Introduktion till examensarbetet. Rolf Lood, PhD

Transkript

1 Introduktion till examensarbetet Rolf Lood, PhD

2 BIMA15 mikrobiologi VT16 (v1.4) Vecka 1. Bakteriella strukturer. FL: Grundläggande bakteriologi FL: Introduktion till examinationsuppgiften WS: Introduktion till TBL (Team Based Learning) FL: Bakteriella strukturer Vecka 2. Bakteriell cellvägg och uppbyggnad. FL: Cellväggens uppbyggnad TBL: Gruppmöte 1 TBL: Readiness Assurance Tests (RATs) Vecka 3. Metabolism; förberedelser inför lab FL: Bakteriell metabolism TBL: Planering för laboration S: Kamratgranskning/Författande S: Riskanalys vid laboration Vecka 4. Bakteriologilaboration Bakteriologilaboration Vecka 5. Genreglering i bakterier Laboration uppföljning S: Metabolism FL: Bakteriell genreglering Inskick delmål 1 för kamratgranskning Vecka 6. Bakteriella genetiska element FL: Bakteriella genetiska element Inskick feedback kamratgranskning WS: Referenshantering Inskick frågor (Vad är svårt?) TBL: Gruppmöte 2 TBL: Readiness Assurance Tests (RATs) Vecka 7. Repetition och Kamratgranskning Tillämpning: Genreglering EL: Vad var svårt? Inlämning av färdigt arbete för kamratgranskning Vecka 8. Avslutning Inlämning av Feedback på kamratgranskning Deadline för slutlig inlämning av examensuppgiften. Skickas in till Moodle.

3 Kursmål / Kunskapsmål

4 VT 2016 [CELLBIOLOGI - MIKROBIOLOGI (BIMA15) 22.5HP] Kunskapsmål Under kursmål 1 redogöra för human- och bakteriecellers övergripande morfologi och strukturella organisation samt mekanismer för transport av joner och molekyler över cellmembranet Att beskriva olika morfologier för bakterier Att redogöra för uppbyggnaden av cellväggar för både Gram-positiva och Gram-negativa bakterier Att redogöra för strukturella skillnader mellan LPS och LTA Att beskriva peptidoglykanlagrets uppbyggnad Att redogöra för skillnader i en bakteries cellstruktur och en human cell Att redogöra för andra strukturer på bakteriers yta, inkluderande pili och fimbrier Under kursmål 3 beskriva hur en gen ser ut och uttrycks samt förklara transkriptions- och translationsbegreppen och redogöra för likheter och skillnader mellan eu- och prokaryota celler Att redogöra för generella skillnader mellan en bakteriell kromosom och humana kromosomer Att redogöra för extrakromosomala element i bakterier (plasmider, bakteriofager, mobila genetiska element), samt exemplifiera hur dessa kan påverka bakteriens förmåga att överleva under olika förhållanden Att redogöra för generell genreglering i bakterier och uppbyggnaden av operon Att översiktligt beskriva hur mikrobiella element (plasmider, bakteriofag-dna) kan användas inom (molekylärbiologisk) forskning Under kursmål 6 redogöra för grundläggande metabola processer i cellen samt hur de samverkar och regleras Att beskriva anaerob och aerob respiration Att redogöra för bakteriell fermentering Att beskriva bakteriell fotosyntes och hur detta tillför energi Under kursmål 7 redogöra för grundläggande metodik vid rening och analys av DNA, proteiner och bakterier, samt immunkemiska visualiseringstekniker Att redogöra för olika sätt att växa bakterier Att känna till hur vi kan använda bakterier för att producera protein Under kursmål 9 redogöra för olika skaltyper, deskriptiv statistik, grundläggande statistiska analyser och hypotesprövningar Att känna till begrepp som median, medelvärde och normalfördelning i samband med mikrobiologiska frågeställningar 4

5 VT 2016 [CELLBIOLOGI - MIKROBIOLOGI (BIMA15) 22.5HP] Färdigheter och förmåga Under mål 1 planera, utföra, dokumentera och skriftligt sammanfatta laborativt arbete Att i samråd med handledare planera, utföra, dokumentera och skriftligt sammanfatta ett mikrobiologiskt arbete Under mål 2 söka vetenskaplig litteratur, samt hantera referenshanteringsprogram Att självständigt söka vetenskaplig litteratur till stöd för påståenden i den mikrobiologiska rapporten, och hantera referenserna med ett referenshanteringsprogram Under mål 3 statistiskt analysera och presentera egna data Att sammanställa egna data från laborativt arbete i en rapport Att använda statistiska tankesätt för att beskriva hur erhållit material är fördelat 5

