Svenska LifeWatch. Verksamhetsberättelse Innehåll. ArtDatabanken

Relevanta dokument
Marine biological and oceanographic climate data in Swedish Lifewatch

Verksamhetsberättelse 2011 för Svenska LifeWatch

Bidrag till uppbyggnad och drift av en svensk nationell infrastruktur NAMN

SydostGIS: GIS dag med skogoch naturtema

Villkor för bidrag till uppbyggnad och drift av Nationell infrastruktur för terrester och limnisk fältforskning

VÄLKOMNA! SND workshop 15 november

Vetenskapsrådets arbete med nationell infrastruktur

SND Nätverksträff 1 juni Välkomna!

Särskilda villkor för beviljade medel till forskningsinfrastruktur av nationellt intresse avseende INFRASTRUKTURENS NAMN

REGLER FÖR UMEÅ UNIVERSITETS ÖVERGRIPANDE FORSKNINGS- INFRASTRUKTURER

Bidrag till uppbyggnad och drift aven svensk nationell infrastruktur - Swedish National Infrastructure for Computing (SNIC)

Martin Hansson, Patrik Strömberg, Nils Nexelius, Arnold Andreasson, Lotta Fyrberg, Örjan Bäck. Datavärdskapet för Marinbiologi och Oceanografi

Environment Climate Data Sweden

KB:s samordningsuppdrag för öppen tillgång till vetenskapliga publikationer Sidnummer 1

APPENDIX e 2. Dekanus beslutar ge Svenskt NMRcentrum följande uppdrag:

Vision statement EMREX (NUAKS officiella kliche-tävling)

Uttagning för D21E och H21E

Svensk Nationell Datatjänst

GIS-Väst. Smartare klimatinformation. David Wiselqvist

Instruktion för Umeå marina forskningscentrum

Verksamhetsberättelse Miljödatastöd 2015

The source of nitrogen in the boreal forests identified (March 2016)

Vindbrukskollen Nationell databas för planerade och befintliga vindkraftverk Insamling och utveckling

Linnéstöd. Pär Omling. GD Vetenskapsrådet

2 Förutom styrelsen finns följande organ vid SciLifeLab:

Swedish National Data Service

Långsiktiga mål för Svenska artprojektet

Support Manual HoistLocatel Electronic Locks

Alternativet är iwindows registret som ni hittar under regedit och Windows XP 32 bit.

GBIF-Sweden verksamhetsplan

CESSDA-arbete i Sverige

Vad händer på SND. Arbetet framåt. Max Petzold

Alla Tiders Kalmar län, Create the good society in Kalmar county Contributions from the Heritage Sector and the Time Travel method

Tentamen etjänster och webbprogrammering Institutionen för informatik och media, informationssystem Datum 19/8 Tid

Information technology Open Document Format for Office Applications (OpenDocument) v1.0 (ISO/IEC 26300:2006, IDT) SWEDISH STANDARDS INSTITUTE

Låt oss ta hand om din utveckling, medan du själv utvecklar ditt företag

Projektdirektiv. SKONA: SND:s konsortie- och nätverksarbete

Till sökande för KRAV-certifiering av produkter från fiske. To applicants for KRAV certification of seafood products from capture fisheries

Långsiktig strategisk plan för svensk forskningsinfrastruktur

KSLA:s yttrande över översynen av Svenska artprojektet

- akvatisk mångfald i vatten på en skiva!

Biodiversitet

20 år med Datavärdskap

Personalmöte ArtDatabanken Tisdag 2 oktober Agenda

Instruktion för Umeå marina forskningscentrum

Kommunikationsplan. Nationella forskarskolan om åldrande och hälsa

Rapporter / Reports Reports written in English are marked with a

Nationella riktlinjer för öppen tillgång till vetenskaplig information

Cross-border. Åsa Kyrk Gere, Myndigheten för samhällsskydd och beredskap

Schenker Privpak AB Telefon VAT Nr. SE Schenker ABs ansvarsbestämmelser, identiska med Box 905 Faxnr Säte: Borås

Från extern till intern på tre dagar Erfarenheter från externa lärares pedagogiska kompetensutveckling

