ÅRSRAPPORT 2009-02-12

ÅRSRAPPORT 2009-02-12

2 (81)

3 (81) Förord: Temaår har som syfte att belysa ett specifikt ämnesområde, som involverar medarbetare med olika specialiteter från flera avdelningar på Smittskyddsinstitutet. Temaåret 2008 Zoonoser & klimatförändringar omfattar 18 projekt. Projekten fördelades på sex fokusområden: vilda djur, tama djur, insekter, badvatten, livsmedel och fåglar. Projekten och fortlöpande resultat har presenterats i 17 artiklar i Smittskydd samt i 11 artiklar på Smittskyddsinstitutets (SMI) webbplats. Flera av projekten har resulterat i framtagandet av bättre diagnostiska verktyg samt nya provtagnings- och typningstekniker. Ökad kunskap har även erhållits över olika smittämnenas spridning och förekomst i Sverige. Ett europeiskt nätverk, ArboZoonet, har bildats, som ska kartlägga förekomsten av tropiska zoonoser i Europa. Resultaten från projekten och samtliga publikationer redovisas separat längre fram i denna rapport. Som framgår från rapporten har resultaten skapat nya frågeställningar för flera projekt, som nu fortsätter med något förändrad inriktning. Temaårsarbetet har skapat ökad förståelse för vikten att kommunicera forskningsresultat, inte bara till vetenskapliga tidskrifter, utan även till massmedia, sjukvård och allmänhet. Ledarna för respektive fokusområde har fungerat som kontaktpersoner med ansvar att rapporterna från projektledarna färdigställts i tid. Temaåret har även rönt stort intresse i massmedia, allt från allmänna artiklar om zoonoser till nyhetsmorgon i TV4. Temaårsarbetet har letts av en styrgrupp med representanter från samtliga fokusområden och informationssektionen. Sedan september 2007 har styrgruppen träffats varje månad. Styrgruppens sammansättning med representanter från samtliga avdelningar har skapat nya nätverk inom SMI. En möjlighet att i framtiden ytterligare förbättra samverkan mellan temarårets deltagare kan ske inom ramen för workshops, där samtliga medarbetare kan diskutera sina projekt inom respektive fokusområde och vilka samarbetsvinster som kan erhållas. Från början fanns ingen modell för hur styrgruppens arbete skulle organiseras, men efter viss diskussion kom gruppen fram till nuvarande struktur. Erfarenheterna från temaårsarbetet har överlag varit synnerligen positiva. Till kommande styrgrupp vill vi förmedla att, förutom att försöka öka samverkan mellan samtliga deltagare, det är viktigt att vara selektiv vid val av projekt. Temaårsarbetet har fått stöd från SMI:s ledning, dock råder fortfarande viss tveksamhet om hur det ska relateras till SMI:s linjeorganisation. Sammantaget har året varit givande förr styrgruppen, vi har lärt känna varandra bättre och framförallt har våra kunskaper ökat om de projekt, som bedrivs på SMI, varvid nya kontaktytor har skapats. Styrgruppen för Tema-året 2008 Zoonoser och klimatförändringar Projektledare: Heléne Norder Övriga styrgruppsledamöter: Kerstin Falk, Anna-Lena Hammarin, Anette Hansen, Marika Hjertqvist, Cecilia Jernberg, Inger Ljungström, Sven Löfdahl, Öjar Melefors, Ali Mirazimi, Caroline Schönning Informatörer: Aase Sten, Per Andersson

4 (81) Innehållsförteckning Förord:...3 Innehållsförteckning...4 Fokusområde vilda djur: Smittspridande djur kan flytta till Sverige...6 Projekt som ingår i fokusområde vilda djur... 6 Fokusområde tama djur: Tam- och produktionsdjur källa till smittsamma sjukdomar...7 Projekt som ingår i tama djur:... 8 Fokusområde livsmedel: Indikationer på ökad livsmedelssmitta...9 Projekt som ingår i fokusområde livsmedel:... 9 Fokusområde badvatten: Varmare badvatten smittar mer...10 Projekt som ingår i fokusområde badvatten:... 11 Fokusområde fåglar: Fåglar sprider sjukdomar över kontinenter...12 Projekt som ingår i fokusområde fåglar:... 12 Fokusområde insekter: Varmare klimat gör att insekter kan sprida nya sjukdomar i Sverige...13 Projekt som ingår i fokusområde insekter... 13 Projektöversikt...14 Projektens lägesrapport vid temaårets slut...15 Badklåda en vanligare sommarplåga?... 15 Vilka drabbas av Campylobacterinfektioner?... 15 Kan människor vara infekterade med mer än en genotyp av Campylobacter?... 15 Diagnostik avseende Chikungunyavirus kommer att etableras under året... 16 SMI-dag om Echinococcus och Leishmania... 16 Varför är EHEC vanligare i vissa landsändar?... 17 Ökade vattenflöden kan öka antalet fall av Giardia och Cryptosporidium... 19 Fågelinfluensa har potential att anpassa sig till människor... 20 Rekordmånga fall av sorkfeber i Sverige... 20 Hur vanligt är det med inhemsk akut hepatit E i Sverige?... 21 Åtgärdsprogram vid misstänkt exposition för Herpes B-virus... 22 Krim-Kongo ökar i Europa... 22 Förekommer rabies hos svenska fladdermöss?... 22 MRSA en ny zoonos i Sverige... 23 Är inhemsk salmonella ett ökande problem?... 24 Hur ofta förekommer det att man får TBE trots vaccination och hur ska diagnostiken anpassas?.. 24 Harpest ökar och sprider sig i Sverige... 25 Kan West Nile-viruset etablera sig i svenska fåglar?... 25 Bilaga 1: Projektbeskrivningar...26 Badklåda en vanligare sommarplåga?... 26 Vilka drabbas av Campylobacterinfektioner?... 27 Kan människor vara infekterade med mer än en variant av Campylobacter samtidigt?... 27 Diagnostik avseende Chikungunyavirus kommer att etableras under året... 27 SMI-dag om Echinococcus och Leishmania... 28 Varför är EHEC vanligare i vissa landsändar?... 29 Ökade vattenflöden kan öka antalet fall av Giardia och Cryptosporidium... 30 Fågelinfluensa har potential att anpassa sig till människor... 30 Rekordmånga fall av sorkfeber i Sverige... 31 Hur vanligt är det med inhemsk akut hepatit E i Sverige?... 33 Åtgärdsprogram vid misstänkt exposition för Herpes B-virus... 33 Krim-Kongo ökar i Europa... 34 Förekommer rabies hos svenska fladdermöss?... 34 MRSA en ny zoonos i Sverige... 35 Är inhemsk salmonella ett ökande problem?... 36 Hur ofta förekommer det att man får TBE trots vaccination och hur ska diagnostiken anpassas?.. 36 Harpest ökar och sprider sig i Sverige... 37 Kan West Nile-viruset etablera sig i svenska fåglar?... 37