6 Schemat

7 VT 2016 [CELLBIOLOGI - MIKROBIOLOGI (BIMA15) 22.5HP] Vecka 1. Bakteriella strukturer Dag Tid Lektion Grupp Lokal Lärare Mån 1/2 Tis 2/ FL: Grundläggande bakteriologi RG RL Introduktion till examinationsarbetet RG RL WS: TBL RG MH/RL Ons 3/2 Tors 4/ FL: Bakteriella strukturer RG RL Fre 5/2 6

8 Bima15 Mikrobiologiska instuderingsuppgifter Hittar ni stöd i vetenskapliga publikationer för det som står i böckerna? Ge exempel på publicerade artiklar som bekräftar det som böckerna skriver (det är tänkt att hjälpa er till er laborationsrapport). Dessa listas längst bak i detta papper. Hitta svar på nedanstående frågor och diskutera i gruppen. Gruppmöte 1 Hur är den prokaryota cellen uppbyggd? Hur skiljer den sig från våra eukaryota celler med avseende på DNA, intracellulära strukturer, cellmembran och extracellulära strukturer? Hur förflyttar sig prokaryota celler? Ge exempel på hur du skulle kunna identifiera och växa olika bakterier på ett laboratorium. Vilka tekniker skulle du använda? Motivera ditt svar. Hur ser cellväggen ut för bakterier? Alla bakterier har inte cellvägg, hur skiljer de sig? Hur skiljer sig denna mellan Gram-positiva och Gram-negativa bakterier? Vilken betydelse har cellväggen för bakterien? Hur byggs peptidoglykanlagret upp, och hur fästs proteiner till denna? Finns det någon fördel med de olika cellväggarnas strukturer i olika miljöer? Hur är det med LTA och LPS? Motivera era svar. Bakteriernas morfologi skiljer sig åt en hel del. Vilka olika typer finns det? Vad krävs för att man ska kunna observera bakterier i ljusmikroskopi? Vad är en Gramfärgning? Hur ser den prokaryota celldelningen ut, och hur skiljer den sig från eukaryoter? Prokaryot tillväxt kan delas in i olika stadier; hur förhåller de sig till varandra? Hur ser det ut i naturen? Vad innebär det att en bakterie kan sporulera, och hur påverkar detta bakterien? Motivera era svar. På mikrobiologiska lab diskuterar man ofta begrepp som cfu, koloni, OD, Gram och agarplattor. Vad innebär dessa begrepp, och hur kan man tillämpa dem i experiment? Hur sker transkription och translation i en prokaryotisk cell? Hur skiljer sig detta från våra eukaryota celler? Finns där likheter? Motivera era svar.

9 VT 2016 [CELLBIOLOGI - MIKROBIOLOGI (BIMA15) 22.5HP] Vecka 2. Bakteriell cellvägg och uppbyggnad Dag Tid Lektion Grupp Lokal Lärare Mån 8/2 Tis 9/ FL: Cellväggens uppbyggnad RG RL Ons 10/2 Tors 11/ Referenshantering och artikelsökning grupp 1 C217 MB Referenshantering och artikelsökning grupp 2 C217 MB Fre 12/ Gruppmöte 1 Grupp RL RATs och diskussion C315 RL 7

10 VT 2016 [CELLBIOLOGI - MIKROBIOLOGI (BIMA15) 22.5HP] Vecka 3. Metabolism, förberedelser inför lab Dag Tid Lektion Grupp Lokal Lärare Mån 15/2 Tis 16/ FL: Bakteriell metabolism RG OS Tillämpning 1 Mikrobiologisk laboration C315 RL Ons 17/2 Tors 18/ S: Kamratgranskning; Författande av texter C315 MH Laborationen planering/risker C315 RL Fre 19/2 8

11 VT 2016 [CELLBIOLOGI - MIKROBIOLOGI (BIMA15) 22.5HP] Vecka 4. Bakteriologilaboration Dag Tid Lektion Grupp Lokal Lärare Mån 22/2 Tis 23/ Lab dag 1 1 LabBio EB/RL Lab dag 1 2 LabBio EB/RL Ons 24/2 Tors 25/ Lab dag 2 1 LabBio EB/RL Fre 26/ Lab dag 2 2 LabBio EB/RL 9