ULF försöksverksamhet. Elena Zukauskaite FoU Skola Kommunförbundet Skåne

/19 Anställning som professor i landskapsarkitektur med inriktning mot studier av professionen och dess praktik

EUSME -gratis Horizon 2020-support till småföretag (SME) EU/SME

Regional tillväxt mot alla odds

SLU:s underlag till genomförandet av Agenda Näringsdepartementets möte 30 november 2016 Göran Adelsköld och Carolyn Glynn

Preliminärt Program Restaurering i marin miljö 3 4 februari 2015

Europa standardiserar BIM. 25 november, 2014 ULI

PEC: European Science Teacher: Scientific Knowledge, Linguistic Skills and Digital Media

VI TAR OSS AN LIVSVIKTIGA FRÅGOR SOM BERÖR OSS ALLA

Open access.se underlag för styrgrupp den 16 september

Info meeting Oct 18, 2017

184/18 Ändring av organisation och ledning för det strategiska forskningsprogrammet Trees and Crops for the Future (TC4F)

Utveckling av energimarknader i EU. politik och framgångsrika medlemsstater

Forskningsdata i öppna arkiv och universitetsarkiv

Anita Finne Grahnén, LIF de forskande läkemedelsföretagen

HR i en internationell organisation, några tankar av P-O Nyquist. Göteborg

Underlag till workshop och styrelsemöte

Satellitbaserad vattenkvalitetsövervakning. Petra Philipson, Brockmann Geomatics Sweden AB

Påverkansarbete inom Horisont 2020

The present situation on the application of ICT in precision agriculture in Sweden

DNSSEC Våra erfarenheter

OA-idealet på väg att bli norm för god publicering

Inrättande av specifika titlar och en särskild kompetensnivå för medarbetare som i huvudsak arbetar med fortlöpande miljöanalys

Registerforskning i internationellt perspektiv

Nationell geodatastrategi

Dagordning hearing om riskklassificering av främmande arter

Manual till GBIF-Sweden

REGLER FÖR FORSKNINGSINFRASTRUKTUR VID GÖTEBORGS UNIVERSITET

Mathematical Cryptology (6hp)

Non-toxic antifouling methods to combat marine bio fouling on leisure boats in the Baltic Odd Klofsten Boatwasher Sweden AB

VRs syn på stöd till kvalitetsregisterforskning. VR uppdrag. Finansiering. Policy information utvärdering. Infrastruktur

WAVES4POWER Fosnavåg 24 oktober 2016

The Swedish National Patient Overview (NPO)

Open access från varför till hur

Gynnsam bevarandestatus en gemensam utmaning!

ITS Rådet. ITS statusrapport 2011

Accomodations at Anfasteröd Gårdsvik, Ljungskile

Session: Historieundervisning i högskolan

GBIF-rådets sammanträde 22 maj 2007

Varningssystem byggt på öppna källkodskomponenter Magnus Runesson SMHI

CHANGE WITH THE BRAIN IN MIND. Frukostseminarium 11 oktober 2018

SNITS-Lunch. Säkerhet & webb

Performance culture in policing. Författare: Tevfik Refik Altonchi (Ph.d)

Miljöövervakning och dataflöden Pågående utveckling

Polarforskningssekretariatet. Stockholm 26 mars 2012

Resultat av den utökade första planeringsövningen inför RRC september 2005

Palmbaserad datainsamling och databassynkronisering. Projektpresentation. 2D1954 Programutvecklingsprojekt Projektgruppen Harald

Transkript:

Svenska LifeWatch Verksamhetsberättelse 2010 Innehåll Etablering av Svenska LifeWatch... 2 Genomförande... 3 Kommunikation om Svenska LifeWatch... 4 Särskilda nyckeltal efterfrågade av VR... 4 Bilagor... 5 sida 1 av 6