5 (81) Bilaga 2: Artiklar i Smittskydd...39 Nr 6/2007: Zoonoser först ut när människor ska skyddas... 39 Nr 6/2007: Sorkfeber mot nya dystra rekord... 41 Nr 2/2008: Sena uppföljningsprov krävs vid TBE-diagnos hos vaccinerad... 44 Nr 3/2008: Hur vanlig är badsårsfeber?... 46 Nr 3/2008: Missvisande skillnader i EHEC-rapportering... 47 Nr 3/2008: Se upp för korna i hagen!... 48 Nr 3/2008: Sommaren hottar upp många zoonoser... 49 Nr 3/2008: Studie av Campylobacter kartlägger dold smitta... 50 Nr 3/2008: Varmare vatten ökar infektionsriskerna... 51 Nr 4/2008: Rabies en 100 procent dödlig sjukdom... 54 Nr 4/2008: Lyssajakt i Fyledalen... 55 Nr 4/2008: Leishmaniasis försummad sjukdom på frammarsch... 57 Nr 4/2008: En svår sjukdom som kan behandlas kostnadseffektivt... 58 Nr 4/2008: Amerikansk hudleishmaniasis aggressivare... 60 Nr 5/2008: Svårfångade zoonoser utmanar forskare... 62 NR 5/2008: Förorenat vatten sprider smitta... 64 NR 6/2008: Våg av nya infektioner kräver träffsäkrare smittskydd... 66 Bilaga 3: Artiklar på webbplatsen...70 Grönsaker allt vanligare som smittkälla vid matförgiftningar... 70 Karaktärisering av svenska högpatogena influensa A H5N1-stammar... 71 Studier av virulensfaktorer beträffande Influensa A... 71 Giardia kan smitta mellan djur och människa... 72 Vilda djur undersöks i jakt på smittämnen... 73 SMI förbereder sig för tropiska sjukdomar... 74 Färre fall av EHEC hittills i sommar men svårare komplikationer... 74 Stort utbrott av Salmonella Agona på Irland och i Storbritannien men få fall i Sverige... 76 Mycket harpest i norra Sverige... 76 Salmonellautbrott orsakat av importerad ruccolasallad... 76 Hur vanligt är det med inhemsk akut hepatit E i Sverige?... 78 Bilaga 4: Uppmärksamhet i övriga medier...79 Bilaga 5: Vetenskapliga publikationer...80

6 (81) Fokusområde vilda djur: Smittspridande djur kan flytta till Sverige Många smittämnen som förekommer hos vilda djur kan även smitta människor. Infekterade djur blir antingen sjuka själva eller så fungerar de som en reservoar, i vilken smittämnet kan gömma sig och överleva utan att påverka djurets hälsa. Ytterligare en möjlighet är att djuret fungerar som en symptomfri vektor och överför infektioner från naturen till människan. Ofta sker den naturliga cirkulationen av smittämnen i naturen och människan smittas snarast på grund av olyckliga omständigheter. Klimatförändringar kan leda till stora förändringar i djurlivet. Ett varmare klimat kan få till följd att överlevnad, tillväxt och förökning förbättras för smittspridande arter. Konsekvensen kan bli att de expanderar till nya områden, där säsongerna tidigare varit för kalla eller för korta. Det är i dessa gränsområden, framförallt norr om och på högre höjder än dagens utbredning, som effekterna av klimatförändringen först kommer att märkas. På samma sätt skulle nya arter, som tidigare endast funnits på kontinenten, kunna finna nya utbredningsområden i Sverige. Vegetationsförändringar till följd av ett varmare klimat är ytterligare en faktor som gör att utbredningen av olika smittspridande arter troligen kommer att förändras. Det finns även risk att nya sammansättningar av arter i ekosystemen kan skapa förutsättningar för nya smittämnen att etablera sig. De nuvarande säsongsvariationerna, som förekommer för olika infektionssjukdomar, kommer sannolikt att ändras, då många djurarter förlänger sin aktiva säsong. Det är svårt att säga hur stora effekterna av en klimatförändring kommer att bli på djurlivet i naturen. Därför är det viktigt att noga följa den epidemiologiska utvecklingen, vara uppmärksam på förändringar i djurlivet och dess spridning av infektioner samt sist men inte minst förbereda sig på överraskningar. Marika Hjertqvist, Avdelningen för epidemiologi Projekt som ingår i fokusområde vilda djur Förekommer rabies hos svenska fladdermöss? Harpest ökar och sprider sig i Sverige Hur vanligt är det med inhemsk akut hepatit E i Sverige? Krim-Kongo ökar i Europa Rekordmånga fall av sorkfeber i Sverige Studier av virulensfaktorer beträffande influensa A Åtgärdsprogram vid misstänkt exposition för Herpes B-virus Ökade vattenflöden kan öka antalet fall av Giardia och Cryptosporidium

7 (81) Fokusområde tama djur: Tam- och produktionsdjur källa till smittsamma sjukdomar Tamdjur kan bära på bakterier, parasiter eller virus och vara en källa till smittsamma sjukdomar mellan djur och människa, de sjukdomar som kallas zoonoser. Fokusområdet Tamdjur inkluderar både sällskaps- och produktionsdjur. En av de mest kända zoonoserna är salmonella, en bakterie, som sprids till människa via produktionsdjur, husdjur och exotiska sällskapsdjur. En annan känd zoonos är EHEC (enterohemorragisk E. coli infektion) som också sprids från produktionsdjur, företrädelsevis nötkreatur, till människa. Meticillinresistenta gula stafylokocker (MRSA) som tidigare beskrevs som sjukhussjuka, påträffas numera ute i samhället och kan spridas mellan människa och djur. Bland parasitzoonoser som förekommer i Sverige finner vi bland annat Giardia och Cryptosporidium, som är encelliga organismer (urdjur). Förutom spridning via vatten sker också smitta mellan människa och människa, mellan människa och djur. Leishmania är en annan encellig organism som finns runt Medelhavet. Det är inte ovanligt att hundar bär på denna sjukdom. Sandmyggan som sticker både människa och hund överför sjukdomen till oss. Klimatförändringen har troligen bidragit till att sandmyggan nu hittas längre norrut i Europa, men spridningen till människa har ännu inte flyttat norrut. Parasiten Echinococcus är en bandmask som finns bland annat hos hund och räv. Sjukdomen finns i Central- Mellan- och Östeuropa. I Sverige har vi idag endast importfall av sjukdomen. Oro finns att infekterade rävar passerar landsgränsen till Sverige eller att sjukdomen förs in med insmugglade infekterade hundar, varvid vi kan få en spridning i Sverige. Till virala hemorragiska febrar hör Krim-Kongo blödarfeber. Detta virus förekommer bland annat hos kor, får och getter och överförs till människa med fästingar. I Europa förekommer sjukdomen på exempelvis Balkanhalvön. Det finns en oro för att klimatförändringarna kan komma att ändra sjukdomens spridningsområde. Hepatit E är ett virus som hos människa orsakar gulsot. Det förekommer i länder med varmt klimat och sprids vanligtvis via kontaminerat vatten. Hepatit E viruset har även påträffats hos gris, vildsvin, och hjort. Drygt hälften av hittills undersökta svenska grisbesättningar har hepatit E-smittade griskultingar. Inger Ljungström, Avdelningen för parasitologi, mykologi, vatten och miljö