12 VT 2016 [CELLBIOLOGI - MIKROBIOLOGI (BIMA15) 22.5HP] Vecka 5. Genreglering i bakterier Dag Tid Lektion Grupp Lokal Lärare Mån 29/2 Tis 1/ Lab (plattor) S: Metabolism LabBio RG RL OS/FP Ons 2/3 Tors 3/ FL: Bakteriell genreglering RG RL Fre 4/ Deadline inskick första kamratgranskningen 10

13 Gruppmöte 2 Kemotaxis finns även inom prokaryota celler. Hur fungerar det där? För att analysera resultat använder vi oss ofta av diverse statistiska begrepp och undersökningar. Vad innebär egentligen begrepp som normalfördelning, standardavvikelse, median, medelvärde? Hur kan man tillämpa dessa begrepp inom mikrobiologisk forskning? Prokaryoter kan tillgodogöra sig energi från flera källor som vi inte har möjlighet till. Varför har de denna möjlighet? Vilka källor kan de utnyttja, och vad är mekanismen bakom detta? Många prokaryoter kan dessutom leva utan syre. Hur påverkar detta metabolismen? Var finns normalfloran? Vad är mutualism, kommensalism, opportunism och patogenism? Vilka bakterier ingår? Vilka fördelar och nackdelar finns det för värden? Var finns bakterier i omgivningen, och på oss? Hur vanligt förekommande är de? Inom medicinsk vetenskap har vi på många sätt utnyttjat kunskapen om prokaryoter till att utveckla nya hjälpmedel till lab, som exempelvis plasmider. Ge exempel på hur dessa har revolutionerat vårt arbete inom mikrobiologi. Vilka strategier använder sig bakterier av för att binda till specifika (cell)ytor? Ge exempel på strategier som används och koppla till olika bakterier. På vilka sätt kan prokaryoter erhålla nytt genetiskt material? Är det enbart positivt att kunna ta upp okänt DNA? Motivera era svar.

14 VT 2016 [CELLBIOLOGI - MIKROBIOLOGI (BIMA15) 22.5HP] Vecka 6. Bakteriella genetiska element Dag Tid Lektion Grupp Lokal Lärare Mån 7/3 Tis 8/ FL: Bakteriella genetiska element RG RL Feedback kamratgranskning Ons 9/3 Tors 10/ Referenshantering - workshop grupp 1 C218 JD Referenshantering - workshop grupp 2 C218 JD Inskick frågor (Vad är svårt) Fre 11/ Gruppmöte 2 RATs och diskussion Grupp C315 RL RL 11

15 VT 2016 [CELLBIOLOGI - MIKROBIOLOGI (BIMA15) 22.5HP] Vecka 7. Repetition och Kamratgranskning Dag Tid Lektion Grupp Lokal Lärare Mån 14/3 Tis 15/ Tillämpning - Genreglering C315 RL Ons 16/3 Tors 17/ EL: Vad var svårt? RG RL Fre 18/ Deadline: Lämna arbete för kamratgranskning 12

16 VT 2016 [CELLBIOLOGI - MIKROBIOLOGI (BIMA15) 22.5HP] Vecka 8. Kamratgranskning och Inlämning laborationsrapport Dag Tid Lektion Grupp Lokal Lärare Mån 21/3 Tis 22/ Deadline: Kamratgranskning klar Ons 23/3 Tors 24/3 Fre 25/ Deadline: Inlämning rapport 13

