Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit

December 2015 Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit Version 1 72 Kvalitativ in vitro-diagnostik För användning med QIAsymphony SP/AS och Rotor-Gene Q-instrument 4573366 QIAGEN GmbH, QIAGEN Strasse 1, 40724 Hilden, TYSKLAND R4 1075392SV Sample & Assay Technologies

QIAGEN Provtagnings- och analystekniker QIAGEN är den ledande tillverkaren av innovativa provtagnings- och analystekniker som möjliggör isolering och detektion av innehållet i alla biologiska prover. Våra avancerade produkter och tjänster av hög kvalitet garanterar framgång från prov till resultat. QIAGEN skapar standarder inom: rening av DNA, RNA och proteiner nukleinsyra- och proteinanalyser mikrorna-forskning och RNAi automatisering av provtagnings- och analystekniker Vårt uppdrag är att göra det möjligt för dig att uppnå utomordentliga framgångar och genombrott. Det finns mer information på www.qiagen.com.

Innehåll Avsedd användning 4 Sammanfattning och förklaring 4 Information om patogen 4 Testprincip 4 Material som medföljer 6 Kitinnehåll 6 Material som behövs men inte medföljer 6 Varningar och försiktighet 8 Säkerhetsinformation 8 Allmänna försiktighetsåtgärder 9 Förvaring och hantering av reagens 10 Hantering och förvaring av prover 10 Procedur 12 Kontroller 13 Beredning av bärar-rna (CARRIER) och intern kontroll (VanR intern kontroll)13 Analyskontrolluppsättningar och analysparameteruppsättningar 15 Protokoll DNA-isolering och analysinställningar i QIAsymphony SP/AS 16 PCR i Rotor-Gene Q -instrumentet 28 Tolkning av resultat 32 Felsökningshandbok 38 Kvalitetskontroll 43 Begränsningar 43 Prestandaegenskaper 44 Litteraturhänvisningar 45 Symboler 45 Kontaktinformation 46 Beställningsinformation 47 Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015 3

Avsedd användning artus VanR QS-RGQ-kitet är en in vitro polymeraskedjereaktionsanalys (PCR) för användning med QIAsymphony SP/AS- och Rotor Gene Q-instrumenten för den kvalitativa detektionen av nukleinsyrekodande vana och vanb vankomycinresistensgener direkt från humana perianala eller rektala pinnprover från patienter som löper risk för kolonisering av vankomycinresistenta enterokocker (VRE). Testet är avsett att användas direkt på patientprover. artus VanR QS-RGQ-kitet är avsett att användas som ett hjälpmedel för att identifiera, förebygga och kontrollera vankomycinresistent kolonisering. artus VanR QS-RGQ-kitet är inte avsett för att diagnostisera VRE-infektion eller för att vägleda eller övervaka infektionsbehandling. Odlingsmetoder är nödvändiga för att återvinna organismerna för epidemiologitypning och konfirmerande tester. Sammanfattning och förklaring artus VanR QS-RGQ-kitet utgör ett system som är klart att användas för detektion av DNA för vana och vanb med användning av polymeraskedjereaktion (PCR) i Rotor-Gene Q-instrument med provberedning och analysinställning med användning av QIAsymphony SP- och AS-instrumenten. Information om patogen Enterokocker är bakterier som oftast återfinns i den humana matsmältningskanalen och i kvinnors genitalområden. Dessa bakterier kan lätt bli antibiotikaresistenta och utgör därför ett hot mot personer som har vårdats länge på sjukhus med långvariga antibiotikabehandlingskurer (1). Vankomycinresistensgenerna vana och vanb är allmänt förvärvade resistensgener och återfinns med högst frekvens vid infektioner med vankomycinresistenta enterokocker (VRE) (2). Prevalensen för vankomycinresistens bland kliniska isolat av Enterococcus faecium har visat sig nå upp till 40 % i Europa (3). Ökande prevalens kan leda till ökad antibiotikaanvändning, vilket i sin tur bäddar för ytterligare antibiotikaresistens. Därför är det viktigt att tidigt identifiera patienter som är koloniserade med vankomycinresistensgener med aktiva övervakningsprogram, så att infektioner kan isoleras på rätt sätt och deras spridning förhindras (3, 4). Testprincip VanR master A och VanR master B innehåller reagenser och enzymer för den specifika amplifieringen av målregioner inom generna vana och vanb som är 4 Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015

associerade med vankomycinresistena enterokocker, och för direkt detektion av det specifika amplikonet i fluorescenskanalerna Cycling Green och Cycling Orange i Rotor-Gene Q-instrument. Dessutom innehåller artus VanR QS-RGQ-kitet ett andra heterologt kontrollsystem för att identifiera eventuella misslyckanden under hela analysprocessen. Detta detekteras som en intern kontroll (IC) i fluorescenskanalen Cycling Crimson i Rotor-Gene Q-instrument. Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015 5

Material som medföljer Innehållet i artus VanR QS-RGQ-kitet räcker till 72 tester i en till tre batcher om 24 reaktioner i QIAsymphony RGQ. Rotorn i Rotor-Gene Q-instrumentet rymmer upp till 72 reaktionsrör. Kitinnehåll artus VanR QS-RGQ Kit (72) Katalognr 4573366 Antal reaktioner 72 Blå VanR Master A 3 x 330 µl Violett VanR Master B 3 x 600 µl Grön Röd VanR Internal Control (intern kontroll) VanR Positive Control (positiv kontroll) 3 x 540 µl 3 x 330 µl Vit VanR Negative Control (negativ kontroll) 3 x 330 µl artus VanR QS-RGQ Kit Handbook (Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit) (engelska) 1 Material som behövs men inte medföljer Använd alltid lämplig laboratorierock, engångshandskar och skyddsglasögon vid hantering av kemikalier. Om du vill ha mer information hänvisas till tillämpliga säkerhetsdatablad (SDS) som kan erhållas från produktleverantören. Förbrukningsprodukter och reagenser för provinsamling BD ESwab Collection Kit (insamlingskit) (Becton Dickinson, kat.nr 220245) Adaptrar för QIAsymphony SP Elueringsmikrorörställ QS (Cooling Adapter (Avkylningsadapter), EMT, v2, Qsym, kat.nr 9020730) i kombination med QIAsymphony SP/AS överföringsram 6 Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015