Projekt som ingår i tama djur: Hur vanligt är det med inhemsk akut hepatit E i Sverige? Krim-Kongo ökar i Europa MRSA en ny zoonos i Sverige SMI-dag om Echinococcus och Leishmania Varför är EHEC vanligare i vissa landsändar? Är inhemsk salmonella ett ökande problem? Ökade vattenflöden kan öka antalet fall av Giardia och Cryptosporidium 8 (81)

9 (81) Fokusområde livsmedel: Indikationer på ökad livsmedelssmitta Det finns indikationer på att livsmedelssmitta inom Sverige ökar. Storskaligare produktion och ökad globalisering med större rörlighet av varor inom EU samt import av animalprodukter från länder utanför EU kan öka risken för livsmedelssmitta inom Sverige. Import av djurfoder, som kan vara förorenat med exempelvis Salmonella ökar också risken för smitta från svenska köttprodukter. Nya sjukdomsframkallande smittämnen har också förändrat bilden. Ett exempel på detta är EHEC som i stor utsträckning finns hos svenska nötkreatur. Risken är större att man som svensk smittas hemma än vid tillfällig utlandsresa. EHEC har också gett upphov till flera livsmedelsburna utbrott varav två orsakats av köttprodukter och ett av isbergssallat, som vid bevattning förorenats med kogödsel. Hittills har livsmedelsmitta för oss svenskar oftast varit förknippad med utlandsresor, speciellt till varmare länder. Sverige har under de senaste 50 åren haft en medveten jordbruks- och livsmedelspolitik därför är epidemier och större livsmedelsburna utbrott relativt sällsynta inom landet. Campylobacter liksom parasitinfektioner med Giardia och Cryptosporidium är andra exempel på inhemska zoonoser. Alla tre kan finnas i förorenat dricksvatten. Även hepatit E, som är en vanlig zoonos i länder med varmt klimat smittar via dricksvatten. Smittvägarna i Sverige är okända men kommer att undersökas. Inhemsk zoonotisk smitta via livsmedel är vanligast under juli-augusti. Sven Löfdahl, Kunskapscentrum för mikrobiologisk beredskap (KCB) Projekt som ingår i fokusområde livsmedel: Hur vanligt är det med inhemsk akut hepatit E i Sverige? Kan människor vara infekterade med mer än en variant av Campylobacter samtidigt? MRSA en ny zoonos i Sverige Varför är EHEC vanligare i vissa landsändar? Vilka drabbas av Campylobacterinfektioner? Är inhemsk salmonella ett ökande problem? Ökade vattenflöden kan öka antalet fall av Giardia och Cryptosporidium

10 (81) Fokusområde badvatten: Varmare badvatten smittar mer De pågående klimatförändringarna kommer troligen att leda till ökade nederbördsmängder och kraftigare regn även i Sverige. Detta kan leda till förändringar av vattenflöden som kan komma att ha en stor inverkan på vattenkvaliteten och därmed på infektionsläget i samhället. Ändrade vattenflöden kan medföra att avloppsvatten läcker in i dricksvattentäkter och ledningar samt förorenar badvatten. De smittämnen som kan spridas på detta sätt är bland annat Cryptosporidium, Giardia, Salmonella, Campylobacter, calicivirus och EHEC, som alla är vanliga orsaker till magtarminfektioner. Vid avrinning från betesmark kan smittämnen från djur tillföras ytvatten som används för rekreation och dricksvattenproduktion. De flesta av de ovan nämnda organismerna är zoonotiska agens som även kan utsöndras av djur och därefter infektera människor via miljön. Riskerna för infektioner är även kopplade till förändringar i vårt beteende. Med ett varmare klimat kommer badsäsongen att förlängas och människor kommer att bada oftare. I kombination med högre vattentemperaturer och en ökad avrinning från mark innebär detta att människor i högre grad kan exponeras för smittämnen som orsakar mag-tarminfektioner, hudinfektioner och systeminfektioner. Badsårsfeber är ett exempel där ett antal fall inträffade den varma sommaren 2006. Smittämnet Vibrio cholerae (inte den klassiska koleran) finns naturligt i svenska vatten men tillväxer inte förrän vid temperaturer över 20 C. Ett annat exempel är badklåda som kan förväntas öka med ökade vattentemperaturer. Högre vattentemperaturer (dricks- och badvatten) och hälsoeffekter hos människa. Beige rutor omfattar olika vattendrag som kan drabbas, blå rutor visar på vilket sätt högre vattentemperaturer kan leda till en hälsoeffekt, och gula rutor visar hälsoeffekter. Källa: Klimat och Sårbarhetsutredningens bilaga B34

11 (81) Exempel på möjliga hälsoeffekter p.g.a. ett ändrat beteende vid högre sommartemperaturer. Beige rutor visar vad som ligger till grund för en hälsoeffekt, blå rutor visar på vilket sätt en hälsoeffekt uppstår, och gula rutor visar hälsoeffekter. Caroline Schönning, Avdelningen för parasitologi, mykologi, vatten och miljö Källa: Klimat och Sårbarhetsutredningens bilaga B34 Projekt som ingår i fokusområde badvatten: Badklåda en vanligare sommarplåga? Ökade vattenflöden kan öka antalet fall av Giardia och Cryptosporidium

12 (81) Fokusområde fåglar: Fåglar sprider sjukdomar över kontinenter Virus, bakterier och parasiter sprids mellan fåglar och från fåglar till människor. Flyttfåglar sprider smittsamma sjukdomar över flera kontinenter. Forskare befarar att klimatförändringar leder till att vilda fåglar ändrar sina vanor vilket skapar förändringar av smittspridningsområdet. I fokusområdet fåglar fokuserar Smittskyddsinstitutet på några viktiga smittämnen som kan spridas med hjälp av vilda fåglar till tamfåglar och människor, direkt eller via vektorer (exempelvis mygga eller fästing). Ali Mirazimi, Kunskapcentrum för mikrobiologisk Beredskap (KCB) Projekt som ingår i fokusområde fåglar: Badklåda en vanligare sommarplåga? Fågelinfluensa har potential att anpassa sig till människor Kan West Nile-viruset etablera sig i svenska fåglar? Krim-Kongo ökar i Europa

13 (81) Fokusområde insekter: Varmare klimat gör att insekter kan sprida nya sjukdomar i Sverige Under detta fokusområde har SMI fokuserat på ett fåtal smittämnen och deras vektorer som kan komma att påverkas av klimatförändringar. Förändring av nuvarande klimat mot ett varmare kan leda till att sjukdomar som tidigare inte setts i Sverige kan få en nordligare utbredning. Vid eventuellt ökande medeltemperatur i vårt land kan alltså förutsättningarna för spridning av insektsburna virus ändras. Får vi ett varmare klimat kan detta leda till etablering av nya myggarter i landet och möjlighet till virusförökning i myggpopulationen. Ökade vattenflöden kan också bidra. När det exempelvis efter en torrare period kommer regn kan många fler mygglarver kläckas än i dag. Vid ökande medeltemperatur i Europa förutsägs TBE-fokus att flytta från Centraleuropa till södra Sverige. Leishmania överförs till människa via sandmyggor och förekommer i hela världen, inklusive länderna runt Medelhavet och på Balkan. Kerstin Falk, Sektionen för virala zoonoser Projekt som ingår i fokusområde insekter Diagnostik avseende Chikungunyavirus kommer att etableras under året Harpest ökar och sprider sig i Sverige Hur ofta förekommer det att man får TBE trots vaccination och hur ska diagnostiken anpassas? Kan West Nile-viruset etablera sig i svenska fåglar? Krim-Kongo ökar i Europa