17 Hur ska rapporten författas??

18 Instructions for authors

19 Bima15 Author Guidelines Bima15 Microbiology Reports is published twice a year and is covered by LU Biomedicine Articles and Early View services. This document describes the Journal scope, editorial policies, and procedures for the handling and publication of manuscripts. Scope Bima15 Microbiology Reports, the leading primary journal in the microbial sciences, publishes original studies of Bacteria, Archaea, eukaryotic microorganisms, and their viruses. Research papers should lead to a deeper understanding of the molecular principles underlying basic physiological processes or mechanisms. Appropriate topics include gene expression and regulation, pathogenicity and virulence, physiology and metabolism, synthesis of macromolecules (proteins, nucleic acids, lipids, polysaccharides, etc), cell biology and subcellular organization, membrane biogenesis and function, traffic and transport, cell-cell communication and signaling pathways, evolution and gene transfer. Articles focused on host responses (cellular or immunological) to pathogens should be directed to our sister journal Bima37 Microbial Pathogens. Papers must be broad in scope and lead to general and substantial advances in our understanding of a biological process. Comparative studies are not appropriate unless they lead to new biological insights. Manuscripts reporting genome, transcriptome or proteome-wide screening approaches are expected to incorporate these data as part of a deeper, mechanistic study. Papers presenting macromolecular structures are expected to report new mechanistic and/or biological insights emerging from the structural analysis. Features Bima15 Microbiology Reports only features original research papers. However, commentaries and extensive review parts are supposed to be included in the original research papers, to give a broader understanding of the field. Guidelines for Manuscript Preparation and Submission Presentation of Manuscripts Papers should be as concise as possible, compatible with clarity and completeness. The main text file should contain: Title Page, Summary, Introduction, Results, Discussion, Experimental Procedures, Acknowledgements, References, Tables, and Figure Legends. For clarity, Figures and Tables (including their legends) should be included in the main text during submission. The Results and Discussion sections may be combined and can include additional subheadings. Footnotes should be avoided. Abbreviations of non-standard terms should follow, in parentheses, their first full usage. Line and page numbers must be included in the submitted text file. The full article should be between words.

20 Bima15 Title Page The Title should be as informative as possible and may be either a concise description of the nature of the work or a declarative statement of the major conclusions from the study. If indicated, organisms should be identified by genus and species names (e.g. Escherichia coli rather than E. coli) or by the appropriate taxon name (e.g. Apicomplexa, Crenarchaeota, Leishmania etc.). The title page should include the names of authors, affiliations and the address to which all correspondence should be sent. Present addresses of authors should appear as a footnote. A running title of not more than 50 characters should be provided together with up to six key words for indexing purposes. Summary All papers must normally include a summary not exceeding 150 words and formatted as a single paragraph. The Summary should define the problem under investigation and present the main findings of the paper in a form accessible to the broadest possible audience. Abbreviations and references should be avoided. Introduction The introduction should present the nature of the problem addressed by the study and place the work in the broader context of the field. An extensive review of the literature is not expected, but background material important for understanding the nature and impact of the study should be presented and appropriately referenced (see References). A detailed summary of the findings of the paper is not appropriate, but a brief statement of the major findings of the paper may provide an appropriate transition to the Results section. In this and all other sections of the main text, authors are encouraged to organize the text into appropriately sized paragraphs with topic sentences to aid readers. Results The results section should describe the key findings of the work with reference to Tables and Figures, as appropriate. Results not requiring extensive supporting documentation can be stated in the text. References to "data not shown" are allowed, but referees may request that such material be added if it is deemed important for the conclusions of the study. The Results section can be divided into sub-sections separated by headings (in italics). Readers should be able to understand the general nature of the experiments, the results, and the immediate conclusions from each aspect of the study without reference to the Experimental Procedures. Relevant details should be accessible in the Results section and the Figure and Table legends. Strains should be referred to by the relevant genotype with strain names. Strain descriptions can be included in the Experimental Procedures or, if necessary, the key strains summarized in a Table. Discussion The Discussion section should place the work in a broader context and elaborate on the implications of the major findings. Authors should reference related work completely including both primary literature and review articles as appropriate. The Discussion can be divided into sub-sections separated by headings (in italics). Extensive overlap with the Results section is to be avoided. In some

21 Bima15 cases, it may improve the presentation to discuss the findings as they are presented in which case a combined Results and Discussion section may be appropriate. In such cases, a final short section may be used to present Conclusions. Experimental Procedures The Experimental Procedures should be sufficiently detailed to enable the experiments to be reproduced and will typically be divided into sub-sections separated by headings (in italics). Sources should be indicated for any unusual chemicals, reagents, or strains. New procedures should be described in detail and references provided for previously published procedures. If procedures have been published previously, sufficient information should be included such that the nature of the procedure and key parameters are immediately apparent to readers without reference to the published procedure. Procedures should be described unambiguously and in sufficient detail for replication. Centrifugation conditions should be indicated using x g rather than by revolutions per minute. Concentrations should be indicated using superscripts (µg ml -1 ) rather than as fractions (µg/ml). Quantitative Data and Statistical Analyses Statistical analysis should be described including the number of biological replicates. The number of significant figures used in numerical data should be appropriate to the precision of the analysis. Figures that include graphical representations of quantitative data should provide the following information in the figure legends: Interpretation of symbols or bars (e.g., "mean values"); Interpretation of error bars (e.g., "standard deviations"); Statistical test(s) applied to the data; P values for statistical comparisons; Number of experimental replicates (n). Statistics and error bars should represent data from multiple independent experiments, not technical replicates from a single representative experiment. For example, if an experiment were repeated three times with duplicate technical replicates each time, then n = 3. Authors are encouraged to consult the following articles prior to submission: Cumming et al. (2007) J Cell Biol 177: 7-11; Vaux et al. (2012) EMBO Rep 13: Genetic Nomenclature Standard genetic nomenclature should be used. For further information, including relevant websites, authors should refer to the Genetic Nomenclature Guide in Trends in Genetics(Elsevier Science Ltd, 1995). References Authors should provide citations for statements and background information that derive from previously published work and should, where practical, cite the primary literature. Citations to review articles and commentaries are also encouraged and may, in some situations, be more appropriate.