Rörinsats 3B (Insert, (insats) 2,0 ml v2, samplecarr. (provbärare) (24), Qsym, kat.nr 9242083) Förbrukningsprodukter och reagenser för QIAsymphony SP QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini Kit (kat.nr 937036) Buffer ATL (ATL-buffert), (4 x 50 ml) (kat.nr 939016) Sample Prep Cartridges, 8-well (provberedn.patroner, 8-brunnars), (kat.nr 997002) 8-Rod Covers (8-stavarsskydd) (kat.nr 997004) Filter-Tips (filterspetsar), 1500 µl (kat.nr 997024) Filter-Tips (filterspetsar), 200 µl (kat.nr 990332) Elution Microtubes CL (elueringsmikrorör CL) (EMTR) (kat.nr 19588) Tip disposal bags (spetsavfallspåsar) (kat.nr 9013395) Micro tubes 2.0 ml Type H, without skirted base (mikrorör 2,0 ml typ H, ej självstående) (kat.nr 72.693) eller Micro tubes 2.0 ml Type I, with skirted base (mikrorör 2,0 ml typ I, självstående) (Sarstedt, kat.nr 72.694, www.sarstedt.com) för användning med prover och interna kontroller Tubes 14 ml, 17 x 100 mm polystyrene round-bottom (provrör 14 ml, 17 x 100 mm av polystyren med rund botten) (Becton Dickinson, kat.nr 352051) för användning med interna kontroller Adaptrar och reagenshållare för QIAsymphony AS Reagenshållare 1 QS (Cooling Adapter (avkylningsadapter), Reagent Holder 1 (reagenshållare 1), Qsym, kat.nr 9018090) RG-testremserör 72 QS (Cooling Adapter (avkylningsadapter), RG Strip Tubes 72 (RG-testremserör 72), Qsym, kat.nr 9018092) Förbrukningsprodukter för QIAsymphony AS Strip Tubes and Caps (testremserör och lock), 0,1 ml (kat.nr 981103) Tubes, conical (koniska rör), 2 ml, Qsym AS (kat.nr 997102) Tubes, conical (koniska rör), 5 ml, Qsym AS (kat.nr 997104) Filter-Tips (filterspetsar), 1500 µl (kat.nr 997024) Filter-Tips (filterspetsar), 200 µl (kat.nr 990332) Filterspetsar, 50 µl (kat.nr 997120) Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015 7

Tip disposal bags (spetsavfallspåsar) (kat.nr 9013395) Generell laboratorieutrustning Pipetter (justerbara)* och sterila pipettspetsar med filter Vortex-blandare* Bänkcentrifug* med rotor för 2 ml-reaktionsrör Utrustning för prov beredning och analysinställning QIAsymphony SP (kat.nr 9001297),* programversion 4.0 eller senare QIAsymphony AS (kat.nr 9001301),* programversion 4.0 eller senare Utrustning för PCR Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM-instrument Rotor-Gene AssayManager version 1.0 eller senare Varningar och försiktighet För in vitro-diagnostisk användning Säkerhetsinformation Använd alltid lämplig laboratorierock, engångshandskar och skyddsglasögon vid hantering av kemikalier. Se lämpligt säkerhetsdatablad (SDS) för mer information. Dessa är tillgängliga online i praktiskt och kompakt PDF-format på www.qiagen.com/safety där du kan hitta, granska och skriva ut datablad för alla kit och kitkomponenter från QIAGEN. Säkerhetsinformation för QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini-kit: se QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Kit Instructions for Use (Handbook) * Säkerställ att instrumenten är kontrollerade och kalibrerade enligt tillverkarens rekommendationer. Om tillämpligt, Rotor-Gene Q 5plex HRM-instrument med ett produktionsdatum i januari 2010 eller senare. Produktionsdatumet anges i serienumret som står på baksidan av instrumentet. Serienumret är i formatet MMÅÅNNN där MM anger produktionsmånaden i siffror, ÅÅ anger de två sista siffrorna i produktionsåret och NNN anger den unika instrumentidentifieraren. Rotor-Gene Q- och Rotor-Gene Q MDx-instrument med ett produktionsdatum före juni 2014 kan kräva en engångsjustering om de ska användas tillsammans med artus VanR QS-RGQ-kitet. Utan denna justering kan instrument med ett produktionsdatum före juni 2014 (dvs. instrument med serienummer som är lägre än R0614999) eventuellt inte utföra ovannämnda analys på adekvat sätt. (för ytterligare information, se Begränsningar, sida 43. 8 Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015

(bruksanvisning till QIAsymphony DSP Virus/Pathogen-kit (handbok)) som medföljer detta kit. För säkerhetsinformation om instrumenten, se användarhandboken för QIAsymphony SP/AS allmän beskrivning (QIAsymphony SP/AS User Manual General Description), användarhandboken för QIAsymphony SP/AS använda QIAsymphony SP (QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony SP), användarhandboken för QIAsymphony SP/AS använda QIAsymphony AS (QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony AS), användarhandboken för QIAsymphony hanteringskonsol (QIAsymphony Management Console User Manual), Användarhandboken till Rotor-Gene AssayManager Core Application, Användarhandboken till artus Basic Plug-in samt användarhandboken som medföljer Rotor-Gene Q-instrumentet. Kassera prov- och analysavfall enligt lokala säkerhetsregler. Följande information om risker och försiktighetsåtgärder gäller komponenter till artus VanR QS-RGQ-kitet: artus VanR IC Innehåller: Blandning av 5-klor-2-metyl-4-isotiazolin-3-on och 2-metyl- 2H-isotiazol-3-on (3:1). Varning! Kan orsaka allergisk hudreaktion. Använd skyddshandskar/ skyddskläder/skyddsglasögon/ansiktsskydd VanR Positive Control Innehåller: Blandning av 5-klor-2-metyl-4-isotiazolin-3-on och 2-metyl- 2H-isotiazol-3-on (3:1). Varning! Kan orsaka allergisk hudreaktion. Använd skyddshandskar/ skyddskläder/skyddsglasögon/ansiktsskydd Allmänna försiktighetsåtgärder Var alltid noga med följande: Använd sterila pipettspetsar med filter. Håll om möjligt rör stängda under manuella åtgärder och undvik kontamination. Tina alla komponenter noggrant vid rumstemperatur (15 25 C) innan du startar en analys. Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015 9

När komponenterna är tinade blandar du dem (pipettera upprepade gånger upp och ned eller genom pulsvortexblandning) och centrifugera kortvarigt. Kontrollera att det inte finns något skum eller några bubblor i reagensrören. Blanda inte komponenter från kit med olika lotnummer. Följ allmänna försiktighetsåtgärder. Alla patientprover ska betraktas som potentiellt smittsamma och hanteras i enlighet med detta. Kontrollera att de nödvändiga adaptrarna har kylts i förväg till 2 8 C. Arbeta snabbt och håll PCR-reagenser på is eller i kylblocket innan du laddar dem. Fortgå kontinuerligt från en del i arbetsflödet till nästa. Överskrid inte 30 minuters överföringstid mellan QIAsymphony AS och Rotor-Gene Q- instrumentet. Kontrollera att underhåll har utförts och att utbytesdelar (t.ex. spetsskydd) har återinstallerats. Förvaring och hantering av reagens Komponenterna i artus VanR QS-RGQ-kitet ska förvaras vid 30 till 10 C och är stabila fram till det utgångsdatum som anges på etiketten. Upprepad tining och frysning (>3 x) ska undvikas, eftersom detta kan minska analysens prestanda. Alla reagenser som laddas på QIAsymphony AS ska bara användas i just den körningen. Ta inte bort de överblivna komponenterna för att använda dem i ytterligare en PCR. Hantering och förvaring av prover Information om provhantering och provförvaring för prover på human vätska eller mjuk avföring lämnas i tabell 1. Alla prover måste behandlas som potentiellt infektiöst material. 10 Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015

