Uppsala 10-01-26 Rutiner för överföring av data till Datavärdskapet för sjöar och vattendrag vid Institutionen för vatten och miljö (fd. miljöanalys) vid SLU Institutionen för vatten och miljö vid SLU driver på Naturvårdsverkets uppdrag Datavärdskapet för sjöar och vattendrag. I uppdraget ingår att samla in, kvalitetsgranska, lagra och tillhandahålla vattenkemiska och biologiska data av nationell och regional karaktär. För att underlätta insamlingen och minimera risken för felinmatningar är det önskvärt att data överförs på ett så standardiserat sätt som möjligt. För vattenkemiska data återfinns en rapporteringsmall på datavärdskapets registersida (http://www.ma.slu.se/ima/dv_program.html). För biologiska data finns för närvarande inte någon färdig mall, utan den som skall leverera data uppmanas att kontakta datavärdskapets kontaktperson före leverans (Anders.Stenstrom@vatten.slu.se eller per tel. 018-673132). Kvalitetssäkrade data De data som levereras från olika tillsyningsmyndigheter, konsulter och/eller vatten(vårds)förbund förutsätts redan vara kvalitetssäkrade, först och främst av analyserande laboratorium, men även av berörd tillsynsmyndighet. Vid överföringen till Institutionen för miljöanalys kommer ytterliggare en kvalitetsgranskning att ske innan materialet görs tillgängligt på Internet. Denna granskning kommer att omfatta bl.a. en rimlighetsanalys och jämförelser med tidigare undersökningsresultat, säkerställande av provtagningsplats mm. Inga förändringar av materialet kommer dock att ske utan samråd med berörd tillsynsmyndighet och/eller analyserande laboratorium. Vid granskningen kan eventuellt kvarvarande oklarheter som av någon anledning inte kan redas ut, markeras i det slutgiltiga datamaterialet som observationer inom parentes. Detta gör att vid en ev. nedladdning av materialet för användning i exempelvis MS Excel, kommer dessa observationer att klassificeras som text. Detta innebär att dessa avvikande poster inte kan användas vid t.ex. statistisk bearbetning eller figurframställning utan att parenteserna tas bort. Det blir följaktligen den som använder materialet som slutligen kommer att tvingas ta ställning till om den/de avvikande observationerna bör ingå eller ej. Dataleverantörerna uppmanas att inte byta ut observationer som är lägre (eller högre) än eventuella detektionsgränser mot något subjektivt valt värde. För att kunna utföra t.ex. statistiska bearbetningar byts i vissa fall <-värden ut mot exempelvis hela, halva eller en tredjedel av värdet för den aktuella detektionsgränsen. Detta utgör ett stort bekymmer när detektionsgränser förändras med tiden och man till sist har ett datamaterial där man inte kan avgöra om enskilda observationer är utanför detektionsområdet eller korrekta värden. Även i detta fall skall < eller > tecknen kvarstå vid leveransen, vilket innebär att vid användandet av Postadress Besöksadress Tel. Fax E-post Box 7050 Vallvägen 3 018-67 30 07 (direkt) 018-67 31 56 Lars.Sonesten@vatten.slu.se 750 07 Uppsala 018-67 10 00 (vxl)
ett material med dylika tecken, måste användare besluta om dessa observationer skall användas vid en ev. bearbetning och i så fall med vilket värde dessa skall bytas ut mot. Vad skall överföras? Data från vattenkemiska och biologiska undersökningar (ej fisk, se nedan) i sjöar och vattendrag. För mer information rörande vilka parametrar och enheter som behandlas se BILAGA 1 (endast vattenkemi). Vad skall inte överföras? Uppgifter rörande badvattenkvalitet (Datavärd: Smittskyddsinstitutet), miljögifter i biota (IVL) och provfisken (Fiskeriverkets sötvattenslaboratorium) skall inte tillsändas Institutionen för vatten och miljö, utan skall sändas till respektive datavärd. Lämpliga filformat Data överlämnas helst i MS Excel-format, men även textformat