ProbeTec Herpes Simplex Viruses (HSV 1 & 2) Q x Amplified DNA Assays

ProbeTec Herpes Simplex Viruses (HSV 1 & 2) Q x Amplified DNA Assays 8086121(02) 2014-07 AVSEDD ANVÄNDNING 441749 Svenska Vid test med BD Viper System i extraktionsläge utnyttjar BD ProbeTec Herpes Simplex Viruses (HSV 1 & 2) Q x Amplified DNA Assays (HSV Q x Assays) [herpes simplexvirus (HSV 1 & 2) Q x -analyser med DNA-amplifiering (HSV Q x -analyser)] SDA-teknik (Strand Displacement Amplifi cation) för direkt och kvalitativ detektion och differentiering av DNA i herpes simplexvirus typ 1 (HSV1) och herpes simplexvirus typ 2 (HSV2) i av kliniker tagna yttre anogenitala lesionsprover. Analyserna är indicerade för användning till symptomatiska personer som hjälp att diagnostisera anogenitala HSV1- och HSV2-infektioner. Varning: BD ProbeTec Herpes Simplex Viruses (HSV 1 & 2) Q x Amplifi ed DNA Assays (HSV Q x Assays) är ej avsedda för användning med cerebrospinalvätska (CSF). Analyserna är inte avsedda att användas vid prenatal screening eller till individer under 17 års ålder. SAMMANFATTNING OCH FÖRKLARING Herpes simplexvirus typ 1 (HSV1) och typ 2 (HSV2) är allmänt utbredda dubbelsträngade neurotropiska DNA-virus av familjen Herpesviridae som orsakar obotliga livslånga infektioner, och som uppkommer genom inokulation av viruset genom skadad hud eller slemhinnor. Båda virusen kan vara latenta under långa perioder och orsaka återkommande episoder av symptomatisk sjukdom. Det huvudsakliga överföringssättet för HSV1 är via oralt sekret och icke-genital kontakt, vilket resulterar i infektioner främst i orofarynx, ansiktet, ögonen och centrala nervsystemet. Under senare år har frekvensen genitala HSV1-infektioner ökat på grund av ett minskat antal orala infektioner före puberteten, vilket gör individer mottagliga för genitala infektioner senare i livet, samt en ökad frekvens orogenitala kontakter. 1,2 Ändå har seroprevalensstudier visat att upp till 80 % av barn har infekterats av HSV1 vid vuxen ålder, med de högsta frekvenserna bland individer i lägre socioekonomiska grupper. 3 Till skillnad från HSV1 uppkommer HSV2-infektion vanligtvis genom sexuell överföring. I USA har 20 25 % av befolkningen antikroppar mot HSV2 vid 40 års ålder och totalt fi nns det minst 50 miljoner människor med genital herpes. 3 I majoriteten av fallen är symtomen lindriga eller ej konstaterade och infektionen förblir odiagnostiserad, även om intermittent avgivning av infektiöst virus till genitalområdet fortfarande sker. Detta innebär att överföring av genital herpes i de fl esta fall sker genom sexuell kontakt av personer som är asymtomatiska eller omedvetna om att de är infekterade. Infektion med HSV2 är vanligare hos kvinnor än hos män och är kopplat till en ökad risk för sexuellt överfört humant immunbristvirus (HIV). 4 Överföring av herpes till nyfödda in utero eller intrapartalt är visserligen sällsynt, men följderna av sådana infektioner är allvarliga och ofta dödliga. 5 En klassisk primär genital herpesinfektion föregås av lokal smärta eller sveda, som ofta åtföljs av feber, illamående och inguinal lymfadenopati. Efter några dagar uppträder blåsor på labia minora, introitus och meatus uretrae hos kvinnor och på penisskaft och ollon hos män. Perineum och perianala områden kan också drabbas, liksom övre delen av låren och skinkorna. Hos kvinnor är det även vanligt med cervikala lesioner. Primär infektion med HSV1 kan inte på kliniska grunder åtskiljas från infektion orsakad av HSV2, och lesionerna kan också sammanblandas med lesioner orsakade av andra sexuellt överförda sjukdomar. Följaktligen krävs laboratorietest för defi nitiv diagnos för att minska symtomen och påskynda läkningen av lesionerna. Eftersom återfall av HSV1-infektioner och subklinisk utsöndring är mindre vanligt än för HSV2 är bestämning av etiologin för infektionen och typbestämning av viruset dessutom användbart vid bedömning av prognos och rådgivning. 1,2,6 Den föredragna metoden för diagnos av herpesinfektion har historiskt varit att först isolera viruset i vävnadsodling följt av typspecifi k immunofluorescensdetektion. På grund av högre sensitivitet, kraftfullhet och snabba resultat har emellertid användningen av amplifi eringsmetoder för detektion av viralt DNA fått en allt större utbredning. 1,3,6 När BD ProbeTec HSV Q x Amplified DNA Assays används tillsammans med BD Viper System i extraktionsläge sker en automatisk icke-specifik extraktion av DNA från kliniska prover med kemisk lysering, följt av bindning av DNA på magnetiska partiklar, tvättning av bunden nukleinsyra och eluering i amplifi eringskompatibel buffert. Förekomst av DNA från HSV1 och/eller 2 detekteras med SDA (Strand Displacement Amplifi cation) på typspecifi ka målsekvenser med hjälp av en fluorescensmärkt detektorprob. 7,8 PRINCIPER FÖR METODEN BD ProbeTec HSV Q x Amplified DNA Assays är avsedda att användas med provtagnings- och transportenheterna BD Q x -spädningsvätska för och BD Universal Virus Transport (UVT; universell virustransport) [eller identiska Copan-tillverkade medieformuleringar se avsnittet PROVTAGNINGSSATSER SOM TILLHANDAHÅLLS SEPARAT], lämpliga reagenser, BD Viper System och BD FOX Extraction (extraktion). Pinnprover tas och transporteras i de föreskrivna transportenheterna i vilka integriteten hos HSV-DNA skyddas inom de angivna temperatur- och tidsintervallen. För att upprätthålla ett arbetsflöde som överensstämmer med andra provtyper som bearbetas på BD Viper System genomgår HSV-proverna ett förvärmningssteg i BD Viper Lysing Heater (lyseringsvärmare). När proverna har svalnat placeras de i BD Viper System, som sedan utför alla stegen som krävs för extraktion och amplifi ering av mål-dna, utan vidare åtgärd från användaren. Provet överförs till ett extraktionsrör som innehåller järnoxidpartiklar i upplösbar fi lm och torr extraktionskontroll. Högt ph används för att lysera virusen och frigöra deras DNA i lösningen. Sedan tillsätts syra för att sänka ph-värdet och inducera en positiv laddning på järnoxiden, vilket i sin tur binder det negativt laddade DNA. Partiklarna och det bundna DNA dras sedan mot sidorna av extraktionsröret av magneter och det bearbetade provet aspireras till avfall. Partiklarna tvättas och en elueringsbuffert med högt ph-värde tillsätts för att påvisa renat DNA. En neutraliseringsbuffert används slutligen för att göra ph-värdet i den extraherade lösningen optimalt för amplifi ering av mål-dna. BD ProbeTec HSV Q x Amplified DNA Assays bygger på simultan amplifi ering och detektion av mål-dna, med hjälp av primrar för amplifiering och en fl uorescensmärkt detektorprob. 7,8 SDA-reagenserna torkas i fyra separata mikrobrunnar för engångsbruk: Primningsmikrobrunnarna innehåller analysspecifi ka primrar för amplifi ering, fl uorescensmärkt detektorprob, nukleotider och andra reagenser som behövs för amplifi ering, och var och en av de analysspecifi ka amplifi eringsbrunnarna innehåller två enzymer (ett DNA-polymeras och ett restriktionsendonukleas) som krävs för SDA. BD Viper System pipetterar