Tabell 1. Provhantering, provförvaring och beredning av humana rektala eller perianala pinnprover Insamling av prov Provtransport Provförvaring (inklusive den tid som behövs för transport) Provberedning Humana rektala eller perianala pinnprover insamlade i Liquid Amies transportmedium med ett BD ESwab Collection Kit (Becton Dickinson, kat. nr 220245) Splitterfri transport Sändning inom 24 timmar efter provtagning Skicka sändningen enligt lagenliga instruktioner för transport av patogen material* Prover ska skickas kylda (2 till 8 C) 2 8 C i upp till 7 dagar 10 till 30 C i upp till 30 dagar Placera 300 µl vätska från pinnprovet som samlades upp i Liquid Amies transportmedium med hjälp av ett BD ESwab Collection Kit (BD ESwabinsamlingskit) (Becton Dickinson, kat.nr 220245) i ett Sarstedt 2,0 ml Micro tube Type H, without skirted base (mikrorör typ H, ej självstående) (kat.nr 72.693) eller Sarstedt Micro tube 2,0 ml Type I, with skirted base (mikrorör typ I, självstående) (kat.nr 72.694) och ladda det i QIAsymphony SP. *International Air Transport Association (IATA). Föreskrifter om farligt gods. Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015 11

Procedur Tabell 2. Allmän information Kit artus VanR QS-RGQ Kit, 4573366 Provmaterial Front-end-rening Provvolym (inklusive överskottsvolym) Analysparameteruppsättning Förvald analyskontrolluppsättning Humana rektala eller perianala pinnprover QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini Kit (kat.nr 937036) 300 µl artus_vanr_rec-swab200_v1 Complex200_V6_DSP_artus_VanR Elueringsvolym 110 µl Erforderlig programversion av QIAsymphony Erforderlig konfigureringsprofil av QIAsymphony SP/AS Version 4.0 eller senare Standardprofil 1 Masterblandningsvolym 25 µl Templatvolym 15 µl Antal reaktioner Körtid i QIAsymphony SP/AS Körtid i Rotor-Gene Q- instrument 24 72* (inklusive alla kontroller som ska laddas i QIAsymphony SP och QIAsymphony AS) För 24 reaktioner: cirka 90 minuter För 72 reaktioner: cirka 280 till 290 minuter Cirka 120 minuter * Säkerställ att gränsen på 72 reaktioner och 1 analysställsadapter inte överskrids. Undvik långvarig inkubationstid (> 30 minuter) mellan avslutandet av analyskörningen och överföring till Rotor-Gene Q-instrumentet. 12 Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015

Kontroller Positiv kontroll Den positiva kontrollen för VanR (medföljer artus VanR QS-RGQ-kitet) övervakar hur effektiva provberedningen och nedströmsanalysen är. Denna positiva kontroll laddas i QIAsymphony SP före DNA-rening (se sidan 21 för mer information om hur man laddar den positiva kontrollen). Negativ kontroll Den negativa kontrollen för VanR (medföljer artus VanR QS-RGQ-kitet) laddas i QIAsymphony SP före DNA-rening istället för ett patientprov och hjälper till att identifiera kontamination under provberedningen och/eller nedströmsanalysen (se sidan 21 för mer information om hur man laddar den negativa kontrollen). Beredning av bärar-rna (CARRIER) och intern kontroll (VanR intern kontroll) När QIAsymphony DSP virus/patogen-kit används i kombination med artus VanR QS-RGQ-kitet måste den interna kontrollen (VanR intern kontroll), bestående av avaktiverad, intakt Geobacillus stearothermophilus, föras in i reningsproceduren för att övervaka hur effektiva provberedningen och nedströmsanalysen är. Den interna kontrollen (VanR intern kontroll), som medföljer artus VanR QS-RGQkitet, måste tillsättas med en blandning av bärar-rna (CARRIER) och AVE-buffert (AVE). Den totala volymen av blandningen av intern kontroll, bärar-rna (CARRIER) och AVE-buffert (AVE) är 120 µl per prov. För att bereda blandningen av bärar-rna (CARRIER) och AVE-buffert (AVE) tillsätter du 1 350 µl AVE-buffert (AVE), vilken medföljer QIAsymphony DSP virus/patogen-minikit, för att resuspendera frystorkat bärar-rna (CARRIER). Vänd på röret för att blanda. För att beräkna den interna kontrollen (IC) ska du använda IC Calculator (IC- Kalkylatorn) i QIAsymphony Management Console (QMC). I tabell 3 visas tillsatsen av intern kontroll till provet i förhållandet 0,1 µl per 1 µl elueringsvolym. Vi rekommenderar att du preparerar färska blandningar för varje körning precis före användning. Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015 13

Tabell 3. Beredning av bärar-rna (CARRIER) och intern kontroll (VanR intern kontroll) Komponent Stammar från bärare av RNA (CARRIER) Intern kontroll (VanR intern kontroll) n = antalet prover och kontroller n 13 Volym (µl) (Sarstedt-rör)* n 13 Volym (µl) (BD-rör) (n + 3) x 3 (n + 5) x 3 (n + 3) x 14 (n + 5) x 14 AVE-buffert (AVE) (n + 3) x 103 (n + 5) x 103 Slutlig volym per prov (exklusive dödvolym) 120 120 Total volym för n prover (n + 3) x 120 (n + 5) x 120 * Mikrorör 2,0 ml typ H och mikrorör 2,0 ml typ I (Sarstedt, kat.nr 72.693 och 72.694). Om du bereder den interna kontrollen som en stamlösning i ett större rör ska du multiplicera den totala volymen för varje komponent med antalet använda rör med intern kontroll. Intern kontroll-blandning motsvarande ytterligare 3 prover (dvs. 360 µl) krävs. Fyll inte med mer än 1,92 ml total volym (motsvarande högst 13 prover). Om du använder mer än 13 reaktioner i mikrorör om 2,0 ml, ska du göra iordning reaktionerna i ett större rör och ladda i flera rör. Se till att den erforderliga överskottsvolymen för 3 extra reaktioner tillsätts i varje rör. Provrör av polystyren, 14 ml, 17 x 100 mm, med rund botten (Becton Dickinson, kat.nr 352051). Intern kontroll-blandning motsvarande ytterligare 5 prover (dvs. 600 µl) krävs. Beräkning av blandning med IC-kalkylatorn 1. Öppna QMC. 2. Välj ikonen för IC-kalkylatorn. 3. Välj Complex200_V6_DSP_artus_VanR från ACS-listrutan. 4. Ange det erforderliga antalet prover. 5. Välj labbmaterialet som används för den interna kontrollen. 6. Välj en elueringsvolym på 110 µl. 7. Välj Internal Control/Eluate (Intern Kontroll/Eluat) och 0.1 µl för läget för intern kontroll. 8. Tryck på Calculate (Beräkna) för att starta beräkningen av intern kontrollblandning. 14 Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015