22 Bima15 We recommend the use of a tool such as EndNote or Reference Manager for reference management and formatting. Please note that even Reference lists prepared using these software tools may require manual editing to conform with journal style. Careful editing can avoid delays at the revision and production stages. In the text, references should be inserted as follows: (Pugsley, 1996; Matsunaga et al.,1997). Only articles that are published or "in press" may be included in the reference list. In the text, unpublished or submitted studies should be referred to as such (e.g. J.M. Smith, unpublished), or as a personal communication. It is the authors' responsibility to obtain permission for personal communications. The reference list should be in alphabetical order according to the first author. Papers with two authors should follow those of the first named author, arranged in alphabetical order according to the name of the second author. Articles with more than two authors should follow those of the first named author in chronological order. The title of the article must be included. For papers with up to seven authors, the names of all authors should be listed. For papers with eight or more authors, the first six names should be listed, followed by "et al.". Standard abbreviations of journal titles should be used, as in the Index Medicus. The following provide examples: Pugsley, A.P. (1996) Multimers of the precursor of a type IV pilin like component of the general secretory pathway are unrelated to pili. Mol Microbiol 20: McGowan, S.J., Sebaihias, M., OLeary, S., Hardie, K.R., Williams, P., Stewart, G.S.A.B.,et al. (1997) Analysis of the carbapenem of Erwinia carotovora: definition of the antibiotic biosynthetic genes and evidence for a novel ß-lactam resistant mechanism. Mol Microbiol 26: Higgins, C.F., Causton, H.C., Dance, G.S.G., and Mudd, E.A. (1993) The role of the 3' end in mrna stability and decay. In Control of Messenger RNA Stability. Belasco, J.G., and Brawerman, G. (eds). San Diego: Academic Press, pp References to material on the World Wide Web can be given, though it should be avoided, but only if the information is available without charge to readers on an official site. The format for citations is as follows: Beckleheimer, J. (1994). How do you cite URLs in a bibliography? [WWW document]. URL Tables Tables should be used as appropriate for organizing and presenting complex datasets. In many cases, Tables are useful for summarizing strains, plasmids, and oligonucleotides used in a study. Authors are asked to only include those strains and/or plasmids used in the reported experiments in the main text. It is expected that all materials and information needed for understanding and replicating the reported experiments will be available to readers, but only those materials essential for understanding the reported experiments need to be included in the main text file. If only a small