14 (81) Projektöversikt SMITTÄMNE PROJEKT Badklåda Campylobakter Badklåda en vanligare sommarplåga? Vilka drabbas av Campylobacterinfektioner? Kan människor vara infekterade med mer än en variant av Campylobakter samtidigt? Chikungunya Echinococcus och Leishmania EHEC Diagnostik avseende Chikungunyavirus kommer att etableras under året SMI-dag om Echinococcus och Leishmania Varför är EHEC vanligare i vissa landsändar? Giardia och Cryptosporidium H5N1 (fågelinfluensa) Hantavirus Hepatit E Herpes B Krim-Kongo MRSA Rabies (Lyssavirus) Salmonella TBE Tularemi (harpest) West Nile Ökade vattenflöden kan öka antalet fall av Giardia och Cryptosporidium Fågelinfluensa har potential att anpassa sig till människor Rekordmånga fall av sorkfeber i Sverige Hur vanligt är det med inhemsk akut hepatit E i Sverige? Åtgärdsprogram vid misstänkt exposition för Herpes B-virus Krim-Kongo ökar i Europa MRSA en ny zoonos i Sverige Förekommer rabies hos svenska fladdermöss? Är inhemsk salmonella ett ökande problem? Hur ofta förekommer det att man får TBE trots vaccination och hur ska diagnostiken anpassas? Harpest ökar och sprider sig i Sverige Kan West Nile-viruset etablera sig i svenska fåglar?

15 (81) Projektens lägesrapport vid temaårets slut Badklåda en vanligare sommarplåga? Projektledare: Cecilia Thors, Avdelningen för Avdelning: Parasitologi, mykologi, vatten och miljö Ett önskemål var att göra det möjligt för kommuner att på frivillig basis rapportera förekomst av badklåda. Stora förändringar på webbplatsen Badplatsen pågår för närvarande, men det har inte varit möjligt att just nu implementera en frivillig rapportering av badklåda. Kontakter har tagits med Naturvårdsverket och medel kan sökas för att anpassa webbplatsen Badvatten så att förekomst av badklåda vid badplatser kan rapporteras. Projektet går på sparlåga eftersom projektledaren bytt arbetsuppgifter. Vilka drabbas av Campylobacterinfektioner? Projektledare: Cecilia Jernberg Projektmedarbetare: Marianne Ljungström Avdelning: Bakteriologi I ett samarbete med Statens Seruminstitut (SSI) i Danmark genomför Smittskyddsinstitutet (SMI) en seroepidemiologisk studie för att försöka göra en uppskattning över antalet verkliga fall av Campylobacterinfektioner i ett tvärsnitt över den vuxna populationen i Sverige. Ett urval på drygt 500 serumprover från SMI:s biobank har under året fått etiskt tillstånd att hämtas ut och har under hösten 2008 skickats till SSI för analys. Proverna representerar den generella populationen av den vuxna befolkningen i Sverige (ålder 18-70 år) och är insamlade år 2007. Mängden antikroppar specifika mot Campylobacter kommer att mätas i dessa serumprov. Sannolikheten för tidigare infektion och tidpunkten för infektion kan beräknas utifrån en kombination av nivåerna av antikropparna, IgA, IgG och IgM för ett individuellt serumprov. Känsligheten och specificiteten hos denna metod har tidigare utvärderats med serum från patienter med konfirmerad Campylobacterinfektion, friska kontroller samt patienter med annan typ av gastrointestinal bakterieinfektion. Motsvarande analys kommer också att genomföras för att mäta sero-prevalensen för Salmonella. Kan människor vara infekterade med mer än en genotyp av Campylobacter? Projektledare: Cecilia Jernberg Projektmedarbetare: Marianne Ljungström Avdelning: Bakteriologi Kunskap om hur människor blir smittade av Campylobacter är bristfällig. Kyckling har visat sig vara en av de största källorna till smitta. Det har dock varit mycket svårt att påvisa ett direkt samband mellan en specifik undertyp av Campylobacter hos smittkälla och

16 (81) campylobacterios hos människa. Campylobactersmittad slaktkyckling är ofta infekterad med flera olika undertyper av Campylobacter som både kan härröra från uppfödaren och från slakterierna. Vid molekylärepidemiologisk smittspårning analyseras oftast enbart ett isolat per patient med hjälp av genotypning såsom pulsfältsgelelektrofores (PFGE) eller MLST. Målet med detta projekt var att under året 2008 undersöka om patienter kan vara infekterade med mer än en genotyp av Campylobacter. Fecesprov från 10 patienter med campylobacterios odlades upp och upp till 30 kolonier per patient isolerades, identifierades och undertypades med hjälp av PFGE, den känsligaste av typningsteknikerna för Campylobacter. Analysen av diversitetsmönstret håller på att sammanställas. Diagnostik avseende Chikungunyavirus kommer att etableras under året Projektledare: Kerstin Falk Projektmedarbetare: Åke Lundkvist, Sirkka Vene, Malin Karlsson Avdelningar: Virologi och Epidemiologi Under året har Smittskyddsinstitutet (SMI) etablerat en realtids-pcr som möjliggör kvantifiering av antalet viruskopior. Vi har även en fungerande immunfluoroscensmetod för detektion av antikroppar. Vi har med en kombination av dessa metoder diagnostiserat fem patienter med misstänkt chickungunyainfektion. Med dessa två tekniker har vi en väl fungerande diagnostik både för akuta frågeställningar såväl som för konvalescentprov. Dessa data presenterades på symposiet Myggburna viroser trist turistrisk vid Läkarsällskapets Riksstämma 26-28 november, 2008. SMI-dag om Echinococcus och Leishmania Projektledare: Inger Ljungström Projektmedarbetare: Marianne Lebbad, Silvia Botero-Kleiven, Antonio Barragan Avdelning: Parasitologi, mykologi, vatten och miljö En mycket givande dag enligt deltagarna! En SMI-dag med försmak av SMI:s temaår: Zoonoser och Klimatpåverkan. Echinococcus och Leishmania är två parasiter som är mindre kända utanför kretsen av specialintresserade personer. Likväl var över 60 personer närvarande från hela Sverige. Ambitionen med presentationerna var att täcka upp kunskapen om dessa sjukdomar från epidemiologisk-, patient-, diagnostik- och behandlings-synvinkel. Echinococcus är en mycket liten bandmask och flera arter av Echinococcus kan infektera människa. Dagens presentationer fokuserade på de två viktigaste arterna, E. granulosus och E. multilocularis. Den kliniska skillnaden mellan dessa två bandmaskinfektioner, zoonosaspekten, det epidemiologiska läget samt egna erfarenheter av E. granulosus-infekterade patienter lyftes fram. Till sist presenterades Smittskyddsinstitutets (SMI) diagnostiska hjälpmedel.