IC-kalkylatorn visar de olika volymerna av reagens som ska blandas för intern kontroll-blandningen och vilken rörtyp som ska användas på skärmens högra sida. Analyskontrolluppsättningar och analysparameteruppsättningar Analyskontrolluppsättningar är kombinationen av ett protokoll plus extra parametrar, till exempel intern kontroll, för provrening på QIAsymphony SP. En förvald analyskontrolluppsättning har förinstallerats för varje protokoll. Analysparameteruppsättningar är kombinationen av en analysdefinition med ytterligare parametrar definierade, till exempel replikaträkning och antal analysstandarder, för analysinställningar på QIAsymphony AS. För den integrerade körningen på QIAsymphony SP/AS, är analysparameteruppsättningen, artus_vanr_rec-swab200_v1, direkt kopplad till den förhandsinställda analyskontrolluppsättningen, Complex200_V6_DSP_artus_VanR, vilken specificerar den associerade provreningsprocessen. Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015 15

Protokoll: DNA-isolering och analysinställningar i QIAsymphony SP/AS Viktigt att tänka på före start Kontrollera att du vet hur du manövrerar QIAsymphony SP/AS-instrumenten. Se användarhandböckerna som medföljer instrumenten och de senaste versionerna som finns online på www.qiagen.com/products/qiasymphonyrgq.aspx för driftanvisningar. Ladda ned Application Package (applikationspaketet) från Protocol Files (Protokollfiler) på fliken Resources (Resurser) på webbkatalogsidan för artus VanR QS-RGQ-kitet (www.qiagen.com/p/artus-vanr-qs-rgq-kit-ce). Innan du använder en reagenspatron (reagent cartridge, RC) för första gången ska du kontrollera att buffertarna QSL2 och QSB1 i reagenspatronen (RC) inte innehåller någon utfällning. Vid behov avlägsnar du de tråg som innehåller bufferterna QSL2 och QSB1 från reagenspatronen (RC) och inkuberar i 30 minuter vid 37 C med sporadiska omskakningar för att lösa upp utfällningen. Sätt tillbaka trågen i korrekta positioner. Om reagenspatronen (RC) redan är genomstucken ska du kontrollera att trågen är tätade med återanvändbara tätningsremsor samt inkubera hela reagenspatronen (RC) i 30 minuter vid 37 C med sporadiska omskakningar i ett vattenbad.* Låt reagenserna svalna till rumstemperatur (15 25 C). Kontrollera att ATL-bufferten inte innehåller någon utfällning. Om det har bildats en utfällning ska du lösa upp den genom att värma bufferten vid 70 C med varsam omskakning i ett vattenbad.* Aspirera bubblor från ytan och låt bufferten svalna till rumstemperatur (15 25 C). Försök att undvika kraftiga omskakningar av reagenspatronen (RC). Det kan bildas skum, vilket kan ge upphov till problem med att detektera vätskenivån. Arbeta snabbt och håll PCR-reagenser på is eller i kylblocket innan du laddar dem. Reagensvolymerna är optimerade för 3 batcher med 24 reaktioner per kit per körning. Kontrollera att eluat från provberedningen och alla komponenter i artus VanR QS-RGQ-kitet är kvar i instrumentet i högst den tid som normalt krävs för provrening och analysinställning för 72 analysreaktioner, inklusive upp * Säkerställ att instrumenten är kontrollerade och kalibrerade enligt tillverkarens rekommendationer. 16 Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015

till 30 minuters överföringstid från QIAsymphony AS till Rotor-Gene Q- instrumentet. Saker som ska utföras före start Före varje användning måste alla reagenser i artus VanR QS-RGQ-kitet tinas helt, blandas (pipettera upprepade gånger upp och ned eller vortexblanda snabbt) och centrifugeras i minst 3 sekunder. Undvik bubbelbildning eller skumbildning i reagenserna. Bered alla blandningar som krävs. Bered vid behov blandningar som innehåller RNA (CARRIER) och interna kontroller precis innan du startar. Det finns mer information i Beredning av bärar-rna (CARRIER) och intern kontroll (VanR intern kontroll), sidan 13. Innan du startar en integrerad körning måste du se till att alla instrument är rena och att utbytesdelar har laddats (t.ex. spetsskydd) så som beskrivs i underhållsanvisningarna i QIAsymphony SP/AS User Manual General Description, QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony SP, QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony AS, QIAsymphony Management Console User Manual som medföljer. Kontrollera att du utför underhåll regelbundet för att minimera risken för korskontamination. Se till att QIAsymphony-processprofilen Default Profile 1 (Standardprofil 1) är aktiv. Den valda profilen visas i det nedre högra hörnet på pekskärmen. Profilen kan ändras i menyn Configuration (Konfigurering) på fliken Tools (Verktyg) av en användare som är inloggad som Supervisor (Arbetsledare). Procedur 1. Stäng alla lådor och huvar på QIAsymphony SP/AS 2. Sätt på instrumentet och vänta tills skärmen Sample Preparation (Provberedning) visas och initieringen har slutförts. Strömbrytaren sitter nedtill i det vänstra hörnet på QIAsymphony SP. 3. Logga in i instrumentet. 4. Förbered lådan Waste (Avfall) i QIAsymphony SP. Öppna lådan Waste. Töm och installera flaska för flytande avfall. Ta av locket innan du placerar flaskan för flytande avfall i lådan. Sätt i spetsrännan. Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015 17

Obs! Olika spetsrännor måste användas för drift av bänkmodell respektive QIAsymphony Cabinet SP/AS. Sätt i spetsparkeringsstation. Sätt i tomma enhetslådor (se tabell 4 och figur 1). Se till att det finns minst en tom enhetslåda i skåra 4 (närmast dig). Installera en tom spetsavfallspåse (under avfallslådan vid drift av bänkmodell eller i avfallskorgen vid drift av QIAsymphony Cabinet SP/AS). Stäng lådan Waste och utför en inventarieskanning. Tabell 4. Nödvändiga plastartiklar för 1 3 provbatcher En batch, 24 prover Två batcher, 48 prover Tre batcher, 72 prover Tomma enhetslådor 2 3 4 Figur 1. Position för enhetslådor. 5. Ladda lådan Eluate (Eluat). Placera adaptern (elueringsmikrorörsställ QS) på överföringsramen. Öppna lådan Eluate. Placera enheten bestående av adaptern och överföringsramen i skåra 1 i lådan Eluate. Välj Elution Slot 1 (Elueringsskåra 1) på pekskärmen. Ta bort bottnen på elueringsmikrorör-cl-stället genom att vrida stället tills bottnen lossnar. 18 Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015