23 Bima15 number of strains, plasmids, or oligonucleotides are used, a table may not be necessary and these can be described in the text of the Experimental Procedures section. Figures Please ensure that electronic artwork is prepared such that, after reduction to fit across one or two columns width (80 mm or 169 mm) as required, all lettering will be clear and easy to read. Sub-panels should be labeled in upper-case letters (A, B, etc.) at the top left-hand corner. When reporting studies using multiple strains, the relevant genotype should be indicated in the figure legend and may also be included in a figure inset. The figure legend should, if needed, include the corresponding strain designations (e.g. strain numbers) such that the relevant strains are unambiguous. Full genotype information should be included in the Experimental Procedures section or a separate Strain Table, as appropriate. Images cannot be modified to change the appearance of any specific feature. Adjustments of brightness and contrast or color balance are acceptable but must be applied to the entire image. Features cannot be obscured and any rearrangements must be explicitly indicated by the insertion of dividing lines or spaces. Editors may request the original data from the authors for comparison with the prepared figures. Cases of deliberate misrepresentation of data will result in rejection of the paper, and our findings will be reported to the corresponding author's home institution or funding agency. Likewise, cases of plagiarism, both in text and in figures, will be reported. Authorship By submission of a manuscript to Bima15 Microbiology Reports, all authors warrant that they have the authority to publish the material and that the paper, or one substantially the same, has neither been published previously, nor is being considered for publication elsewhere. Submissions may be subject to testing for textual similarity to other published works via the Urkund software employed by Bima15 Microbiology Reports. Conflict of Interest LU Biomedicine requires that all authors disclose any potential sources of conflict of interest. Any interest or relationship, financial or otherwise, that might be perceived as influencing an author s objectivity is considered a potential source of conflict of interest. These must be disclosed when directly relevant or indirectly related to the work that the authors describe in their manuscript. Potential sources of conflict of interest include but are not limited to patent or stock ownership, membership of a company board of directors, membership of an advisory board or committee for a company, and consultancy for or receipt of speaker s fees from a company. The existence of a conflict of interest does not preclude publication in this journal. If the authors have no conflict of interest to declare, they must also state this at submission. It is the responsibility of the corresponding author to review this policy with all authors and to collectively list in the cover letter to the Editor, in the manuscript (under the Acknowledgment section), and ALL pertinent commercial and other relationships.

24 Bima15 Peer-review process Before reaching the Editorial Board, all manuscripts submitted to Bima15 Microbiology Reports undergo specific peer-review from other researchers within the field. Their input should pinpoint things that need to be addressed (e.g. lack of details, faulty layout etc) before the final submission, in order to increase the acceptance rate of manuscripts. The peer-review process will also be evaluated, and only referees deemed to critically add to the manuscripts value will be accepted. Deadlines All manuscripts must meet the defined deadlines. Failure to do so will result in rejection of the manuscript, and the necessity of a novel peer-review process of the manuscript at a later time point.

25 Appendix 1 vad ska ingå i rapporten

26 Bima15 - mikrobiologi Appendix 1 Vad som ska ingå i rapporten Viktiga datum: Inlämning för kamratgranskning (17/ ), färdig kamratgranskning (22/ ), samt slutlig inlämning till Urkund (25/ ); den sista skickas till xxxxxxxx@urkund.se absolut senast klockan eftersom systemet inte accepterar filer efter det datumet/tiden. Utöver att skriva en formell rapport (inkluderande abstract, syfte, introduktion, material/metod, resultat, diskussion och referenshantering) finns där ett par områden till som alla anknyter till laborationen, och som ska beskrivas och diskuteras i rapporten. Nedan tas de upp under de olika experimenten, men hur ni väljer att presentera dessa moment är valfritt; så länge de följer rapportens uppbyggnad (dvs ni bör ej diskutera under resultatdelen, osv). Frågor som ska besvaras och utvecklas i din rapport (invävt i rapporten på ett naturligt sätt) 1. Spädningskurva a. Hur stor är överensstämmelsen mellan de olika spädningarna inom er serie? i. Vilken väljer ni att använda er av för att räkna ut ursprungskoncentrationen? Varför motivera ert val. ii. Hur skiljer sig era värden från de andra grupperna? Varför; vad har gjorts annorlunda? Finns där några felkällor att ta hänsyn till? iii. Hur överensstämmer era beräkningar med vad företaget hävdar finns i filen? Vad beror denna eventuella skillnad på? b. Fick ni (eller någon annan grupp) kontaminering på plattan av andra mikroorganismer? i. Varför fick ni/de kontaminering? Varför inte? ii. Hur pass vanligt förekommande är bakterier i vår omgivning; eller på/i oss? 2. Gramfärgning a. Baserat på Gramfärgningen, hur är de två bakteriernas cellvägg uppbyggd? i. Hur skiljer sig cellväggarna mellan dessa två grupper? ii. Vilka fördelar/nackdelar har de två grupperna när det kommer till överlevnad i olika miljöer? Varför motivera era svar. iii. Hur skiljer sig peptidoglykanlagret mellan dessa två bakterier? b. Vilka andra bakterieformer utöver de ni identifierade kan man se med mikroskop? Exemplifiera! c. Finns där andra strukturer som bakterier kan ha, som syns i mikroskop? Vad har dessa för funktion(er)? Exemplifiera! d. Kan vi Gramfärga en human cell? Varför, varför inte? 3. Tillväxtkurva för bakterierna a. Hur snabbt kan bakterier dela sig? i. Hur går detta till? ii. Hur ser det ut i verkliga livet (dvs utanför labbet)? Hur delar sig bakterierna där? Är det rimligt att anta att de delar sig lika snabbt som i labbet? Vad reglerar detta? b. Skiljer sig tillväxten mellan era olika förhållanden (temperatur, skak)? i. Varför, varför inte? ii. Vad händer i bakterien (metabolt, genetiskt vilka gener/operon är involverade)? iii. Hade andra bakterier agerat annorlunda? Varför, varför inte? Exemplifiera!

