Protein Science and Technology

Transkript

1 Protein Science and Technology Masterinriktning för KB åk 4 och 5 20 mars 2017 Karin Enander Univ.lektor, avd för molekylär fysik, IFM Vice ordf programnämnd KB karin.enander@liu.se tel: rum: M310, Fysikhuset

2 Masterinriktningar för KBcv och TB År 4-5 Masterprofiler Protein Science and Technology Industriell bioteknik och produktion Sensorer och material i biomedicinen År 1-3 Kemisk biologi cv Teknisk biologi

3 Be a part of modern life science research and technology GENETICS MOLECULES MECHANISMS NETWORKS CHALLENGES Major Questions The Human Brain What is life? Emerging diseases HIV/AIDS Malaria Type II diabetes Alzheimer s disease Cancer Environment Biofuel Biocleaners

4 Åk 4 TFKE57 Proteomik 6 hp (K Enander) TAMS38 Försöksplanering och biostatistik 6 hp (M Singull) TFTB34 Biosensorteknik 6 hp (M Mak) TFKE56 Industriell proteinteknik 6 hp (A Brorsson) TFKE58 Tillämpad strukturbiologi 6 hp (LG Mårtensson) TFKE35 Biomolekylär strukturanalys 6 hp (P Lundström) Valbara kurser ht1 (urval) TFKE33 Livsvetenskaplig fo.översikt TAOP88 Optimering för ingenjörer TEAE01 Industriell ekonomi g.k. TGTU91 Retorik i teori och praktik TVMB17 Immunbiologi och immun. tekniker Åk 5 TFTB46 Avancerad bioinformatik 6 hp (B Wallner) Valbara kurser ht2 (urval) TFKE33 Livsvetenskaplig fo.översikt TFKE48 Biomol. sjukdomprocesser TFYA32 Industriell bioteknik TGTU49 Teknikhistoria TGTU04 Ledarskap 6 hp (R Stenberg) Valbara kurser vt1 (urval) NBID64 Mol.fysiologi o cellsignal.mek. TBMI26 Neuronnät och lärande system TSRT07 Industriell reglerteknik TFTB35 Ytvetenskap TFYA85 Alternativa energikällor TMQU46 Kvalitetsledning Valbara kurser vt2 NKED20 Läkemedelsutveckling NKED82 Biomolekylär design TGTU76 Vetenskapsteori TEIO20 Entreprenörskap och start av nya verksamheter 6 hp (C Norrman) Examensarbete 30 hp Valbara kurser ht1 TATM38 Mat. modeller i biologi TSRT62 Modellbygge och simulering TRTE18 Biogasprocessen TVMB26 Molekylär virologi TEAE01 Industriell ekonomi g.k. Valbara kurser ht2 TVCB13 Stamcellsteknik TFKE30 Analytisk kemi TFYA30 Supramolekylär kemi TKMJ24 Miljöteknik TAOP61 Optimering av real. samm. system 20 mars 2017

5 Åk 4 TFKE57 Proteomik 6 hp (K Enander) TAMS38 Försöksplanering och biostatistik 6 hp (M Singull) TFTB34 Biosensorteknik 6 hp (M Mak) TFKE56 Industriell proteinteknik 6 hp (A Brorsson) TFKE58 Tillämpad strukturbiologi 6 hp (LG Mårtensson) TEAE01 Industriell ekonomi g.k. 6 hp TFKE35 Biomolekylär strukturanalys 6 hp (P Lundström) TMQU46 Kvalitetsledning 6 hp Valbara kurser ht1 (urval) TFKE33 Livsvetenskaplig fo.översikt TAOP88 Optimering för ingenjörer TEAE01 Industriell ekonomi g.k. TGTU91 Retorik i teori och praktik TVMB17 Immunbiologi och immun. tekniker Åk 5 TFTB46 Avancerad bioinformatik 6 hp (B Wallner) Valbara kurser ht2 (urval) TFKE33 Livsvetenskaplig fo.översikt TFKE48 Biomol. sjukdomprocesser TFYA32 Industriell bioteknik TGTU49 Teknikhistoria TGTU04 Ledarskap 6 hp (R Stenberg) Valbara kurser vt1 (urval) NBID64 Mol.fysiologi o cellsignal.mek. TBMI26 Neuronnät och lärande system TSRT07 Industriell reglerteknik TFTB35 Ytvetenskap TFYA85 Alternativa energikällor TMQU46 Kvalitetsledning Valbara kurser vt2 NKED20 Läkemedelsutveckling NKED82 Biomolekylär design TGTU76 Vetenskapsteori TEIO20 Entreprenörskap och start av nya verksamheter 6 hp (C Norrman) Examensarbete 30 hp Valbara kurser ht1 TATM38 Mat. modeller i biologi TSRT62 Modellbygge och simulering TRTE18 Biogasprocessen TVMB26 Molekylär virologi TEAE01 Industriell ekonomi g.k. Valbara kurser ht2 TVCB13 Stamcellsteknik TFKE30 Analytisk kemi TFYA30 Supramolekylär kemi TKMJ24 Miljöteknik TAOP61 Optimering av real. samm. system 20 mars 2017