Etablering av Svenska LifeWatch Rådet för forskningsinfrastruktur (RFI) vid Vetenskapsrådet beslutade i oktober 2009 att bevilja ansökan för att utveckla ett nationellt LifeWatch-nätverk i Sverige. Därefter vidtog diskussioner och dokumentväxlingar med olika förslag till modeller för finansiering/medfinansiering och innehåll i överenskommelse mellan VR och SLU. Efter att i det närmaste varit överens om text och modell i december 2009 valde VR att ändra upplägg för överenskommelser med infrastrukturer och diskussionerna om textutseende måste börja om. I avvaktan på slutlig överenskommelse beslutade VR 2010-04-13 att bevilja minst 24 626 000 under 2010-12 till SLW. Den slutliga överenskommelsen mellan RFI och SLU undertecknades 23 juni 2010. I denna åtar sig VR att under 2010-2014 bidra med minst 36 miljoner och SLU har intentionen att medfinansiera med minst 9,2 Mn SEK. Parallellt fördes diskussioner om textutformning för samverkansavtal mellan SLU (som huvudansvarig för genomförandet) och övriga parter inom SLW. Också här valde VR att ändra mall för samverkansavtal och refererade till Vinnovas modell för konsortieavtal. ArtDatabanken, samverkansparter och respektive organisationers jurister lade mycket tid på att omarbeta modellavtalet till ett förslag som kunde tillämpas för SLW. 2010-10-01 ingicks det första bilaterala avtalet; mellan SMHI och SLU. Innan fler avtal hann undertecknas meddelade VR att man önskade en annorlunda utformning på dessa avtal. 2010-12-16 erhöll vi från RFI förslag till ny mall för konsortieavtal vilket vi direkt responderade på. I skrivande stund (2011-01-28) finns ännu inget slutgiltigt förslag från RFI och flertalet av SLW:s tilltänkta samarbetsparter har ännu inte något avtal och därmed heller inte tillgång till några medel för aktiviteter. Förutom med SMHI ingick ArtDatabanken och Fiskeriverket 2010-12-02 ett enkelt, interimistiskt avtal för att FiV skulle kunna delta i möten och påbörja planeringar. Styrelse En Styrelse (styrgrupp i SLU:s terminologi) ska utses att ansvara för övergripande strategiska frågor och ekonomisk uppföljning. Styrgruppen ska utses av SLU i samråd med VR. SLW:s parter har under året föreslagit potentiella ledamöter. Då beslut om godkännandet från VR togs först 2010-12-15 hann inte SLU ta beslut i ärendet före årets utgång. Samrådsgrupp En samrådsgrupp, bestående av representanter för vardera part i SLW bildades och hade tre möten: 5 maj (ArtDatabanken, Uppsala), 14 juni (VR, Stockholm) och 4 oktober (SMHI, Göteborg). Gruppen hade följande representanter under 2010: LU: Susanne Åkesson (ordförande) och Johan Bäckman UmU: Göran Englund GU: Matthias Obst FiV: Kerstin Holmgren & Anders Kinnerbäck NRM/GBIF: Sven Kullander & Fredrik Ronquist SMHI: Bengt Karlsson & Arnold Andreasson ArtDatabanken: Hjalmar Croneborg, Ulf Gärdenfors & Oskar Kindvall sida 2 av 6