27 Bima15 - mikrobiologi iv. Finns det andra faktorer som hade kunnat påverka hur bakterien tillväxt under dessa omständigheter? v. Hade det påverkat om vi använt oss av ett annat medium? Rikare/Fattigare? c. Vad innebär pbad24 för bakterien? i. Är det fördelaktigt för bakterien att bära på denna/liknande plasmid(er)? Varför, varför inte? Finns där specifika situationer då det är extra bra/dåligt? ii. Hur kommer närvaron av plasmiden att påverka tillväxthastigheten? Hur stor andel DNA av bakteriens totala DNA kommer att utgöras av plasmiden? Är det rimligt att tänka sig att detta ger bakterien ett selektionstryck på att tappa plasmiden? Finns där andra sätt för bakterier att erhålla nytt genetiskt material? Varför skulle detta vara önskvärt för bakterien? iii. Har även humana celler plasmider? Vilka stora skillnader finns där mellan det humana genomet jämfört med bakteriella, i uppbyggnad? iv. Vad används pbad24 till inom akademin? v. Hur regleras uttrycket av proteiner från plasmiden; och vilka metabola system är detta baserat på? d. Hur jämför sig tillväxten av bakterien i vanligt medium och medium med glukos? i. Är något mer effektivt än det andra? Varför, varför inte? ii. Kommer bakterierna att skilja sig i genuttryck? På vilket sätt, och till vilken effekt? iii. Finns där andra, generella, energikällor som bakterier kan utnyttja? Exemplifiera! 4. Generella frågor a. Redogör för en mekanism som bakterier har för att bli mer patogena, och exemplifiera med vetenskapliga referenser. b. Hur är spädningsserierna (mellan grupperna) fördelade? i. Hur spelar slumpen in i detta? ii. Vad påverkar variationen? iii. Är det relevant att diskutera median- eller medelvärde i ett sådant sammanhang? iv. Kan man diskutera standardavvikelser i detta sammanhang? v. Är det möjligt att förbättra det statistiska underlaget? Motivera! c. Vad skulle ni säga är de fem största skillnaderna mellan en bakteriell cell och en human cell? Motivera era svar!

28 Appendix 2 - bedömningsmatris

29 Bima15 - mikrobiologi Appendix 2 Bedömningsmatris för rapporten Bedömning avser Nivå 1 (underkänt) Nivå 2 (godkänt) Nivå 3 (godkänt) Urkund Stora delar av texten är Texten är ej plagierad Ej tillämpbart plagierad Sammanfattning/abstract Saknas Överskrider 150 ord Är ingen sammanfattning av laborationen Sammanfattar kort (<150 ord) hur laborationen har utförts och de uppnådda resultaten Sammanfattar kort och koncist (<150 ord) på ett mycket välskrivet sätt hur laborationen har utförts och de uppnådda resultaten Bakgrund och syfte Saknas Bakgrund finns; men syftet är oklart Bakgrund och syfte finns med men texten är för lång Beskriver på ett tillfredställande sätt bakgrund och syfte Innehållet är kortfattat (<150 ord) Beskriver på ett mycket tydligt sätt bakgrunden och syftet. Innehållet är kortfattat (<150 ord) och samtidigt mycket konkret Metoder Saknas Det finns stora brister i beskrivning av metoder vilket gör att de inte kan upprepas Metoderna beskrivs, men där finns viss avsaknad av information som gör det svårt att upprepa metoderna Metoderna beskrivs koncist, och till fullo, så att de kan upprepas Introduktion Saknas Introduktion finns, men fakta är inte vetenskapligt underbyggt Flera av de punkter som beskrivs i Appendix 1 är inte Introduktionen ger en informativ bakgrund till rapporten och underlättar för en läsare att senare tolka resultaten Samtliga punkter som Informationen ger en mycket informativ bakgrund, är lättläst och koncist skriven, samt underlättar i hög utsträckning för en läsare att sätta sig in i fältet.

