%20alternative%20pubmed%20search I Juni 2011 hölls en workshop, "New technologies - Web 2.0 for libraries", i Petrozavodsk där bland annat alternativa gränssnitt till PubMed diskuterades. Detta resulterade bl a i en blogg Namn Efternamn 10 november 2011 29
Utvärdering Namn Efternamn 10 november 2011 30