går bra. Om textformat används bör data vara antingen vara separerade med tabb-tecken eller semikolon (SKVformat). Dataindelning Om både vattenkemiska och biologiska data levereras samtidigt bör dessa vara åtskilda i två separata filer eller kalkylblad (MS Excel Temperatur- och syrgasprofiler i sjöar levereras som en separat fil/kalkylblad (en för samtliga sjöar). Även vattendrags- och sjöstationer skall hållas åtskilda i separata filer eller kalkylblad (MS Excel), dvs. en fil/kalkylblad för vattendragsstationer och en för sjöstationer. Rubriker/namngivning Variabler bör anges med både variabelnamn (t.ex. Alkalinitet) och enhet (mekv/l) i samma textruta och inte uppdelat på flera rader (BILAGA 1). Om någon av matriserna (t.ex. vattenkemi) är uppdelad på flera filer/tabeller måste rubrikerna vara de samma i samtliga fall, annars finns det risk att data försvinner vid överföringen till databasen. Angivning av provtagningsobjekt och provtagningsplats Provtagningsplatsens koordinater skall anges enligt Rikets nät (X-Y) eller SWEREF TM (tydligt utmärkt vilket format som använts). Om provtagningsobjeket är en sjö skall dessutom utloppets koordinater anges enligt SMHI:s identifikationssystem (SVAR). Samtliga
koordinater anges i separata kolumner namngivna enligt bilaga 1. Utöver dessa generella identifikationsangivelser bör även en kolumn med stationsnamn, samt en kolumn med ett ev. lokalt id anges. Dessa uppgifter ges för samtliga observationer (poster/rader i filen). Provtagningsdatum Datum skall anges som år, månad och dag i tre separata kolumner för att inte riskera fel vid överföringar mellan olika typer av datorer. Tips! Om datum finns i en Excel-kolumn går det lätt att dela upp denna till tre kolumner m.h.a. kommandot text till kolumner (data-menyn). Provtagningsdjup Aktuellt provtagningsdjup skall alltid anges, inte vilket djup som borde ha provtagits. För biologiska parametrar kan antingen enskilda provtagningsdjup (t.ex. 2 m) eller provtagningsintervall vid samlingsprov (t.ex. 0 20 m) anges. För vattenkemiska parametrar kan för närvarande endast enskilda provtagningsdjup tas emot. Om samlings-/integrerade prov har tagits bör samråd med datavärden ske innan leverans sker. Djupprofiler Omfattande undersökningar av temperatur och/eller syrgashalter i djupprofiler kan med fördel levereras som separata tabeller. Är det däremot endast något enstaka djup som har undersökts extra, så är det bättre att det ingår i huvudtabellen. Datakvalitet En rimlighetsanalys av data bör ske i alla led innan dessa levereras vidare, dvs. av analyserande laboratorium, eventuellt vattenvårdsförbund och ansvarig tillsynsmyndighet. Analysen kan t.ex. innebära att man jämför med gamla undersökningar och kontrollerar avvikande observationer. Avvikande observationer kan man t.ex. definiera som ett långtidsmedelvärde ± 2 standardavvikelser (95%-igt konfidensintervall) eller annat lämpligt intervall. Rimlighetsanalysen kan även inkludera mer manuella tester genom att man gör figurer där halter avsätts mot tiden och/eller avsätter olika relevanta parametrar mot varandra (t.ex. Ca/Mg, Alk/Ca, Alk/pH, (Ca, Mg, Na, K)/konduktivitet, klorofyll/växtplanktonbiomassa. Rimlighetsanalyser utförs dessutom som rutin av den mottagande datavärden. Avrundningar Data bör bestå av ett rimligt antal värdesiffror. Omotiverad avrundning bör däremot inte ske, t.ex. att kvävehalter i vissa fall avrundas till hela tiotal eller femtiotal. Denna typ av avrundning gör det svårt att på ett rättvist sätt kunna bearbeta materialet vidare (t.ex. genom att beräkna årsmedelvärden e.dyl.), då avrundningsfelet kan bli avsevärt. Denna typ av avrundningar hör hemma i samband med bearbetade data i t.ex. årsrapporter och inte i en databas. Minst tre värdesiffror bör om möjligt anges.