30 Bima15 - mikrobiologi beskrivna i texten beskrivs i Appendix 1 tas upp; samt diskuteras vidare under diskussionen. Samtliga punkter som beskrivs i Appendix 1 tas upp på ett exemplariskt sätt; samt diskuteras vidare under diskussionen. Figurer och figurtexter; Tabeller och tabelltexter Bilder och figurer är tagna direkt från andra källor Figurtexten står över figuren Tabelltexten står under tabellen Det saknas hänvisning i löpande text till de figurer och tabeller som finns med i texten Resultat Saknas Återges enbart i form av tabeller/figurer Resultaten diskuteras genomgående i resultatsektionen De figurer och tabeller som finns med är snyggt strukturerade och skapade av författaren till arbetet Alla resultat presenteras på ett förståeligt sätt Resultaten diskuteras inte i alltför stor utsträckning De figurer och tabeller som finns med är snyggt strukturerade och skapade av författaren till arbetet Samtliga figurer och tabeller underlättar förståelsen för innehållet i arbetet Alla resultat presenteras på ett mycket lättförståeligt sätt Resultaten diskuteras ej under resultatsektionen Diskussion Saknas Diskussionen är enbart en upprepning av resultaten Resultaten diskuteras, och sätts i ett större sammanhang Felkällor diskuteras, och hur detta kan åtgärdas Resultaten diskuteras på ett föredömligt sätt, och sätts i ett större sammanhang Felkällor och möjliga tolkningar av resultaten diskuteras, samt hur detta kan undersökas med vidare försök Referenser Saknas Minst 10 påtagligt relevanta Minst 10 påtagligt relevanta

31 Bima15 - mikrobiologi Referenser finns, men en del är inte vetenskapliga publikationer utan hänvisningar till webbsidor eller företag Texten innehåller för få (<10) referenser referenser finns och har använts löpande i texten Alla referenser kommer i rätt ordning och i rätt format; och det är tydligt att ett referenshanteringsprogram har använts referenser finns och har använts löpande i texten; och det är tydligt att dessa referenser är lästa och ger substans åt texten Alla referenser kommer i rätt ordning och i rätt format; och det är tydligt att ett referenshanteringsprogram har använts Vetenskapligt innehåll Flera av de punkter som beskrivs i Appendix 1 är inte beskrivna i texten för respektive delmål Samtliga punkter finns med, men det finns ingen vetenskaplig förankring i resonemanget Koppling till kursmål Saknas Innehållet saknar koppling till något av delmålen Arbetet saknar tydlig reflektion eller motivering om hur dessa delmål uppnåtts Samtliga punkter som finns beskrivet i Appendix 1 finns med och majoriteten håller tillräcklig kvalitet i sitt resonemang och hög kvalitet i sin vetenskapliga förankring Innehållet i texten kopplar till de olika delmålen och det är motiverat hur dessa delmål har uppnåtts Samtliga punkter som finns beskrivet i Appendix 1 finns med och håller en mycket hög kvalitet i sitt resonemang och vetenskapliga förankring Innehållet i texten kopplar till de olika delmålen och det finns en tydlig reflektion och motivering över hur vart och ett av dessa delmål har uppnåtts Arbetets omfattning och struktur Arbetet är inte tillräckligt omfattande (< x ord) eller för omfattande (> x ord) Omfattningen är tillräcklig, men strukturen och allmänt Arbetet är fullständigt och omfattar ca x-x ord, exklusive referenslista Tillfredsställande struktur gör arbetet läsbart Arbetet är fullständigt och omfattar ca x-x ord, exklusive referenslista Arbetet är mycket snyggt strukturerat och lättläst

32 Bima15 - mikrobiologi skrivsätt gör arbetet mycket svårläst Återkoppling Kamratgranskning har inte utförts uppriktigt i syfte att förbättra en annan students arbete Kamratgranskning har gjorts i syfte att förbättra en annan students arbete Kamratgranskning har gjorts och avsevärt förbättrat kvaliteten på en annans students arbete Deadline Uppgifterna är inte kompletta vid utsatta deadlines, och ingen särskild anledning har angetts Uppgifterna är kompletta vid utsatt tid Ej tillämpbart

33 Varför detta upplägg? Gynna förståelse framför utantill-inlärning Problemlösning, interaktivt lärande Liknar framtida yrkesroll Kräver eget ansvar