Skanna streckkoden på elueringsmikrorör-cl-stället med den manuella streckkodsläsaren. För in stället i adaptern i Elution Slot 1. Ta av locket på elueringsmikrorör-cl-stället. Stäng lådan Eluate. Tryck på OK. Vänta tills skanningen är klar. 6. Ladda lådan Reagents and Consumables (Reagens och Förbrukningsmaterial) (figur 2). Öppna lådan Reagents and Consumables. Ta fram reagenspatronen (RC) men innan du använder den för första gången ska du kontrollera att buffertarna QSL2 och QSB1 i patronen inte innehåller någon utfällning. Om buffertarna QSL2 och QSB1 innehåller en utfällning ska du följa anvisningarna på sidan 16. Obs! Försök att undvika kraftiga omskakningar av reagenspatronen (RC) eftersom det kan bildas skum, vilket kan ge upphov till problem med att detektera vätskenivån. Placera reagenspatronen (RC) i den grå reagenspatronhållaren. Kontrollera att magnetpartiklarna är helt resuspenderade. Vortexblanda tråget som innehåller magnetpartiklarna kraftfullt i minst 3 minuter före användning. Sätt tillbaka tråget som innehåller magnetpartiklarna i reagenspatronen (RC). Innan du laddar reagenspatronen (RC) tar du bort skyddet från det tråg som innehåller magnetpartiklarna. Öppna enzymrören. Sätt locken till enzymrören på lockhållarna i den grå reagenspatronhållaren. Obs! Om det finns bubblor i enzymrören ska du aspirera bubblor från ytan. Montera enzymstället (ER) på reagenspatronen (RC). Montera instickslocket (PL) på reagenshållaren (RC) och klicka försiktigt fast det. Placera beredd(a) reagenspatron(er) (RC) i position RC 1 och/eller RC 2. En ny reagenspatron (RC) räcker för upp till 96 prover. Tryck på knappen R+C på pekskärmen. Tryck på knappen Bottle ID (Flask-ID). Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015 19

Tryck på textfältet och skanna streckkoden på flaskan med ATL-buffert (ATL) med den manuella streckkodsläsaren. Figur 2. Placering av reagenser och förbrukningsprodukter på QIAsymphony SP. Öppna flaskan med ATL-buffert (ATL) och kontrollera att den inte innehåller någon utfällning. Om ATL-bufferten (ATL) innehåller en utfällning ska du följa anvisningarna på sidan 16. Sätt flaskan med ATL-buffert (ATL) i position B1, alltså bredvid reagenspatronskåran 1 (RC 1) (position 1 på fotot ovan). Ladda tillräckligt med ställ med engångsfilterspetsar om 200 µl i position 1 4 i spetsställshållaren (se tabell 5, sida 21). Ladda tillräckligt med ställ med engångsfilterspetsar om 1 500 µl i position 5 18 i spetsställshållaren (se tabell 5, sida 21). Var noga med att klicka fast alla ställ. Obs! Vi rekommenderar att du laddar mer än det erforderliga antalet filterspetsar av varje storlek så att det finns tillräckligt med filterspetsar att tillgå för automatiserad felhantering. Ta av locket på enhetslådorna för provberedningspatroner och ladda tillräckligt många provberedningspatroner i position 1 3 i enhetslådhållaren (se tabell 5, sida 21). Ta av locket på enhetslådorna för 8-stavsskydden och ladda enhetslådan med tillräckligt många 8-stavsskydd i position 4 i enhetslådhållaren (se tabell 5, sida 21). Obs! Förbrukningsprodukter av plast kan rubbas under transport eller förvaring. Kontrollera att alla plastartiklar är rätt placerade i enhetslådan innan du laddar den i QIAsymphony SP. Tryck på OK på skärmen för förbrukningsprodukter. 20 Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015

Stäng lådan Reagents and Consumables och gör en inventarieskanning. Tabell 5. Nödvändiga plastartiklar för 1 3 provbatcher En batch, 24 prover* Två batcher, 48 prover* Tre batcher, 72 prover* Engångsfilterspetsar, 200 µl 34 (1 ställ) 60 (2 ställ) 86 (3 ställ) Engångsfilterspetsar, 1 500 µl 123 (4 ställ) 205 (7 ställ) 295 (10 ställ) Provberedningspatroner 18 36 54 8-stavsskydd 3 6 9 * Om du utför mer än en inventarieskanning krävs det extra engångsfilterspetsar. Det finns 32 filterspetsar/spetsställ, 28 provberedningspatroner/enhetslåda och tolv 8- stavsskydd/enhetslåda. Antalet filterspetsar som krävs inbegriper filterspetsar för en inventerande skanning per reagenspatron. 7. Ladda lådan Sample (Rörbärare) med de positiva och negativa kontrollerna. Sätt röret med den positiva kontrollen för VanR (medföljer artus VanR QS-RGQ-kitet) i position 1 i den första provbäraren (använd rörinsats 3B för mikrorör om 2 ml). Sätt röret med den negativa kontrollen för VanR (medföljer artus VanR QS-RGQ-kitet) i position 2 i den första provbäraren (använd rörinsats 3B för mikrorör om 2 ml). Obs! Se till att du laddar den positiva och den negativa kontrollen i rätt position. Rotor-Gene AssayManager kommer inte att importera resultatfilen om den positiva och den negativa kontrollen blir placerad i någon annan position. Ladda inte kontroller i extra bärare för samma AS-batch. 8. Ladda lådan Sample (Rörbärare) med proverna. Ladda beredda prover (se sidan 11) i 2 ml mikrorör i provrörsbäraren som redan innehåller kontrollerna (används rörinsats 3B för mikrorör om 2 ml). Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015 21

Om det behövs kan du bereda fler provrörsbärare på samma sätt, men utan kontroller. Obs! Om prover är streckkodade, ställer du in proven i rörbäraren så att streckkoderna är helt synliga. Kontrollera att prov- och kontrollrör är korrekt laddade och fastklickade. För in alla provbärare i lådan Sample, skårorna 1 4. LED-lampan lyser orange om de är rätt laddade. 9. Använd inställningen Integrated run (Integrerad Körning) på QIAsymphony-pekskärmen för att ange nödvändig information för varje provbatch som ska bearbetas. Tryck på fliken Integrated Run på pekskärmen. Tryck på Define run (Definiera Körning). Välj SP Batch 1 (eller lämpligt batchnummer för provbäraren med Full Process Controls (Kontroller För Hel Process), om du laddar kontinuerligt). Tryck på Edit samples (Redigera Prover). Kontrollera att rätt labbmaterial är tilldelat till proven. Korrigera tilldelningen av labbmaterial vid behov. Tryck på ID/Type (ID/Typ). Välj den första positionen och tryck på Sample ID (Prov-ID). Tryck på textfältet och ange VanR Positive Control, tryck sedan på OK. Välj den första positionen och tryck på EC+. Välj den andra positionen och tryck på Sample ID. Tryck på textfältet och ange VanR Negative Control, tryck sedan på OK. Välj den andra positionen och tryck på EC. Åtgärda vid behov eventuella streckkodsfel för prov och infoga ID:n. Tryck på OK. 22 Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015