delar av den renade DNA-lösningen från varje extraktionsrör i två separata primningsmikrobrunnar, varav den ena motsvarar HSV1 och den andra HSV2, för att rehydrera innehållet. Efter en kortvarig inkubering överförs reaktionsblandningarna till respektive förvärmd amplifi eringsmikrobrunn. Brunnarna förseglas för att förhindra kontaminering och inkuberas sedan i en av de två termiskt reglerade fl uorescensavläsarna. Närvaro eller frånvaro av HSV-DNA fastställs genom att fluorescenstoppen beräknas (max. relativa fluorescensenheter, [MaxRFU]) under amplifi eringsprocessen och genom att detta mätvärde jämförs med ett förutbestämt gränsvärde. Förutom fluorescensproben som används för att detektera amplifi erat mål-dna från HSV införlivas ytterligare en märkt oligonukleotid i varje reaktion. Extraktionskontrolloligonukleotiden är märkt med ett annat färgämne än det som används vid detektion av det HSV-specifi ka målet och används för att bekräfta validiteten i extraktionsprocessen. Extraktionskontrollen torkas i extraktionsrören och rehydreras vid tillsats av prov- och extraktionsreagenserna. När extraktionsprocessen är klar bevakas extraktionskontrollfl uorescensen av BD Viper Instrument och en automatiserad algoritm tillämpas på både extraktionsspecifika och HSV-specifika signaler för att rapportera provresultat som positiva, negativa eller extraktionskontrollfel. TILLHANDAHÅLLNA REAGENSER Varje BD ProbeTec HSV Q x Reagent Pack (reagenspack) innehåller: HSV1 Q x Amplifi ed DNA Assay Priming Microwells (primningsmikrobrunnar för HSV1 Q x -analyser med DNA-amplifiering), 3 påsar med vardera 32 mikrobrunnar: varje primningsmikrobrunn innehåller cirka 108 pmol oligonukleotider, 27 pmol fluorescensmärkt detektorprob och 150 nmol dntps, med stabiliseringsmedel och buffertkomponenter. HSV1 Q x Amplifi ed DNA Assay Amplifi cation Microwells (amplifi eringsmikrobrunnar för HSV1 Q x -analyser med DNAamplifi ering), 3 påsar med vardera 32 mikrobrunnar: varje amplifi eringsmikrobrunn innehåller cirka 10 enheter DNApolymeras och 50 enheter restriktionsenzym, med stabiliseringsmedel och buffertkomponenter. HSV2 Q x Amplifi ed DNA Assay Priming Microwells, 3 påsar med vardera 32 mikrobrunnar: varje primningsmikrobrunn innehåller cirka 105 pmol oligonukleotider, 36 pmol fl uorescensmärkt detektorprob och 120 nmol dntps, med stabiliseringsmedel och buffertkomponenter. HSV2 Q x Amplified DNA Assay Amplifi cation Microwells, 3 påsar med vardera 32 mikrobrunnar: varje amplifi eringsmikrobrunn innehåller cirka 3.5 enheter DNA-polymeras och 50 enheter restriktionsenzym, med stabiliseringsmedel och buffertkomponenter. OBS! Varje påse med mikrobrunnar innehåller en påse med desickant. MATERIAL SOM TILLHANDAHÅLLS SEPARAT* Control Set (kontrollset) för BD ProbeTec Herpes Simplex Viruses (HSV 1 & 2) Q x Amplifi ed DNA Assays: 24 positiva HSV Q x -kontrollrör med cirka 15 000 kopior av lineariserade phsv1- och 16 500 kopior av lineariserade phsv2-plasmider i carriernukleinsyra och 24 negativa HSV Q x -kontrollrör med endast carriernukleinsyra. Koncentrationerna av phsv1- och phvs2-plasmiderna är fastställda med ultraviolett spektrofotometri. Spädningsvätska för för BD ProbeTec Q x Amplifi ed DNA Assays: 48 rör som vardera innehåller ca 2 ml kaliumfosfat/kaliumhydroxidbuffert med DMSO och konserveringsmedel. BD FOX Extraction Tubes (extraktionsrör) för BD ProbeTec Q x Amplifi ed DNA Assays: 48 remsor med 8 rör, som vardera innehåller cirka 10 mg järnoxid i upplöst film och cirka 240 pmol fl uorescensmärkt extraktionskontrolloligonukleotid. Extraction Reagent and Lysis Trough (extraktionsreagens och lyseringstråg) för BD ProbeTec Q x Amplifi ed DNA Assays: 12 reagens- och 12 lyseringstråg, varav varje extraktionsreagenstråg med fyra kaviteter innehåller cirka 16,5 ml bindande syra, 117 ml tvättbuffert, 35 ml elueringsbuffert och 29 ml neutraliseringsbuffert med konserveringsmedel, och varje lyseringstråg innehåller cirka 11,5 ml lyseringsreagens. *OBS! En fullständig lista med katalognummer finns i avsnittet TILLGÄNGLIGHET. UTRUSTNING OCH MATERIAL SOM TILLHANDAHÅLLS SEPARAT BD Viper Instrument, BD Viper Instrument Plates (instrumentplattor), BD Viper Pipette Tips (pipettspetsar), BD Viper Tip Waste Boxes (lådor för spetsavfall), BD Viper Amplifi cation Plate Sealers (Black) (svarta plattförseglare för amplifi ering) och Seal Tool (plattförseglingsverktyg), BD Viper Lysing Heater (lyseringsvärmare), BD Viper Lysing Rack (lyseringsställ), BD Viper Neutralization Pouches (neutraliseringspåsar), samt punkterbara lock för användning på BD Viper System (extraktionsläge), BD Viper System Accessories (systemtillbehör). PROVTAGNINGSSATSER SOM TILLHANDAHÅLLS SEPARAT BD ProbeTec Q x Collection Kit for Endocervical or Lesion Specimens (provtagningssats för endocervix- eller lesionsprover) för användning med BD Viper System i extraktionsläge, BD Universal Viral Transport Medium (universellt virustransportmedium; UVT) (3 ml) med provtagningssats med pinne med polyesterände (kat. nr 220221 [sats], 220220 [UVT-medium]/220239 [provtagningspinne]) eller identiskt Copan-tillverkat universellt transportmedium* (UTM-RT) och provtagningssats med pinne med polyesterände (kat. nr 302C.LC, 302C, 330C, 340C eller 321C). *Provtagningsenheten och provtagningsmediet i BD UVT-satsen är identiska med Copan-UTM-RT-mediet och provtagningsenheten för de angivna katalognumren. MATERIAL SOM KRÄVS MEN EJ MEDFÖLJER Nitrilhandskar, 3 % (vikt/volym) väteperoxid, 1 % (vol/vol) natriumhypoklorit**, DNA AWAY, pipetter med kapacitet för överföring av 0,5 ml, fosfatbuffrad koksaltlösning (PBS). *Använd ej väteperoxid från en flaska som varit öppen längre än 8 dagar. **Tillsätt 7,5 g Alconox per 1 L 1% (vol/vol) natriumhypoklorit och blanda. Gör i ordning en färsk blandning dagligen. Krav för förvaring och hantering: Reagenserna kan förvaras vid 2 33 ºC. Oöppnade reagenspack är hållbara fram till utgångsdatum. Efter att påsen öppnats är mikrobrunnarna hållbara i 8 veckor, förutsatt att påsen är ordentligt försluten, eller fram till utgångsdatum, beroende på vilket som inträffar först. De får ej frysas. 2

VARNINGAR OCH FÖRSIKTIGHETSBEAKTANDEN Allmänt 1. Avsett för in vitro-diagnostik. 2. Patogena mikroorganismer, inklusive hepatitvirus och humant immunbristvirus, kan förekomma i kliniska prover. Standard Precautions (allmänna försiktighetsbeaktanden) 9-12 och institutionens riktlinjer bör följas vid hantering av alla föremål som kontaminerats med blod eller andra kroppsvätskor. 3. För ytterligare specifi ka varningar, försiktighetsbeaktanden och anmärkningar beträffande BD Viper hänvisas till användarhandboken till BD Viper Instrument. Prov 4. För provtagning av yttre anogenitala lesionsprover används antingen UVT-provtagningsenheten (3 ml fyllningsvolym) med standardpinne med polyesterände och plastskaft eller BD ProbeTec Q x Collection Kit for Endocervical or Lesion Specimens (provtagningssats för endocervix- eller lesionsprover) för användning med BD Viper System i extraktionsläge med BD ProbeTec HSV Q x Amplifi ed DNA Assays. 5. Hantera alla prover som smittsamma och använd säkra laboratorieförfaranden, till exempel dem som beskrivs i CDC/ NIH Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories och CLSI Document M29 Protection of Laboratory Workers from Occupationally Acquired Infections. Rengör och desinfi cera alla ytor och all utrustning noggrant med 1 % (vol/vol) natriumhypokritlösning. Följ lokala bestämmelser och bestämmelserna på arbetsplatsen vid kassering av material som varit i kontakt med kliniska prover. Reagenser 6. Det här reagenspacket är avsett för testning av yttre anogenitala lesionsprover med antingen UVT-provtagningssatsen eller BD Q x -provtagningssatsen med pinne för användning med BD Viper System i extraktionsläge. 7. Använd endast prov- och kontrollrör med punkterbara lock på BD Viper System i extraktionsläge. Avlägsna inte punkterbara lock innan instrumentet körs. Se till att byta ut eventuella punkterade lock mot nya punkterbara lock innan instrumentet körs. 8. Blanda inte primnings- och amplifi eringsmikrobrunnar för en given analys från olika satser. 9. BD Q x -spädningsvätska för innehåller dimetylsulfoxid (DMSO) som är farligt vid inandning, hudkontakt och förtäring. Undvik kontakt med ögonen. Vid kontakt med ögonen ska du omedelbart skölja med rikligt med vatten och kontakta läkare. Vid kontakt med huden ska du omedelbart skölja med rikligt med vatten. 10. UVT eller BD ProbeTec Q x Collection Kit for Endocervical or Lesion Specimens (provtagningssats för endocervixeller lesionsprover) ska inte bearbetas eller testas om tillhörande provtagningspinne saknas i röret som levereras till laboratoriet. Ett falskt negativt testresultat kan annars erhållas. 11. Använd endast BD Viper pipette tips (pipettspetsar) tillhandahållna av BD med BD Viper System. 12. Extraktionsreagens- och lyseringstråg för BD ProbeTec Q x Amplifi ed DNA Assays innehåller frätande ämnen. Användning av skyddsutrustning som nitrilhandskar, skyddsglasögon och laboratorierockar vid hantering av dessa reagenser rekommenderas starkt. Dessa lösningar har en starkt frätande effekt och kan orsaka svårartade brännskador på hud och slemhinnor. Undvik kontakt med ögon och hud. Undvik att andas in rök, ånga eller sprej. Farligt vid förtäring. Ät och drick inte i närheten av dessa reagenser. Om du kommer i kontakt med reagenserna ska du omedelbart ta av kontaminerade kläder, tvätta huden med tvål och vatten och skölja noga. Vid kontakt med ögonen ska du omedelbart skölja med rikligt med vatten och kontakta läkare. 13. Använd endast BD Viper Amplification Plate Sealers (Black) (svarta plattförseglare för amplifiering) på amplifi eringsplattorna med BD Viper System. Användning av genomskinliga förseglare på amplifi eringsplattorna kan ge felaktiga resultat. 14. Reagenspåsarna med oanvända primningsmikrobrunnar och amplifi eringsmikrobrunnar MÅSTE återförslutas noggrant efter att de öppnats. Kontrollera att desickanten fi nns med innan reagenspåsarna försluts. 15. Eftersom den positiva HSV Q x -kontrollen används både vid HSV1 Q x - och HSV2 Q x -testning är det viktigt att mikrobrunnraderna är korrekt placerade för att rapporteringen av de slutliga resultaten ska bli korrekt. 16. Plattan som innehåller amplifi eringsmikrobrunnarna MÅSTE vara ordentligt förseglad med BD Viper Amplifi cation Plate sealer (Black) innan plattan fl yttas från BD Viper System. Förseglingen säkerställer en sluten reaktion för amplifi ering och detektion och är nödvändig för att undvika att instrumentet och arbetsområdet kontamineras med amplifi eringsprodukter. Förseglingsmaterialet får inte vid något tillfälle avlägsnas från mikrobrunnarna. 17. Restvätska i primningsmikrobrunnarna (efter överföring av vätska från primningsmikrobrunnarna till amplifi eringsmikrobrunnarna) utgör en källa till kontaminering av provet. Försegla primningsmikrobrunnarna noga med en plattförseglare innan de kasseras. 18. För att förhindra att arbetsområdet kontamineras med amplifi eringsprodukter ska avfallspåsarna som medföljer tillbehörssatsen användas för kassering av använda amplifi eringsmikrobrunnar. Kontrollera att påsarna är ordentligt förslutna innan de kasseras. 19. Även om särskilt avdelade arbetsområden inte behövs eftersom utformningen av BD Viper reducerar risken för kontaminering med amplifi eringsprodukter i testområdet, krävs andra försiktighetsåtgärder för att förhindra kontaminering, i synnerhet kontaminering av prover under hantering (se nr 20 25). 20. BYT HANDSKAR om de kommer i kontakt med prover eller blir våta, så att kontaminering av andra prover undviks. Byt även handskar innan du lämnar arbetsområdet samt när du kommer in i arbetsområdet. 21. I händelse av att arbetsområdet eller utrustningen kontamineras av prover eller kontroller skall det kontaminerade området omsorgsfullt rengöras med 3 % (vikt/volym) väteperoxid (använd ej väteperoxid från en fl aska som varit öppen längre än 8 dagar), 1 % (v/v) natriumhypoklorit eller DNA AWAY och skölj noga med vatten. Låt ytan torka helt och hållet innan du fortsätter med arbetet. 22. I händelse av spill på BD Viper Lysing Rack (lyseringsställ) ska stället sänkas ned i 1 % (vol/vol) natriumhypoklorit i 1 2 min. Överskrid inte 2 min. Skölj stället noga med vatten och låt det lufttorka. 3