17 (81) Leishmaniainfektioner tar sig många uttryck beroende på vilken art av Leishmania som infekterar människan, varför detta block inleddes med en översikt om Leishmaniainfektioner. Med stor erfarenhet av kutan leishmaniasis respektive visceral leishmaniasis fick vi ta del presentatörernas kunskaper. Bland annat upplevelser från omkring tusen viscerala leishmaniasis fall i Etiopien med många intressanta bilder. Dagen avslutades med redovisning av de diagnostiska hjälpmedel som används för påvisande och artbestämning av Leishmaniaparasiter. Leishmania infektionen överförs med en sandmygga, som inte finns i Sverige, men runt Medelhavet. På senare år han dess förekomst vandrat längre norrut i Europa. Om detta beror på klimatförändringen spekuleras det om. Varför är EHEC vanligare i vissa landsändar? Kontaktperson: Sven Löfdahl Projektmedarbetare: Sofie Ivarsson, Ingela Hedenström, Gustaf Rydevik, Margareta Ramberg, Yvonne Andersson och Luise Ledet Muller Avdelningar: Kunskapscentrum för mikrobiologisk beredskap, Epidemiologi, Bakteriologi En jämförelse av incidensen av EHEC under en dryg tioårsperiod, 1997-2007, visade på stora skillnader mellan länen. Halland låg under hela perioden högst med toppnoteringarna 17 fall per 100 000 invånare 1997 och 16 fall 2005 medan ett stort antal län låg under 1 fall per 100000. Närmast efter Halland följde Jönköpings, Västra Götalands och Östergötlands län. År 2007 minskade incidensen i Halland till 8. Under 2008 anmäldes i landet totalt 310 fall av EHEC varav 146 smittades i Sverige. Det totala antalet har ökat en hel del jämfört med året innan men andelen inhemskt smittade har minskat. Drygt hälften av fallen är utlandssmittade, vilket aldrig tidigare inträffat sedan EHEC började rapporteras. Inhemska fall av EHEC per län 1997-2007 Källa: Smittskyddsinstitutet antal fall/100.000 inv 18 16 14 12 10 8 6 1997 (inc/100.000)) 1998 (inc/100.000)) 1999 (inc/100.000)) 2000 (inc/100.000)) 2001 (inc/100.000)) 2002 (inc/100.000)) 2003 (inc/100.000)) 2004 (inc/100.000)) 2005 (inc/100.000)) 2006 (inc/100.000)) 2007 (inc/100.000)) 4 2 0 Blekinge Dalarna Gotland Gävleborg Halland Jämtland Jönköping Kalmar Kronoberg Norrbotten Skåne Stockholm Södermanland Uppsala Värmland Västerbotten Västernorrland Västmanland Västra Götaland Örebro Östergötland Totalt

18 (81) Fördelning i landet med avseende på serotyp De vanligaste O-grupperna bland inhemskt smittade är O157, O121, O26, O103, O91 och O145. Under 2008 skedde ett trendbrott då samtliga av de vanligaste serotyperna passerade O121 i antal. Bortsett från O157 så har O121 tillsammans med O26 dominerat i många år bland de inhemska serogrupperna. Under 2008 har serogrupperna fördelat sig i landet enligt nedanstående tabell. Av siffrorna framgår att förutom att risken att smittas av EHEC är högst i Hallands län så är också risken att smittas med O157 högst i samma län. Skåne har under året haft ökad incidens och mer än hälften av fallen har O157 men har även en hög andel O26. Jönköpings län som tidigare dominerats av non O157 rapporterar nu att 2/3 har O157. Län O157 O145 O26 O103 O91 O121 Blekinge 2 Dalarna 2 Gävleborg 1 Halland 9 Jönköping 4 1 1 Kalmar 1 Kronoberg 2 1 Norrbotten 3 Skåne 14 6 1 2 2 Stockholm 2 2 1 Södermanland 1 Uppsala 4 1 1 Värmland 2 Västmanland 5 Västra Götaland 4 3 1 2 Östergötland 2 6 1 Totalt 57 10 8 6 5 4 Skillnaderna i incidens mellan länen är tydlig liksom skillnaderna i fördelning av serotyper. Orsaken har studerats och rapporterats ( Evaluation of the national Verotoxinproducing Escherichia coli surveillance system in Sweden, Luise Ledet Müller, Epiet programmet). Stora skillnader kunde konstateras i såväl rutiner avseende kriterier för att provtagning av patienter som laboratoriemetodik, vilket delvis förklarar de observerade skillnaderna i incidens och fördelning av serotyper mellan länen. Ytterligare förklaring fick vi genom ett GIS-projekt, som syftade till att studera lokala geografiska riskfaktorer för EHEC-smitta. Vi har hittills fokuserat på O157 och resultaten visar tydligt på att avståndet mellan lantbruk och patientens bostad har avgörande betydelse för risken att smittas. På orter inom tusen meter från närmaste jordbruk var incidensen närmare fem gånger högre än den genomsnittliga incidensen i Sverige. Resultaten analyseras för närvarande mer ingående, men redan dessa preliminära resultat ger stöd åt hypotesen att miljöexponering är en viktig smittväg för EHEC. Detta förklarar bland annat Hallands höga incidens, man kunde förvänta att fler län med mycket produktionsdjur skulle ha en högre incidens. Orsaken kan finnas i skillnaderna i övervakning hos länen men möjligen också i skillnader i prevalensen av O157 hos nötkreatur i länen. Det senare kommer att följas upp med SVA.

19 (81) Ökade vattenflöden kan öka antalet fall av Giardia och Cryptosporidium Projektledare: Marianne Lebbad, Anette Hansson Avdelning: Parasitologi, mykologi, vatten och miljö Genotypningsmetoder (PCR-RFLP-sekvensering) för Giardia (fyra gener) och Cryptosporidium (tre gener) har etablerats vid Smittskyddsinstitutet (SMI). Dessa metoder har använts för humanprover från Sverige, Nicaragua och Sydafrika. I samarbete med Smittskyddsenheten i Stockholm har cirka 200 humanprov för Cryptosporidium analyserats. Det är främst C. parvum och C. hominis som identifierats, men även mer ovanliga arter som C. meleagridis och C. felis har påvisats. Resultaten visar att de flesta patienterna har smittats utomlands. Även inhemsk smitta, främst orsakad av C. parvum, förekommer. Patientprov från flera mindre utbrott av Cryptosporidium har analyserats, där har både vatten-, mat- och person till personsmitta konstaterats. Under året har också metodik för detektion av Giardia och Cryptosporidium från bladgrönsaker etablerats vilket kommit till användning vid två misstänkta fall av livsmedelsburen smitta. Giardiaisolat från både Sverige och Nicaragua har analyserats. Båda studierna visar högst förekomst av G.intestinalis genotyp B men även att genotyp A förekommer. Av de sju olika genotyper som beskrivits av Giardia är det bara två, A och B, som kan förekomma hos både människa och djur, medan övriga, C till G, är värdspecifika och återfinns hos olika djurarter. Över hundra Giardiaisolat från svenska djur har genotypats och även om de flesta hade de värdspecifika genotyperna C till G, påträffades även ett fåtal fall av de potentiellt zoonotiska genotyperna A och B. Under 2008 har cirka 60 prover från avloppsvatten i fem svenska avloppsreningsverk undersökts. I alla fall har Giardia cystor upptäckts, mer sällan Cryptosporidium oocystor. I de flesta fall är det G. intestinalis genotyp A2 eller A3 som detekterats till skillnad från förekomst i humana prover där det är genotyp B som dominerar. Orsaken till detta är ännu inte känt och återstår att undersöka. I ett fåtal ytvattenprover har enstaka Giardia cystor och Cryptosporidium oocystor detekterats, art eller genotyp har inte kunnat identifieras. Svårighet att amplifiera DNA från ett fåtal (oo)cystor med PCR har lett till inledande försök med en känsligare realtids-pcr för Cryptosporidium. Eftersom överlevnaden i vatten är lång är det viktigt att veta hur pass viabla de (oo)cystor som detekteras är. Under året har en ny metod för viabilitetsmätning av Giardia i kombination med realtids-pcr utvärderats med positiva resultat. För framtida studier har två svenska humana Giardia isolat etablerats in vitro, varav ett har helgenomsekvenseras. Detta har utförts vid SMI i samarbete med Uppsala Universitet.