Obs! Tilldela inte provtypen EC+ eller EC till andra rör än den positiva och den negativa kontrollen som medföljer artus VanR QS-RGQ -kitet. Rotor- Gene AssayManager avslår körningar med felaktiga kontrollmönster. Om du dessutom bearbetar tidigare karakteriserade prover tillsammans med testproverna ska du se till att du tilldelar sample type (Provtypen) sample (Prov) till dessa prover. 10. Definiera analysen/analyserna som ska köras. Tryck på den motsvarande knappen SP Batch. Tryck på Define assays (Definiera Analyser). Välj proverna som ska bearbetas med analysen. Välj analysen artus_vanr_rec-swab200_v1 under kategorin artus QS-RGQ. Tryck på OK. Upprepa steg 10 för alla batcher och prover som ska bearbetas. 11. Definiera QIAsymphony AS-batchen. Välj alla batcher som ska bearbetas i en integrerad QIAsymphony RGQ-körning. Tryck på Create AS batch (Skapa AS-Batch). Obs! Alla QIAsymphony SP-batcher som är tilldelade till samma QIAsymphony AS-batch (integrerad QIAsymphony RGQ-körning) bearbetas i samma analysinställningsprocedur. Tryck på OK för att sätta körningen i kö. 12. Ladda lådan Sample med intern kontroll-blandning. Sätt tidigare berett/beredda rör med intern kontroll-blandning (se sida 13) i provbäraren (använd rörinsats 3B för mikrorör om 2 ml). För in provbäraren i skåra A i lådan Sample. 13. Definiera de interna kontrollernas positioner. Tryck på knappen Define ICs (Definiera Interna Kontroller). Välj positionerna för intern kontroll-blandningen. Välj den motsvarande interna kontrollen Complex200_V6_DSP_artus_VanR från mappen Required (Krävs). Kontrollera att rätt labbmaterial är tilldelat. Om så inte är fallet korrigerar du tilldelningen av labbmaterial genom att trycka på IC Tubes (Rör Med Intern Kontroll). Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015 23

Tryck på OK. 14. Starta körningen. Tryck på knappen Run (Kör) för att starta körningen. Läs och bekräfta meddelandet som visas. Vi rekommenderar att du väntar vid instrumentet tills det har utfört en detektion av vätskenivån i rören med intern kontroll (QIAsymphony SPbärarstatusen ändras till running (Körs)). Obs! Undvik att pausa eller stoppa körningen under bearbetning (såvida inget akut händer) eftersom respektive prover och analysreaktioner då flaggas som unclear (Osäkra). Rotor-Gene AssayManager ogiltigförklarar analysreaktioner som är unclear. Obs! Det går att ladda prover kontinuerligt och lägga till dem till den här körningen (tills du har laddat reagenser) eller till en ny QIAsymphony RGQkörning. Ladda QIAsymphony AS-lådor för analysinställning 15. Installera en tom spetsavfallspåse och spetsrännor. Installera en tom spetsavfallspåse under lådan Waste vid drift av bänkmodell eller i avfallskorgen vid drift av QIAsymphony SP/AS. Öppna lådorna Eluate and Reagents och Assays i QIAsymphony AS. Öppna huven och sätt i spetsrännan inne i instrumentet. Obs! Olika spetsrännor måste användas för drift av bänkmodell respektive QIAsymphony Cabinet SP/AS. Stäng huven samt läs och bekräfta meddelandet. 16. Ladda lådan Assays med analysställ. Tryck på skåra 5 Assay (gul). Fyll på det erforderliga antalet testremserör (4 rör = 1 segment) i en i förväg kyld Rotor-Gene Strip Tubes 72 QS-kyladapter så som anges på pekskärmen. Obs! Ladda kompletta testremserör. Dela inte på testremserör. Ladda adaptern med testremserör i skåra 5 i lådan Assays. Tryck på Rack ID (Ställ-ID) på pekskärmen, ange ett ställ-id som är bestämt av användaren och tryck på OK. Obs! Du kan även använda den automatiska ID-funktionen. 24 Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015

Tryck på Load (Ladda). 17. Ladda lådan Assays med filterspetsar. Ladda som minst det antal filterspetsar som anges på skärmen Assay Setup Loading Information (Analysinställning Laddningsinformation). Obs! Börja ladda spetsställ från positionerna längst bak (nära kyladaptrarna). I sällsynta fall kan det hända att pipetteringshuvudet inte når vissa positioner i riktning mot huven och detta kan göra att instrumentet pausas automatiskt. Vi rekommenderar att du laddar mer än det erforderliga antalet filterspetsar av varje storlek så att det finns tillräckligt med filterspetsar att tillgå för automatiserad felhantering. 18. Ladda lådan Eluate and Reagents med reagenser. Före varje användning måste alla analysreagenser tinas helt, blandas och centrifugeras i minst 3 sekunder. Undvik bubbelbildning eller skumbildning i reagenserna (se proceduren som beskrivs i Viktigt att tänka på före start, sidan 16). Tryck på skåra 3 Reagent (gul) på pekskärmen. Bered en i förväg kyld reagenshållare enligt begäran på pekskärmen. Välj rörpositionerna på pekskärmen, ladda ett tomt rör för masterblandningen och fyll åtminstone den erforderliga volymen av rätt reagenser i de erforderliga rören i de motsvarande positionerna så som anges på pekskärmen. Obs! Det kan vara nödvändigt att kombinera samma reagenstyper (VanR master A eller VanR master B) i ett och samma rör om den erforderliga volymen överskrider fyllningsvolymen för de motsvarande reagenserna. Ett rör vardera av VanR master A och VanR master B räcker till 24 QIAsymphony SP-eluat (inklusive kontroller). Obs! Viskösa reagens kan vara svåra att hantera med manuella pipetter. Se till att du överför hela volymen av VanR master A och VanR master B till respektive rör. Obs! Alternativt väljer du List View (Listvy) på pekskärmen och bereder reagensadaptern i enlighet med denna vy. Du kan även ladda ned en Loading Information File (Fil Med Laddningsinformation) via QMC eller USB-porten (och skriva ut den) när QIAsymphony AS-batchen är definierad och ställd i kö. Tryck på knappen Scan Kit Barcode (Skanna Kitstreckkod) på pekskärmen och tryck på den ljusblå raden för kitstreckkod. Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015 25