23. Rengör dagligen hela arbetsområdet arbetsbänkar och instrumentytor med 3 % (vikt/volym) väteperoxid (använd ej väteperoxid från en fl aska som varit öppen längre än 8 dagar), 1 % (v/v) natriumhypoklorit eller DNA AWAY. Skölj noga med vatten. Låt ytorna torka fullständigt innan du fortsätter med ytterligare tester. 24. Iakttag vedertagna laboratorieförfaranden vid kassering av använda pipettspetsar, provrör, primningsmikrobrunnar och annat engångsmaterial. Engångsmaterial ska kasseras noggrant. Försegla och kassera avfallsbehållarna när de är fulla till ¾ eller dagligen (beroende på vad som inträffar först). 25. Använd personlig skyddsutrustning inklusive skyddsglasögon vid hantering av biologiska prover. 26. Kontakta BD Teknisk service om det händer något ovanligt, till exempel spill i BD Viper Instrument eller DNAkontaminering som inte kan avlägsnas genom rengöring. PROVTAGNING OCH TRANSPORT AV PROVER BD ProbeTec HSV Q x Assays på BD Viper System i extraktionsläge är avsedda att detektera förekomst av herpes simplexvirus typ 1 eller herpes simplexvirus typ 2 från yttre anogenitala lesionsprover. De enheter som kan användas till provtagning av lesionsprover för testning på BD Viper System i extraktionsläge är: BD ProbeTec Q x Collection Kit for Endocervical or Lesion Specimens för testning på BD Viper System i extraktionsläge. BD Universal Viral Transport (UVT) (universell virustransport) 3 ml fyllningsvolym och provtagningspinne i reguljär storlek med polyesterände och plastskaft (kat. nr 220221). Identiskt Copan-tillverkat universellt transportmedium (UTM-RT) med provtagningssats med pinne med polyesterände (kat. nr 302C, 302C.LC, 330C, 340C och 321C) kan också användas. För inrikes eller utrikes försändelser ska proverna märkas i enlighet med gällande statliga och internationella bestämmelser avseende transport av kliniska prover och etiologiska agens/smittsamma ämnen. Angiven förvaringstid och temperatur ska iakttas under hela transporten. När proverna med Q x -spädningsvätska för och de spädda UVT-proverna har förvärmts kan de förvaras i upp till 120 dagar vid -20 C innan de testas på BD Viper System. PROVTAGNING, FÖRVARING OCH TRANSPORT AV PINNE MED LESIONSPROV Vid provtagning av yttre anogenitala lesionsprover för BD ProbeTec HSV Q x Amplifi ed DNA Assays används antingen BD ProbeTec Q x Swab Collection Kit for Endocervical or Lesion Specimens eller UVT-provtagningsenheten (provtagningspinne med polyesterände och plastskaft med 3 ml fyllningsvolym). En volym på 0,5 ml av UVT-provet måste tillsättas till ett rör med Q x -spädningsvätska för under bearbetningen på grund av ytterligare krav på stabilitet. Stabilitetsinformation ges för varje provtyp i tabellerna 1, 2A, 2B och 3. Provtagning av yttre anogenitalt pinnprov med BD ProbeTec Q x Collection Kit for Endocervical or Lesion Specimens för användning med BD ProbeTec HSV Q x Amplified DNA Assays OBS! Alla prover ska tas från patienten av personer med lämplig utbildning. 1. Öppna innerförpackningen med Q x -provtagningspinnar och kassera pinnen med vitt skaft. 2. Ta ut den rosa provtagningspinnen ur förpackningen. 3. Torka basen av den exponerade lesionen med ett stadigt grepp så att exsudat och cellmaterial absorberas med den rosa pinnen. 4. Ta av locket på röret med Q x -spädningsvätska för. 5. För in den rosa provtagningspinnen hela vägen i röret med Q x -spädningsvätska för. 6. Bryt av skaftet på pinnen vid skåran. Var försiktig så att innehållet inte stänker. 7. Sätt på locket ordentligt på röret. 8. Märk röret med patientuppgifter och datum/klockslag för provtagningen. 9. Sänd provet till laboratoriet. Förvaring och transport av BD ProbeTec Q x -pinne med lesionsprov Q x -provtagningspinnen måste förvaras och transporteras till laboratoriet och/eller testplatsen vid antingen 2 30 C för testning inom 14 dagar från provtagningen, eller vid -20 C för testning inom 120 dagar från provtagningen. Tabell 1. Stabilitet för anogenitala lesionsprover tagna med BD Q x -provtagningssats med pinne BD ProbeTec Q x Collection Kit for Endocervical or Lesion Specimens Temperaturförhållande vid transport till testplatsen och förvaring 2 30 C -20 C Bearbetning av prov enligt instruktionerna 14 dagar efter provtagningen 120 dagar efter provtagningen Provtagning av yttre anogenitalt pinnprov med provtagningssats för universell virustransport (UVT) (eller motsvarande Copan-provtagningssats) för användning med BD ProbeTec HSV Q x Amplified DNA Assays OBS! Alla prover ska tas från patienten av personer med lämplig utbildning. 1. Ta bort locket från transportmediet som medföljer transportsatsen. 2. Exponera lesionens bas. 3. Öppna förpackningen med provtagningspinnar och kassera den andra provtagningspinnen, om sådan fi nns (antingen den andra provtagningspinnen med plastskaft eller minispetspinnen med metallskaft). 4. Använd bara en provtagningspinne med polyesterände och plastskaft från UVT-transportsatsen och torka lesionen med ett stadigt grepp så att exsudat och cellmaterial absorberas från lesionens bas. 5. Placera omedelbart provtagningspinnen som använts till att ta lesionsprovet i transportmediet. 6. Bryt av provtagningspinnens skaft genom att böja den mot fl askans vägg vid den förskårade linjen. 7. Sätt på fl asklocket igen och förslut ordentligt. 4

8. Märk flaskan med patientuppgifter och datum/klockslag för provtagningen. 9. Sänd provet till laboratoriet. Förvaring och transport av UVT-lesionsprov: Om UVT-provet tas, förvaras och transporteras innan det överförs till Q x -spädningsvätskan för kan UVT-provet förvaras under förhållandena som beskrivs i tabell 2A. Tabell 2A. Förvaring och transport av anogenitala lesionsprover tagna med UVT-provtagningssats (flaska med 3 ml fyllning och provtagningspinne med polyesterände och plastskaft) UVT-prov Temperaturförhållande vid transport till testplatsen och förvaring Bearbetning av prov enligt instruktionerna 20 25 C 2 8 C -70 C Alikvotera och förvärm inom 48 h efter provtagningen Alikvotera och förvärm inom 14 dagar efter provtagningen Alikvotera och förvärm inom 120 dagar efter provtagningen UVT-provmatris kan förvaras och transporteras i UVT-fl askan under följande förhållanden: Upp till 48 h vid 20 25 C, eller Upp till 14 dagar vid 2 8 C, eller Upp till 120 dagar vid -70 C. När UVT-provet har alikvoterats i Q x -spädningsvätskan för måste provet förvärmas. OBS! Vid hantering av anogenitala lesionsprover ska rena handskar användas. Om handskarna kommer i kontakt med ett prov ska du omedelbart byta handskar så att kontaminering av andra prover undviks. 1. Alla UVT-prover ska förvaras i rumstemperatur före bearbetning. 2. Kontrollera att UVT-provet innehåller en provtagningspinne med vitt skaft. 3. Ta ut ett förfyllt rör med Q x -spädningsvätska för ur förpackningen. 4. Märk det förfyllda röret med Q x -spädningsvätska för med patientuppgifter och datum/tid för provtagningen av UVT-provet. 5. Vortexblanda UVT-provet i 5 10 s. 6. Ta av det svarta punkterbara locket från röret med Q x -spädningsvätska för. 7. Ta av locket från fl askan för UVT-provtransport. Undvik att vidröra provtagningspinnen. Överför 0,5 ml av UVT-provet till röret med Q x -spädningsvätska för med en pipett. 8. Kassera pipetten. OBS! Pipetten är avsedd att användas till ett enda prov. 9. Sätt tillbaka det svarta punkterbara locket på röret med Q x -spädningsvätska för som innehåller 0,5 ml av UVT-provet, skruva åt ordentligt och vänd röret 3 4 gånger för att säkerställa att provet och spädningsvätskan blandas ordentligt. 10. Röret med Q x -spädningsvätska för som innehåller 0,5 ml av UVT-provet är klart att förvärmas. 11. Återförslut UVT-fl askan med infångningslocket som innehåller provtagningspinnen och förvara vid 2 8 C eller -70 C. 12. Byt handskar innan du fortsätter, så att kontaminering undviks. 13. Upprepa steg 1 10 för ytterligare yttre anogenitala UVT-lesionsprover. Förvaring och transport av UVT-provet i Q x -spädningsvätska för : Om UVT-provet tas och omedelbart överförs till Q x -spädningsvätskan för kan det förvaras under de förhållanden som beskrivs i tabell 2B före förvärmningsförfarandet. Tabell 2B. Förvaring och transport av anogenitala UVT-lesionsprover i Q x -spädningsvätska för UVT-prov överfört till Q x -spädningsvätska för Temperaturförhållande vid transport till testplatsen och förvaring 15 30 C 2 8 C -20 C Bearbetning av prov enligt instruktionerna Förvärmning inom 24 h efter alikvotering Förvärmning inom 14 dagar efter provtagning Förvärmning inom 120 dagar efter provtagning Provbearbetningsförfarande för BD ProbeTec Herpes Simplex Viruses (HSV 1 & 2) Q x Amplified DNA Assays på BD Viper System i extraktionsläge. OBS! Låt alla prover tina helt och hållet i rumstemperatur och blanda dem genom vändning innan du fortsätter. 1. Kontrollera att röret med Q x -spädningsvätska för innehåller antingen en pinne med rosa skaft eller ett UVTprov (spädningsvätska med rosaaktig/lila färg). Kontrollera även att varje rör har ett svart punkterbart lock. 2. Använd provrörslayoutrapporten som vägledning och placera röret med Q x -spädningsvätska för i rätt ordning i BD Viper Lysing Rack och lås fast. 3. Upprepa steg 1 och 2 för ytterligare yttre anogenitala lesionsprover tagna med pinne. 4. Proverna är nu klara att förvärmas. 5. Byt handskar innan du fortsätter, så att kontaminering undviks. 5

