Datorlaboration 4. Pedigree-analys

Transkript

1 Datorlaboration 4 Pedigree-analys

2 2. BESKRIVNING AV DATORPROGRAM FÖR DATORLABORATION, PEDIGREE- ANALYS De program som används under denna laboration är inte särskilt användarvänliga (de har tagits fram för forskningsbruk, ej för kommersiell lansering). Läs därför instruktionerna noga! Programmen finns under T: För att kunna jobba med dem kopiera dem och lägg dem under Z: För att beräkna inavelskoefficienter i pedigreer används programmen "pedin.bas" (för att skriva in stamträdet) och "fastinb.exe" för att utföra beräkningarna för det inskrivna stamträdet. För att utföra s.k. gene drop-simulering för analys av förlust av genetisk variation i ett pedigree används programmet "gd.exe". Gå in i kommandopromten (finns under tillbehör på startmenyn). För att kunna starta dessa program måste du gå in på i rätt mapp (ped) under z: Skriv cd ped och trycka enter. Följ därefter instruktionerna för respektive program.

3 3. Program Pedin Kommentarer Basicprogram. (filnamn: pedin.bas). Används för att mata in pedigree-data i triplett form för inavelsberäkning med hjälp av programmet "Fastinb". För att kunna köra programmet måste man först ladda in gwbasic. 1. Starta gwbasic genom att skriva gwbasic och trycka ENTER. 2. Ladda in pedin genom att skriva: LOAD"pedin (eller tryck F3 och skriv därefter in pedin). 3. Starta pedin genom att skriva RUN (eller tryck F2). 4. Först frågar programmet efter ett filnamn (välj ett namn på den blivande indatafilen. OBS: max 8 tecken långt). Hitta därefter på ett namn till stamträdet och skriv sedan in släktskapsförhållandena. Varje individ måste föregås av sina föräldrar. Founders anges som individer med föräldrar som är 0. Exempel: Ego: 1 Sire: 0 Dam: 0 (=en founder) Ego: 2 Sire: 0 Dam: 0 (=en founder) Ego: 3 Sire: 1 Dam: 2 (Ego = individen, Sire = fader, Dam = moder) För att avsluta inläggning av data skriv Ego: Skriv system för att lämna Gwbasic. Pedin har nu skapat en textfil med det aktuella stamträdet under det namn som Du angivit, denna textfil kan nu användas som indata till Fastinb. Om du vill titta på filens innehåll, gör så här: 1. Gör en kopia av filen 2. Byt filändelsen PÅ KOPIAN till.txt 3. Öppna i anteckningar

4 4. Fastinb Beräknar inavelskoefficienter för samtliga individer i ett pedigree (filnamn: fastinb.exe). Pedigreet finns lagrat i en fil som skapats och namngivits med hjälp av programmet "Pedin". 1. Skriv fastinb, tryck ENTER 2.Programmet frågar efter INPUT FILE - skriv namnet på orginalfilen som pedigreet ligger i. 3.Programmet frågar efter OUTPUT FILE - skriv namnet på en fil med filändelsen.txt (textfil) till vilken programmet kan skriva resultatet av beräkningen. 4. Öppna filen i programmet anteckningar.

5 5. Gd Simulerar gene drop i ett pedigree (filnamn: gd.exe). Indatafilen ska se ut på följande sätt (kräver modifiering av pedigree från "Pedin i anteckningar): D N D N D N D N A N Obs! Det är viktigt att antalet mellanslag stämmer. Det skall vara exakt fyra blanka mellan individen och sire, respektive mellan sire och dam. Däremot skall det vara fem blanka mellan dam och D/Akolumnen och en blank mellan D/A-kolumnen och N-kolumnen. (De två sista kolumnerna: D anger att individen är död, A = levande, N ska alltid stå i sista kolumnen.) Vidare skall rubriken som skapades av "Pedin" (högst upp i filen) tas bort. Även den lilla "fyrkanten" sist i filen måste bort. Det är viktigt att inte lägga till någon rad i slutet (tryck ej enter efter sista individen). 1.Skriv gd mellanslag, namnet på filen med pedigreet (inklusive filändelse), mellanslag, namn på utdatafil, tryck enter. 2.Programmet frågar efter 3 heltal, skriv ett tal (vilket som helst) tryck ENTER, skriv ett till tal tryck ENTER, skriv ett tredje tal, tryck ENTER. 3.Programmet frågar efter antal runs (simuleringar), skriv önskat antal, ENTER. 4.När programmet är klart finns resultaten i en utdatafil med det namn som angivits.

6 6. UPPGIFTER TILL DATORLABORATION 4 Pedigree-analys Datorprogram som används under detta moment är: "Pedin.bas", "Fastinb.exe" och "Gd.exe" 1. Beräkna inavelsgraden hos markerade individer i nedanstående pedigreer med hjälp av datorprogram. Prova gärna även att försöka beräkna inavelsgraden för hand. Använd resultaten från programmen för att kolla dina egna beräkningar.

7 7. 2. Beräkna inavelsgraden hos markerade individer i nedanstående pedigreer med hjälp av datorprogram. Prova gärna även att försöka beräkna inavelsgraden för hand. Använd resultaten från programmen för att kolla dina egna beräkningar. 3. Vilken är inavelsgraden efter fyra generationers bror-syster korsning?

8 8. 4. Hur mycket av founderdjurens genetiska variation finns kvar hos de tre levande djuren i nedanstående pedigree? 5. Två avelspar av en hotad djurart har fångats in och placerats i varsitt hägn i en djurpark. Det ena paret förökar sig väl och har fått 27 stycken avkomlingar, det andra paret bedöms inte ha anpassat sig lika väl och har fått 6 avkommor. Det finns bara utrymme för 10 stycken vuxna avelsdjur av denna djurart i djurparken. Man väljer ut 8 ungar (4 honor och 4 hanar) från det högreproducerande paret och en hane och en hona från det lågreproducerande paret. Dessa tio djur får sedan para sig och bilda nästkommande generation om 10 reproducerande djur. Obs! Överlappande generationer kan ej förekomma. a) Rita ett pedigree över djurparkspopulationen, bestäm själv vilka parningar som ska göras i generation 1. b) Hur hög är inavelsgraden hos djuren i generation 2? Spelar det någon roll vilka djur Du parar ihop i generation 1? c) Har någon genetisk variation förlorats från generation 0 till 1 respektive från generation 1 till 2? Hur mycket? Hade man kunnat minska förlusten av genetisk variation (om man antar att antalet vuxna avelsdjur inte kan ökas)? Hur?