Anmärkningar Relevanta kommentarer eller anmärkningar för enstaka provtagningstillfällen och/eller enstaka analyserade parametrar kan anges i speciell kolumn som namnges Anmärkningar. Här bör bland annat ingå anmärkningar som har att göra med t.ex. den specifika provtagningssituationen (t.ex. mycket kraftig vind, ihållande regn, sjön var täckt med 0,5 m snö). Denna typ av information kan vara värdefull vid en utvärdering av materialet. Kringuppgifter/metadata För att erhålla en så heltäckande bild som möjligt är det viktigt att relevant kringinformation bifogas. Denna typ av information är bl.a. viktig vid kvalitetsgranskningen. Exempel på relevant kringinformation är: provtagare, ansvariga för kvalitetssäkring och leverans. Denna typ av uppgifter lämnas separat, antingen i den checklista som bifogas leveransen eller som annan separat fil.
Checklista för leverans av data till Institutionen för vatten och miljö vid SLU Undersökningsprogram och tidsperiod Typ av data Vattenkemi Biologi Annat... Uppgiftslämnare (inkl e-postadress) Kvalitetsansvarig (inkl e-postadress) Filformat? MS Excel Text (SKV/tabb) Annat... Totalt antal filer/kalkylblad i leveransen...st filer...st kalkylblad Har datamaterialet kvalitetssäkrats? Ja Nej Vet ej Om ja, av vem och när... Finns osäkra värden markerade (satta inom parentes)? Ja Nej Hur är värden utanför resp. variabels detektionsgräns behandlade? < eller > tecken Annat sätt... Ej behandlat Vet ej Har programmet förändrats under senaste året? Nya stationer Nedlagda stationer Nya mätvariabler Annat Övrig information
Bilaga 1. Vattenkemiska variabler Variabel Rubrik Enhet Anmärkningar. Stationsnamn Namn StationsID StationsID Provtagningsplatsen X-koordinat X_prov 7 siffriga koordinater Provtagningsplatsen Y-koordinat Y_prov 7 siffriga koordinater Utloppets X-koordinat X_SMHI 6 siffriga koordinater, gäller sjöar Utloppets Y-koordinat Y_SMHI 6 siffriga koordinater, gäller sjöar Provtagningsår År Provtagningsmånad Månad Provtagningsdag Dag Provtagningsdjup Djup m m Siktdjup Siktdjup m m gäller sjöar Vattentemperatur Temp C C Syrgashalt Syrgas mg/l mg/l Syrgasmättnad Syrgas % % ph-värde ph enhetslöst Konduktivitet (25 C) Kond_25 ms/m ms/m Alkalinitet/aciditet Alk/Acid mekv/l mekv/l Summa Kalcium & Magnesium Ca+Mg mg/l mg/l anges antingen som mg/l eller mekv/l (nedan) Kalcium Ca mg/l mg/l anges antingen som mg/l eller mekv/l (nedan) Magnesium Mg mg/l mg/l anges antingen som mg/l eller mekv/l (nedan) Natrium Na mg/l mg/l anges antingen som mg/l eller mekv/l (nedan) Kalium K mg/l mg/l anges antingen som mg/l eller mekv/l (nedan) Sulfat SO4 mg/l mg/l anges antingen som mg/l