BEREDNING AV KVALITETSKONTROLL OBS! Användaren behöver inte tillsätta någon vätska till de positiva och negativa HSV 1 & 2 Q x -kontrollerna (dvs. analyskontrollerna) innan de placeras i BD Viper Lysing Rack. Kontrollerna ska inte rehydreras innan de placeras i BD Viper Lysing Rack. 1. Använd provrörslayoutrapporten som vägledning och placera de positiva HSV Q x -kontrollerna i de korrekta positionerna i BD Viper Lysing Rack. 2. Använd provrörslayoutrapporten som vägledning och placera de negativa HSV Q x -kontrollerna i de korrekta positionerna i BD Viper Lysing Rack. 3. Kontrollerna och proverna är nu klara att förvärmas. FÖRVÄRMNINGSFÖRFARANDE OBS! Förvärmningsförfarandet måste utföras en gång på alla prover för att säkerställa att provmatrisen är homogen innan proverna placeras i BD Viper System. Om proverna inte förvärms kan detta ha en negativ påverkan på prestanda hos BD ProbeTec HSV Q x Assays och/eller BD Viper System. Prover och bearbetningskontroller (se Provbearbetningskontroller) måste förvärmas. Förvärmning av analyskontroller är dock valfritt. OBS! Kylda eller frysta prover måste uppnå rumstemperatur innan de förvärms. 1. Sätt BD Viper Lysing Rack (lyseringsställ) i BD Viper Lysing Heater (lyseringsvärmare). 2. Förvärm proverna i 15 minuter vid 114 C ± 2 C. 3. Ta bort lyseringsstället från lyseringsvärmaren och låt proverna svalna vid rumstemperatur i minst 15 min innan de placeras i BD Viper Instrument. 4. Se testförfarandet för testning av prover och kontroller. 5. Efter förvärmning kan proverna förvaras frysta i 120 dagar vid -20 ºC eller i 7 dagar vid 2 30 ºC utan ytterligare förvärmning innan de testas på BD Viper System. OBS! Frysta prover måste tinas till rumstemperatur innan de testas. Tabell 3. Stabilitet efter förvärmning Temperaturförhållande vid förvaring efter förvärmningssteget på BD Viper enligt instruktionerna Provstabilitet efter förvärmning 2 30 C -20 C Inom 7 dagar efter förvärmning Inom 120 dagar efter förvärmning TESTFÖRFARANDE Se användarhandboken till BD Viper Instrument för specifi ka anvisningar om användning och underhåll av systemets komponenter. Optimala miljöförhållanden för HSV Q x -analysen har befunnits vara 18 27 C och 20 85 % relativ fuktighet. KVALITETSKONTROLL Kvalitetskontroll måste utföras i enlighet med gällande lokala och/eller statliga bestämmelser eller ackrediteringskrav samt laboratoriets fastställda förfaranden för kvalitetskontroll. Det rekommenderas att användaren konsulterar gällande CLSIriktlinjer och CLIA-föreskrifter för lämpliga kvalitetskontrollförfaranden. Control Set for BD ProbeTec HSV Q x Amplified DNA Assays tillhandahålls separat. En positiv och en negativ kontroll måste inkluderas på varje platta samt för varje nytt reagenspartinummer. Kontrollerna måste placeras i enlighet med användarhandboken till BD Viper Instrument. Den positiva HSV Q x -kontrollen används endast för att övervaka större reagensfel. Den negativa HSV Q x -kontrollen används för att övervaka kontaminering av reagenser och/eller omgivning. Den positiva HSV Q x -kontrollen innehåller klonade HSV1- och HSV2-målregioner. Dessa kontroller kan användas för intern kvalitetskontroll eller också kan användarna utveckla sina egna interna kvalitetskontrollmaterial. 13 Ytterligare kontroller kan testas i enlighet med riktlinjer eller krav utfärdade av lokala och/eller statliga myndigheter eller ackrediteringsorganisationer. Se CLSI C24-A3 för ytterligare vägledning om lämpliga analysförfaranden för intern kvalitetskontroll. 13 Den positiva kontrollen innehåller cirka 15 000 kopior per ml av lineariserade phsv1- och 16 500 kopior per ml av lineariserade phsv2-plasmider. Extraktionskontrolloligonukleotiden används för att bekräfta validiteten i extraktionsprocessen. Extraktionskontrollen torkas i extraktionsrören och rehydreras av BD Viper System vid tillsats av prov- och extraktionsreagenser. När extraktionsprocessen är klar bevakas extraktionskontrollfl uorescensen av instrumentet och en automatiserad algoritm tillämpas på både extraktionsspecifi ka och HSV-specifi ka signaler för att rapportera provresultat som positiva, negativa eller extraktionskontrollfel. Allmän kvalitetskontrollinformation om BD Viper System Mikrobrunnarnas läge visas på en färgmärkt plattlayoutskärm på LCD-bildskärmen. Plusmärket (+) inuti mikrobrunnen anger det positiva kvalitetskontrollprovet. Minusmärket (-) inuti mikrobrunnen anger det negativa kvalitetskontrollprovet. Ett kvalitetskontrollpar måste loggas in för varje platta som testas och för varje reagenspartinummer. Om du inte har loggat in kvalitetskontrollprover för varje platta visas en meddelanderuta som förhindrar att stället kan sparas, och analysomgången kan inte fortsätta förrän ett kvalitetskontrollpar har lagts till. Maximalt två kvalitetskontrollpar per ställ tillåts för varje analys. Köra en platta på ett BD Viper System: De två första lägena (A1 och B1) är reserverade för de positiva (A1) respektive negativa (B1) kontrollerna. Det första tillgängliga läget för ett patientprov är C1. Köra två plattor på ett BD Viper System: För platta nummer ett är de två första lägena (A1 och B1) reserverade endast för de positiva (A1) respektive negativa (B1) analyskontrollerna. Det första tillgängliga läget för ett patientprov är C1. För platta nummer två (hel platta) är de två sista lägena (G12 och H12) reserverade för de positiva (G12) respektive negativa (H12) kontrollerna. 6

För platta nummer två (partiell platta) är de två sista lägena efter det sista patientprovet avsedda för de positiva respektive negativa kontrollerna. Närmare information finns i användarhandboken till BD Viper Instrument. OBS! Försök inte hydrera kontrollerna innan de placeras i BD Viper Lysing Rack. BD Viper System kommer att rehydrera kontrollerna under analysomgången. Ytterligare kontrollmaterial kan läggas till, förutsatt att de loggas in som prover. Provställsläge A1 får endast innehålla en positiv HSV1&2 Q x -kontroll och provställsläge B1 får endast innehålla en negativ HSV1&2 Q x -kontroll. Ytterligare information om placering av kontroller i läget för blandad omgång fi nns i handboken till BD Viper Instrument. Tolkning av kvalitetskontrollresultat För att patientresultat ska kunna erhållas måste testresultatet för de positiva och negativa HSV1- och HSV2-kontrollerna vara positivt respektive negativt. Om resultaten för de positiva och negativa kontrollerna inte utfaller som förväntat betraktas analysomgången som ogiltig och patientresultaten rapporteras inte av instrumentet. Om någon av kontrollerna inte ger de förväntade resultaten ska hela analysomgången upprepas med en ny uppsättning kontroller, nya extraktionsrör, nytt extraktionsreagenstråg, nytt lyseringstråg och nya mikrobrunnar. Om den upprepade kvalitetskontrollen inte ger förväntade resultat ska BD Teknisk service kontaktas. Tabell 4 innehåller information om tolkning av kvalitetskontrollresultat. Närmare information fi nns i användarhandboken till BD Viper Instrument. Tabell 4. Tolkning av kvalitetskontrollresultat Kontrolltyp Symbol för rapport om rörresultat MaxRFU Utfall av kvalitetskontroll Positiv HSV-kontroll OK 125 Godkänd Positiv HSV-kontroll <125 Ej godkänd Positiv HSV-kontroll eller eller Alla värden Ej godkänd Negativ HSV-kontroll OK <125 Godkänd Negativ HSV-kontroll 125 Ej godkänd Negativ HSV-kontroll eller eller eller Alla värden Ej godkänd = ej godkänd, = fel vid extraktionsöverföring, = fel på vätskenivå, = fel på extraktionskontroll, = fel TOLKNING AV TESTRESULTAT BD ProbeTec HSV Q x Amplified DNA Assays utnyttjar fl uorescerande energiöverföring som detektionsmetod för undersökning av förekomst av herpes simplex typ 1 och 2 i kliniska prover. Alla beräkningar utförs automatiskt av BD Viperprogrammet. Närvaro eller frånvaro av HSV1- eller HSV2-DNA fastställs genom beräkning av fluorescenstoppen (MaxRFU) under amplifieringsprocessen och jämförelse av detta mätvärde med ett förutbestämt gränsvärde. Storleken på MaxRFUvärdet är inte ett mått på hur stor mängd av organismen som fi nns i provet. Om den HSV1- eller HSV2-specifi ka signalen är större än eller lika med tröskelvärdet 125 MaxRFU ignoreras extraktionskontrollfl uorescensen av algoritmen. Om den HSV1- eller HSV2-specifi ka signalen underskrider tröskelvärdet 125 MaxRFU används extraktionskontrollfl uorescensen av algoritmen vid tolkningen av resultatet. Om förväntade analyskontrollresultat inte erhålls rapporteras inte patientresultaten. Se avsnittet om kvalitetskontroll för information om förväntade kontrollvärden. Rapporterade resultat bestäms enligt tabell 5, Tolkning av testresultat för HSV1 och HSV2 Q x -analyser. 7