20 (81) Fågelinfluensa har potential att anpassa sig till människor Projektledare: Mia Brytting Avdelning: Virologi Spanska sjukan (influensa A/H1N1) var en pandemi som orsakade många dödsfall under åren 1918 och 1919. Denna pandemi orsakades av ett influensavirus från fågel som under ett antal år adapterade sig till människa. Fågelinfluensan av typ H5, H7 och H9 har vid flera olika tillfällen infekterat människor. Dessa subtyper har dock inte blivit adapterade så att effektiv spridning mellan människor har skett. I dag har vi på Smittskyddsinstitutet (SMI) subtypsspecifika PCR-system för H1, H3 och H5. Då både H2, H7och H9 har potential att infektera människor önskas specifik PCR för dessa subtyper. Under 2008 genomförde SMI ett samarbetsprojekt med Statens Veterinärmedicinska Anstalt (SVA) rörande H5N1. Projektet resulterade i en vetenskaplig publikation samt en artikel i Smittskydd. Under året har H2- och H7-specifik realtid-pcr upprättats. För 2009 kvarstår att etablera H9- PCR. Rekordmånga fall av sorkfeber i Sverige Projektledare: Gert Olsson Projektmedarbetare: Marika Hjertqvist, Åke Lundkvist, Kirill Nemirov, Maria Wahlström Avdelningar: Virologi, Epidemiologi En artikel med titeln Predicting high risk for human hantavirus infections, Sweden har publicerats i januarinumret av Emerging Infectious Diseases. I denna visas att det finns ett mycket starkt samband mellan antalet skogssorkar och antal sorkfeberfall under säsonger från juli till juni. Med hjälp av regressionsanalys och en prognos för skogssorkindex för hösten 2007, baserad på vårfångsten 2007, kunde humanfallen säsongen 2007/2008 förutses med god precision. Femton nya genetiska sekvenser av Puumalavirus som orsakar sorkfeber har isolerats från skogssorkar fångade på tio olika platser i Sverige. Några av dessa platser ligger både längre norr- respektive söderut än var man någonsin tidigare påträffat och karaktäriserat viruset. De nya stammarna har karaktäriserats genom sekvensering av ett längre segment än vad som brukar användas vid laboratorieanalysen. Mitokondrie-DNA från Puumalaviruspositiva skogssorkar har typats för att testa hypotesen att två olika subtyper av virus infekterar två olika sorkraser. Genetiskt material från både virus och sork har analyserats fylogenetiskt och resultaten sammanställs för tillfället i ett manus.

21 (81) Hur vanligt är det med inhemsk akut hepatit E i Sverige? Projektledare: Helene Norder Projektmedarbetare: Lena Sundqvist, Lars Magnius Avdelning: Virologi Smittskyddsinstitutet (SMI) har under temaåret visat att hepatit E finns etablerat i Sverige och är inte endast en importsmitta. Hepatit E-viruset (HEV) sprids förutom via förorenat vatten även via föda och mellan djur och människor. HEV har påvisats hos gris, vildsvin, hjort, mungo, råtta, häst, kattdjur i ett flertal länder. I ett samarbete mellan Statens Veterinärmedicinska Anstalt (SVA) och SMI påvisades HEV hos mer än hälften av griskultingarna i ett flertal svenska och danska besättningar och hos yngre och äldre vildsvin i Sverige. Typningen visade att varje besättning hade specifika stammar vilket möjliggör identifiering av ursprunget av en virusstam. Virusstammar från fyra svenska och sju danska fall med klinisk hepatit E visades likna de virusstammar som smittar grisar från de länder personerna misstänks vara smittade. Patienterna blev undersökta för hepatit E eftersom de varit utomlands. Tre av dem hade besökt ett europeiskt land utanför Skandinavien en månad innan insjuknandet och var troligtvis smittade där, medan de andra hade smittats i Sverige respektive Danmark. Hepatit E är sällan en person till personsmitta, utan viruset sprids via vatten, föda eller mellan djur och människa. Det finns fyra genotyper, 1 4, där typ tre är den typ som smittar grisar i Europa. Denna typ ger oftare klinisk hepatit hos personer i medelåldern eller äldre än hos yngre. Detta gäller även för de fall som har identifierats i Sverige och Danmark, där samtliga var äldre än 55 år. Det är känt att sex till nio procent av den svenska normalbefolkningen och 13 procent av veterinärer har immunitet mot hepatit E, vilket tyder på att det sprids från djur. Infektionen ger oftast inga symptom och upptäcks därför sällan. Dessutom undersöks personer som har hepatit med oklar etiologi sällan för hepatit E om de inte varit utomlands, vilket gör att endemisk smitta sällan upptäcks. Detta projekt har hittills fått stöd från ett EU-forskningsprojekt EVENT, som avslutats 2008. I projektet har ett nära samarbete med SVA utvecklats. Bägge grupperna söker nu fortsatta gemensamma forskningsmedel för att typa HEV-stammar från fler grisbesättningar och vildsvin i Sverige. Syftet är att jämföra dessa med dem som isoleras från människa för att eventuellt identifiera ursprunget på de humana stammarna. Resultaten från detta projekt har under året publicerats i en vetenskaplig artikel och ytterligare två artiklar kommer att publiceras under 2009.