Genomförande Samverkansmöten Ulf Gärdenfors har under året arbetat som tf föreståndare, Hjalmar Croneborg som projektledare och Oskar Kindvall som IT-arkitekt och IT-samordnare för SLW. Diskussioner har förts med ingående parter och förslag utarbetats om leverabler och ekonomi, inklusive parternas medfinansiering. Parterna har generellt kommit överens om att var och en bidrar med en medfinansiering om minst 35 %. Den 20-21 januari hölls en mindre workshop vid ArtDatabanken i Uppsala med europeiska LifeWatch IT-arkitekt Alex Hardisty, Cardiff University. Här diskuterades matchning mot LifeWatch konstruktionsplan, utvecklingsmiljöer, standarder m.m. Den 25-26 augusti hölls en workshop vid ArtDatabanken med Vera Hérnandez och Axel Poigné, Fraunhofer, Tyskland, vilka ansvarade för att utarbeta principer för autentisering samt standarder, rutiner och teknik för dataleverans inom europeiska LifeWatch. Vid workshopen diskuterade främst Oskar Kindvall med Hérnandez och Poigné dessa frågor, där erfarenheter från Sverige också blev viktig input till LifeWatch slutliga dokument. Oskar Kindvall hade under hösten 2010 en rad möten med parterna inom SLW för att diskutera den övergripande konstruktionen och respektive parts bidrag, inklusive format, standarder och webbtjänster: Fiskeriverket (Stockholm xx), SMHI (Göteborg xx-xx), Riksmuseet/GBIF (), Riksmuseets IT-grupp (), Umeå universitet (telfonmöte xx) och Lunds universitet (Lund 13.12). Oskar Kindvall har också fört diskussioner medföreträdare för institutionen för Vatten och miljö, SLU:s dataplattformar samt Holker Dettki, genomförandeansvarig för VR-finansierade projektet WRAM Wireless Remote Animal Monitoring (Uppsala 15.12, tillsammans med Ulf Gärdenfors). ArtDatabanken Största delen av 2010 har ägnats åt samordning med parter såväl i Europa som i Sverige, liksom åt arbete med ramar och förutsättningar. Efter planering under året startades utvecklingsprojektet vid ArtDatabanken genom grindbeslut 2010-09-16. Under perioden fram till årets slut har utveckling av ett system för administration av användare gått i enlighet med lagd plan. Systemet kommer att tas i full drift under första halvåret 2011. Under hösten genomfördes rekrytering av två systemutvecklare och en systemtekniker (halvtid). Därtill inleddes rekrytering av projektsekreterare/kommunikatör. sida 3 av 6

Umeå universitet Som representant för Umeå Universitet har Göran Englund deltagit i tre möten med samrådsgruppen och tillsammans med Oskar Kindvall gjort en plan för överföring av databasen PIKE till den nya artportalen. Arbetet att anpassa databasen PIKE för publicering har påbörjats. SMHI Se bilaga 1. Naturhistoriska riksmuseet Se bilaga 2. Internationellt National champions-möte i Amsterdam 15-16.6 (Ulf Gärdenfors & Oskar Kindvall) och Bari 24-26.11 (UG). Data Providers-möte: Oskar Kindvall (Amsterdam XX), Matthias Obst, etc [se Matthias rapport] Från flertalet möten finns särskilda minnesanteckningar. Kommunikation om Svenska LifeWatch Förutom på alla internationella möten har SLW presenterats i föredrag eller presentationer på SLU:s miljöanalysdag 27.10, Norges artsdatabank 10.11, konferens om biologisk mångfald i Höllviken, Skåne 20.11, Systematikdagarna i Göteborg 22.11 och ArtDatabankens styrgruppsmöte 16.12. Särskilda nyckeltal efterfrågade av VR På grund av ovan beskrivna förseningar av etablering och genomförande under året har det inte varit meningsfullt att redovisa de nyckeltal som efterfrågas. Under kommande år kommer uppföljning att göras. Nyckeltalen är: Antal anslutna noder och mängden data (poster, antal arter och omvärldsvariabler) som finns tillgängliga inom infrastrukturen Antal användare (varav av nya användare) Status för modellutveckling och datatillgänglighet Större förändringar av organisationen Antal peer-reviewade artiklar relaterade till infrastrukturen Antal patent relaterade till infrastrukturen Ekonomisk redovisning inklusive vilka andra betydande bidrag som har sökts/fåtts Internationella kontakter/samarbeten Hur väl de vetenskapliga målen har uppnåtts (och/eller nya/reviderade mål) Större vetenskapliga genombrott Infrastrukturens betydelse för direkta samhälleliga intressen. Infrastrukturens betydelse för näringsliv och kommersiella intressen. sida 4 av 6