Tabell 5. Tolkning av testresultat för HSV1 och HSV2 Q x -analyser Tolkning av resultat för HSV Q x -analyser Rör-rapportresultat HSV Q x Max- RFU Provsvar Tolkning Resultat 125 HSV-DNA detekterat via SDA Positivt för HSV-DNA Positivt <125 HSV-DNA ej detekterat via SDA Negativt för HSV-DNA Negativt <125 Extraktionskontroll misslyckades. Upprepa analysen på ursprungligt provrör eller erhåll annat prov för analys. Ej rapporterbart resultat Extraktions-kontroll misslyckades Alla värden Extraktionsöverföring misslyckades. Upprepa analysen på ursprungligt provrör eller erhåll annat prov för analys. Ej rapporterbart resultat Extraktions-överföring misslyckades Alla värden Fel på vätskenivå. Upprepa analysen på ursprungligt provrör eller erhåll annat prov för analys. Ej rapporterbart resultat Fel på vätskenivå Alla värden Fel. Upprepa analysen på ursprungligt provrör eller erhåll annat prov för analys. Ej rapporterbart resultat Fel Provbearbetningskontroller Provbearbetningskontroller kan testas i enlighet med kraven fastställda av tillämpliga ackrediteringsorganisationer. En positiv provbearbetningskontroll ska testa hela analyssystemet. För detta ändamål kan kända positiva prover tjänstgöra som kontroller genom att de bearbetas och testas tillsammans med prover vars resultat är okända. Prover som endast används som bearbetningskontroller måste förvaras, bearbetas och testas enligt anvisningarna i den här bipacksedeln (se Provtagning och transport). Provbearbetningskontroller kan även beredas i laboratoriet antingen med de kommersiellt tillgängliga AcroMetrix OptiQual HSV-1 (kat. nr 95-1301) och AcroMetrix OptiQual HSV-2 (kat. nr 95-1320) eller herpes simplexvirus 1 (ATCC VR-539) och herpes simplexvirus 2 (ATCC VR-734) enligt nedanstående förfarande. Varje prov som används som provbearbetningskontroll måste loggas in som ett prov. Beredning av AcroMetrix bearbetningskontroll OBS! Du bör verifi era att kontrollerna ger rätt resultat innan du använder dem som provbearbetningskontroller. 1. Tina en flaska med AcroMetrix OptiQual HSV-1-DNA-kontroll (nr 95-1301) och OptiQual HSV-2-DNA-kontroll (nr 95-1302) 2. Tillsätt 100 μl OptiQual HSV-1- och/eller 100 μl OptiQual HSV-2-kontroll till ett BD ProbeTec-rör med Q x - spädningsvätska för och förslut röret ordentligt med ett svart punkterbart lock. 3. Blanda lösningen med vortexblandare eller genom vändning. 4. Använd provrörslayoutrapporten som vägledning och placera bearbetningskontrollprovet i rätt ordning i BD Viper Lysing Rack, logga in som ett prov och lås fast. 5. Bearbeta kontrollerna i enlighet med förvärmningsförfarandet och följ sedan testförfarandet. Beredning av ATCC-bearbetningskontroll Om ett känt positivt prov inte fi nns tillgängligt kan du alternativt analysera en stamkultur av herpes simplexvirus 1, ATCC nr VR-539, och herpes simplexvirus 2, ATCC nr VR- 734, beredda enligt följande: 1. Tina en flaska av vardera herpes simplexvirus 1 och herpes simplexvirus 2 från ATCC. 2. Bered en separat 10-faldig spädningsserie för varje virus ned till en 10-3 -faldig spädning (minst 4 ml slutlig volym) i fosfatbuffrad koksaltlösning (PBS). Det rekommenderas att den 10 3 -faldiga spädningen testas för bekräftelse av att rätt HSV1- och HSV2-resultat erhålls innan den används som provbearbetningskontroll. 3. Häll 100 μl av en 10 3 -faldig spädning av HSV1 och 100 μl av en 10 3 -faldig spädning av HSV2 i ett BD ProbeTec-rör med Q x -spädningsvätska för och förslut ordentligt med ett svart punkterbart lock. 4. Blanda lösningen med vortexblandare eller genom vändning. 5. Använd provrörslayoutrapporten som vägledning och placera provbearbetningskontrollen i rätt ordning i BD Viper Lysing Rack, logga in som ett prov och lås fast. 6. Bearbeta kontrollerna i enlighet med förvärmningsförfarandet och följ sedan testförfarandet. Övervakning av förekomst av DNA-kontamination Följande testförfarande bör utföras minst en gång i månaden, för att kontrollera om arbetsområdet och utrustningens ytor har kontaminerats med DNA. Övervakning av miljön är av avgörande betydelse för att detektera kontaminering innan problem uppstår. 1. Använd en ren, rosa provtagningspinne från BD ProbeTec Q x Collection Kit for Endocervical or Lesion Specimens för varje område som ska testas. 2. Doppa den rosa provtagningspinnen i röret med BD Q x -spädningsvätska för och torka av det första området* med en vid, svepande rörelse. 3. För in den rosa provtagningspinnen hela vägen i röret med BD Q x -spädningsvätska för. 4. Bryt av skaftet på den rosa pinnen vid skåran. Var försiktig så att innehållet inte stänker. 5. Förslut röret ordentligt med det svarta punkterbara locket. 8

6. Upprepa ovanstående för varje område som ska testas. 7. När alla har tagits och bearbetats enligt förvärmningsförfarandet följer du testförfarandet. *Rekommenderade testområden inkluderar: Instrumentbord: skydden (2) på pipettspetsstationen; Provrörsbearbetningsstationen: provrörsinriktningsblock och fixerad metallbas; avfallsområde, primnings- och förvärmare/ stativ; extraktionsblock; plattförseglingsverktyg; spetsbytesstationer (2); Instrumentets utsida: övre dörrhandtag; nedre dörrhandtag; snabbutlösningsventil för avfallsvätska; LCD-skärm (pekskärm); tangentbord/skanner; stativområde; låsplatta och fi xerad metallbas; Tillbehör: Tube Lockdown cover (hölje för provrörslås), BD Viper Lysing Rack/bordsbas; BD Viper Lysing Heater; mikrobrunnsplattor av metall; tidtagarur; laboratoriets bänkytor. Vid positivt resultat för ett område eller om kontaminering misstänks ska området tvättas med färsk 1 % (vol/vol) natriumhypoklorit. Se till att hela området väts av lösningen och att lösningen får verka på ytan i minst två minuter eller tills den torkat. Torka vid behov bort överflödig rengöringslösning med en ren handduk. Torka av området med en ren handduk indränkt med vatten och låt ytan torka. Testa området på nytt. Upprepa rengöringen tills ett negativt resultat erhålls. Kontakta BD Teknisk service för ytterligare information om kontaminationen inte avlägsnas. PROCEDURENS BEGRÄNSNINGAR 1. Enheten är ej avsett för användning med cerebrospinalvätska (CSF), endocervixprover eller några andra lesioner än yttre anogenitala lesionsprover tagna av kliniker. 2. För optimalt testresultat krävs att provtagning, transport och hantering av proverna utförs korrekt. Se Provtagning och transport av prover i den här bipacksedeln. 3. Ett negativt testresultat utesluter inte möjligheten av en infektion, eftersom testresultaten kan påverkas av felaktig provtagningsteknik/transport/hantering (olämplig provtagningsteknik), förekomst av inhibitorer, tekniska fel, förväxling av prover, samtidig antiviral behandling eller otillräcklig mängd av det DNA som ska detekteras. 4. HSV-viabilitet och/eller smittsamhet kan inte fastställas utifrån ett positivt testresultat eftersom mål-dna kan fi nnas trots frånvaro av smittsamt virus. 5. Som vid många diagnostiska tester ska resultaten som erhålls med BD ProbeTec HSV Q x Amplifi ed DNA Assays tolkas i kombination med andra laboratoriedata och kliniska data som läkaren har tillgång till. 6. BD ProbeTec HSV Q x Amplified DNA Assays ger kvalitativa resultat. Den positiva analyssignalens storlek (MaxRFU) och mängden virus i ett infekterat prov är inte korrelerade med varandra. 7. Det prediktiva värdet hos en analys är beroende av prevalensen för sjukdomen i en viss population. Se tabell 7 för hypotetiska prediktiva värden vid testning av olika populationer. 8. Eftersom den positiva kontrollen för BD ProbeTec HSV Q x Amplifi ed DNA Assays används för både HSV1 och HSV2 är det viktigt att mikrobrunnraderna är korrekt placerade för att rapporteringen av de slutliga resultaten ska bli korrekta. 9. Användning av BD ProbeTec HSV Q x Amplifi ed DNA Assays ska begränsas till personal med utbildning i analysförfarandet och i BD Viper System. 10. Reproducerbarheten hos BD ProbeTec HSV Q x Amplifi ed DNA Assays har fastställts med hjälp av inokulerad Q x - spädningsvätska för och UVT i Q x -spädningsvätska för för att simulera båda provtyperna som rekommenderas för dessa analyser. Information om resultat för reproducerbarhet fi nns i tabellerna 16A 16D. 11. Prestanda hos BD ProbeTec HSV Q x Amplifi ed DNA Assays har inte utvärderats med prover från patienter yngre än 17 år. 12. Det här testet detekterar och differentierar endast mellan HSV1 och HSV2. Det detekterar eller differentierar inte några andra typer av herpesvirus. 13. Det fi nns en risk för falskt negativa resultat på grund av förekomst av sekvensvarianter i analysmålen, metodfel, amplifieringsinhibitorer i prover eller att antalet organismer ligger under de gränser som är nödvändiga för analyserna. FÖRVÄNTADE RESULTAT A. Prevalens Den prevalens som observerades under en klinisk multicenterstudie (februari 2010 augusti 2010) för anogenitala lesionsprover uppskattades med BD ProbeTec HSV Q x Amplifi ed DNA Assays. Prevalensen för HSV1 för prover med UVT i Q x -spädningsvätska för var 13,2 % (66/501), och för prover med Q x -spädningsvätska för var den 14,3 % (71/497). Prevalensen för HSV2 för prover med UVT i Q x -spädningsvätska för var 47,3 % (237/501) och för prover med Q x -spädningsvätska för var den 49,4 % (246/498). I tabell 6 sammanfattas antalet positiva resultat och det totala antalet prover för varje analys och provtyp efter patientens ålder. 9