22 (81) Åtgärdsprogram vid misstänkt exposition för Herpes B-virus Projektledare: Kari Johansen Projektmedarbetare: Anna-Lena Hammarin, Mia Brytting, Helene Norder, Ingegerd Hökeberg, Elisabeth Aurelius Avdelning: Virologi Under hösten hade Smittskyddsinstitutet (SMI) ett sammanträde med en representant från infektionskliniken (KS). SMI påpekade vikten att göra en översyn av behandlingen av patienter som eventuellt har exponerats för herpes B-virus. En behandlingsplan har nu tagits fram och ett nationellt vårdprogram för herpes B blir troligtvis klart i början av 2009. Krim-Kongo ökar i Europa Projektledare: Ali Mirazimi Projektmedarbetare: Helen Karlberg, Gunnel Lindegren Avdelning: Kunskapscentrum för mikrobiologisk beredskap Under 2008 startades ett internationellt nätverk ArboZoonet, där Smittskyddsinstitutet (SMI) var en av initiativtagarna. Syftet med nätverket är att dela kunskap/expertis om tropiska sjukdomarna, såsom Rift-Valley blödarfeber, West Nile feber och Krim-Kongo blödarfeber. I nätverket deltar länder med erfarenheter från fältarbete (endemiska områden), samt länder som främst bidrar med avancerad teknologi för att identifiera och kartlägga virusgenomet och immunstatusen hos patienter. Målet med nätverket är att bygga upp en beredskap i Europa för att kunna hantera utbrott av tropiska virussjukdomar. Nätverket har fått ekonomiskt stöd från EU, FP7 ramprogram.vid sidan av detta har nätverket under året samlat in patientmaterial från endemiska områden och etablerat flera serologiska metoder för att kunna detektera antikroppar mot vissa P4- mikroorganismer hos patienter. Förekommer rabies hos svenska fladdermöss? Projektledare: Anna-Lena Hammarin Projektdeltagare: Gert Olsson, Johan Wallroth, Kerstin Falk, Åke Lundqvist Avdelning: Virologi Aktiv övervakning, det vill säga insamling av serum och saliv från levande djur, har i en rad studier visats vara den bästa metoden för att undersöka om fladdermöss är bärare av rabiesvirus. Under år 2008 har Smittskyddsinstitutet (SMI), i samarbete med Statens Veterinärmedicinska Anstalt (SVA), Naturvårdsverket och externa fladdermusexperter, utfört den första aktiva övervakningsstudien i Sverige. Målet har varit att utarbeta välfungerande rutiner vid djurhantering och provtagning i fält samt utveckling och etablering av analysmetoder. Vid fältarbetet identifierades flera problemområden, framför allt vid provtagningen och logistiken runt provhanteringen. Bland annat har ny teknik för hanteringen av blodprov utarbetats.

23 (81) En PCR för att säkerhetsställa att extraherat RNA från de insamlade salivproven är av god kvalité har etablerats. Vid SMI finns sedan tidigare en väl fungerande rabies-pcr för humana prover, denna har nu optimerats för fladdermus-associerat rabiesvirus. Analysarbetet, påvisning av rabies-rna i saliv samt påvisning av rabiesantikroppar, utförs på SMI respektive SVA och beräknas vara klart under början av 2009. Insamlat provmaterial analyseras även för andra patogener. Analysresultaten planeras att publiceras i vetenskaplig tidskrift. Hantering av levande fladdermöss kräver stor erfarenhet och kunskap. Under 2008 års pilotstudie insamlades provmaterial från drygt 50 djur. De erfarenheter som gjordes under 2008 ligger nu till grund för en mer omfattande studie. Under 2009 är målsättningen att ta prover på ett större antal djur från olika lokaler i Skåne och Uppland. MRSA en ny zoonos i Sverige Projektledare: Barbro Olsson-Liljequist Projektdeltagare: Tomas Söderblom, Karin Tegmark Wisell, Johan Struwe Avdelningar: Bakteriologi, Epidemiologi Syftet har varit att studera om och i vilken utsträckning de rapporterade djurrelaterade MRSA-typerna förekommit bland människor i Sverige. Undersökningen gjordes med utgångspunkt från de kliniska anmälningarna av MRSA under 2006, 2007 och 2008 och de vid Smittskyddsinstitutet (SMI) utförda molekylärbiologiska typningarna. Fokus har legat på den typ som fått en omfattande spridning i flera europeiska länder som fått beteckningen ST (CC) 398. Vid SMI används så kallad spa-typning som primär epidemiologisk typningsmetod. spa-typning är mer diskriminerande än sekvenstypning (ST) och också enklare att utföra. Bakterieisolat med ST 398 kan således ha flera olika spa-typer, vilka dock inbördes är snarlika och därför indikerar troligt släktskap. Dessa spa-typer kan därför sägas tillhöra det klonala komplexet (CC) 398. De vanligast förekommande spa-typerna i detta komplex är t011, t034 och t108. Förutom spa-typning görs också test på alla MRSA för att påvisa genen för toxinet Panton-Valentine Leukocidin (PVL). Bland MRSA från människa i Sverige 2006-2008 har de djurassocierade spa-typerna bara påträffats vid ett fåtal tillfällen. Vanligast var t034 som återfanns i 12 fall. Anmärkningsvärt var att 11 av de 12 fallen var PVL-positiva, vilket inte den grisassocierade stammen från Holland och Danmark var. Efter epidemiologiska utredningar kunde inte heller några kontakter med djur förklara smittan. Endast i ett fall fanns en möjlig länk till djurhållning. Vi drar slutsatsen att vi i Sverige knappast är drabbade av den i Mellaneuropa numera vanligt förekommande MRSA-typen som också har spridit sig från djur till människa där. På SMI kommer vi att ha fortsatt uppmärksamhet på fynd av MRSA hos människa som kan ha anknytning till djur och föreslår att man också i epidemiologiska utredningar har med detta som en tänkbar förklaring.

24 (81) Är inhemsk salmonella ett ökande problem? Projektledare: Sven Löfdahl Projektmedarbetare: Sofie Ivarsson, Ingela Hedenström, Margareta Ramberg, Agneta Olsson, Yvonne Andersson Avdelningar: Kunskapscentrum för mikrobiologisk beredskap, Epidemiologi Under perioden juli 2007 juni 2008 har 17 anhopningar (kluster) med inhemska salmonellafall med samma serotyp respektive fagtyp studerats och i flera fall har smittkällor kunnat identifieras. Då antalet anhopningar fortsatte beslöts att förlänga projektet till 2008 ut. Samtliga salmonellaisolat från varje kluster har analyserats med molekylär typning, MLVA eller PFGE. De patienter som har smittats och identifierats med en specifik utbrottsstam har utretts. Parallellt har också tillgängliga isolat från livsmedel, vilda djur, tamdjur och/eller produktionsdjur av samma sero-/fagtyp som patientisolaten analyserats. Hos vissa av dessa isolat fanns en misstanke om koppling till fallen medan andra isolat inte hade känd koppling utan testades förutsättningslöst. Totalt har 25 inhemska kluster av salmonellafall med en specifik serotyp eller fagtyp observerats. Den molekylära typningen har oftast identifierat en specifik utbrottsstam, men många gånger fanns dessutom ett antal orelaterade stammar i klustret. För en tredjedel av anhopningarna kunde också en misstänkt smittkälla bekräftas med molekylär typning, varav hälften utgjordes av helt inhemsk smittkälla och hälften importerat livsmedel. I en tredjedel av anhopningarna gav enbart den epidemiologiska utredningen en indikation om smittkälla utan laboratoriebekräftelse och för resterande förblev smittan okänd. Att hälften av utbrotten där smittkälla fastställts har orsakats av rent inhemsk produkt var något oväntat och så anmärkningsvärt att en utökad analys av resultaten är planerad. Ett projekt med fortsatt bearbetning och analys av datamaterialet kommer att ske i samarbete med Statens Veterinärmedicinska Anstalt (SVA) och Smittskyddsinstitutets (SMI) statistiker samt med en student från Södertörns Högskola. Projektet startar den 30 mars 2009 och beräknas pågå i tio veckor. Resultaten kommer ytterst att spegla hur väl vi lyckats hålla livsmedelsproduktionen i Sverige salmonellafri. Hur ofta förekommer det att man får TBE trots vaccination och hur ska diagnostiken anpassas? Projektledare: Sirkka Vene Medarbetare: Åke Lundkvist Avdelning: Virologi Under året har sju patienter insjuknat i TBE trots att de vaccinerats. En diagnostisk strategi för identifiering av dessa patienter har utarbetas. När man misstänker att vaccinet inte skyddar ska serum och likvorprov tas både akut och 2-4 veckor efter insjuknandet. Dessa prover analyseras sedan för titerstegring avseende IgM och IgG, samt förekomst intrathekal antikroppsproduktion och neutraliserande antikroppar. Nästa steg är att jämföra antikroppsmönstret hos vaccinerade respektive ovaccinerade patienter med klinisk TBE. Syftet är att visa på kliniskt relevanta skillnader i detta mönster som kan vara till hjälp vid säkerställande av korrekt diagnos. Dessutom är en ansökan