Tryck på textfältet och skanna kitstreckkoden på ovansidan av artus VanR QS-RGQ-kitet med den manuella streckkodsläsaren. Ladda den beredda reagensadaptern i skåra 3 i lådan Eluate and Reagents. Tryck på knappen Load (Ladda). Stäng båda lådorna. Tryck på Scan (Skanna) för att öppna skanningdialogrutan. Tryck på Scan för att göra en inventarieskanning av alla QIAsymphony AS-komponenter. Obs! Vi rekommenderar att du väntar vid instrumentet tills skanningen är slutförd. Analysinställningen startar automatiskt när provberedningen i QIAsymphony SP är avslutad. 19. Kontrollera tiden för slutet av QIAsymphony AS-batchen för att ta bort analysställ. När QIAsymphony AS-skanningen är avslutad visas den beräknade tiden för integrerad körning på skärmen Integrated Run Overview (Översikt Över Integrerad Körning). Den maximala tillåtna tiden från slutet på QIAsymphony AS-körningen till starten av körningen i Rotor- Gene Q-instrumentet är 30 minuter. Se till att du överför analysstället från Rotor-Gene Q-instrumentet inom 30 minuter från avslutningen av analyskörningen. Ta bort analysställ och överföra resultatfil 20. Ta bort QIAsymphony AS-batchen och analysstället. Öppna lådorna Assays och Eluate and Reagents. Ta bort adaptern med testremserören och tillslut rören med de lämpliga locken. Tryck på skåra 5 Assay. Tryck på knappen Remove (Ta Bort). Ta bort reagensadaptern och kassera reagenserna enligt lokala säkerhetsföreskrifter. Tryck på skåra 3 Reagent. Tryck på knappen Remove. Stäng lådorna Assays och Eluate and Reagents. 26 Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015

Tryck på Scan för att öppna skanningdialogrutan. Tryck på Scan för att göra en inventarieskanning för adaptrar till vänster och höger (brukar vara förvalda). Tryck på knappen Integrated Batch (Integrerad Batch) (grön) för att ta bort den integrerade körningen. Läs och bekräfta meddelandet. Den slutliga QIAsymphony AS-resultatfilen skapas och kan överföras till antingen ett USB-minne eller till en bestämd mapp (\log\results\as) via QMC. 21. Överföra resultatfilen till en bestämd mapp. För att överföra resultatfilen med användning av USB-minnet följer du steg 21a. För att överföra resultatfilen med användning av QMC följer du steg 21b. 21a. Överföra resultatfil med användning av USB-minnet. Sätt i USB-minnet. Välj Tools (Verktyg). Välj File Transfer (Filöverföring). Välj Result Files (Resultatfiler) i kolumnen Save to USB Stick (Spara I USB-Minne). Tryck på knappen Transfer (Överför). Läs och bekräfta meddelandet. När överföringen är klar trycker du på OK och tar ut USB-minnet. Fortsätt till Protokoll: PCR i Rotor-Gene Q -instrumentet, sidan 28. 21b. Överföra resultatfil med användning av QMC. Logga in i rätt QIAsymphony SP/AS. Välj ikonen för filöverföring. Välj filformatet Result File AS (Resultatfil AS). Välj resultatfilen med rätt tidsstämpel och batch-id från listan med filer från Remote Site (Fjärrplats) (högra kolumnen). Överför resultatfil till Local Site (Lokal Plats) (filen sparas under sökvägen som definieras i Tools, Options (alternativ), File Transfer, under \log\results\as). Obs! Om flera batcher i QIAsymphony AS konfigureras i en integrerad körning ska du ladda om lådorna i QIAsymphony AS med början vid steg 15. Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015 27

Fortsätt till Protokoll: PCR i Rotor-Gene Q -instrumentet, sidan 28. Obs! Vi rekommenderar att du markerar locken på testremserören för att säkerställa rätt placering och att du använder en kyld transportram för att undvika kontaminering. Protokoll: PCR i Rotor-Gene Q -instrumentet Viktigt att tänka på före start Ta dig tid att bekanta dig med Rotor-Gene Q-instrumentet innan du startar protokollet. Se instrumentets användarhandbok. Rotor-Gene AssayManager möjliggör automatiserad tolkning av PCRresultaten. artus VanR QS-RGQ-kitet måste köras i Rotor-Gene Q-instrumentet med användning av automatiserad tolkning av resultat med Rotor-Gene AssayManager. Cyklingparametrarna är låsta för körningen. Ladda ned Application Package (Applikationspaketet) från Protocol Files (Protokollfiler) på fliken Resources (Resurser) på webbkatalogsidan för artus VanR QS-RGQ-kitet (www.qiagen.com/p/artus-vanr-qs-rgq-kit-ce). När du har installerat plugin-programmet och importerat analysprofilen (se Saker som ska utföras före start nedan), kan Rotor-Gene AssayManager använda informationen som lämnas i QIAsymphony AS-resultatfilen för att ställa in en körning för PCR-amplifiering i realtid och påföljande automatiserad tolkning av resultat. För systemomfattande processäkerhet är det nödvändigt att aktivera följande inställningar för det slutna läget: Material number required (Materialnummer krävs), Valid expiry date required (Giltigt utgångsdatum krävs) och Lot number required (Lotnummer krävs). Saker som ska utföras före start För automatiserad tolkning av resultat med användning av artus VanR QS- RGQ-kitet med Rotor-Gene AssayManager måste det senaste artus Basic (Grundläggande) plugin-programmet vara installerat i din Rotor-Gene AssayManager. Starta installationsprocessen genom att dubbelklicka på ArtusBasic.Installation.msi och följ installationsanvisningarna. För en utförlig beskrivning, se Installing Plug-ins (Installera Plugin-Program) (se den medföljande Användarhandboken till Rotor-Gene AssayManager Core Application. 28 Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015

Om artus VanR QS-RGQ-kitet ska användas för humana rektala eller perianala prover måste filen AP_artus_VanR_rec-swab200_QS_V1_0_0.iap importeras till Rotor-Gene AssayManager. För att importera analysprofilen till Rotor-Gene AssayManager navigerar du till Configuration Environment (Konfigureringsmiljö) och växlar till fliken Assay Profile. Klicka på Import och välj filen AP_artus_VanR_recswab200_QS_V1_0_0.iap i den öppna fildialogrutan. Klicka på Open (Öppna) så laddas analysprofilen och läggs till i listan med tillgängliga analysprofiler. Obs! Samma version av en analysprofil kan inte importeras två gånger. Procedur 1. Förbered rotorn och starta körningen i Rotor-Gene Q-instrumentet. Placera en rotor med 72 brunnar på rotorhållaren. Fyll rotorn med testremserör. Se till att du börjar med position 1 och att du sätter i testremserören i rätt riktning. Använd tomma testremserör med lock för att fylla alla oanvända positioner. Sätt fast låsringen. Ladda Rotor-Gene Q-instrumentet med rotorn och låsringen. Om du använder ett USB-minne för dataöverföring direkt från QIAsymphony SP/AS, packar du upp resultatfilen från QIAsymphony AS. Resultatfilerna är lagrade under \log\results\as. Obs! På de flesta datorer kan du packa upp filer genom att högerklicka på filen och sedan klicka på Extract (Extrahera) i menyn som öppnas. Starta Rotor-Gene AssayManager. Logga in till det slutna läget. Välj miljön Setup (Inställning) om den inte redan är vald. Importera QIAsymphony AS-resultatfilen längst ner på skärmen. Välj källan QIAsymphony som Import type. I dialogrutan Select file (Välj fil) öppnar du den motsvarande QIAsymphony AS-resultatfilen och klickar på Open. Läs och bekräfta meddelandet. När importen är klar väljer du den motsvarande arbetslistan i arbetslisthanteraren och klickar på knappen Apply (Tillämpa). Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015 29