Tabell 6. Fördelning mellan åldersgrupper för HSV Q x -analyser; alla kliniska platser Provtyp Åldersintervall UVT i Q x -spädningsvätska för HSV1 Q x positivt HSV2 Q x positivt Totalt antal prover Q x -spädningsvätska för HSV1 Q x positivt HSV2 Q x positivt Totalt antal prover 18 till 25 år 48 (18,5 %)* 115 (44,4 %) 259 49 (19,0 %) 120 (46,5 %) 258 26 till 30 år 11 (10,1 %) 55 (50,5 %) 109 12 (11,1 %) 56 (51,9 %) 108 31 till 35 år 3 (5,3 %) 31 (54,4 %) 57 5 (8,8 %) 32 (56,1 %) 57 36 till 40 år 4 (16,0 %) 13 (52,0 %) 25 4 (16,0 %) 13 (52,0 %) 25 41 till 45 år 0 8 (40,0 %) 20 0 10 (50,0 %) 20 46 till 50 år 0 6 (37,5 %) 16 1 (6,7 %) 6 (40,0 %) 15 51 till 55 år 0 6 (66,7 %) 9 0 6 (66,7 %) 9 56 till 60 år 0 1 (33,3 %) 3 0 1 (33,3 %) 3 61 till 65 år 0 0 1 0 0 1 66 till 70 år 0 2 (100,0 %) 2 0 2 (100,0 %) 2 Totalt 66 237 501 71 246 498**, *** Prevalens 13,2 % 47,3 % ET 14,3 % 49,4 % ET * Procentsatserna för specifika åldersintervall har beräknats utifrån antalet positiva prover (HSV1 eller HSV2) för åldersintervallet och det totala antalet prover för åldersintervallet. ** Av de 501 utvärderade patienterna fanns tre ej godkända prover med Q x -spädningsvätska för som inte var tillgängliga vid HSV1- och HSV2-dataanalysen. De godkändes inte på grund av otillräcklig volym, alikvoteringsfel eller provtagningsfel. *** Ett prov med Q x -spädningsvätska för resulterade i ett HSV1-extraktionsfel på BD Viper System, så att totalt 497 HSV1-resultat återstod för den här provtypen. B. Positivt och negativt prediktivt värde Hypotetiska positiva och negativa prediktiva värden (PPV och NPV) för HSV1 och HSV2 Q x -analyserna visas i tabell 7. Dessa beräkningar är baserade på den hypotetiska prevalensen och generella sensitiviteten och specifi citeten per provtyp enligt vad som fastställdes vid den kliniska studien. För HSV1 Q x -analysen grundas dessa beräkningar på en generell sensitivitet och specifi citet på 96,8 % respektive 97,6 % för UVT i Q x -spädningsvätska för, och 96,7 % respektive 95,1 % för Q x -spädningsvätska för. För HSV2 Q x -analysen baseras de hypotetiska PPV- och NPV-värdena på en generell sensitivitet och specificitet på 98,4 % respektive 83,7 % för UVT i Q x -spädningsvätska för, och 98,4 % respektive 80,6 % för Q x -spädningsvätska för. PPV har beräknats på följande sätt: (sensitivitet x prevalens) / (sensitivitet x prevalens + [1 - specifi citet] x [1 - prevalens]). NPV har beräknats på följande sätt: (specificitet x [1 - prevalens]) / ([1-sensitivitet] x prevalens + specifi citet x [1 - prevalens]). Tabell 7: Prevalens jämfört med hypotetiska prediktiva värden för HSV Q x -analyser UVT i Q x -spädningsvätska för Q x -spädningsvätska för Prevalens (%) HSV1 HSV2 HSV1 HSV2 PPV (%) NPV (%) PPV (%) NPV (%) PPV (%) NPV (%) PPV (%) NPV (%) 2 45,1 99,9 11,0 100,0 28,7 99,9 9,4 100,0 5 68,0 99,8 24,1 99,9 50,9 99,8 21,1 99,9 10 81,8 99,6 40,1 99,8 68,7 99,6 36,0 99,8 20 91,0 99,2 60,1 99,5 83,1 99,1 55,9 99,5 30 94,5 98,6 72,1 99,2 89,4 98,5 68,5 99,2 40 96,4 97,9 80,1 98,7 92,9 97,7 77,2 98,7 50 97,6 96,8 85,8 98,1 95,2 96,6 83,5 98,1 KLINISKA PRESTANDA Pinnprover från yttre anogenitala lesioner togs från 564 godkända manliga och kvinnliga patienter som besökte mottagningar för preventivmedelsrådgivning, OB/GYN eller veneriska sjukdomar vid nio geografi skt spridda kliniker i Nordamerika. Patienterna klassifi cerades som symtomatiska om de hade en yttre anogenital lesion som uppfyllde inklusions-/ exklusionskriterierna för studien och läkaren misstänkte en herpesinfektion. Femtiosex patienter uteslöts från dataanalysen på grund av att de inte uppfyllde ålderskraven, hade använt antivirala medel inom de senaste 21 dagarna, valde att avsluta studien efter ursprungligt medgivande eller inte uppfyllde inklusions-/exklusionskriterierna, eller på grund av transportfel, problem med information om medgivande, provtagningsfel, leveransfel eller märkningsfel. Därför ingick 508 godkända patienter i den slutliga dataanalysen. 10

För var och en av de 508 godkända patienterna togs två från den yttre anogenitala lesionen. UVT-provet var alltid det första provet som togs, och därefter togs provet med BD ProbeTec Q x Collection Kit for Endocervical or Lesion Specimens (provet med Q x -spädningsvätska för ). UVT-provet alikvoterades i ett rör med Q x -spädningsvätska för (UVT i Q x -spädningsvätska för ) och en kryoflaska (fl aska lämplig för förvaring i -70 C), och det återstående UVT-provet skickades till ett av två laboratorier för odling av virus och typbestämning. Provet med Q x - spädningsvätska för och provet med UVT i Q x -spädningsvätska för transporterades till ett av tre BD Viper-testlaboratorier där de testades med BD ProbeTec HSV1- och HSV2 Q x -analyserna på BD Viper System. Kryoflaskan med UVT-alikvot skickades till ett laboratorium för PCR-testning. Alla beräkningar av sensitivitet och specifi citet baserades på det totala antalet BD ProbeTec HSV1- och HSV2 Q x - analysresultat för Q x -spädningsvätska för och UVT i Q x -spädningsvätska för, jämfört med ett kommersiellt tillgängligt virusodlings- och typbestämningsförfarande som referensmetod. En PCR-metod användes också för analys av resultat som inte stämde överens mellan BD ProbeTec HSV Q x Amplifi ed DNA Assays och referensodlingsmetoden. Lesionen ansågs vara positiv för HSV1 om virusodlingen som användes som referens var positiv för HSV och typbestämd som HSV1. Lesionen ansågs vara negativ för HSV1 om virusodlingen som användes som referens var negativ för HSV. För totalt sju patienter kunde inget typbestämningsresultat påvisas vid referensvirusodlingen, vilket innebar att 501 patienter återstod att utvärdera. Av de 501 patienterna med ett typbestämningsresultat från referensvirusodlingen var 189 positiva för HSV2. Virusodlings-/typbestämningssystemet kan inte detektera HSV1 i prover som är positiva för HSV2, och därför ingick inte dessa 189 HSV2-positiva prover i analysen av HSV1-prestanda. Det fanns tre ej godkända prover bland proverna med Q x -spädningsvätska för på grund av otillräcklig volym, alikvoteringsfel eller provtagningsfel, och ett prov som resulterade i ett HSV1-extraktionskontrollfel och inte var tillgängligt för HSV1-analys. De återstående proverna, 312 prover med UVT i Q x -spädningsvätska för och 308 prover med Q x -spädningsvätska för, med BD ProbeTec HSV1 Q x -analysresultat och resultat för referensvirusodlingen var tillgängliga för beräkning av sensitivitet och specifi citet. Sensitivitet och specifi citet per provtyp för HSV1 Q x -analysen återfi nns i tabell 8A. Lesionen ansågs vara positiv för HSV2 om virusodlingen som användes som referens var positiv för HSV och typbestämd som HSV2. Patienterna ansågs vara negativa för HSV2 om referensvirusodlingen var negativ för HSV eller positiv för HSV och typbestämd som HSV1. För totalt sju patienter kunde inget typbestämningsresultat påvisas vid referensvirusodlingen, vilket innebar att 501 patienter återstod att utvärdera. Det fanns tre ej godkända prover med Q x -spädningsvätska för på grund av otillräcklig volym, alikvoteringsfel eller provtagningsfel. De återstående proverna, 501 prover med UVT i Q x -spädningsvätska för och 498 prover med Q x -spädningsvätska för, med BD ProbeTec HSV2 Q x -analysresultat och resultat för referensvirusodlingen var tillgängliga för beräkning av sensitivitet och specifi citet. Sensitivitet och specifi citet per provtyp för HSV2 Q x -analysen återfi nns i tabell 8B. I tabellerna 12A och 12B sammanfattas antalet resultat från patienter som genom virusodling fastställts vara positiva eller negativa för HSV1 eller positiva eller negativa för HSV2 efter lesionsstadium. OBS! En förklaring till symbolerna och förkortningarna som används i tabellerna fi nns i avsnittet Tolkning av tabeller (i slutet av bipacksedeln). Tabell 8A: HSV1 Q x -analysprestanda jämfört med virusodling (efter provtyp) Prestanda jämfört med virusodling Provtyp n A Sensitivitet 95 % C.I. Specificitet 95 % C.I. UVT i Q x -spädningsvätska för 312 96,8 % (60/62) C (88,8 99,6 %) 97,6 % (244/250) D (94,8 99,1 %) Q x -spädningsvätska för 308 B 96,7 % (59/61) C (88,7 99,6 %) 95,1 % (235/247) E (91,7 97,5 %) A Det gick inte att detektera prover med blandinfektion med virusodlingen som användes som referens i den här studien. Endast om provet är negativt för HSV2 är det typbestämt för HSV1. Därför är antalet prover som använts för HSV1-analys lika med antalet prover med ett typbestämningsresultat från referensvirusodlingen (501) minus antalet prover som var positiva för HSV2 genom referensmetoden (189). B Totalt fyra prover med Q x -spädningsvätska för ingick inte i HSV1-analysen på grund av otillräcklig volym, alikvoteringsfel, provtagningsfel eller extraktionsfel. C Båda patienterna som fastställdes som positiva för HSV1 med virusodlingen var negativa för HSV1 med HSV1 Q x -analysen och PCR. Både HSV Q x -analyserna och PCR-analysen visade att patienterna var positiva för HSV2. D Sex av proverna med UVT i Q x -spädningsvätska för fastställdes som negativa för HSV1 med virusodling men var positiva både med HSV1 Q x -analysen och PCR-analysen. E Tolv av proverna med Q x -spädningsvätska för fastställdes som negativa för HSV1 med virusodling men var positiva med HSV1 Q x -analysen. Sju av dessa prover var även positiva med PCR-analysen. 11