6 Åk 4 TFKE57 Proteomik 6 hp (K Enander) TAMS38 Försöksplanering och biostatistik 6 hp (M Singull) TFTB34 Biosensorteknik 6 hp (M Mak) TFKE56 Industriell proteinteknik 6 hp (A Brorsson) TFKE58 Tillämpad strukturbiologi 6 hp (LG Mårtensson) TFKE35 Biomolekylär strukturanalys 6 hp (P Lundström) Läkemedelsutveckling eller Biomolekylär design 6 hp Valbara kurser ht1 (urval) TFKE33 Livsvetenskaplig fo.översikt TAOP88 Optimering för ingenjörer TEAE01 Industriell ekonomi g.k. TGTU91 Retorik i teori och praktik TVMB17 Immunbiologi och immun. tekniker Åk 5 TFTB46 Avancerad bioinformatik 6 hp (B Wallner) Valbara kurser ht2 (urval) TFKE33 Livsvetenskaplig fo.översikt TFKE48 Biomol. sjukdomprocesser TFYA32 Industriell bioteknik TGTU49 Teknikhistoria TGTU04 Ledarskap 6 hp (R Stenberg) Valbara kurser vt1 (urval) NBID64 Mol.fysiologi o cellsignal.mek. TBMI26 Neuronnät och lärande system TSRT07 Industriell reglerteknik TFTB35 Ytvetenskap TFYA85 Alternativa energikällor TMQU46 Kvalitetsledning Valbara kurser vt2 NKED20 Läkemedelsutveckling NKED82 Biomolekylär design TGTU76 Vetenskapsteori TEIO20 Entreprenörskap och start av nya verksamheter 6 hp (C Norrman) Examensarbete 30 hp Valbara kurser ht1 TATM38 Mat. modeller i biologi TSRT62 Modellbygge och simulering TRTE18 Biogasprocessen TVMB26 Molekylär virologi TEAE01 Industriell ekonomi g.k. Valbara kurser ht2 TVCB13 Stamcellsteknik TFKE30 Analytisk kemi TFYA30 Supramolekylär kemi TKMJ24 Miljöteknik TAOP61 Optimering av real. samm. system 20 mars 2017

7 PROTEOMIK Proteomikär en relativt ung vetenskap som handlar om vilka proteiner som uttrycks i olika celler/vävnader vid olika tidpunkter, och hur mycket. Denna proteomprofil kan se olika ut beroende på bl a utvecklingsstadium, hälsotillstånd och miljöfaktorer. Hur bygger man proteinnätverkskartor? Därför kan proteomikmetoder, där man tittar på alla proteiner på en gång i en cell eller ett vävnadsprov, användas för bl a sjukdomsdiagnostik och inom miljöarbete. Proteomikstudier har också givit oss ökad kunskap om proteiners funktion, interaktionsnätverk och lokalisering. Hur kan man identifiera proteinmarkörer för sjukdom och använda dem för diagnostik? Detta är en metodkurs (men ingen labkurs) där vi bekantar oss med en mängd olika strategier för att analysera proteom.

8

9 Kursen ger fördjupade kunskaper inom strukturbiologin med utgångspunkt i NMR, kristallografi och modellering samt träning i grafisk representation av proteiner och andra biomolekylers strukturella, biofysikaliska, dynamiska och elektrostatiska egenskaper. Inom kursen genomförs tre projekt som baseras på användning av modern molekylgrafisk programvara för skapande av proteinillustrationer och träning i att skriva en forskningsansökan inom området.