25 (81) inlämnad till Formas och Vetenskapsrådet för att undersöka hur hög förekomsten av TBEvirus är i fästingar i olika delar av landet. Harpest ökar och sprider sig i Sverige Projektledare: Marika Hjertqvist Medarbetare: Malin Arneborn, Erik Bäck (Örebro) Avdelning: Epidemiologi Det ursprungliga projektet har breddats till att inkludera en GIS-analys (geografiskt informationssystem) för att förklara spridningen ur ett naturgeografiskt perspektiv. Dessutom har vi inlett ett samarbete med universiteten i Oxford och Louvain (Belgien) för att med GIS och fjärranalysdata (t.ex. tolkade satellitbilder) som verktyg undersöka miljörelaterade faktorers inverkan på smittorisken för tularemi. Resultaten ska användas för att utveckla en riskkarta som kan användas i det preventiva folkhälsoarbetet. Kan West Nile-viruset etablera sig i svenska fåglar? Projektledare: Kerstin Falk Medarbetare: Åke Lundkvist, Maria Wahlström, Malin Karlsson Avdelning: Virologi I samarbete med professor Björn Olsen, Uppsala universitet, har vi samlat in helblod och serum från 1935 flyttfåglar vid Ottenby fågelstation på Öland. Dessa prover har undersökts med avseende på förekomst av antikroppar mot West Nile-virus och virus arvsmassa. Vi fann att ett lågt antal fåglar bar på antikroppar (0.10%). Ingen fågel bar på detekterbart virus. Dessa fynd har sammanställts och ett manuskript är inskickat.

26 (81) Bilaga 1: Projektbeskrivningar Badklåda en vanligare sommarplåga? Badklåda är en åkomma som uppstår då en fågelparasit av misstag penetrerar mänsklig hud. En överkänslighetsreaktion utlöses efter upprepad kontakt och stora, kraftigt kliande blåsor uppstår inom ett dygn. Parasiterna utvecklas till vuxna han- och honmaskar i vissa fåglar (definitiv värd) och dessa producerar ägg som utsöndras i fåglarnas träck. Äggen kläcks i vatten och larverna uppsöker en specifik vattenlevande snäcka, som infekteras. I snäckan utvecklas i stort antal av ett annat larvstadium som kallas cerkarier. Det är denna livsform som är infektiös för fåglar, men som även kan orsaka besvär hos människa (tillfällig värd). Utsöndringen av cerkarier är temperaturberoende. Smittskyddsinstitutet har tidigare gjort enkätundersökningar i landets kommuner (miljökontoren) om förekomst av badklåda, omfattande åren 1997 till 2003. Topparna under åren 1997 och 1999 (se graf) sammanfaller väl med högre vattentemperaturer än genomsnittet dessa år. Enkäten visade att nästan 60 procent av kommunerna har konstaterat eller starkt misstänkt badklåda i mer än 200 sjöar och kustbad. Badklåda förväntas öka i Sverige vid varmare klimat. Projektets mål är att skapa förutsättningar för kommunerna att rapportera förekomst av badklåda vid badplatser via webbplatsen: Badplatsen. Man ska också inventera parasiter som orsakar badklåda inom familjen Schistosomatidae, speciellt T. Regenti. Detta görs i Sverige genom att man samlar in infekterade snäckor för artbestämning av cerkarier med PCR. Topparna under åren 1997 och 1999 sammanfaller väl med högre vattentemperaturer än genomsnittet dessa år

27 (81) Vilka drabbas av Campylobacterinfektioner? Hur vanligt är det egentligen med Campylobacterinfektion? Finns det specifika riskfaktorer? Skiljer till exempel förekomsten mellan landsbygd och stad och mellan olika typer av hushåll? De flesta fallen av Campylobacterinfektion är sporadiska och specifika utbrott rapporteras sällan. Smittskyddsarbetet koncentreras på livsmedelshanteringen då de flesta av infektionerna tros bero på livsmedel. För att kunna göra ordentliga kostnad-nytta-analyser för åtgärderna behövs dock pålitliga uppgifter om det verkliga antalet fall av Campylobacterinfektion. Idag är detta inte möjligt eftersom enbart laboratoriebekräftade fall räknas, vilket troligen bara är en bråkdel av de reella fallen. Femhundra serumprover från SMI:s biobank kommer att analyseras där mängden antikroppar mot Campylobacter kommer att mätas. Detta sker i ett samarbete med Statens Seruminstitut i Köpenhamn. Proverna representerar ett genomsnitt av den vuxna befolkningen i Sverige (ålder 18-65 år) och är insamlade år 2007. Studien ger ett mått på hur vanlig infektionen är och gör också att man kan se vilka personer som drabbas av denna typ av infektion. Kan människor vara infekterade med mer än en variant av Campylobacter samtidigt? Kunskap om hur människor blir smittade av Campylobacter är bristfällig. Kyckling har visat sig vara en av de största källorna till smitta och slaktkycklingar är ofta infekterad med flera olika varianter av Campylobacter. Vid smittspårning brukar dock enbart ett isolat per patient analyseras med hjälp av någon genotypningsmetod (t.ex. PFGE eller MLST). Målet med detta projekt är att undersöka om patienter kan vara infekterade med mer än en genotyp av Campylobacter. Faecesprov från den avslutade Campy-SET-studien (Campylobacter: Smittspårning, epidemiologi och typning) kommer därför att odlas upp och ett större antal isolat per individ kommer att genotypas med PFGE, den känsligaste av typningsteknikerna för Campylobacter. Diagnostik avseende Chikungunyavirus kommer att etableras under året Chikungunyavirus sprids via myggor och orsakar en oftast mild sjukdom. Viruset kan överföras från djur till människa men kan inte spridas direkt mellan människor. Myggor överför viruset från en människa till en annan genom att först bita en människa och sedan en annan. Apor och människor fungerar som reservoar för viruset. Sedan mars 2005 har utbrott av chikungunyavirus förekommit runt Indiska oceanen och hösten 2007 orsakade viruset ett lokalt utbrott i Italien.