Ange ett experimentnamn. Välj termocyklern som ska användas i dialogrutan Cycler selection (Termocyklerval). Kontrollera att låsringen är fastsatt på rätt sätt och bekräfta på skärmen att låsringen sitter fast. Stäng locket till Rotor-Gene Q-instrumentet. Klicka på knappen Start run. Obs! Om du använder flera termocyklerkörningar växlar du till den motsvarande termocyklermiljön för att se körningens förlopp. När körningen är slutförd klickar du på Finish run... (Avsluta körning). För användare som är inloggade med rollen Operator (Operatör): Klicka på Release (Frigör). För användare som är inloggade med rollen Approver (Godkännare): Klicka på Release and go to approval (Frigör och gå till godkännande). 2. Frigöra och rapportera resultat. Om du har använt Release förut väljer du miljön Approval (Godkännande). Tryck på Apply filter (Tillämpa filter) (eller välj egna filteralternativ i förväg). Välj experiment. Klicka på Start approval (Starta godkännande). Godkänn resultaten för varje testprov. Använd knappen Accepted (Accepterat) för testprover med resultat som har analyserats av Rotor- Gene AssayManager och som du samtycker till. Använd knappen Rejected (Avslås) om testprovresultatet som har utvärderats av Rotor- Gene AssayManager av någon anledning inte är acceptabelt. Obs! Ett resultat som automatiskt ställs in på Invalid (Ogiltigt) av Rotor- Gene AssayManager kan inte konverteras till ett giltigt resultat även om resultatet avslås. Valfritt: Ange kommentarer. Klicka på Release/report data... (Frigör/rapportera data). Välj en rapportprofil och klicka på OK. Rapporten framställs och sparas automatiskt. 30 Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015

Obs! Användaren måste ha godkännanderättigheter för att frigöra en analys. Lasta ur Rotor-Gene Q-instrumentet och kassera testremserören enligt lokala säkerhetsföreskrifter. 3. Utföra underhåll. När alla QIAsymphony AS-batcher i den integrerade QIAsymphony SP/AS-körningen är avslutade utförs det regelbundna underhållet enligt beskrivningen i användarhandbokenqiasymphony SP/AS User Manual General Description. Obs! Detta kan utföras när som helst innan nästa integrerade körning startas, i enlighet med lokala föreskrifter eller prioriteringar. Utför förebyggande underhåll varje dag, varje vecka och årligen enligt beskrivningen i användarhandboken QIAsymphony SP/AS User Manual General Description. Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015 31

Tolkning av resultat I det här avsnittet beskrivs tolkningen av resultat i Rotor-Gene Q-instrumentet. Granska även provstatusinformationen från QIAsymphony SP/AS-resultatfilerna för analys av det slutförda arbetsflödet för prov-till-resultat. Använd bara prover med giltig status. Analysprofilen för artus VanR QS-RGQ-kitet för humana rektala eller perianala pinnprover innehåller regler för automatisk tolkning av analysresultaten. Varje prov och kontroll uppvisar ett oberoende resultat för varje mål: vana, vanb och intern kontroll. Varje resultat rapporteras som Signal detected (Signal detekterad), No signal (Ingen signal) eller INVALID (OGILTIGT). Positiva/negativa kontrollresultat: Alla mål för den positiva kontrollen ( Positive Control ) och negativa kontrollen ( Negative Control ) måste vara giltiga för att det ska kunna bekräftas att analysens status är framgångsrikt och att testresultaten kan rapporteras. Om något mål för den positiva kontrollen eller negativa kontrollen är ogiltigt, visar resultaten för varje prov i körningen INVALID. Hela analyskörningen måste testas igen. Den positiva kontrollen måste rapportera resultatet Signal detected för vana, vanb och intern kontroll. Den negativa kontrollen måste rapportera resultatet Signal detected för intern kontroll och No signal för de specifika målen. Provresultat: Se tabell 6 (sidan 33) för en sammanfattning av resultattolkning. Eftersom resultat rapporteras oberoende för vana- och vanb-mål, anses ett prov som positivt för vankomycinresistens om endera målet detekteras. Signalen för intern kontroll måste detekteras för prover där ingen vanaoch/eller vanb-signal detekteras. Om signalen för den interna kontrollen inte detekteras eller är INVALID, visas alla mål för provet som INVALID. Provet måste testas igen. Signalen för intern kontroll kan rapporteras som No signal eller INVALID för prover där vana- och/eller vanb-signal detekteras. I dessa fall kommer resultat för vana och vanb att rapporteras. Ingen omtestning behövs. Obs! Det förväntas att i vissa positiva vankomycinresistenta prover kan intern kontroll-pcr vara inhiberad, vilket ger upphov till resultatet No signal eller INVALID för den interna kontrollen. 32 Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015

I vissa prover kan ett resultat för vana eller vanb rapporteras som INVALID. I dessa fall rekommenderar vi omtestning av provet. Om vana eller vanb rapporteras som INVALID och flaggan säger CT_ABOVE_ ACCEPTED_RANGE (CT över accepterat område) behöver inte detta prov omtestas utan betraktas som negativt, om den interna kontrollen är giltig. Tabell 6. Sammanfattning av resultattolkning Målresultat vana vanb Intern kontroll Signal detekterad Signal detekterad Signal detekterad/ Ingen signal/ OGILTIGT Vankomycinresis tens detekterad i prov Ja Signal detekterad Ingen signal Signal detekterad/ Ingen signal/ OGILTIGT Ja Ingen signal Signal detekterad Signal detekterad/ Ingen signal/ OGILTIGT Ja Ingen signal Ingen signal Signal detekterad Nej Tabell fortsätter på nästa sida Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015 33

Tabell 6. Fortsättning Målresultat vana vanb Intern kontroll Ingen signal Ingen signal Ingen signal/ OGILTIGT Vankomycinresis tens detekterad i prov Fel, testa om prov Signal detekterad/ Ingen signal OGILTIGT* Signal detekterad/ Ingen signal/ OGILTIGT Fel, testa om prov OGILTIGT* Signal detekterad/ Ingen signal Signal detekterad/ Ingen signal/ OGILTIGT Fel, testa om prov * Om vana eller vanb rapporteras som ogiltigt med flaggan CT_ABOVE_ACCEPTED_RANGE, anses målet som giltigt, men negativt. Denna automatiserade analys kan ge följande motsvarande flaggor: 34 Handbok för artus VanR QS-RGQ-kit 12/2015