Bilaga 1: underlag från SMHI Informationssystem för mikroalger Under år 2010 har arbetet med att specificera funktionalitet och teknisk lösning för systemet påbörjats. Ett Nordiskt samarbete planeras och kontakter med Finland och Norge har etablerats. Ambitionen är att ta med både sötvattensarter och marina arter. Ett nära samarbete med användare kommer förhoppningsvis att resultera i ett användarvänligt system. Systemet planeras bestå av tre delar. En webbplats med information om arters egenskaper, fotografier etc. Denna drivs av SMHI och Göteborgs universitet. En prototyp finns tillgänglig på http://test.b-neat.org Systemet bygger på artlistor över akvatiska mikroalger i Dynamisk Taxa på Artdatabanken med taggar för habitat lagrade i en databas kallad Artfakta. Kvantitativ information baserad på observationer i vattenprover m.m. För detta utvecklar SMHI systemet SHARK web (SHARK = Svenskt Havsarkiv). Här finns kvantitativa växtplanktondata från den marina miljöövervakningen (Nationellt datavärdskap för oceanografi och marinbiologi, Naturvårdsverket). Systemet kommer att kunna användas för datadistribution, för att producera utbredningskartor, tidsseriediagram etc. Under år 2010 har data på flera olika format överförts till ett format. Plankton Toolbox detta skall vara en programvara för analys av växtplanktondata m.m. Den kommer att tillhandahålla funktioner för effektiv databearbetning, viss statistisk analys etc. Marina klimatdata Arbetet med att specificera hur marina klimatdata i databasen SHARK (Svenskt Havsarkiv) skall göras tillgängliga inom SLW har påbörjats. Förutom befintliga data som huvudsakligen är från 1980 och senare så kommer SMHI även tillhandahålla data från fyrskepp. Dessa data går tillbaka till slutet av 1800-talet. Teknisk lösning En viktig del av SLW är utformning av webbservice och karttjänster samt val av standarder. SMHI använder i stort sett enbart så kallade open source lösningar, d.v.s. fri programvara, för marina data. De tekniska lösningarna på SMHI bygger på att vidareutveckla system som idag finns i relationsdatabaser av typ MIMER och MySQL. Dessa kommer att flyttas över till PostgreSQL för att klara LifeWatch funktionalöitet som Web Map Services och Web Services. När det gäller artinformation m.m. kommer begreppet LSID (Life Science ID) att införas. Övrigt Planering för SMHI:s bidrag till SLW-portalen har påbörjats. Även planering för Marine Case Study är påbörjad. Syftet är att under år 2012 testa SLW-systemet genom att sammanställa data av olika typer (plankton, fisk, klimatdata etc) för Kattegat. SMHI undersöker möjligheter till samarbete med SLW:s syskonprojekt Svenskt Nationellt Datacentrum för Klimat och Miljödata (SND-KM). sida 5 av 6

Bilaga 2: underlag från NRM AquaMaps in LifeWatch The AquaMaps Team (NRM, FIN, IFM-GEOMAR) are currently in the process of transferring the database from MySQL to Postgresql and incorporating it in the D4Science II infrastructure. This will speed up computations, and D4Science programmers will convert the VRE to Java with added functionality, including better maps. Thus AquaMaps will be unavailable until March 2011, and the new version fully operational around September 2011. At present NRM are training a scientist, Johan Östergren, within the BioFresh project. He will work on the implementation of freshwater organism modelling in AquaMaps until mid 2012. Many of those organisms (birds, mammals), will also fall in the category terrestrial. We thus expect to have a testable platform based on atmospheric and soil data by mid-2011 and then also a detailed work plan for implementing the modelling of purely terrestrial organisms for LifeWatch (LifeWatch will have access to marine, freshwater, and terrestrial modelling). Johan will act as support person for the team staff eventually developing the terrestrial AquaMaps. For the terrestrial mapping we will reduce current 30 min grids to 15 min grids, and enable using atmospheric, soil, vegetation, and marine and freshwater environmental data layers to be provided by LifeWatch partners. In 2012, we expect to have a VRE implementation available through the D4Science VRE for further testing with LifeWatch environmental data (along with standard 30 min grid global data sets). This system will allow clients to add their own taxa and habitat preference data. The LifeWatch AquaMaps interface is expected to be operational in mid-2012. D4Science expects to move on to D4S III when D4S II ends in the Autumn of 2011. If not funded the VRE will be ported back to the FishBase Consortium, and available from there. sida 6 av 6