Tabell 8B: HSV2 Q x -analysprestanda jämfört med virusodling (efter provtyp) Prestanda jämfört med virusodling Provtyp n Sensitivitet 95 % C.I. Specificitet 95 % C.I. UVT i Q x -spädningsvätska för 501 98,4 % (186/189) F (95,4 99,7 %) 83,7 % (261/312) G,I (79,1 87,6 %) Q x -spädningsvätska för 498 98,4 % (186/189) F (95,4 99,7 %) 80,6 % (249/309) H,I (75,7 84,8 %) C Alla tre patienterna som fastställdes som positiva för HSV2 med virusodling var negativa för HSV2 med både HSV2 Q x - analysen och PCR-analysen. Både HSV Q x -analyserna och PCR-analyserna visade att alla tre patienterna var positiva för HSV1. G 46 av de 51 HSV2-proverna som var positiva med UVT i Q x -spädningsvätska för och negativa med virusodling var positiva för HSV2 med PCR. H 49 av de 60 HSV2-proverna som var positiva med Q x -spädningsvätska för och negativa med virusodling var positiva för HSV2 med PCR. I Detektion av nukleinsyra med PCR och HSV2 Q x -analysen i prover som var negativa vid odling skulle kunna vara en indikation på detektion av icke-viabla viruspartiklar. Tabell 9A: HSV1 Q x -analysprestanda jämfört med referensvirusodlingen (efter klinisk plats) Prestanda jämfört med virusodling Provtyp UVT i Q x - spädnings-vätska för Q x -spädningsvätska för Klinisk plats n Sensitivitet 95 % C.I. Specificitet 95 % C.I. 1 49 100,0 % (6/6) (54,1 100,0 %) 97,7 % (42/43) (87,7 99,9 %) 2 35 100,0 % (6/6) (54,1 100,0 %) 100,0 % (29/29) (88,1 100,0 %) 3 21 ET ET 100,0 % (21/21) (83,9 100,0 %) 4 10 100,0 % (3/3) (29,2 100,0 %) 100,0 % (7/7) (59,0 100,0 %) 5 31 66,7 % (2/3) (9,4 99,2 %) 96,4 % (27/28) (81,7 99,9 %) 6 12 100,0 % (2/2) (15,8 100,0 %) 100,0 % (10/10) (69,2 100,0 %) 7 81 94,1 % (16/17) (71,3 99,9 %) 96,9 % (62/64) (89,2 99,6 %) 8 36 100,0 % (13/13) (75,3 100,0 %) 95,7 % (22/23) (78,1 99,9 %) 9 37 100,0 % (12/12) (73,5 100,0 %) 96,0 % (24/25) (79,6 99,9 %) 1 49 100,0 % (6/6) (54,1 100,0 %) 97,7 % (42/43) (87,7 99,9 %) 2 35 100,0 % (6/6) (54,1 100,0 %) 100,0 % (29/29) (88,1 100,0 %) 3 20 ET ET 95,0 % (19/20) (75,1 99,9 %) 4 10 100,0 % (3/3) (29,2 100,0 %) 100,0 % (7/7) (59,0 100,0 %) 5 31 66,7 % (2/3) (9,4 99,2 %) 96,4 % (27/28) (81,7 99,9 %) 6 12 100,0 % (2/2) (15,8 100,0 %) 100,0 % (10/10) (69,2 100,0 %) 7 80 93,8 % (15/16) (69,8 99,8 %) 93,8 % (60/64) (84,8 98,3 %) 8 35 100,0 % (13/13) (75,3 100,0 %) 95,5 % (21/22) (77,2 99,9 %) 9 36 100,0 % (12/12) (73,5 100,0 %) 83,3 % (20/24) (62,6 95,3 %) 12

Tabell 9B: HSV2 Q x -analysprestanda jämfört med referensvirusodlingen (efter klinisk institution) Prestanda jämfört med virusodling Provtyp Klinisk plats n Sensitivitet 95 % C.I. Specificitet 95 % C.I. 1 75 100,0 % (26/26) (86,8 100,0 %) 87,8 % (43/49) (75,2 95,4 %) 2 70 100,0 % (35/35) (90,0 100,0 %) 60,0 % (21/35) (42,1 76,1 %) 3 33 100,0 % (12/12) (73,5 100,0 %) 76,2 % (16/21) (52,8 91,8 %) UVT i Q x - spädningsvätska för 4 13 100,0 % (3/3) (29,2 100,0 %) 80,0 % (8/10) (44,4 97,5 %) 5 61 100,0 % (30/30) (88,4 100,0 %) 80,6 % (25/31) (62,5 92,5 %) 6 17 100,0 % (5/5) (47,8 100,0 %) 91,7 % (11/12) (61,5 99,8 %) 7 127 95,7 % (44/46) (85,2 99,5 %) 86,4 % (70/81) (77,0 93,0 %) 8 58 95,5 % (21/22) (77,2 99,9 %) 88,9 % (32/36) (73,9 96,9 %) 9 47 100,0 % (10/10) (69,2 100,0 %) 94,6 % (35/37) (81,8 99,3 %) 1 75 100,0 % (26/26) (86,8 100,0 %) 81,6 % (40/49) (68,0 91,2 %) 2 70 100,0 % (35/35) (90,0 100,0 %) 60,0 % (21/35) (42,1 76,1 %) 3 32 100,0 % (12/12) (73,5 100,0 %) 70,0 % (14/20) (45,7 88,1 %) Q x -spädningsvätska för 4 13 100,0 % (3/3) (29,2 100,0 %) 80,0 % (8/10) (44,4 97,5 %) 5 61 100,0 % (30/30) (88,4 100,0 %) 80,6 % (25/31) (62,5 92,5 %) 6 17 100,0 % (5/5) (47,8 100,0 %) 83,3 % (10/12) (51,6 97,9 %) 7 126 95,7 % (44/46) (85,2 99,5 %) 83,8 % (67/80) (73,8 91,1 %) 8 57 95,5 % (21/22) (77,2 99,9 %) 88,6 % (31/35) (73,3 96,8 %) 9 47 100,0 % (10/10) (69,2 100,0 %) 89,2 % (33/37) (74,6 97,0 %) C. Frekvensdistribution för MaxRFU Totalt 620 HSV1 Q x -analysresultat utvärderades på nio geografi skt åtskilda kliniska platser. Frekvensdistributionen för de initiala MaxRFU-värdena för HSV1 Q x -analysen visas i figur A och B. Distributionen för MaxRFU-värden från sant positiva (TP), sant negativa (TN), falskt positiva (FP) och falskt negativa (FN) HSV1 Q x -prover (dvs. från de prover som gav resultat som inte överensstämde med virusodlingsreferensen) visas i tabell 10A. Figur A: Frekvensdistributionen för MaxRFU för HSV1 Q x -analysen med UVT i Q x -spädningsvätska för Frekvens 13

Figur B: Frekvensdistributionen för MaxRFU för HSV1 Q x -analysen med Q x -spädningsvätska för Tabell 10A: MaxRFU-intervall för falskt negativa, falskt positiva, sant negativa och sant positiva resultat för HSV1 Q x MaxRFU-intervall 0-49 50-99 100-124 J 125-149 150-199 200-249 250-349 350-499 500-799 800 n, totalt 482 1 0 0 0 0 0 0 17 120 FN UVT i Q x - spädningsvätska för Q x -spädningsvätska för 2 0 0 2 0 0 FP UVT i Q x - spädningsvätska för Q x -spädningsvätska för 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 1 11 TN UVT i Q x - spädningsvätska för Q x -spädningsvätska för 244 0 0 234 1 0 TP UVT i Q x - spädningsvätska för Q x -spädningsvätska för 0 0 0 0 0 6 54 0 0 0 0 0 10 49 J Alla MaxRFU-värden under 125 betraktas som negativa för HSV1 och MaxRFU-värden 125 betraktas som positiva för HSV1 Totalt 999 HSV2 Q x -analysresultat utvärderades från nio geografi skt åtskilda kliniska platser. Frekvensdistributionen för de initiala MaxRFU-värdena för HSV2 Q x -analysen visas i figur C och D. Distributionen för MaxRFU-värden från sant positiva, sant negativa, falskt positiva och falskt negativa HSV2 Q x -prover (dvs. från de prover som gav resultat som inte överensstämde med virusodlingsreferensen) visas i tabell 10B. 14

Figur C: Frekvensdistributionen för MaxRFU för HSV2 Q x -analysen med UVT i Q x -spädningsvätska för Frekvens Figur D: Frekvensdistributionen för MaxRFU för HSV2 Q x -analysen med Q x -spädningsvätska för 15