eller mekv/l (nedan) Klorid Cl mg/l mg/l anges antingen som mg/l eller mekv/l (nedan) Fluorid F mg/l mg/l Summa Kalcium & Magnesium Ca+Mg mekv/l mekv/l anges antingen som mekv/l eller mg/l (ovan) Kalcium Ca mekv/l mekv/l anges antingen som mekv/l eller mg/l (ovan) Magnesium Mg mekv/l mekv/l anges antingen som mekv/l eller mg/l (ovan) Natrium Na mekv/l mekv/l anges antingen som mekv/l eller mg/l (ovan) Kalium K mekv/l mekv/l anges antingen som mekv/l eller mg/l (ovan) Sulfat SO4 mekv/l mekv/l anges antingen som mekv/l eller mg/l (ovan) Klorid Cl mekv/l mekv/l anges antingen som mekv/l eller mg/l (ovan) Ammoniumkväve NH4-N µg/l µg/l µg N/l Nitritkväve NO2-N µg/l µg/l µg N/l Nitrit+nitratkväve NO2+NO3-N µg/l µg/l µg N/l Kjeldahlkväve Kjeld-N µg/l µg/l µg N/l Organiskt kväve Org-N µg/l µg/l µg N/l Totalkväve (persulfat-metoden) Tot-N_ps µg/l µg/l µg N/l Totalkväve (summa-metoden, dvs Kjeldahlkväve+NO2+NO3) Tot-N_summa µg/l µg/l µg N/l Fosfatfosfor PO4-P µg/l µg/l µg P/l Totalfosfor Tot-P µg/l µg/l µg P/l Absorbans ofiltrerat prov (420 nm, 5 cm:s kyvett) Abs_OF 420/5 enhetslöst Absorbans filtrerat prov (420 nm, 5 cm:s kyvett) Abs_F 420/5 enhetslöst Absorbans filtrerat prov (436 nm, enhet per m) Abs_436/m /m Standardiserad metod och enhet Vattenfärg (komparator) Färg mg Pt/l mg Pt/l Suspenderat material/slam Slamhalt mg/l mg/l mg torrt prov/l Turbiditet NTU Turbiditet_NTU NTU Turbiditet FNU Turbiditet_FNU FNU Permanganatförbrukning KMnO4 mg/l mg/l mg KMnO4/l Kemisk syreförbrukning (permanganat) CODMn mg/l mg/l mg O/l Kemisk syreförbrukning (dikromat) CODCr mg/l mg/l mg O/l Biokemisk syrgasförbrukning 7 dygn BS7 mg/l mg/l mg O/l. OBS! Kan även betecknas BOD7 Biokemisk syrgasförbrukning 5 dygn BS5 mg/l mg/l mg O/l. OBS! Kan även betecknas BOD7 Totalmängden organiskt kol TOC mg/l mg/l Kisel Si mg/l mg/l Järn Fe µg/l µg/l Mangan Mn µg/l µg/l Koppar Cu µg/l µg/l Zink Zn µg/l µg/l Aluminium totalt Al µg/l µg/l Aluminium syralösligt Al_NA µg/l µg/l Aluminium monomert Al_NAD µg/l µg/l Aluminium oorganiskt AlI_NAJ µg/l µg/l Aluminium organiskt AlO_NAJ µg/l µg/l Kadmium Cd µg/l µg/l Bly Pb µg/l µg/l Kvicksilver Hg ng/l ng/l Krom totalt Cr µg/l µg/l Krom 6-värt Cr6 µg/l µg/l Nickel Ni µg/l µg/l Kobolt Co µg/l µg/l Arsenik As µg/l µg/l Vanadin V µg/l µg/l Molybden Mo µg/l µg/l Selen Se µg/l µg/l Volfram W µg/l µg/l Klorofyll a Kfyll µg/l µg/l ekvivalent med mg/m3 Adsorberbart organiskt halogenerat material AOX mg/l mg/l Fenol Fenol mg/l mg/l Analyserande lab Lab Företag + i förekommande fall även ortangivelse LabID/provnr Lab_IDnr Provtagare Provtagare Person eller företag SRK-program SRK-program Anmärkningar