10 Provide a deep insight into a top field or research project within the life sciences Provide different communication strategies Increase the skill of written and oral communication Lectures Seminars Written review Press-release Science conference TFKE33 Per Hammarström

11 Alzheimer s disease, familial dementias, multiple myeloma, Creutzfeldt-Jakob disease, Parkinson s disease. Detailed Mechanisms of Protein Misfolding, Aggregation, Disease and Therapy Amyloid-β Protein Prion Protein Danish and British Dementias Immunoglobulins Transthyretin High-Density Lipoprotein Amyloid Proteins Gelsolin Lysozyme Fibrinogen β 2 -microglobulin Cystatin C Lectures Lab Seminars TFKE48 Peter Nilsson and Per Hammarström

12 Olika typer av biosensorer, t ex elektrokemiska, optiska, kalorimetriska, masskänsliga, ytakustiska, piezoelektriska, halvledarbaserade Biomimetiska system som elektroniska näsor och tungor Naturliga och syntetiska bioreceptorer för sensorer Design, konstruktion och tillverkning Användning inom medicin, livsmedelsindustri, miljövård mm Patentering, rättstvister och kommersialisering

13 För att minska miljöpåverkan av skinnproduktion används proteaser, amylaser och cellulaser som optimerats för att tåla extrema ph. Kursen behandlar de flesta tillämpningsområden där enzymer används industriellt. Kursen består av föreläsningar, studiebesökoch projektarbetei mindre grupp. Hur används enzymer i industrin idag? Hur tar man fram nya industriellt användbara proteiner? Vilka krav ställs på proteiner i industrin? Cellulaser med olika ph optimum används för att effektivt färga och bleka denim utan klor. Enzymer i tvål och tvättmedel gör att vi kan tvätta i lägre temperaturer Värmestabila amylaser effektiviserar ölbryggningen Biobränsle från skogsavfall, industriellt möjligt med effektivare cellulaser?

14 Kursen ska ge kunskaper om de metoder som idag används för att designa biomolekyler och biomimetika. Kursen examineras genom ett projekt som redovisas skriftligt och muntligt. NKED82 Peter Konradsson

15 Overview of the drug discovery and pharmaceutical development process Drug discovery process Pharmacokinetics Pharmacology/Pharmacodynamics Medicinal Chemistry Biopharmaceuticals Drugs toward Neurodegenerative Diseases and Cancer Antibiotics, Anti-inflammatory Drugs and Novel Internet Drugs NKED20 Peter Nilsson

16 NBID64 Jordi Altimiras Kursen fokuserar på hur utvalda molekyler påverkar människokroppens funktion med fokus på förhållandet mellan molekylernas struktur och intercellulära funktion. Exempel: Erytropoetins och kväveoxiders funktion vid vaskulär reglering Spänningsstyrda kalciumkanaler och kalciumpumpar och deras inblandning i muskelsammandragning/-avslappning Hjärtreglering via natriumkanaler Vissa G-proteinkopplade receptorers roll i kardiovaskulär reglering och vätskehomeostas Sensorisk transmission inducerad av temperatur, smärta och mekaniska stimuli

17 Biological data is increasing - we need tools to handle and make use out of the data! This course is your first step into a larger world take control of the data and look beneath the surface: You will learn: Tools to handle large data sets How to extract relevant information from big data How to automate workflows and save time Don t worry we will start from the basics! We solve problems from Bioinformatics, but the course is useful for anyone who wants to tackle the problems of tomorrow no matter if your future is in industry or in academia. Student quotes from previous year: The missing course in my degree! Now I m finally a real engineer

18 Stamcellsteknik Celltillväxt och celldifferentieringsprocesser, från basal kunskap till avancerad teknik Funktionell cellreglering, varför är det så svårt att skapa en viss celltyp? Hur kan cellers differentiering och funktion modifieras? Cancer, baksidan av stamcellernas liv. Kloning, vad kan vi göra tekinskt och etiskt? Regenerativ medicin, vad kan vi göra om tio år? Etiska frågeställningar kopplade till stamcellsteknologi: Leker vi gud? Kan man göra nya människor? Vad är en sjukdom, ögonfärg? Macchiariniskandalen, vad gick snett? Nobelpris: Embryonala stamceller (2008), in vitro-fertilisering (2010), IPS (2012), Kloning (2012), CRISPR (2017?!) Valbar för PST, SMB, IBP

19 Analytisk kemi Kromatografisk separation: gas- och vätskekromatografi Kapillärelektrofores Masspektrometri Begrepp, kemiska principer, Absorptionsspektrometri instrumentprinciper, datatolkning Fluorescensspektrometri Valbar för PST, SMB, IBP

20 Molekylär virologi Virus: ursprung, livscykel, evolution, fylogenetik Nya virus och pandemier Antivirala substanser och vaccin Virala vektorer och genterapi Vårt virala mikrobiota Patogenes varför blir vi sjuka? Genetisk disposition varför blir inte alla sjuka? Valbar för PST, IBP