Tabell 10B: MaxRFU-intervall för falskt negativa, falskt positiva, sant negativa och sant positiva resultat för HSV2 Q x MaxRFU-intervall 0-49 50-99 100-124 K 125-149 150-199 200-249 250-349 350-499 500-799 800 n, totalt 511 5 0 0 1 2 2 2 6 470 FN UVT i Q x - spädningsvätska för Q x -spädningsvätska för 3 0 0 3 0 0 FP UVT i Q x - spädningsvätska för Q x -spädningsvätska för 0 1 0 1 1 2 46 0 0 2 1 1 1 55 TN UVT i Q x - spädningsvätska för Q x -spädningsvätska för 257 4 0 248 1 0 TP UVT i Q x - spädningsvätska för Q x -spädningsvätska för 0 0 0 0 0 0 186 0 0 0 0 0 3 183 K Alla MaxRFU-värden under 125 betraktas som negativa för HSV2 och MaxRFU-värden 125 betraktas som positiva för HSV2 D. Blandinfektion Två patienter i den kliniska multicenterstudien visade sig ha en blandinfektion (positiva för både HSV1 och HSV2) i varje provtyp med HSV1 och HSV2 Q x -analyserna. Referensvirusodlingssystemet, som inte kan detektera blandinfektioner, identifi erade patienterna endast som HSV2-positiva, medan PCR fastställde att båda patienterna hade en blandinfektion med HSV1 och HSV2. E. Kontroller Under den kliniska utvärderingen observerades inga felaktigt positiva HSV1 eller HSV2 Q x -kontroller i 122 HSV1/HSV2 Q x -plattomgångar. För den negativa HSV1/HSV2 Q x -kontrollen observerades inga felaktigt negativa HSV1 eller HSV2 Q x - kontroller i 122 HSV1/HSV2 Q x -plattomgångar. MaxRFU-värdena för positiva och negativa HSV1/HSV2 Q x -kontroller som observerades vid de kliniska prövningarna visas i tabell 11. Tabell 11. Information om HSV Q x -analyskontroller MaxRFU Kontroll n Intervall 5:e percen-tilen Medel-värde Median 95:e percen-tilen Negativ HSV1 Q x -kontroll 122 0 118 0 4 0 17 Positiv HSV1 Q x -kontroll 122 277 1978 806 1331 1355 1772 Negativ HSV2 Q x -kontroll 122 0 84 0 3 0 12 Positiv HSV2 Q x -kontroll 122 271 2357 875 1588 1683 2028 16

Tabell 12A: Analys av positiva/negativa HSV1-prover från patienter jämfört med virusodling baserat på lesionsstadium HSV1 Virus-odling Lesionsstadium PCR UVT i Q x -spädningsvätska för Q x -spädningsvätska för Män Kvinnor Totalt Varblåsa P P P 1 8 9 Blåsa P P P 1 7 8 P Sår P P P 4 38 42 Sår P P ET L 0 1 1 Sår N N N 0 2 2 Virusodling, totalt positiva 6 56 62 Varblåsa P P P 1 0 1 Varblåsa N N N 11 8 19 Varblåsa N N EC 0 1 1 Varblåsa N N ET 0 1 1 Varblåsa ET N N 1 0 1 Blåsa N N P 0 1 1 N Blåsa N N N 4 11 15 Sår P P P 0 4 4 Sår P N P 1 0 1 Sår N N P 1 3 4 Sår N N N 67 103 170 Sår N N ET 1 0 1 Annat M P P P 1 0 1 Annat N N N 8 22 30 Virusodling, totalt negativa 96 154 250 Virusodling, totalt resultat 102 210 312 L ET = Ej tillgängligt M Annat = lesionsprover som inte kunde karakteriseras som de typiska HSV-stadierna (blåsa, varblåsa eller sår). 17

Tabell 12B: Analys av positiva/negativa HSV2-prover från patienter jämfört med virusodling baserat på lesionsstadium HSV2 Virus-odling Lesionsstadium PCR UVT i Q x -spädningsvätska för Q x -spädningsvätska för Män Kvinnor Totalt Varblåsa P P P 6 8 14 Blåsa P P P 27 25 52 P Sår P P P 37 77 114 Sår N N N 0 3 3 Sår ET N P P 0 1 1 Annat O P P P 1 4 5 Virusodling, totalt positiva 71 118 189 Varblåsa P P P 1 1 2 Varblåsa N N N 12 16 28 Varblåsa N N ET 0 1 1 Varblåsa ET N N 1 0 1 Blåsa P P P 0 1 1 Blåsa N N P 0 2 2 Blåsa N N N 5 16 21 Sår P P P 20 21 41 Sår P N P 2 1 3 N Sår P N N 1 2 3 Sår N P P 0 2 2 Sår N P N 1 1 2 Sår N N P 3 2 5 Sår N N N 46 121 167 Sår N N ET 1 1 2 Annat P P P 2 0 2 Annat N P P 0 1 1 Annat N N P 0 1 1 Annat N N N 7 20 27 Virusodling, totalt negativa 102 210 312 Virusodling, totalt resultat P 173 328 501 N ET = Ej tillgängligt O Annat = lesionsprover som inte kunde karakteriseras som de typiska HSV-stadierna (blåsa, varblåsa eller sår). P Siffran inkluderar inte de sju patienterna som var HSV-positiva men inte kunde typbestämmas. Analytisk sensitivitet för HSV 1 & 2 Q x -analyserna Den analytiska sensitiviteten (detektionsgräns eller LOD) för var och en av BD ProbeTec HSV Q x -analyserna bestämdes genom spädning av HSV1-stammen VR-539 och HSV2-stammen VR-734 i representativ matris vid varierande koncentrationer av viruspartiklar för att skapa en LOD-panel som bestod av sex målnivåer. Labial pinnprovsmatris valdes som representativ eftersom det var den mest utmanande matrisen för HSV Q x -analyserna. Data genererades för varje målnivå (n = 66 till 72 per nivå), och de resulterande MaxRFU-värdena analyserades för bestämning av proportionen positiva resultat på varje nivå. Proportionen positiva resultat användes för att generera positivitetskurvor för måltitrering, varifrån 95 % LOD beräknades för var och en. LOD för UVT-provtypen motsvarar nivån HSV i UVT före spädning 1:4 med Q x -spädningsvätska för. Följaktligen blir LOD för UVT-provet högre än LOD för provet med Q x -spädningsvätska för. HSV typ 1 Detektionsgränserna (LOD) för HSV1 Q x -analysen med humant herpesvirus typ 1, stam VR-539, i Q x -spädningsvätska för och UVT-prover när de extraherats på BD Viper System fastställdes till 23 viruspartiklar per ml Q x - spädningsvätska för och 85 viruspartiklar per ml UVT. Dessa detektionsgränser visas även i tabell 13A, konverterade till TCID 50 /ml. 18

Detektionsgränserna för HSV1 Q x -analysen på BD Viper System för HSV1-stammarna VR-260, VR-733 och VR-735 fastställdes också både i Q x -spädningsvätska för och i UVT (se tabell 13B). Tabell 13A: Detektionsgränser för HSV1-stam VR-539 (i representativ matris) Medium LOD (vp/ml) LOD (TCID 50 /ml) Q x -spädnings-vätska för 23 7 BD UVT 85 25 Tabell 13B: Detektionsgränser för ytterligare HSV1-stammar (i rent medium) HSV1-stam Medium LOD (vp/ml) VR-260 VR-733 VR-735 Q x -spädningsvätska för 6 BD UVT 110 Q x -spädningsvätska för 14 BD UVT 185 Q x -spädningsvätska för 14 BD UVT 130 HSV typ 2 Detektionsgränserna (LOD) för HSV2 Q x -analysen med humant herpesvirus typ 2, stam VR-734, i BD Q x -spädningsvätska för och UVT-prover när de extraherats på BD Viper System fastställdes till 84 viruspartiklar per ml Q x - spädningsvätska och 635 viruspartiklar per ml UVT. Dessa detektionsgränser visas även i tabell 13C konverterade till TCID 50 /ml. Detektionsgränserna för HSV2 Q x -analysen på BD Viper System för HSV2-stammen VR-540 fastställdes också både i Q x - spädningsvätska för och i UVT (se tabell 13D). Tabell 13C: Detektionsgränser för HSV2-stam VR-734 (i representativ matris) Medium LOD (vp/ml) LOD (TCID 50 /ml) Q x -spädningsvätska för 84 35 BD UVT 635 262 Tabell 13D: Detektionsgränser för ytterligare HSV2-stam (i rent medium) HSV2-stam Medium LOD (vp/ml) VR-540 Q x -spädningsvätska för 34 BD UVT 380 19

Analytisk specificitet för HSV 1 & 2 Q x -analyser DNA från de 57 organismerna angivna i tabell 14 extraherades på BD Viper System och testades med BD ProbeTec HSV Q x Amplifi ed DNA Assays. Alla potentiellt korsreaktiva prover testades med cirka 1x10 8 kolonibildande enheter/ml för bakterier och jäst eller 1x10 6 plackbildande enheter/ml eller mer för virus, utom där annat anges. HSV Q x -analyserna korsreagerade inte med någon av de testade organismerna. Tabell 14: Potentiellt korsreagerande mikroorganismer Actinomyces israelii Adenovirus Alcaligenes faecalis Candida albicans Chlamydia trachomatis, serotyp H Chlamydia trachomatis, serotyp LGV-2 Clostridium perfringens Corynebacterium genitalium Cryptococcus neoformans HHV-5, cytomegalovirus (CMV) Q Enterobacter cloacae Enterococcus faecalis Enterococcus faecium Enterovirus (echovirus 11) Q HHV-4, Epstein-Barrvirus R Escherichia coli (stam K1) Gardnerella vaginalis Gemella haemolysans Haemophilus ducreyi Haemophilus infl uenzae Hepatit B-virus Q HHV-6 (roseolovirus) Q HHV-6B (roseolovirus) Q HHV-7 (roseolovirus) Q HHV-8 (rhadinovirus) Q Humant immunbristvirus 1 (HIV-1) R Humant papillomvirus 16 Q Humant papillomvirus 18 Q Kingella kingae Klebsiella pneumoniae Lactobacillus acidophilus Listeria monocytogenes Mobiluncus mulieris Moraxella lacunata Mycobacterium tuberculosis Q Mycoplasma genitalium Neisseria gonorrhoeae Neisseria meningitides Propionibacterium acnes Proteus vulgaris Pseudomonas aeruginosa Staphylococcus aureus Staphylococcus epidermidis Staphylococcus saprophyticus Streptococcus agalactiae Streptococcus mitis Streptococcus pneumoniae Streptococcus pyogenes Treponema pallidum Trichomonas vaginalis Varicella zostervirus (HHV-3) Q Veillonella parvula Humant immunbristvirus 2 (HIV-2) R Herpesvirus typ 1 (HSV1) R * Humant papillomvirus 6 Q Herpesvirus typ 2 (HSV2) R ** Humant papillomvirus 11 Q Q Genomiskt DNA testat med 1x10 6 DNA-kopior/mL R Virus testat med 1x10 8 viruspartiklar/ml * Endast testat som korsreaktant i HSV2 Q x -analysen ** Endast testat som korsreaktant i HSV1 Q x -analysen 20