21 Biogasprocessen Mikrobiella processer för biogasproduktion Styrsystem och logistik kring substrattillförsel och behandling av rötrester Kemiska analyser för processuppföljning Processtörningar och åtgärder för stabil biogasdrift Hygieniska, ekonomiska och miljörelaterade aspekter av biogasproduktion Valbar för PST, IBP

22 Arbetsmarknadsperspektiv Mycket av det Robert Gustavsson kommer att berätta senare om arbetsmarknaden inom bioteknik är giltigt även för den här profilen. Kursen Industriell proteinteknik sätter proteinkemikunskaperna i ett specifikt industriellt perspektiv. Ett generellt arbetsmarknadsperspektiv fås genom de obligatoriska kurserna Ledarskap och Entreprenörskap och start av nya verksamheter samt de valbara (rekommenderade) kurserna Industriell ekonomi och Kvalitetsledning. Bredda din utbildning - projektledningskunskaperna, reglertekniken och kvalitetsutvecklingskursen har gett bra förutsättningar för anställning. Alumn i industrin

23 Arbetsmarknadsperspektiv Industriell ekonomi - grundkurs: Kostnads- och intäktsbegrepp. Produkt- och investeringskalkylering samt budgetering. Bokföring, redovisning, rapportering och räkenskapsanalys. Kvalitetsledning: Kursen ska ge en helhetsbild av kvalitetsområdet med särskilt fokus på principer, arbetssätt och metoder för offensiv kvalitetsutveckling. Entreprenörskap och start av nya verksamheter: Fokus på formulering och utvärdering av idéer till innovativa och entreprenöriella verksamheter. Ledarskap: Organisations- och ledarskapsteorier med särskilt fokus på relationen ledare och ledda, kommunikation, grupprocesser samt hur dessa hanteras i vardagligt arbetsledarskap.

24 Efter utbildningen Vi har hittat uppgifter om 68% (32 st) av alla alumner från Protein Science and Technology (examensår ). Av dem vi hittat har ca 2/3 gått direkt till externa yrkeslivet (dvs ej till forskarutbildning). Alumnerna arbetar som... Laboratorieingenjör Processingenjör Utvecklingsingenjör Medicinteknisk ingenjör Forskningsingenjör Stability Coordinator Uppströmsansvarig IT-konsult Rekryteringskonsult Analyschef Sektionschef IT VD på företag som

25 Efter utbildningen Läkemedelsföretag med forskningsenhet i Mölndal och stor produktionsenhet i Södertälje. Life science -företag som jobbar med att utveckla processer och produkter till innovativa läkemedelsföretag. Tillverkar intermediat och aktiva substanser till läkemedelsindustrin. Tillverkare av plasmabaserade och rekombinanta proteinläkemedel med störst användning inom områdena blödarsjuka, immunologiska sjukdomar och intensivvård. Tillverkare av laboratorieinstrument, utrustning för medicinsk diagnostik samt utrustning som krävs för framställning av biotekniska läkemedel (som exempelvis insulin).

26 Efter utbildningen SCA är ett ledande globalt hygien- och skogsindustriföretag, som utvecklar och producerar hygienprodukter, mjukpapper och skogsindustriprodukter. Rättsmedicinalverket är en statlig myndighet vars uppdrag är att utföra kvalificerade analyser och bedömningar inom rättspsykiatri, rättsmedicin, rättskemi och rättsgenetik. Säljer skräddarsydda oligonukleotider för diagnostiska syften. Utvecklar ekonomiska värden och miljönytta ur olika bi- och restprodukter från exempelvis lantbruket.

27 Efter utbildningen Konsultfirmor Andra branscher

28 Efter utbildningen Forskarutbildning!? 1/3 av de alumner vi hittat på LinkedIn är idag doktorander eller disputerade vid något svenskt lärosäte: LiU, UU, LNU, ÖU, LU, KTH, Chalmers, SU, KI. Inriktningen Protein Science and Technology ger en mycket bra forskningförberedande grund. We are aware of the quality of the students trained at Linköping University and the content of the Master course you administrate seems to fit with our topics. Forskare på KI som söker exjobbare

29 Möte med lärare från profilen Kom för att få veta mer om (några av) inriktningens kurser och för att ställa dina frågor! Lunchmacka ingår anmälan senast imorgon 21/3 Välkommen! Tisdag 28/3 kl i Odén